1HTFA

X-ray crystallographic studies of a series of penicillin-derived asymmetric inhibitors of hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray crystallographic studies of a series of penicillin-derived asymmetric inhibitors of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1htfA00
4YD3A 5P49A 5P4IA 5ISJA 2VJ6A 5P8NA 1ZSRA 5JFUA 1LF3A 3TPJA 5P3VA 4DI2A 4DPIA 1SH9A 5SZ9A 3OUAA 3NUJA 5P57A 3EKQA 2O4KA 2G1SA 5P4RA 1XN2A 3URIA 3O9LB 5P3ZA 5OZPA 3WZ7A 4Y54A 1FGCC 5B18A 1BAIA 2QI1A 5HE7A 1M4HA 4RCEA 5P3PA 4Y5GA 3HVGA 4NPTA 4GJ5A 1F7AA 2QI0A 2G1YA 5P4TA 3DV5A 2JYSA 4J1IA 5P23A 2WHHA 4ACUA 4NJVA 1FQ4A 2QU3A 4R5NA 2P83A 5P0AA 1XE6A 4FRJA 1AZ5A 4TVGA 4L6BA 1META 1MVPA 3LIQA 1MESA 5P3KA 3QIHA 1YX9A 1TQFA 3ZOVA 5P1ZA 2PH6A 1LYBA 1MRXA 3LPIA 4YDGA 5P6PA 3OAGA 4FAFA 5C9FA 4DVFA 3RTMA 3PBZA 3R0WA 5P7NA 3GI4A 4LL3A 3PSYA 3PI0A 3HBOA 3OOTA 4DQCA 3I25A 3PBDA 4QJ7A 2G1RA 3OHFA 3K4VA 1XL5A 1SBGA 4J0TA 1A94A 5P4ZA 3URJA 3SLZA 3OUDA 1FMUA 1IZEA 5HCTA 5P2RA 2AIDA 1T6EX 5P2IA 4GJ9A 5P2XA 2Q11A 5P5OA 2OHKA 3O9AA 4NKKA 3DV1A 1XS7D 4Y4XA 2G27A 2H6TA 2A1EA 1FFIC 2QU2A 2AZBA 4R92A 2BPXA 1IZDA 4I11A 4XX3A 1BVEA 2V00A 4LC7A 2Q54A 1ODWA 5HDZA 5OZ6A 4Y4EA 2BJUA 5P3BA 5AGZA 4B1EA 3Q70A 5OZCA 3N4LA 4I8ZA 3FIVA 3OTYA 3VV8A 4Z4XA 5DQ1A 1AVFA 4S1GA 5P3SA 3OUBA 3HW1A 2ZGAA 4YBFA 1APWE 3OGPA 4DQHA 5P73A 5IVQA 3TOHA 3R2FA 5P7VA 4GJAA 5P43A 3KM4A 5P3HA 4EHCA 2G24A 4F75A 1K1TA 1D4KA 4H1EA 2QZXA 1EC1A 2P8HA 3ZPSA 3L59A 4FRKA 5P0EA 2I4DA 1RQ9A 3L58A 1FFFC 4GZFA 4Y4AA 1E80E 4LP9A 3WZ8A 3BUHA 1HPVA 3UTLA 2FNSA 2OHPA 3UDKA 4LBTA 2P3DA 3Q3TA 5P38A 4Y3PA 5OYWA 2O4LA 2VS2A 2NTRA 5P19A 2CEJA 5J25A 2ZHTA 4KE1A 1RL8A 4NPUA 3H0BA 1HVCA 4D89A 1W51A 4YOAA 3ZL7A 2V16C 5KQFA 5OYXA 5COPA 2HM1A 4Y41A 5P4WA 4Y4JA 3QRMA 1OD1A 2FDDA 3VYDA 1GNNA 5P3JA 5P5BA 5P6UA 4Y5AA 4EQJA 2ZJNA 4FM8A 5P2LA 5JFPA 5P0QA 1UPJA 1ZTZA 2AOCA 2PK6A 3GI0A 5P3WA 1AXAA 5AHCA 5P1UA 4ZSQA 1ZP8A 2R9BA 4YD5A 5COOA 3EL1A 5P5IA 5P5QA 5P7RA 2R5PA 5P6MA 3UDJA 5P8GA 1E82E 4OBKA 5P36A 5P0JA 5P2OA 5P2EA 2Q15A 4AZYA 4FAEA 1EPPE 3HZCA 5P4YA 2VIYA 1A9MA 4CPSA 3SA6A 5HE4A 5KAOA 2HB3A 1HTFA 3IXJA 1VIJA 2AOEA 4YCKA 4EJKA 4RZ1A 1D4HA 5KOQA 4Y56A 3EBZA 3O9LA 1B6JA 3IXKA 5OZGA 5P46A 4HDBA 5P78A 4FSEA 2J9JB 3S43A 5P44A 1C6YA 5P1NA 4JOOA 4J5JA 1FLHA 1W5YA 2I4VA 1UH9A 5P88A 5DR3A 1B6LA 1PPLE 5OZJA 3QBHA 5P0KA 2OF0A 3MSKA 4L7HA 3D3TA 4ZE6A 2QI4A 4QJ9A 3DJKA 1HOSA 5P8OA 3BC4A 5P1RA 5P08A 2F80A 2FGVA 5P5GA 1LF4A 1FKNA 2APRA 2ZYEA 2QD7A 1HTGA 2NXMA 5UPJA 1IZHA 3VG1A 3HDKA 1K6VA 5P3FA 1B11A 2CEMA 5AH7A 4Y38A 4JP9A 3ECGA 5ER1E 3O9GA 4B1DA 4LHHA 4Y47A 2F81A 5AH9A 4Y5MA 5ISKA 5P39A 4FE6A 3CKTA 3UPJA 3ZLQA 3U6AA 5P1LA 4TRYA 3VFBA 3VV6A 3HLOA 4JPCA 5P1XA 1ZJ7A 2QMGA 3VCMA 5P6YA 3QBFA 3SA8A 3S85A 2R43A 5P7AA 4CP7A 5P5LA 4GIDA 4PZXA 3AIDA 5AHAA 5P24A 2R8NA 3TPPA 1HVRA 1CMSA 5P3GA 5KQYA 3PI5A 4PEPA 4Y5KA 4PZWA 4Y45A 1K6TA 1SIVA 2SAMA 5F01A 3VLAA 2BPWA 4ZPGA 4RCFA 3ZKGA 2V0ZC 4U7VA 5P11A 4CPTA 5P7FA 1MT8A 1DAZC 3HAUA 5KQXA 2I4UA 3OQKA 5P0CA 1LYBB 2OHMA 5P2YA 3TPLA 2IKUA 2VIJA 5P2DA 3PVKA 1AJVA 2OHSA 2P3BA 3MSJA 2G22A 3VSXA 2FNTA 4DFGA 1HTRB 4KB9A 3FNTA 2F3FA 5P86A 3S8IA 4QJAA 4YA8A 5P8JA 5P69A 4ACXA 5P65A 1BBSA 3ER5E 4DJQA 3G6ZA 2B7ZA 5P0GA 1SGUA 3C9XA 3OOZA 5P00A 5P52A 3WZ6A 4H3JA 4Y53A 3QP0A 5P1FA 5P3AA 1M43A 5P3CA 5P7OA 3TL9A 4OD9B 4DJWA 3G70A 5COKA 4K9HA 2G69A 5P2WA 3ZPTA 1HEGE 5P6SA 3TOGA 1K6PA 3I6OA 3LINA 2IGXA 3OHHA 3U71A 3PSGA 3QS1A 1HVHA 3SAAA 2WEBA 2F3KA 5OYZA 4KUPA 2AVMA 5P1BA 1Q9PA 5P5MA 4HVPA 3MWSA 3GGXA 2HC0A 1Z8CA 2QD8A 2WF2A 1T7KA 4FL8A 5HDXA 5OZ2A 2BQVA 2QI3A 5OZZA 1UH7A 2HB2A 3VSWA 4Q1YA 1QBSA 2IKOA 3BXRA 7HVPA 5P4OA 1PSOE 4Y39A 1WKRA 2F8GA 1AAQA 3LZUA 5P4MA 3UQPA 2Q55A 5P89A 5P09A 1YM2A 5P29A 4EWOA 1HEFE 5P6RA 2G21A 1HHPA 5P6VA 1EPME 1WBMA 4BEKA 3KYRA 3NYGA 4D85A 3RTHA 3CKRA 3NUOA 5P1YA 4K4RA 4I1CA 5P3LA 5HTZA 1MTRA 2HIZA 1BWAA 2ZHUA 5I3VA 2O4SA 5ER2E 5OYVA 4EQ0A 2UY0A 5P4PA 1SDVA 4GYEA 4R95A 4F76A 5P1JA 3EL4A 3SKGA 5P3OA 2HPEA 2NXLA 3K5CA 3NDTA 3OQDA 4L7JA 5P7IA 5E5JA 3APRE 2IRZA 5OZKA 1SP5A 5P0TA 1LEEA 4B1CA 4IVSA 2WF3A 3PSUA 3UFLA 5OZNA 2PSGA 5P3NA 3NDXA 5P6GA 4IVTA 2VIEA 3BUFA 3OU1A 1QBRA 3EL0A 5P4AA 2WL0A 2H6SA 3PWMA 4M8YA 4RCDA 3TNEA 5KR0A 1BWBA 2AOJA 5P22A 1HBVA 2RENA 2WECA 3UFNA 1SIPA 1MSNA 4J0VA 3RU1A 2QZWA 2CENA 5T4SA 5JG1A 4Y50A 5C9BA 5P8UA 4Y3JA 3PB5A 4D88A 4AUCA 3INEA 1A8GA 3TTPA 4R8YA 3HVPA 1W5WA 5AH8A 2ZHSA 5OZ3A 1ZBGA 1C6ZA 5P50A 3EL9A 1F34A 1ZAPA 5P74A 3INDA 5OZLA 5P1SA 5P0OA 4D8CA 5P7CA 1GVTA 3UF3A 1BXQA 1EPOE 4K8SA 2BKSA 2P3CA 4ER4E 1UH8A 5P72A 2ANLA 5IVTA 5P8HA 2JXRA 3OQFA 2OHLA 5P47A 5P03A 4X7IA 4FM6A 3S43B 1SMRA 2HAHA 3OADB 2V12C 5P67A 3QI1A 1MIQA 1YTJA 4GB2A 5P7MA 3FX5A 4HE9A 3D1YA 4DJRA 5DPZA 2B60A 4H3FA 3S54A 1PPME 5P4SA 1K6CA 2RSPA 2IGYA 4PPHA 4Y5EA 4LXKA 2QAKA 4UPJA 3U7SA 3SM1A 4I0FA 2ZJJA 5OZ8A 5P2CA 3T7QA 2ER6E 4FS4A 3L5EA 5P63A 3QRSA 4I0GA 5OZVA 5P4UA 1XN3A 3SABA 3SFCA 2WF1A 3EKTA 4DJYA 4RVIA 3BGBA 3T7PA 4HZTA 1W6IA 5P42A 3VLBA 5P1HA 4RVJA 4WY6A 5P06A 3OQAA 2P4JA 4I0HA 5P7XA 5DR7A 3EM3A 2G1NA 5P5DA 3BVAA 3SQFA 3QAAA 2IDWA 5P3UA 1D4IA 5P0FA 3L5DA 3OXXA 4ZPEA 3S53A 3I2LA 3LZYA 1NH0A 3VF7A 1SDUA 5P0NA 2FDEA 4DQGA 3ZKQA 2PMAA 4OD9A 1HTEA 1HVLA 5OZ7A 5P0YA 2NR6A 5HE5A 4ER1E 1FQ7A 2PSVA 5OYYA 5ENMA 3S2OA 5P8AA 3MSLA 4YD7A 4B05A 1C70A 5P5VA 4APEA 4XX4A 3UQUA 5P2QA 1IDBA 2Q3KA 4XXSA 1NPWA 1K2BA 1RV7A 3O9FA 5AHBA 2J9KA 1YG9A 1CPIA 3FNUA 2P3BB 1A8KA 5P7LA 5P16A 4B70A 4GJBA 3SPKA 1BDLA 1FQ8A 2QHZA 5OZXA 5PEPA 2ZE1A 1LYWA 1OEXA 5P30A 4I0ZA 2A4FA 4GJCA 5OZUA 4DJVA 5P85A 4DUSA 2RKGA 2AZ9A 5P6AA 1ER8E 5P25A 5DQ5A 3I7EA 4J1EA 5P05A 4GJDA 4TRWA 3BHEA 5P6EA 4ZIPA 1FQXA 5P0RA 3UDPA 5P6ZA 2ZJKA 5P1VA 4Y4ZA 1HSGA 2R5QA 2O4NA 3HAWA 1W6HA 5P83A 5P2KA 3LPJA 4RYCA 3NU9A 3ZKNA 2ZJMA 3NDWA 5P8FA 4Y57A 3K1WA 2ER0E 3TH9A 2FLEA 2QZKA 8HVPA 1A30A 5FIVA 2ZJHA 1YT9A 3PWRA 5P2NA 3A2OA 1IDAA 3JVWA 4Y37A 1QDMA 4FGXA 1SDTA 4RRNA 1K1UA 4RROA 5P8KA 4Y51A 2B8VA 5P0MA 5P0XA 3KT2A 4J1FA 5P28A 4B0QA 4J54A 2I4QA 1GNMA 3D1XA 1GNOA 4J0ZA 1MT9A 3DM6A 1D4SA 2XFJA 5P07A 3SA7A 3DK1A 3O99A 4YOBA 5HDUA 5P6LA 3L5FA 4CPRA 1GVXA 3SA5A 3UDRA 5P4JA 4F74A 3NWQA 2Q64A 3JW2A 5P5SA 5P4EA 1BDRA 2NNPA 5P2BA 3OY4A 3FKTA 4Y4TA 2I0DA 5P7KA 2B7FA 3S56A 4A6BA 2BBBA 2RKFA 4Z22A 2AVQA 4PHVA 4H3GA 1DMPA 2QNQA 3OADA 5HU0A 5P5AA 4CPUA 5IE1A 1ZSFA 5DGUA 4QLHA 1HVIA 2NXDA 3OU1B 3VYFA 5P20A 5P7EA 5IVSA 5P2TA 2ZJLA 1FF0C 3HD8A 1W50A 3ZMGA 1MPPA 1LS5A 3O9DA 2NMYA 4OBHA 4Y4WA 2ER9E 2AZCA 3R4BA 3G72A 2QCIA 5P17A 3KDDA 3ZPUA 3KT5A 5HCOA 5OYUA 5P8MA 1HIVA 3NU3A 5P3QA 5P7WA 4GJ8A 5OZBA 5P1QA 3S7MA 3SA3A 4DJOA 2AVVA 1EBKC 4YD6A 4D83A 1KJ7A 3UQWA 5TOLA 2O4PA 4QGIA 3QRVA 2I4WA 5DQ2A 2NNKA 4J0PA 3PCWA 2V10C 3ER3E 2QI7A 3WB4A 3LZSA 3BGCA 4Y4UA 1KJFA 1XDHA 5P6DA 3INHA 2V11C 3TOFA 4EP3A 3K5GA 5BWYA 4Y5PA 1LV1A 1GKTA 2OHNA 3FSMA 3D1ZA 3M9FA 1B6MA 2OHUA 2OAHA 1LZQA 5P77A 2QMFA 2UXZA 2VJ9A 5OZ1A 4HA5A 4Q5MA 1FMXA 5P8RA 3KFSA 5P4DA 3UQXA 5P79A 5P2GA 3O9EA 5P84A 1HVJA 3IAWA 1OHRA 4Y3RA 4FRIA 5P13A 4Y3YA 3O9HA 4FCOA 1NPAA 5P8SA 5P3YA 3CIBA 1EC0A 2EWYA 3KFNA 4H3IA 5P0PA 1EBYA 1QS8A 5ENKA 3PEPA 5OZRA 5I3XA 3KDBA 3SKFA 2IEOA 3VYEA 4EYRA 2Q63A 1B5FA 4Y35A 5P34A 4FRSA 5P27A 2G1OA 5P7BA 4OBZA 5P0WA 4X2LA 5OYSA 4Y3GA 3LIZA 4J0YA 4FIVA 4R91A 3H5BA 4B77A 2ASIA 4EJ8A 4EXHA 4I12A 4CKUA 3APPA 3EKXA 2AVOA 5KR2A 3IA9A 4L7GA 3N3IA 3VF3A 3T11A 5P0UA 3F9QA 3PWWA 2WEZA 1E81E 5P0BA 5P4GA 1KZKA 3S7LA 1GVUA 3O9CA 2MIPA 4CPQA 3OXVA 3OU4A 5P6KA 3DUYA 1HIHA 2UPJA 4APRE 2NMZA 4U8WA 5OZSA 3AUPA 1E5OE 2G20A 4Y3WA 5P02A 1HXWA 3UDNA 1HVKA 1T7JA 5P8BA 4B72A 2PK5A 4OC6A 4ZSPA 3EKPA 4DQFA 2QMDA 3EXOA 3SO9A 1BDQA 5P5PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YD3 A;  5P49 A;  5P4I A;  5ISJ A;  2VJ6 A;  5P8N A;  1ZSR A;  5JFU A;  1LF3 A;  3TPJ A;  5P3V A;  4DI2 A;  4DPI A;  1SH9 A;  5SZ9 A;  3OUA A;  3NUJ A;  5P57 A;  3EKQ A;  2O4K A;  2G1S A;  5P4R A;  1XN2 A;  3URI A;  3O9L B;  5P3Z A;  5OZP A;  3WZ7 A;  4Y54 A;  1FGC C;  5B18 A;  1BAI A;  2QI1 A;  5HE7 A;  1M4H A;  4RCE A;  5P3P A;  4Y5G A;  3HVG A;  4NPT A;  4GJ5 A;  1F7A A;  2QI0 A;  2G1Y A;  5P4T A;  3DV5 A;  2JYS A;  4J1I A;  5P23 A;  2WHH A;  4ACU A;  4NJV A;  1FQ4 A;  2QU3 A;  4R5N A;  2P83 A;  5P0A A;  1XE6 A;  4FRJ A;  1AZ5 A;  4TVG A;  4L6B A;  1MET A;  1MVP A;  3LIQ A;  1MES A;  5P3K A;  3QIH A;  1YX9 A;  1TQF A;  3ZOV A;  5P1Z A;  2PH6 A;  1LYB A;  1MRX A;  3LPI A;  4YDG A;  5P6P A;  3OAG A;  4FAF A;  5C9F A;  4DVF A;  3RTM A;  3PBZ A;  3R0W A;  5P7N A;  3GI4 A;  4LL3 A;  3PSY A;  3PI0 A;  3HBO A;  3OOT A;  4DQC A;  3I25 A;  3PBD A;  4QJ7 A;  2G1R A;  3OHF A;  3K4V A;  1XL5 A;  1SBG A;  4J0T A;  1A94 A;  5P4Z A;  3URJ A;  3SLZ A;  3OUD A;  1FMU A;  1IZE A;  5HCT A;  5P2R A;  2AID A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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