1HPOA

Hiv-1 protease triple mutant/u103265 complex
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of nonpeptidic HIV protease inhibitors: the sulfonamide-substituted cyclooctylpyramones.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hpoA00
1ODXA 5P1SA 2BQVA 3QIHA 4DFGA 1WBKA 3TL9A 5P56A 6UPJA 4RROA 5P2NA 4COEA 1KZKA 3OHFA 4DJXA 2NXMA 5P8AA 2I4QA 4OBGA 3HVGA 5P04A 5P3DA 5P1PA 3RTNA 3PM4A 5P47A 1B5FA 4MC1A 2FIVA 5P2DA 2VJ6A 4YDFA 1ZPAA 3EKXA 1HHPA 1SDUA 5HVPA 4DPFA 5P24A 1TW7A 3O9FA 5P8KA 2HB3A 3KMXA 5SXNA 4Q1YA 1GVWA 1HBVA 3B7VA 1GNMA 5OZEA 5OZIA 2ZHUA 1K6CA 4ER4E 4RZ1A 4YD6A 4ER1E 1A8KA 4GYEA 3IA9A 3OWNA 5P55A 2ZJMA 2O40A 1HPVA 1HWRA 4Y5GA 5AHCA 3I6OA 3O9LA 1FQXA 1HIHA 5P2KA 3ZKGA 2AZ8A 5P0OA 3SKFA 4OBFA 2UXZA 3O9GA 4FRIA 3IXKA 3GI0A 3URJA 1IZEA 5OZ4A 4B78A 2XFIA 3VUCA 5P57A 5P5TA 3OU1A 2AZ9A 1KJGA 3QVCA 3BGBA 3NXNA 5C9FA 5P4GA 5P1FA 4J0YA 1RL8A 3UDKA 5DR1A 3L3AA 1A30A 5P1HA 4J0TA 1GNOA 5P5BA 2IQGA 2AOCA 3OY4A 4L7GA 3LNKA 4AA8A 1IDBA 2AOFA 3EKPA 5P12A 3EM4A 3LZUA 1EPRE 5P77A 4MC2A 5P76A 3MSKA 4YCKA 3DOXA 1FQ8A 5OYUA 3LPJA 2A1EA 1JLDA 5P2EA 3FNUA 4F74A 1OD1A 1GVVA 5IVQA 5KR8A 2Z54A 3NU6A 2BJUA 2JJJA 1F34A 1EPQE 2I1AA 5KQZA 2NNKA 1B6LA 2BB9A 4EXGA 5P1GA 3VLAA 3KFSA 4JPCA 4YBFA 1DAZC 4I1CA 3ZLQA 2ZJLA 4YD3A 2WL0A 4Y5LA 5P7YA 2FDDA 5F00A 4M8YA 2NXDA 1SGZA 3S2OA 3VYEA 2VJ7A 1W5WA 2AODA 2CEJA 1IBQA 3LIVA 1RNEA 1YT9A 4D8CA 1A94A 2BKTA 4I12A 5B18A 1PFZA 5OZAA 1AXAA 3MWSA 1BDQA 5P1KA 5P2XA 4NJTA 3SA4A 5DQ1A 3L38A 2FDPA 5ISJA 2RENA 1HIIA 4OD9A 1T6GA 1YX9A 5P4UA 3QBFA 2FGVA 4Y5EA 3HDKA 4EJ8A 4I11A 1HVCA 5P5OA 3KYRA 3DCKA 4ZE6A 5I3VA 2RKGA 3PWWA 3INHA 3UDPA 3K5DA 5P50A 2IEOA 1CZIE 4I0FA 1D4KA 4LBTA 5P4HA 5P4NA 5P19A 5HDXA 4R93A 1W6IA 2PYMA 2Q3KA 1ER8E 5P6MA 5P0BA 4U8WA 3S53A 2Q54A 5OZSA 4JECA 1IZHA 3UF3A 1W6HA 5P18A 4RCFA 4WTUA 3PBZA 2QNNA 1BDLA 5P67A 5I3XA 2WEZA 3OADB 1MT8A 5P6CA 5P3VA 4EWOA 4TRYA 5P52A 2AVOA 4Y3SA 5P89A 2PMAA 4ZLSA 5OZDA 3KA2A 4YBIA 2AQUA 5KR2A 5P0TA 1FG6C 1BV7A 1G35A 5P35A 4L1AA 5KAOA 1FFIC 2OHKA 3Q6YA 1NH0A 3HW1A 2IDWA 4DH6A 2ER9E 1E5OE 3L58A 4TRWA 5DR0A 2B7FA 4EJKA 3WZ6A 2O4LA 5OZ1A 5P5RA 3BHEA 2P8HA 5P82A 5P6GA 3DV1A 5OZFA 1W5YA 2ER7E 4EXHA 4ACXA 3CIBA 5HDUA 2QCIA 5P1AA 2QK5A 3PLDA 5P4QA 4J0PA 3EXOA 4Y53A 2P83A 5P6KA 4CPQA 3UDRA 5DQ2A 2G69A 5P03A 1EC0A 4HEGA 1UPJA 4XX3A 5P4KA 4EP3A 2ER0E 5CLMA 2PSVA 2WEDA 3EKVA 5HDZA 5P8HA 2A4FA 4H3GA 5P5MA 5P4FA 3KDCA 4S1GA 4J55A 2FMBA 1APUE 1KJFA 2WEAA 4GJ6A 3ZMGA 1FMBA 3SFCA 2P3BB 5COOA 5P64A 5P0DA 2RMPA 1FQ6A 2G1YA 5P6OA 2VS2A 3OQAA 2P3AA 3OADA 4X7IA 3DJKA 4Y4GA 3OHHA 4Y4DA 5P8VA 4DJRA 3PJ6A 4PEPA 5P1DA 1G0VA 2B60A 5COPA 2B8LA 1IIQA 2IL2A 2WF4A 4Y47A 3RVIA 5P6XA 5OZJA 4R95A 4J1CA 5P29A 1PROA 3KT5A 3SACA 1C6ZA 4CPRA 1D4IA 3RTMA 2AOJA 4LAPA 3K4VC 1MPPA 3VV6A 5P7FA 4I0IA 2FLEA 3OGPA 2HPEA 5P15A 3K4VA 3G70A 5P3YA 1BILA 5P8LA 3EM3A 3SA8A 5P7DA 5IE1A 5P4TA 5P2MA 2O4SA 2HC0A 4R91A 2PWRA 3KFRA 4J1FA 3NWQA 5OZ5A 3NU3A 4I0HA 3LIQA 1ZBGA 1G2KA 4Y3JA 3S45A 4Y3LA 2AOIA 4HE9A 5P6DA 1HVKA 1PSNA 3O9HA 5P2WA 2HM1A 1GVXA 4ZSRA 2XFKA 2P3BA 5P84A 2ZHVA 1RQ9A 1AM5A 5P87A 2ZHSA 5P5QA 8HVPA 3PMYA 1KJHA 4Y45A 3EL1A 5P8CA 4Y41A 5P58A 4OBKA 4I0DA 5OZRA 5P0HA 2QI3A 5P0MA 5P3NA 2G1SA 2F3EA 3BRAA 4DJYA 2PH8A 5P7JA 3PSYA 4GZFA 3GGXA 1W5XA 5P75A 3KT2A 1K6VA 5P3AA 2I4UA 3IAWA 4FRSA 2SAMA 3INDA 4FS4A 5P5EA 1NSOA 3D1XA 5P2YA 5P1UA 3ZPUA 1WBMA 2OHPA 4I10A 3VSWA 3HD8A 1EBYA 2P3CA 1QBSA 2AVVA 2P4JA 3CKTA 5P0LA 1SDVA 3LZSA 4Y4ZA 5P6FA 3IGBA 4J1EA 2UY0A 3VV7A 3CMSA 4YD7A 3OK9A 2G1NA 5P7OA 3NDTA 4AZYA 5P7BA 3T3CA 1GVUA 1BXQA 3I8WA 4QGIA 3EM6A 1PPKE 4XXSA 4FM8A 3T6IA 4AMTA 5P2AA 2ZDZA 5P7NA 2VNMA 2QMFA 1B5FB 3DCRA 1XL2A 4Z4XA 3TTPA 1MTRA 3CYWA 3L5BA 2PSUA 3QBHA 4A6BA 1XN2A 3SPKA 5P3ZA 1B6PA 3SAAA 5P72A 1LYWA 4L7HA 1QBUA 4F76A 4YDGA 5P3CA 3VG1A 5OZLA 4B05A 1HPOA 4JPEA 5P79A 3DK1A 5OZGA 1M4HA 5P5WA 3O9LB 1MRXA 1SIVA 3NLSA 2I4DA 5DQ5A 5P80A 3ECGA 5P06A 2B42A 4ZIPA 3EC0A 3EBZA 4Y51A 4Y3EA 3LPKA 3OAGB 2VIJA 2G24A 4GJ5A 4Y3NA 4YD4A 2Q64A 3INFA 3SLZA 3VF5A 3TOFA 5FIVA 5KR0A 4EJLA 5P7GA 1EPOE 3KFPA 1HXWA 2WHHA 5P0EA 5P05A 5P81A 4Q1WA 5P86A 5P2OA 4I0EA 1UH7A 5KOQA 2QI4A 4D85A 5HU0A 2PYNA 3EL9A 5P53A 3TKWA 4HDFA 5DQ4A 5OZ9A 4K9HA 3LITA 4Q5MA 5P08A 4LL3A 3TPLA 5P73A 2BPYA 1QBRA 4UPJA 1YM2A 3UDMA 4DQEA 3D3TA 1TZSA 5OZCA 3OGQA 4JP9A 3FV3A 3UDYA 3L59A 3NR6A 4ZSMA 1ODYA 2FGUA 1D4LA 3FKTA 1PPLE 4OBHA 4ZPGA 4DV9A 2AIDA 2WJOA 1VIJA 1K1TA 5P6HA 2QD8A 5P48A 4KB9A 4FLGA 2IKOA 2O4KA 3PI5A 2JJIA 2QNPA 5DR7A 5P1JA 2QZXA 5P0GA 4J0VA 3U71A 3VLBA 4RGHA 3CYXA 3BXRA 3OAGA 2QHYA 2MIPA 5DR8A 2I0DA 6FIVA 5P6LA 3KM4A 3H0BA 5COKA 1EAGA 3HAWA 3G6ZA 5P88A 4FRJA 4NJUA 3OUDB 1KJ4A 1IVQA 5P54A 5P39A 2R9BA 3ER5E 3OTYA 5P3MA 3TKGA 1EPNE 5OZ0A 5P17A 4GJ8A 1IZDA 3L5CA 2PC0A 2AZCA 2ZJJA 3UDNA 1XL5A 1TSUA 2I4XA 2NTRA 4Y4TA 4OD9B 1HVSA 3NSHA 1BAIA 1HEFE 1LF3A 2VA6A 4DQCA 3G72A 5OZ6A 4I8WA 1HOSA 5C9DA 1YG9A 4DJOA 2HS2A 3LINA 2R8NA 3CICA 5P28A 3PVKA 5P5XA 4U7QA 1IZIA 3NWXA 4RYGA 5DQCA 4DQHA 3TNEA 3OXXA 4D83A 5P2JA 1HPXA 1ODWA 3UHLA 1AVFA 3N3IA 4MC9A 5P85A 1ZTZA 4QJ6A 4CMSA 4EP2A 3L5FA 3LIXA 1DW6C 5APRE 3NDWA 4Y5CA 3VFAA 5P2UA 4EJDA 5P22A 3I7EA 3MXDA 4J1IA 5P25A 5EZXA 4NJVA 5P3QA 2H6TA 4FE6A 4NKKA 3OUDA 4FSLA 5ENMA 1EPLE 4L1AB 4H3JA 5P0YA 1K6TA 9HVPA 5OYVA 3VV8A 3OOZA 2ASIA 2FDEA 1W51A 2O4PA 3JW2A 3URLA 4F75A 3O9BA 4HVPA 1FLHA 4LC7A 5P8TA 5OZUA 1MSMA 5DR3A 5P8DA 5P09A 5P38A 5P5DA 5P5GA 5P6IA 4DJVA 3B80A 4Y5NA 2NPHA 5P3FA 4X2LA 5P0KA 5P6UA 2IENA 2F80A 5OZPA 3VYDA 4Q1XA 3SABA 4Y5AA 1APTE 4RCDA 1Q9PA 2H6SA 1GKTA 2CENA 3UDHA 5OZWA 2VA7A 3QVIA 2IGYA 4DJQA 1AAQA 3QROA 1HSHA 5P5CA 1BBSA 3OUAA 1YTJA 5I3WA 5P26A 3IXOA 5P6PA 2VIZA 1FQ7A 4EYRA 4B72A 3KFNA 2G27A 3I25A 3D20A 4HZTA 4Y3HA 5P5NA 5AH9A 4B1CA 2QD7A 5P5PA 3MSLA 4Z50A 3EKYA 4Y36A 4CPSA 5P62A 3OOTA 4Y3AA 5P2QA 1SGUA 4Y4WA 2OF0A 3AIDA 4Y5PA 3PSGA 1TSQA 2V12C 4YHQA 5P3HA 4J1KA 3UCBA 1BXOA 1IDAA 2FS4A 4RCEA 5P7SA 4Z2ZA 4I0JA 5P3GA 3M9FA 2WF0A 2V16C 4Y5KA 5SY3A 4A6CA 5P1OA 2ZHTA 4Y58A 5P3PA 4Y54A 5P3WA 1ZPKA 3QS1A 4LHHA 1A8GA 2QHCA 5OZMA 3ZKNA 5JG1A 3SQFA 3ZKXA 1MT9A 3S8IA 4K4PA 1SDTA 2Z4OA 4YCTA 3NYGA 1FQ5A 3GGUA 2V0ZC 3GI4A 4PPHA 5P0NA 1BIMA 4Y5MA 1BWAA 4KE1A 1DIFA 1F7AA 1HSGA 1MEUA 3BXSA 5BRYA 2I4WA 1META 3Q70A 1ME6A 3RSVA 6APRE 5P7QA 2G22A 5JFPA 5OZHA 4DPIA 1NPVA 3O9AA 5P8JA 3SA7A 5P44A 1MTBA 2JE4A 3S7LA 4BELA 4QJ8A 5HE5A 3N4LA 1MT7A 4XKXA 5P3IA 3RU1A 4CP7A 2QMGA 5PEPA 3UQPA 5OZKA 5P4CA 5P1NA 2HIZA 4ZPEA 2B8VA 2BPZA 3O99A 5P70A 1APWE 3OQKA 4J54A 5P1MA 4PZWA 5P8RA 5P1CA 3URIA 2ER6E 4LP9A 1HXBA 5P60A 3KF0A 3APPA 2Q63A 5P65A 2IS0A 5P1BA 1ZP8A 2R43A 5P42A 1K1UA 2G21A 4J5JA 5P6NA 2QZLA 2V00A 5P63A 2QP8A 2WEBA 2QI0A 4Y3WA 2NNPA 5P3XA 1C6YA 4BEKA 1FIVA 1AJXA 5P7HA 4R92A 5P5YA 1ENTE 5P31A 5P4AA 1LS5A 1LYBB 5OZQA 4DQFA 1NPAA 4FM7A 4Y39A 3NDXA 2G26A 5OZ3A 1QDMA 4XX4A 5P2ZA 2OHMA 4AA9A 4Y56A 3ZPTA 1YM4A 2BBBA 3QAAA 1OEWA 4PYVA 5AHAA 2AVSA 2APRA 2QNQA 3UDQA 5P30A 5P00A 4IVSA 1ZJ7A 2JYSA 1FFFC 3PHVA 5ENKA 4BFDA 3VF3A 4MC6A 1BDRA 5DR4A 5P0WA 5P59A 3T7PA 4KE0A 3VEUA 1HEGE 3S85A 1AJVA 2HS1A 5OYQA 1FF0C 5P1IA 3GW5A 5P1EA 1LYWB 1CPIA 2WF2A 5P1LA 5T4SA 5P1XA 5P61A 4Y44A 3R0YA 5P45A 5P0VA 1LYAA 2PWCA 1MRWA 1A9MA 5P34A 2VA5A 2Q15A 5P6JA 3R4BA 4DUSA 1Z1HA 4AUCA 1OHRA 2OHTA 5P2GA 2QZKA 3OXWA 4EQ0A 5P5SA 2BPVA 2QAKA 3UQXA 3MXEA 3ZKSA 1T6EX 2QI7A 5DGWA 5P6VA 3KN0A 1HVJA 2QI5A 1NPWA 3KMYA 3UQWA 5P6SA 2VNNA 4CPUA 5P1RA 3RTHA 1LYBA 2R3WA 4Y4AA 4Y6MA 4PZXA 4Y3YA 5BS4A 2EWYA 1D4HA 1Z8CA 3HAUA 4E43A 3OU3A 5P3JA 3SM1A 5HDVA 3IVIA 4EQJA 5JODA 3R1GB 3SA6A 3OU4A 3O9CA 5P0XA 5P6WA 3NU4A 1T7IA 2J9JB 3S43B 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ODX A;  5P1S A;  2BQV A;  3QIH A;  4DFG A;  1WBK A;  3TL9 A;  5P56 A;  6UPJ A;  4RRO A;  5P2N A;  4COE A;  1KZK A;  3OHF A;  4DJX A;  2NXM A;  5P8A A;  2I4Q A;  4OBG A;  3HVG A;  5P04 A;  5P3D A;  5P1P A;  3RTN A;  3PM4 A;  5P47 A;  1B5F A;  4MC1 A;  2FIV A;  5P2D A;  2VJ6 A;  4YDF A;  1ZPA A;  3EKX A;  1HHP A;  1SDU A;  5HVP A;  4DPF A;  5P24 A;  1TW7 A;  3O9F A;  5P8K A;  2HB3 A;  3KMX A;  5SXN A;  4Q1Y A;  1GVW A;  1HBV A;  3B7V A;  1GNM A;  5OZE A;  5OZI A;  2ZHU A;  1K6C A;  4ER4 E;  4RZ1 A;  4YD6 A;  4ER1 E;  1A8K A;  4GYE A;  3IA9 A;  3OWN A;  5P55 A;  2ZJM A;  2O40 A;  1HPV A;  1HWR A;  4Y5G A;  5AHC A;  3I6O A;  3O9L A;  1FQX A;  1HIH A;  5P2K A;  3ZKG A;  2AZ8 A;  5P0O A;  3SKF A;  4OBF A;  2UXZ A;  3O9G A;  4FRI A;  3IXK A;  3GI0 A;  3URJ A;  1IZE A;  5OZ4 A;  4B78 A;  2XFI A;  3VUC A;  5P57 A;  5P5T A;  3OU1 A;  2AZ9 A;  1KJG A;  3QVC A;  3BGB A;  3NXN A;  5C9F A;  5P4G A;  5P1F A;  4J0Y A;  1RL8 A;  3UDK A;  5DR1 A;  3L3A A;  1A30 A;  5P1H A;  4J0T A;  1GNO A;  5P5B A;  2IQG A; 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 2IEO A;  1CZI E;  4I0F A;  1D4K A;  4LBT A;  5P4H A;  5P4N A;  5P19 A;  5HDX A;  4R93 A;  1W6I A;  2PYM A;  2Q3K A;  1ER8 E;  5P6M A;  5P0B A;  4U8W A;  3S53 A;  2Q54 A;  5OZS A;  4JEC A;  1IZH A;  3UF3 A;  1W6H A;  5P18 A;  4RCF A;  4WTU A;  3PBZ A;  2QNN A;  1BDL A;  5P67 A;  5I3X A;  2WEZ A;  3OAD B;  1MT8 A;  5P6C A;  5P3V A;  4EWO A;  4TRY A;  5P52 A;  2AVO A;  4Y3S A;  5P89 A;  2PMA A;  4ZLS A;  5OZD A;  3KA2 A;  4YBI A;  2AQU A;  5KR2 A;  5P0T A;  1FG6 C;  1BV7 A;  1G35 A;  5P35 A;  4L1A A;  5KAO A;  1FFI C;  2OHK A;  3Q6Y A;  1NH0 A;  3HW1 A;  2IDW A;  4DH6 A;  2ER9 E;  1E5O E;  3L58 A;  4TRW A;  5DR0 A;  2B7F A;  4EJK A;  3WZ6 A;  2O4L A;  5OZ1 A;  5P5R A;  3BHE A;  2P8H A;  5P82 A;  5P6G A;  3DV1 A;  5OZF A;  1W5Y A;  2ER7 E;  4EXH A;  4ACX A;  3CIB A;  5HDU A;  2QCI A;  5P1A A;  2QK5 A;  3PLD A;  5P4Q A;  4J0P A;  3EXO A;  4Y53 A;  2P83 A;  5P6K A;  4CPQ A;  3UDR A;  5DQ2 A;  2G69 A;  5P03 A;  1EC0 A;  4HEG A;  1UPJ A;  4XX3 A;  5P4K A;  4EP3 A;  2ER0 E;  5CLM A;  2PSV A;  2WED A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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