1FMUA

Structure of native proteinase a in p3221 space group.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
329
structure length
322
Chain Sequence
GGHDVPLTNYLNAQYYTDITLGTPPQNFKVILDTGSSNLWVPSNECGSLACFLHSKYDHEASSSYKANGTEFAIQYGTGSLEGYISQDTLSIGDLTIPKQDFAEATSEPGLTFAFGKFDGILGLGYDTISVDKVVPPFYNAIQQDLLDEKRFAFYLGDTSKDGEATFGGIDESKFKGDITWLPVRRKAYWEVKFEGIGLGDEYAELESHGAAIDTGTSLITLPSGLAEMINAEIGAKKGQYTLDCNTRDNLPDLIFNFNGYNFTIGPYDYTLEVSGSCISAITPMDFPEPVGPLAIVGDAFLRKYYSIYDLGNNAVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title An unusual orientation for Tyr75 in the active site of the aspartic proteinase from Saccharomyces cerevisiae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SACCHAROPEPSIN
total genus 86
structure length 322
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.25: Saccharopepsin.
pdb deposition date 2000-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fmuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fmuA02
3S85A 2PH6A 4ZSRA 1D4LA 2V16C 3PI5A 2WEAA 3EC0A 5P87A 4I8ZA 5P1ZA 3SM1A 5HU1A 5P3KA 5P4WA 4BFDA 4YCTA 4Y51A 5P6OA 4DJPA 5AH9A 1A94A 1TCWA 1PPLE 3TL9A 3DCKA 3EL0A 1BDLA 1KJGA 2P3BA 3PJ6A 5IVTA 1CZIE 2VNMA 5P17A 5P5JA 4J1CA 5P5RA 1B6LA 1RNEA 5ER1E 2RKFA 5P2HA 3VFAA 3GI5A 3LNKA 2PSUA 2ZYEA 3ECGA 5P0QA 3UCBA 2AQUA 3APRE 5DPZA 2OHTA 3O9DA 3T7XA 3INEA 5P7WA 1GVTA 1KJ7A 2O4KA 1W5XA 2Q5KA 5ENKA 4ZLSA 4AUCA 2ZJIA 5DR0A 4Y4ZA 2OHSA 3NDXA 1APWE 5OYXA 5KR2A 1IBQA 5AH6A 3PM4A 5P3VA 5P5GA 4DPIA 2PYNA 5P3GA 1ZTZA 2QU2A 4Q1NA 3ZOVA 4LXMA 4Y3RA 2BPXA 3NXEA 5P00A 3IN4A 3VG1A 3UF3A 3Q4BA 4YA8A 4U7VA 3HVPA 4GJ5A 1LEEA 2I0AA 4HVPA 2RENA 4CKUA 3T3CA 1D4KA 6APRE 1D4HA 1FEJC 5P16A 3OU4A 2R5PA 4ER2E 3FKTA 4RRSA 3LPIA 4YOBA 5P0JA 4LBTA 2FGUA 5P50A 2UPJA 4A6CA 3EL5A 2QHZA 3LIXA 3VCMA 3EKWA 4QJ7A 5P7TA 3VYEA 2ZJMA 3KT2A 2QZKA 5P4TA 4CPXA 4N00A 4D8CA 2QMGA 4R5NA 2MIPA 5P23A 3NR6A 3UDNA 4YBIA 5P07A 5P24A 4Q5MA 3D1XA 1IZIA 3NUOA 3PCWA 4QJ9A 4Y3XA 3VF5A 1PSOE 1C6XA 4ZIPA 5APRE 3MWSA 5P11A 2AZCA 5P7ZA 5P3FA 4CPQA 1DPJA 5ISJA 4D88A 3PI0A 4OBDA 1EEDP 2G1RA 4Y4AA 3G70A 2F3EA 1ZPKA 3RU1A 3PSGA 5P5MA 1MPPA 4I0DA 3I7EA 5P1EA 5P2CA 2ZDZA 3VYFA 1YM2A 2QI1A 1G0VA 5P88A 4OBHA 5IS4A 2ZJKA 4PZWA 3SAAA 3EMYA 4IVTA 1EBKC 5P5KA 1GKTA 5OZ2A 4DQEA 1EPPE 2F81A 4Y3EA 5DR7A 3NXNA 1ZPAA 2Z54A 4Y3ZA 5P3MA 4E43A 4EQJA 5P5LA 1ZSRA 4F75A 4QGIA 1AM5A 2WEZA 4B05A 4FSLA 5P0NA 3EKPA 1HSGA 3ER3E 1B6PA 5P2FA 3PVKA 1LYWB 2NMYA 4H3JA 4CPWA 3GGAA 5P7HA 4WTUA 3G6ZA 4J5JA 5P6ZA 4DJOA 4R93A 2AIDA 5P49A 2IS0A 4I12A 1DAZC 3BRAA 2WF2A 5P0PA 1W6IA 5KR8A 2B8LA 3ZKGA 2QI7A 4CPRA 5HE5A 4L6BA 1TW7A 2NXLA 5P5NA 3IN3A 4YD3A 3DK1A 2JJIA 1LS5A 4AMTA 5IVSA 2NXMA 4Y47A 3PB5A 3UFNA 4Y58A 3PLLA 1FMUA 1G35A 5HDZA 3K5DA 3K1WA 4DJQA 1FF0C 4Z2ZA 3C9XA 3JVYA 5P8IA 3FSMA 2QD6A 2O4SA 1K1TA 4DJYA 3L3AA 5P4IA 2NR6A 3CMSA 5P81A 1EPOE 3BHEA 5P8CA 5P40A 3EM6A 5P3HA 4CMSA 3QVCA 1W5WA 2G1SA 2ZJNA 2G94A 5P45A 2JJJA 5P05A 4KE1A 2ZJHA 3IVIA 3N4LA 4JECA 4FGXA 3VV8A 3PMUA 4NPTA 3KFNA 1PROA 3KYRA 1IVPA 5P3BA 4APEA 2JXRA 4LXKA 5P7LA 1EPQE 5I3WA 5P86A 4FCOA 5P84A 1XL5A 1M0BA 1SIPA 5KAOA 2XFJA 5OZ1A 4Y4GA 5P6YA 4OD9B 5CLMA 5P09A 2IKUA 4OBKA 5AGZA 1K6PA 5P6MA 1K2BA 1HVIA 3FV3A 5P01A 4GJ9A 4TRZA 5P3XA 2I1AA 3NDUA 3ER5E 4HA5A 2B7FA 1SIVA 5P0OA 3EL1A 5P0YA 3N3IA 1EC3A 2Q64A 5P6GA 1BDRA 2FDEA 1FIVA 1LV1A 3UDPA 3L59A 3PBDA 5P4XA 3SACA 4ER4E 2WF4A 4J17A 3O9FA 5P8EA 2APRA 2I0DA 4Y3GA 4ZSQA 5P4SA 5P72A 1FKNA 5BWYA 3LZSA 5P54A 5P43A 1PSAA 1SDUA 4DUSA 5OZ6A 5DQ1A 4I8WA 3PMYA 2QP8A 1Z1RA 2PQZA 4M8YA 3F9QA 3IGBA 4U7QA 3FX5A 5P25A 2VJ6A 5P3ZA 5ISKA 3UDKA 3SKFA 5P8DA 4YD5A 5P6KA 1ZSFA 2AZ8A 4KB9A 2R38A 4EWOA 5P13A 5COOA 4MC2A 3IXOA 4YD7A 2OHPA 4BEKA 3TTPA 5P20A 1BWBA 1SH9A 3DV1A 2UXZA 4J1EA 3BXRA 5SXNA 2PMAA 5P8MA 5TOLA 1OEXA 5OZCA 2VA7A 3KMYA 1VIKA 3UDRA 3PGIA 3RTMA 4Z4XA 5P37A 1FGCC 5COKA 3NSHA 2RKGA 2WEDA 1MUIA 4ACUA 2XYEA 3PWWA 2VA5A 2IEOA 3OQKA 3L58A 5I3XA 5P6DA 5P0XA 5P80A 1PFZA 1MERA 5P1DA 3OQDA 5P2DA 3GGVA 5P2RA 2AVMA 2QMPA 3RSVA 5P63A 1Z1HA 5F00A 2WJOA 4AA9A 5AH7A 3ZPSA 3HZCA 5JG1A 5P3QA 2P3AA 3KMXA 2ER6E 5P28A 3OU1A 5OZRA 4KE0A 3I8WA 5P2EA 5P2QA 1CPIA 1LYAB 2AZ9A 3OOTA 5P8BA 2P8HA 3VLAA 4FS4A 4JPEA 1QBRA 4I0EA 4BFBA 4DQFA 7UPJA 1BXOA 5P1YA 5P2VA 3INFA 5OZGA 3PBZA 3VSWA 3HBOA 1OD1A 5P4LA 2O4LA 4ACXA 1PPME 4JP9A 4HLAA 4JPCA 5P6RA 5P8LA 2G1NA 4X2LA 1FB7A 2VIZA 1FG8C 2BBBA 5HDVA 3QPJA 3OHHA 3PSUA 3S43B 5P3SA 3KA2A 5P51A 5P4UA 1W6HA 4GYEA 3NU5A 2QD8A 4Y5MA 4B00A 2G1OA 2I4QA 1RQ9A 4FAEA 5P61A 3VSXA 2IRZA 5P04A 4ZEAA 3S56A 1HPVA 3ZMGA 2J9JB 1LYBB 5HCTA 3T6IA 5P76A 3R0WA 1LZQA 1MIQA 1BVGA 1EPME 3U6AA 5P58A 4XX3A 5P6FA 3OUDA 5P0GA 5P4QA 5P5BA 5P7JA 5PEPA 4Y5BA 1AXAA 5P7VA 1AJXA 2Z4OA 4IVSA 5OZLA 1MT8A 3KF0A 1M4HA 1HIVA 4F76A 1B6JA 1GNMA 2QAKA 1YG9A 5KQXA 1BBSA 2RMPA 5P0LA 3VF3A 3ZPUA 3TOGA 2QMFA 3IVHA 2PSGA 4L7JA 4YE3A 3DUYA 4QJ6A 4DVFA 2RSPA 4FM6A 1FQXA 3S43A 5P68A 2IGXA 1XE5A 5OZPA 4RVIA 5P2JA 4DJRA 5J25A 1Z8CA 4H3FA 1K6VA 3RSXA 1MTRA 4FRJA 4J54A 4TRYA 1T6EX 5P8JA 1QDMA 2NXDA 1AVFA 3ZKNA 3TOFA 2J9JA 3NDTA 3UDQA 5JFUA 2WHHA 2QNQA 4Y5EA 1TZSA 3EKTA 5BS4A 3RTHA 3LPKA 4EXHA 2ER0E 2VJ7A 4RROA 5OZ9A 5SY2A 2IQGA 1BWAA 1MT9A 4Y53A 4Y4EA 3NU9A 2AOGA 3UQWA 5P2YA 1EBZA 3LITA 4Y5GA 3BVAA 2AOFA 2R5QA 2G22A 4UPJA 2FMBA 4Y4BA 4NPUA 1MTBA 2G24A 4CPSA 3NWXA 2O40A 3S54A 1E82E 5OYUA 2P3DA 1U8GA 1YTJA 5OZFA 1W5YA 4H3GA 4CPUA 3O9AA 1TSUA 2ZE1A 3KFSA 4L1AB 2BQVA 3T7QA 3O9IA 4ER1E 1K6TA 1BIMA 3FNTA 5COPA 4EQ0A 5P7YA 2OHKA 1UH8A 4F74A 5P6JA 2VA6A 3SPKA 8HVPA 4J0YA 5DQCA 5P5WA 5OZOA 4OBZB 1XN2A 5P67A 1XN3A 4MC6A 1HVLA 5P6CA 3K4VC 3EKXA 4DJXA 2G21A 2HS1A 5P31A 2HAHA 1D4JA 1QBUA 1HIIA 2QZXA 3NDWA 4FL8A 2QHCA 2R3WA 4K4QA 2CENA 1DW6C 5OZBA 3TPPA 5P83A 5P3AA 3S7LA 3LPJA 5P5SA 5P6BA 5OZTA 3UDHA 4MC9A 5P3UA 9HVPA 4Y9WA 3CICA 5P30A 4I0JA 3IXKA 3OXVA 2B8VA 4Y3SA 3H0BA 4EP3A 1VIJA 4Y3MA 4DQHA 3INHA 1YTIA 2WKZA 5P2NA 5E5JA 4J1KA 1HSIA 5UPJA 1FG6C 4XX4A 5P6QA 3WZ6A 5P8SA 1HWRA 5OZ7A 1EBYA 1FQ6A 3EM4A 5HDUA 3T11A 3EBZA 3UTLA 1IZDA 5P0FA 1META 4D89A 4J1IA 1B6MA 4U8WA 1G6LA 2CEJA 3KT5A 4TVHA 4A4QA 1J71A 5OYRA 1F7AA 2P3CA 3BUHA 3ST5A 3JW2A 4HDPA 3L5CA 4Y3LA 4QJ8A 5P4PA 3TLHA 5P5DA 4I1CA 2ZHTA 4Y5LA 1HEGE 1BXQA 3QRSA 5P7MA 5KOQA 4ZSMA 1T7KA 4ZPGA 2AOJA 5P14A 2R3TA 3VUCA 3OTSA 2Q63A 5P62A 5P7XA 2IKOA 5SZ9A 4Y4WA 3VV7A 5P74A 3CYXA 1OEWA 2ER9E 2WEBA 3KFPA 1MSMA 3LZVA 4J55A 5P41A 5P7AA 2QI5A 4NJVA 3GGXA 3ZL7A 5P8NA 1GVXA 1LF2A 5C9DA 5P85A 4ZPFA 3SA8A 4NJTA 3SO9A 5BRYA 1EBWA 1KZKA 3OOZA 5HE4A 3QAAA 5P82A 4J1FA 5P7UA 2FNSA 4EXGA 3UFLA 4J1HA 5DR1A 4EJLA 5P2BA 1RL8A 2PYMA 5P4MA 1HSHA 5HU0A 5P2OA 2PWCA 5P2LA 1HOSA 4XXSA 5P0CA 1T7JA 3NLSA 2XFIA 3EKVA 3O9LB 4NJUA 4PZXA 3GI6A 5P0BA 1SBGA 4I11A 1A8GA 3TNEA 4Y38A 5OZIA 2OHQA 2VS2A 3TH9A 3NU6A 5KR0A 4JOOA 2PC0A 5ENMA 3MSKA 4I0ZA 5DQ2A 4CPTA 5P0VA 1ZBGA 1LYWA 2UY0A 2ASIA 4R8YA 4EJDA 5P0SA 5OZ4A 4OBJA 2G27A 1UPJA 4Y4DA 4LL3A 4ZSPA 5P7DA 4FSEA 5P26A 5P65A 5P7IA 5OZYA 3TPRA 3L5FA 3NU3A 1NH0A 1QBTA 5P42A 4RZ1A 5P1MA 5P3NA 4OC6B 1AIDA 5P4GA 4LP9A 5OZKA 5OZVA 3R2FA 4FM7A 3PHVA 3K5CA 4RVJA 5P4KA 5IE1A 4FM8A 3UQXA 1EC1A 3K4VA 3TKWA 1HHPA 5OZMA 3K5FA 1APUE 3SA7A 4Y5NA 2NTRA 1APVE 1MESA 3OAGB 1PSNA 1HVHA 3ZKIA 5P4EA 3QIHA 5EZXA 2WF0A 2ZHRA 4R91A 1HVJA 2QI4A 1IZHA 5P18A 2XYFA 5P6HA 3BUGA 2ANLA 5P1OA 4GJBA 4Y57A 4Y6MA 3OY4A 3LZUA 2JE4A 3LHGA 1EC2A 2I4DA 5FIVA 3BGCA 4Y50A 1FQ8A 5KQYA 5P2WA 5P69A 1G2KA 5P2UA 2O4NA 3IA9A 4OD9A 5P34A 3KFRA 5P29A 2I4XA 3LIVA 3O9HA 2V13A 1F34A 1HPSA 1WKRA 4LAPA 3QS1A 5P2AA 1BV7A 3O99A 2BPWA 2AODA 1ENTE 5JFPA 1EC0A 2BKSA 3L5EA 3FNUA 1A9MA 3SQFA 3SA6A 1MRXA 3ZKQA 4Y5CA 2HS2A 5P1TA 5OZSA 4B78A 5P3OA 2AVQA 4S1GA 1C6ZA 2NNKA 4B72A 4A6BA 1EPNE 4R95A 4Y45A 1ZAPA 5P0RA 1Q9PA 3EKYA 1NPWA 4Y3WA 2G1YA 1MRWA 3SLZA 2HB2A 3SA4A 2WECA 2WF3A 4DV9A 2PK5A 2Q55A 4RVXA 2ZHSA 4L7GA 3PLDA 5P1UA 5AHBA 3OXWA 4D85A 1YTHA 3BXSA 5P71A 2PK6A 3OADB 1MEUA 1XDHA 1WBKA 5P79A 5C9FA 4EP2A 3EL9A 2BJUA 5P22A 5P4AA 2ZGAA 4B0QA 1TQFA 5HDXA 4PYVA 5P8FA 3O9EA 5P1FA 2NMZA 5P27A 5P52A 1SGZA 1DP5A 5P1BA 2FS4A 5P8PA 1T7IA 4FRKA 4F73A 3SA9A 5KR1A 2P4JA 1SDTA 2I4WA 4Y5PA 4Y37A 5P0UA 5OZDA 3DM6A 1DMPA 3BGBA 1W5VA 4HDBA 5SY3A 4RCFA 5P6TA 5P0WA 5OYTA 1D4YA 4K4RA 5P7GA 2FXEA 4GJ6A 3OQAA 5P1NA 1BV9A 4NJSA 5I3VA 1GVVA 4COEA 4YCYA 2O4PA 5P3JA 3DCRA 5P5AA 3S2OA 4Y43A 5P36A 5P6NA 3UQPA 3I2LA 4GZFA 3Q5HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S85 A;  2PH6 A;  4ZSR A;  1D4L A;  2V16 C;  3PI5 A;  2WEA A;  3EC0 A;  5P87 A;  4I8Z A;  5P1Z A;  3SM1 A;  5HU1 A;  5P3K A;  5P4W A;  4BFD A;  4YCT A;  4Y51 A;  5P6O A;  4DJP A;  5AH9 A;  1A94 A;  1TCW A;  1PPL E;  3TL9 A;  3DCK A;  3EL0 A;  1BDL A;  1KJG A;  2P3B A;  3PJ6 A;  5IVT A;  1CZI E;  2VNM A;  5P17 A;  5P5J A;  4J1C A;  5P5R A;  1B6L A;  1RNE A;  5ER1 E;  2RKF A;  5P2H A;  3VFA A;  3GI5 A;  3LNK A;  2PSU A;  2ZYE A;  3ECG A;  5P0Q A;  3UCB A;  2AQU A;  3APR E;  5DPZ A;  2OHT A;  3O9D A;  3T7X A;  3INE A;  5P7W A;  1GVT A;  1KJ7 A;  2O4K A;  1W5X A;  2Q5K A;  5ENK A;  4ZLS A;  4AUC A;  2ZJI A;  5DR0 A;  4Y4Z A;  2OHS A;  3NDX A;  1APW E;  5OYX A;  5KR2 A;  1IBQ A;  5AH6 A;  3PM4 A;  5P3V A;  5P5G A;  4DPI A;  2PYN A;  5P3G A;  1ZTZ A;  2QU2 A;  4Q1N A;  3ZOV A;  4LXM A;  4Y3R A;  2BPX A;  3NXE A;  5P00 A;  3IN4 A;  3VG1 A;  3UF3 A;  3Q4B A;  4YA8 A;  4U7V A;  3HVP A;  4GJ5 A;  1LEE A;  2I0A A;  4HVP A;  2REN A;  4CKU A;  3T3C A;  1D4K A;  6APR E;  1D4H A;  1FEJ C;  5P16 A;  3OU4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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