1FKNA

Structure of beta-secretase complexed with inhibitor
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
391
structure length
391
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure of the protease domain of memapsin 2 (beta-secretase) complexed with inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MEMAPSIN 2
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 103
structure length 391
sequence length 391
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2000-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fknA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fknA02
2BB9A 2R38A 5AH6A 5P2GA 1B5FA 4B1CA 2OHNA 3PM4A 5P5NA 1GVTA 1FQ4A 1PSAA 2ZJIA 1GVWA 5JG1A 2J9JA 2QU3A 3EKVA 4Y56A 2ZJLA 5P34A 3SACA 3KF0A 3LZYA 5TOLA 2IKOA 4R92A 1PSNA 2I4DA 5P0OA 5P8IA 2QNNA 5P6IA 1FF0C 3DV1A 2PK5A 4YOBA 5OZ1A 3OHFA 5OZKA 3BUGA 4J0TA 4TVHA 2PH6A 1LYAB 3K5FA 3OTYA 3S56A 3ZPUA 3HVGA 3O9LA 3WB5A 2IGXA 1G2KA 5P57A 4DQFA 1SIVA 3NXEA 3CIBA 3NDXA 1M43A 5P3TA 5P8CA 4F73A 5HDXA 5P1EA 5P28A 3H0BA 2J9KA 4Y5PA 1HEGE 4MC6A 3RTNA 4DJWA 4J54A 3GI0A 2B42A 2B7ZA 5KOQA 1BVEA 1G0VA 1EC0A 4RVXA 4Y43A 5P7PA 5OZRA 5P2EA 1XN2A 4Y3RA 1PFZA 2PSGA 3L5BA 1MEUA 3Q6YA 4RVJA 5T4SA 5P4LA 3I25A 2IENA 5P19A 4Q1YA 4J0ZA 5OZXA 4APRE 2QZLA 2QI4A 4J0YA 3ER5E 3K1WA 5P5LA 2QNPA 4ACUA 5P6XA 1ZSFA 1APVE 5P59A 2ZJHA 3GW5A 5P86A 3PI0A 1D4IA 1EPNE 4TVGA 5ISKA 4BFBA 3WZ7A 4JP9A 3SA7A 4LXKA 3QPJA 4TRWA 5P15A 5P8OA 4H3JA 3PLDA 1ENTE 5COPA 2ZDZA 1YG9A 2WL0A 2VA5A 4GJ6A 4DJRA 5P08A 3TL9A 3AUPA 4I0GA 4L7GA 4CPTA 1MT9A 5P43A 2QMPA 1HVJA 1NPAA 1PSOE 5APRE 4D83A 4RZ1A 2WECA 4DJQA 1HVRA 5P38A 2G22A 5P5FA 1GNOA 1MT7A 3PLLA 1LZQA 5P6NA 3I8WA 5P2MA 4Y6MA 3JVWA 5P1UA 3EL4A 3QBHA 5P5GA 5P4XA 4CPWA 4I0HA 5BWYA 2HB4A 3QRSA 1W6IA 5P49A 1D4YA 4Y4TA 4ER1E 3VYEA 2AIDA 4GJ5A 5P32A 1ODXA 1OD1A 1IBQA 3TH9A 4ZSPA 3D1ZA 3RVIA 5P6OA 1Q9PA 4FCOA 4XXSA 2V0ZC 2RENA 3KA2A 1A94A 4NPTA 4HVPA 3OADB 2F3EA 4Y48A 1SIPA 1CPIA 1HIIA 1SMRA 5P0JA 5P6RA 3OU4A 2PYNA 1HVKA 5P77A 3IN4A 2FMBA 4CP7A 3PBZA 1SGUA 2AZ8A 3PBDA 5OYUA 5P7TA 2XYEA 4PYVA 5P1WA 1C6XA 3SKFA 2BJUA 1SP5A 5ISJA 1PPLE 1FMUA 5P2BA 1IVPA 3TKGA 3DV5A 5OZ0A 1EBKC 4GIDA 3D1YA 5DR8A 4H3GA 1RV7A 5P6BA 2Q11A 5P4SA 1D4HA 1B6JA 1B5FB 5P0XA 3NSHA 5SY3A 3LIVA 1AAQA 5P62A 3LITA 2OHRA 3T11A 5P29A 2J9JB 2BQVA 2XFIA 5DR7A 5OZGA 1YM2A 3SA8A 2AOCA 1LF3A 1T6EX 1BIMA 5OYYA 4MC2A 1SDVA 1TSUA 4EJLA 2QHZA 5P09A 5I3WA 3INDA 5P11A 4S1GA 4DJPA 5OZ4A 3ZKQA 3ZMGA 5IVTA 5P0FA 2CEJA 3O9LB 5AH8A 2HB3A 4Y5NA 3DUYA 3S45A 5P7EA 1AIDA 5P5PA 2VIZA 5OZ5A 5P3WA 2WF2A 3Q5HA 2IL2A 5HCTA 5P68A 3OOTA 1HPVA 1ME6A 2AVOA 4GJ9A 1PPKE 3L59A 2QZXA 3S54A 6FIVA 3HAWA 4HE9A 2V13A 5P5MA 1YTJA 1ODYA 1Z8CA 1EC2A 5P2WA 5P8QA 2I0DA 5P1LA 5P53A 5P5DA 4JPEA 5P8JA 5HDVA 5P2AA 1FLHA 4GJCA 4GJ7A 3CIDA 1LYBA 3CYXA 4RCFA 3L5CA 3JW2A 4N00A 5P5QA 4ZIPA 3T7PA 2CENA 2QI7A 1PPME 3G72A 1FMBA 3OQDA 3QRMA 2I4VA 2ZHSA 4QJ9A 2VIEA 3UQRA 1IZHA 2QZWA 2ZGAA 1W5YA 5P2JA 1WBMA 4Y39A 3OTSA 3SABA 4GJ8A 2HS2A 4GJAA 1IZDA 1SDTA 4Y4WA 2O4PA 1UPJA 4D88A 1TCWA 4KUPA 5P2YA 5P87A 5P88A 4DQHA 3RU1A 5OZ7A 3VV7A 1NH0A 1IDBA 3OUDA 2AVVA 4PHVA 3K4VC 3NU9A 4WY1A 4FAEA 1BDRA 1A9MA 5P3ZA 4J0VA 2IQGA 5P46A 5P0GA 4K8SA 1AZ5A 3NYGA 3EL5A 3PMUA 3K4VA 4Z2ZA 2QZKA 1HXBA 4LBTA 3VYFA 5DR4A 4DH6A 4Y5AA 4Y53A 5P5AA 3T7XA 3UQPA 1YT9A 5KQFA 3O9FA 3EKXA 1QBSA 1QBRA 5P40A 4L6BA 1N49A 5P2LA 1META 5OZPA 2R3WA 3EKTA 4F75A 5HCOA 1HHPA 5P6EA 3D91A 3INFA 5P4ZA 1AJVA 3OXVA 4PZXA 1B6MA 4I1CA 5P4IA 5P0DA 1EPOE 3GGUA 2FIVA 4NJUA 5P01A 2RMPA 1HIHA 2HB2A 3PEPA 4FAFA 1TQFA 5P44A 3QN8A 3RTHA 6UPJA 3FSMA 3TOGA 3O9HA 3OU4B 3VV8A 4D89A 3R0YA 2R5PA 2AOIA 1NSOA 3OUAA 3LPJA 1GVXA 3L3AA 5JFUA 1IZEA 4EP3A 5OZ6A 5KQYA 1OEWA 4GB2A 4B78A 4RYGA 4YE3A 3S43A 2G27A 5P4WA 2QU2A 3OUBA 2R9BA 4KB9A 3UDKA 3WZ6A 1HBVA 2WHHA 4Y54A 1TW7A 5P1SA 3O9CA 5OZOA 1T3RA 5P6HA 1APWE 5P2CA 2QD8A 1FG8C 3LZVA 2PWRA 2G1RA 5OZWA 5HE7A 1YX9A 5P4RA 1FQ6A 2PWCA 5DR1A 2BPXA 5OYSA 5P6WA 3SM1A 3VYDA 1EBWA 2AODA 2AVQA 2QNQA 5P3IA 1UH8A 1K2BA 1MVPA 4COEA 2NXDA 7UPJA 2ZHRA 3T3CA 3BUFA 4Y5BA 5P58A 3C9XA 3TNEA 5P1QA 5P5VA 2P83A 5KR2A 2V16C 1BXOA 5OZ8A 3PSUA 5P48A 1GVUA 5P8SA 5P2HA 3UPJA 3IXOA 1YM4A 3U6AA 5KAOA 1BVGA 2RSPA 1GVVA 5HDUA 3NDUA 5OZAA 4DQCA 2ZYEA 4WTUA 5P6PA 3PCWA 3OUCA 5P3NA 4LHHA 3OGPA 4Y3YA 3UDYA 4EJ8A 3B7VA 4PEPA 1SMEA 1ZTZA 3QP0A 4DQBA 3SLZA 1LYBB 4FM8A 3UCBA 4QLHA 2QI3A 1ZPAA 5OZSA 4HEGA 5P3SA 3NR6A 4Y3HA 5P8HA 3OQKA 5COOA 5P7DA 3MXEA 5AHAA 3OQ7A 4Y58A 3L5DA 3BVBA 4ZPEA 1CMSA 5P3HA 1UH9A 2QMGA 3EM6A 4RCDA 2P3BA 5P4MA 5AHBA 4CPSA 4NKKA 1B6PA 1MESA 2SAMA 2XFJA 4JECA 5I70A 2QI0A 5P23A 2FDEA 2HM1A 4J55A 2FXEA 1HXWA 5P61A 2R5QA 4B00A 3OUDB 5P10A 4IVTA 2Z4OA 2NNPA 1E82E 1RL8A 4YD5A 3LIZA 4FRJA 3UDQA 3WB4A 4FSEA 5P5EA 4YD6A 4UPJA 5P35A 3G70A 1MT8A 5KR1A 5P80A 3NUJA 4DPIA 5P0MA 4H1EA 4BFDA 4OBDA 5HE5A 4Y3TA 1OHRA 5P22A 5P71A 5DQ4A 5P3VA 5C9BA 3EKPA 4A4QA 3TKWA 3PGIA 2VKMA 4OBGA 4Z4XA 3D1XA 4YDGA 5BRYA 3KFPA 2A1EA 5P4CA 2P4JA 3ECGA 1MERA 3K5GA 3HBOA 5P6DA 5OZCA 5P6KA 1T6GA 2QHCA 1HSGA 1APUE 5P20A 1HRNA 5P50A 1HVSA 1IVQA 2NMZA 1C6YA 4E43A 2BKSA 5P0TA 4YDFA 4Y3AA 2ZHVA 5P56A 3U71A 3DK1A 3SA3A 4FM7A 1FQ7A 4L7HA 4QJ6A 1XL5A 5P7UA 4OBFA 5P0PA 2AOHA 3IVIA 3QI1A 3I7EA 2PQZA 4J5JA 4L7JA 4Y3LA 3FIVA 4I0IA 2CEMA 4K4PA 1ZSRA 5P42A 2QCIA 5EZXA 4DJUA 3S43B 3Q3TA 1EPLE 1HSHA 1QS8A 5DGUA 3S85A 5DPZA 5P7XA 2VS2A 5AGZA 3GI5A 1SDUA 5P05A 2AZBA 1QDMA 5P00A 4Y3EA 4FS4A 5P7GA 1FIVA 2WKZA 3OXXA 5OYXA 4RGHA 4EQ0A 5P8PA 5P89A 3EM3A 3R2FA 3RSVA 4I10A 4R5NA 5P1AA 5P7JA 5OZLA 4Q1NA 1IIQA 4EPJA 5P1JA 3HAUA 3VFBA 2NMYA 3VLBA 4FE6A 1G35A 4TRYA 3QVCA 4OBJA 5P02A 4TRZA 4I12A 5P5KA 5P8NA 4U7VA 3URIA 5P8DA 5DQ1A 4BELA 4ACXA 1B6KA 3OK9A 5P1YA 5AH9A 4DV9A 4CPRA 1FFFC 4DI2A 5P3PA 1DAZC 5P2OA 1HWRA 4FRIA 5P1XA 3BUHA 1HVCA 3PCZA 2I4UA 4YA8A 1BXQA 5P6MA 3EMYA 4DJOA 4MC9A 4YD4A 5OZBA 2WEBA 1EPQE 2WF1A 1ODWA 3T7QA 3APPA 5ER2E 3VCMA 5P3XA 3M9FA 3UQWA 1B6LA 1NPVA 5ER1E 1KJFA 2OHQA 5P5BA 1HPXA 5C9DA 3KFRA 2P3BB 3TPLA 3ZKXA 4ER2E 2ZHUA 5P6SA 1E80E 1WKRA 4DJVA 2H6TA 5P0UA 5P3KA 3UDJA 2HC0A 3INHA 3OGQA 1ZJ7A 1W5WA 3CYWA 4LL3A 3QROA 5P1MA 4Y38A 5P45A 1EBYA 5P5YA 4D8CA 5AH7A 4EXGA 4ZSMA 5P41A 5P78A 3ZLQA 5P4HA 5P6JA 1AXAA 2ER7E 1JLDA 2AOGA 3WZ8A 5P5XA 5P2NA 4Y3PA 1HTGA 3LPIA 2PSUA 4FL8A 2Q3KA 4ZSRA 4Z22A 3D20A 1BBSA 5KR0A 4H3IA 5P0LA 5P6UA 2O4KA 4YD3A 1XDHA 2R8NA 1SH9A 4J1FA 3UDRA 2OHKA 4LXAA 4GJBA 1NPWA 2B8VA 3NWQA 3KDCA 5P1PA 3H5BA 5P12A 1E81E 5P7FA 4YOAA 2FXDA 2OAHA 5P2RA 2G20A 5P7QA 1LF2A 1EBZA 1HOSA 4HZTA 1BWBA 2Q5KA 4Y5MA 4J1EA 1W51A 1XE5A 4B1EA 5P16A 5P1RA 2Q15A 4H3FA 4YHQA 1SBGA 2H6SA 1E5OE 4KE0A 5P7LA 3SPKA 1YTHA 1D4KA 3KYRA 2ER6E 5P2KA 2QAKA 4RLDA 5C9FA 5COKA 3UFLA 5P6GA 1LYWA 2AVMA 4Y35A 1TCXA 4RRNA 4Y3NA 3DOXA 5P84A 1W5XA 2A4FA 2G24A 2VA7A 2XFKA 4Y37A 5OZFA 1DP5A 5P4BA 2WEZA 3NUOA 4NJTA 3EXOA 2I0AA 3N4LA 4Q1WA 4APEA 3FKTA 4FGXA 3FNTA 4U7QA 2VNNA 1Z1HA 1HPOA 3EKWA 4QJ7A 1HEFE 3O99A 4I0DA 5IVSA 1C6ZA 2Q54A 5P3AA 3PWRA 1ZBGA 1HIVA 2PH8A 1MPPA 3MXDA 4Y3XA 3PRSA 3CKRA 4Z50A 3EL1A 5IS4A 3APRE 4CKUA 3KMYA 4Y4GA 5P1KA 5P07A 3VSXA 4ZEAA 5P69A 3LHGA 4JOOA 4XX3A 5P2VA 4EHCA 5P6FA 1LS5A 5CLMA 2ZJMA 5HVPA 3PSYA 5P3OA 3K5DA 2FDPA 2NPHA 4OC6A 4Y3JA 5P73A 4LC7A 2ASIA 3NDWA 3NU5A 3QBFA 2IEOA 3NXNA 1K6CA 5OZ3A 3KM4A 2UXZA 3OXWA 4QJ8A 2AOEA 2G1NA 1D4SA 5P8KA 4PZWA 5P3UA 2QK5A 5P4OA 5HTZA 2PMAA 4Y4BA 4B77A 3SM2A 4OD9A 2F3KA 2Z54A 2IGYA 5F00A 5P4EA 5P2FA 3OOZA 4IVSA 5P31A 4J1KA 5DQCA 4YCKA 1MRXA 3NU4A 2OHPA 4M8XA 4EWOA 2WF4A 2R43A 4JPCA 3B80A 2JJIA 4EP2A 5P8RA 1AJXA 3OXCA 1IDAA 5P0SA 5P72A 5KR8A 4Q1XA 5P7HA 2FNSA 2F8GA 5HD0A 5P82A 3DJKA 1RQ9A 2WJOA 4I0EA 5OZQA 5B18A 5P4DA 2P3DA 3KFNA 5P0BA 3O9GA 2ANLA 5P65A 1KJ7A 3IAWA 4Y3QA 3UFNA 4Y50A 1MRWA 3PSGA 5P0RA 4I11A 1EPRE 3QS1A 5SXNA 2B8LA 4Y3WA 1EAGA 5OZYA 4FM6A 5P1NA 5SZ9A 1PROA 2QMFA 4QJ2A 2OHMA 2NXMA 1DMPA 3GGVA 1FQ5A 3TTPA 5P76A 3OU1A 5JFPA 4HA5A 1K2CA 3S53A 5P0EA 5P4PA 1K1UA 2HPFA 5P1BA 3VUCA 5UPJA 3BHEA 4DVFA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BB9 A;  2R38 A;  5AH6 A;  5P2G A;  1B5F A;  4B1C A;  2OHN A;  3PM4 A;  5P5N A;  1GVT A;  1FQ4 A;  1PSA A;  2ZJI A;  1GVW A;  5JG1 A;  2J9J A;  2QU3 A;  3EKV A;  4Y56 A;  2ZJL A;  5P34 A;  3SAC A;  3KF0 A;  3LZY A;  5TOL A;  2IKO A;  4R92 A;  1PSN A;  2I4D A;  5P0O A;  5P8I A;  2QNN A;  5P6I A;  1FF0 C;  3DV1 A;  2PK5 A;  4YOB A;  5OZ1 A;  3OHF A;  5OZK A;  3BUG A;  4J0T A;  4TVH A;  2PH6 A;  1LYA B;  3K5F A;  3OTY A;  3S56 A;  3ZPU A;  3HVG A;  3O9L A;  3WB5 A;  2IGX A;  1G2K A;  5P57 A;  4DQF A;  1SIV A;  3NXE A;  3CIB A;  3NDX A;  1M43 A;  5P3T A;  5P8C A;  4F73 A;  5HDX A;  5P1E A;  5P28 A;  3H0B A;  2J9K A;  4Y5P A;  1HEG E;  4MC6 A;  3RTN A;  4DJW A;  4J54 A;  3GI0 A;  2B42 A;  2B7Z A;  5KOQ A;  1BVE A;  1G0V A;  1EC0 A;  4RVX A;  4Y43 A;  5P7P A;  5OZR A;  5P2E A;  1XN2 A;  4Y3R A;  1PFZ A;  2PSG A;  3L5B A;  1MEU A;  3Q6Y A;  4RVJ A;  5T4S A;  5P4L A;  3I25 A;  2IEN A;  5P19 A;  4Q1Y A;  4J0Z A;  5OZX A;  4APR E;  2QZL A;  2QI4 A;  4J0Y A;  3ER5 E;  3K1W A;  5P5L A;  2QNP A;  4ACU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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