1HVCA

Crystal structure of a tethered dimer of hiv-1 protease complexed with an inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
203
structure length
203
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFGGSSGPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of a tethered dimer of HIV-1 proteinase complexed with an inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase(acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 203
sequence length 203
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hvcA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hvcA01
5P7BA 5BRYA 5HVPA 1FG6C 3SA8A 5P07A 5P1QA 2G1OA 5EZZA 2JJIA 1EAGA 5P0WA 3VCMA 4GJDA 3DV5A 9HVPA 4F75A 3ZKMA 5P4CA 4OBJA 4D8CA 5P4DA 5DR1A 2VIZA 3QS1A 3NU5A 1ME6A 3GI5A 3PLDA 3HVGA 4CMSA 5P00A 5P53A 4AA9A 3VF5A 3HDKA 4I1CA 4DH6A 3R1GB 5P06A 1IBQA 4Y5AA 5P6HA 1MPPA 5DQ1A 3O9AA 2QI6A 5P3KA 2WKZA 5P59A 3S53A 4FE6A 4HDPA 3JVYA 2QMFA 5P0NA 1SGZA 3T3CA 2QI4A 1SIPA 5P1XA 3NUOA 5P0KA 1LYAB 3EC0A 2QD6A 5P4EA 3UFLA 2XFKA 4K4RA 1EC3A 5P2MA 4NPUA 5P33A 3G70A 4RLDA 3SO9A 2PYMA 2AOCA 4HZTA 3GGXA 1PPME 4GYEA 4QJ7A 2BPZA 1HIIA 5DPZA 5P81A 1HIVA 4GJ8A 4Z22A 4GJCA 4Y3PA 3VYFA 2NPHA 3I2LA 1LEEA 4GJBA 5P22A 3EKPA 3CKTA 3H0BA 1EEDP 1KJ4A 4XX4A 3FNTA 4EXHA 5OZEA 5P4SA 5P34A 3Q70A 5P6VA 5P6PA 5P3IA 4CPUA 2WF0A 1IIQA 2O4SA 3UDNA 5HD0A 1EPRE 5P0PA 4I10A 4Y3TA 5P8QA 1PROA 1LYBB 5OZXA 3PVKA 3I7EA 5P56A 2Q64A 2AOJA 3B7VA 5P26A 4YCKA 2AODA 5KR0A 3UCBA 5P2OA 3F9QA 5FIVA 3OADA 1OEWA 1HVRA 2HC0A 1QRPE 1B6PA 5AH8A 5P2XA 2ER7E 3BXSA 2VA7A 3G6ZA 4RCDA 1E5OE 2ZJHA 4YCYA 4Y6MA 3TL9A 4OBGA 1DMPA 1MT7A 5P7MA 2CEMA 3KDBA 3QVIA 5P64A 4Y9WA 4Y3QA 2F3EA 3DOXA 3RTMA 3PMUA 3PCZA 1ZP8A 2AZBA 4MC2A 4X7IA 2QI7A 3EM6A 2VIYA 5P35A 5P50A 4DJXA 5P0YA 4Y3DA 4YOBA 5P0CA 5P1LA 1PSNA 1FKNA 1MVPA 3PWRA 5P8IA 3ECGA 2AIDA 5P1SA 3CKRA 2G69A 5P5RA 3LINA 1LYAA 3PBZA 5OYXA 5OZ8A 4EJLA 5P18A 3NU6A 2ZJJA 3VLAA 5P5LA 2I4QA 3PMYA 2QNNA 1RPIA 1D4KA 5OYSA 5P10A 3ST5A 5P7YA 1EC1A 1WBMA 1FQ5A 3FNUA 2MIPA 2PC0A 4BFBA 5P4NA 1D4IA 1HSHA 4Y4JA 3D20A 4Y37A 1YM2A 1SIVA 2F80A 1AJVA 2FMBA 4B0QA 5P8KA 4E43A 3VG1A 3EKQA 4B77A 3ZKSA 1B11A 4Y48A 3OGQA 2Q15A 3PEPA 2PH8A 4PHVA 5P24A 4RCEA 4WTUA 2PSVA 3EL1A 4FCOA 2AVQA 5P0DA 2I4DA 2Q11A 1EPME 3OHHA 2PQZA 5P5IA 5P5FA 3D1XA 2NNKA 3PCWA 2AZ9A 5AHCA 4RYCA 5P4LA 4YD6A 2QZXA 3GGVA 4FM6A 1YT9A 3DV1A 4DQEA 5P03A 2O4KA 1BV7A 4DV9A 3NYGA 2F3KA 6APRE 5P8MA 4B1CA 5T4SA 2IRZA 3HVPA 3QRVA 1HPOA 3EXOA 2IKOA 3L5BA 2V0ZC 3EKVA 1FLHA 4NJVA 3K5FA 3EBZA 1ZSFA 2R3TA 2ZJMA 4WY6A 5P8EA 2R5QA 2V11C 3QN8A 3K4VC 4EWOA 7UPJA 7HVPA 2V00A 3UDYA 3IGBA 1FB7A 3HD8A 3S7LA 4EXGA 4M8XA 4NJSA 5P8VA 3KF0A 1FMBA 2ZYEA 1FQ7A 3QIHA 3O9FA 1FGCC 3HLOA 5KR8A 5OZTA 2Q63A 1FMUA 3ZKNA 1ER8E 5OZYA 3S54A 5P5UA 5P2HA 1AM5A 5P3XA 5P0ZA 1APWE 2I1AA 4MC6A 3SPKA 3UTLA 5P8CA 5P32A 5P3EA 1ZSRA 5P2UA 2ZJKA 1EPPE 5P7QA 3KFPA 5P4HA 5AH7A 3SKFA 3O9LB 1XE6A 5P1AA 3VLBA 5P3HA 3OHFA 3NDXA 5DR3A 5KR2A 5P5GA 4Y36A 4Y45A 5P48A 5P4IA 2P3AA 5P7LA 2OHTA 3L5FA 5P2IA 2OHMA 2WECA 5P63A 5DQ2A 1KJHA 1EBKC 4J5JA 4RRSA 3HBOA 3T6IA 5C9DA 3NU3A 3LIZA 5P2AA 5P7XA 5P31A 1QBUA 3TPJA 5OZ9A 5HCTA 4EP2A 3ZKQA 1KJ7A 4QJ6A 4Z2ZA 2Q3KA 2AOGA 1PPKE 4Y3EA 2WHHA 3HW1A 4ZE6A 1K6TA 3TPLA 3UQXA 2QNPA 4CP7A 4GJ5A 5E5KA 4J0ZA 1MRWA 2RSPA 2ZGAA 3INEA 3K5CA 4ACUA 1TQFA 1BVGA 5P0SA 2B7ZA 4A6CA 4FAEA 5P1JA 3KT5A 4J1EA 1MTBA 4GJAA 5P3NA 4AZYA 1T7IA 2NMYA 5P08A 3VUCA 4Y3AA 1FQXA 2PK5A 4RRNA 4Y5CA 5C9BA 2NMZA 4K8SA 1EBZA 1FIVA 1RL8A 3HZCA 3BUGA 2ZJLA 1CMSA 3VFAA 1W51A 5P55A 3K5GA 1MTRA 3DK1A 2UY0A 3UQPA 3UDKA 5JG1A 2IDWA 1YTHA 2NXLA 5P6KA 3JW2A 5P04A 3L58A 1HSIA 2HPFA 1RNEA 1YX9A 1GVUA 2QMDA 3SA3A 5P75A 5P3RA 2O4NA 1IZEA 2QI3A 4WY1A 1SBGA 5P5MA 1ZTZA 5P2NA 1FF0C 1QBRA 4Y3YA 5P3FA 4LL3A 5HTZA 3IA9A 4H3JA 1MT8A 5P5NA 4DJWA 2H6SA 3DCKA 3MXEA 2OHKA 3OQ7A 4Y4EA 5P3PA 2B8VA 2QK5A 5KAOA 3S56A 4DJRA 2A4FA 3RU1A 4FLGA 4B00A 1F34A 2B7FA 2HS2A 5P2KA 5CONA 5P2SA 1HPVA 5EZXA 3D3TA 5P5OA 3VFBA 3OU3A 2J9JA 5P1CA 2QD7A 3OU1A 3LNKA 3SFCA 1HEGE 3OQFA 4R95A 4UPJA 5P0QA 3EL4A 5P84A 3UFNA 4EPJA 4R8YA 5OZUA 3NUJA 4LXMA 1D4YA 2F3FA 5P5HA 5P36A 1DIFA 2BQVA 3OUBA 5UPJA 5I70A 4I0IA 5AHAA 4R92A 4LC7A 4Q1NA 5P4WA 1W5WA 5IVTA 4S1GA 4J1IA 4Y41A 2IGXA 3OXCA 4FSEA 5P8RA 2BPVA 3PHVA 2OHRA 1AJXA 5OZPA 5P38A 1YTGA 2OHSA 2HS1A 2I0AA 2QHCA 5OYVA 3KM4A 3R0WA 4KUPA 1G0VA 1B6LA 1K2BA 5P4BA 4HA5A 1KJGA 2WEDA 5P71A 2PYNA 2FS4A 3ZKGA 5P6XA 4M8YA 4J1KA 3SA4A 4GJ9A 3ZPUA 2HAHA 2WF3A 5P4ZA 4EJKA 1AAQA 4J1FA 1HWRA 3OADB 5HCOA 3CMSA 4CPRA 3PGIA 5P1YA 4Y4TA 4Y4DA 2HB4A 4GIDA 3LZYA 1IZIA 3NSHA 3UHLA 3NWQA 5IVSA 3NU4A 5P7FA 2G27A 2IEOA 3FIVA 4GJ7A 3KFNA 1W50A 1GVXA 5P1RA 1MT9A 5P6IA 3EKWA 5P62A 3SM2A 3SLZA 5OZDA 2R38A 3VEUA 3DUYA 4I0FA 3FX5A 1EBYA 5ER2E 5P0MA 3FNSA 5P2FA 3L3AA 2B42A 2FLEA 4XKXA 4Y3GA 3QI1A 3QP0A 1HSGA 1K1UA 5OZSA 4EJDA 2AVVA 2G21A 5P2DA 4I0ZA 5P2RA 1DW6C 4COEA 5COKA 3RSXA 4Y3WA 5P3UA 1M43A 1CPIA 4DJUA 4B05A 4Y4UA 4FRSA 3ZPSA 3UDRA 5P8HA 3MSKA 3ER3E 2OHPA 3O9BA 3FSMA 5ENMA 4DVFA 1D4HA 3BRAA 4OBFA 5P6AA 1FQ8A 1Z1HA 2SAMA 3LPKA 4TRYA 5P5TA 3OTSA 4RYGA 5CLMA 2OHUA 1UPJA 5P3YA 1FMXA 4IVTA 4X2LA 2R9BA 5P3BA 2VJ9A 3K4VA 3SAAA 5OZ6A 1XN2A 5OZJA 3D1YA 4Y3ZA 3T7XA 5P3GA 4DQHA 5ISKA 1BWBA 2PWCA 5P0TA 3BGBA 5DQ4A 5P17A 2F8GA 3MSJA 4YOAA 2G22A 1YG9A 3INDA 1C70A 3N3IA 5COPA 2NNPA 4AA8A 4ZPFA 3O9DA 5P8BA 3SA7A 4HLAA 2AVSA 5P0XA 3QRSA 3VYEA 2PMAA 3PSGA 4Y3SA 4YD5A 3BHEA 1SMRA 5P3VA 4BFDA 4Y4BA 4YDFA 5F00A 1BBSA 4Y3RA 5P4JA 5P1KA 2FDPA 5P0GA 3PBDA 3ZKIA 4TVGA 5I3VA 5P7KA 4ZLSA 5KR1A 2ANLA 4NJTA 5DR4A 3BUFA 5OZ7A 4NPTA 4QLHA 5P11A 5P74A 4H3FA 4J0YA 3VSXA 1K6CA 1T3RA 2WJOA 5P8OA 2CEJA 2HIZA 2QP8A 3EKYA 3KMXA 1HVCA 5P5WA 4AMTA 1T6GA 4B72A 5P1PA 5OZGA 3PSYA 1PSAA 5P16A 3GW5A 5SY3A 5P1IA 4Y3JA 5OYTA 5P4YA 5P3TA 3LITA 5KQYA 5P0BA 5P14A 3URJA 1QS8A 5P09A 5P47A 3IN4A 5P45A 1AIDA 2QMPA 2IS0A 4RGHA 5P6GA 5P2CA 5P4UA 5OZ2A 4Y3NA 5P0JA 4J1CA 1C6YA 5OYYA 2A1EA 2VJ6A 5P8NA 1C6ZA 4FS4A 5P6CA 2BPYA 4FRIA 1YTIA 5P4OA 2ER0E 3SM1A 3WZ8A 4HE9A 5OZ5A 3HAWA 2AZ8A 3GI4A 5P0EA 4PPHA 4Y56A 1T6EX 2HM1A 5P40A 4YBIA 5P1DA 2VJ7A 1ODXA 5P2GA 1GKTA 1FFFC 2XFJA 1K6VA 5P46A 1G6LA 3UDHA 3ZOVA 2ZHTA 4KE1A 4RCFA 2RENA 4Y5KA 4D83A 3U6AA 4RVIA 3KN0A 4QGIA 1A8GA 4OC6B 5P8TA 3D1ZA 3OWNA 3VV8A 1D4LA 2QAKA 4Z4XA 2G1YA 5DGWA 1WBKA 1OEXA 5P5XA 3APRE 1PPLE 5P3WA 1DPJA 1ODYA 5P2VA 5P2JA 3RTNA 2VNNA 5PEPA 2AOFA 2ER6E 2P3CA 1BDQA 5OZZA 4K4QA 5P79A 3NU9A 3OQKA 5J25A 5SZ9A 4J55A 5P73A 2G20A 1U8GA 1M0BA 5P7HA 4Y3HA 2ZHSA 5P65A 5P27A 4RVJA 6FIVA 5OZNA 3R4BA 1BV9A 5P1BA 3ZPTA 5OZQA 1B6JA 1LV1A 5P05A 5P7UA 1APUE 5P8JA 5OZOA 5P68A 1EPOE 1UH7A 2I4UA 3IXOA 4J0VA 4OBKA 1GVTA 4J1HA 1DAZC 4RZ1A 2QCIA 1W5XA 2ZDZA 5SY2A 5BWYA 1NH0A 3ER5E 3OOZA 5I3YA 3TPPA 1QBSA 5KOQA 1D4JA 2XFIA 4OBZA 2AVMA 3NDUA 2Q5KA 3KFSA 5P13A 2PH6A 5P86A 4Q1YA 5P7TA 1MSMA 5F01A 5P43A 2BBBA 2I4XA 3VYDA 4B1DA 1BILA 1LZQA 4LP9A 4ZPGA 3MXDA 5OZ4A 3S43A 5JODA 1YTJA 1NPAA 4I0GA 3QVCA 5P0HA 5TOLA 2JYSA 4MC1A 3TTPA 4D89A 3BUHA 5DR8A 3SQFA 5P70A 3ZMGA 2J9JB 3DCRA 4J0PA 2FIVA 5P7CA 3ZLQA 4CPTA 3OU1B 1KZKA 3NXNA 4PYVA 4OC6A 3R0YA 1TW7A 4CPXA 5OYUA 5P5SA 5P7WA 5I3WA 5P61A 5P67A 2WF4A 3O99A 3UDPA 2ZJNA 3EL0A 4Y3FA 3M9FA 4NJUA 3JVWA 5OZAA 3U7SA 3Q3TA 1MIQA 2QMGA 3NDTA 4AUCA 4I12A 3WZ7A 4CPWA 2G1RA 5I3XA 2ZJIA 5P1OA 5P78A 5P2EA 4YCTA 4XXSA 5P7JA 3OAGB 2VIEA 2G1NA 2HB3A 5P8PA 2O40A 5DQ5A 5OYWA 5P5QA 5P8DA 5JFUA 1FEJC 1TSUA 5AHBA 1CZIE 4L1AA 3IAWA 4R5NA 5JFPA 5P23A 2QZLA 5KQFA 4GB2A 4I8WA 2ASIA 4U8WA 3EL5A 4Y5MA 3OXVA 1B5FA 1Q9PA 1AZ5A 3L5CA 2AVOA 4J0TA 1EPLE 2R3WA 5P83A 4GZFA 5P5YA 4L6BA 3INHA 3APPA 1XL2A 4Y50A 4EP3A 3PB5A 5P8GA 3FKTA 5P8AA 1HBVA 1EBWA 4ER4E 2J9KA 5P85A 2AOHA 5P41A 4ER1E 2O4LA 1TCWA 2VKMA 1M4HA 1LF4A 5P2YA 4EYRA 5P1FA 4YE3A 3EL9A 1BAIA 2QHZA 3TOHA 4KE0A 2P3DA 4Y54A 3OU4A 4A6BA 4BELA 4Y4AA 5OZWA 5P5VA 3K1WA 5P77A 4CKUA 4QJ8A 1MRXA 1SH9A 2QZWA 2ZHVA 4N00A 1XL5A 1OD1A 3URIA 5HU1A 1HVJA 4OD9A 2VA5A 4FAFA 2F81A 4QJAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7B A;  5BRY A;  5HVP A;  1FG6 C;  3SA8 A;  5P07 A;  5P1Q A;  2G1O A;  5EZZ A;  2JJI A;  1EAG A;  5P0W A;  3VCM A;  4GJD A;  3DV5 A;  9HVP A;  4F75 A;  3ZKM A;  5P4C A;  4OBJ A;  4D8C A;  5P4D A;  5DR1 A;  2VIZ A;  3QS1 A;  3NU5 A;  1ME6 A;  3GI5 A;  3PLD A;  3HVG A;  4CMS A;  5P00 A;  5P53 A;  4AA9 A;  3VF5 A;  3HDK A;  4I1C A;  4DH6 A;  3R1G B;  5P06 A;  1IBQ A;  4Y5A A;  5P6H A;  1MPP A;  5DQ1 A;  3O9A A;  2QI6 A;  5P3K A;  2WKZ A;  5P59 A;  3S53 A;  4FE6 A;  4HDP A;  3JVY A;  2QMF A;  5P0N A;  1SGZ A;  3T3C A;  2QI4 A;  1SIP A;  5P1X A;  3NUO A;  5P0K A;  1LYA B;  3EC0 A;  2QD6 A;  5P4E A;  3UFL A;  2XFK A;  4K4R A;  1EC3 A;  5P2M A;  4NPU A;  5P33 A;  3G70 A;  4RLD A;  3SO9 A;  2PYM A;  2AOC A;  4HZT A;  3GGX A;  1PPM E;  4GYE A;  4QJ7 A;  2BPZ A;  1HII A;  5DPZ A;  5P81 A;  1HIV A;  4GJ8 A;  4Z22 A;  4GJC A;  4Y3P A;  3VYF A;  2NPH A;  3I2L A;  1LEE A;  4GJB A;  5P22 A;  3EKP A;  3CKT A;  3H0B A;  1EED P;  1KJ4 A;  4XX4 A;  3FNT A;  4EXH A;  5OZE A;  5P4S A;  5P34 A;  3Q70 A;  5P6V A;  5P6P A;  5P3I A;  4CPU A;  2WF0 A;  1IIQ A;  2O4S A;  3UDN A;  5HD0 A;  1EPR E;  5P0P A;  4I10 A;  4Y3T A;  5P8Q A;  1PRO A;  1LYB B;  5OZX A;  3PVK A;  3I7E A;  5P56 A;  2Q64 A;  2AOJ A;  3B7V A;  5P26 A;  4YCK A;  2AOD A;  5KR0 A;  3UCB A;  5P2O A;  3F9Q A;  5FIV A;  3OAD A;  1OEW A;  1HVR A;  2HC0 A;  1QRP E;  1B6P A;  5AH8 A;  5P2X A;  2ER7 E;  3BXS A;  2VA7 A;  3G6Z A;  4RCD A;  1E5O E;  2ZJH A;  4YCY A;  4Y6M A;  3TL9 A;  4OBG A;  1DMP A;  1MT7 A;  5P7M A;  2CEM A;  3KDB A;  3QVI A;  5P64 A;  4Y9W A;  4Y3Q A;  2F3E A;  3DOX A;  3RTM A;  3PMU A;  3PCZ A;  1ZP8 A;  2AZB A;  4MC2 A;  4X7I A;  2QI7 A;  3EM6 A;  2VIY A;  5P35 A;  5P50 A;  4DJX A;  5P0Y A;  4Y3D A;  4YOB A;  5P0C A;  5P1L A;  1PSN A;  1FKN A;  1MVP A;  3PWR A;  5P8I A;  3ECG A;  2AID A;  5P1S A;  3CKR A;  2G69 A;  5P5R A;  3LIN A;  1LYA A;  3PBZ A;  5OYX A;  5OZ8 A;  4EJL A;  5P18 A;  3NU6 A;  2ZJJ A;  3VLA A;  5P5L A;  2I4Q A;  3PMY A;  2QNN A;  1RPI A;  1D4K A;  5OYS A;  5P10 A;  3ST5 A;  5P7Y A;  1EC1 A;  1WBM A;  1FQ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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