1FMUA

Structure of native proteinase a in p3221 space group.
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
329
structure length
322
Chain Sequence
GGHDVPLTNYLNAQYYTDITLGTPPQNFKVILDTGSSNLWVPSNECGSLACFLHSKYDHEASSSYKANGTEFAIQYGTGSLEGYISQDTLSIGDLTIPKQDFAEATSEPGLTFAFGKFDGILGLGYDTISVDKVVPPFYNAIQQDLLDEKRFAFYLGDTSKDGEATFGGIDESKFKGDITWLPVRRKAYWEVKFEGIGLGDEYAELESHGAAIDTGTSLITLPSGLAEMINAEIGAKKGQYTLDCNTRDNLPDLIFNFNGYNFTIGPYDYTLEVSGSCISAITPMDFPEPVGPLAIVGDAFLRKYYSIYDLGNNAVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title An unusual orientation for Tyr75 in the active site of the aspartic proteinase from Saccharomyces cerevisiae.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SACCHAROPEPSIN
total genus 86
structure length 322
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.25: Saccharopepsin.
pdb deposition date 2000-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fmuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fmuA02
1G2KA 3OOZA 2QU3A 2NXDA 3UDNA 1M4HA 3KA2A 1N49A 5P0AA 4Z4XA 2VJ9A 5P15A 3OOTA 1HSGA 5P1FA 3PMUA 3NWXA 1FG8C 5P6SA 4QJAA 4NPUA 5P56A 3EKYA 4D83A 5P0XA 2AVVA 5P3FA 2G94A 5P8GA 5HVPA 2Q3KA 3PCZA 4A6CA 5PEPA 1J71A 4ZPFA 3ZKGA 1META 5P6JA 5P0CA 4MC6A 5P0GA 1GVUA 4QJ2A 4XXSA 2OHSA 3T11A 5P6YA 2WEBA 2QNPA 4NJSA 2QMFA 5OZTA 5P5LA 1FKNA 5P5IA 1G35A 3UDJA 5OYVA 4DJYA 5P09A 4Y3HA 2BPYA 5P37A 4YDFA 3HBOA 4J1IA 5P7BA 2O4LA 1IZIA 1NPVA 3QPJA 3SKFA 5OZJA 2ZHVA 3UDHA 2WKZA 1EC1A 1C6ZA 3PBZA 3LNKA 2UY0A 5OZ2A 3T6IA 5P5HA 3DM6A 5KQFA 5UPJA 5P44A 4CMSA 2QD6A 1BIMA 1MSMA 5P1WA 4A4QA 2XFKA 3VYDA 1ZTZA 1EBWA 5DQCA 1FQ7A 4CPSA 5FIVA 2H6TA 4DJUA 4WY6A 5P33A 5P5EA 1FFIC 4K9HA 1EPME 2V13A 5P84A 4BFDA 2QI0A 2OHPA 5BS4A 5P5VA 2QMGA 3CMSA 1K1TA 3CIBA 5P63A 1C70A 4X2LA 2ZDZA 5ER1E 4Y4TA 4Z50A 2AVMA 5P5DA 5P7AA 5OZWA 5P3QA 5HDXA 5P2XA 2WF2A 4J0YA 2PYMA 4GZFA 1CZIE 2ZJJA 5P46A 4L1AA 3GGXA 2ZJHA 5DR1A 5P2YA 1W50A 5P5BA 5IVSA 1EC3A 4AUCA 3I8WA 2PK5A 2WEDA 1SDVA 4JECA 5HE4A 2JXRA 4MC9A 4B0QA 2R5PA 2IRZA 5P0FA 4R8YA 5P22A 1PPLE 4OBGA 5AH8A 5P0PA 4DJOA 2R5QA 1EPQE 4FL8A 2G1YA 5P5PA 3L5FA 2QI5A 4Y5NA 4GJ6A 1EEDP 4L7GA 1HPXA 1SP5A 1ZJ7A 2O40A 3UDKA 1TCWA 1B5FA 3TKGA 5OZPA 4Y3LA 4EHCA 1Z1RA 4ZSRA 3HAUA 4JPEA 5P8LA 5P25A 5P6ZA 3ZKIA 3T7PA 3MSJA 5P54A 5DPZA 1B6PA 5P6HA 5P3PA 5P7OA 3I6OA 5P40A 3LPIA 3TOFA 4ER2E 5P72A 1M43A 5P1XA 5APRE 1W51A 2OHTA 5P7UA 1ZAPA 3D20A 5P2DA 4HDFA 2QZWA 3UCBA 4J0VA 2BQVA 4J0PA 4Z22A 2IQGA 3D1ZA 5P1YA 5P2TA 4Y39A 3L5EA 3HZCA 1E81E 3OGPA 2OF0A 3NR6A 5AH9A 3LZUA 2R8NA 4Y4ZA 1KJ4A 4PYVA 5OZ6A 4Q1NA 3Q6YA 4CPWA 2BPXA 4CPUA 1GVVA 1T7IA 5OZZA 5P7KA 4IVSA 1RQ9A 5P2NA 3PWWA 4J1EA 4U7QA 2G1OA 4EJLA 2RMPA 3KMXA 5B18A 3O99A 3UFLA 1B6JA 5P5ZA 2CEMA 5KOSA 4Y3XA 5C9BA 5P6FA 5P2VA 2EWYA 3OUBA 4COEA 3PBDA 2NMZA 5P36A 2AOEA 2QAKA 3VYEA 1BV9A 1B5FB 2PYNA 2G27A 5P16A 4Y58A 2JYSA 1EBZA 1PPME 5P2MA 4GJDA 5P7IA 1IDAA 2IL2A 5OZVA 1KJGA 5P38A 5AGZA 2OHKA 4DQEA 2OAHA 1SMRA 4HZTA 3HLOA 4LXMA 2P3AA 3PHVA 3ER5E 2IGXA 5P47A 2VIJA 1GVTA 1W5VA 5P28A 4Y4DA 1LF4A 3QS1A 4ZIPA 4Y3YA 2XYEA 1F7AA 3VUCA 4TVHA 2QI6A 3L58A 4Y5CA 3EL5A 1EPPE 4HE9A 1M0BA 2I4WA 4GJ5A 3ZLQA 2Q11A 4FRKA 3EL4A 5P31A 1HEGE 1HVJA 3VF3A 4YCKA 5DR8A 1MT9A 3JVYA 3OQKA 2WEAA 4GJCA 1ZP8A 4YCYA 4B70A 4DJWA 3UDMA 4QJ6A 4QGIA 5P3TA 3EL1A 1MVPA 1HVCA 3I7EA 1TQFA 5P76A 3KYRA 1RL8A 3SFCA 3VF5A 3QRMA 3HW1A 4Y3DA 1K6CA 4R91A 4I0IA 3BUGA 3FIVA 5DR3A 2WHHA 3T3CA 3QIHA 3NSHA 5P8SA 1AJXA 4Y3ZA 5P6OA 4APRE 2VA5A 3OTYA 3HD8A 3OU1A 5P5NA 3O9CA 4I12A 5P4KA 1FQ8A 2F3FA 4HVPA 4K8SA 5HCTA 3IN4A 5P55A 1HSIA 5P26A 1QBTA 5P5XA 4LL3A 1D4YA 7HVPA 2SAMA 2VIZA 4FE6A 3TPPA 3IXJA 4J0TA 4UPJA 1YTHA 4DJPA 3ZMGA 4KE1A 4RRNA 4Y4UA 3L38A 3K5FA 1K6PA 3OXWA 2FDDA 5OZMA 4Y4EA 3KDDA 4FIVA 5P59A 1TSQA 5P6VA 5P7PA 5P80A 5BRYA 5P1HA 2NNPA 5P0WA 5P51A 1BWBA 2OHQA 3AIDA 1E82E 5DGUA 2ZHTA 2ZYEA 5P0OA 4DJVA 3S56A 1HPSA 4APEA 3FNTA 5P6MA 5P1MA 4Y6MA 2AZCA 1PPKE 5P6AA 1BILA 1UH8A 5P0EA 5OZRA 3ZKNA 1KZKA 4Y48A 4U7VA 4MC1A 4K4QA 5P24A 3MSLA 1IVQA 1BXOA 4Y3MA 4F76A 2ZHRA 5P7TA 2P4JA 3OU1B 1LYAA 5P1TA 2PSVA 1AM5A 1MIQA 4Y3SA 2BJUA 2HS1A 3TH9A 5DR7A 6UPJA 5DQ5A 2RSPA 4EJ8A 5P7ZA 4I0DA 3BGBA 5P5UA 1GNMA 2JE4A 3QAAA 3G6ZA 3VEUA 5EZXA 4RCFA 5COOA 3FNSA 4I10A 4Y38A 5P8KA 2PQZA 4QLHA 5HTZA 4D88A 3KDCA 3K5CA 5P1IA 5IVRA 3PI0A 1HVSA 5P2KA 3K4VC 3HVGA 1UH9A 5P02A 5CLMA 2ZHSA 3S7MA 5F00A 3T7XA 3ZKQA 5SXNA 4YDGA 5P6RA 3INFA 2Q54A 2O4PA 3R0YA 4FRIA 5P2OA 3CKTA 3PB5A 4FRSA 1HWRA 3OUCA 1HTFA 1NSOA 4L6BA 5P1UA 4EP3A 2Z54A 5P3UA 3K5DA 4R95A 3VV6A 2FDPA 3PI5A 5P6BA 4ER1E 1XL5A 3MXDA 5P5RA 5P10A 5P65A 5P35A 4FAFA 3VLAA 2QNQA 4DJXA 2B7ZA 3RSVA 4Y5EA 5P8QA 1WBMA 3O9HA 3SA5A 5P8EA 3QN8A 1FFFC 3SM2A 2FIVA 2QD7A 2PWRA 2NXLA 3PLDA 4RVIA 2PWCA 1QRPE 5OYTA 5OYUA 2G26A 5P8FA 2HPFA 1LYAB 1BDLA 5DR4A 4L7JA 5P8PA 2WL0A 1LYBA 4ZLSA 4ZEAA 4Q5MA 1YT9A 3K5GA 3UDRA 3N4LA 5P53A 4AZYA 5P01A 1AZ5A 4J0ZA 5AHBA 1B6MA 5P0HA 2R9BA 5AH6A 4GYEA 4FM6A 4FSLA 3OWNA 5P6PA 3LPKA 3SO9A 3OY4A 1FLHA 1SIVA 5P2CA 3TOGA 4DVFA 3R4BA 1IZHA 5OZYA 4BELA 1W5YA 2ZJMA 5OZHA 2PSGA 3GI6A 3MWSA 5KAOA 1BAIA 3TNEA 4H3JA 5P0TA 1FG6C 2VNNA 4F74A 1MPPA 4Y47A 2FGVA 5P8RA 1YTJA 4R5NA 4Y5KA 5P2AA 4LP9A 4TRYA 1QBRA 2F8GA 2F3KA 4FGXA 2FXEA 5P78A 5P5GA 3SA9A 5C9DA 3EL9A 3IA9A 3EXOA 1MERA 5P0RA 5SY3A 1NPWA 5P08A 3CYXA 5P6CA 2ZGAA 2UPJA 1HBVA 4AA9A 3QI1A 4NJUA 5P8UA 4RGHA 4H3GA 2QHYA 4RCDA 5IE1A 4E43A 3S43A 5P5CA 1XN2A 2G1NA 5HU0A 5P3VA 4DV9A 4J5JA 4OD9A 5P34A 4QJ9A 3OQAA 1HIIA 3IN3A 5EZZA 5OYZA 3VYFA 4PZXA 5OZGA 5ISJA 1EPLE 1T7JA 2HB2A 3PSGA 2QHZA 5P13A 2QNNA 3NDWA 3ZPUA 3OHFA 1LYBB 1HTRB 4D89A 2QMPA 3L3AA 5KQZA 5P60A 4ACUA 5P6LA 1D4HA 2V16C 1T6EX 5P4ZA 3URJA 4B1EA 2O4NA 2QP8A 3NDTA 4I0EA 9HVPA 3R2FA 3L5BA 3KDBA 4H3IA 2AODA 2AOJA 1IZDA 4OBDA 5P0NA 2NTRA 4Y3NA 3MSKA 4Y3QA 3D91A 1BDQA 5OZQA 2JJIA 5P66A 5P85A 1AIDA 1C6XA 3NDXA 4Y5GA 1APUE 2PSUA 3L5DA 1ODWA 2QK5A 3NYGA 3ZKMA 1HXWA 5ENMA 5P4EA 2BKSA 4YCTA 2P3CA 5P0VA 5P4VA 1A94A 4RRSA 5P1JA 1HPVA 3EKXA 4FLGA 4DQBA 1T7KA 4F75A 4RYCA 4J54A 4HEGA 1QBUA 4PZWA 4B05A 4B77A 5P2LA 1BVEA 1JLDA 1K2CA 1D4KA 3EMYA 5P3AA 4Y57A 1PSAA 4J1FA 5P2IA 3S43B 1ZSFA 2IDWA 5HU1A 1HVIA 3SA8A 4OD9B 3SA4A 5OZ1A 5P3NA 3NU4A 1D4SA 4FM7A 5P0JA 5P1CA 5P6NA 4YBFA 1EC2A 3LINA 4Y5LA 7UPJA 1CPIA 3OQFA 3PRSA 5P1VA 2AIDA 5P1ZA 3OADA 3ER3E 4QJ8A 5P77A 3I2LA 3EKPA 5P0DA 3LIVA 3NLSA 5P88A 1ME6A 1A8KA 5P7XA 2IGYA 5P2QA 5P3HA 1G0VA 1BV7A 5P2UA 4DQHA 3SM1A 2HS2A 1FEJC 1IDBA 2Q15A 4Y3TA 4CKUA 5P5SA 3URLA 3PLLA 4BFBA 3IVHA 1MRWA 5SZ9A 5P7VA 3CIDA 3HAWA 5OZCA 2XFJA 1PSNA 4FAEA 2Q55A 3KFPA 4BEKA 3GI5A 3IXOA 4DQGA 3OUDB 5ISKA 4CP7A 3LHGA 1T6GA 5P4FA 3S8IA 2AOFA 2WF0A 2Z4OA 5P2JA 3T7QA 5P8NA 5I3YA 2I0DA 3M9FA 5OZSA 3OAGA 4GJ8A 3ZL7A 5P4RA 2BPZA 5P70A 4DQCA 5P4QA 1EPRE 3DCKA 5OZEA 3DOXA 1HVHA 3LZYA 4LXAA 2J9KA 2HAHA 4LC7A 4FSEA 5P5JA 1AAQA 1HIVA 3DV5A 5P7GA 3HDKA 3AUPA 3KMYA 4I0FA 5C9FA 4KB9A 5P42A 3LIQA 2QHCA 2AVSA 5I70A 3ST5A 4ZSQA 3OHHA 3BVBA 3ZKSA 2P3BA 5P0QA 2ASIA 3D3TA 1HVKA 4NJTA 3OADB 5P2WA 1YTGA 5P79A 2ZJKA 3UQUA 2ER9E 4GB2A 5P0KA 1HTEA 3O9AA 4Y36A 1GNOA 2AVQA 2NNKA 1MT8A 3GI4A 4Q1WA 1VIJA 5AH7A 5F01A 1MSNA 1TCXA 2I4VA 1AVFA 4YA8A 2O4KA 5P1EA 5OZBA 5P7DA 5P1QA 2BB9A 5OZDA 4DUSA 5P62A 5OZOA 2BBBA 3L5CA 1DW6C 5P23A 4HLAA 4IVTA 4B1DA 1ODYA 4ZSMA 1RNEA 4PEPA 1NPAA 4EJKA 4B1CA 4EQ0A 1K6VA 5P7NA 2G24A 3VV8A 3KFNA 4D8CA 5P11A 3SABA 5OZ4A 3UQXA 5P3CA 5P5YA 4Y4WA 5P8IA 4GMIA 5OYYA 3Q3TA 3UDQA 4RLDA 5P74A 4ZE6A 1GVWA 3OAGB 5P49A 2QI1A 3KT5A 3UDYA 5I3WA 3NUOA 2NPHA 4OBKA 5JG1A 5P5WA 1APWE 4TRZA 5OZUA 3C9XA 5P8CA 1A9MA 2OHMA 5P1GA 1RV7A 2P8HA 2G22A 1GKTA 1WBKA 3O9LA 1OEXA 3FX5A 3EKQA 5P7EA 4J1CA 4Y3AA 5P0SA 2RENA 3U7SA 3Q4BA 2I1AA 3SQFA 4JPCA 4YD5A 1IZEA 2P3BB 3ZPTA 5P32A 5P03A 4B72A 5P5QA 3LZSA 3ZOVA 3A2OA 3OTSA 3OXXA 4K4RA 1HSHA 5P18A 4YBIA 4Y35A 1DIFA 5P39A 3BGCA 5P0UA 4OBHA 4KUPA 3OU3A 2Q5KA 4YD6A 1UH7A 3MXEA 2B60A 5P86A 3RTHA 5P45A 4M8XA 3UF3A 4FM8A 5OYXA 5OZKA 4DI2A 4DPFA 2I4XA 1LYWA 5P04A 2ER7E 5JFPA 5P89A 2ER6E 2QZKA 2QZXA 1Z8CA 5P8HA 3O9EA 3BVAA 3UDPA 1SIPA 2ER0E 1B6LA 1K2BA 2QZLA 5P4IA 4I0HA 1MTBA 5HD0A 1HPOA 2IS0A 3EKTA 3GW5A 3QVCA 5OZ7A 1W6IA 4X7IA 2V00A 5KOQA 3SA3A 2JJJA 4I0GA 1DP5A 3KFSA 4R92A 5P07A 5ENKA 1A30A 2BPWA 3O9DA 3B80A 2IENA 3G70A 2H6SA 4I0ZA 3DK1A 4NPTA 3OQDA 1QS8A 3HVPA 3OU4A 2B8LA 2APRA 3FSMA 4RVXA 5P3ZA 5TOLA 5P5KA 5P87A 5P67A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G2K A;  3OOZ A;  2QU3 A;  2NXD A;  3UDN A;  1M4H A;  3KA2 A;  1N49 A;  5P0A A;  4Z4X A;  2VJ9 A;  5P15 A;  3OOT A;  1HSG A;  5P1F A;  3PMU A;  3NWX A;  1FG8 C;  5P6S A;  4QJA A;  4NPU A;  5P56 A;  3EKY A;  4D83 A;  5P0X A;  2AVV A;  5P3F A;  2G94 A;  5P8G A;  5HVP A;  2Q3K A;  3PCZ A;  4A6C A;  5PEP A;  1J71 A;  4ZPF A;  3ZKG A;  1MET A;  5P6J A;  5P0C A;  4MC6 A;  5P0G A;  1GVU A;  4QJ2 A;  4XXS A;  2OHS A;  3T11 A;  5P6Y A;  2WEB A;  2QNP A;  4NJS A;  2QMF A;  5OZT A;  5P5L A;  1FKN A;  5P5I A;  1G35 A;  3UDJ A;  5OYV A;  4DJY A;  5P09 A;  4Y3H A;  2BPY A;  5P37 A;  4YDF A;  3HBO A;  4J1I A;  5P7B A;  2O4L A;  1IZI A;  1NPV A;  3QPJ A;  3SKF A;  5OZJ A;  2ZHV A;  3UDH A;  2WKZ A;  1EC1 A;  1C6Z A;  3PBZ A;  3LNK A;  2UY0 A;  5OZ2 A;  3T6I A;  5P5H A;  3DM6 A;  5KQF A;  5UPJ A;  5P44 A;  4CMS A;  2QD6 A;  1BIM A;  1MSM A;  5P1W A;  4A4Q A;  2XFK A;  3VYD A;  1ZTZ A;  1EBW A;  5DQC A;  1FQ7 A;  4CPS A;  5FIV A;  2H6T A;  4DJU A;  4WY6 A;  5P33 A;  5P5E A;  1FFI C;  4K9H A;  1EPM E;  2V13 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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