1FQ7A

X-ray structure of inhibitor cp-72,647 bound to saccharopepsin
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
GGHDVPLTNYLNAQYYTDITLGTPPQNFKVILDTGSSNLWVPSNECGSLACFLHSKYDHEASSSYKANGTEFAIQYGTGSLEGYISQDTLSIGDLTIPKQDFAEATSEPGLTFAFGKFDGILGLGYDTISVDKVVPPFYNAIQQDLLDEKRFAFYLGDTSKDTENGGEATFGGIDESKFKGDITWLPVRRKAYWEVKFEGIGLGDEYAELESHGAAIDTGTSLITLPSGLAEMINAEIGAKKGWTGQYTLDCNTRDNLPDLIFNFNGYNFTIGPYDYTLEVSGSCISAITPMDFPEPVGPLAIVGDAFLRKYYSIYDIGNNAVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray structures of five renin inhibitors bound to saccharopepsin: exploration of active-site specificity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SACCHAROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 70
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.25: Saccharopepsin.
pdb deposition date 2000-09-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fq7A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1fq7A02
5P8KA 2WKZA 5P1YA 3JVYA 4J1HA 5P2IA 2Q64A 3LITA 1FF0C 3Q4BA 5P04A 5P29A 1YTHA 3TTPA 5P45A 4LBTA 3PCZA 5P4OA 4ACXA 2QCIA 1ZBGA 1EBZA 2G22A 5IVSA 4E43A 1EPLE 4UPJA 3INEA 2HS1A 4BELA 3S56A 2QI0A 5PEPA 3ZPUA 3KFSA 3OUCA 2FNSA 3D3TA 4ACUA 2IDWA 5OZIA 5ER1E 1FFIC 3DV1A 3O9AA 5P7KA 5ENKA 5KR1A 2QAKA 1ME6A 5P5IA 5P6LA 3TKWA 5OZ1A 5P2BA 2QI7A 3AIDA 1MTRA 4L1AA 4Y3RA 3EKTA 3PWMA 5P6GA 2CEJA 5AH8A 3VYDA 5P3JA 2A4FA 3KT5A 3MXDA 5P1HA 5KAOA 5IVQA 5ISJA 1GVTA 1SH9A 5P1MA 4JOOA 3LPJA 3TPRA 4FS4A 2G1SA 4OD9B 3Q5HA 3CYXA 3DV5A 5P76A 5P55A 2G24A 3QAAA 2APRA 2J9JB 4Y57A 1DAZC 2QD7A 3ZKQA 5P74A 3DCRA 4FRJA 4RVXA 2Q63A 5P8SA 3VV8A 4LP9A 3QN8A 3OU1B 4QJ2A 1PROA 1HTGA 2OHKA 5P5XA 2V13A 5P8IA 1ODXA 3NSHA 5P34A 3OQAA 1KZKA 4I11A 4DJPA 3CICA 2FMBA 4K4PA 2V12C 3DJKA 3SABA 2UY0A 3ZPSA 4DQGA 4RRSA 2AVQA 1GVVA 2QNNA 1YTJA 3ECGA 1QS8A 3WZ7A 3A2OA 3QRVA 4XX3A 3FV3A 4B00A 5P1VA 1YM4A 3LIZA 5P07A 4EPJA 4RLDA 1GVXA 3LHGA 2OHSA 4B05A 4HA5A 4U8WA 4QJ6A 1FGCC 2Q3KA 1ODWA 4Q1YA 5P68A 4MC6A 5P4PA 2AOIA 5P38A 5P0YA 4Y3JA 1OEXA 5P1GA 4R5NA 4FIVA 3INFA 3RTMA 5DPZA 5P20A 3BGBA 2QHCA 2QNPA 1J71A 1C70A 3TPLA 2QZLA 1SMRA 1UPJA 4Y43A 5OYRA 2RSPA 5P6QA 1KJ4A 1EBKC 3GGXA 3SA9A 5BS4A 3OQKA 3U7SA 5P6HA 3VSXA 5P5LA 1FMBA 2QMGA 3ZOVA 1ZLFA 3OY4A 1DMPA 5P1KA 3ST5A 4FAFA 5P6SA 5P6FA 2ZJLA 3BGCA 2WHHA 1HWRA 2QMDA 1FMXA 5OZ0A 5P2VA 3FNTA 3SA4A 4OC6A 4Y6MA 4TRYA 4ZPEA 5P7BA 2BKTA 3FIVA 1UH9A 3VG1A 5P7YA 4NJUA 3UQUA 4J0TA 3S54A 5DR1A 1BXOA 2NXDA 1FG6C 1QBUA 5P43A 1MSNA 4RGHA 5HDUA 3JW2A 1XS7D 3OAGB 1RV7A 3L5CA 4B1EA 2AZ8A 1XE5A 3TOGA 4EJKA 4QLHA 5C9BA 5P5DA 4RVJA 5P86A 3RSVA 5OZAA 2R5QA 5P4YA 2AOFA 1XN2A 1HIHA 3IVHA 5P14A 1EPPE 4K8SA 3NDXA 3VLAA 4B77A 3VEUA 5I3XA 4ZSPA 3ZPTA 2WL0A 4Y5EA 5P4FA 5P3EA 5P8UA 4AUCA 3IXKA 1Q9PA 5P5TA 2JJJA 4ZPFA 3UQXA 3BRAA 5P09A 3NR6A 4PZWA 3OOTA 5OZQA 2AVMA 5P3UA 5HDZA 5P0IA 1HTEA 3ZLQA 5OZ7A 5P57A 4FL8A 3SO9A 3OXVA 3GI5A 1BILA 2O4LA 3PHVA 5OYUA 3SKGA 5EZZA 5P2AA 4HDBA 2FDDA 3K1WA 4Y4XA 1XN3A 4Y47A 5P4HA 3FX5A 5P65A 1T6EX 5P0MA 2B8LA 1HXBA 4I0FA 5P2NA 2HC0A 5P35A 5I70A 1HSHA 1SBGA 5P4VA 2WF2A 2OHMA 3EL0A 5COPA 4AZYA 5P4IA 4EJLA 2G94A 2XYEA 4J54A 4LL3A 2G26A 3R4BA 5P7IA 5P2XA 3LPIA 2ZJNA 4FSEA 2P3BB 3KF0A 2V00A 2RMPA 6APRE 2VNMA 3NU4A 3PSYA 5HE5A 4YCKA 3WB4A 1HOSA 2R9BA 3Q6YA 2AVVA 2G1OA 4OBKA 3T7QA 2WEDA 5P84A 3GI4A 4Y4AA 5JFUA 5OZ5A 5C9FA 5P42A 5P8MA 2NNKA 2Q5KA 2IENA 2WF3A 3L5BA 4NPUA 5P4CA 3GI6A 2RKGA 3FNSA 1IVPA 4X2LA 3FKTA 4DQBA 5P2YA 5P0JA 4APRE 2ZDZA 2IRZA 5P4SA 1PSOE 3OWNA 2FXDA 2PYNA 4CPSA 2ZJIA 1G2KA 2OAHA 2WJOA 4OBZB 5P5SA 1YX9A 4TVGA 3R1GB 4R91A 3H0BA 5P1FA 2ZHVA 1ZTZA 4Y3TA 3PBDA 2PQZA 4RRNA 4Y3HA 1SGZA 3OHHA 2BQVA 5HD0A 4X7IA 2QI5A 3LINA 3OQ7A 2FLEA 1DIFA 2NMZA 3UDYA 4Y4TA 5P1JA 1QDMA 2HPEA 3IGBA 4L1AB 2JE4A 5P7WA 1D4YA 1XL2A 4YBFA 5OZCA 2PH6A 3G6ZA 3HAUA 2XFJA 5P08A 5P0WA 5DGWA 5OZ4A 1QRPE 3VV7A 5P37A 1FQ8A 5P78A 3K5DA 2OHTA 3I25A 2FDPA 7HVPA 5P2JA 3EM3A 2FGVA 5OZ6A 4Y4EA 1IZIA 2ZJHA 3OADA 4RVIA 3OK9A 2AIDA 3QVIA 1FQ4A 4HEGA 4Q5MA 5P0UA 3EC0A 3BUGA 2QZKA 5P70A 1GNOA 3BXSA 1AAQA 2WECA 4Y3GA 4J1CA 3EKYA 1B6JA 1AJVA 3VUCA 5P3MA 5P11A 3M9FA 1U8GA 3I7EA 5P73A 3BUFA 1YG9A 3OUBA 5P3TA 3OQFA 4DQCA 5P5UA 3K5CA 5DGUA 5P6PA 2RKFA 4Y3DA 4GJCA 1EPNE 2QHYA 5P0SA 3WZ8A 2PH8A 2R3WA 3N4LA 4F75A 2VJ6A 4ZEAA 3TOHA 1FFFC 5KR8A 1YT9A 3TPPA 2ER9E 2AOGA 2QMFA 2F8GA 1B5FB 4B1CA 1F7AA 2ZHSA 1K6PA 4L7JA 5P0XA 2PK5A 3IN4A 5P2TA 2I0AA 1MVPA 2NTRA 4FAEA 3O9LB 4OBGA 4GJ8A 5P6UA 4RZ1A 4ZSQA 5AH6A 4Y39A 4Y3FA 3GGVA 5P0EA 3O99A 4NKKA 2G21A 1UH8A 5AHBA 2NPHA 1TSUA 5P3HA 4HVPA 4DJYA 3I6OA 4QJ8A 2NR6A 1HPOA 2QD8A 1CMSA 1QBRA 4FRSA 3HLOA 5OYWA 5P6YA 3NU6A 4FSLA 4Y3WA 2I4QA 4U7VA 3LIQA 4JPEA 1XL5A 3OGQA 2BPXA 4Y3NA 1K6TA 3PLDA 4DI2A 2ZGAA 2I4VA 4NPTA 5P46A 3PI5A 5P27A 3CKTA 4DJUA 4EQJA 5P8EA 3WB5A 1LYWA 2PK6A 1HEFE 1NPWA 4DJRA 5KQZA 4R93A 5I3YA 3D20A 3GI0A 4PHVA 1HIVA 1HVSA 3EKWA 3QBHA 2I1AA 5P4MA 3S7LA 3NDUA 4Y4JA 5P3BA 3O9GA 5TOLA 1W6HA 4ZE6A 2R43A 3EKXA 5OZOA 4EYRA 3SA6A 4RROA 5P44A 4J17A 1PPME 5P15A 3PJ6A 4D83A 4B0QA 4DPFA 2HB4A 3NUOA 5P50A 4F74A 5P6BA 1EAGA 1HSGA 4DJXA 4LXMA 4I8WA 5P3NA 2BPZA 5OZKA 3TKGA 3UQWA 3VSWA 4CPXA 5OZTA 1NPVA 4YCTA 5P2CA 5P8BA 3UDRA 4DQFA 2V16C 3EL1A 4FE6A 3NDWA 4J55A 5P32A 2ER6E 5P4QA 5P7AA 5P8NA 1HSIA 3WSJA 2F81A 4HZTA 5P1AA 3RU1A 5P64A 4I0GA 2IQGA 2ZJJA 5P3FA 1APUE 3O9BA 1HVRA 4I0ZA 1EC3A 4I0IA 2HB3A 5OYSA 5P3GA 2HB2A 2FDEA 1MESA 1E82E 3PBZA 5P54A 2AOCA 5P2ZA 5P3CA 2O4PA 5UPJA 3O9EA 5JFPA 2XFIA 3URLA 1D4LA 3NWQA 3EL4A 2V10C 3NDTA 2BBBA 4GJBA 2AZ9A 1SIVA 2O4SA 2R3TA 3HAWA 5HE7A 2AOEA 4XXSA 2OHRA 6UPJA 2WEAA 4Y50A 5P5GA 5P0OA 3OU4A 5P6IA 2Z4OA 3T3CA 2HS2A 4RCFA 2VNNA 5P8AA 2UPJA 5OZVA 4QJ9A 1FLHA 4Z22A 5AGZA 1HIIA 4EJ8A 4GIDA 3EL9A 4HE9A 5IS4A 5P00A 3PWRA 5P0BA 3NWXA 1META 5P1UA 2EWYA 1LF3A 4YOBA 1LYAA 3AUPA 2BPVA 5P4EA 1HPXA 5HU1A 5P4WA 5P7OA 2QU3A 3L38A 4J1EA 1KJ7A 3FSMA 1VIJA 3QPJA 4R92A 1A94A 2G27A 4LC7A 1B6KA 3UDQA 1QBSA 5P1LA 4H3FA 1YTIA 5P8OA 5P79A 1Z1RA 4QGIA 1HVJA 2AZBA 2PMAA 1WKRA 5P48A 4I1CA 3RTHA 5P89A 2ZE1A 5P63A 5OZEA 3OUDA 4EP3A 1SDTA 2OHPA 3ZKIA 5P28A 1FQXA 4GB2A 1MRXA 1BVGA 4J0VA 5P39A 2AOJA 5SZ9A 4H1EA 4OBFA 5P3VA 5P75A 1PPKE 5P2GA 5OZ3A 2PWCA 7UPJA 1EBWA 3SQFA 4YBIA 5OZ2A 5P33A 5OYZA 3PM4A 5P2EA 5P8HA 4DJWA 1SDUA 4Y3QA 4LAPA 2H6TA 5P71A 4D85A 5P2UA 2QD6A 5IVTA 3U6AA 2IGXA 5SY2A 5HTZA 2F3EA 5P7MA 4EJDA 5DR3A 4Y5MA 2VA7A 3SFCA 4B72A 3SM2A 5P3LA 5P7PA 5HCOA 2P4JA 4Y3XA 5P02A 3ZL7A 5P8TA 4M8YA 5DQ5A 1MEUA 3MXEA 4AMTA 4Y3YA 1IDBA 1HXWA 5P49A 4L7HA 5OYYA 5P2SA 3UDMA 5P6RA 1WBMA 3RVIA 1SDVA 3UPJA 4Z2ZA 5P5AA 3INHA 3S43A 5P0TA 2PSUA 3GGAA 1EBYA 3VYEA 5OYQA 5P8FA 4JECA 1WBKA 1T7KA 5P0GA 5J25A 4FM8A 5IVRA 3OXWA 1BWBA 3T6IA 5P1PA 4CPWA 5OYXA 4I10A 1LYBA 1MIQA 4Y5PA 2H6SA 5P66A 2I4DA 5P5VA 4Y51A 4Y54A 5HDVA 1T7JA 3TLHA 3QROA 5OZNA 4GJAA 4OD9A 1RPIA 4CP7A 4DJQA 5P6WA 2QI1A 2J9JA 4YDGA 4Y5LA 5P59A 5HVPA 3KA2A 3OU1A 1FQ7A 2G1RA 1EEDP 5P6MA 4Y9WA 4B70A 1HVKA 2CENA 3CKRA 5KR0A 2ZHRA 3PRSA 4GZFA 5P60A 2P3AA 4J0PA 1AVFA 5P3ZA 1UH7A 2AVOA 5P1BA 3EKPA 3NU9A 4YD5A 3D1YA 3EBZA 1A8GA 5P8VA 2F3FA 5P61A 5P5MA 4DPIA 3UDPA 3SA3A 5P06A 5P5PA 2HPFA 1EPME 5P23A 1TCWA 3UDHA 1QBTA 5SY3A 4I12A 5P6TA 4RYGA 1MERA 4ER4E 3IAWA 1VIKA 3UF3A 5P24A 2O40A 2VIJA 3MSKA 1OD1A 2PSVA 5P5RA 1HPSA 1EPQE 2FXEA 2B7FA 4YCYA 2OHLA 5P4GA 4OBHA 2XYFA 3NXNA 5P26A 3ZKSA 2FIVA 5CONA 2VJ9A 2RENA 3B7VA 1SIPA 5P4KA 3DM6A 3KN0A 5P4DA 3K4VA 4I8ZA 4DV9A 5P0AA 1KJFA 3QVCA 5P3OA 3TH9A 4TVHA 1ZPKA 1OEWA 3O9DA 5P8GA 5P1IA 3Q70A 1MPPA 2IL2A 3OQDA 1F34A 4FRKA 4NJSA 5P1EA 4Y3PA 2R8NA 3PMYA 3UDJA 1ZJ7A 1XE6A 5ER2E 1BBSA 1KJHA 1GNNA 3APRE 3D1ZA 5OZPA 4H3JA 1OHRA 4K4RA 5APRE 2QI4A 5P12A 3HW1A 1W5YA 3BHEA 1N49A 1CPIA 4I0JA 5DQ1A 3UQRA 2P8HA 5P47A 4MC1A 4DJOA 1BAIA 2NXMA 5P67A 5P3SA 5P3AA 5P1TA 3TL9A 4Y4DA 2VA6A 5P7SA 2IKOA 4GJDA 3OAGA 3L5FA 3ZKGA 3VF5A 1DP5A 4ZSMA 1BXQA 4XKXA 1B6MA 4Y53A 2UXZA 5DR8A 3PCWA 2PWRA 2Q11A 3IA9A 5P3IA 1RNEA 3OXCA 2IGYA 3UDKA 1DPJA 5P8PA 5P5NA 2I4WA 1HVHA 3OU4B 4Y3SA 1HTRB 3BUHA 3S85A 4KB9A 3T7PA 4AA8A 1AZ5A 2I0DA 5OZSA 3ZMGA 4WY6A 5P4RA 3SAAA 5P03A 1A8KA 1Z8CA 3UHLA 5P85A 5P7EA 5P8CA 1M0BA 5P6JA 4RCDA 5P4XA 1LYAB 3OXXA 3R0WA 5P53A 5P4TA 5P3KA 5P5BA 2AZCA 5P16A 4ZLSA 5P22A 4FCOA 1IZEA 2FNTA 2QZXA 1M43A 3LIYA 3QRSA 2JJIA 4A4QA 3SA5A 1IZHA 4J1IA 4RCEA 2NMYA 3I8WA 1T3RA 2WF0A 5P6OA 5P2DA 1FQ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8K A;  2WKZ A;  5P1Y A;  3JVY A;  4J1H A;  5P2I A;  2Q64 A;  3LIT A;  1FF0 C;  3Q4B A;  5P04 A;  5P29 A;  1YTH A;  3TTP A;  5P45 A;  4LBT A;  3PCZ A;  5P4O A;  4ACX A;  2QCI A;  1ZBG A;  1EBZ A;  2G22 A;  5IVS A;  4E43 A;  1EPL E;  4UPJ A;  3INE A;  2HS1 A;  4BEL A;  3S56 A;  2QI0 A;  5PEP A;  3ZPU A;  3KFS A;  3OUC A;  2FNS A;  3D3T A;  4ACU A;  2IDW A;  5OZI A;  5ER1 E;  1FFI C;  3DV1 A;  3O9A A;  5P7K A;  5ENK A;  5KR1 A;  2QAK A;  1ME6 A;  5P5I A;  5P6L A;  3TKW A;  5OZ1 A;  5P2B A;  2QI7 A;  3AID A;  1MTR A;  4L1A A;  4Y3R A;  3EKT A;  3PWM A;  5P6G A;  2CEJ A;  5AH8 A;  3VYD A;  5P3J A;  2A4F A;  3KT5 A;  3MXD A;  5P1H A;  5KAO A;  5IVQ A;  5ISJ A;  1GVT A;  1SH9 A;  5P1M A;  4JOO A;  3LPJ A;  3TPR A;  4FS4 A;  2G1S A;  4OD9 B;  3Q5H A;  3CYX A;  3DV5 A;  5P76 A;  5P55 A;  2G24 A;  3QAA A;  2APR A;  2J9J B;  4Y57 A;  1DAZ C;  2QD7 A;  3ZKQ A;  5P74 A;  3DCR A;  4FRJ A;  4RVX A;  2Q63 A;  5P8S A;  3VV8 A;  4LP9 A;  3QN8 A;  3OU1 B;  4QJ2 A;  1PRO A;  1HTG A;  2OHK A;  5P5X A;  2V13 A;  5P8I A;  1ODX A;  3NSH A;  5P34 A;  3OQA A;  1KZK A;  4I11 A;  4DJP A;  3CIC A;  2FMB A;  4K4P A;  2V12 C;  3DJK A;  3SAB A;  2UY0 A;  3ZPS A;  4DQG A;  4RRS A;  2AVQ A;  1GVV A;  2QNN A;  1YTJ A;  3ECG A;  1QS8 A;  3WZ7 A;  3A2O A;  3QRV A;  4XX3 A;  3FV3 A;  4B00 A;  5P1V A;  1YM4 A;  3LIZ A;  5P07 A;  4EPJ A;  4RLD A;  1GVX A;  3LHG A;  2OHS A;  4B05 A;  4HA5 A;  4U8W A;  4QJ6 A;  1FGC C;  2Q3K A;  1ODW A;  4Q1Y A;  5P68 A;  4MC6 A;  5P4P A;  2AOI A;  5P38 A;  5P0Y A;  4Y3J A;  1OEX A;  5P1G A;  4R5N A;  4FIV A;  3INF A;  3RTM A;  5DPZ A;  5P20 A;  3BGB A;  2QHC A;  2QNP A;  1J71 A;  1C70 A;  3TPL A;  2QZL A;  1SMR A;  1UPJ A;  4Y43 A;  5OYR A;  2RSP A;  5P6Q A;  1KJ4 A;  1EBK C;  3GGX A;  3SA9 A;  5BS4 A;  3OQK A;  3U7S A;  5P6H A;  3VSX A;  5P5L A;  1FMB A;  2QMG A;  3ZOV A;  1ZLF A;  3OY4 A;  1DMP A;  5P1K A;  3ST5 A;  4FAF A;  5P6S A;  5P6F A;  2ZJL A;  3BGC A;  2WHH A;  1HWR A;  2QMD A;  1FMX A;  5OZ0 A;  5P2V A;  3FNT A;  3SA4 A;  4OC6 A;  4Y6M A;  4TRY A;  4ZPE A;  5P7B A;  2BKT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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