1FMBA

Eiav protease complexed with the inhibitor hby-793
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
104
structure length
104
Chain Sequence
VTYNLEKRPTTIVLINDTPLNVLLDTGADTSVLTTAHYNRLKYRGRKYQGTGIGGVGGNVETFSTPVTIKKKGRHIKTRMLVADIPVTILGRDILQDLGAKLVL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of equine infectious anemia virus proteinase complexed with an inhibitor.
pubmed rcsb
molecule keywords EIAV PROTEASE
molecule tags Hydrolase (acid proteinase)
source organism Equine infectious anemia virus
total genus 22
structure length 104
sequence length 104
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fmbA00
5P03A 1MRWA 3UHLA 1TQFA 4GJ5A 5COOA 3S7MA 5P2GA 3JVYA 4Y54A 4TRZA 3HBOA 3D3TA 1CMSA 2IQGA 5P3SA 5P6OA 5P4FA 5DR7A 5OZWA 4RVXA 2B8VA 3I25A 3MSJA 2VJ7A 4Y3WA 1YTIA 4HDBA 3TPLA 3ZMGA 5P6CA 4LL3A 2AZBA 5JODA 2P8HA 5P56A 1B6JA 4HA5A 5P6IA 4I0GA 5P0WA 1SDVA 3SA6A 5P80A 5P15A 4EPJA 4DJPA 1YTHA 4AMTA 1M4HA 5P40A 3LZYA 5P1YA 2RMPA 3CKTA 5EZZA 5P06A 1SBGA 2VA7A 4J0TA 3JVWA 1YM4A 5I3WA 1OHRA 2B42A 4FM6A 3KM4A 3EXOA 1APVE 5HE7A 4J1FA 5P5GA 2P83A 5P0PA 1LZQA 4OD9B 5P13A 4B0QA 5P26A 4H3IA 3IXOA 1QBTA 3IVIA 4DV9A 2BQVA 4TVHA 5P4PA 2NPHA 5P88A 1UH9A 5P2QA 5OYWA 1PPKE 1ME6A 1MSMA 2IGYA 4NJTA 5OZ6A 4D8CA 1XN3A 1K6TA 1U8GA 2NXDA 3OXVA 4I12A 2RSPA 2PWCA 4OBDA 4DH6A 1ZAPA 3KFRA 5BWYA 3ZKXA 1NPVA 2FDPA 3RSVA 2QAKA 5P6DA 3PBZA 5OZTA 5P43A 3TH9A 2PH8A 5P4YA 3UF3A 2AZ8A 3KFPA 4A6BA 1BDLA 4GMIA 2AVQA 5P55A 1JLDA 4KE0A 4H3GA 5HCTA 3KDCA 2OHUA 2QMPA 4PHVA 5P1FA 5P1VA 1NH0A 2WEBA 5OZOA 2ZJJA 4F75A 4Y4AA 2QMFA 2G1NA 5OZCA 4YOAA 1PSNA 5P1BA 5P3YA 2V00A 2QCIA 4Y5KA 1RNEA 3OQFA 1ZTZA 4LBTA 1MTBA 2P3BB 3VYFA 4YBFA 2HAHA 2ZHRA 3L3AA 5P0HA 5P0XA 4PPHA 1FFIC 3SM2A 3GGUA 3NU3A 4QJ6A 4ACXA 4I10A 1AVFA 3BUHA 1TCWA 4ZSPA 5P7RA 3LNKA 2NXLA 1B6LA 2B60A 2AZCA 1MIQA 5P58A 4B1CA 5P5SA 4Z50A 4B72A 2VA6A 3VYDA 4L7HA 3G6ZA 2NMZA 5P6ZA 4R91A 3SAAA 5P73A 1Z8CA 3S2OA 1A8KA 4F74A 5E5JA 2HPFA 1FG6C 1HRNA 5HDVA 5AGZA 5HCOA 4DJUA 5KOQA 3OUDA 3FKTA 4CPUA 2J9JB 5P2XA 3CKPA 4WY6A 2H6SA 1LF4A 5P49A 2BJUA 5OZZA 4TRYA 1BXQA 1D4JA 2O4SA 4FM8A 5P1ZA 5P09A 1B6PA 5P34A 2FIVA 1MESA 3QN8A 5P8HA 2QHCA 2I0DA 5AHAA 5P4TA 5DGUA 4NPUA 1WBKA 3QROA 4HEGA 5P5KA 5P51A 2NTRA 2ZJKA 2R9BA 5P59A 5OZYA 1QDMA 2PYNA 3IA9A 5P4DA 5SY2A 3ZKIA 4CPXA 2Z4OA 4K4QA 3TNEA 5P75A 3BUGA 2HS1A 4FRSA 3OQDA 1RV7A 2F81A 1EAGA 1FGCC 4EXGA 5P8NA 5DR8A 2QU2A 1HTRB 2BPVA 1KJ4A 2G69A 3OQ7A 4Y5NA 5P7LA 5P3WA 4Y3QA 5P1KA 3BGBA 4CPRA 4DFGA 3HDKA 5P2HA 4Y38A 3MSKA 4K9HA 3EKTA 8HVPA 2FGUA 5P0OA 2VIEA 3NU9A 1SP5A 5P7PA 4K4PA 5ER1E 5P7XA 1SDTA 3UDKA 2WHHA 1HOSA 4U7VA 5HE5A 3TPRA 4FE6A 5P2TA 4J0ZA 4QGIA 3O9EA 5C9DA 3EKPA 3OUCA 5P3IA 4EYRA 2R5PA 3VV6A 3UCBA 1LYWA 1HEGE 5P5CA 3FSMA 1GVTA 1EC3A 5P0LA 4Y39A 1UH7A 2I4VA 5P3GA 3T7XA 3DK1A 1QRPE 5P3BA 5P0FA 1E82E 1KJHA 4AA9A 5P02A 4QJ2A 2OHRA 2F3KA 1HIHA 2V0ZC 2XFIA 5P54A 1SIVA 5COKA 5DR3A 5P2LA 5P61A 3WZ8A 2G1RA 5IE1A 1J71A 3OGPA 3UQWA 1TSQA 3QIHA 1SGUA 3OU4B 3O9AA 3S8IA 4RVJA 1IZIA 5KR8A 4OC6B 3PWMA 4OBZB 1IZHA 3K5DA 5P68A 1T7KA 4ZE6A 2P4JA 5F00A 2FS4A 5P0JA 5P6LA 2ER6E 4FRJA 1LYBA 3K5FA 1AIDA 3TTPA 3VYEA 3CIBA 1G6LA 4Y45A 3BVAA 5CONA 5P33A 5P2UA 1D4KA 4Y57A 2I4DA 4RLDA 5P4MA 1IVQA 5HU0A 4Y41A 2PC0A 4Y3JA 2JE4A 3R1GB 5P72A 3KMYA 4S1GA 3ECGA 5P2VA 4LXKA 4Y43A 5OZFA 1GNMA 1YM2A 5P5JA 3OUAA 4RCDA 4OBFA 3S43B 3I7EA 3VCMA 4EXHA 3VF7A 5OZMA 9HVPA 1IDAA 3Q6YA 5OZQA 4YD3A 1A94A 2VKMA 5P38A 2OHKA 2NR6A 2R5QA 3OU1A 5P5XA 2JYSA 5P1JA 2HC0A 1DAZC 5P5FA 3T6IA 4I0DA 3O9LA 5P2YA 1NPAA 3QPJA 1ER8E 5P6NA 5P7CA 4GB2A 5OZLA 3L5BA 2FXEA 2MIPA 4DQFA 5P4SA 3PM4A 5P65A 5KR1A 5P1WA 1GVVA 4DJWA 5P7BA 5P4HA 5P69A 3QRVA 5P6XA 1FEJC 5P5EA 4GJ6A 1HSHA 1EPQE 5P0MA 2BKSA 2WKZA 3PB5A 1XN2A 5P5TA 5P71A 5P77A 5OYYA 2PH6A 3SA3A 3MXEA 4Y35A 3KN0A 2R38A 3LZVA 4RROA 1DIFA 5DR0A 4NKKA 2PWRA 5P8KA 5P08A 2A1EA 4DJVA 3OHFA 5P0NA 1LV1A 4GZFA 3QBHA 2IGXA 3NU5A 4Y50A 1GNNA 3VF3A 4GJ9A 4Q1NA 3BXSA 1HEFE 3K4VA 3Q70A 5P14A 3LIZA 3T7QA 4DQEA 2JJJA 5P0UA 4PEPA 3RU1A 4CMSA 3BHEA 5P2CA 4Y51A 4Y5CA 5P39A 5P52A 1ODWA 5P7SA 5OZRA 4RZ1A 3ER5E 3CYWA 5P6HA 4I8ZA 5P5VA 1HPSA 5KQFA 3PGIA 1C70A 7UPJA 3ZKQA 5P4JA 5P7AA 5IVQA 5P7VA 5IS4A 5DQ2A 4H3JA 1AZ5A 5HE4A 1E81E 5DQ1A 4Y5EA 5P85A 2AVOA 1BVGA 3TOGA 5I3YA 4J1IA 4Y5PA 4OBHA 3PI5A 4Y5GA 3O99A 2AVMA 4RYCA 5JG1A 1TCXA 1MT7A 5P0ZA 4B05A 3S7LA 5P4NA 1MRXA 3HD8A 3PWRA 1YG9A 4JPCA 5OYSA 2QNQA 1EC2A 3OUBA 5PEPA 2QU3A 5P7NA 4Y3SA 2RKGA 3UDNA 1TZSA 5P78A 5J25A 2JXRA 2VA5A 5P67A 4TRWA 3FNSA 4Y5AA 2O4LA 3OXWA 1NPWA 5P5PA 5P3KA 3UDHA 5APRE 3O9HA 3EKWA 3OOTA 4HE9A 4HDFA 5P4KA 3SA4A 1B5FB 5P7UA 5P18A 1BAIA 2CENA 5P6BA 4I8WA 5P79A 1APWE 2P3CA 4NJVA 4YD7A 2B8LA 3OGQA 5KR2A 4RYGA 2I4UA 3PVKA 5SZ9A 3HVGA 5KQYA 2A4FA 5P7TA 2QZXA 1HVRA 2AOHA 1EBWA 2SAMA 3BC4A 1ZSRA 2ASIA 3QRSA 5P4XA 2PK5A 1EPRE 5DR4A 5P22A 4GJDA 1MSNA 4JOOA 1GVWA 5P2FA 5P6GA 4DQHA 5P7YA 2HIZA 3MXDA 4UPJA 5P74A 5P3DA 1YTGA 1BIMA 1OEXA 1FIVA 4Q5MA 2G21A 3TOFA 5AH7A 1RPIA 1FMBA 3OTSA 1T3RA 2BKTA 5P42A 3VEUA 2XFKA 2O4KA 3LPIA 4FM7A 4FRKA 3SA5A 2P3BA 3B7VA 1ENTE 3LIQA 4RGHA 4YHQA 2ZJIA 5P8CA 1C6YA 1HTEA 2ZHTA 4FRIA 2WL0A 5P81A 4APRE 5P0SA 1N49A 2BPWA 3LIVA 4PZXA 5OYRA 4FSLA 4U8WA 3T11A 1XDHA 4D85A 5ENKA 5P6FA 2V13A 4YCYA 4J1KA 2I4WA 3NDTA 5HDXA 2QD8A 1EBKC 3OOZA 5AHBA 3TLHA 4HDPA 4ER2E 4QJ9A 2G22A 1G0VA 3SA9A 1QBRA 1AM5A 2J9JA 2F80A 4YE3A 4K4RA 2NXMA 5OZ5A 1W50A 3PEPA 5IVRA 4EP2A 5P50A 1HVLA 3I8WA 5P1QA 3F9QA 3PCWA 4KB9A 3SQFA 3FX5A 5P0DA 2HS2A 1Z1HA 4YD6A 5P2DA 2QHZA 5P0TA 2G20A 4Y3ZA 5KQZA 3QI1A 2ANLA 5OZKA 3KF0A 5P6UA 4YOBA 4FAFA 2XYFA 3QAAA 2CEMA 1LYAB 3PLDA 3WZ6A 4J1EA 4BFDA 4PYVA 2OHLA 2QNNA 5P0YA 3KFSA 1F7AA 3EKXA 5P5LA 4CPWA 5CLMA 1KJ7A 3HZCA 3UDQA 1A8GA 1B6MA 2HB2A 5P4QA 2EWYA 5OZNA 5P6YA 2AOJA 4FCOA 5KOSA 2ZJLA 1MTRA 4Y4ZA 3O9CA 3D1YA 4CPQA 5OZ8A 3NWXA 5P0QA 5P4OA 5P84A 5P8VA 5OYUA 5P2IA 2OF0A 3OU3A 3PJ6A 3Q4BA 4YDGA 5P3CA 2VNNA 3APRE 4XX3A 1SMRA 1T7IA 2OHQA 5P3LA 1FQ5A 5C9FA 3L38A 1TSUA 4Y3PA 4J0PA 2G26A 3GGXA 4ZPFA 3O9GA 1XE6A 1XS7D 4M8XA 2IS0A 4I0FA 5DGWA 5P8PA 2ZJMA 1ODYA 5P3TA 4LC7A 3UTLA 2G1YA 3ZL7A 5KQXA 2QI4A 5P86A 2IENA 4EWOA 2VJ9A 2G1OA 5P1SA 3UDJA 1FF0C 4H1EA 1IVPA 1EBYA 3Q3TA 4J1HA 1D4LA 2G24A 3EL0A 5P25A 5P17A 3OUDB 2HM1A 5P5QA 1WBMA 5ISKA 3WSJA 5P00A 5P7QA 1BXOA 1E5OE 3K4VC 2FXDA 3UPJA 3K5CA 3ZKMA 5P5AA 5BRYA 4GIDA 3UQRA 5P7IA 1FQ7A 5P5YA 3ZPSA 4DVFA 5P1XA 4Y56A 4BELA 1RL8A 2V10C 2B7FA 3NU6A 1MT8A 2BBBA 1MT9A 2IRZA 5P6JA 4DJRA 5P12A 1T7JA 2O40A 5OZ9A 1D4HA 4I0HA 4GJ7A 3NYGA 4A6CA 5P7ZA 2R3WA 2R43A 3BXRA 3EMYA 4GJ8A 5OZPA 3RVIA 4A4QA 5OZ4A 5P3JA 4Y3HA 3S85A 2XFJA 4Y4BA 3SA8A 2PSGA 4J17A 3L5CA 1EBZA 5F01A 3IVHA 5P5HA 5OYTA 1C6ZA 5P76A 5OYVA 4Y3EA 4I11A 3OY4A 3EKQA 3S43A 5P2KA 2QI6A 3VFBA 3LIXA 5P19A 5P47A 1D4IA 1ZP8A 3DOXA 4ZPGA 3PWWA 3ZKNA 4Y48A 3AUPA 5P3PA 5P1CA 1KZKA 4FGXA 2VIZA 5I3VA 2WJOA 4DPFA 2QI7A 2FNTA 4FSEA 3HAWA 1LF2A 3UQUA 4Y3YA 4RCFA 5P2OA 3CMSA 3GW5A 4DUSA 2XYEA 2WF1A 3IGBA 1FQ4A 3SKFA 3LPKA 2HB4A 4L1AA 3VLAA 5P1NA 2QD7A 5P1LA 1FMUA 3EL4A 1AAQA 4XX4A 1K2CA 4Q1WA 5OZAA 3NSHA 1LYWB 3LZUA 4GYEA 2V11C 1SDUA 5OZHA 1APUE 3GI6A 5P5BA 2WEZA 5I3XA 2NMYA 1EPME 5P6KA 4Y36A 2HB3A 1AJVA 3INFA 5P01A 4F73A 2P3AA 3LINA 3FIVA 3U71A 5OZGA 4NJUA 5P2WA 3MWSA 5HU1A 5P2EA 3BVBA 1W6HA 5OZ3A 5P8LA 1MVPA 5P44A 5JFPA 2QK5A 5AHCA 4YD5A 2QZLA 1SGZA 2JJIA 6APRE 3I6OA 4DI2A 1D4YA 5T4SA 4OBJA 5P2ZA 5UPJA 4MC2A 3L59A 3IN3A 3O9FA 4J0VA 3VSWA 3OADB 1QBUA 3K1WA 1ZBGA 5P4BA 4FL8A 5HD0A 5AH6A 3NDWA 4I1CA 4APEA 3OAGB 4R5NA 2G27A 1YX9A 2Q5KA 4N00A 1IBQA 3CICA 1K2BA 1C6XA 4J5JA 1YT9A 5P53A 4WY1A 1GVXA 4DJYA 3L58A 5P3AA 4R93A 4Y5MA 1EPOE 2OHNA 5P8RA 4COEA 1EPPE 5P1TA 2QI1A 4RVIA 1A30A 1GNOA 3QS1A 1IIQA 1HVSA 3G70A 5AH9A 5P0GA 4D89A 3OQAA 5P4EA 3VFAA 1MUIA 1MEUA 5P4UA 2FGVA 4LXAA 1CZIE 3FNUA 3RTMA 5P3RA 2VNMA 2OHMA 5OZUA 5P35A 1ZJ7A 1ZPKA 2QI5A 5P7HA 4LHHA 5P32A 4EHCA 4LP9A 5P0AA 1HVCA 5P2NA 5P7FA 4L7GA 4D83A 4EP3A 1HVKA 3DUYA 3O9LB 3HW1A 3Q5HA 5DQ4A 1PPME 1BDQA 4EQ0A 1HHPA 5P66A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P03 A;  1MRW A;  3UHL A;  1TQF A;  4GJ5 A;  5COO A;  3S7M A;  5P2G A;  3JVY A;  4Y54 A;  4TRZ A;  3HBO A;  3D3T A;  1CMS A;  2IQG A;  5P3S A;  5P6O A;  5P4F A;  5DR7 A;  5OZW A;  4RVX A;  2B8V A;  3I25 A;  3MSJ A;  2VJ7 A;  4Y3W A;  1YTI A;  4HDB A;  3TPL A;  3ZMG A;  5P6C A;  4LL3 A;  2AZB A;  5JOD A;  2P8H A;  5P56 A;  1B6J A;  4HA5 A;  5P6I A;  4I0G A;  5P0W A;  1SDV A;  3SA6 A;  5P80 A;  5P15 A;  4EPJ A;  4DJP A;  1YTH A;  4AMT A;  1M4H A;  5P40 A;  3LZY A;  5P1Y A;  2RMP A;  3CKT A;  5EZZ A;  5P06 A;  1SBG A;  2VA7 A;  4J0T A;  3JVW A;  1YM4 A;  5I3W A;  1OHR A;  2B42 A;  4FM6 A;  3KM4 A;  3EXO A;  1APV E;  5HE7 A;  4J1F A;  5P5G A;  2P83 A;  5P0P A;  1LZQ A;  4OD9 B;  5P13 A;  4B0Q A;  5P26 A;  4H3I A;  3IXO A;  1QBT A;  3IVI A;  4DV9 A;  2BQV A;  4TVH A;  5P4P A;  2NPH A;  5P88 A;  1UH9 A;  5P2Q A;  5OYW A;  1PPK E;  1ME6 A;  1MSM A;  2IGY A;  4NJT A;  5OZ6 A;  4D8C A;  1XN3 A;  1K6T A;  1U8G A;  2NXD A;  3OXV A;  4I12 A;  2RSP A;  2PWC A;  4OBD A;  4DH6 A;  1ZAP A;  3KFR A;  5BWY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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