1FMUA

Structure of native proteinase a in p3221 space group.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
329
structure length
322
Chain Sequence
GGHDVPLTNYLNAQYYTDITLGTPPQNFKVILDTGSSNLWVPSNECGSLACFLHSKYDHEASSSYKANGTEFAIQYGTGSLEGYISQDTLSIGDLTIPKQDFAEATSEPGLTFAFGKFDGILGLGYDTISVDKVVPPFYNAIQQDLLDEKRFAFYLGDTSKDGEATFGGIDESKFKGDITWLPVRRKAYWEVKFEGIGLGDEYAELESHGAAIDTGTSLITLPSGLAEMINAEIGAKKGQYTLDCNTRDNLPDLIFNFNGYNFTIGPYDYTLEVSGSCISAITPMDFPEPVGPLAIVGDAFLRKYYSIYDLGNNAVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title An unusual orientation for Tyr75 in the active site of the aspartic proteinase from Saccharomyces cerevisiae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SACCHAROPEPSIN
molecule tags Hydrolase
total genus 86
structure length 322
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.25: Saccharopepsin.
pdb deposition date 2000-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fmuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fmuA02
5SY2A 3VSWA 3I2LA 4LXMA 4ZE6A 3LIVA 3PMYA 2BPZA 3NDWA 1FGCC 5P3UA 2CEMA 2WEAA 4L7HA 5P6CA 4MC9A 2QHCA 2F3FA 3G72A 5P8AA 1Z8CA 2QHZA 5OYRA 5P7BA 1YX9A 4JECA 3EM6A 5OYSA 5P09A 5OZFA 4D88A 2IGYA 4I0FA 3WZ8A 2ER6E 1HVKA 4DQFA 1MRXA 3IVIA 5P4OA 3EBZA 4EJLA 2G1NA 1BAIA 2VIJA 5P4RA 3MSKA 2AOCA 5P56A 2P8HA 2G1SA 3OADA 2P3AA 4CPRA 1A8GA 2FMBA 4K4RA 1LZQA 4B70A 3BC4A 4JPEA 4EXHA 5P1HA 3PI0A 5BS4A 3LPIA 1NSOA 2JYSA 2VIZA 1D4HA 1FLHA 4EPJA 4I0GA 3LIXA 1DAZC 1EPQE 3S7LA 2IL2A 1SIPA 4GYEA 2PYNA 4EP3A 1W50A 1PSNA 5P4AA 2PH8A 2BPXA 4NJTA 5P5XA 1KJ4A 4DVFA 3S45A 1DP5A 5P7WA 2QU3A 4QJAA 3GI0A 3N4LA 3AUPA 5OZ6A 2IGXA 1NPWA 1IZEA 2FGVA 5P6LA 4Y4BA 3L3AA 4HVPA 2IEOA 3EM3A 1HSIA 4Y57A 4U7QA 2R5QA 3BUHA 5OZ4A 4PZWA 2BPYA 2IDWA 4COEA 5P0CA 5P6ZA 2P4JA 3K5FA 4Y3PA 5P80A 4I8ZA 2FDEA 4APRE 1BDLA 5P3NA 5P06A 5P64A 5P4GA 1BWBA 2AVSA 1FKNA 5P1EA 4CPQA 5P23A 4Y39A 3PLLA 1EC0A 3NDXA 3QRSA 4S1GA 1BILA 5P5UA 4GJ7A 5OZ9A 3INHA 5P8JA 4JOOA 3UQWA 3UCBA 5TOLA 3TH9A 5AHCA 3RTMA 3KA2A 1KJFA 2IRZA 3PLDA 5P2LA 4HDPA 4Y3QA 3N3IA 4KB9A 4Y4TA 4QJ8A 2XYEA 1SIVA 3OXXA 1HVJA 5P4TA 5P3SA 5P5EA 2QU2A 2A4FA 4FRKA 2QCIA 4OC6B 2QMDA 4Q1WA 3HVGA 3INFA 3S7MA 4DPIA 1G0VA 4NJVA 1MTRA 3URLA 2RKGA 5P17A 4Y5PA 3Q4BA 1W5WA 1APVE 4DFGA 2ER0E 3VFAA 2QI4A 1D4LA 3INDA 1E81E 1KJGA 2AOFA 1PPKE 2QZWA 5P8UA 4Y51A 5P50A 5P7QA 3IA9A 3KN0A 3Q5HA 4ZPGA 4WY1A 3OUDB 5P2YA 3LITA 3WZ7A 1EAGA 4Y5BA 5IVRA 5KQFA 2QAKA 5P6IA 3T7PA 3DCRA 3B7VA 1EPRE 3O9BA 4L7JA 3R4BA 5ER1E 3H0BA 4Y4XA 2QMFA 5P4MA 4CMSA 2F80A 3BGCA 1TZSA 1MERA 3CMSA 2IKOA 2QI5A 4I11A 1RV7A 5P2FA 1HXBA 5P2WA 5P5IA 5DGUA 4QJ9A 4ZSMA 5P8FA 5P89A 5P27A 4Z50A 4FM7A 3EL1A 5P3DA 1Z1HA 3T7QA 4CPSA 5P6KA 5P7IA 5P82A 1PPME 1MTBA 3UDQA 3L5DA 4R8YA 1WKRA 1BWAA 2VNNA 3VF3A 1HIHA 4YE3A 1ODYA 4RZ1A 5P8BA 5P43A 5OZEA 4MC6A 5P3TA 1HVLA 2FS4A 4KE0A 2NR6A 1SMRA 4J5JA 3SM2A 3T7XA 5HD0A 1UH8A 2HB2A 5P0IA 5HTZA 2BQVA 4LAPA 5P3MA 5P60A 4OC6A 2IS0A 2QNPA 4EYRA 4L6BA 4DPFA 5P7CA 3SKFA 3SA6A 4GJDA 3PGIA 1AJVA 5P6PA 1MSNA 3O9CA 5HDZA 3SO9A 5KR8A 3IXOA 3OXWA 2WECA 5P54A 3OGQA 2O4SA 3OUCA 5P5VA 1HSGA 3RTNA 1DPJA 5P5RA 4F74A 2HS2A 1C6YA 1C6XA 2ZJNA 3TPJA 5P3VA 5P4YA 5AHBA 4CPTA 3SKGA 2P3BB 3QI1A 3SA8A 1TW7A 4Y36A 5DQ5A 1CMSA 2ZJJA 5P0QA 5P8SA 4B1DA 5E5KA 5P86A 5OYVA 1M4HA 5APRE 1K2BA 3APPA 1Q9PA 2O4LA 4Y43A 5P3IA 5P6RA 2ZJMA 3QS1A 3OOZA 5P2JA 2ANLA 4FCOA 4ZEAA 1XDHA 4HDFA 2OHQA 1BV9A 2PSVA 1AIDA 3IN3A 1FF0C 5JG1A 5BRYA 4IVSA 3KM4A 5P0RA 1META 1RL8A 1IIQA 5FIVA 1EPME 5P6GA 3MXEA 3CKRA 5P37A 4LXAA 1XE5A 2ZHRA 1FB7A 4AA9A 5P30A 4Y5KA 4F73A 5P8EA 3O9AA 5J25A 2CEJA 3IN4A 5OZGA 1OEXA 4I0JA 3S53A 5OZTA 2PH6A 4DJPA 3HLOA 3OWNA 5P29A 4YD7A 3NWXA 4GB2A 4Y6MA 1ZSRA 2B7ZA 4D8CA 5P8MA 3HDKA 3BRAA 3EKVA 1GNOA 3S43A 2OHSA 1D4SA 5P1VA 2AVMA 1TSQA 4BFDA 4LHHA 1MUIA 1FEJC 3IGBA 5F00A 3OU1B 2NNKA 2Q3KA 2AZBA 2NXDA 4QJ7A 1D4KA 1K6CA 4KUPA 4RYCA 3TPRA 5P1XA 5P55A 4Y54A 2WEDA 4MC1A 5P3AA 2JE4A 5P6YA 3U71A 1FQ8A 2G69A 1XN3A 5P7OA 4ER1E 3SAAA 3CKPA 3FX5A 3DK1A 3PSYA 3QVIA 5ISKA 2P3BA 4FSLA 2QNNA 7UPJA 2PSUA 5E5JA 2ZGAA 5P5MA 2F81A 5P20A 3EKYA 4ZSRA 3ECGA 1IZHA 4BFBA 5P08A 1LYBB 3QAAA 3LZYA 3O9LB 3NUJA 4QJ6A 2BPWA 5P0EA 4PYVA 4X2LA 1A8KA 1FG6C 3ST5A 3RTHA 3D91A 2I1AA 3TL9A 1QDMA 8HVPA 5P4LA 5T4SA 3ZKXA 2H6SA 1SDTA 5P88A 2V16C 3AIDA 2APRA 3VV8A 1SDUA 5P1DA 1HPVA 2AZ8A 1XS7D 2P3CA 5P02A 1GKTA 4FM8A 3KFPA 5P79A 3LPKA 1YTIA 3FNTA 1HVCA 2G24A 3TLHA 2OHNA 5P5DA 4A6BA 3OTYA 1GVTA 5P0NA 5P2AA 4HZTA 5P3PA 5P4NA 3G6ZA 3I8WA 5IS4A 4GJ6A 2AVVA 3K5GA 4DJYA 1YM4A 4U8WA 5OZWA 3A2OA 5ER2E 3K4VA 2Z4OA 4ZSPA 1HXWA 3SA3A 1AM5A 3ZKNA 4YCKA 3KMYA 1T7IA 5P5OA 5P1KA 3OU1A 3WB5A 3HBOA 3T11A 4FM6A 1IBQA 2WJOA 4YD4A 4Y37A 1HOSA 5P7XA 3ZKGA 3NU3A 1MPPA 2G94A 2QD6A 4YHQA 2G1RA 5P4JA 3UQPA 1MT7A 4Y3EA 4J1HA 2CENA 5KQXA 5P7ZA 5P5BA 5P1YA 1VIKA 2I4QA 5P0XA 4YOAA 5P6WA 3OY4A 3T6IA 5P03A 3OQ7A 4OBZB 3LZVA 1HVIA 2NPHA 1LYBA 4YDFA 5P0UA 3DM6A 5P7PA 3O9LA 1IVQA 4Y4EA 3PMUA 4I0IA 3PRSA 3EL9A 2OHTA 1FIVA 4EJKA 1BDRA 5JFPA 4FGXA 1MIQA 3PWRA 4B72A 3L5EA 1K6TA 2QI6A 2XFKA 3QBHA 2QMPA 3VEUA 5P61A 5KR2A 2ZHSA 5DQ1A 3O9DA 4I0ZA 5HE7A 2RKFA 4Z4XA 5EZXA 5P87A 3K5DA 3O9IA 3MSLA 1GVVA 4MC2A 5P67A 1OD1A 1SP5A 4AMTA 3PM4A 4YD5A 5IVTA 1NPVA 2WF4A 4B0QA 5P8PA 2H6TA 1CZIE 5DR7A 1BVEA 1ZBGA 1LF4A 4Y58A 5P01A 5P69A 2WL0A 3EKQA 5P75A 5P1FA 3IXKA 3KDBA 2ER9E 3K5CA 4AA8A 5P59A 3PB5A 5P5LA 2QI7A 5P4VA 1QBUA 1E80E 5P6TA 4J0PA 3DCKA 4U7VA 4DJOA 4NKKA 3JW2A 2WKZA 4Y4AA 5P8NA 3QPJA 1K1TA 3NU4A 3BGBA 4QGIA 3UDPA 2WF1A 3DOXA 3L5CA 3ZPSA 3PSUA 5P1SA 4GJ8A 1FG8C 5OZSA 2XFJA 3IAWA 2Q11A 1HPXA 4OBZA 3RU1A 1GNNA 2I4WA 3PSGA 5HDXA 2I4XA 4XKXA 5P5YA 5P6AA 4Y3NA 4XX3A 5P0PA 2VNMA 2J9KA 5P2EA 3H5BA 3TTPA 5P15A 1TQFA 3PWWA 2AOIA 4DQCA 3OUBA 5P6NA 3LHGA 1C70A 4Q1YA 5P5KA 2V00A 3UDNA 2HPEA 5KR0A 1PSOE 4CPWA 1K6VA 5P18A 1T6EX 3GI4A 3LNKA 3G70A 1EBYA 5P24A 5P2VA 4OBHA 1YTJA 4RVXA 3PVKA 1HHPA 3NDTA 4I10A 3UFLA 1ZPKA 3NR6A 5OZRA 4OBGA 1Z1RA 5P8TA 5P7TA 5P73A 5P5CA 4Y45A 1KZKA 4Y4DA 4YCYA 3KDDA 1HIIA 2ZHVA 1YTGA 5DR3A 5P11A 5P4BA 5P1CA 5P8HA 3URJA 1DW6C 2HIZA 4DJRA 2Q64A 5AH9A 4Y3WA 1FMBA 3O9FA 1UH9A 2QD7A 3PWMA 2F8GA 3Q3TA 1HIVA 5EZZA 3BVAA 3D20A 2AZCA 5COKA 4BELA 2HC0A 3MWSA 3PI5A 5P2GA 1A30A 4D89A 4GJCA 2Q55A 3OQDA 4I0DA 2OHRA 1M43A 3UTLA 4K9HA 2O4KA 4RYGA 4Y4ZA 2ZHTA 3FIVA 5P0LA 5P49A 3LIZA 5ENKA 1UH7A 1E5OE 3BUGA 5P0VA 1IZDA 4DUSA 4L7GA 4Y3FA 3DV1A 5HCTA 3PBZA 5P6JA 3GGAA 4BEKA 2VIYA 5P2MA 5P8IA 4RCEA 1IZIA 1C6ZA 5P46A 1XE6A 3PBDA 2PWRA 5P7DA 5P6OA 4AUCA 3QRVA 4Y3LA 4CP7A 3VG1A 3CKTA 1PPLE 5P78A 3IXJA 3HAUA 2VKMA 3UDKA 3NUOA 1WBKA 5P7UA 3Q6YA 7HVPA 1B6KA 3OQAA 2HS1A 2NMYA 4FLGA 2VIEA 1HWRA 3GI5A 2Q63A 4F76A 5P4PA 3L59A 3URIA 1FQ4A 2AODA 1YTHA 1BDQA 1FQXA 1NH0A 4N00A 5P0WA 4J0TA 5P19A 4FAEA 5SY3A 3VYDA 1T6GA 4OD9A 5P1UA 5P83A 3RSXA 5P2RA 5P6DA 4CPUA 1YT9A 5IVSA 1B6PA 2WEZA 2VA7A 2AOGA 2IKUA 5P4XA 5P0ZA 3NXNA 3S54A 1EPNE 5P2KA 2BBBA 2OAHA 1DIFA 3S43B 5P7EA 2VJ9A 1LYAB 4KE1A 2FXDA 4ACXA 5HDVA 4R93A 4TRZA 5P1RA 3ZKIA 2RENA 5P1OA 4DJVA 3QRMA 2HM1A 5P5QA 3LPJA 5P7KA 2BKTA 1AAQA 2Q5KA 3D3TA 3QN8A 5P85A 1EC1A 4FAFA 4Y3TA 4GJ9A 3OQFA 4HA5A 5OZZA 5OYTA 5P2TA 1N49A 5P3OA 3HVPA 5IE1A 4Y50A 5P3RA 4H3JA 5P0KA 2HB3A 2Z54A 1RQ9A 4NJSA 2FNSA 2PWCA 4QLHA 4Y5NA 2R9BA 2ZDZA 3BHEA 1K6PA 4I12A 2G20A 4ACUA 3UDMA 1SBGA 1MVPA 3BXRA 5P3KA 4JPCA 1XL2A 5P4EA 3PJ6A 2B8LA 3ZKMA 2AOJA 4M8XA 1W5VA 5P5AA 1ME6A 4D83A 1TCXA 5OZUA 3R2FA 5P2QA 4DJUA 4PHVA 3UF3A 5OZIA 4GIDA 1AJXA 3OHHA 5P25A 2XFIA 2MIPA 5P3BA 1QS8A 4Y47A 1ZLFA 4DQBA 5DQCA 1LV1A 1T7JA 1LF2A 1YG9A 2NXMA 3KT5A 3LZSA 1QRPE 3T3CA 5P7NA 1LYAA 2RMPA 3FNUA 4FL8A 5P1LA 1GVWA 3KYRA 3EL5A 3BVBA 4FIVA 4QJ2A 4I1CA 4H3IA 4LBTA 1GNMA 4E43A 1FQ6A 4F75A 1EBWA 1WBMA 4HE9A 5P0AA 5P5ZA 3FV3A 2G21A 5P0OA 5OZDA 4Y35A 3I25A 1FQ5A 5OZ2A 1U8GA 4EJDA 4J1CA 2IENA 1HTRB 5P1WA 1LEEA 5P4IA 1B6MA 1W5YA 3I7EA 4X7IA 1PROA 5P4KA 2I0DA 2AVQA 5HVPA 3IVHA 3BXSA 5OZJA 1QBRA 2NMZA 5P2BA 2FDDA 2ZHUA 4Y44A 5P2OA 4LXKA 4Q5MA 1PSAA 5OZHA 3MXDA 4Y5EA 1ENTE 4DQEA 2PC0A 5P1TA 5P6EA 3KT2A 4Y3RA 4YOBA 1T3RA 3RSVA 1EBKC 2ER7E 5P36A 4EHCA 3R0YA 2QK5A 2AVOA 3VF5A 5P7HA 5P7FA 5P57A 4H3FA 1SGZA 1PFZA 2WF2A 5ENMA 5OZXA 4Y5LA 4K8SA 3S85A 4YD6A 3TPPA 1XL5A 4R91A 5P35A 5P44A 4K4QA 2V0ZC 5P77A 1ZTZA 3DUYA 3OAGA 1MEUA 3L38A 3SABA 2UPJA 3R1GB 5P5TA 1XN2A 5P7VA 1ZAPA 3GGUA 3ZL7A 4FRSA 4AZYA 5P7GA 4LP9A 4J1IA 4ER4E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SY2 A;  3VSW A;  3I2L A;  4LXM A;  4ZE6 A;  3LIV A;  3PMY A;  2BPZ A;  3NDW A;  1FGC C;  5P3U A;  2CEM A;  2WEA A;  4L7H A;  5P6C A;  4MC9 A;  2QHC A;  2F3F A;  3G72 A;  5P8A A;  1Z8C A;  2QHZ A;  5OYR A;  5P7B A;  1YX9 A;  4JEC A;  3EM6 A;  5OYS A;  5P09 A;  5OZF A;  4D88 A;  2IGY A;  4I0F A;  3WZ8 A;  2ER6 E;  1HVK A;  4DQF A;  1MRX A;  3IVI A;  5P4O A;  3EBZ A;  4EJL A;  2G1N A;  1BAI A;  2VIJ A;  5P4R A;  3MSK A;  2AOC A;  5P56 A;  2P8H A;  2G1S A;  3OAD A;  2P3A A;  4CPR A;  1A8G A;  2FMB A;  4K4R A;  1LZQ A;  4B70 A;  3BC4 A;  4JPE A;  4EXH A;  5P1H A;  3PI0 A;  5BS4 A;  3LPI A;  1NSO A;  2JYS A;  2VIZ A;  1D4H A;  1FLH A;  4EPJ A;  4I0G A;  3LIX A;  1DAZ C;  1EPQ E;  3S7L A;  2IL2 A;  1SIP A;  4GYE A;  2PYN A;  4EP3 A;  1W50 A;  1PSN A;  5P4A A;  2PH8 A;  2BPX A;  4NJT A;  5P5X A;  1KJ4 A;  4DVF A;  3S45 A;  1DP5 A;  5P7W A;  2QU3 A;  4QJA A;  3GI0 A;  3N4L A;  3AUP A;  5OZ6 A;  2IGX A;  1NPW A;  1IZE A;  2FGV A;  5P6L A;  4Y4B A;  3L3A A;  4HVP A;  2IEO A;  3EM3 A;  1HSI A;  4Y57 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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