1HTGA

X-ray crystallographic studies of a series of penicillin-derived asymmetric inhibitors of hiv-1 protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray crystallographic studies of a series of penicillin-derived asymmetric inhibitors of HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-04-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1htgA00
1B6PA 3QRSA 2ZJKA 1IZIA 2PYMA 2G26A 2ER9E 4J55A 2BKSA 5P6IA 3L38A 1E5OE 4JPEA 4OD9B 5HU1A 2R3TA 1XN2A 2AODA 5P49A 3IA9A 2BBBA 2FDPA 3TOHA 3EM6A 3VFBA 4FSEA 5COPA 5P89A 2I4XA 5P3JA 3PEPA 3VYEA 5P60A 5J25A 5P4DA 4L6BA 1AJXA 5P1AA 4H1EA 1YM2A 1SIPA 5P0LA 5HVPA 1GVTA 3NDWA 2HC0A 3EC0A 3HLOA 4RCDA 1C6ZA 3KMYA 5P12A 3NDUA 3INDA 5P4XA 5P3EA 2QI0A 4RYGA 1AAQA 3PSGA 1UPJA 1BXOA 5P7AA 3LZYA 4QJAA 3OHFA 1EC1A 1DAZC 4ACXA 3WSJA 4CPQA 4EHCA 3VF3A 4EP2A 5CLMA 3MSLA 4Y4XA 1HSHA 5AGZA 3L5DA 1EBWA 3VUCA 1CPIA 5P6UA 1EPOE 2WF3A 4RCFA 5OZRA 5P4UA 2V00A 1K6CA 4DJVA 5P38A 1VIKA 4RVXA 5P8IA 1TSUA 4BFDA 4LP9A 4DPIA 3QVCA 2O40A 1BV7A 3ZKXA 5ISJA 1FMXA 3UDRA 5OZDA 2FMBA 3PM4A 4JECA 3TLHA 5EZZA 5P7JA 4HVPA 5P8NA 1BAIA 1HPOA 4ZSQA 5P61A 3N3IA 5DR7A 1NH0A 1FQ4A 2NMZA 4EJLA 4YD4A 4I8ZA 5P0UA 4YD7A 4Y56A 4EXHA 3INHA 5P46A 4N00A 5KQYA 5KR8A 3EKVA 2WEZA 5P0NA 5P2DA 3Q5HA 3D1XA 3R0WA 3RTNA 5HTZA 5OZNA 5OZSA 4F73A 1HVSA 4Y3PA 5P0MA 3EL1A 5ENKA 1XL2A 5P1EA 1N49A 2IRZA 3OGQA 3FNTA 2ZGAA 5IVRA 3CYWA 1SDVA 2VIYA 2ER7E 4Y4GA 1HTFA 3HZCA 4R92A 3S53A 1MT8A 4B72A 1G0VA 2QCIA 3LPJA 2V12C 4WTUA 1LF4A 3BGBA 2P4JA 5UPJA 3LPKA 4Y5NA 4B0QA 5P4EA 2ZJLA 4Q1XA 4Z50A 1HXWA 2QI7A 5P1WA 2AVSA 5P8KA 4NPTA 2WEBA 3PGIA 4YOBA 5P2ZA 5P58A 5P3LA 4ZSMA 5OYTA 1MEUA 2EWYA 3G70A 4NJVA 5DQ1A 2QMGA 5P0AA 3ZKSA 3MWSA 2WKZA 2BPWA 4DJXA 3CKTA 4XXSA 5P2FA 2ZJNA 5P6QA 5P7DA 4A6CA 4K4RA 2HS2A 5P73A 3OUAA 1ODXA 4FAFA 3SPKA 5P2NA 4Y51A 3RTHA 1SGUA 2R3WA 4Y3HA 4AUCA 5P79A 1B6LA 2QAKA 3PI0A 3R4BA 1D4LA 3MXEA 4Y50A 2PSUA 5P1SA 4OBGA 4DQBA 1MVPA 5AH7A 1PPKE 1YTIA 5OYWA 4CPXA 4B1DA 3KMXA 5OZXA 5P7SA 3U6AA 4I10A 3OXWA 4B78A 2I4QA 4IVTA 4EYRA 3OU4A 4EXGA 4DJOA 1RV7A 3QVIA 5OZ7A 4DV9A 2QHCA 3OADA 5P6SA 1FFIC 1C6XA 5OZIA 4CPTA 5P5IA 1QBSA 3TPJA 5P3BA 5P6DA 3OQDA 4FL8A 3KFRA 3PB5A 1HTGA 4MC1A 4OBJA 2IQGA 3IVIA 2I1AA 5P41A 1FIVA 1TCXA 5P74A 3T3CA 3L5FA 1W50A 5P51A 2QU3A 2I0DA 5SY2A 5P5BA 1HVLA 3O99A 2XFIA 5P77A 5P3CA 2PSVA 1A9MA 3B80A 5OZFA 5P6MA 3PMUA 4RVIA 4J0ZA 3VEUA 5P3KA 5OZKA 1AIDA 4RROA 1T3RA 2QHZA 3VFAA 1YTGA 4I0EA 1HIVA 5P7EA 5P37A 3ZL7A 5P7UA 5IS4A 4OBZA 4J5JA 3HAUA 5P1QA 4LXKA 5P5VA 2Q15A 4Y3RA 3ST5A 1FQXA 1HWRA 4YE3A 5ENMA 5P3RA 1HRNA 4I12A 3VF5A 5OZAA 5P1DA 4NJTA 4ZPGA 4D88A 2IKUA 5P7GA 4RRNA 3RSVA 5P3PA 1XL5A 4K4QA 2WHHA 4I0IA 5P5PA 4L7JA 4K8SA 2QD6A 1XN3A 4AMTA 2R8NA 2SAMA 5P57A 5P7YA 3S7MA 3CIDA 2VJ6A 5P4RA 2G69A 3BUFA 3BXRA 2WF0A 1TZSA 5P4HA 5FIVA 3L3AA 1F34A 2QI6A 4Y43A 4L7HA 3EKTA 5P85A 5P84A 5P16A 3CMSA 2VJ9A 3T7PA 3LINA 3PWWA 5P8OA 1FLHA 5P69A 5E5KA 3ECGA 4R91A 3RSXA 3GGXA 4Y3GA 4M8XA 5P02A 2NXDA 2AVQA 3SKGA 1GVUA 3KF0A 3QAAA 3VLAA 3D1ZA 3KFPA 2RENA 2JXRA 5P3VA 1UH9A 3I8WA 1W6IA 2AOIA 5P0VA 5HCTA 5OYVA 4Y4JA 5P71A 5P7FA 5P2OA 5OYYA 1EBZA 3K5FA 3UQXA 4RVJA 2AOFA 2WECA 5P5CA 2UY0A 1RPIA 2NXMA 3UQPA 5KQFA 3TKGA 3EMYA 2IDWA 5P0IA 2VS2A 3NWXA 1G2KA 5OZVA 4Y41A 5P2JA 4HE9A 4HDBA 4Y5PA 5COOA 3S43A 5BWYA 1XE6A 3NSHA 5P2TA 1HPVA 4WY1A 2IGXA 1ODYA 5P25A 1U8GA 3UDPA 4QLHA 1EBYA 1DW6C 3OU4B 4ACUA 1KZKA 3BXSA 4I11A 1W5YA 3UTLA 4DVFA 3S56A 1T7JA 5P2VA 2B7ZA 4FM8A 5P1OA 3LIXA 4XX3A 2P3DA 5P6LA 3AIDA 3ZPUA 4GYEA 2BPZA 3D3TA 5P8CA 2BB9A 4I0JA 2QHYA 3WZ7A 1FGCC 4Y3YA 4KB9A 1IBQA 3LNKA 3KDCA 5P04A 5P0DA 1TSQA 5P8LA 5P6OA 5P43A 1W6HA 5P7ZA 3EKPA 2H6TA 4YCTA 3UPJA 3F9QA 4TVHA 5P5GA 4CKUA 4XKXA 4Y3TA 3S45A 5P5DA 5P1FA 1CZIE 2ZDZA 5P87A 5P5YA 3IXKA 4I1CA 1LEEA 4F75A 4X7IA 1QBUA 4RGHA 4U7QA 5P45A 3TKWA 3LIVA 5P14A 4Y53A 3UDKA 2OHSA 1GVVA 5HDZA 4Y4UA 3PWMA 3SA6A 4JP9A 2ZJJA 1BBSA 3OAGB 5F00A 5P72A 4Y4EA 4Q5MA 1Z1HA 1EPNE 2BKTA 3NLSA 2QZWA 4ZIPA 5P44A 1LYWB 2RMPA 5P1TA 3URIA 5P0QA 4B77A 5OZWA 3OTYA 4Y4DA 5KAOA 3K1WA 5P2AA 5P6EA 4D85A 4BELA 3HW1A 1WBMA 3APRE 4FCOA 4TRYA 5OZPA 2OHPA 3B7VA 1SIVA 5P86A 4GJ8A 1SGZA 3O9LA 5OZ5A 4NPUA 4GMIA 4RYCA 3KM4A 5P70A 4FM6A 3GI5A 3NU3A 3OOTA 4Q1NA 1HVIA 3IXJA 3Q70A 3GI4A 5P6NA 3RU1A 4Y44A 2Z54A 3SFCA 3ZLQA 3UQUA 5P0SA 5P18A 2FGVA 5P35A 1OEWA 5KR1A 3OK9A 3QBFA 4LC7A 1D4KA 5DQCA 3BUHA 2NTRA 5P68A 3NDTA 4YD6A 5P1GA 1EAGA 3UDJA 3QP0A 2AZ9A 2R38A 4PZXA 5P3YA 3VV6A 2RSPA 3NXEA 4J1KA 1FF0C 1KJHA 3FV3A 4YD3A 5P24A 3UQWA 5P23A 3UCBA 5P3TA 4AA9A 1HTRB 5P81A 5P2KA 3GGUA 3OU1B 2UPJA 4PEPA 1C6YA 3KA2A 4CPUA 3EXOA 5P5SA 1TQFA 3VYFA 5AHAA 3NU4A 3R0YA 3PVKA 5OZQA 2NMYA 4B1EA 2P3AA 1A94A 2R9BA 1HTEA 2IKOA 2WF1A 5DR0A 4Y4WA 5OZ9A 4Y9WA 2WEAA 5F01A 5P17A 3ZKGA 4E43A 5P3FA 4MC2A 1ODWA 5SZ9A 5P0TA 5P5HA 4CPWA 1D4HA 1E81E 1W5VA 5OZCA 3O9HA 4HZTA 5P52A 3T7XA 4IVSA 3QPJA 5P7QA 1GKTA 5P7LA 4J1IA 5P0GA 4J1FA 4I0GA 5P01A 3SABA 1ZSRA 2J9JA 1KJFA 2BPYA 5ER2E 1RNEA 3L5EA 3OOZA 4YHQA 2O4NA 4NJUA 1AJVA 3MSKA 2VNMA 4L1AB 4DI2A 4LL3A 3BVAA 5DR3A 2NPHA 4D83A 3HVGA 3QS1A 4Y3ZA 5P75A 4DQHA 1EPLE 3OGPA 4WY6A 3TL9A 4LXAA 3OQ7A 2A4FA 2G1SA 1HIHA 3OY4A 4FRKA 4OBFA 4QJ7A 2RKGA 5OZJA 1B11A 4OC6A 1Q9PA 4TRZA 2F3EA 2AIDA 1G6LA 3KDDA 5P6VA 5OZBA 4QJ6A 2OHMA 1OHRA 2HB2A 5P2MA 1CMSA 2ER0E 3KDBA 2BPVA 5P1RA 3A2OA 4YBIA 4Y5EA 3UHLA 5P6CA 5P0BA 1MTRA 1FQ6A 5P4FA 2NNPA 5OZ0A 3G6ZA 3O9LB 4I0DA 3FNSA 5P2YA 2IENA 4GIDA 5DQ2A 5P4BA 5KQZA 5P2SA 1MT9A 5AHCA 3IN4A 3UDNA 1YG9A 5P4YA 3D1YA 1DIFA 5P4SA 5P6AA 1ZTZA 1IZHA 5P26A 4LHHA 5I70A 4Y39A 5P8EA 4MC9A 4J1CA 4COEA 5OZMA 2G94A 2CENA 3FKTA 3EM3A 3LIQA 1W51A 3OXCA 3QROA 4U7VA 2JJIA 5P4AA 5P07A 2AOCA 7HVPA 1EPPE 2B8VA 2JYSA 4Y3LA 4Y5AA 1D4JA 5IE1A 5OYZA 3QIHA 3ZPSA 2QZXA 4B70A 1RL8A 5P63A 5P0OA 5P2RA 5P7IA 4M8YA 3O9CA 2ASIA 4LXMA 3WZ6A 5P3IA 2AZCA 5P4QA 2BQVA 4D8CA 3M9FA 1HSGA 5P30A 5P3NA 3T11A 5P8PA 2O4KA 3L59A 3BVBA 3DJKA 3RVIA 2PH6A 2F81A 2ZE1A 5I3WA 4Y3DA 1QBTA 2MIPA 3ER5E 3K5DA 5P7HA 3UF3A 3CIBA 5P5LA 1K6TA 4B1CA 2ZHSA 5P03A 2V10C 4GJBA 1G35A 5AHBA 4X2LA 2FDEA 5P6JA 4K9HA 3SQFA 5JFUA 1A30A 3EL4A 1T6EX 5HDXA 2HM1A 1LYBA 2FNSA 5P5MA 2FGUA 5P7WA 3K4VC 5P3UA 1E82E 2ZJMA 4GJ7A 5OZTA 1C70A 4Y47A 2J9JB 4DJPA 5P5TA 2PSGA 5P1LA 5P1XA 5P64A 5HU0A 3HBOA 5OYXA 5P5RA 3PCWA 3INFA 2HB3A 1JLDA 2Q5KA 1APUE 3Q4BA 5P7BA 1MRXA 1MESA 2QMFA 4Y5MA 2WF4A 4AZYA 4CPRA 3Q3TA 2AVOA 3DCRA 4GJ6A 4TVGA 2HAHA 1M4HA 2BJUA 4Y3MA 2CEJA 1ZLFA 4GB2A 4FRJA 4ER4E 5P1JA 4FS4A 4ZEAA 2AOHA 1IVQA 4DJWA 4Y3AA 5ER1E 4EJDA 5AH8A 2WJOA 5KOQA 3ER3E 5P0FA 3VG1A 2F8GA 5P4MA 5P5AA 6UPJA 9HVPA 3O9BA 3OXVA 3SLZA 5P3XA 4LBTA 5KR0A 1BIMA 7UPJA 3KT5A 1FKNA 2PWRA 4DPFA 4R95A 4R93A 5HE4A 4NJSA 5TOLA 5IVTA 4H3GA 2VIZA 3SKFA 2VA7A 4J0YA 1B5FA 2PH8A 4Y3FA 5P59A 5P2LA 5P6TA 3VV7A 5P80A 5B18A 3UDMA 5P66A 2AOEA 3S54A 2VA6A 1IDBA 1EPRE 1J71A 1GNOA 4Y4TA 1MIQA 1LF2A 4KE1A 5DR8A 1WKRA 3KFNA 2QP8A 4Y48A 3NUOA 5P3HA 1HPXA 3PJ6A 1IZDA 1FMUA 1KJ4A 4Y57A 5P8DA 4R5NA 1A8GA 2NR6A 3UQRA 1DMPA 3S8IA 1HXBA 2OHNA 5DQ5A 5HE7A 2P8HA 3EKXA 3EM4A 5P33A 1HOSA 5P7PA 1SMRA 4ER2E 5P7MA 3JVWA 3SA3A 3LPIA 2XFKA 4Y5KA 2AOGA 3SAAA 1E80E 5P3ZA 2ZHVA 3S7LA 2R5QA 1B6KA 1K1TA 5P4CA 1XS7D 3GGAA 5P7CA 4OD9A 3HDKA 1APVE 5P8HA 5I3XA 5AH6A 4EQJA 4CMSA 1FEJC 5JODA 4U8WA 4PHVA 3VYDA 3NUJA 3OADB 1YT9A 5HD0A 3SO9A 1META 2AVMA 1MTBA 5P32A 3OHHA 5P0YA 1LYBB 5P82A 2QI4A 3DM6A 4DQFA 3T6IA 5P76A 5P3MA 1EEDP 1YTJA 1K2BA 5P22A 3KN0A 4J1HA 3EBZA 2O4PA 2VJ7A 4Y3EA 5P4LA 3L5BA 2HB4A 2B8LA 4YBFA 5P08A 4OBZB 5P0KA 1DP5A 2O4LA 4GJ5A 5DGWA 1Z1RA 3FSMA 5P6BA 1BVGA 3OU3A 4CPSA 1YM4A 2QI3A 4J0TA 3SA5A 1NSOA 2G22A 5P8RA 3PBZA 5P0PA 1K6VA 2PQZA 1KJGA 3LZUA 2Z4OA 1QBRA 4Y3JA 5OZEA 5P5FA 1TW7A 5P56A 5P4VA 1BDRA 4FRIA 1LF3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B6P A;  3QRS A;  2ZJK A;  1IZI A;  2PYM A;  2G26 A;  2ER9 E;  4J55 A;  2BKS A;  5P6I A;  3L38 A;  1E5O E;  4JPE A;  4OD9 B;  5HU1 A;  2R3T A;  1XN2 A;  2AOD A;  5P49 A;  3IA9 A;  2BBB A;  2FDP A;  3TOH A;  3EM6 A;  3VFB A;  4FSE A;  5COP A;  5P89 A;  2I4X A;  5P3J A;  3PEP A;  3VYE A;  5P60 A;  5J25 A;  5P4D A;  4L6B A;  1AJX A;  5P1A A;  4H1E A;  1YM2 A;  1SIP A;  5P0L A;  5HVP A;  1GVT A;  3NDW A;  2HC0 A;  3EC0 A;  3HLO A;  4RCD A;  1C6Z A;  3KMY A;  5P12 A;  3NDU A;  3IND A;  5P4X A;  5P3E A;  2QI0 A;  4RYG A;  1AAQ A;  3PSG A;  1UPJ A;  1BXO A;  5P7A A;  3LZY A;  4QJA A;  3OHF A;  1EC1 A;  1DAZ C;  4ACX A;  3WSJ A;  4CPQ A;  4EHC A;  3VF3 A;  4EP2 A;  5CLM A;  3MSL A;  4Y4X A;  1HSH A;  5AGZ A;  3L5D A;  1EBW A;  3VUC A;  1CPI A;  5P6U A;  1EPO E;  2WF3 A;  4RCF A;  5OZR A;  5P4U A;  2V00 A;  1K6C A;  4DJV A;  5P38 A;  1VIK A;  4RVX A;  5P8I A;  1TSU A;  4BFD A;  4LP9 A;  4DPI A;  3QVC A;  2O40 A;  1BV7 A;  3ZKX A;  5ISJ A;  1FMX A;  3UDR A;  5OZD A;  2FMB A;  3PM4 A;  4JEC A;  3TLH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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