1FQ5A

X-ray structure of a cyclic statine inhibitor pd-129,541 bound to yeast proteinase a
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
GGHDVPLTNYLNAQYYTDITLGTPPQNFKVILDTGSSNLWVPSNECGSLACFLHSKYDHEASSSYKANGTEFAIQYGTGSLEGYISQDTLSIGDLTIPKQDFAEATSEPGLTFAFGKFDGILGLGYDTISVDKVVPPFYNAIQQDLLDEKRFAFYLGDTSKDTENGGEATFGGIDESKFKGDITWLPVRRKAYWEVKFEGIGLGDEYAELESHGAAIDTGTSLITLPSGLAEMINAEIGAKKGWTGQYTLDCNTRDNLPDLIFNFNGYNFTIGPYDYTLEVSGSCISAITPMDFPEPVGPLAIVGDAFLRKYYSIYDIGNNAVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structures of five renin inhibitors bound to saccharopepsin: exploration of active-site specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SACCHAROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 86
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.25: Saccharopepsin.
pdb deposition date 2000-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fq5A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fq5A02
5P30A 5P5BA 3IXKA 4Y5EA 3OWNA 5P3NA 1MVPA 3KFNA 4PPHA 3VV8A 4YD3A 5P3PA 2V16C 4A6CA 5OYYA 3OY4A 4BELA 1F34A 2V12C 4I0DA 5P6PA 3KN0A 1BWBA 1TSUA 5OZIA 5P2OA 1OEWA 3I6OA 2Z4OA 1GVWA 4RRSA 5P8HA 4APRE 4H3JA 1LV1A 1SMRA 1NPAA 4D89A 1EPME 5P12A 2H6SA 2PK6A 1SIPA 4GZFA 4FRSA 3BVAA 3SO9A 1ME6A 1YT9A 2Q54A 3UFLA 3OUDA 4NJUA 4DQHA 1MT7A 3OUAA 5P45A 4U8WA 5P1XA 3LIZA 5KR8A 2OHPA 5OZJA 2QP8A 5P8TA 1BXQA 3SAAA 4TRYA 4DI2A 4B1EA 4MC1A 2QMPA 4FM7A 3OQAA 1FG6C 2WJOA 1KZKA 5P4DA 4APEA 1BIMA 3BXSA 4JPEA 3UQUA 1U8GA 4PHVA 5P0NA 1QBSA 2IGYA 1W5VA 1BDRA 3I2LA 4Y53A 1FGCC 4DJYA 4EXHA 4FE6A 3GGUA 4YCYA 1ZBGA 5DR4A 1QDMA 3GI6A 3VYFA 3S2OA 3O9LA 5P3YA 4Y37A 1QRPE 4Y6MA 1A30A 4Y57A 3B7VA 5P3WA 5P1FA 5EZXA 4R91A 3SFCA 4FM8A 5OZQA 3VCMA 5ENKA 1HVLA 2QAKA 3RU1A 4CPQA 3UQRA 3ZKMA 5OZBA 5P5HA 4J1EA 2RENA 3PLLA 5P2SA 5P6TA 4EJ8A 2F81A 5P7KA 4CPRA 1D4KA 3NU4A 2QZKA 5ER1E 2I1AA 3SA6A 4XKXA 1NPWA 5P77A 1DP5A 5OZ3A 5P7SA 3T3CA 1MESA 5P35A 5KQZA 2IENA 5P8BA 4QJ7A 2JE4A 4DQGA 5HDXA 3VYEA 2IEOA 5P6XA 5KQFA 2PC0A 2I4QA 2ZGAA 1K2CA 2ZE1A 4Y3XA 5P5XA 1SGZA 2ZHSA 4B00A 2ZHRA 5OZFA 5P34A 1B6LA 2QNQA 1E80E 3L38A 3VF3A 3QS1A 4L6BA 1ZAPA 2XFJA 5P70A 5P1HA 5APRE 5P7VA 1YTGA 2QI0A 3KMXA 5SY3A 5P6ZA 5P8OA 2OF0A 4OBGA 5OYSA 3KFPA 4Y5PA 1TZSA 4DQEA 3PHVA 5P2BA 1D4HA 2FS4A 2I4WA 5P0BA 5P25A 4J1CA 1E81E 5P06A 3DM6A 6APRE 4FAEA 1MPPA 5P2JA 2OHTA 5P4SA 3QVIA 4RGHA 3NU3A 5DR0A 4Y36A 2HAHA 4XX3A 2ZJKA 3OGPA 5P6KA 3BXRA 3CKRA 4OBJA 5P52A 4OBHA 1NSOA 3ZKGA 1META 1GVTA 2AZ9A 1E82E 3D1YA 3H0BA 4EJLA 5P2YA 5P59A 2Z54A 5P5OA 5DQ2A 3NR6A 1UPJA 4Y3FA 2ER0E 4I0IA 3VLBA 1D4YA 3CKTA 5KR1A 4LXMA 5P2EA 3PRSA 4ZSPA 2VA6A 1PFZA 2AVMA 4U7QA 2P3CA 2I4VA 3CKPA 5P7OA 1FMBA 1SGUA 1HXWA 3OADB 5P17A 2HIZA 5P8GA 5P78A 4NJVA 1SDUA 2J9KA 3SA5A 4Y35A 4QJAA 3INFA 5P5GA 1RV7A 4EJKA 3WSJA 3EKVA 5P05A 5P1PA 4GJDA 5P2RA 2V10C 3R0YA 1FG8C 4RLDA 4JPCA 4QGIA 3EL0A 3K4VA 3UQPA 1AZ5A 1B6PA 3DV1A 5P3FA 4GJ9A 5P1IA 2NXMA 2QMGA 4I0EA 2ER9E 3PSGA 4LL3A 5P20A 5P5DA 3SKFA 4ER1E 1TQFA 3D91A 4RVIA 5P14A 3EL4A 5P49A 3ZKQA 4K4RA 3O9GA 3HLOA 3CYWA 3JW2A 1GNNA 5P27A 3NLSA 3L5CA 4OD9B 3DV5A 2HPFA 3OXXA 3ZL7A 5OZKA 1UH7A 4ZPFA 5P3KA 5P3XA 5P63A 3UPJA 2OHUA 3BGBA 2BBBA 5OZ2A 5OZUA 3S7LA 2WF1A 1K1UA 5P6MA 5I3WA 3ZMGA 5DR3A 1FLHA 3CIBA 2QI4A 4Y3MA 1APUE 2O4KA 3O9CA 2VA5A 3MSLA 3QRMA 1MSNA 3OADA 3LPKA 4J1FA 2BPYA 2PK5A 5PEPA 5P3QA 2NMZA 3LHGA 2I0AA 5JFUA 3K4VC 1CMSA 5OZ1A 3Q70A 5P4CA 3H5BA 4Y5LA 1FQ8A 3OTYA 5P1AA 1LYBB 4JOOA 2FDPA 4YOAA 3PMYA 3KFSA 5P6IA 4FCOA 5HE7A 2WECA 5E5JA 5P2HA 5P2QA 5P5FA 1OD1A 1PPME 5OYRA 1N49A 3BUGA 4NPUA 2AODA 3RTNA 4EQ0A 1HSGA 5P1VA 3NDTA 4AA8A 3KMYA 4Y56A 4FGXA 2ZJMA 5P2AA 5I3XA 3S85A 5P8LA 3F9QA 5P3SA 3SKGA 3OU4A 3PM4A 3PWMA 4QJ8A 5BS4A 4IVTA 5P15A 3SM1A 5P6QA 4OD9A 5P0HA 1A9MA 3MWSA 5P0EA 2XFIA 5P5KA 5P7QA 3HBOA 5P1NA 2G27A 2J9JA 5OZMA 1PPLE 3JVWA 4Q1YA 2QHYA 5P7RA 1ZP8A 3NUJA 2FIVA 5P43A 3CMSA 2B8LA 5P89A 4J55A 5P6UA 3EL5A 1TW7A 2WEBA 4Y4GA 2XYFA 1YTJA 5P7ZA 5KOSA 2O40A 1LEEA 3TOFA 4J17A 2AVQA 2AZBA 4I0HA 2JXRA 5P54A 3O9FA 3K1WA 5P1TA 1HTRB 3SA9A 3UFNA 2PWCA 1IDBA 2BPWA 4ZE6A 5OZVA 2I4DA 5P4HA 4Y3TA 4NPTA 5AGZA 4DJPA 5P6GA 3WZ6A 5I3YA 3ZPUA 4Y54A 4E43A 5P1ZA 4YBIA 2IKUA 3QBFA 1UH9A 3NWQA 5P0JA 4I0FA 4YD7A 1YX9A 1BVGA 4JP9A 1TCWA 2JYSA 1DPJA 1C6YA 4B05A 1ZSFA 2BB9A 3MSJA 3BVBA 5OYQA 2WEZA 4Y5NA 5P80A 4R93A 4Y44A 5P7CA 5P0VA 3IGBA 5DQCA 3LZUA 4GJBA 5P7NA 3U71A 2A4FA 2R9BA 3SLZA 5P85A 4F75A 3DK1A 5P0CA 5T4SA 2AQUA 3RSXA 2V0ZC 3PI5A 4KB9A 2NMYA 3VYDA 1G0VA 2RKGA 1FB7A 2PH6A 3O9LB 3SA4A 2VKMA 5P1GA 4H3FA 2G1RA 3QRSA 1PROA 4Y38A 1K6CA 4YHQA 1G2KA 3MSKA 5COPA 2QI7A 5P3CA 5P57A 1EBYA 3LIXA 3QP0A 4I0ZA 5P02A 5P0PA 3DOXA 4RYGA 3IN3A 5OZNA 3BC4A 3FKTA 4L1AB 5P40A 3PBZA 2F3FA 1AJXA 4DJWA 2P3BB 2XFKA 4CKUA 4JECA 5P10A 2BKSA 5P72A 1W5XA 1HVRA 2ZDZA 4ZEAA 3HAUA 4Y4JA 4FAFA 3VF7A 6UPJA 1JLDA 2PSVA 4YDGA 1XL2A 3UDKA 5P6OA 4Y3AA 4EP2A 1DIFA 3OQDA 3INDA 3OU3A 1EBWA 5P0MA 2Q55A 5P6CA 5P87A 5ISJA 1HVKA 3FNSA 4Y41A 4EXGA 2BPXA 4J5JA 5P0QA 3KF0A 4GJ7A 4Y4UA 2BQVA 5P32A 1D4SA 5P2ZA 2ZHTA 5P3GA 5SZ9A 3KDCA 3HW1A 5P7MA 1K2BA 4EYRA 2VNMA 5DGWA 1A8GA 2QMFA 1GVUA 1B6KA 4ZPEA 5P22A 3PMUA 5HTZA 3PB5A 4H3GA 3URIA 3B80A 1MIQA 1TCXA 1DW6C 1ODWA 5DPZA 3LNKA 3APPA 3JVYA 1W50A 5P2NA 1YG9A 1MRWA 5P16A 2OAHA 4Y4ZA 3VSXA 4Y5KA 4Y47A 3SABA 4HVPA 1RNEA 3L5EA 5OZSA 4ZSMA 4I0JA 3S56A 5ISKA 1DMPA 3BRAA 3WB5A 1WBMA 3K5DA 2O4SA 5F00A 5HE5A 2FGUA 3ER5E 4Y43A 3OK9A 5P75A 5UPJA 2B60A 1W51A 3VF5A 3UQWA 5JFPA 3IVHA 4AZYA 3S43B 5P2XA 3UDRA 5P41A 1IDAA 4DH6A 5HVPA 5P8KA 3PBDA 3TOHA 2G24A 5COOA 3QROA 1HSHA 3S54A 4Y5GA 4Y48A 5P0FA 3TL9A 1FEJC 4HDPA 2VIZA 2AOEA 4L1AA 5HDVA 2Q5KA 2QZWA 2CEJA 5P3RA 5IVRA 9HVPA 2P3BA 3OUCA 5P53A 1HHPA 2AZ8A 2PWRA 4FSLA 1EBZA 5P7PA 1T7JA 4Y39A 5P3HA 2Q3KA 2A1EA 3I25A 5P03A 4R5NA 3KFRA 2AOHA 2AOIA 2VA7A 5P3LA 5P4WA 3EKQA 5P86A 3N4LA 2F8GA 5P5ZA 3INEA 4J54A 3EBZA 1Z8CA 1PSOE 3UDQA 3AIDA 5P8SA 3T7PA 3DJKA 5P6WA 5P4AA 3SA8A 2ASIA 2G1YA 3KA2A 5P1LA 2VNNA 3CICA 4NJSA 4YD6A 5P0SA 2APRA 2PMAA 4Q1NA 1QBTA 4N00A 5P18A 3RTHA 5P5LA 4LXKA 5C9DA 2WF4A 2IS0A 2CENA 1RL8A 1FF0C 5P64A 5P4BA 4LBTA 3TPLA 4GJAA 1D4JA 1SBGA 5P5CA 3T7XA 3EL9A 4Z22A 5AH7A 1BDQA 2ZJIA 4S1GA 3M9FA 5P3ZA 4F73A 5IVSA 3S43A 1XL5A 4CPTA 2QHCA 3QPJA 2ZYEA 4CP7A 4COEA 1APWE 1W5YA 5P09A 3VFBA 1ZPKA 1XDHA 5KR2A 3QVCA 2JJJA 4FRIA 1HPVA 4EJDA 3QIHA 3WZ8A 5OZ8A 3DCRA 2WF3A 2P3AA 4OBFA 3OHFA 5OZ4A 4B77A 2HPEA 1EPRE 1HVCA 4L7JA 4GJCA 5P6SA 4H1EA 2AVVA 5P4ZA 1CZIE 2ZJHA 5AH6A 5P07A 2QI1A 4YE3A 5P3IA 4DUSA 1FFFC 3BHEA 3APRE 2PH8A 8HVPA 1HOSA 3PCWA 5P4XA 5HE4A 3EL1A 1MEUA 4DVFA 4DPIA 5AHCA 1HIVA 5P5SA 3UTLA 5P74A 5P8DA 2IKOA 2P4JA 5HU0A 2QZLA 3GGXA 3G72A 4Y5CA 5P3BA 1HWRA 4CPUA 3PSUA 2QMDA 2QHZA 1PPKE 4K4QA 1MTRA 4DJRA 1AJVA 2FDEA 1M4HA 1T6EX 3U7SA 1Q9PA 1AXAA 3OU4B 1HXBA 1B11A 2OHSA 3PVKA 4I12A 3OHHA 5P88A 2I4UA 1ZTZA 3Q4BA 4MC2A 2IDWA 1HTFA 5P4QA 5OYUA 5KOQA 5AHAA 1APTE 4YD5A 1W6HA 3EKPA 4RROA 2J9JB 5P2IA 3VV6A 2I0DA 5DGUA 1QBUA 2HS2A 3SQFA 4EWOA 3OOTA 5P13A 3Q6YA 4Y58A 5P7GA 4DJOA 2PQZA 2IL2A 4D83A 5P6JA 3NDUA 1Z1HA 4FLGA 3R0WA 4LXAA 3O9DA 4K4PA 4K9HA 3S8IA 1XN3A 4Y3SA 1OEXA 2F3KA 4DJQA 2G26A 2QI3A 4J0TA 3INHA 3U6AA 3UDMA 4GJ6A 1IZDA 5BWYA 4HLAA 2OHNA 4NJTA 4D88A 3NU5A 1A8KA 1LF3A 1SMEA 1FMXA 5P2LA 3TPRA 2QK5A 2CEMA 3LZYA 3PSYA 1A94A 3OUBA 5P2FA 5KQXA 4Y4EA 1EPNE 5SY2A 3VUCA 3UQXA 3HVPA 3O9BA 4I10A 5P0IA 5C9FA 4ACUA 3VEUA 5IS4A 5P6VA 5P7IA 2NR6A 5P6NA 5P6EA 5P84A 5P8IA 4J1KA 5P4LA 1XN2A 4LC7A 4DV9A 5OZ6A 3TKWA 5P81A 2FGVA 3IXOA 2QD7A 2WF0A 5HCOA 4D8CA 1KJGA 4QLHA 3VFAA 5P2CA 3O9IA 3DCKA 3K5GA 3O9AA 5P8RA 2NTRA 5P23A 5P1YA 1D4IA 3OXVA 2OHQA 5P8CA 2G1OA 5DR8A 2P83A 5P4JA 4Y50A 4B1DA 3PLDA 5P2GA 1M0BA 1BBSA 1LS5A 3NXNA 5P2WA 2H6TA 5HDUA 4FL8A 2V11C 3NDXA 3ECGA 5P5YA 3T11A 4BFDA 5OZOA 5P11A 2NXDA 3VSWA 3LINA 5CLMA 2QI6A 4Y9WA 5CONA 1XE5A 5P36A 2WL0A 4CPXA 3UDJA 4RYCA 5P1UA 3L5BA 1HIHA 4Y5BA 3ER3E 3NXEA 4FRJA 5OZDA 2AOJA 5F01A 5OZRA 1IZHA 3ZKIA 5P5IA 4HE9A 5P7UA 2B7FA 5JG1A 1BWAA 1IVPA 5P7LA 3D3TA 7UPJA 2OHMA 2R3WA 5P24A 1G35A 5DR1A 4DPFA 3SPKA 4GIDA 4CMSA 4PZWA 4DJXA 1NPVA 2AVSA 5P1OA 5P6BA 2QI5A 2QZXA 4RCEA 4RCDA 5OYZA 1YM4A 3BUFA 3PCZA 5P7WA 1T6GA 1C6XA 5OZTA 5P8AA 4Y3EA 3CIDA 4DFGA 2IRZA 2VJ9A 3Q5HA 4GYEA 4RVJA 3IN4A 5OZAA 4I0GA 4Y4XA 1HBVA 4MC6A 5P4FA 2UXZA 4Y3NA 4TRWA 1GVVA 5KQYA 3L3AA 1LF4A 4WTUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P30 A;  5P5B A;  3IXK A;  4Y5E A;  3OWN A;  5P3N A;  1MVP A;  3KFN A;  4PPH A;  3VV8 A;  4YD3 A;  5P3P A;  2V16 C;  4A6C A;  5OYY A;  3OY4 A;  4BEL A;  1F34 A;  2V12 C;  4I0D A;  5P6P A;  3KN0 A;  1BWB A;  1TSU A;  5OZI A;  5P2O A;  1OEW A;  3I6O A;  2Z4O A;  1GVW A;  4RRS A;  5P8H A;  4APR E;  4H3J A;  1LV1 A;  1SMR A;  1NPA A;  4D89 A;  1EPM E;  5P12 A;  2H6S A;  2PK6 A;  1SIP A;  4GZF A;  4FRS A;  3BVA A;  3SO9 A;  1ME6 A;  1YT9 A;  2Q54 A;  3UFL A;  3OUD A;  4NJU A;  4DQH A;  1MT7 A;  3OUA A;  5P45 A;  4U8W A;  5P1X A;  3LIZ A;  5KR8 A;  2OHP A;  5OZJ A;  2QP8 A;  5P8T A;  1BXQ A;  3SAA A;  4TRY A;  4DI2 A;  4B1E A;  4MC1 A;  2QMP A;  4FM7 A;  3OQA A;  1FG6 C;  2WJO A;  1KZK A;  5P4D A;  4APE A;  1BIM A;  3BXS A;  4JPE A;  3UQU A;  1U8G A;  4PHV A;  5P0N A;  1QBS A;  2IGY A;  1W5V A;  1BDR A;  3I2L A;  4Y53 A;  1FGC C;  4DJY A;  4EXH A;  4FE6 A;  3GGU A;  4YCY A;  1ZBG A;  5DR4 A;  1QDM A;  3GI6 A;  3VYF A;  3S2O A;  3O9L A;  5P3Y A;  4Y37 A;  1QRP E;  4Y6M A;  1A30 A;  4Y57 A;  3B7V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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