1FQ6A

X-ray structure of glycol inhibitor pd-133,450 bound to saccharopepsin
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
GGHDVPLTNYLNAQYYTDITLGTPPQNFKVILDTGSSNLWVPSNECGSLACFLHSKYDHEASSSYKANGTEFAIQYGTGSLEGYISQDTLSIGDLTIPKQDFAEATSEPGLTFAFGKFDGILGLGYDTISVDKVVPPFYNAIQQDLLDEKRFAFYLGDTSKDTENGGEATFGGIDESKFKGDITWLPVRRKAYWEVKFEGIGLGDEYAELESHGAAIDTGTSLITLPSGLAEMINAEIGAKKGWTGQYTLDCNTRDNLPDLIFNFNGYNFTIGPYDYTLEVSGSCISAITPMDFPEPVGPLAIVGDAFLRKYYSIYDIGNNAVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structures of five renin inhibitors bound to saccharopepsin: exploration of active-site specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SACCHAROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 83
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.25: Saccharopepsin.
pdb deposition date 2000-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fq6A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fq6A02
5KAOA 2QU3A 2OHQA 1HVLA 3EKWA 4J5JA 2VKMA 5EZZA 3L5FA 5P84A 5KOQA 2F3KA 4DJRA 1GNOA 3GGAA 4U7VA 5P3BA 1HVRA 2HS2A 1EPPE 5P5IA 5P1PA 4FSEA 3ZKIA 2AZCA 2NPHA 5P88A 5OYYA 1D4YA 5OZFA 1W50A 5P8BA 4QJ6A 4ZE6A 5P81A 4R95A 5SY3A 3QIHA 3VF5A 2FLEA 4L7JA 3RU1A 2IL2A 1MRXA 2NNKA 3HW1A 1PSOE 2F81A 2G1SA 3PRSA 4Y3SA 3UF3A 5P5GA 3SA7A 4D89A 4AA9A 1DIFA 4FE6A 3BGBA 2WF3A 2R8NA 5P2HA 3PVKA 5P4LA 1T7JA 3OTSA 3BRAA 5P8RA 3ZKQA 4Y47A 1ZTZA 2V10C 1ODWA 3PMUA 3OOZA 4FAFA 4TVGA 3BGCA 5OZ3A 5P2XA 5DQ5A 5P22A 5P3MA 9HVPA 5P2VA 1HXWA 4NPTA 4FM6A 3DV5A 1VIKA 5P5LA 3NSHA 5P44A 3OADB 2R38A 3L5EA 1J71A 2BB9A 5P6TA 1IZDA 2HAHA 5ER1E 4FM8A 3SM1A 2O40A 3PGIA 4Y3RA 2WF2A 4OBZA 5P6GA 4QJ7A 1M0BA 4B70A 5P6RA 4H3JA 3DOXA 2V13A 5KQZA 3L3AA 5P2EA 4CPWA 4DFGA 4RYGA 3SA9A 3NDUA 2HB3A 4Y3QA 2P3DA 1XN2A 3URLA 4Y50A 5P1RA 4HE9A 5P3AA 5P6ZA 3VV7A 2QD6A 4YCYA 2FNSA 3MWSA 1FKNA 1SDUA 1WBKA 1E81E 3PM4A 4L1AA 2PH6A 1LEEA 3EKPA 2I4XA 3WB4A 4ER1E 2G94A 2XFKA 5P0IA 2I4QA 3HAUA 3BUHA 3UDYA 5P7CA 5P28A 5KR2A 5F01A 5P1OA 5P0SA 3DCRA 1ME6A 5P6HA 5BWYA 2AOIA 2F3FA 4K8SA 4KE0A 3KM4A 3SFCA 5HCOA 1GVTA 4RCDA 1HVHA 1ZBGA 5P3XA 1PROA 4B0QA 4J0ZA 3OU1B 4LXKA 4FSLA 2ER7E 2BPWA 4HEGA 1GVVA 5CONA 1HTGA 1T7KA 2G22A 4DQFA 5P3DA 3N3IA 5OZ8A 3CKPA 4Y4GA 5P78A 2JYSA 5P8FA 1T6EX 5P18A 3SQFA 1DPJA 2B8LA 5HE4A 3ZPTA 1LF4A 5OZGA 5P0TA 1UH7A 3VV6A 2PK6A 4Q1XA 4Y43A 5P0UA 2VA6A 3EL0A 5P3IA 4OBJA 5P5CA 4N00A 5ENMA 1T7IA 3K5GA 2VIJA 4YCTA 4YD6A 5J25A 1MUIA 3OU3A 1LF3A 3FX5A 3SLZA 2Z54A 4DQBA 1APTE 4CPTA 3LPJA 1EAGA 2Q54A 5P7BA 5UPJA 1EC0A 5C9BA 4NPUA 4Y4AA 1KJHA 5P8KA 2RKFA 2APRA 5P1JA 3EL1A 2A1EA 5JG1A 2P83A 5DR4A 1HPSA 5OZMA 4U7QA 4DPFA 3IN3A 1XL5A 4Y4EA 7UPJA 5P0YA 3Q4BA 2FDEA 2QP8A 3QRMA 5P5BA 5P89A 1AJVA 5P0MA 5P25A 1BV9A 2OHPA 3OGPA 1SDTA 5COPA 4RROA 5P0QA 1RV7A 3LPKA 5P6UA 4Y3ZA 3OTYA 5OZ6A 1PFZA 4FRJA 2J9JB 3D20A 5E5KA 5OZQA 2QZLA 3GGUA 5FIVA 4J0VA 4DQHA 1APUE 5P1TA 5COOA 5P26A 5P5WA 5P7AA 3APRE 4CPRA 5P50A 5I3YA 1K1UA 4ZPEA 2FDDA 3OQ7A 2I1AA 5P5EA 5OZOA 3U71A 2AOCA 4CPXA 2QD8A 4Z50A 4Y4WA 5P24A 3LZSA 5P6FA 5BRYA 5P33A 3NUJA 5OZYA 1HIVA 1QBSA 2Q64A 3DJKA 1ZPAA 6UPJA 5P1YA 1HBVA 3BUFA 3KFPA 5P1WA 1MESA 1F7AA 5P3JA 4GMIA 1E80E 5P0CA 3S53A 3SA8A 5P3NA 4Y3WA 2G26A 2O4SA 3EKTA 3NXEA 5P5DA 3C9XA 4JOOA 3URJA 4I12A 5P1BA 3OU4A 3U6AA 3DUYA 3KA2A 3SA3A 4Y4JA 2J9JA 2IENA 3L5BA 4J1IA 1FMUA 3OUBA 4PZWA 5P3RA 5OZLA 3KFNA 1PPKE 3SA5A 2R5QA 1B6LA 5P1IA 4GIDA 1A30A 3QVCA 4YOBA 1SH9A 3O9LA 3OHFA 4OBKA 4HVPA 2VA5A 2QI3A 4HDPA 4Y3YA 4LXMA 3TH9A 3OQAA 5OZJA 1XE6A 4OC6B 2ER9E 4EJLA 3QI1A 5P4ZA 3PSYA 5OYWA 3I25A 5AGZA 5OZVA 5P7MA 4M8YA 1UH8A 3CYWA 3T7XA 2G1YA 3PHVA 4EXHA 5F00A 5P13A 1ZLFA 3CKRA 3PMYA 2PK5A 5DQ2A 1IVPA 2QU2A 5OZIA 4D85A 4TRWA 1KJGA 4CKUA 2QMFA 4M8XA 5P2MA 5P5QA 3VEUA 4NKKA 1K2BA 4H3IA 1SGZA 2BKTA 3UDMA 4OBDA 3K4VC 5I3WA 4Y3HA 5P48A 5ISJA 4ZSPA 3KN0A 2HB2A 2UPJA 4OC6A 1K1TA 5P6DA 3DCKA 2FGVA 3LITA 4RLDA 1APVE 4Y38A 3I6OA 1HTRB 3PLLA 2ZHUA 1Z1RA 2JXRA 5P79A 5P6EA 4I8WA 5P65A 2ZHVA 3UQPA 5P2CA 4CPUA 1GVWA 5P8UA 2UY0A 1CMSA 4GJ6A 3D1ZA 3KFSA 4R5NA 5P0VA 4DPIA 1KJFA 4HA5A 2ER6E 3VG1A 3QP0A 3R2FA 3IN4A 1ZP8A 3UQWA 4ER4E 5P1KA 4DJVA 4PPHA 4BFDA 3IAWA 2OHMA 3EKXA 1D4KA 5P6NA 4LP9A 3FIVA 5P10A 4FRIA 2FDPA 4ZSMA 5P7EA 4QLHA 4QJ8A 2Q63A 2IRZA 4TRYA 3TOGA 5P46A 5P8TA 2ZJIA 3GGVA 5P5KA 3HLOA 4E43A 5B18A 5P1GA 3ZKXA 5P08A 5P32A 1DW6C 3O9HA 2Q55A 5HDVA 1Z8CA 3ZLQA 5P37A 5HU1A 1VIJA 2WECA 1AJXA 5OZNA 5I3VA 4OBGA 5P39A 2HPFA 1YTHA 3LIYA 4QJ9A 2FIVA 2QNQA 4QJ2A 1EEDP 1BXQA 3T3CA 4RYCA 3O9IA 4GJ8A 5P02A 1E5OE 2QMPA 2AIDA 4Q1WA 1C6XA 4YD4A 3K1WA 1BVGA 5OZZA 5P4FA 5P1SA 2ZHRA 3GW5A 5P0JA 5TOLA 3QN8A 2B42A 4KE1A 5P7RA 3TKGA 3T7PA 4I0JA 3OY4A 5P3GA 4Q5MA 5P6SA 3EL4A 3SA6A 3TPPA 1HVSA 5P1MA 4Q1YA 4HDFA 5OYRA 3DV1A 2ZJJA 3UFLA 1HVCA 3VCMA 4GYEA 4DJYA 4FM7A 3HVPA 5P56A 4XXSA 2IKOA 4NJSA 1FF0C 3B7VA 1FQ4A 1TQFA 5P8MA 1IDBA 2OHTA 5P54A 3PSUA 2I4VA 3TPRA 1IBQA 2MIPA 2P3BB 1OD1A 5P4CA 3OK9A 5P20A 5P00A 5P09A 1Q9PA 1ER8E 3KDBA 5IS4A 2F3EA 3S8IA 4NJTA 1XN3A 5P4QA 4Y5BA 5P5UA 4APRE 5P0DA 1MVPA 1UPJA 5P7QA 5P67A 5P6BA 3QRSA 3N4LA 5OZKA 4F76A 2HIZA 4DH6A 4Y4BA 5P2OA 2J9KA 5OZ0A 1FG8C 4K4PA 4YBFA 5OZHA 1BDRA 2G1OA 3SA4A 5P15A 4BELA 1MT7A 3OXCA 1HWRA 3S45A 5P7IA 5P1LA 3ER5E 4Y4TA 1EPME 4Y53A 4IVTA 5P2BA 3NU9A 4RVIA 3NYGA 1MRWA 2VA7A 1FQ7A 4TRZA 4I0HA 6APRE 1SIVA 5P7LA 3LZUA 4EJ8A 1Z1HA 3IA9A 5P7OA 2B7ZA 4FLGA 5P6IA 2PH8A 3PEPA 3LNKA 5P2RA 5P6KA 3S85A 4XKXA 5P41A 4J1FA 5P5RA 5P7VA 3TKWA 2XYFA 3OUDB 4Y6MA 2F8GA 3CMSA 4YE3A 3BVAA 4EJDA 5P2ZA 1BVEA 2WHHA 4FCOA 1QBRA 2HS1A 4HLAA 3ZKMA 3SPKA 5P2WA 1W5WA 2G21A 5SY2A 3OHHA 1LYBB 5P77A 3TOFA 4K9HA 3U7SA 5P35A 3OUAA 5P8DA 3SO9A 5P4WA 4HDBA 1FQ6A 1G2KA 5P8IA 2JE4A 1BIMA 3INFA 1B6PA 1NSOA 4X7IA 3L38A 1FQ8A 3NUOA 1OEXA 2O4NA 2B8VA 5I70A 1LYWB 1D4IA 3TPLA 2B60A 5P7YA 4HZTA 5HE7A 1EPLE 4Y5KA 5OZWA 5P4TA 4H3FA 2RENA 4R91A 4D8CA 5P4NA 5P4XA 4JPEA 5P2UA 1META 5P8VA 3G72A 1CPIA 5P1CA 3QRVA 3BHEA 3K5CA 3UQUA 2QI0A 3FV3A 4J17A 5AHCA 2AVMA 4B05A 2CENA 5ER2E 1YG9A 3MSKA 4GZFA 1W5XA 1NPAA 3UDKA 3OQKA 2NTRA 3WB5A 5P12A 1QDMA 5P0BA 4B77A 3OADA 5P16A 3OWNA 2HM1A 2ZJLA 2V0ZC 4OBFA 4GJ5A 1TCWA 3LHGA 4D88A 7HVPA 2I4DA 4GJBA 1MEUA 4Y4UA 1QBTA 2FXDA 2IGYA 1LYWA 5HE5A 4Y41A 1FFFC 2ZJMA 1EBWA 5P1AA 4L6BA 1E82E 1FG6C 4J54A 5P1QA 3S54A 1B5FB 1FMBA 2QI1A 2PSVA 3FNSA 3O9FA 2JJIA 1AXAA 2ZJKA 4Y3FA 5P3UA 5P7HA 3O9DA 5P2IA 2QMDA 4MC1A 4QJAA 1RQ9A 2OHKA 5P11A 1D4LA 4PHVA 4DUSA 1EPOE 3EC0A 1BBSA 5OZ4A 4Y35A 5OZBA 2AODA 3IXJA 3S7MA 4DJUA 3PBDA 5P7GA 2VNMA 5P8QA 4BFBA 4R8YA 3Q6YA 5P1FA 4J0PA 4DV9A 1ZSRA 4XX4A 5OZRA 4EJKA 1MSNA 3BXRA 5IVTA 2IQGA 1HTFA 3VSXA 1HIHA 2JJJA 1XS7D 5P7JA 5P5JA 3OU1A 4Y5GA 1W51A 3HVGA 3UDNA 4CP7A 5P53A 1B5FA 2G1NA 4RZ1A 3UDRA 5P0ZA 3Q5HA 3UHLA 5DQCA 2P4JA 1BILA 2WEDA 1A8GA 3R4BA 3RSXA 3RVIA 1YX9A 2WKZA 5P43A 3GGXA 2OHNA 3FKTA 4Y5AA 2ZYEA 3OXVA 5KR8A 3IGBA 4LL3A 5IVRA 4Y5MA 5P4VA 3SM2A 2A4FA 3EL5A 5P6CA 1XE5A 1HIIA 4J1CA 4PZXA 3LIXA 2ZHSA 2Q15A 5P52A 4AZYA 1WBMA 3B80A 2PWRA 3PJ6A 5P2YA 2IDWA 2PWCA 3UDPA 3IVIA 2NXDA 2QZWA 4R92A 3PBZA 4DJQA 3A2OA 4KUPA 5P7TA 2XFIA 2QI4A 5P07A 3UQXA 3L5DA 2PYMA 3O9CA 3L59A 3UDQA 3O99A 1MIQA 1AM5A 3ZKGA 5P1DA 5OZDA 4Y3GA 3QVIA 4GJ9A 3L5CA 5DR0A 1FQXA 4PEPA 3WZ6A 2BPYA 3MXDA 3T11A 1BXOA 3NU4A 3O9GA 5OZ7A 5P7FA 5IVSA 2CEJA 1TZSA 1PPLE 3OXWA 5P5AA 4Y44A 1TSQA 2XYEA 3BC4A 4FGXA 4Y45A 4WY1A 5P64A 5P85A 5OYXA 4ZPFA 1AIDA 5P6WA 5P68A 4Y3TA 2FMBA 3EXOA 2ZJNA 5OYUA 4ZEAA 2PSGA 4J1HA 4YD5A 5P6PA 4JECA 1APWE 2OF0A 3WZ8A 4Y3DA 5P7XA 1C6ZA 5OZEA 5P3TA 1OEWA 3H5BA 2RSPA 5P8PA 2WL0A 5P3YA 1A9MA 5P0LA 4Q1NA 1HHPA 2AZ8A 4FL8A 3UPJA 4Y3JA 3TL9A 5DGWA 1MTRA 2OHLA 4Y3XA 4YOAA 2FNTA 3OAGB 3OQFA 2AZBA 1HEGE 2BJUA 3EKVA 3OGQA 1RL8A 2OHSA 3MSJA 3ZKSA 1IIQA 5KQYA 4JPCA 5DQ1A 5IVQA 2UXZA 4QGIA 1IDAA 4TVHA 3AIDA 2ER0E 5IE1A 2QI7A 1A8KA 3GI4A 1FGCC 4YA8A 5P62A 5OYVA 3INDA 3QBFA 4Y3PA 1YTJA 4Y48A 3INHA 2BPVA 1IZIA 1TCXA 5P75A 3LIVA 4NJVA 3RTMA 5P27A 4Y54A 1DAZC 5P2NA 1LZQA 4Y51A 5P8LA 3O9AA 4B1CA 2AVQA 3UDJA 3QPJA 4L7GA 4ZSRA 5JFUA 2ZJHA 4MC9A 2AVVA 5P0EA 5P80A 3VUCA 1LYAB 3DM6A 3UTLA 2NXMA 5P60A 5P42A 1HRNA 3OAGA 4LC7A 2QAKA 2VIZA 4A6CA 3NDTA 5P8AA 4COEA 4GJ7A 3TNEA 5P6JA 1EC3A 3GI6A 1G35A 3VYDA 3D91A 2CEMA 1A94A 1BDLA 3M9FA 5P1NA 5P71A 2XFJA 5P1HA 8HVPA 3QBHA 4Y39A 1FQ5A 3TLHA 1AZ5A 3IXOA 5JFPA 3SKGA 4I0FA 3VYFA 4APEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KAO A;  2QU3 A;  2OHQ A;  1HVL A;  3EKW A;  4J5J A;  2VKM A;  5EZZ A;  3L5F A;  5P84 A;  5KOQ A;  2F3K A;  4DJR A;  1GNO A;  3GGA A;  4U7V A;  5P3B A;  1HVR A;  2HS2 A;  1EPP E;  5P5I A;  5P1P A;  4FSE A;  3ZKI A;  2AZC A;  2NPH A;  5P88 A;  5OYY A;  1D4Y A;  5OZF A;  1W50 A;  5P8B A;  4QJ6 A;  4ZE6 A;  5P81 A;  4R95 A;  5SY3 A;  3QIH A;  3VF5 A;  2FLE A;  4L7J A;  3RU1 A;  2IL2 A;  1MRX A;  2NNK A;  3HW1 A;  1PSO E;  2F81 A;  2G1S A;  3PRS A;  4Y3S A;  3UF3 A;  5P5G A;  3SA7 A;  4D89 A;  4AA9 A;  1DIF A;  4FE6 A;  3BGB A;  2WF3 A;  2R8N A;  5P2H A;  3PVK A;  5P4L A;  1T7J A;  3OTS A;  3BRA A;  5P8R A;  3ZKQ A;  4Y47 A;  1ZTZ A;  2V10 C;  1ODW A;  3PMU A;  3OOZ A;  4FAF A;  4TVG A;  3BGC A;  5OZ3 A;  5P2X A;  5DQ5 A;  5P22 A;  5P3M A;  9HVP A;  5P2V A;  1HXW A;  4NPT A;  4FM6 A;  3DV5 A;  1VIK A;  5P5L A;  3NSH A;  5P44 A;  3OAD B;  2R38 A;  3L5E A;  1J71 A;  2BB9 A;  5P6T A;  1IZD A;  2HAH A;  5ER1 E;  4FM8 A;  3SM1 A;  2O40 A;  3PGI A;  4Y3R A;  2WF2 A;  4OBZ A;  5P6G A;  4QJ7 A;  1M0B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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