1HOSA

Inhibition of human immunodeficiency virus-1 protease by a c2-symmetric phosphinate synthesis and crystallographic analysis
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Inhibition of human immunodeficiency virus-1 protease by a C2-symmetric phosphinate. Synthesis and crystallographic analysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-04-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hosA00
5P85A 4Z50A 2R8NA 5P26A 2PK5A 2F3FA 3GI4A 4Y58A 1GNNA 4I10A 1TW7A 3UDMA 5DQCA 4HDBA 1W5YA 3SACA 5P4FA 2HC0A 2V0ZC 3EKXA 5OZMA 2AQUA 2I0AA 1A94A 4GJCA 3TPLA 5P6BA 2QI7A 3L58A 4LXAA 3WZ7A 3O9EA 5P57A 1NPAA 5OZPA 4B00A 2QAKA 5P32A 1APUE 5ER1E 3NWQA 1K6PA 3OTYA 2OHUA 3QPJA 1FG6C 1K1UA 2PSGA 5P61A 4L6BA 1DMPA 5OZZA 4Y3PA 2FDPA 1ZP8A 1HTGA 4YOBA 2PWRA 2ZJJA 5P6TA 4UPJA 5P5AA 5DPZA 3IXOA 5T4SA 3TKWA 2QMGA 1MT8A 5P1HA 3OQKA 2OF0A 4Y36A 1APVE 5P3KA 1FQ8A 3QAAA 3KT5A 1AAQA 4J54A 1HRNA 4FE6A 5OZ6A 3O9IA 5P0AA 5KR2A 5EZXA 4D85A 1FQXA 5APRE 3OHFA 4LAPA 2VIJA 2WEDA 1AM5A 1ZLFA 5P30A 2JXRA 3GI6A 3LIXA 5P60A 5P22A 2ASIA 3KT2A 3CIBA 3PRSA 3LZSA 4DFGA 3KDBA 3VSWA 4ER4E 1AJVA 4Y5BA 2AOIA 2WF4A 4QJ8A 4DJWA 4RROA 4Y3DA 4Y53A 5OZ5A 4DQGA 2NXLA 4Z4XA 4IVTA 5P0GA 4RCEA 1YM4A 5P7VA 3OXVA 3UFLA 3KMXA 4YBIA 5IVQA 4L7JA 4J1FA 4D8CA 5CONA 2R3WA 2QCIA 3LNKA 3QIHA 2PH6A 1LYAB 1T6GA 5P44A 4Y4ZA 3PBZA 3HVPA 1IVQA 2HAHA 5DR3A 2AOGA 3U7SA 2HB3A 5P1PA 2AIDA 1K6CA 4FL8A 5P4QA 1YTGA 5P82A 4DQFA 3ZKXA 2NNKA 5P74A 5P6FA 1IZEA 4FRSA 4Q1YA 1BBSA 1BWBA 5P3EA 1B5FA 1EC3A 3UHLA 4EP2A 5P0SA 4U7QA 5P8GA 2AVQA 5P47A 1ENTE 3HLOA 2A4FA 5P05A 4B1EA 5KQZA 5JFUA 1SP5A 1MSNA 3QN8A 5P1MA 3MSLA 2B42A 3S54A 1RNEA 1IZIA 5P56A 2OHQA 4OD9B 9HVPA 1C6YA 4ZSPA 2BB9A 2QNPA 1YTIA 3EXOA 4TVHA 5AHBA 3K5FA 1D4JA 5I3XA 1LYWA 3OHHA 3OUCA 5OYYA 4DVFA 2I4WA 4RYCA 3EL5A 5AH9A 3O9BA 4R8YA 1AIDA 5P4HA 3VG1A 2FXEA 5P8KA 5P3YA 4XX4A 1SBGA 5P12A 2BPYA 1RPIA 1BV7A 5P4WA 3D3TA 5TOLA 4QJ6A 4Y4TA 5P8OA 1W51A 1IDBA 1BXOA 1EC2A 5P0BA 5P7TA 1QS8A 3VF3A 5P7YA 1MEUA 2QU3A 5P10A 4ZIPA 5HE5A 2PH8A 4Y5NA 2ZGAA 5P6IA 1HOSA 2B7ZA 4XKXA 4BFBA 3PCZA 5DGWA 2O4PA 4CPUA 2OHLA 3BXRA 5P1QA 3NSHA 1HSGA 1LF2A 3S53A 2PYNA 2PC0A 1YT9A 3OQFA 2FDEA 4RLDA 5P1FA 4FAEA 5P6QA 5P1CA 3IXKA 1BWAA 4NJVA 3LITA 1PFZA 3I6OA 4OBKA 4Y4BA 4ER1E 2PMAA 5P0WA 5UPJA 5P5IA 2FNTA 5P1LA 1XE5A 2HM1A 2ZHSA 1C6XA 4OBDA 5P8CA 4GB2A 1B6PA 2HPEA 4LC7A 2OHTA 5OZHA 1FGCC 5P1XA 1M0BA 4FRIA 5P2YA 2F8GA 5KR8A 5P0HA 2R5PA 1HSIA 5P6PA 4EYRA 4D88A 1DIFA 5P8RA 4AMTA 3NR6A 3OAGB 5P1JA 1HVCA 2IEOA 3ER5E 5CLMA 5P09A 3VLBA 3ZKIA 4DQHA 2OAHA 5EZZA 4XX3A 4FM8A 1LYAA 3QVCA 5P42A 5P1KA 2P3AA 2ZHVA 3CIDA 3KMYA 4Y5KA 1HVRA 3OU3A 1ZPAA 4EQJA 3EM3A 3PLDA 1ER8E 4PHVA 3GW5A 3UQXA 1HTFA 3A2OA 5P1VA 5P2SA 4A4QA 1FMUA 5P02A 3BXSA 5P3AA 1W5VA 5OYZA 2ER0E 1HEGE 3VYDA 5P6YA 4I1CA 3TOGA 3I2LA 4EJ8A 1F34A 3OGPA 5P33A 5P0VA 3ZKSA 2FNSA 5OYRA 4QJ9A 2BJUA 3SFCA 5OZEA 5P20A 2WF2A 1M4HA 5P4ZA 1FMXA 3APPA 4AA9A 1G6LA 4OD9A 2QD7A 4B0QA 1ODYA 2BPXA 3L5CA 3BRAA 5P5PA 2XFIA 3L5FA 4YD3A 2J9JB 4GIDA 4Y45A 5P58A 3TTPA 5P2AA 5HCTA 5P7DA 1U8GA 3LIQA 5P1RA 5P4YA 3UTLA 1BVEA 4FM7A 2VNNA 1SIPA 5P73A 5P41A 1IZHA 5P71A 2JE4A 5P2RA 4HE9A 4J0YA 5P37A 1HEFE 4Y57A 3PGIA 1HSHA 5P7CA 2ZYEA 5P5FA 4XXSA 1J71A 5P2XA 4GJAA 4DJPA 3G70A 3S8IA 1Z1RA 4I8ZA 2QI3A 4H3FA 4Y3HA 3O9FA 1UH8A 5P4LA 1B6KA 5P0QA 3Q6YA 1MUIA 3CYWA 3PMYA 5P5DA 5P2UA 4EJKA 2FXDA 4CPWA 5P6CA 2QZKA 3S45A 4J17A 1KJFA 2CENA 1HXWA 4DJOA 4Y4JA 5P5SA 1DAZC 1FIVA 5P15A 5P3VA 4Y4DA 3LHGA 5P39A 1EBWA 2ZJNA 1GKTA 4Y39A 5DR8A 5P1SA 1UH7A 5KQYA 1JLDA 1FKNA 3OGQA 5P4VA 5P62A 4YE3A 5COOA 3ZOVA 4Y3AA 3H5BA 1T3RA 5P01A 5JODA 3S2OA 1F7AA 5OYTA 4ZSRA 5OYUA 5KOQA 1SDTA 5P1BA 5OYVA 3NDXA 2QP8A 3NDUA 3VYEA 4LBTA 4M8XA 4ZEAA 4F74A 1PPLE 1MT7A 5P72A 5E5JA 4EXGA 5P0DA 3QVIA 5P2LA 3INDA 5P00A 3DJKA 5P2GA 3OAGA 1MESA 3I8WA 1CZIE 1TCWA 5P7JA 4EPJA 3BGCA 5P40A 2I4DA 5I3WA 4Y5LA 1FQ7A 2QZXA 4Y48A 3OXCA 3ECGA 4I0HA 5OZAA 5OZ8A 5P46A 5P5LA 3EL0A 1MERA 2IGXA 2HIZA 5J25A 3UDJA 3RSVA 5P3UA 3RTNA 1EPPE 1IBQA 1AXAA 3NWXA 3L3AA 2AOEA 4ZSMA 4EHCA 4D89A 2G20A 4Y6MA 4RYGA 3PWWA 5P4UA 3K4VC 2WF0A 5P14A 5P24A 5HTZA 5P29A 5P4JA 7HVPA 5P6JA 3SA7A 3DOXA 3NU9A 3NU6A 3LIZA 1Q9PA 1K1TA 5OZ4A 5P8LA 3EL1A 1SDUA 2AVVA 5P4AA 2VS2A 1HVIA 3M9FA 1YX9A 3OU4A 3KDDA 5P89A 3VV7A 3QI1A 3NUOA 2JJJA 3TL9A 3SKFA 4LP9A 3KA2A 5F01A 5OZQA 4LL3A 3OUBA 1DPJA 3EKVA 4JP9A 4Y4UA 1G0VA 1K2CA 2NTRA 5P1UA 2FGUA 2UY0A 3BC4A 3OUDA 1D4SA 1GVWA 5P38A 3HW1A 1BXQA 2RKFA 3SM2A 1WBMA 1BILA 5P7GA 5P7WA 5P1IA 3EMYA 4AA8A 2P83A 5P5RA 5P2MA 4DI2A 3NLSA 4CP7A 2ZJIA 3RTMA 3NDTA 2WEZA 3D91A 4Y5GA 1LF4A 5P8JA 5P3SA 1XE6A 4KE0A 3EKQA 5P4TA 1EAGA 3SKGA 5P7SA 3KFRA 5OZUA 4LXMA 4BFDA 2AOCA 3IVHA 4Q5MA 3JW2A 5P8BA 4Y3QA 4M8YA 3D1YA 4DJYA 4Q1WA 1YG9A 2AOJA 4I11A 4QLHA 3KFPA 1LEEA 3MSJA 5P19A 5OZWA 3TPRA 5P5OA 1A30A 4CKUA 1GNMA 2HS1A 5P4XA 5P7PA 1A8GA 3HAUA 2G21A 4FM6A 3GGVA 3LIYA 3OTSA 5ER2E 5P7NA 2WF1A 5KR0A 4R93A 2G1YA 1TSQA 5P3QA 2QNNA 1FQ5A 4YA8A 4KE1A 3S56A 5P5BA 3AUPA 3OQ7A 1PSOE 2EWYA 2QI5A 2G27A 3L5DA 4KUPA 5P3HA 3O9CA 4Y41A 1HWRA 5P7ZA 5P8QA 4DV9A 1D4KA 5P87A 1ODWA 5I70A 1HIIA 2V00A 4Y3MA 6FIVA 3KFSA 1B6LA 3QBHA 5P5UA 4FLGA 1BDRA 5AH7A 5P5NA 3TLHA 3FX5A 4FSEA 5P3DA 3WZ8A 1LYBB 3FV3A 2XFJA 5P08A 2G1NA 1KJ7A 3GGXA 3IGBA 2FGVA 4Y51A 3NYGA 1META 3U71A 3EKTA 5KOSA 5P5EA 4N00A 5P2HA 5P5MA 4RRSA 3MXEA 5P4IA 1FEJC 5P5XA 5SY3A 1E82E 3EBZA 3FKTA 3ZL7A 4B1CA 3DCRA 2WHHA 4DQBA 2AODA 4D83A 3B80A 1K6TA 1K2BA 5P2ZA 4YD4A 5P4MA 5OZGA 3CKTA 3GGUA 1W5XA 2I0DA 1N49A 3EKYA 1ZJ7A 4S1GA 4COEA 1APWE 5P06A 3LZVA 5P6ZA 1GVTA 2Q64A 2ZHUA 5IE1A 4Y4GA 2QMPA 5OZOA 4JPCA 4J55A 2P3CA 3QP0A 5P5KA 4AUCA 1HVHA 5P7LA 3PBDA 2AVOA 3L5EA 3OQDA 1HIVA 5OZYA 5P2CA 2RSPA 4GJDA 4DPFA 5P4OA 5P83A 5FIVA 2FMBA 4F75A 5P2VA 5P0KA 5KAOA 5P2KA 3HVGA 5P5GA 1RQ9A 3OOTA 3R4BA 5DQ1A 3ZLQA 2BPVA 5B18A 3BVAA 5E5KA 5P4RA 2B8VA 1FFFC 4DJUA 1AJXA 2QU2A 4J0VA 2Z4OA 3GI0A 1GNOA 5P17A 5P77A 4Y3TA 5OZ1A 1NPWA 1PPKE 2FS4A 4ZSQA 3TOHA 3NU4A 1W6HA 3G6ZA 4R91A 4HEGA 5P1EA 5OZNA 4Y3JA 4WY1A 4Y4WA 3VF5A 1B11A 3PI0A 1LF3A 3U6AA 2JJIA 3D20A 4PYVA 3LPJA 3QRVA 5AHCA 3URJA 2R5QA 2B60A 3GGAA 5HE7A 2G22A 5P16A 4K8SA 4I0FA 5AH8A 5OZDA 5P1TA 3UCBA 3T7QA 2VA5A 1MSMA 4CPSA 1BVGA 3TPJA 1UPJA 5OZRA 2FIVA 2Z54A 4Q1XA 5HDVA 5OZLA 1EBYA 4J1KA 4Y54A 1SDVA 3TPPA 1HPSA 3SA3A 5P2TA 3K1WA 3BUFA 2ZJLA 3O99A 4Y3LA 2NXMA 2QHZA 4NJUA 5P51A 4AZYA 3NDWA 5P3CA 1LYBA 1RV7A 1FMBA 2ZJMA 4FIVA 4QJAA 1LS5A 5OZ3A 5P5ZA 2IENA 5P53A 5P4SA 1QDMA 5P70A 3EL9A 5P76A 1M43A 5P0XA 2A1EA 3Q70A 3LZUA 3VLAA 2OHSA 1KJ4A 4RVXA 3TNEA 3UDYA 2QK5A 5P5YA 5P4GA 5P7HA 4YCYA 2I4UA 3ZPTA 2B8LA 2Q3KA 5OYWA 3MSKA 3AIDA 5P59A 2PYMA 1MPPA 4APEA 1D4IA 4Y3EA 5HU0A 2QI4A 5AGZA 2QD8A 1PPME 3LPIA 1LZQA 2PSVA 3DV5A 3KF0A 3UDHA 3EC0A 1YM2A 3VV6A 2R43A 3IVIA 1FB7A 2WEBA 2G26A 1APTE 3S7LA 2I4VA 1T6EX 3D1XA 2BBBA 5P4DA 1KZKA 2OHPA 2QI6A 4HDPA 5SXNA 1NPVA 2NXDA 1HVJA 2CEMA 5P2WA 3T6IA 1BDLA 1T7JA 3VSXA 3PJ6A 5P5CA 4OBJA 1EC0A 6APRE 2VA7A 3WB5A 4Y43A 5P0CA 2VIYA 5P4NA 2HPFA 5P6KA 5P8TA 2I1AA 1EPRE 4B1DA 4X7IA 5P7OA 3HDKA 3SA5A 2WECA 1CPIA 3QS1A 2R38A 4Y3FA 4GJ7A 2VJ9A 5P3MA 3PEPA 3BHEA 5P8NA 3DV1A 5P49A 4Y56A 1QBTA 5P6RA 3PMUA 5P6SA 5P6OA 1AZ5A 5P6GA 5ISJA 3BGBA 3F9QA 2Q54A 4TVGA 1YTHA 4EJDA 3QRMA 1OD1A 1PSNA 5OZIA 4Y3NA 1ZSRA 3C9XA 1EBKC 4YBFA 4ACUA 5OYQA 2G1SA 2QMFA 2O4NA 4B72A 1HVLA 5P1AA 6UPJA 1TCXA 2VIZA 4Y9WA 5P64A 3URLA 3HBOA 1A9MA 2RENA 5P0TA 4ER2E 1MTRA 1Z1HA 2SAMA 2VNMA 3HZCA 5C9BA 3VYFA 2QHYA 3FIVA 5P7AA 2XYEA 1IZDA 5P8IA 3PSGA 4HZTA 3S85A 5P88A 2NMZA 4FGXA 3IA9A 3PVKA 4I8WA 3NU5A 3SA4A 1EPQE 1MIQA 4RGHA 1HPXA 5P50A 5P0OA 3KDCA 5P8SA 4Y3YA 3TH9A 4FSLA 4YDFA 5HDXA 3PB5A 4I0ZA 2F3KA 3SLZA 5P6LA 3OXXA 3INEA 3SA6A 1EPNE 5OZ2A 4I0GA 5P23A 4Y47A 5P6AA 5P84A 3ZKMA 5P55A 1BDQA 5P68A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P85 A;  4Z50 A;  2R8N A;  5P26 A;  2PK5 A;  2F3F A;  3GI4 A;  4Y58 A;  1GNN A;  4I10 A;  1TW7 A;  3UDM A;  5DQC A;  4HDB A;  1W5Y A;  3SAC A;  5P4F A;  2HC0 A;  2V0Z C;  3EKX A;  5OZM A;  2AQU A;  2I0A A;  1A94 A;  4GJC A;  3TPL A;  5P6B A;  2QI7 A;  3L58 A;  4LXA A;  3WZ7 A;  3O9E A;  5P57 A;  1NPA A;  5OZP A;  4B00 A;  2QAK A;  5P32 A;  1APU E;  5ER1 E;  3NWQ A;  1K6P A;  3OTY A;  2OHU A;  3QPJ A;  1FG6 C;  1K1U A;  2PSG A;  5P61 A;  4L6B A;  1DMP A;  5OZZ A;  4Y3P A;  2FDP A;  1ZP8 A;  1HTG A;  4YOB A;  2PWR A;  2ZJJ A;  5P6T A;  4UPJ A;  5P5A A;  5DPZ A;  3IXO A;  5T4S A;  3TKW A;  2QMG A;  1MT8 A;  5P1H A;  3OQK A;  2OF0 A;  4Y36 A;  1APV E;  5P3K A;  1FQ8 A;  3QAA A;  3KT5 A;  1AAQ A;  4J54 A;  1HRN A;  4FE6 A;  5OZ6 A;  3O9I A;  5P0A A;  5KR2 A;  5EZX A;  4D85 A;  1FQX A;  5APR E;  3OHF A;  4LAP A;  2VIJ A;  2WED A;  1AM5 A;  1ZLF A;  5P30 A;  2JXR A;  3GI6 A;  3LIX A;  5P60 A;  5P22 A;  2ASI A;  3KT2 A;  3CIB A;  3PRS A;  3LZS A;  4DFG A;  3KDB A;  3VSW A;  4ER4 E;  1AJV A;  4Y5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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