1HPSA

Rational design, synthesis and crystallographic analysis of a hydroxyethylene-based hiv-1 protease inhibitor containing a heterocyclic p1'-p2' amide bond isostere
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Rational design, synthesis, and crystallographic analysis of a hydroxyethylene-based HIV-1 protease inhibitor containing a heterocyclic P1'--P2' amide bond isostere.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-05-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hpsA00
2F80A 1MRWA 5KQZA 5IS4A 1QDMA 2PH8A 1HEGE 4D83A 2SAMA 3GI6A 2B8VA 4OBJA 5OYVA 3MWSA 5OZUA 5OZNA 1FMBA 3FKTA 2QMDA 4QJAA 4Y5GA 3KYRA 1A94A 5P1ZA 5P1JA 5P4AA 1RL8A 1IZIA 2WEZA 5P4OA 4Y3FA 5P54A 1NSOA 5P8VA 4LAPA 3U71A 5P8FA 4OBDA 1YTGA 1E5OE 5P0CA 5IVRA 3OUDB 1K2CA 5P4WA 5P07A 2OHSA 5P3YA 7UPJA 1ZBGA 4U8WA 5P18A 4Q1WA 4CPXA 2Q15A 1W51A 5P2MA 5P09A 3K1WA 3TOGA 2EWYA 4PPHA 2AVMA 3OGQA 2O4LA 5P12A 4J1IA 5P8MA 3TPJA 1FKNA 1HIHA 2UY0A 4MC1A 5IVQA 2PC0A 4Y5KA 4DJRA 5P3TA 2QHYA 3OY4A 1GVUA 4EYRA 4J54A 3BVAA 1IZHA 1HTRB 3OQ7A 5P46A 5OZIA 5P8PA 1BDQA 1Z1HA 5I70A 3SQFA 5P44A 3LIXA 5SY2A 2VA6A 3KFSA 5AHBA 4RVXA 5P6ZA 3BVBA 2VIZA 1B6LA 5P03A 4FGXA 2NXLA 3OU1B 3S43B 4Y38A 1SDTA 2ZHSA 3LIYA 2WEAA 2WF4A 4FL8A 4YBIA 5P7GA 2ANLA 3EM6A 4FRKA 4PEPA 1Z1RA 2G22A 3LIZA 4IVTA 3RVIA 4EXHA 2ZGAA 1NH0A 1YT9A 5P0FA 2IDWA 3UDHA 5P2CA 3KDCA 4FLGA 5P6AA 1ZLFA 2CEJA 3LIVA 2QU2A 4Y56A 2R43A 3SABA 1GVTA 4M8XA 4R93A 4TRWA 4Y4UA 4FM6A 3SM1A 3OAGB 4EQ0A 5P75A 5P6EA 2AOFA 5P65A 5P02A 4D8CA 5P6HA 4Y4AA 4RGHA 5P2FA 4GJ9A 5DQ2A 1LZQA 1OEXA 2QCIA 5P57A 3TL9A 5DPZA 5C9FA 5P7DA 4Y43A 5EZXA 3O9LB 2AOGA 3HD8A 5P8DA 1RQ9A 3ZKNA 3WB5A 1C6ZA 5CONA 5OZKA 5HE4A 4GYEA 5P8CA 5P01A 1G2KA 4OC6A 5P7TA 3ECGA 5P79A 3L5CA 5P1OA 4I0EA 1GKTA 5P0MA 1FMUA 3OTYA 5OZ4A 1LS5A 5HDVA 1C6XA 3PI5A 4L6BA 4DJVA 3OU3A 3ER3E 4R95A 5OZWA 3SA7A 1EPLE 5P37A 3HVGA 5P1MA 3T11A 3HVPA 4Z50A 2WJOA 2B7ZA 4Y3EA 1HOSA 5P6CA 5P0IA 1EC2A 3EKQA 5P6WA 1G0VA 5P6OA 3NUJA 3VG1A 3T7QA 1FMXA 2NMYA 4Y4JA 3NU4A 5P0YA 5P88A 5BRYA 1G35A 1EBWA 4JPCA 2O4NA 1D4JA 5KOSA 4EP3A 2HPFA 3TPPA 4CPRA 1F7AA 3ER5E 2VS2A 3BGBA 1ZP8A 4JP9A 4Y4TA 4Y3YA 4RCEA 2FMBA 3NDWA 4NPTA 2QI6A 3LZVA 1FQ5A 5P1NA 3FNTA 3UCBA 5P0LA 3CKRA 4CKUA 2ZHRA 2F3FA 2I4UA 3KN0A 4Y4GA 2QHZA 5OZQA 4Y3AA 1APTE 2PSVA 1FEJC 2RKGA 5P8IA 2XFJA 5P70A 5P8LA 5P4BA 4Y3TA 2VA5A 5P2WA 4H1EA 2NXMA 5P66A 5HE7A 3NDTA 5DR7A 5P40A 1ME6A 4QJ7A 4DFGA 3VFBA 2IGXA 3SA9A 4YOAA 5P56A 1FLHA 3UDMA 4YBFA 4FRJA 5KR2A 4B77A 4Y5NA 3I2LA 1FB7A 5OZCA 5ER1E 3NDUA 3OK9A 3G72A 3INDA 4ZSMA 4XX4A 5P7AA 4NJTA 2Q64A 3UDYA 4Y53A 1IDBA 4FE6A 4DJPA 4Y3MA 1LYAA 2HB3A 5AH7A 3HW1A 2R5QA 3UQRA 2NNKA 4Y48A 3EL4A 1EBZA 1GNOA 5P1CA 2AZBA 6FIVA 4I0DA 3ZPTA 5KQFA 2WF0A 3CMSA 5OZ3A 1GVWA 3ZKGA 2G1RA 4DV9A 3FNSA 3H5BA 1B5FA 5P55A 2J9JB 1KJGA 4Y3GA 1SIVA 5P4KA 2NTRA 4ACUA 4AUCA 5P4VA 2CENA 2QMFA 1RNEA 2XYFA 4J0VA 4A4QA 5AHCA 5P67A 5P5MA 5P6NA 5OZJA 4DJUA 1HPXA 3PGIA 2F3EA 5P2JA 3BUFA 2Q55A 4J55A 3PBDA 4IVSA 1LF2A 3OU4A 3APPA 5P1HA 5P48A 1A8KA 5P0DA 5I3VA 2WKZA 4JPEA 4F75A 2OHTA 4TRZA 5P11A 3APRE 2OHUA 5P4CA 5P3WA 5P2IA 5P0VA 2QZKA 3D1ZA 2MIPA 3PEPA 4ER4E 2IEOA 5P3RA 7HVPA 3FX5A 3EL0A 3KMXA 5OZBA 4QGIA 4B1EA 3WZ7A 3R1GB 4KB9A 5P0RA 4DPIA 3RU1A 2AZCA 5P0PA 2F3KA 3GGXA 5P7LA 3ZMGA 2PQZA 4GZFA 1G6LA 3QVIA 1K6TA 1YM2A 5OZ6A 4DJOA 1A8GA 3PJ6A 3OXCA 3GI0A 4U7VA 3O99A 5P33A 5P6JA 3VV8A 5P0WA 4DPFA 3OQKA 4QLHA 4LBTA 4DJWA 5P8HA 3O9BA 4Q1YA 5AH9A 2OHQA 4L7JA 3QIHA 5P3OA 5P13A 2JJJA 1EBYA 1SGZA 3DJKA 5P0UA 2PYMA 3KFRA 1IVQA 5P3VA 3VF7A 3SACA 4EWOA 3UQXA 4NJVA 5P49A 2QMPA 1MEUA 3ZKIA 1HVLA 5P5CA 4COEA 1YM4A 3FSMA 1LYAB 5P6FA 5OZPA 3K5FA 1C6YA 4CPWA 3DCKA 1T7KA 4D85A 5P7SA 6APRE 4B78A 5P4QA 5P5HA 5KR8A 2VNNA 2IENA 2PMAA 2Z54A 4Y3HA 1HBVA 1KJHA 5P63A 5P6VA 5P1QA 3PB5A 5P14A 4RVIA 2B60A 5CLMA 4FRSA 1B5FB 3NU3A 5P2UA 1PROA 2ZJHA 4NJSA 4DQGA 1MTRA 1MT8A 1K1UA 3GGAA 2NNPA 1W6HA 3D20A 3SM2A 1META 3EBZA 3UHLA 1QBUA 1TSUA 5P1RA 1XN2A 4YA8A 1DPJA 3OU1A 3PM4A 5P1SA 3PCZA 1SBGA 3C9XA 5F00A 3OU4B 4Y4XA 2Z4OA 4DH6A 2P3DA 3IXOA 2CEMA 4LHHA 5AH6A 2A1EA 5P3GA 5P6TA 2I4XA 1ZSFA 5P7BA 3NYGA 5P4YA 5P7NA 1T6GA 5IVTA 4ZSQA 1MSNA 4ZEAA 5P34A 2QU3A 5P87A 3OHFA 4Y3JA 3OGPA 3BRAA 4I0FA 5EZZA 1EC3A 1EPNE 2FGUA 1HVKA 4HDBA 5P71A 4Y3QA 4GB2A 2BQVA 2HS2A 2Q11A 2UPJA 2QI4A 4Y5EA 4Y41A 3OAGA 5DR4A 1UH9A 3EKPA 4J1CA 5OZOA 3TNEA 1XE5A 1EPOE 1HVCA 3ST5A 5AH8A 1T3RA 4Y5BA 3OTSA 2QI5A 1CZIE 1W5WA 4LXAA 4RYGA 5P25A 2OHMA 3L5EA 5OZ2A 4EXGA 2BJUA 4L1AA 4U7QA 1KJFA 1DW6C 3CKPA 5HDXA 3JVYA 1EPRE 3KT2A 3O9LA 5P6KA 1HSIA 3O9DA 3RTNA 4Q1NA 4F76A 1APUE 2PSUA 5OZSA 3DV5A 5P35A 3R4BA 3L3AA 2I4DA 3PBZA 5P5ZA 5C9DA 3URIA 5P5RA 3ZL7A 4JOOA 1ZPAA 5P5WA 4Y3XA 1LF4A 1OD1A 4Y5LA 5OZEA 3LINA 3ZPUA 5P4XA 2WF3A 4LC7A 2WEBA 2Q63A 5KOQA 2FGVA 2UXZA 4OBZB 1LYWA 2RMPA 4YD7A 4B1DA 2RSPA 2WEDA 1IVPA 1AJXA 3PVKA 2OHLA 4Z4XA 1D4HA 4BFDA 5P16A 3IXJA 2P3BB 4Y37A 5P3KA 5P6GA 5P78A 5P5LA 3O9CA 5P4PA 1DMPA 5P2OA 4HE9A 3EC0A 3NU5A 3S7MA 2IKUA 5P1FA 1UH8A 4B0QA 3TKGA 5FIVA 3WSJA 4Y4ZA 1BIMA 4YD6A 5P20A 5P4NA 5P5UA 5DGUA 3L5FA 3QP0A 3EM3A 3EL5A 2V0ZC 3LZYA 3ZOVA 1YTHA 2QI0A 4I0GA 4R5NA 4J5JA 3D1YA 5J25A 2R3WA 5P0EA 3ZKMA 1PPKE 4RYCA 5P3JA 1YTIA 4HZTA 3EL9A 5P0JA 2I0AA 4Y57A 5HDZA 5ENKA 5P5FA 1FG6C 2VJ7A 1B6PA 2ZJNA 2O4SA 1PPME 3HBOA 5OZ5A 2ZHUA 3OUAA 2V00A 5ISJA 5HU0A 2FNSA 1M4HA 1BWBA 1F34A 3VYEA 3RSXA 5P8NA 3LPIA 5P2VA 1HIIA 2WF1A 4Y4WA 3TKWA 3QVCA 5P69A 3DOXA 2FXDA 4Y3LA 1K1TA 3OUBA 4X7IA 1MTBA 3INHA 2G20A 2ZJIA 2I0DA 3VV7A 5P6QA 4X2LA 1BV9A 1PSOE 3LHGA 3OQFA 1W50A 4FAFA 1ZPKA 4YDGA 1RPIA 5P1GA 4HDFA 4L1AB 5P1VA 5P4EA 3I7EA 4L7HA 4RRNA 5IVSA 5P64A 5JFPA 3O9EA 3MXEA 1MRXA 4YD5A 1CPIA 2H6TA 3DCRA 5P6MA 3VEUA 1MESA 4E43A 4J1KA 2J9JA 4AA8A 5ENMA 4RZ1A 5P26A 2QI3A 4QJ6A 1MT9A 5OYXA 3I6OA 4EJKA 4LP9A 4ER1E 1AIDA 1QS8A 9HVPA 5OZ7A 5P4FA 1B11A 1QBRA 3BHEA 3N4LA 1LYWB 4F74A 4I11A 3VUCA 2RENA 5T4SA 4DQEA 5P2DA 5KAOA 3OOZA 3U7SA 4YD4A 3TPRA 5P8TA 1WBKA 5P3MA 1QBTA 4XKXA 2O4KA 5P6UA 3UDRA 3SA4A 4D89A 3QS1A 2R3TA 5P00A 4ZE6A 3NR6A 4S1GA 3RTHA 4A6CA 2IRZA 1TCXA 4HDPA 3PCWA 4J17A 3RTMA 2G21A 3TLHA 2VKMA 1M0BA 2QI7A 4OBHA 2ZHTA 3IA9A 1BXQA 5P62A 4YD3A 1BDLA 8HVPA 4YHQA 3EKVA 3IXKA 3S2OA 1ODYA 5P2SA 4PHVA 5OZYA 4BELA 3KFPA 5C9BA 3UQPA 4RROA 1FQXA 2QNNA 1IZDA 3SO9A 5OZ8A 4J0TA 3B80A 4Y44A 5OYSA 5P43A 1D4IA 2VIYA 1HVRA 5P6BA 1UPJA 3IAWA 4DUSA 1K6CA 4CMSA 4Y36A 2AQUA 4DI2A 2PSGA 5OZXA 1MERA 1HSGA 5P3DA 2I4VA 5HCOA 2QD8A 4R91A 3ZLQA 1RV7A 5P4DA 2HS1A 4PYVA 4GJAA 1ER8E 5P27A 3BUHA 3WB4A 4DQBA 3NU6A 1AJVA 5P4ZA 5P4UA 3LPKA 4UPJA 5P76A 2HAHA 5SXNA 1UH7A 3BXRA 4AA9A 5DGWA 5P86A 4KE1A 5P0BA 4M8YA 4RCFA 2BPZA 5P3EA 5OYQA 5P2AA 2B7FA 1TCWA 4K4QA 3PI0A 3IVHA 4MC9A 5OZGA 5P23A 3SPKA 3QBFA 2FDEA 1YG9A 5P5IA 4QJ8A 5P3LA 2AOHA 5P5YA 1SMRA 1E82E 2R9BA 3NLSA 5P06A 5P5PA 4B05A 1HIVA 5DQCA 5DQ4A 1XN3A 3PWRA 3Q3TA 3PHVA 5P4TA 1HPOA 1HVJA 2PYNA 2VNMA 5OZ9A 2FDPA 4Y51A 3SKGA 2BKTA 1MSMA 3QPJA 5OYZA 1M43A 4I10A 2WECA 4LXKA 5JG1A 4I0HA 4BEKA 3UQUA 2VJ9A 5P7JA 3L58A 4J1EA 1EPQE 3VYDA 2QI1A 1QRPE 5I3WA 5KR1A 2JJIA 5HDUA 3OQDA 1HEFE 4EHCA 3VSWA 3LNKA 5OZVA 2ZJLA 2QD6A 5P80A 2JYSA 5P1LA 5P7VA 4FAEA 5HVPA 3R0WA 4B70A 5P2NA 4YE3A 5P5BA 3B7VA 5P1YA 4GJBA 4RVJA 4RRSA 2VIJA 3I25A 3AIDA 2OHNA 5TOLA 4Q5MA 5P59A 3NWQA 1BXOA 1B6JA 1U8GA 2B8LA 5P3FA 3OHHA 2QMGA 3UDJA 3HDKA 1W5YA 5F01A 5P0NA 5JFUA 3SFCA 2FIVA 5P2YA 3PSYA 5P6LA 2QK5A 1Q9PA 3S54A 1TW7A 5P2QA 1W5VA 1SMEA 5BWYA 4Y4EA 3G6ZA 2HC0A 4NJUA 3GGVA 5P1KA 4GJ5A 4NKKA 5P6IA 3R2FA 3D3TA 5DQ1A 4WY6A 4ZIPA 5P84A 1YTJA 5COOA 1ZJ7A 2RKFA 4EP2A 4CPTA 1FFIC 3CIBA 1SIPA 1W5XA 4WY1A 3LPJA 5P8RA 1TQFA 4J0ZA 2QZWA 2PH6A 1HHPA 2G69A 4Y3RA 1XE6A 4OBZA 3QRMA 4CPSA 2FXEA 1XL2A 1ODXA 1MPPA 1ZSRA 3BUGA 3IVIA 3NUOA 3CYWA 3VLBA 1EAGA 5E5KA 4GIDA 4FS4A 1E81E 4CPUA 1A9MA 3SA3A 2P3BA 4ZSPA 4GJDA 4ER2E 2ZE1A 3NU9A 5P53A 5HU1A 3UDNA 1K6PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2F80 A;  1MRW A;  5KQZ A;  5IS4 A;  1QDM A;  2PH8 A;  1HEG E;  4D83 A;  2SAM A;  3GI6 A;  2B8V A;  4OBJ A;  5OYV A;  3MWS A;  5OZU A;  5OZN A;  1FMB A;  3FKT A;  2QMD A;  4QJA A;  4Y5G A;  3KYR A;  1A94 A;  5P1Z A;  5P1J A;  5P4A A;  1RL8 A;  1IZI A;  2WEZ A;  5P4O A;  4Y3F A;  5P54 A;  1NSO A;  5P8V A;  4LAP A;  3U71 A;  5P8F A;  4OBD A;  1YTG A;  1E5O E;  5P0C A;  5IVR A;  3OUD B;  1K2C A;  5P4W A;  5P07 A;  2OHS A;  5P3Y A;  7UPJ A;  1ZBG A;  4U8W A;  5P18 A;  4Q1W A;  4CPX A;  2Q15 A;  1W51 A;  5P2M A;  5P09 A;  3K1W A;  3TOG A;  2EWY A;  4PPH A;  2AVM A;  3OGQ A;  2O4L A;  5P12 A;  4J1I A;  5P8M A;  3TPJ A;  1FKN A;  1HIH A;  2UY0 A;  4MC1 A;  5IVQ A;  2PC0 A;  4Y5K A;  4DJR A;  5P3T A;  2QHY A;  3OY4 A;  1GVU A;  4EYR A;  4J54 A;  3BVA A;  1IZH A;  1HTR B;  3OQ7 A;  5P46 A;  5OZI A;  5P8P A;  1BDQ A;  1Z1H A;  5I70 A;  3SQF A;  5P44 A;  3LIX A;  5SY2 A;  2VA6 A;  3KFS A;  5AHB A;  4RVX A;  5P6Z A;  3BVB A;  2VIZ A;  1B6L A;  5P03 A;  4FGX A;  2NXL A;  3OU1 B;  3S43 B;  4Y38 A;  1SDT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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