1GNNA

Hiv-1 protease mutant with val 82 replaced by asn (v82n) complexed with u89360e (inhibitor)
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPNNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structures of complexes of a peptidic inhibitor with wild-type and two mutant HIV-1 proteases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase (acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-05-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gnnA00
1ZAPA 2NMZA 3T6IA 2QD8A 2FXDA 3D1YA 2QHYA 2JJIA 4FE6A 6UPJA 3S43B 4Y3PA 3GI6A 1BIMA 4I0HA 3F9QA 5HU0A 5HTZA 3PB5A 4KUPA 2R3TA 5P7LA 4GZFA 2G94A 2O4SA 5OZYA 2O40A 5P5PA 3EL1A 1A8GA 3DM6A 1IVQA 4D89A 2Q3KA 5P7OA 1IDBA 1WBMA 2F3EA 3APRE 5P2SA 3OU1A 5P3HA 5ENKA 5P23A 2CENA 4DPFA 5P28A 4Y51A 3QAAA 3QVCA 1AXAA 2QZWA 3NDWA 5P51A 3PEPA 3U6AA 4FGXA 1QDMA 2QI5A 3EL5A 5HDXA 5P34A 5IVQA 5COOA 1F7AA 1YTGA 4ACUA 3ZKQA 3EL9A 3TKGA 2PWCA 4NJUA 1AJVA 5P3UA 1LYBB 5P7GA 1M43A 1W5VA 4J1FA 5P38A 3RTNA 3VFAA 5AGZA 5P7NA 3PLLA 3GGVA 2P8HA 5P0NA 5E5KA 1AZ5A 2R3WA 4Y3FA 1QBRA 3PCZA 4BELA 5P77A 3PLDA 5P76A 2QZKA 3S8IA 3ZKXA 3KM4A 5ISJA 1XE5A 2RKFA 5P3SA 3ZL7A 2FNTA 3IAWA 1APTE 3PBDA 4N00A 5AHAA 5P5NA 1DMPA 2O4KA 4DJXA 5P6SA 2G1RA 4EXGA 5P4RA 5P60A 4DQCA 4Y5AA 2ANLA 4J1IA 1IIQA 5P59A 1D4IA 2NXDA 3EKWA 3L5EA 3R0WA 1F34A 3LZVA 3NR6A 1OD1A 5P5FA 3BUHA 1ZP8A 1HEGE 3CYWA 3A2OA 3O9FA 5ER2E 1HSHA 5P8MA 2FDDA 2WF2A 1PROA 5I3WA 1NSOA 3LZSA 2P3BA 3VEUA 3PM4A 1MT7A 3D3TA 4Y56A 5P6XA 1EPNE 3MSJA 1MTBA 5HE7A 5P2IA 2ER6E 3PSUA 2FXEA 2R43A 3LIXA 5P1PA 9HVPA 5P4QA 3VF5A 3M9FA 4GJ8A 5DQ2A 3UCBA 5HVPA 5P63A 5OZKA 2V0ZC 1GNNA 2UY0A 1B6LA 4Y45A 1RPIA 1AJXA 4LXAA 2XFJA 3OQAA 5P3AA 5P5ZA 4OBFA 2IGYA 3LNKA 1PPKE 4NPUA 2QI4A 1SIVA 3VF3A 2V16C 5P37A 3MSKA 5P3YA 3QRVA 5P05A 1CMSA 1AAQA 1TW7A 5P2WA 1MSMA 3QBHA 3O99A 1CZIE 1FQ7A 3INHA 3BGCA 4Y3NA 3CIDA 1LS5A 4Y5PA 2A4FA 3NXEA 1HIHA 1PSNA 2I4UA 4Y3AA 4Y3JA 5SY3A 2FGVA 5OYYA 1HTGA 4Y41A 5P8PA 1SH9A 2G21A 3K5GA 4QJ7A 1FKNA 3TLHA 3R4BA 3S43A 5OZ5A 5P2VA 1PPME 2PH6A 2QK5A 4DUSA 1ZSFA 2G26A 2ZJLA 2ZE1A 3URIA 1FMBA 2XFKA 2BPZA 2FDPA 3SA6A 5P5HA 3UQWA 4Y4UA 5P5EA 5P58A 2HAHA 5EZXA 5P1NA 2WEZA 4YBFA 1VIJA 5P22A 3AIDA 1Q9PA 3D20A 5DQ1A 5OZ0A 5P5XA 1EPOE 5P1WA 4QJAA 5J25A 1K6PA 1SDUA 1CPIA 3EBZA 1TZSA 4ZPFA 3WZ6A 3Q6YA 1LYBA 2XYFA 3JVYA 2I4WA 1B6KA 2HM1A 2NXLA 2OF0A 1QRPE 1HXWA 4Y4WA 3KFSA 1RNEA 5DR4A 1YX9A 2AZCA 4YA8A 2WHHA 4MC9A 2OAHA 2H6TA 4Y3HA 5I3YA 4DJWA 3OUBA 3OGPA 5P4HA 5P5DA 5P2DA 5P6KA 3ZPSA 3K4VC 5P3JA 1YTJA 3SA8A 1EBYA 4YDGA 1ZTZA 1EPPE 4FSEA 1PFZA 4J55A 4AA9A 2NNKA 3ZPTA 4ER2E 5C9DA 5P4CA 4Y39A 5P6PA 5P86A 3B7VA 2VIJA 4D8CA 2AVVA 4I0GA 4EP2A 2ZJKA 2F81A 5EZZA 4TVHA 5P4VA 3G70A 1DP5A 5P8QA 3BUFA 2QI3A 5P3IA 4DJYA 5P55A 1IBQA 1FG6C 3CICA 5OZZA 3SLZA 4J1KA 3URJA 3BXSA 1PSOE 2IS0A 1MESA 1XE6A 1HVSA 1DAZC 3WZ7A 2B8LA 5P1CA 3LIYA 5AH7A 2J9JB 2APRA 4YD4A 5KAOA 4I12A 2JE4A 1FQ8A 4XX4A 1MERA 2CEJA 1SGZA 1XL5A 1MT9A 5P68A 5P73A 3IN4A 3G72A 4DV9A 5P04A 2BPXA 4FRKA 4CPXA 1XN3A 4JOOA 1DIFA 3CMSA 5HE4A 2JYSA 1KJHA 5T4SA 4TRYA 1OHRA 5P62A 4Y6MA 5P0QA 2V10C 3GGUA 5I3XA 3FSMA 4FSLA 5ER1E 5P42A 4ZSMA 3O9DA 1HIIA 5P5BA 5P72A 3PJ6A 5HE5A 1EPQE 1W50A 3O9CA 2HS1A 6FIVA 3KT5A 5P7UA 5P57A 3VSWA 4K4PA 3IXJA 5P3WA 5P40A 4L7GA 5P1JA 5P0IA 3NU9A 3RU1A 1QS8A 3T7XA 3TTPA 4CPTA 5OZHA 1T7KA 4R95A 4GJBA 5P6WA 1EBZA 3EKXA 4QJ6A 5HU1A 2WF4A 5P6TA 2HC0A 2Q15A 1HWRA 1ME6A 3SO9A 3EKPA 4ZSPA 3L38A 3IGBA 3LPJA 5P0XA 3KDCA 3KFPA 4DVFA 2G1OA 4Y4BA 2QMGA 2QD6A 3EMYA 2ZHTA 2I1AA 5P53A 1HRNA 4PEPA 5P5MA 3HLOA 5P7MA 1BWBA 3OHFA 1T7JA 1B5FB 4Y4AA 5AH8A 4DPIA 3OUDB 1RL8A 3ZPUA 5OZVA 2PSGA 5DR8A 2QZLA 5P54A 5P1OA 2QHCA 5P1XA 3GW5A 5P0BA 5P27A 1IZEA 2ER9E 3PCWA 3VCMA 2JJJA 3K1WA 1G2KA 5P3RA 2NMYA 5P7ZA 1E81E 2NR6A 4YD5A 2G22A 4Y4XA 2HB3A 4I10A 1U8GA 4Y5GA 3MWSA 1JLDA 4U8WA 2P83A 2ZHUA 2IKOA 3EM4A 5P8SA 3KT2A 4TVGA 3OQDA 3VV7A 5P6JA 4Q1XA 3VLAA 1A30A 1HHPA 5PEPA 1J71A 4J0YA 2ER7E 2AOJA 4DI2A 4J1CA 5P3PA 2FNSA 5OZCA 4DQEA 3NDXA 3ER5E 5P2CA 3QRMA 3HDKA 3DCKA 2AOIA 5P47A 5P1BA 5P4OA 4YE3A 4Y3EA 4F75A 5P87A 1LF3A 1W5WA 1ZBGA 5ENMA 5OZ1A 4H3JA 5P5TA 3I6OA 3PWWA 4DQBA 4Y43A 3Q4BA 1ENTE 1EC3A 5HCOA 1GVWA 4J0TA 3S53A 5P8KA 3TOFA 1C6XA 5OYVA 4B70A 4RGHA 1EC1A 1MSNA 4OBKA 1FFFC 4BEKA 5P25A 3GI5A 5P4DA 4UPJA 3NU6A 4CPUA 5P2EA 5JODA 1T6GA 4TRWA 5P4WA 4DH6A 5OZDA 1HSIA 1E82E 5OZ8A 4QJ2A 3O9GA 3LIZA 4YD6A 5P0ZA 4D88A 1HTRB 1DW6C 2J9JA 2O4PA 5CLMA 1IDAA 3K4VA 3UDPA 5I70A 5P8CA 4Y44A 5P3LA 5OYSA 3OU3A 5P6FA 2ZHSA 5OZEA 4PYVA 5P03A 1BVGA 3QROA 2Z54A 4TRZA 3SPKA 2ZDZA 1M0BA 4CP7A 4GJ6A 3O9LB 5CONA 2ZYEA 3Q3TA 1HVJA 4PZXA 4Y5MA 5P8HA 1BV7A 5KQXA 5OZSA 4FRJA 1HOSA 5P4NA 4ZEAA 1AIDA 1SP5A 2G24A 4PHVA 4J54A 1BXOA 5OZFA 3VV8A 3NSHA 2EWYA 1MPPA 3H0BA 5KQFA 4GJCA 1FMXA 4Y5NA 5P2HA 4WTUA 5P0MA 1KJ7A 4R93A 3HD8A 1D4SA 1LZQA 4NJSA 3KA2A 2I4XA 4I11A 1SBGA 4Y53A 5P5KA 5P5JA 5P0RA 4Y3LA 2V00A 1TSQA 3FNUA 4WY1A 3CIBA 4X2LA 5P3GA 4EP3A 1T6EX 3ZKNA 1HVCA 3TPPA 4Y5EA 4Z2ZA 3VFBA 1EEDP 5P3ZA 4QLHA 1W5YA 5P0FA 5I3VA 5P3BA 3PHVA 4ZIPA 3GGXA 4Y3QA 4APEA 1BXQA 1ODXA 1YM4A 4RRSA 5P4EA 5P0KA 5P5GA 1BV9A 4I0ZA 2ASIA 5P7FA 4B1DA 5HD0A 3VYDA 4NKKA 3INFA 5P2YA 2AOCA 2RMPA 1B5FA 4CPWA 3R1GB 3TOGA 3OUDA 4Y5LA 3S7MA 1TCXA 2B8VA 5SZ9A 5P6VA 4Y3XA 4R92A 2IENA 3CKTA 4CPSA 3SA5A 1EBKC 5P0LA 1FLHA 5KOQA 4Y58A 3L5CA 5C9BA 5P6BA 5C9FA 1B11A 1YT9A 2FLEA 2WEAA 3FIVA 1SMRA 1FQ6A 5P6CA 4RCEA 5OYUA 3QP0A 3BC4A 4FM6A 1EAGA 3O9EA 2OHNA 4PPHA 1W6HA 5OYZA 4OBJA 5E5JA 5P11A 3U71A 5P2UA 2BKTA 5P4FA 1LYAB 2BKSA 5FIVA 5P0JA 3QN8A 1G35A 4Y4JA 4Y3TA 3R2FA 4Q1YA 3L5BA 4Y4EA 1KJGA 3IA9A 4Y4ZA 4IVTA 4B00A 2FDEA 5P2AA 1BDLA 5DR1A 4Y50A 1HPSA 3N4LA 5P3NA 2AZ8A 2AOEA 1UH9A 1A8KA 3PRSA 2AVSA 3EKQA 3CKRA 4YCYA 4JPCA 4H1EA 5P1RA 5P6MA 3S54A 4HVPA 5AHCA 5P35A 5HCTA 3UDYA 5BS4A 1XN2A 3H5BA 4RCFA 5P1HA 3L59A 2F3FA 2VJ6A 5COPA 4I0JA 4YHQA 5P16A 3PWMA 5HDZA 5P15A 3MSLA 4J1HA 4J5JA 3IVIA 1D4LA 5P6EA 2G1YA 5HDUA 5AH6A 3KMYA 4DJPA 2O4NA 2WF1A 2PSUA 5P7EA 3DV5A 3L5DA 4Y3MA 1LV1A 4YCKA 2Q55A 5P0VA 4QGIA 2G69A 4HDPA 3QVIA 1MTRA 4GJ7A 1QBSA 3HW1A 5P1ZA 4DFGA 1C6YA 3K5CA 3O9LA 5P5RA 1HSGA 5P2XA 3BVBA 4YD7A 5OZIA 5F00A 5TOLA 2OHLA 3PMUA 5KQYA 3PSGA 4A6CA 1Z1RA 3QBFA 4ZPEA 1HEFE 2IQGA 4IVSA 5KR8A 3S45A 2RKGA 4L7JA 3SA3A 2VIYA 3CKPA 1GVTA 2QI1A 5P0GA 5KR1A 2IL2A 5COKA 2V12C 5P7QA 3G6ZA 4MC6A 1KJ4A 5P3FA 2BBBA 3OY4A 3SA7A 4J0PA 3PGIA 1RQ9A 1YM2A 5P2LA 5DR3A 4F76A 5OZ9A 1UPJA 1WBKA 5P81A 2P3DA 4Y3ZA 3FX5A 5P2TA 4HDBA 5P1FA 4EYRA 5P74A 1MEUA 3IXKA 3DK1A 5P7CA 4A6BA 1EPLE 5P43A 2VNNA 1D4HA 1HXBA 3NWXA 2IKUA 5P1YA 2AODA 3QI1A 1SDVA 5P3DA 3PI0A 4DJVA 5P3MA 5OZTA 2AVMA 4K4RA 1META 5P4GA 5P8JA 5P2JA 3UDRA 5JFUA 3KFNA 5P5LA 5P07A 3UDKA 2QCIA 1K6VA 4HE9A 5P4SA 4CMSA 3T11A 1YTHA 3ZMGA 2OHPA 4RYGA 3TL9A 4I8ZA 5P5QA 1KJFA 2QNQA 5P7HA 5P7JA 3NWQA 4XKXA 5P3VA 2OHMA 3OWNA 4FIVA 2FMBA 2QNNA 3DUYA 2OHUA 3QPJA 4Y4GA 5P45A 3UHLA 5P19A 1OEWA 2P3CA 5OZUA 5P82A 1NPVA 3GI0A 5P8AA 5P3QA 3EM3A 2BB9A 4Y5CA 1BVEA 5DR0A 1BDRA 5P3EA 2BPWA 5P41A 4Y57A 3FKTA 3OGQA 5P0EA 5P1GA 3R0YA 5P1SA 1ZPAA 5UPJA 4AUCA 1N49A 5P6GA 5OZBA 3NU5A 5P06A 5P67A 1LYAA 5P2FA 3ZKMA 5P0PA 4ZSQA 4FM7A 1XL2A 2A1EA 5OYRA 1BILA 5SXNA 3VYEA 3SQFA 1EBWA 4FRIA 5OZGA 2XYEA 3UDNA 5P6IA 4B77A 3DOXA 4J1EA 4Q1NA 1GKTA 5P61A 1D4KA 2OHQA 3JVWA 2B7FA 3OXXA 2PQZA 3HBOA 5P4BA 3IN3A 2F80A 1QBTA 4RROA 5P8BA 1UH8A 4QJ9A 4EJKA 3DV1A 5IE1A 5P2MA 3SM2A 4YD3A 5P13A 4GIDA 3I8WA 3QRSA 1FB7A 4BFDA 4Y54A 3KDDA 5JG1A 5P88A 3KDBA 4AA8A 3C9XA 2FIVA 3LPIA 3PVKA 5IVTA 1FG8C 3CYXA 3UPJA 3KYRA 4J17A 1GNMA 3TPJA 3EC0A 1EC2A 4Y47A 5OZ3A 5P66A 4EQ0A 4CPQA 4FAEA 3EKVA 1KZKA 5OZWA 5P48A 2VJ9A 2SAMA 1Z1HA 2HB2A 5P0OA 5OZRA 2QMFA 4EJDA 4H3IA 3B80A 5P6ZA 1MT8A 2G1NA 5DQ5A 1FFIC 1G6LA 1W51A 2R5QA 3ST5A 4XX3A 4YOBA 5P0WA 3MXDA 3JW2A 5AHBA 1TCWA 3K5DA 4B72A 5P33A 5P4AA 4Y3WA 4DJRA 2JXRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZAP A;  2NMZ A;  3T6I A;  2QD8 A;  2FXD A;  3D1Y A;  2QHY A;  2JJI A;  4FE6 A;  6UPJ A;  3S43 B;  4Y3P A;  3GI6 A;  1BIM A;  4I0H A;  3F9Q A;  5HU0 A;  5HTZ A;  3PB5 A;  4KUP A;  2R3T A;  5P7L A;  4GZF A;  2G94 A;  2O4S A;  5OZY A;  2O40 A;  5P5P A;  3EL1 A;  1A8G A;  3DM6 A;  1IVQ A;  4D89 A;  2Q3K A;  5P7O A;  1IDB A;  1WBM A;  2F3E A;  3APR E;  5P2S A;  3OU1 A;  5P3H A;  5ENK A;  5P23 A;  2CEN A;  4DPF A;  5P28 A;  4Y51 A;  3QAA A;  3QVC A;  1AXA A;  2QZW A;  3NDW A;  5P51 A;  3PEP A;  3U6A A;  4FGX A;  1QDM A;  2QI5 A;  3EL5 A;  5HDX A;  5P34 A;  5IVQ A;  5COO A;  1F7A A;  1YTG A;  4ACU A;  3ZKQ A;  3EL9 A;  3TKG A;  2PWC A;  4NJU A;  1AJV A;  5P3U A;  1LYB B;  5P7G A;  1M43 A;  1W5V A;  4J1F A;  5P38 A;  3RTN A;  3VFA A;  5AGZ A;  5P7N A;  3PLL A;  3GGV A;  2P8H A;  5P0N A;  5E5K A;  1AZ5 A;  2R3W A;  4Y3F A;  1QBR A;  3PCZ A;  4BEL A;  5P77 A;  3PLD A;  5P76 A;  2QZK A;  3S8I A;  3ZKX A;  3KM4 A;  5ISJ A;  1XE5 A;  2RKF A;  5P3S A;  3ZL7 A;  2FNT A;  3IAW A;  1APT E;  3PBD A;  4N00 A;  5AHA A;  5P5N A;  1DMP A;  2O4K A;  4DJX A;  5P6S A;  2G1R A;  4EXG A;  5P4R A;  5P60 A;  4DQC A;  4Y5A A;  2ANL A;  4J1I A;  1IIQ A;  5P59 A;  1D4I A;  2NXD A;  3EKW A;  3L5E A;  3R0W A;  1F34 A;  3LZV A;  3NR6 A;  1OD1 A;  5P5F A;  3BUH A;  1ZP8 A;  1HEG E;  3CYW A;  3A2O A;  3O9F A;  5ER2 E;  1HSH A;  5P8M A;  2FDD A;  2WF2 A;  1PRO A;  5I3W A;  1NSO A;  3LZS A;  2P3B A;  3VEU A;  3PM4 A;  1MT7 A;  3D3T A;  4Y56 A;  5P6X A;  1EPN E;  3MSJ A;  1MTB A;  5HE7 A;  5P2I A;  2ER6 E;  3PSU A;  2FXE A;  2R43 A;  3LIX A;  5P1P A;  9HVP A;  5P4Q A;  3VF5 A;  3M9F A;  4GJ8 A;  5DQ2 A;  3UCB A;  5HVP A;  5P63 A;  5OZK A;  2V0Z C;  1GNN A;  2UY0 A;  1B6L A;  4Y45 A;  1RPI A;  1AJX A;  4LXA A;  2XFJ A;  3OQA A;  5P3A A;  5P5Z A;  4OBF A;  2IGY A;  3LNK A;  1PPK E;  4NPU A;  2QI4 A;  1SIV A;  3VF3 A;  2V16 C;  5P37 A;  3MSK A;  5P3Y A;  3QRV A;  5P05 A;  1CMS A;  1AAQ A;  1TW7 A;  5P2W A;  1MSM A;  3QBH A;  3O99 A;  1CZI E;  1FQ7 A;  3INH A;  3BGC A;  4Y3N A;  3CID A;  1LS5 A;  4Y5P A;  2A4F A;  3NXE A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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