1HEFE

The crystal structures at 2.2 angstroms resolution of hydroxyethylene-based inhibitors bound to human immunodeficiency virus type 1 protease show that the inhibitors are present in two distinct orientations
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEENSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structures at 2.2-A resolution of hydroxyethylene-based inhibitors bound to human immunodeficiency virus type 1 protease show that the inhibitors are present in two distinct orientations.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1992-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hefE00
3UFLA 5P0BA 4DJWA 1IZEA 1D4SA 1SP5A 4FM6A 2I4WA 4J1HA 5P6GA 2QK5A 4Y44A 5OZJA 3PGIA 3TTPA 3RTHA 4GJ9A 2B42A 1APUE 1BDLA 5IS4A 1IZIA 1XL5A 4DI2A 4DJVA 2V13A 2HB4A 4GJ7A 3IN4A 5P6MA 5P2BA 5P2SA 1GNNA 3B7VA 3APRE 3DK1A 5P8OA 4YOAA 2WEAA 3U6AA 4Y45A 5P35A 1K6TA 4LL3A 5P1NA 5P7TA 3L5EA 5P1WA 4Y5MA 5P4XA 1TZSA 4DUSA 3OU1B 4I0EA 5I3WA 1EC3A 5DGUA 2FDDA 4HDFA 4Q1NA 1T6GA 2B7ZA 3LZYA 3OWNA 5DR1A 1HHPA 3PCZA 1MRWA 4K8SA 5P2FA 5P54A 3TNEA 3F9QA 2G1NA 5SXNA 4HDPA 2AOGA 5ER2E 5P3NA 5P5TA 3M9FA 5P0MA 3ZPUA 3L3AA 5P4AA 5OYXA 4LXMA 4OC6B 4Q1WA 3NDWA 4J0ZA 3T7XA 5DR7A 1HVJA 4OBZB 4DVFA 1AAQA 4DPIA 2B8LA 3TOFA 2F80A 2H6TA 3T6IA 3K5FA 3BUHA 2V0ZC 2FNSA 5P1SA 2HIZA 1C6XA 2WEDA 5P61A 2IGXA 4Y5LA 4NPUA 5JG1A 5P5MA 1ZPKA 1B11A 1LS5A 2R3WA 1M4HA 1E5OE 4RCFA 3QBFA 4J0PA 5DQ4A 3LHGA 4J0TA 3T11A 4I12A 3DV5A 5P5WA 3OADB 1XE6A 3OAGB 3EKYA 1W5WA 4QJ6A 4DQCA 3OQAA 5P08A 5P7OA 2PMAA 3QIHA 3OQDA 4Y3ZA 1T7KA 3BC4A 1HSGA 5P4UA 3S56A 3LIVA 3OTYA 4B78A 5KQXA 1GVTA 3GI5A 1FQ8A 1SGUA 3G70A 5P1HA 1META 3Q5HA 1Q9PA 3PVKA 3GGXA 2I1AA 1WBKA 5P36A 2OHQA 2Z4OA 2QZWA 4OBDA 2G69A 3SABA 5P1RA 2HPFA 2QU2A 2ZE1A 5P0AA 3ZOVA 5P6RA 1BVGA 4KE1A 3D20A 3EC0A 2WF1A 4ZPFA 5PEPA 4XX3A 4Y5GA 1MERA 2R9BA 3OHFA 3L58A 1QBTA 3S43B 4CPXA 1FG8C 1D4HA 3IXJA 3JW2A 4Y51A 3URLA 4CKUA 1YM2A 1PFZA 5P65A 1LYBB 5P07A 3OOZA 5P7VA 4TVHA 3ZKGA 2ZHRA 2PSGA 3PJ6A 4WY6A 4ZIPA 5P7LA 2AOIA 1YX9A 3PMUA 3UDJA 1QRPE 1TSUA 4GJ5A 1OEWA 5P24A 1C6ZA 4XX4A 3R1GB 4LXAA 5P37A 3INDA 5P6CA 1HPOA 4ZSQA 1AXAA 5P0OA 3SQFA 3SACA 1MT9A 2WEBA 4BFBA 4Y58A 1YM4A 3HDKA 3MXEA 1BV7A 3I7EA 2UY0A 5KAOA 5HDZA 2FDPA 3EL4A 4QJAA 4DPFA 4GYEA 5DR3A 2V10C 3O9HA 2XFJA 5P4TA 1MTRA 5P05A 2CEJA 3O9EA 4Y43A 1BILA 5P56A 3EL5A 4QJ7A 4Y5EA 5P3QA 3VLAA 2ZJMA 1SBGA 2BPYA 3KF0A 3PB5A 4EQJA 2FGVA 2PQZA 3LPKA 5P6DA 2BKSA 3VSXA 3IVHA 2SAMA 4Y3TA 5P5VA 4J0YA 1IZHA 4OBKA 2WF0A 5ISKA 4BFDA 2BPZA 5BRYA 5OYSA 4F76A 5P06A 4I0ZA 3VUCA 4NJSA 5P4EA 4RYCA 3I8WA 3A2OA 3FSMA 1T6EX 3S45A 1UPJA 4FGXA 5P0ZA 4RYGA 5P7ZA 5P2XA 4A6BA 3OXWA 3UHLA 3KA2A 2PK5A 2OHRA 4PHVA 5P52A 3EKTA 1LZQA 2ZGAA 5HE5A 5P0RA 5P18A 1DW6C 5AHBA 4J54A 4Y3DA 5P2DA 5T4SA 5COKA 1TW7A 1RNEA 2XYFA 3KT5A 2PYMA 2OHTA 3RVIA 1NSOA 5OZ3A 4FRSA 5P7PA 2PSUA 1GVUA 5P83A 3VLBA 4Y5CA 3K4VC 4CPUA 5P09A 3BXSA 1RV7A 3RU1A 2OHUA 3PCWA 3VYDA 1IDAA 5CONA 4KB9A 5SY2A 2P8HA 1B6LA 4ER2E 1EC0A 3OTSA 2J9JB 4DFGA 4FRJA 5IE1A 4PZXA 3TKGA 2PYNA 5P7XA 4D88A 1SDTA 4EJDA 4GJBA 3SFCA 2QCIA 3VSWA 4CPSA 1EPOE 4B77A 2RSPA 4R95A 1LYAB 1MSNA 1B6MA 3NDXA 2QI1A 5OZ6A 1GNOA 2QZXA 2NPHA 5EZXA 3TKWA 5P7FA 2I4QA 1YTJA 1B5FB 4FSEA 3CKRA 3VV6A 3R0WA 1HVIA 5HDUA 2OAHA 3EL1A 5P74A 2AODA 4RVIA 5OZ8A 2BPXA 1MSMA 5P5DA 3OUDA 5P5KA 4EJLA 3LZUA 5P84A 1D4KA 5P5CA 1CPIA 1G0VA 1A8GA 4AA8A 3FNTA 1SIPA 5OZQA 3WSJA 5P1MA 4FSLA 5P6QA 1FMBA 4ER4E 1N49A 2G1SA 3PSGA 5ENKA 4F73A 5P8JA 2WKZA 3NU9A 4I0DA 5P0QA 4JECA 3PWMA 1AJXA 1YTIA 4OD9B 3SKFA 5OYRA 3S85A 5P43A 1KJ7A 1QBUA 4DQFA 2NTRA 1HVCA 3G6ZA 1FFIC 2HPEA 5KOSA 1FGCC 2I0AA 4MC6A 5P3OA 4X7IA 5SY3A 5P71A 4E43A 5P7QA 2QI0A 1LYWB 1HIIA 3CYWA 4APRE 4L1AB 2VIJA 5OZMA 9HVPA 3UQXA 2AOCA 1C6YA 1UH9A 1BVEA 5P5HA 5KQYA 5P3JA 2Q64A 3IVIA 4I0FA 4J1KA 2ZJNA 2O4KA 3ZKIA 1WBMA 1DAZC 5OYUA 5P0HA 5P6SA 3TPLA 2PH6A 3OK9A 4HZTA 5FIVA 2WF3A 1Z8CA 1EPME 2AZCA 5P3RA 2RKFA 2IS0A 4BELA 5COOA 1A30A 1HVHA 3O99A 3SA7A 3NR6A 3U71A 1BBSA 3O9LA 5HTZA 5P40A 5DQ5A 4DQEA 1DIFA 5P57A 4EXGA 1K6CA 3QN8A 2QMPA 5OZ4A 4APEA 2QI4A 3VV7A 2QI3A 5OZDA 5P38A 1EPNE 5P1DA 1BAIA 1TSQA 3FX5A 5P1PA 3G72A 3BHEA 1CMSA 3KFSA 5P4GA 2ZJKA 5P4RA 2G1RA 5HE7A 1APTE 1MRXA 5P1XA 3UDNA 2G22A 1W51A 1FQ5A 3NWXA 3VYEA 3QP0A 5OYVA 2F81A 1TQFA 1EC2A 3APPA 5OZLA 1UH7A 4Y3EA 1GVXA 5P49A 2AVQA 2I4DA 3CIBA 5KQZA 3GI6A 1SIVA 3HBOA 4PEPA 2R5PA 8HVPA 2IKOA 3LIYA 2JJIA 2AOHA 4Y3NA 4ZSRA 3URIA 5P5GA 3NUJA 2OHMA 3MSLA 5P8EA 3T7QA 3PM4A 1DP5A 4HLAA 2JE4A 4Q5MA 3OUBA 5P82A 4R92A 3K1WA 1K6VA 1ENTE 3L5CA 2J9KA 4YDGA 5P6WA 5OZ7A 1Z1HA 1B6JA 2ZHTA 5P2HA 5P6EA 3SAAA 4IVTA 2V11C 3ER3E 1OEXA 1YG9A 5P1EA 5P11A 1HPSA 1LF4A 3Q70A 1K1TA 2NMZA 1HTFA 3B80A 4GJCA 5P1OA 4I0IA 5P5RA 1EBYA 5P6VA 2XFKA 5P2QA 4Y5AA 5DR4A 3OU3A 4GJAA 5P55A 5P8SA 1BDRA 5F00A 5P02A 5P3EA 5OYZA 5P78A 4Y5BA 4IVSA 1T7IA 4Y4JA 2NXMA 1EC1A 1AIDA 3RSVA 3UF3A 4I1CA 2IKUA 4GJDA 3OQFA 4Y3YA 4YHQA 4A6CA 3UQUA 5P79A 2V00A 3K5DA 4I8WA 3L38A 1PPLE 3K4VA 3LITA 4Y4TA 3OU1A 2Q63A 3TPPA 1HVKA 3LPIA 1HPXA 1HBVA 1RL8A 1W5VA 1KJHA 2WEZA 5OZUA 3IXKA 2ER7E 2BJUA 2QD7A 1ODXA 1SGZA 2G1OA 5P2AA 3VEUA 5APRE 5P0NA 4Y4DA 5P5UA 4OC6A 3LIQA 2RKGA 5P19A 2HB3A 2AOFA 1BWAA 3QAAA 4OBZA 4EJ8A 4Z2ZA 4B1DA 1FLHA 2Q5KA 4XKXA 3QVIA 3WZ8A 3KDCA 4EYRA 2VNNA 5P7WA 3LPJA 1A8KA 3BGBA 2AOEA 5P23A 4Y41A 3OUAA 4Y4GA 5P4SA 1VIKA 7HVPA 4Y4EA 5P5YA 4Y3SA 2O4SA 5P2YA 3DV1A 3ZL7A 3T7PA 4YOBA 2NXLA 1ODWA 3TLHA 3SA3A 5P3LA 4DH6A 3H0BA 5P0SA 3NXEA 4H3IA 2QNNA 3GGUA 3OADA 4J1IA 5P7KA 1HWRA 1QBRA 3OAGA 2G21A 4EP3A 3DCRA 5P00A 1ZBGA 4Y3WA 3BXRA 4Y4XA 4EPJA 3AIDA 5AH7A 3MSKA 3DJKA 4Z4XA 4FM8A 1F7AA 2I4XA 2BPVA 3O9FA 4YCKA 1K2CA 5P7IA 5P85A 5P3MA 1HOSA 3SM2A 3D91A 1E82E 4RRSA 2F3EA 1EBWA 5P62A 2P3AA 3MSJA 5P32A 5P5ZA 5P8LA 4F74A 5P1GA 3SA5A 4YD6A 1FQXA 3NLSA 5P8RA 3EKWA 2MIPA 3OGPA 5P7SA 5P13A 5DQ1A 2ER6E 5P2MA 3HD8A 5P1LA 2OHLA 5P2VA 2ZYEA 5HCOA 3S43A 5I3VA 5P0LA 2QD6A 5OZEA 5P4QA 5E5JA 3NYGA 4JP9A 1EBKC 1LYBA 2BPWA 3ER5E 3GGAA 4YD5A 2G20A 2FXDA 3NDTA 2FIVA 4H3JA 4DQBA 2WF2A 4YBFA 5AH9A 3OXXA 1SMEA 3U7SA 1GVVA 2HS2A 2G1YA 5P4PA 2ZHVA 3L5DA 4TRYA 3K5GA 4Y5PA 2R5QA 5P3TA 5P6YA 5P66A 5P1KA 3ZPSA 3FKTA 4RVXA 3EMYA 3LNKA 2IL2A 4Y39A 1D4YA 1TCWA 3HVPA 4NKKA 5ENMA 5P63A 1M0BA 1YTGA 3PBDA 3ZKXA 5B18A 2NR6A 4RRNA 2PC0A 5E5KA 4FL8A 5P76A 2PWCA 4LXKA 3TPJA 1MT8A 4Y4AA 4FS4A 4FLGA 4H1EA 5P26A 4XXSA 2EWYA 5P4DA 1BIMA 5P0EA 3PEPA 4J1FA 1XDHA 3OQ7A 5P4WA 3TOGA 5IVSA 3SKGA 2HB2A 3CYXA 3NDUA 3QBHA 2AVVA 4B1EA 5P3ZA 4J1CA 3UCBA 3VF3A 4NJVA 5OZRA 1W50A 3BVBA 1IBQA 2QHZA 5HCTA 2BBBA 4MC1A 1HTRB 1ME6A 4Y48A 3VFBA 2H6SA 1RQ9A 1Z1RA 3UDQA 1A94A 5P6XA 4A4QA 1IZDA 3QI1A 5P86A 4DQGA 2APRA 2QI6A 4NPTA 5OZHA 4YA8A 4Y4ZA 2ZJJA 4R8YA 5OZSA 5P3BA 1PSAA 2FLEA 3QPJA 5P1TA 1HIHA 3KN0A 5P0JA 3QVCA 4S1GA 4OBGA 4U7QA 3N4LA 1FIVA 2AIDA 4Y4BA 4U8WA 5P10A 4ZSMA 3VV8A 1MVPA 5EZZA 1AVFA 1DMPA 2IQGA 5P5XA 1LV1A 2Q3KA 4GJ6A 4Y37A 3PI5A 2AQUA 4J1EA 1ZP8A 1ZTZA 3PBZA 4PZWA 4D85A 4ACXA 2QZKA 4Y3AA 4KUPA 2J9JA 2QNPA 2G94A 1IIQA 5P5FA 4NJUA 3URJA 5P5PA 1W5XA 2QHCA 3D1XA 1T7JA 4RCEA 1XN3A 5P03A 2PSVA 5P34A 3L5FA 1LYAA 5P7EA 4RVJA 5CLMA 3Q4BA 4NJTA 3UFNA 4Y3JA 4OBHA 4CMSA 3PHVA 2VIEA 5OZ1A 1B5FA 3T3CA 1D4LA 1KJ4A 2AVMA 4Y3LA 4I0HA 2VA5A 2FS4A 5P70A 3O9AA 1NPVA 4JPEA 5P51A 3ZMGA 3KFNA 2QD8A 5P8VA 2F8GA 3LZVA 3O9DA 2P3DA 4X2LA 1HEGE 5P73A 4Y36A 2AOJA 2OHNA 5HDXA 3PSYA 3QRSA 4FIVA 3EM3A 5P4BA 2FNTA 5P8DA 3EBZA 1K2BA 3OU4B 2P3BB 3GW5A 5I3XA 2ANLA 2A4FA 5P7UA 5P4CA 5COPA 3TH9A 2VJ6A 4Y4WA 5P3XA 1MTBA 3UPJA 1ER8E 4LP9A 3OXCA 4OD9A 4TRZA 5P60A 3BUGA 4DJUA 3O9GA 4RZ1A 4M8XA 1EAGA 5P0PA 5P5QA 3QROA 1HVLA 4GIDA 2PWRA 5P0VA 3DCKA 2B60A 3HVGA 3SA8A 5P30A 5BS4A 4FAFA 3EL0A 5P7YA 5P7DA 4DJQA 3NU6A 1LYWA 2BKTA 2AVOA 1FEJC 1FFFC 1KJGA 1U8GA 2JJJA 1IVQA 5P44A 3D1ZA 1LF3A 5P5AA 1PPKE 1D4JA 4I0JA 1W6IA 3I2LA 5P2KA 1MPPA 5P0XA 2AZBA 3IGBA 5P7MA 1BWBA 5P3FA 2QMDA 3OQKA 5P2NA 1K1UA 4H3GA 5P3VA 4ZEAA 2ZJHA 3LINA 5P6NA 3SM1A 3LIXA 5P0GA 2WECA 3GI4A 4YD4A 4Y6MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UFL A;  5P0B A;  4DJW A;  1IZE A;  1D4S A;  1SP5 A;  4FM6 A;  2I4W A;  4J1H A;  5P6G A;  2QK5 A;  4Y44 A;  5OZJ A;  3PGI A;  3TTP A;  3RTH A;  4GJ9 A;  2B42 A;  1APU E;  1BDL A;  5IS4 A;  1IZI A;  1XL5 A;  4DI2 A;  4DJV A;  2V13 A;  2HB4 A;  4GJ7 A;  3IN4 A;  5P6M A;  5P2B A;  5P2S A;  1GNN A;  3B7V A;  3APR E;  3DK1 A;  5P8O A;  4YOA A;  2WEA A;  3U6A A;  4Y45 A;  5P35 A;  1K6T A;  4LL3 A;  5P1N A;  5P7T A;  3L5E A;  5P1W A;  4Y5M A;  5P4X A;  1TZS A;  4DUS A;  3OU1 B;  4I0E A;  5I3W A;  1EC3 A;  5DGU A;  2FDD A;  4HDF A;  4Q1N A;  1T6G A;  2B7Z A;  3LZY A;  3OWN A;  5DR1 A;  1HHP A;  3PCZ A;  1MRW A;  4K8S A;  5P2F A;  5P54 A;  3TNE A;  3F9Q A;  2G1N A;  5SXN A;  4HDP A;  2AOG A;  5ER2 E;  5P3N A;  5P5T A;  3M9F A;  5P0M A;  3ZPU A;  3L3A A;  5P4A A;  5OYX A;  4LXM A;  4OC6 B;  4Q1W A;  3NDW A;  4J0Z A;  3T7X A;  5DR7 A;  1HVJ A;  4OBZ B;  4DVF A;  1AAQ A;  4DPI A;  2B8L A;  3TOF A;  2F80 A;  2H6T A;  3T6I A;  3K5F A;  3BUH A;  2V0Z C;  2FNS A;  5P1S A;  2HIZ A;  1C6X A;  2WED A;  5P61 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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