1GVXA

Endothiapepsin complexed with h256
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Five Atomic Resolution Structures of Endothiapepsin Inhibitor Complexes: Implications for the Aspartic Proteinase Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 84
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2002-02-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gvxA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1gvxA01
5P1AA 3KFNA 5P3NA 6UPJA 4DQEA 3VFBA 1A30A 2AQUA 3U6AA 5OZLA 4DUSA 4GJ7A 3BXRA 2B60A 3OQAA 4CKUA 4HDPA 5P0QA 3S43B 3T6IA 5OZ9A 5DGUA 4RRSA 2FGUA 5P4HA 5P0TA 5P0YA 3L5BA 3PI0A 3OU3A 1K6TA 4FSLA 5P3JA 2G20A 1GVWA 2FDEA 5IS4A 5P17A 1HOSA 2Q54A 3VLBA 5OZ8A 4RLDA 5P0HA 4E43A 4Y3AA 5OYYA 5P34A 3MSJA 4NJTA 4B00A 2ZHUA 5DR7A 3DV5A 5HE4A 4XXSA 5P3UA 5CLMA 5P3FA 5P41A 1B5FB 2ZHVA 3O9LB 3S45A 2ZJKA 5P5FA 4EJKA 4M8XA 5P0LA 2VKMA 4FM8A 1MUIA 5HCOA 4J0PA 3IN4A 1HPOA 4AUCA 2UXZA 1D4LA 2FNSA 2O4NA 4OBZA 2I1AA 4FRKA 5P76A 3QS1A 5P1LA 4L7GA 4YD7A 2IENA 3OAGA 5P0EA 1FQ5A 1UH7A 1EC1A 5P4UA 2I4DA 2JE4A 7HVPA 4DV9A 1FQ7A 5P8DA 1TQFA 4Y4JA 5P1ZA 2NPHA 4Y3WA 5P0OA 2G26A 3LIXA 5P6FA 1FQXA 1MTBA 5P02A 5P3YA 2P3BA 3L5EA 4DJQA 4Q1WA 4Y4GA 1W6IA 1JLDA 3INFA 5DR1A 2I4WA 2NTRA 5ISJA 5P7VA 1Z1HA 2OHMA 2NMYA 4CPTA 3SA8A 3OQ7A 1MEUA 4XX4A 3RU1A 2B8VA 1KJFA 3EM4A 2PC0A 5KQFA 5P6VA 4Y4BA 2AOCA 5P1DA 3T7XA 3HBOA 3GGAA 4N00A 2QI4A 1T7JA 2V16C 3MSKA 5P3PA 4Y3LA 4GJ5A 4TVGA 3UF3A 3SA3A 5ISKA 1UPJA 4Y4XA 2R38A 5KQXA 2ZJNA 4J1KA 2I4XA 3VEUA 2O4SA 5P5WA 4RCEA 4J1FA 5P1VA 2P3CA 3NWQA 4D89A 3UDYA 5OZ0A 1IDBA 3PBDA 2AIDA 5OYTA 3HD8A 5P70A 1ZPAA 2Q64A 1WBMA 1MT9A 5P40A 4HZTA 2G24A 3TL9A 1EC0A 1UH9A 3IXJA 2ZJLA 5KAOA 1AXAA 4ZEAA 3URJA 1EBZA 2OHNA 3KYRA 1OEXA 3DM6A 4AZYA 1K1UA 1HSIA 5P03A 3K1WA 4WY6A 3O9AA 3EM6A 3ZKXA 5P2NA 4NKKA 1APUE 1HVLA 1YM2A 3IN3A 3Q3TA 4L7JA 4YDFA 2VIEA 1HHPA 2BKSA 1PPKE 2ER7E 2WEZA 5P79A 4GJ6A 4ZE6A 1FGCC 5P4NA 3OOTA 4ZSQA 2FIVA 1HVJA 3IXOA 3QIHA 3OUBA 5P6TA 3L5FA 5DPZA 3O9LA 5KOSA 4B77A 5P0MA 5P0NA 1G35A 2PSGA 3PRSA 5P1EA 3IVIA 4I10A 5P5XA 1GVXA 2FS4A 2VJ6A 4JPEA 3PWWA 5P28A 2WEDA 2R5PA 1BV9A 3TPRA 2OF0A 3OU4B 4R93A 3SKFA 3UDQA 5OZ2A 3S85A 1ZLFA 4YD5A 3QN8A 5APRE 4ZLSA 1C70A 2FDPA 5P6RA 2QHYA 3ZMGA 3Q70A 2A4FA 2JYSA 5P7RA 5P7QA 1RL8A 1Z1RA 2O4LA 4Y5PA 5P87A 3TLHA 2G1OA 5HU1A 5P2CA 4F74A 3UDRA 4HLAA 4OC6B 4B70A 1FFIC 2QAKA 1D4IA 3EL4A 2Q15A 5P6LA 1K2CA 4JP9A 3PVKA 1A94A 2ZHRA 4QJ6A 3TKWA 1VIJA 5P7ZA 3KFSA 4F76A 4X7IA 3QBFA 1ER8E 3ST5A 5OZFA 3ZKGA 5P25A 5P59A 5P1IA 2PSVA 5C9FA 3PJ6A 1MIQA 5P37A 5P1TA 4RCDA 5I3YA 4Y3DA 2V13A 4Y4WA 5P46A 1LZQA 3TTPA 3BUFA 3NLSA 2PMAA 4DJUA 1IDAA 4Y3GA 5EZZA 4YHQA 4Y3ZA 5P38A 2Q11A 3TH9A 4R91A 3D20A 4ZSMA 1MERA 3ECGA 2AOHA 1YTJA 5P3IA 5P09A 4K4RA 5P32A 4FRJA 3QBHA 5P2OA 5P73A 3N3IA 2QD7A 1ENTE 3GGUA 1SP5A 2QNNA 4I0DA 5P8FA 2P3AA 2XYFA 5P8CA 4I0GA 4I0EA 1EBKC 2V12C 3Q4BA 5P7BA 5OZJA 5P77A 3G70A 3EXOA 5P0IA 2WECA 3UFNA 4Y5NA 2WF0A 1HPVA 5P7EA 2NR6A 5DR0A 1AM5A 4I0FA 3UPJA 5P35A 5P07A 4Y3NA 1GNOA 1W5YA 2AVQA 5OZKA 2P3DA 5P2FA 4HA5A 5P7TA 5P84A 4ZPEA 4FRSA 1T6EX 1QS8A 5P0DA 2I0AA 4EQ0A 2ZHSA 5OZ1A 2PH6A 1D4SA 7UPJA 4RROA 1DP5A 1KJ7A 5P8NA 1LYWB 3OHFA 4Y3SA 2QU2A 1AVFA 5P04A 2UY0A 3VYEA 3B80A 3G72A 3KDBA 1W51A 2PSUA 1YX9A 5P51A 3S7LA 3T3CA 3OU4A 2G94A 5P6AA 5P6UA 3ZPUA 1HXWA 2R3WA 2QCIA 2QHCA 4MC9A 3OGPA 4XKXA 1GVUA 1U8GA 5P4FA 3I2LA 3KT5A 5E5JA 5P6IA 1A8GA 2NMZA 1M4HA 1PPME 1YTIA 1G2KA 3JVYA 4DJWA 5P10A 4CPQA 2WEAA 5P7CA 5AH6A 3PGIA 2WHHA 1MT7A 1ME6A 3HW1A 5OZHA 5OZ6A 2R5QA 1M43A 3SLZA 2JXRA 2PK6A 2I4VA 2OHSA 4DQCA 5P80A 4LXAA 4LHHA 3OTYA 4Z50A 4RZ1A 5P7WA 1EAGA 5HCTA 4ER1E 5P0JA 3SPKA 5P71A 1QBRA 1DAZC 3VF7A 5P8EA 4Y51A 5P31A 5P0XA 3PLDA 4I0ZA 1F34A 5P56A 1W6HA 5P1JA 3FSMA 3H5BA 4Y3FA 1FMBA 4MC2A 3DJKA 4M8YA 4IVSA 4B0QA 1FFFC 5P27A 5JODA 5J25A 4AA9A 5P7GA 3IGBA 4APEA 5HDVA 5I3XA 3VV8A 3GI0A 4GJAA 4L1AB 5P72A 3UDMA 1FKNA 2HPFA 3HAWA 1DMPA 3UHLA 4B05A 3ZPTA 2I4UA 1AJXA 3OU1B 5P8SA 4XX3A 5AHBA 5F01A 4APRE 3QVIA 3PWRA 5SZ9A 4YD4A 5DGWA 5P8OA 3GI6A 1E5OE 5P7AA 3WZ8A 1AIDA 3HVPA 5P05A 2F8GA 3WZ7A 4J1CA 3OWNA 4Y43A 3TPLA 4DJOA 4RGHA 4Y4TA 5P08A 3I6OA 5P47A 1D4HA 2VIYA 4Y56A 4Y36A 3SAAA 3UQUA 3PI5A 2OHTA 2B8LA 1BVGA 1TZSA 4L6BA 5P2KA 5DR8A 3JW2A 1W5XA 4ACXA 4Y5MA 1BV7A 5P2MA 5P3MA 4JOOA 5CONA 5DQ1A 1NPWA 1BDQA 1BXOA 2VIJA 1RPIA 3KT2A 3UCBA 1IZHA 1RV7A 3WB4A 5COPA 1B6KA 5P57A 4I8ZA 1FMXA 2VIZA 3NDXA 3VUCA 4Y3YA 1LYWA 5P7DA 4EYRA 1K1TA 5P5IA 4Y48A 3QI1A 3ZL7A 5P48A 3VSWA 1LYAB 5P60A 5P7JA 5P3TA 5P2HA 2PH8A 3PSUA 3MXDA 5OZ5A 5P5JA 5P5EA 1APTE 4D8CA 5AHCA 3WSJA 1HSGA 5P43A 2H6SA 1IVQA 3KM4A 3L58A 4B1EA 5P58A 4J17A 5P8BA 2QHZA 4LXMA 3MWSA 3Q5HA 3G6ZA 1LS5A 4EJ8A 4Z22A 3NU3A 3APPA 1IZDA 3BGBA 4GJBA 5P89A 5P6QA 5P1RA 4Q1XA 2HB3A 2XFJA 3GGVA 5P6EA 2BJUA 4CP7A 3S56A 5P22A 1QBUA 2QMDA 5P23A 4Y39A 5P1NA 5P36A 1GVTA 2PWRA 2R43A 3L5DA 5P5VA 5KR2A 2WJOA 5P26A 5P5YA 4HDFA 3VFAA 5P3OA 4DH6A 1APVE 4LXKA 5P3ZA 5P3XA 3EL5A 4DJXA 4CPUA 4FSEA 4U8WA 3PSGA 2QI3A 4YD3A 1FQ4A 5P18A 3QRVA 1HTEA 1LF2A 2AZ8A 4QJ9A 3URIA 3TNEA 1EPNE 5OZPA 5FIVA 4R92A 4RVIA 4CPSA 4YA8A 5P5KA 3U71A 4TRYA 4J0YA 1BAIA 5P4DA 5HD0A 1N49A 2QD8A 3O9BA 3OU1A 5P33A 5P4OA 2VA6A 5P5TA 3KDDA 2IQGA 5P7KA 5P78A 5OYRA 1HVHA 2AVSA 3TPJA 2BKTA 3KMXA 5P4ZA 4GJ8A 4ACUA 2QI0A 3D1YA 1LYBB 2IRZA 2V0ZC 2QI7A 1MSNA 1C6ZA 5P0WA 5P5HA 3INEA 5P5QA 5P1WA 2AVMA 3O99A 3WB5A 2HPEA 1HIVA 3EKPA 1BDLA 4LP9A 3PB5A 1TCWA 3Q6YA 5P6MA 4Y3MA 5P3CA 2XFKA 2QK5A 4YBIA 5P5BA 2ZJHA 5P66A 3LZVA 4RVXA 5T4SA 2ZE1A 5I70A 1MRWA 4Y5BA 5P0BA 3RSXA 3EBZA 4FE6A 2AOJA 3S2OA 4Q5MA 1W50A 3S43A 3ZLQA 2PQZA 5P8PA 1LYAA 1BVEA 5P3DA 5P3SA 3OY4A 4DJRA 4RVJA 2BPYA 2G1YA 3FX5A 3VYDA 3NU9A 5OZSA 5C9BA 5I3WA 1EC3A 3UDHA 2RKGA 2F3KA 2R9BA 3ZKNA 1A9MA 1KJHA 5P45A 1K6VA 4FLGA 4Q1YA 3NXNA 1B5FA 2HM1A 4NJSA 5SY2A 2BPVA 3IA9A 5F00A 5P5RA 5P2XA 5IVQA 3BXSA 3S54A 5P1SA 2ANLA 5P55A 5BS4A 5HU0A 5P0UA 5OZUA 3OUCA 5P0FA 1OHRA 3N4LA 3NDWA 1RNEA 4R8YA 5COKA 4YD6A 1TSQA 4K9HA 2JJIA 1PPLE 2AZ9A 4J1HA 4NPTA 4FM6A 3PBZA 3H0BA 3S7MA 2G69A 3ER3E 3ZKIA 3UQXA 2HS2A 2IGYA 1D4YA 5P5LA 3R0YA 4Y45A 1HVSA 2PYMA 1NPVA 3T11A 2FGVA 5OYXA 5P5CA 1BBSA 5P1HA 3INHA 3EL9A 5P3AA 4FRIA 4RYGA 5P2IA 2HC0A 5P1BA 4F73A 3I25A 5P2TA 5OZBA 3U7SA 5P1KA 3ZKMA 1MPPA 1YM4A 3NUJA 3PEPA 1HRNA 2XYEA 5HVPA 2OHLA 3B7VA 2PWCA 5P2EA 3T7QA 1ODYA 1HEFE 1HWRA 4LL3A 5DR4A 5P6XA 2OHQA 5P13A 2HB4A 5OZMA 2OHRA 5P86A 5P7UA 5P4QA 4RRNA 1HEGE 5P6JA 4F75A 4FM7A 3K4VC 4PEPA 5P2LA 3RTHA 3PWMA 2AOGA 3VYFA 1LYBA 3VG1A 4LC7A 2QMGA 2HS1A 2WF4A 3OXWA 1FB7A 4U7QA 1B6JA 4K4QA 5P2YA 4BFBA 4B1DA 5OZCA 1GVVA 2RSPA 1MESA 4JPCA 1CZIE 3O9DA 3D1XA 4DQBA 1D4JA 5JG1A 3SO9A 3PSYA 1K2BA 3EKVA 1HIHA 1APWE 5P8GA 4FIVA 5OZNA 5HDUA 5P1FA 2JJJA 3OGQA 3SFCA 4I1CA 4KE1A 5OZVA 5P06A 5P6GA 1ZSRA 1FIVA 3TOHA 4OD9B 3I7EA 4TRWA 4EXGA 5P7LA 5P8HA 4JECA 5HE5A 5AGZA 2ZJMA 3TPPA 2J9JB 1BWAA 3DCRA 1FEJC 4UPJA 4Y35A 1XS7D 2I0DA 2V11C 3OUDB 4EJDA 1F7AA 3DK1A 2EWYA 1NH0A 2G1SA 2ZJJA 2QNQA 1MRXA 2QZLA 4H3IA 1ODWA 5P61A 3OOZA 1XDHA 2OHPA 5P52A 5KR0A 3LZYA 4YCYA 3RTNA 4Y4EA 3AUPA 5COOA 2OHUA 5OZIA 3SM1A 4KUPA 4Y38A 4A6BA 4COEA 1SH9A 3SA6A 3EKQA 2B7FA 3LNKA 3CICA 4Q1NA 5EZXA 2Z4OA 3BUGA 2HIZA 3F9QA 3OK9A 2AOIA 2R8NA 3NDTA 5P39A 3KA2A 2ER0E 4Y54A 4Y4UA 4BFDA 4IVTA 4ZSRA 4Y3QA 2Q63A 3UDKA 3LITA 4I11A 2QI5A 3BGCA 3NYGA 3LPKA 4J0VA 2NXMA 1EBWA 2UPJA 1EPPE 3TOFA 3PHVA 3RTMA 1EPQE 4OBHA 4OC6A 3KMYA 3FV3A 1T6GA 4YDGA 3AIDA 5OYVA 5P30A 5P16A 1EPRE 3IXKA 2VNNA 3LPJA 2NNPA 4NJUA 3PCWA 4GYEA 2SAMA 3CKTA 5P2AA 4FGXA 2PK5A 1M0BA 5P0ZA 3D1ZA 4Y5LA 5P82A 5TOLA 5P5GA 3BRAA 5P4BA 3BHEA 4DI2A 5HDZA 4MC6A 2Q5KA 3IVHA 1NSOA 4Y3PA 3EL0A 3CYXA 5P63A 4Y3RA 5AH7A 5P1GA 1XN2A 3DV1A 3R0WA 2AVVA 3ZOVA 2OAHA 3KFRA 4HDBA 2XFIA 3OAGB 4Y37A 1EPME 5P4EA 5P8LA 5ER1E 4BELA 4QJ8A 3NXEA 2VJ9A 4OD9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1A A;  3KFN A;  5P3N A;  6UPJ A;  4DQE A;  3VFB A;  1A30 A;  2AQU A;  3U6A A;  5OZL A;  4DUS A;  4GJ7 A;  3BXR A;  2B60 A;  3OQA A;  4CKU A;  4HDP A;  5P0Q A;  3S43 B;  3T6I A;  5OZ9 A;  5DGU A;  4RRS A;  2FGU A;  5P4H A;  5P0T A;  5P0Y A;  3L5B A;  3PI0 A;  3OU3 A;  1K6T A;  4FSL A;  5P3J A;  2G20 A;  1GVW A;  2FDE A;  5IS4 A;  5P17 A;  1HOS A;  2Q54 A;  3VLB A;  5OZ8 A;  4RLD A;  5P0H A;  4E43 A;  4Y3A A;  5OYY A;  5P34 A;  3MSJ A;  4NJT A;  4B00 A;  2ZHU A;  5DR7 A;  3DV5 A;  5HE4 A;  4XXS A;  5P3U A;  5CLM A;  5P3F A;  5P41 A;  1B5F B;  2ZHV A;  3O9L B;  3S45 A;  2ZJK A;  5P5F A;  4EJK A;  4M8X A;  5P0L A;  2VKM A;  4FM8 A;  1MUI A;  5HCO A;  4J0P A;  3IN4 A;  1HPO A;  4AUC A;  2UXZ A;  1D4L A;  2FNS A;  2O4N A;  4OBZ A;  2I1A A;  4FRK A;  5P76 A;  3QS1 A;  5P1L A;  4L7G A;  4YD7 A;  2IEN A;  3OAG A;  5P0E A;  1FQ5 A;  1UH7 A;  1EC1 A;  5P4U A;  2I4D A;  2JE4 A;  7HVP A;  4DV9 A;  1FQ7 A;  5P8D A;  1TQF A;  4Y4J A;  5P1Z A;  2NPH A;  4Y3W A;  5P0O A;  2G26 A;  3LIX A;  5P6F A;  1FQX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1SMR A;  5P0C A;  2ZJI A;  1ODX A;  2Z54 A;  5P7F A;  1Z8C A;  1XL5 A;  5P2Z A;  4DFG A;  5JFU A;  1HXB A;  5P1P A;  3PM4 A;  3KFP A;  2R3T A;  1C6Y A;  2RMP A;  4A6C A;  5P7Y A;  2P4J A;  1FLH A;  6FIV A;  5P7X A;  5P5Z A;  1T7I A;  5OYU A;  4Y5K A;  5UPJ A;  3TKG A;  4YBF A;  3UFL A;  5P0G A;  3CKP A;  5P5U A;  5SY3 A;  3UQR A;  3HVG A;  4Y5C A;  1FG6 C;  5P81 A;  4TRZ A;  3KDC A;  3RSV A;  4OBK A;  1DIF A;  5OZ4 A;  4HE9 A;  3LHG A;  5P6W A;  1HVR A;  5P8J A;  1OD1 A;  2FMB A;  5P3E A;  3R4B A;  5P4P A;  1D4K A;  4I0I A;  4DQG A;  4Y5G A;  1EBY A;  5OZA A;  3OHH A;  1AZ5 A;  4GB2 A;  3WZ6 A;  2WL0 A;  3O9G A;  1HTR B;  1BXQ A;  3O9I A;  5P42 A;  3O9C A;  5P2R A;  2A1E A;  2AOE A;  5KQZ A;  4QJ7 A;  3FNS A;  2F3F A;  5OZ7 A;  5P1U A;  4OBZ B;  4BEK A;  1SDV A;  3EKW A;  5P4A A;  2BPX A;  4I0H A;  5P6Y A;  3SA9 A;  5ENM A;  1K6C A;  2VA7 A;  4RYC A;  1QBT A;  1BIM A;  2VJ7 A;  5P1X A;  2B7Z A;  5P0V A;  3HDK A;  3LIY A;  4B72 A;  5P7O A;  1A8K A;  5OYW A;  2IKU A;  3SA4 A;  2P3B B;  1HBV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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