1FGCC

Structural implications of drug resistant mutants of hiv-1 protease: high resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analog complexes
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural implications of drug-resistant mutants of HIV-1 protease: high-resolution crystal structures of the mutant protease/substrate analogue complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fgcC00
3VF7A 3PI5A 2FIVA 4MC2A 5P05A 4OBKA 1MTRA 5P8KA 3CKRA 5HDUA 4J55A 4X2LA 1HSIA 5P8VA 3ST5A 3O9GA 2EWYA 3OHHA 1HSGA 1Z1HA 1G35A 1T7JA 1F7AA 1FGCC 1U8GA 1KJHA 3OU1B 5P2VA 5P5LA 5P49A 2ER7E 5P7HA 3N4LA 3UPJA 3H5BA 3QAAA 3BGCA 3UDRA 3SA4A 2SAMA 5P4HA 5P00A 5P8OA 4XX4A 3SABA 2A1EA 2HC0A 4Y3QA 5HCOA 1RPIA 5P5AA 1QBUA 4WY6A 4LHHA 4U7QA 1SBGA 3VF3A 3SA6A 2H6SA 4Y3RA 1MESA 3PMYA 5P51A 2ZJNA 4LXMA 4R93A 4GMIA 2ZGAA 3JVYA 3TLHA 4ER2E 3UTLA 2UPJA 4J0YA 4DJOA 4Y43A 2WF1A 3BUGA 2PH8A 5P5RA 1D4YA 2PSUA 5P4OA 2WEDA 2QI1A 6APRE 1AZ5A 5E5JA 5KQZA 5OZUA 3SPKA 5P2TA 2IGXA 5OZDA 4J1CA 1HEFE 4JECA 1B11A 5P7WA 5OZAA 2RSPA 3SA3A 2FGUA 5JFUA 3APPA 2IKUA 3S56A 3L5DA 2ER9E 5AGZA 3EM3A 5P38A 3PRSA 4AA9A 1HWRA 3ZKGA 4DPIA 5P3OA 1BDQA 5P53A 5P7PA 3D20A 3SKFA 4ACUA 1FFFC 2AZCA 5P6CA 3ECGA 2QZWA 2G26A 5C9BA 5OZCA 4I0JA 1MTBA 2VNNA 3OOZA 3UQRA 4YA8A 5P23A 5P7NA 4DFGA 2OHLA 5P0XA 3WSJA 1FKNA 3PJ6A 1ZSRA 5P29A 2ZHUA 4B78A 3CYXA 5P46A 1LYBB 3Q6YA 3I7EA 1XS7D 2AOCA 1EPRE 5APRE 4BFBA 4YBIA 3WB4A 4JPEA 5COOA 4LP9A 4FLGA 4JOOA 2RKGA 1HVCA 3ZMGA 4HDFA 1DIFA 1HPXA 1HTEA 3UDKA 5P2CA 3SAAA 5DGUA 3S43B 1ZTZA 1B5FB 3VYFA 3OAGA 5P73A 5P4FA 4H3JA 5P2FA 1HVLA 5P0KA 1BDRA 4Q1NA 4DQHA 1G2KA 2OHQA 5P8SA 1IVPA 1W50A 3TKGA 5P2YA 2AVVA 2I4DA 3IGBA 5OZ9A 3U7SA 2G1RA 4DQBA 5IS4A 5P88A 2NTRA 4OBZA 1ME6A 4K8SA 3EBZA 2V16C 2F3KA 3PWMA 5HCTA 4YCTA 4IVSA 2XFKA 4RVJA 4DVFA 2ZJJA 1BVEA 1MPPA 5P1DA 3OU1A 1MVPA 1TW7A 3Q3TA 2BB9A 5AH6A 2AVMA 2Q15A 5P1JA 4GJAA 5P5GA 1MIQA 3NSHA 5P5ZA 5P06A 4F74A 4TRYA 5P4QA 2O4SA 1ER8E 5P4PA 5P65A 3KFSA 1EAGA 3NXNA 3OU3A 3QPJA 4Y3AA 4GYEA 1ENTE 5BWYA 3VG1A 1OEWA 5P3FA 1A8GA 4Y3EA 3S7MA 2NMZA 5BRYA 5OZIA 5P1NA 3PEPA 4I10A 1ZLFA 5P61A 4Z22A 3DK1A 4YCKA 5P2GA 3FV3A 4F73A 3K1WA 3O9CA 5P68A 3GI5A 7HVPA 4QJ8A 3LITA 1PFZA 4TVGA 5P78A 4YD7A 3F9QA 1APVE 1QBSA 2FMBA 4I8WA 4PHVA 3ZKQA 2V12C 4ER1E 2A4FA 2B8LA 3R0YA 4Z4XA 3HZCA 4M8YA 4Y5EA 3GI4A 2QI4A 3KT2A 5P8JA 1EC0A 3BHEA 4ACXA 5P4IA 1W5YA 2PC0A 4Y3GA 5P4BA 5DR3A 4QLHA 2Q64A 5OYXA 3OUDB 1Q9PA 3D1YA 2QNNA 1LS5A 2R8NA 1SMRA 5P19A 4RZ1A 3NWXA 5P2JA 5P3SA 2O4NA 2AOIA 2XFIA 1QS8A 2JYSA 5P6LA 4YHQA 1PPME 1MT8A 2QP8A 3QVCA 3PVKA 5B18A 1SGZA 4WY1A 3EKYA 3L3AA 3ZKMA 2AODA 5P0DA 1D4JA 3DJKA 4PEPA 1YTGA 4AMTA 1HTFA 2AZBA 1LYBA 2H6TA 5AHBA 2HB4A 9HVPA 4JPCA 5P82A 5I3VA 3EL4A 2P83A 2Q54A 5OZ5A 5OZTA 5OZ2A 5HVPA 5P20A 1FQ7A 5BS4A 3S43A 2FDEA 5P3EA 1B5FA 4R8YA 1PSAA 3JVWA 3QRSA 5F00A 4YDGA 3NU5A 4YE3A 3VV7A 1MT9A 5P44A 3QIHA 2V10C 3SM2A 5P0FA 5OZFA 4WTUA 2QMPA 4ZSPA 3NXEA 3VLBA 3VYDA 3GI0A 3RU1A 5IVQA 5P0TA 2AZ9A 1B6LA 4A4QA 5HTZA 5HU0A 1GVXA 4B72A 1BV7A 4Y4WA 2ZHTA 5P2MA 1YM2A 2R38A 4I0GA 2ZYEA 4PPHA 5P6JA 1YTHA 1OHRA 3HAWA 3GI6A 3SLZA 4I1CA 5P3RA 3UQPA 1A30A 1QBRA 5P7FA 5HE4A 2HM1A 4CPWA 5P86A 4EJKA 4YOBA 5P1KA 5P7RA 1FF0C 2J9KA 5P3LA 3G70A 1G0VA 3PCWA 5P8QA 4AA8A 2ANLA 5COPA 3DCRA 2WECA 4Y41A 3G72A 5P58A 2CEJA 2B8VA 1RNEA 5T4SA 3VSWA 4R5NA 5P04A 3SA9A 1BBSA 2F81A 2QZXA 3FNSA 4H3IA 3SO9A 3NLSA 4PYVA 1IZEA 4Y3FA 3L58A 5DPZA 2AVOA 1ODYA 3HVGA 3O9FA 3PHVA 5P03A 2V13A 3QP0A 5P4CA 3GW5A 1ZBGA 3OUDA 1AVFA 4EPJA 1DW6C 1KJ7A 2OHPA 2P8HA 5P6QA 4FIVA 3BRAA 3TPRA 3FIVA 3K5CA 4DQGA 2ZE1A 3L38A 4Y57A 5P81A 5P40A 1E81E 5P3PA 5P76A 2QU3A 4ER4E 4QJ2A 1NH0A 5P2KA 4YBFA 1HVKA 4Y4JA 2FXEA 5P1EA 4D89A 1SP5A 2WEAA 2HPEA 5OZZA 4Y51A 1TZSA 4ZLSA 4Y4ZA 5OYYA 3KMYA 4ZIPA 5P1PA 3IXOA 5P47A 4RVXA 3IVIA 3PM4A 1LEEA 4DH6A 4X7IA 3KDBA 1Z8CA 4ZEAA 4DQCA 3NWQA 5OZ7A 4CPTA 4KE0A 5C9FA 4Y3MA 1AIDA 1HIIA 1RV7A 1ZSFA 2B7ZA 3ZKNA 2AVSA 5P5JA 2ZJIA 3EC0A 3ZKSA 3L5EA 5P6RA 3AUPA 5AH7A 2WJOA 4U8WA 4Y48A 5P43A 1QRPE 5OZEA 1BAIA 5FIVA 2V00A 3S45A 3OQ7A 4XXSA 5DGWA 5KR2A 3O9LB 2Z54A 5P4VA 5P70A 3MXDA 1ZAPA 2VIZA 3LNKA 5IVSA 1AXAA 1OD1A 4YD4A 5P6GA 3UQXA 3D91A 5P3HA 3VYEA 3EL9A 1T6EX 1SDVA 5P0SA 2G24A 4DV9A 5P3NA 5P1ZA 4Q1YA 3VSXA 5KAOA 4BEKA 2PK6A 4J0PA 5P5HA 6UPJA 5I3YA 5P55A 2NNKA 3UDQA 4YOAA 4EXGA 4Y3PA 4LBTA 3Q70A 5P8GA 5DQ4A 4HDBA 3SQFA 1UPJA 4J1FA 3QS1A 5P2QA 5OYVA 3BXRA 3O9HA 1NSOA 3QROA 1YG9A 3RTHA 5P27A 5P1GA 1OEXA 3UDNA 5P01A 4R92A 5P0YA 5P6VA 3OUCA 5P1OA 1A9MA 2F3FA 1EC3A 4NKKA 5OZYA 5P1RA 1M0BA 4HZTA 5P22A 2FNTA 3O99A 1ZPAA 3OU4B 2UY0A 5AH9A 3S8IA 1EBYA 2IQGA 2QD6A 5P4TA 4EQ0A 3HDKA 2ZJLA 4FSLA 5P5XA 2WF0A 5P3BA 3LIQA 5P2HA 3KYRA 5OYSA 1PSNA 3OQAA 2G1SA 4HLAA 1TSQA 3OADB 2QMDA 2WEZA 4RYGA 4B77A 1EPME 3ZKXA 3EL0A 5P80A 2IGYA 1GNNA 5P69A 4HE9A 2IL2A 4Y3ZA 1HPSA 5F01A 5P77A 1ZJ7A 1EBWA 1A8KA 4D85A 5COKA 2PMAA 3PBZA 3D1XA 3LPJA 5DR7A 5OZ4A 5P54A 4Y37A 4Y4GA 3QN8A 1B6PA 1FQ6A 5HDVA 4QJ9A 1FQXA 5P17A 3VFBA 1PROA 1SDTA 2G21A 1SIPA 3T3CA 5P3QA 5P6FA 5P2OA 4EYRA 3QBFA 5DR1A 4LC7A 1T6GA 4GJ6A 2R3WA 2PSGA 3PWRA 4RLDA 3VF5A 3OXCA 5P6ZA 5P6UA 1XN3A 1SDUA 2QZKA 4R95A 5P1SA 2F8GA 5P14A 4OBFA 2QI7A 4Y39A 3QBHA 2XYEA 2G22A 5ISKA 5P08A 5SY2A 5P2EA 5I3XA 3HAUA 2WF3A 3LZSA 5P2NA 4YD3A 3IA9A 4Y4XA 1LF2A 5P7OA 1D4LA 3O9LA 5P36A 5P5CA 1RL8A 3S53A 3NDXA 5P4RA 3TPPA 3CIBA 5P6WA 3TPLA 3K4VA 1XL2A 3K5GA 5P8LA 1GNMA 4GJCA 4LXAA 4MC6A 5P1UA 3OY4A 5P66A 4Y4BA 3OQKA 3SA5A 5SXNA 4Y3XA 4Z50A 4NJUA 4CP7A 1HSHA 3APRE 2ASIA 1FMXA 3KF0A 5P3WA 2BKTA 2ZJKA 5P57A 3O9DA 5P3UA 5KR8A 5P7UA 3WZ7A 3PSGA 4Y3HA 5HE5A 4FAFA 3KM4A 4J17A 2FDDA 3HVPA 1YTIA 1TQFA 4L6BA 4K4QA 5P6OA 4J54A 5P0CA 4UPJA 3RSXA 4GB2A 4K4RA 4DQEA 5HDXA 5OZNA 5P0NA 2QAKA 3BGBA 2PSVA 1YX9A 4HDPA 2R9BA 5KQFA 3UDHA 3INHA 3ZOVA 2ZJHA 3OU4A 5DQ2A 1KJFA 2ZJMA 3INFA 4FRIA 3ZPUA 3VEUA 5KQXA 4Y47A 3PGIA 2NR6A 2FGVA 4Y4TA 4FRSA 4Y53A 5P5KA 2O4LA 3OADA 4ZSMA 3LINA 5P6NA 3CKPA 3OUBA 5OZLA 5P5FA 2BPZA 2PYMA 4RRSA 1FIVA 3NU6A 4J1EA 2PWRA 5P3JA 2QI0A 4CPUA 4Y5AA 3MSLA 3TOGA 4F75A 4PZWA 5P3KA 1K1TA 4DI2A 1LZQA 1B6MA 1GKTA 5P4UA 4APEA 4B1DA 3FKTA 4LAPA 3QI1A 1C6XA 3KDCA 3IVHA 4I12A 3MSJA 1BWAA 1BWBA 2QI6A 2OF0A 1VIJA 2NNPA 2VA5A 3BUHA 1GNOA 1HVRA 4J1HA 4APRE 1E5OE 3GGVA 3EM4A 5P7QA 5JODA 1DP5A 3ZKIA 4I0IA 2OHMA 3O9EA 3UHLA 2QHZA 4I0HA 5OZ6A 2WL0A 5P4JA 5P5TA 5E5KA 3LPKA 3PCZA 3EL1A 5P5VA 3R2FA 2P3CA 5P3GA 1HPOA 1FMBA 3QRMA 1GVTA 5P7TA 4B05A 4DJVA 4ZPGA 1UH9A 2O40A 2QI5A 5P3AA 1MSNA 5P6IA 1D4HA 3NDTA 2P3AA 3UFNA 3UQWA 2VIJA 1HEGE 3SA7A 2PH6A 2VS2A 4FS4A 3EKXA 4FRKA 4Y56A 4DJXA 4IVTA 5P5MA 5P0RA 3LIVA 1W5VA 4L1AB 5OZGA 5P8PA 4DJQA 4BELA 3OGQA 3Q5HA 1A94A 2BJUA 3NU4A 5P60A 3UFLA 1FG8C 4FM7A 2Q3KA 4EXHA 3PMUA 4GIDA 5P07A 1Z1RA 3KMXA 4DJWA 5SY3A 5P32A 4XKXA 1HXBA 2G1NA 3IN4A 2QMGA 1KJGA 4ZSQA 3K5DA 2QMFA 2JJJA 4RYCA 5P4NA 2ZDZA 3INEA 2IEOA 4FAEA 4TRWA 5P84A 3INDA 1META 2R5QA 5P5YA 5P8IA 8HVPA 5P24A 3NUJA 5P67A 4Y9WA 2I4UA 1GVWA 5JG1A 4PZXA 1DMPA 1FG6C 5HE7A 3TOHA 2G1YA 1NPVA 4M8XA 2NPHA 4F76A 2VJ6A 5P2LA 1QBTA 4Y5KA 5HDZA 4K9HA 3VUCA 3LZYA 1HHPA 4CKUA 4OD9B 3U71A 1MT7A 4GJ9A 4BFDA 1K6PA 3OXVA 1TCWA 5P28A 5P5WA 2I0DA 2AOJA 4H3FA 5P5QA 1TSUA 2G27A 1XL5A 4TRZA 3TL9A 5P02A 3NUOA 1YM4A 3GGAA 1K6CA 4Y5MA 5P6SA 5CLMA 3L5CA 4Y4EA 5C9DA 4Y4UA 2MIPA 4EP2A 3OWNA 1EPQE 1LF4A 3MSKA 1SIVA 4QJ6A 2VKMA 1FB7A 1GVVA 5OZWA 2OHUA 2VIEA 5P2AA 3R4BA 3SM1A 1K2CA 5AH8A 4NJTA 4RGHA 2V11C 5P5UA 3OTYA 2PWCA 3BUFA 5P6AA 2ER0E 1QDMA 3L5FA 5P42A 3O9BA 2F3EA 5P7JA 1APWE 4YD5A 1ODXA 4Q1XA 5P1YA 5P7KA 2QNPA 5P5BA 3PWWA 2P3BB 2NXDA 3LIXA 3I8WA 3IAWA 1E82E 5P8UA 2IS0A 5OZMA 5P7ZA 1CZIE 3SA8A 1W6HA 2QHCA 3LZUA 5P3IA 5OZSA 5OYZA 3KFPA 2QI3A 4N00A 4RCFA 5P3DA 5EZZA 5P1VA 4L1AA 5DR4A 5P59A 3OTSA 3T7PA 3BVAA 2FXDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VF7 A;  3PI5 A;  2FIV A;  4MC2 A;  5P05 A;  4OBK A;  1MTR A;  5P8K A;  3CKR A;  5HDU A;  4J55 A;  4X2L A;  1HSI A;  5P8V A;  3ST5 A;  3O9G A;  2EWY A;  3OHH A;  1HSG A;  1Z1H A;  1G35 A;  1T7J A;  1F7A A;  1FGC C;  1U8G A;  1KJH A;  3OU1 B;  5P2V A;  5P5L A;  5P49 A;  2ER7 E;  5P7H A;  3N4L A;  3UPJ A;  3H5B A;  3QAA A;  3BGC A;  3UDR A;  3SA4 A;  2SAM A;  5P4H A;  5P00 A;  5P8O A;  4XX4 A;  3SAB A;  2A1E A;  2HC0 A;  4Y3Q A;  5HCO A;  1RPI A;  5P5A A;  1QBU A;  4WY6 A;  4LHH A;  4U7Q A;  1SBG A;  3VF3 A;  3SA6 A;  2H6S A;  4Y3R A;  1MES A;  3PMY A;  5P51 A;  2ZJN A;  4LXM A;  4R93 A;  4GMI A;  2ZGA A;  3JVY A;  3TLH A;  4ER2 E;  3UTL A;  2UPJ A;  4J0Y A;  4DJO A;  4Y43 A;  2WF1 A;  3BUG A;  2PH8 A;  5P5R A;  1D4Y A;  2PSU A;  5P4O A;  2WED A;  2QI1 A;  6APR E;  1AZ5 A;  5E5J A;  5KQZ A;  5OZU A;  3SPK A;  5P2T A;  2IGX A;  5OZD A;  4J1C A;  1HEF E;  4JEC A;  1B11 A;  5P7W A;  5OZA A;  2RSP A;  3SA3 A;  2FGU A;  5JFU A;  3APP A;  2IKU A;  3S56 A;  3L5D A;  2ER9 E;  5AGZ A;  3EM3 A;  5P38 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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