1G35A

Crystal structure of hiv-1 protease in complex with inhibitor, aha024
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Synthesis and comparative molecular field analysis (CoMFA) of symmetric and nonsymmetric cyclic sulfamide HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1g35A00
1EBWA 5P0CA 1YTHA 1QBTA 5P5MA 4YBIA 1MSNA 2PMAA 5AGZA 3FIVA 4FSLA 2IEOA 1ER8E 1HWRA 5P45A 2RMPA 5KR2A 3CIDA 5P4HA 2V00A 4FCOA 4ZPFA 1W5WA 1SIPA 2AVOA 1ZJ7A 5P8GA 2AODA 5P0SA 4I10A 3BGCA 1FF0C 2R9BA 1GNOA 4RRSA 5P08A 4Y6MA 3TPJA 1HVRA 1HPOA 5DPZA 3HZCA 5AHBA 5OZHA 1XDHA 3T3CA 5SY2A 2Q5KA 5OYTA 3VYFA 4YD7A 2ZHUA 4EXGA 3OADB 3SA5A 5P4QA 1DMPA 5P5QA 3VF3A 4J0TA 2Q11A 2NXMA 4J1FA 4Y4TA 4RCEA 3ZKSA 4ZPGA 3PB5A 5P5YA 5IVSA 2G21A 4ZPEA 4EQ0A 1BBSA 4Y4AA 1TQFA 4FM6A 4DQCA 3QBHA 3VV8A 3APRE 1XL2A 4L7JA 3EKPA 3BVAA 5P1YA 5DQCA 4BFDA 5P56A 2QK5A 2R5QA 2EWYA 3OUCA 3UQXA 5IVRA 5P37A 2VIYA 2Q64A 5HCTA 5P0YA 3L5EA 5P09A 4Y3PA 1HTEA 3OADA 4FAEA 3T7QA 4OBGA 3KMXA 1PSAA 4CPWA 3PHVA 2I0DA 5OZDA 4Y50A 3I8WA 1BAIA 1XL5A 2RENA 4QGIA 5P6VA 2R3TA 5P2KA 3KMYA 3R0WA 4RROA 3NU5A 4E43A 2QI6A 1LYAB 1HVKA 4IVTA 4K8SA 5P2NA 4LHHA 5P3CA 4Y36A 5P0LA 1SMEA 2IL2A 1TSQA 5P8OA 2R8NA 4J0PA 2PK6A 4ZSQA 4DQGA 3SKFA 1FMUA 2AOGA 5P3EA 1IZDA 1FG8C 5P5TA 4HZTA 5OZPA 5P7LA 5SY3A 4Y45A 1Q9PA 3LZVA 3IXKA 2MIPA 3IGBA 3ER5E 3OAGB 5P2BA 5OZXA 5P0VA 4WY6A 5P71A 4NJSA 4GJDA 5BWYA 3S43B 1XE6A 4X7IA 5P28A 3KFNA 2PK5A 3N3IA 2O4NA 1LYWB 5P5SA 3QRSA 5P3DA 1BDLA 5P81A 2WF2A 1A9MA 4L1AB 5P0UA 5P6UA 1LYAA 4H3FA 4J1KA 2P3AA 3DCRA 1F7AA 3NWXA 5P1LA 2VJ9A 4DQBA 5P0PA 4BEKA 4Z2ZA 5P5FA 5P0DA 4I0GA 2IKUA 4Y4BA 1HTFA 3MXDA 5P3NA 1TW7A 4B72A 3KYRA 5HDXA 2P3DA 3DOXA 1YT9A 3GW5A 5P1SA 3OAGA 4DQHA 1C6YA 2IRZA 4CKUA 1PSOE 3OOTA 2NNKA 3ZKXA 3PEPA 5P52A 4HDBA 5P1RA 6APRE 5P6IA 3S43A 4XKXA 1Z1RA 5P6YA 1SGUA 1FG6C 4GJ7A 3T7XA 5P5GA 4K4QA 1GVTA 1LYWA 1ZSFA 4Y5LA 4OBZB 4CP7A 5P6GA 1AAQA 3OXVA 4H3IA 3OTYA 1W5VA 5ENMA 3F9QA 4DPFA 5JFPA 1B6JA 2G20A 2FS4A 5OZOA 1BV7A 3RU1A 4KE0A 4EQJA 3QVCA 2F3KA 5DR4A 3ZL7A 2VIEA 4X2LA 2BKTA 3FNUA 2ZJMA 5HDVA 3UQWA 3FNSA 4AMTA 4FS4A 1JLDA 4Z50A 4EJKA 5P19A 5BRYA 1IVPA 5APRE 5P6PA 4J0ZA 4Y5AA 5P0HA 2QAKA 5DQ5A 5P27A 4GJ9A 3OTSA 3TPPA 5P7OA 2BJUA 3JVWA 5P17A 3TKWA 2VA6A 5P13A 3UQUA 1TCXA 4FGXA 3LIXA 1C6ZA 4DI2A 3OXCA 2QP8A 3URIA 4ER1E 2QI7A 5P60A 1BWAA 1M0BA 4FE6A 2ZJHA 5P6AA 3SA4A 4EPJA 5OZSA 4Y3AA 3QN8A 5P58A 5P2SA 4B05A 3PCWA 3GI5A 1D4SA 3ZPTA 3EKTA 3HDKA 2I4UA 3IN3A 1AVFA 3HVGA 3EXOA 4KUPA 1HBVA 5DQ1A 4LL3A 5P4ZA 3PLLA 3PSYA 5P8BA 2VA7A 2G24A 3OGQA 3KDDA 4HVPA 4GJ8A 2IKOA 1HTRB 1TZSA 2QMFA 2V16C 4Y3YA 3ZKQA 5P1EA 4RCDA 5P7GA 5ISJA 3M9FA 5HD0A 4F76A 5P7IA 3OQKA 3PBZA 4K4RA 3NYGA 5P64A 1FQ6A 5OZWA 3TNEA 3UFLA 5C9DA 5P6RA 4MC6A 3KM4A 1W50A 1T7KA 3O9FA 5P1WA 6FIVA 3Q6YA 1LEEA 4QJ8A 5P4TA 1BVGA 1YTIA 3EC0A 3LIQA 3SA3A 2PWCA 4D8CA 3OQAA 3CYWA 3ZOVA 1YM4A 1ENTE 4Y5NA 5AHCA 5OZZA 5P5PA 2IENA 4Y4WA 1UH8A 1FEJC 3L5CA 4Y5PA 3TTPA 4Y5CA 1HXWA 1BWBA 3LPIA 1WKRA 4NPUA 2OHTA 4Y38A 1EPQE 1D4YA 4GZFA 5OZ8A 5P12A 1MUIA 4Y4XA 5P0OA 3OGPA 5P8SA 2QMDA 5CONA 4AA8A 5KOQA 3SACA 1D4HA 3TLHA 1W6HA 2B7FA 4MC2A 1C6XA 4I0JA 3OXWA 5P6XA 5P15A 5P20A 5P6EA 5P22A 5P04A 3PGIA 3PI5A 5P61A 3WZ8A 2F81A 5P32A 3TOHA 5P33A 5IVQA 1KZKA 5P0TA 1KJHA 1BVEA 3BRAA 1KJ4A 5OYYA 5P3ZA 1AJXA 5OZLA 1CZIE 5P8NA 3VYDA 3GI4A 3WB5A 4HLAA 1EC3A 4Y5KA 5P7CA 2HPFA 4D88A 1LYBB 5P05A 4DQFA 2WHHA 3NDXA 5P3XA 3UFNA 2QD8A 1MEUA 3TPLA 3D20A 2QI4A 3NWQA 1SDVA 1NPVA 5P1BA 1KJFA 4B78A 2QZWA 5P2EA 5P2WA 4B70A 5HCOA 3IAWA 1LF2A 1Z8CA 3L38A 1HPVA 3OUAA 5P82A 3OXXA 1RL8A 4COEA 2XFIA 4RLDA 3VSXA 4ZLSA 4H1EA 4DV9A 3GGXA 2BPXA 5BS4A 2SAMA 2ZYEA 1SH9A 5P5XA 1FMBA 5OZNA 3GGVA 4R91A 5P8HA 5P74A 2NMYA 4YD5A 4FM8A 3G70A 5P4BA 3LIVA 2XYEA 1LYBA 1A30A 4OBFA 2ZHSA 5P3JA 3EMYA 5HDZA 3S7MA 2Q15A 2ER0E 2ZJJA 5P2ZA 3BGBA 2A4FA 2FMBA 5KR8A 5P4UA 5P8KA 5KQFA 1D4IA 4FL8A 5KR1A 1BXQA 3LZSA 3SA7A 3INDA 4LXMA 2B8LA 3SA8A 2AIDA 3RTHA 5P0RA 5P2QA 3AIDA 1K1TA 2PYMA 5P57A 2AOJA 7HVPA 3A2OA 5P3HA 5P35A 3OK9A 4F75A 5SZ9A 4ZSMA 4YA8A 2QI5A 4J54A 3PSGA 4DJXA 2PSUA 4DJWA 5P5BA 3EKWA 4YCTA 2XFJA 3VF7A 4EXHA 1EBYA 2IGXA 5P01A 1BDRA 3HD8A 5P11A 2G69A 5P4AA 4OC6B 3ZKMA 1G6LA 5P88A 4NPTA 2PH6A 4YBFA 4QLHA 1NH0A 4TRZA 3KDCA 1FQ4A 5P78A 2QNPA 4RZ1A 3ZPSA 4DPIA 2I4DA 1K2BA 5P42A 1FGCC 5P3PA 5P8IA 5P1UA 5P1MA 1A8KA 1IDAA 4LAPA 4RVIA 2RKFA 2B60A 4B0QA 5P46A 3L5FA 5P4SA 2QZKA 2ZE1A 4YD4A 3EKQA 5P4OA 1GKTA 1IZHA 5P4LA 1FIVA 5P16A 3U6AA 4YD6A 1MSMA 3VV6A 4Y3NA 5P43A 5P8PA 3O9HA 3MSKA 2R5PA 3PJ6A 1AM5A 3LIYA 5P5JA 4AZYA 5KAOA 4OC6A 2ER6E 5P5AA 4I0IA 5OZEA 3SQFA 1ZP8A 4R93A 5P39A 3CIBA 5P03A 5P8VA 3VCMA 3O9LB 1G2KA 5P53A 2VNNA 2VA5A 4M8YA 1TCWA 1DW6C 5OZ9A 2QMPA 3OU3A 1QDMA 4GJBA 5P30A 5HDUA 3SO9A 5OYVA 3LIZA 5P0FA 4OBHA 3EL9A 5JG1A 5OYRA 3LITA 2QD6A 5P6KA 3WZ7A 4PZWA 5P85A 3URJA 2QHYA 3KFSA 3S53A 2NPHA 4L7GA 4PPHA 1IIQA 2Q3KA 2WECA 4N00A 1HIHA 3QIHA 4Y47A 5P0ZA 3NDWA 4Y4JA 3OY4A 1E5OE 5P0KA 2R38A 2ZDZA 2G22A 1HEGE 2HB3A 2HM1A 2RSPA 5P3OA 3S2OA 3SFCA 2J9KA 5P89A 3O9LA 4PHVA 1HHPA 2HC0A 3UDQA 4D83A 5DR1A 3PBDA 5P6OA 5P8QA 1LV1A 5P0IA 1B6KA 4S1GA 5P50A 3VLBA 5P51A 5P2MA 2BBBA 3G72A 4Y4ZA 1MPPA 5P6DA 3FKTA 2FLEA 2G94A 1AXAA 5OZRA 4B00A 5P00A 5KQYA 5P2UA 4Y53A 2OHMA 5P18A 5P68A 1C70A 3ZKNA 1K2CA 4EJDA 4Q1YA 5P1HA 3EM3A 2UXZA 4Y57A 5P6NA 1U8GA 1FFFC 8HVPA 5P6CA 4RGHA 4YE3A 1T6GA 1APUE 4Y3TA 1QBUA 3RTMA 5P87A 1NPAA 3KN0A 5P5ZA 3D1XA 4ZE6A 4YHQA 2UY0A 5P4RA 3PWWA 5P6JA 4Y43A 3KFPA 5OZ7A 1IZIA 1HPSA 3HBOA 2IGYA 5P10A 1EPOE 3KA2A 4CPTA 5P8TA 2I4VA 4ACUA 2AZCA 1KJ7A 4JPEA 4YDGA 2OAHA 5P23A 3ZLQA 5P3RA 5COOA 4L1AA 1K6TA 4Q1XA 1EBKC 3T6IA 3VFAA 5P7JA 5P0JA 3UDMA 4GJAA 3BUGA 5OZIA 4M8XA 5P2VA 3O9EA 1HVLA 3VSWA 3NR6A 3SM2A 4Y4EA 4K9HA 3ZMGA 2QNNA 4Y3RA 2AOCA 3JW2A 4GJ5A 5KQXA 1K6VA 1ODWA 3DM6A 5P7EA 5CLMA 5P86A 5P73A 2PYNA 4DJQA 5P7SA 1SIVA 1QS8A 1W5YA 2VJ7A 3IN4A 1LS5A 1RQ9A 5P4IA 4Y3WA 5OYQA 4J0YA 3R0YA 4DJUA 2BQVA 4CPQA 5OYSA 4OBZA 1NPWA 3GI6A 5P3VA 3WZ6A 5P8FA 4Y5GA 1XN2A 1T7IA 5P26A 2G1NA 3PLDA 5P3LA 2BPVA 5P54A 4U7VA 4DVFA 5P7ZA 3ST5A 3QAAA 1MRWA 3MSJA 1YM2A 2CENA 1DAZC 4LP9A 4F73A 3OOZA 3AUPA 3WB4A 1GNNA 3QRVA 4YD3A 5OZ5A 3TPRA 5IVTA 1AZ5A 5EZXA 4J0VA 5P1TA 3SA6A 2XYFA 2OHSA 4I1CA 4PEPA 5OYXA 4Y3XA 5P8CA 3SA9A 3OUBA 2AZ9A 4A6BA 1T3RA 2P3BB 5P2OA 5P2GA 2FGVA 4YDFA 3BC4A 1ZPKA 4YCKA 4RCFA 3FSMA 2NTRA 2VJ6A 4R5NA 1QBRA 4CPUA 3EL0A 4Y51A 3LPJA 4JPCA 5P7UA 5P1IA 2NR6A 3T11A 1DP5A 3NDTA 3L3AA 3EKVA 2WKZA 5P84A 4CMSA 1EEDP 1PSNA 1ZAPA 1E81E 5P5CA 5DR7A 4CPXA 5P6SA 4MC1A 1B6LA 2I4QA 1MT7A 3IVHA 1YTJA 5OZJA 2H6SA 5P8UA 2PC0A 4TVGA 2BB9A 2WEDA 3NDUA 2JJIA 5P3MA 5P2AA 3LZYA 4FM7A 2OHQA 5P02A 2Z4OA 5P62A 3K4VA 2JE4A 5P7BA 1HOSA 4LXKA 4YOBA 3S8IA 2AOEA 3SAAA 2Q55A 2P3BA 4OBJA 3INEA 5P1DA 4Y58A 5P0WA 4RYGA 1ME6A 1SGZA 4J55A 5P7WA 3PMUA 1FQ7A 1EPNE 5HU0A 3VLAA 1K6CA 4Y5EA 1PFZA 3DCKA 2HB2A 5P49A 3LPKA 3RTNA 5P80A 4FIVA 3EM4A 4Q1WA 3CKRA 5P4JA 5PEPA 4A4QA 4APEA 2QMGA 5P3IA 2FDDA 1Z1HA 2OHUA 2WF3A 5P0BA 5P5LA 3O9DA 3LZUA 5P5DA 1GVXA 3EL4A 3IXOA 5P6MA 5F01A 3ZKIA 2O4SA 4Y5MA 5P0GA 3S54A 4YOAA 3PMYA 1XE5A 2V13A 3NU3A 3DJKA 5DGUA 2IS0A 1UPJA 5P5IA 4NJVA 3VUCA 1CPIA 1YTGA 4EP3A 2HPEA 1EAGA 2FGUA 3UCBA 4F74A 4CPSA 2RKGA 5OZYA 4ER4E 2P3CA 5P07A 4Y3JA 5P3KA 2ZJNA 2QHZA 3VFBA 4D85A 5P1CA 1ZPAA 5OZKA 5P31A 5P1VA 5E5JA 5OZQA 3KT5A 4FRSA 1MTBA 3EM6A 1LF3A 1GVWA 5P0MA 1IVQA 2ASIA 4NJTA 3K5FA 2WJOA 2QCIA 2WL0A 1UH7A 1E80E 5OZ4A 1BXOA 4TRYA 4XX4A 5P1KA 1EPME 2H6TA 4Z4XA 3EL1A 1RNEA 3QROA 5P8JA 5ISKA 2V10C 5OZBA 5P79A 2G1OA 4DJVA 2JXRA 2FDPA 5AH8A 4HA5A 5P1JA 5P6ZA 1CMSA 3CMSA 4J1IA 5P4XA 1GVVA 5P67A 1PPME 2WEAA 4PZXA 4CPRA 3I6OA 4I0HA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EBW A;  5P0C A;  1YTH A;  1QBT A;  5P5M A;  4YBI A;  1MSN A;  2PMA A;  5AGZ A;  3FIV A;  4FSL A;  2IEO A;  1ER8 E;  1HWR A;  5P45 A;  2RMP A;  5KR2 A;  3CID A;  5P4H A;  2V00 A;  4FCO A;  4ZPF A;  1W5W A;  1SIP A;  2AVO A;  1ZJ7 A;  5P8G A;  2AOD A;  5P0S A;  4I10 A;  3BGC A;  1FF0 C;  2R9B A;  1GNO A;  4RRS A;  5P08 A;  4Y6M A;  3TPJ A;  1HVR A;  1HPO A;  5DPZ A;  3HZC A;  5AHB A;  5OZH A;  1XDH A;  3T3C A;  5SY2 A;  2Q5K A;  5OYT A;  3VYF A;  4YD7 A;  2ZHU A;  4EXG A;  3OAD B;  3SA5 A;  5P4Q A;  1DMP A;  5P5Q A;  3VF3 A;  4J0T A;  2Q11 A;  2NXM A;  4J1F A;  4Y4T A;  4RCE A;  3ZKS A;  4ZPG A;  3PB5 A;  5P5Y A;  5IVS A;  2G21 A;  4ZPE A;  4EQ0 A;  1BBS A;  4Y4A A;  1TQF A;  4FM6 A;  4DQC A;  3QBH A;  3VV8 A;  3APR E;  1XL2 A;  4L7J A;  3EKP A;  3BVA A;  5P1Y A;  5DQC A;  4BFD A;  5P56 A;  2QK5 A;  2R5Q A;  2EWY A;  3OUC A;  3UQX A;  5IVR A;  5P37 A;  2VIY A;  2Q64 A;  5HCT A;  5P0Y A;  3L5E A;  5P09 A;  4Y3P A;  1HTE A;  3OAD A;  4FAE A;  3T7Q A;  4OBG A;  3KMX A;  1PSA A;  4CPW A;  3PHV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1OEW A;  3APP A;  1APW E;  5P77 A;  2IQG A;  2J9J B;  5AHA A;  3KT2 A;  1RV7 A;  4ACX A;  5P55 A;  4L7H A;  4Q1N A;  1HSH A;  5P6T A;  5KQZ A;  4BEL A;  3S56 A;  4I11 A;  1AID A;  4Y3D A;  2JJJ A;  5OYZ A;  1GVU A;  1MRX A;  1NSO A;  3H0B A;  3QP0 A;  2I4X A;  4DQE A;  3DV1 A;  1ODX A;  1D4J A;  4LC7 A;  4U7Q A;  3UDY A;  4Y3G A;  1YG9 A;  1F34 A;  5P3A A;  2APR A;  1K6P A;  3IA9 A;  3K5G A;  5P6F A;  5P1Z A;  1OHR A;  1HIV A;  4RYC A;  3UQP A;  5P2T A;  3LIN A;  1MET A;  2G1Y A;  5P1O A;  3VF5 A;  5P4M A;  5P7H A;  5P44 A;  3PWR A;  4QJA A;  5P3Q A;  5P36 A;  1HVC A;  4Y5B A;  3OUD A;  3OQ7 A;  1W5X A;  5OYW A;  4J17 A;  3NXN A;  1EPR E;  5I3Y A;  4UPJ A;  5ENK A;  4EYR A;  3GI0 A;  5P2R A;  1RPI A;  5P4C A;  4Y3S A;  3INH A;  4DH6 A;  2J9J A;  2Q54 A;  3R1G B;  1M43 A;  5P1Q A;  3VYE A;  2AQU A;  5OZV A;  4YCY A;  5P7M A;  4LBT A;  4R92 A;  3FNT A;  1MT8 A;  3SM1 A;  2I0A A;  4BFB A;  1IBQ A;  4XXS A;  1LZQ A;  5COP A;  4JOO A;  1N49 A;  1BDQ A;  3PM4 A;  5HE4 A;  1YX9 A;  5P3T A;  3CKP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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