1HIIA

Comparative analysis of the x-ray structures of hiv-1 and hiv-2 proteases in complex with cgp 53820, a novel pseudosymmetric inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparative analysis of the X-ray structures of HIV-1 and HIV-2 proteases in complex with CGP 53820, a novel pseudosymmetric inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
molecule tags Hydrolase (aspartic proteinase)
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hiiA00
3WB4A 3VYEA 5P2HA 3VLBA 5P4TA 3G72A 2IEOA 3KDBA 2HS1A 4HLAA 5P8CA 1HVKA 4BFBA 5P5YA 4RCDA 3UFLA 5P8SA 5P8EA 2PSVA 5OYXA 1APVE 5P4YA 3R2FA 5P4EA 1AXAA 4TRWA 3OQKA 2ZYEA 5P5KA 5P0XA 2JYSA 4ZE6A 1HTEA 3VF3A 4KB9A 3SACA 3DUYA 5P2YA 2F81A 4ER4E 2APRA 4TVHA 3SA4A 5P84A 2PYMA 2VJ7A 2FXDA 1LYAB 4Y3GA 5KR0A 3HD8A 5P4CA 4YD4A 1SDVA 1QBRA 5KAOA 1CPIA 4PPHA 4EJLA 5P1EA 3R4BA 3DV1A 3DV5A 4ZSPA 3QRVA 5P6KA 2BPYA 4OC6B 5P05A 3OU3A 1HTGA 2WKZA 3SLZA 5JFUA 9HVPA 3MXEA 5P5TA 2BPVA 4D83A 5KR8A 3OU4A 4DJUA 3B7VA 4ZIPA 1W6IA 5P0SA 5P0FA 5P3PA 3NUJA 4IVTA 2AIDA 3LNKA 5B18A 4RLDA 5HU1A 5P0BA 5P4MA 4QJ9A 1C70A 5BWYA 1LEEA 1MEUA 2QCIA 5P70A 5KR2A 5P4GA 2PH8A 1HVIA 4Y3HA 5P25A 5P7EA 5P5FA 4IVSA 4UPJA 1BVGA 3T7XA 1HVCA 4OBJA 4GJCA 5P53A 5P3ZA 3URIA 3NWXA 1MPPA 5P88A 5KQYA 4PEPA 4KUPA 1ZPKA 1SIPA 1AAQA 5EZXA 4KE0A 2RENA 1ZPAA 3BVBA 1W5WA 3APRE 1IIQA 1FG8C 1YTHA 5UPJA 1KJGA 3NU3A 1BDRA 4OBKA 4DV9A 5AH6A 3N4LA 5P7DA 2WEAA 4ER2E 5P0EA 4RRSA 4QJ8A 3EM4A 3S54A 1MRXA 1HSHA 3K5FA 5P8PA 5P6UA 4B1CA 1SGZA 2Q63A 3DOXA 3EBZA 2G27A 2VA6A 5P2OA 2ER9E 3GGAA 4CPQA 2VKMA 3PMYA 2I1AA 2R3TA 3T7QA 1PSAA 4I0JA 3SA7A 5P3WA 4L7GA 3O9AA 1MT9A 1M4HA 2VNNA 5P7RA 4ACUA 1AIDA 5P0CA 5P0RA 3SFCA 4Y43A 5HD0A 2G94A 3CKPA 4LP9A 3QAAA 3OOZA 3PLLA 4QJ2A 5P1UA 5P8TA 5OYYA 2AVOA 4Q5MA 1YT9A 2V00A 1D4SA 5P44A 2HPFA 2IENA 5P8GA 1META 2IDWA 5P30A 4L7HA 5P2RA 5DR7A 3TPJA 5P5OA 4JOOA 4GIDA 2J9JA 2HPEA 4Y45A 3NXEA 3CYXA 4Y5NA 5P78A 4F76A 2FGUA 3U7SA 2ZJIA 3HW1A 3B80A 1IBQA 1HHPA 1PFZA 5P3NA 5P7GA 3VLAA 3UCBA 4I8ZA 3O9DA 4APRE 2FDEA 3VEUA 2RKFA 4DI2A 1MERA 3GI4A 2ZE1A 2QHYA 3TL9A 3EKTA 3ZL7A 5P1QA 1C6XA 1FG6C 1XS7D 4OBGA 2WF1A 1PPLE 5P2DA 5P7TA 3ST5A 3URLA 4Y5MA 4Y3EA 3Q3TA 5P8BA 1ZLFA 3DCRA 3NU5A 3OTSA 5P5MA 5COPA 2QZKA 3OU1B 1XL5A 4Y6MA 1GVWA 3LIYA 4DJPA 3ER5E 4YDFA 2V11C 1LYBA 2O4KA 1ODXA 3IVIA 1MSMA 4D85A 1SGUA 3JVYA 3LIQA 3VYFA 1W5XA 5OYRA 5P2KA 3TLHA 3S45A 3FNUA 4FRIA 5P0MA 2BQVA 2A1EA 5P0WA 5AHAA 4LC7A 4RVJA 4Y4BA 1GKTA 3ZKQA 3EL5A 5P5WA 1D4IA 2R3WA 1MUIA 1QBUA 2AODA 3CKTA 1EEDP 2QD7A 3OXCA 5P33A 4K8SA 4YCYA 5TOLA 3EKWA 5HDXA 5OZFA 1RQ9A 4Y5CA 4Y3DA 4FAFA 3VF7A 3H5BA 1PPKE 4FE6A 3QIHA 5P0OA 2ZJKA 5P0QA 3RTMA 2ZDZA 1K2CA 3EL0A 3GI0A 4NJTA 2ZHUA 4DPFA 1FQ7A 4Y3TA 3ZPUA 5P1AA 5P35A 5P75A 3SA6A 2G22A 4TVGA 3IAWA 2PQZA 1AVFA 3Q6YA 2R43A 5P31A 4ZSRA 5ER1E 1D4KA 5P64A 5P18A 5OZ7A 4K4QA 1RNEA 1FFIC 4I0HA 4JECA 5DR1A 3S2OA 2QI1A 5P41A 3KFRA 2WL0A 3KFPA 4Y5AA 5P8VA 2G26A 2AZBA 2ZHVA 3INFA 2VA7A 4CPRA 5P1YA 5P4FA 4DJXA 4COEA 2B7FA 2P3DA 2AVSA 3R0WA 3SA3A 1HPXA 1BIMA 2FDPA 4EWOA 3N3IA 3MWSA 5P3HA 3UDHA 5AH8A 3OXWA 6FIVA 5P5GA 5DPZA 1G0VA 3IXKA 4K4RA 3KFSA 4QJ7A 3S53A 5P89A 4AUCA 3QP0A 3OQAA 3TPRA 4A4QA 5P4NA 1MRWA 1AJVA 1YTJA 3BUHA 4DH6A 1SMEA 5P7FA 3BUFA 3OADA 5P0NA 5P2NA 3VFBA 3K4VC 1B6MA 4OBZB 5KQFA 5P00A 2R9BA 1FEJC 2FLEA 3PLDA 1MT8A 4R5NA 3PRSA 3JVWA 2Q11A 5DR8A 2PYNA 3O9GA 5P69A 5P3XA 3PCZA 1APTE 1EBYA 3GI6A 4PZXA 1SIVA 5P23A 4LHHA 3OAGA 3NDTA 2HIZA 5P1OA 5P1CA 2Q54A 3FV3A 4GZFA 3ZMGA 4J17A 5P3FA 5P3JA 3DJKA 4L1AA 1TCWA 3PJ6A 3WZ8A 2OHQA 5P0PA 2ZHSA 4YBIA 3VSXA 4K4PA 5P4PA 3NXNA 1EC1A 2AOGA 5P6RA 1EPOE 4YE3A 5P2AA 5P6AA 2H6TA 4EPJA 3CKRA 4D88A 1CMSA 2O4SA 3EKVA 5OZ4A 5P10A 5P08A 4J1EA 5P2GA 5P3IA 1ZSRA 4QJ6A 3SA8A 2XFKA 3TH9A 3D3TA 3OTYA 6APRE 1FQ8A 2Q55A 1G35A 4Q1XA 4Y3LA 5P02A 3VUCA 1TCXA 1Q9PA 5P51A 5KQZA 1K2BA 5P2SA 1UH8A 3OHHA 1N49A 4Y3NA 1M43A 5P2XA 4A6CA 1EPPE 4CPUA 2Z54A 5P0TA 3LZSA 1HWRA 2G69A 4J1IA 5P8UA 4NJSA 5P1KA 2R5QA 2PSUA 1MESA 1LYAA 3BXRA 3UQRA 3D91A 3OGPA 5DR4A 1OHRA 3QS1A 1TSUA 1MTRA 2G1RA 1IVPA 5P2UA 3KN0A 4RYGA 5P22A 6UPJA 4WTUA 3OHFA 1NH0A 3CYWA 3D1XA 1QRPE 1XL2A 3IXJA 1G2KA 3QN8A 4OC6A 2HB4A 4JPEA 2OHNA 4J1FA 3M9FA 3U71A 3HBOA 2P8HA 5OZUA 4Z22A 5P1PA 3IA9A 5P8LA 1ZSFA 5P4VA 3MSKA 3L3AA 4HVPA 3O9HA 4PZWA 2QI3A 3URJA 5P81A 3L59A 3L5BA 3IN4A 3PWMA 3WZ6A 3FSMA 2VA5A 1FMBA 4GB2A 4OBHA 2WEBA 5P01A 5P0HA 3APPA 4PHVA 5OZIA 5IVSA 2AVQA 3KYRA 3QROA 4Y3SA 3QPJA 3LZUA 5P8FA 5P1XA 4B78A 5P2WA 1EPQE 2VIZA 3IVHA 5OZSA 4PYVA 5P5RA 1FQXA 1MVPA 1OEWA 2QK5A 4Y53A 2WHHA 1MTBA 2QNQA 3G6ZA 4RZ1A 3UDYA 5P85A 1ZTZA 1NSOA 3D1ZA 2WF0A 1HPVA 1B6PA 1BBSA 3PHVA 3CIDA 5P0IA 3UQXA 3WB5A 3UDNA 3HAWA 5OZXA 1IZEA 4QJAA 2PWCA 2V13A 1EC2A 4Y3JA 2P4JA 2B60A 4M8XA 4F74A 3O9FA 3PM4A 2A4FA 4FLGA 5SXNA 5P45A 1HVHA 2HB3A 5P0LA 4FRKA 2NMYA 1WBMA 5P5AA 1TZSA 3SKGA 3GGVA 2NPHA 2Z4OA 3DM6A 2R38A 1GNNA 5P5EA 2G1SA 5P6CA 4Y37A 4RVXA 2I0AA 5P5SA 4Z50A 4ZPGA 2QAKA 5OYVA 5P5DA 5P0KA 4LAPA 1T7JA 4FSLA 5P29A 5P46A 4EP3A 4YD7A 1DMPA 1FKNA 1K6VA 4Y4AA 5P2TA 4DJOA 4FSEA 1XN2A 1T7KA 2WECA 1KJHA 5P2CA 2CEMA 3UDPA 1D4LA 3PWRA 3PCWA 4NJVA 1JLDA 3LIVA 2P3BB 1F34A 5P47A 1HSGA 2ZJNA 5P58A 4YHQA 5P0DA 2QZLA 4OBDA 2WF4A 2PC0A 4J0YA 4FS4A 4HDBA 3H0BA 3OU1A 3EM3A 5P3OA 4DVFA 4KE1A 1YM2A 1SBGA 2WJOA 5P6BA 4BEKA 4ZSQA 5JG1A 3UDRA 1DAZC 1K6TA 2QI4A 2MIPA 3HZCA 4F75A 1GNMA 5EZZA 5P6NA 4EJ8A 4U8WA 5DR0A 5KOSA 1HEGE 1BV9A 1HPSA 4RROA 5DQ4A 3S56A 2AZ8A 2HS2A 8HVPA 4Y4TA 3A2OA 4Y3RA 5AHBA 5DQ5A 2AOEA 4I0FA 5PEPA 2PWRA 1LZQA 5P37A 1HVLA 2HC0A 3UDKA 1AM5A 3LITA 4Y4GA 5OYTA 1YTIA 2WF2A 3EL4A 4Y4EA 4Y5EA 5BRYA 2QP8A 3T6IA 1M0BA 3S8IA 2IKOA 1LF2A 1WKRA 3L5EA 4TRZA 5P5QA 4Y4DA 4I0EA 4WY1A 5P7AA 1F7AA 1LF4A 5P72A 5P4WA 5OZ5A 3KDDA 3GGXA 3UDQA 4DJQA 3ZLQA 2B8LA 1IVQA 1A30A 2G1NA 5P1TA 3O9LB 4ZPFA 5P28A 2CENA 2B7ZA 5P7BA 2G24A 2PMAA 2XFJA 4FGXA 3T11A 2RKGA 3VCMA 5P2ZA 5AHCA 4DJRA 2P83A 1W5YA 5P2FA 2OHPA 4RGHA 4TRYA 1A8GA 1YM4A 5P2EA 4Y3QA 1QDMA 2VJ9A 2ER7E 2I4DA 3PWWA 5P73A 3RVIA 4BFDA 5P3QA 1BAIA 1Z8CA 3NU6A 4Y57A 2F3KA 1FMUA 3UF3A 5P4QA 5KOQA 2O40A 2V16C 1HVRA 1LYWB 3VF5A 3O9EA 3TKGA 3KT5A 4Y4JA 5IVQA 3PBZA 4MC2A 3MSJA 4I0DA 5P5VA 3ZKSA 1PROA 3RU1A 5SY3A 5C9DA 1KJFA 4Y5BA 4NPUA 5OZMA 4L6BA 4Y3AA 4OBZA 2QU3A 2ZJHA 2ASIA 4J54A 1NPAA 2V12C 4ER1E 4J0ZA 5P17A 3S43B 5P6FA 4GJ5A 1BWAA 5CONA 3IN3A 4A6BA 1ODWA 5P7OA 4YCKA 5C9FA 4GJDA 4M8YA 5OZ9A 3PBDA 2HAHA 1HIVA 5P34A 3OQDA 4RCFA 1PSOE 1HXWA 4J0TA 4I10A 3EKYA 2PH6A 3QVCA 1GVXA 1SH9A 4XX3A 4I11A 1LF3A 3NDWA 1W6HA 5P13A 4EQ0A 4RRNA 3IGBA 3NLSA 2ZHTA 5P48A 5P49A 1ER8E 3CICA 3INDA 5OZHA 3T7PA 4Y9WA 2PK5A 4X7IA 1B5FB 4I8WA 2QI6A 5E5JA 4J55A 1BDLA 4OD9B 1UH9A 5P3YA 3OK9A 1HRNA 5P7KA 1U8GA 3PI5A 3OUBA 2XYFA 5J25A 1QS8A 1FIVA 5HE7A 1XE6A 5P3AA 2I4VA 5I3XA 1VIKA 3OY4A 3FKTA 1BXOA 5DGWA 5P5NA 1HOSA 5OZ0A 4K9HA 4EJKA 2QD6A 2G21A 5P39A 2NNPA 4AZYA 1FQ5A 5OYUA 5P6EA 1ME6A 3GI5A 4J0PA 3OXXA 3D20A 4Z2ZA 1EAGA 5P7ZA 1HIIA 3OGQA 3BUGA 3DCKA 3Q4BA 5P5JA 5P24A 2IKUA 2F8GA 1IDBA 2OHSA 4E43A 5AH9A 4XKXA 5P4SA 3PMUA 4GJ6A 1FLHA 3I7EA 3IXOA 3HDKA 3NUOA 3R0YA 2VS2A 1T6GA 3S85A 4GMIA 5OZ2A 3PSUA 5T4SA 1D4HA 1HTRB 1KJ7A 2R5PA 2AOCA 2BPWA 3BGCA 2G1OA 2ZJLA 1BV7A 1K1UA 2ZJJA 4GJ7A 5HDZA 3GW5A 5P54A 3I25A 4Y5KA 1BILA 5P3TA 4DQGA 5P0AA 4RYCA 5OZNA 4DJWA 5P11A 2AVVA 3UDJA 5I3WA 1B6LA 5P5CA 1T7IA 2QMPA 3WZ7A 5P52A 3K5DA 1FQ6A 2FGVA 3BXSA 3OQFA 2Q5KA 4ZEAA 5P1GA 2HB2A 4H1EA 3O9CA 5OZOA 3SO9A 4R92A 4Y4WA 4CPWA 5P1WA 3UQUA 4DPIA 3OQ7A 5P7YA 4I1CA 2JXRA 2OHLA 1E80E 4HE9A 5P40A 5ER2E 1K6PA 5P43A 3LPJA 2OAHA 4DQBA 5P8OA 4RVIA 3F9QA 5P65A 2FDDA 2BPXA 4Y48A 3BC4A 5P4LA 3L58A 3O9IA 2SAMA 1SDTA 3LPIA 5P3LA 2WF3A 3KA2A 3HVGA 3PSYA 1TW7A 2QMDA 5IS4A 5JODA 2NXLA 3ZKIA 3L38A 5P50A 3KF0A 1HIHA 1MSNA 4LXAA 4YD6A 3NU4A 3CMSA 3GGUA 4J1HA 3HVPA 3SA9A 2B42A 2QMFA 3JW2A 3TOGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WB4 A;  3VYE A;  5P2H A;  3VLB A;  5P4T A;  3G72 A;  2IEO A;  3KDB A;  2HS1 A;  4HLA A;  5P8C A;  1HVK A;  4BFB A;  5P5Y A;  4RCD A;  3UFL A;  5P8S A;  5P8E A;  2PSV A;  5OYX A;  1APV E;  5P4Y A;  3R2F A;  5P4E A;  1AXA A;  4TRW A;  3OQK A;  2ZYE A;  5P5K A;  5P0X A;  2JYS A;  4ZE6 A;  1HTE A;  3VF3 A;  4KB9 A;  3SAC A;  3DUY A;  5P2Y A;  2F81 A;  4ER4 E;  2APR A;  4TVH A;  3SA4 A;  5P84 A;  2PYM A;  2VJ7 A;  2FXD A;  1LYA B;  4Y3G A;  5KR0 A;  3HD8 A;  5P4C A;  4YD4 A;  1SDV A;  1QBR A;  5KAO A;  1CPI A;  4PPH A;  4EJL A;  5P1E A;  3R4B A;  3DV1 A;  3DV5 A;  4ZSP A;  3QRV A;  5P6K A;  2BPY A;  4OC6 B;  5P05 A;  3OU3 A;  1HTG A;  2WKZ A;  3SLZ A;  5JFU A;  9HVP A;  3MXE A;  5P5T A;  2BPV A;  4D83 A;  5KR8 A;  3OU4 A;  4DJU A;  3B7V A;  4ZIP A;  1W6I A;  5P0S A;  5P0F A;  5P3P A;  3NUJ A;  4IVT A;  2AID A;  3LNK A;  5B18 A;  4RLD A;  5HU1 A;  5P0B A;  5P4M A;  4QJ9 A;  1C70 A;  5BWY A;  1LEE A;  1MEU A;  2QCI A;  5P70 A;  5KR2 A;  5P4G A;  2PH8 A;  1HVI A;  4Y3H A;  5P25 A;  5P7E A;  5P5F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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