1HVCA

Crystal structure of a tethered dimer of hiv-1 protease complexed with an inhibitor
Total Genus 16
1101201301401501601701801900246810121416
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
203
structure length
203
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNFGGSSGPQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
110120130140150160170180190180160140120
051015Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase(acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Crystal structure of a tethered dimer of HIV-1 proteinase complexed with an inhibitor.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 16
structure length 203
sequence length 203
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hvcA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hvcA01
3KN0A 4Y3XA 4Y4XA 5P34A 4OBJA 4XKXA 1EPLE 3PEPA 1EC1A 4LP9A 2OAHA 2PYMA 3CKTA 3EXOA 3KDDA 1K6VA 5P00A 4GYEA 5KR1A 5P6BA 1APWE 3K5FA 5P5OA 3HVGA 5HCTA 5P24A 3BUHA 4Q1NA 4B77A 1MSMA 1Q9PA 3PCZA 2WHHA 4R5NA 2BB9A 3EMYA 3UQWA 4Y6MA 5P0WA 4J55A 1HVJA 4TVHA 1ZJ7A 5P8UA 5P4QA 4D85A 4EP3A 2P3AA 5P77A 1DAZC 3GW5A 5IVQA 1A9MA 4LHHA 4OBGA 3S7MA 3ZL7A 6APRE 5P6CA 1U8GA 1LF3A 4TRYA 1BV7A 4ZEAA 5P2MA 4OBZB 4Y3FA 4I0FA 2QCIA 5ER1E 5OZFA 4GJ9A 3SFCA 2Q55A 4A4QA 5P0YA 4WTUA 5P0CA 4CKUA 5P5RA 3ZKSA 2UY0A 1T7JA 4FS4A 2ZJNA 4RVIA 1AVFA 2ZJJA 3OADB 5P0FA 3INHA 5P2OA 5P4UA 4L1AA 3O9IA 1MRXA 1B6JA 2FGUA 3RTMA 3I7EA 1MT8A 4FAFA 5P7CA 1FEJC 2QNNA 3EKXA 3PMUA 1EBYA 2BPWA 3T11A 3BRAA 4GJ6A 5T4SA 4YCTA 5P7UA 4RCDA 4PHVA 5P37A 5HU0A 1QBTA 2Q5KA 3O9AA 3SA3A 4NJSA 3PWRA 5P2XA 3T7PA 1WBMA 5P27A 2PWCA 4YOBA 1B6LA 4DJRA 4ER1E 5P0LA 4CPSA 2VIEA 4ER2E 3EM4A 3WZ8A 3PCWA 4Y3YA 5P0DA 5P4IA 7HVPA 3INDA 2VA6A 3ZMGA 4J1KA 3GI5A 1XE5A 3BXSA 4GJBA 4KUPA 5P3DA 3ZKMA 4LXKA 4FM6A 3NDUA 4I11A 5P59A 1PROA 4LXMA 3OQ7A 1BAIA 2IKOA 4LBTA 3OHFA 4APEA 2FMBA 4FLGA 5P4SA 4BFBA 2UXZA 3L5BA 4AZYA 5OZ0A 4HLAA 2AQUA 1EPQE 3PJ6A 5P1HA 4TRWA 3N4LA 1MT9A 1YX9A 5OZKA 5J25A 1LZQA 2FDDA 4Q5MA 3G6ZA 2ZDZA 1SH9A 1G2KA 5OZPA 1IIQA 3U71A 3ZKGA 5P7DA 1D4IA 1J71A 3S53A 4EHCA 1BWBA 5P2AA 4ACUA 3OU4B 3L59A 2P8HA 5P09A 1MUIA 3QIHA 5P1YA 1APTE 2Q15A 5I3XA 3EKTA 1TCWA 4J1EA 5P4AA 4H3JA 3T6IA 2CENA 5P47A 3L58A 1YM4A 4DPIA 1LYWA 5P16A 2IQGA 4RYCA 1HXWA 3OU1A 5P2VA 3UQXA 4M8XA 1DW6C 5DR1A 3NWQA 1W51A 5UPJA 4D89A 4Y50A 4B1DA 2B8LA 4EJ8A 2WF4A 2QI0A 3DOXA 2PK6A 2QMGA 3ZKXA 1XE6A 4DQCA 3I25A 5P3EA 1PSOE 5F01A 5TOLA 5P03A 5P1LA 2QI5A 4D88A 5OZWA 1HIHA 3L5CA 3IN3A 5P6ZA 4Y44A 3SA9A 3T3CA 1HSIA 1ZSRA 2IL2A 1FKNA 1A94A 5DR8A 2PSUA 4Z4XA 5P7RA 3VF5A 4DJPA 3GGVA 3I6OA 3IXOA 1EBZA 3OY4A 3FNSA 4ZPEA 3EC0A 1D4KA 5P1PA 3MWSA 2AODA 4Y5LA 3IAWA 3L3AA 1OEXA 1CPIA 3BXRA 2B60A 1W5VA 2F8GA 5OZIA 5OYSA 3DV5A 4RCEA 1TQFA 5SZ9A 1T7KA 5OZEA 5P5VA 3S8IA 1NPWA 2SAMA 4BFDA 1KJHA 5P0MA 2Z4OA 3VG1A 5P4NA 2QK5A 4ZPFA 1ZP8A 2P83A 5ISKA 1B5FA 3OQAA 5P0HA 3TOGA 4OBDA 4Y3LA 1XL5A 2G21A 5P6LA 5P3BA 3JVWA 5OZ1A 5P1TA 2HS2A 2V16C 3Q4BA 7UPJA 4Y4BA 4ER4E 5I3VA 5COKA 5P3UA 3G72A 2P3CA 3MSJA 4Y37A 3B7VA 3D91A 5JG1A 4B0QA 1BBSA 5P3WA 4ZIPA 1QS8A 5HE5A 2AIDA 5P0VA 4YD6A 5C9FA 2R3WA 2IS0A 2I1AA 4DJYA 3LINA 1GNNA 4PZWA 5P8FA 2QD7A 5P4KA 2JE4A 3CKRA 3AIDA 2IKUA 1HVHA 2BKTA 1MTBA 3OAGB 1GVXA 1SGZA 4FM8A 4Y3NA 1ZLFA 4HVPA 5P7JA 2I4WA 5P4LA 1GNMA 4GZFA 1C6XA 4PPHA 5COPA 3T7XA 5P6YA 5P63A 5P7NA 3LITA 5P5LA 1T3RA 2AZ8A 4EWOA 3ZKIA 1F7AA 5P5QA 4Y4WA 4R93A 5P12A 2WECA 2QHZA 1BV9A 5P3RA 4Y5BA 4J5JA 3EL0A 3IXJA 3B80A 3TOHA 1TZSA 5OZGA 1K6PA 5P6SA 4S1GA 5P2WA 3OOTA 5P1WA 2HAHA 1HSHA 5P5JA 4AUCA 4QGIA 3FX5A 5P7PA 4Y3RA 1HPVA 4YD3A 3FSMA 6FIVA 3LZSA 1MEUA 1G35A 1W6HA 4FCOA 5OZ3A 2RKFA 4YBIA 4RZ1A 5P7VA 5P8DA 4FSEA 2CEMA 3CMSA 5BS4A 2ZYEA 5P6XA 5P22A 2Q63A 5OZLA 5P0QA 2R9BA 3QS1A 4RRNA 5P7YA 4Q1YA 4FRJA 1APUE 5P57A 4OBZA 5DQ2A 3N3IA 3ZOVA 4R95A 2AOFA 5P4GA 1EBKC 1ZPKA 4HZTA 1YTJA 5KOQA 4F75A 3BVBA 5DQ1A 5P3MA 5P8VA 5P4OA 5P8LA 3SM1A 5P4RA 4LXAA 5P2GA 5P44A 5IVRA 5P39A 1M0BA 3OADA 3SAAA 3GI4A 1M43A 3VYDA 5KQZA 4K4PA 5P6QA 1SIVA 5P8KA 1E82E 2AOJA 5P36A 1HVLA 1HHPA 3Q3TA 4H3GA 5P5KA 4Y5PA 2H6TA 1AIDA 1YTHA 5P66A 5P46A 4AA9A 1D4LA 5P6IA 4KE1A 1T6EX 2V00A 5P5ZA 5HDXA 5OZDA 4R92A 5P1CA 5OZZA 3TKGA 5P6NA 1TSUA 5P3FA 5P3SA 5IVTA 5OYXA 2QD6A 2ZJLA 5P1RA 4HE9A 1MPPA 4Y5EA 5P0BA 1DP5A 3TKWA 3S54A 2PC0A 1FQ7A 4JP9A 3KDBA 4XXSA 3OUDB 4EPJA 5KR8A 4BELA 3OU3A 5P3NA 2QD8A 5AH7A 3JVYA 3DUYA 1ZSFA 4YD5A 2RKGA 5P89A 5P88A 4QJ6A 5P6FA 1LV1A 3UQUA 3DCRA 1T7IA 4F76A 4NPTA 4H3IA 4RRSA 2BQVA 2JXRA 5P5YA 5P0IA 3OTYA 3LZUA 1ME6A 4Y3PA 5AH8A 2ER6E 2G27A 1HVSA 2IEOA 4I8WA 2R8NA 5OYWA 5P43A 1XL2A 5P3OA 5P02A 5P0XA 5OZ8A 3I2LA 5OZMA 5P17A 5P3XA 3IVHA 5P5HA 3APRE 3QPJA 1W50A 3OHHA 1IDBA 2VA7A 3SO9A 3OU4A 1MTRA 3SLZA 2BPXA 4YD7A 3HBOA 3KFNA 2JJJA 3AUPA 4RCFA 3SKFA 3EKWA 4K4RA 4LL3A 5P3JA 2PH6A 2PWRA 1Z8CA 3RU1A 2F80A 3IVIA 4OC6B 3URLA 2I4UA 4D8CA 3IGBA 4JECA 5P2QA 1WKRA 2R3TA 4ZLSA 5P1XA 3SM2A 4B72A 1A30A 5P25A 2HPEA 5P4VA 5P75A 3SKGA 3WZ7A 1HTGA 1YTGA 3UDKA 5P18A 1OD1A 4OBKA 5P5GA 3SPKA 5P62A 5P8JA 3O9EA 5P41A 2HB2A 5OYVA 5COOA 5P15A 1N49A 5I3YA 3TPJA 2ZHVA 3O9FA 5PEPA 3TPLA 2OHNA 5CONA 4DI2A 3PSUA 5P4PA 1HPXA 3NDTA 4Y5CA 5FIVA 3RSXA 5HD0A 3ER3E 4J17A 3ST5A 4EQ0A 2H6SA 1EPOE 4CPXA 3PSYA 2ZHUA 4YE3A 5P13A 3O9GA 4RVJA 5P2DA 5P7WA 1QDMA 4DJUA 1EPRE 4I8ZA 3DM6A 2WJOA 4RLDA 1W6IA 2FXDA 4J0TA 4Y35A 5OYZA 3KM4A 2ER0E 3UDQA 1ZTZA 2P3BB 1EC0A 5KR0A 1SDUA 3PMYA 3OXXA 1HBVA 2HPFA 1B6KA 5P7FA 2OHRA 2FGVA 5P83A 4JPCA 1AZ5A 3O9DA 3ZPSA 5P7QA 2NNPA 3UQRA 2NXLA 5P2YA 1IZEA 5I3WA 5P8IA 2NXDA 5P2RA 4Y58A 1KJ7A 5P6MA 3HAWA 4Y3TA 3O9LB 3KFRA 1IVQA 5P6RA 5P3ZA 4GJDA 5P2HA 1C6YA 3OTSA 3PGIA 4UPJA 1A8KA 4EJKA 4K4QA 5P6KA 6UPJA 5P8HA 3ZPTA 5P1KA 4OD9B 5P6OA 3EL9A 1OEWA 4E43A 5P31A 4YBFA 1AAQA 4RYGA 4DVFA 2PQZA 2Q11A 5OZ9A 2AZCA 5C9DA 3EL4A 3Q70A 5P0TA 3SACA 3LZYA 4Y3AA 2O4LA 3HAUA 5KAOA 5P7ZA 4CPRA 1IBQA 4J0PA 4TVGA 3QN8A 2R43A 5P5NA 1EEDP 4H1EA 5P58A 5DGUA 3GI6A 2I0DA 3IXKA 5P7XA 3VCMA 4HDBA 2G69A 4X2LA 2BBBA 5P48A 5P78A 1HPSA 3OAGA 5P32A 5P5PA 3TL9A 3K5CA 1KJ4A 5P8TA 2VNMA 3DJKA 3QRVA 2F3EA 3IN4A 5P2UA 4Y47A 4K8SA 5P7AA 1E81E 5P4XA 1KJFA 1RL8A 5C9BA 4WY1A 5P4BA 3UPJA 5BRYA 2G1NA 4U8WA 1K1TA 3K4VA 5P1VA 1IZDA 2I4DA 4J1FA 5P5EA 5P4EA 5ENMA 4GJ8A 4GJAA 5P6TA 3MXDA 2BPVA 5P2NA 5P1GA 2QZWA 3BHEA 4CPUA 5P3CA 2BJUA 5P6PA 2ZJMA 1BWAA 4Y39A 4N00A 1Z1RA 3EBZA 5P0OA 4B1EA 1MERA 5P7KA 5HTZA 3D3TA 4M8YA 4R91A 3UDMA 5P0NA 5P8MA 5P80A 3EKQA 3EKYA 2WEDA 3LPIA 4Y3SA 3NU6A 5P2BA 4PYVA 3TNEA 5OZ5A 1PPLE 4DJXA 5P8EA 3OWNA 5DR3A 5P4TA 1MVPA 1BDRA 1YT9A 3OXVA 4NKKA 5P6VA 3UCBA 4B00A 1AXAA 5OZNA 4Y5MA 5ER2E 9HVPA 4L1AB 5P0EA 3VV7A 5P61A 5P5CA 5E5JA 4XX4A 2OHPA 2J9JB 5P2SA 4YD4A 1HVRA 3BUGA 1SP5A 2PMAA 1F34A 1B11A 1FG6C 5P3KA 3L5FA 3NR6A 3NXNA 5P8PA 3VV8A 4YCYA 3NUJA 5P2IA 4X7IA 4H3FA 2HM1A 4Y9WA 1ZAPA 2HIZA 5P4HA 3KFSA 5P0GA 1AM5A 5AGZA 1PPKE 5P50A 3ECGA 4CPTA 4ACXA 2IDWA 5KQXA 1APVE 1T6GA 3JW2A 4AMTA 3FNUA 2PSVA 4GMIA 1IVPA 3PWWA 4Y3HA 4Y3WA 2FDPA 4YOAA 5P8AA 2BKSA 4Y3EA 1CZIE 2NPHA 2PH8A 2ZHTA 3TOFA 3LIYA 3IA9A 1FB7A 5P0JA 1YG9A 4ZSMA 3KFPA 5P5WA 5OZCA 1HOSA 5P81A 3SA6A 4TRZA 3S7LA 2O4PA 3K4VC 5SY3A 4AA8A 4Y3QA 3WB4A 2NMYA 5DQ5A 3GGAA 3PLDA 5P74A 5P86A 1HTFA 1FF0C 1SDTA 4J0VA 3OUDA 3SA5A 1EPME 5P51A 3UQPA 2FDEA 3OQKA 5P20A 5HU1A 3L5EA 1JLDA 1LF2A 4A6BA 4DQGA 3OUBA 5P53A 1PSAA 3EM3A 5P79A 2QU2A 2APRA 5KR2A 1META 3OOZA 5OZRA 2VNNA 5P0SA 8HVPA 3OXWA 1FG8C 1G6LA 5P76A 2AOEA 3M9FA 3WZ6A 2RSPA 2F81A 4Z2ZA 5AHCA 3PHVA 3ZKNA 3NSHA 1CMSA 2MIPA 1LEEA 2VJ9A 5P30A 4DJOA 3RTHA 2ZJIA 3HD8A 1AJXA 4EJLA 4U7VA 3ER5E 1TW7A 1GVWA 5P38A 2PK5A 1XN2A 2QHCA 4Y45A 5HE4A 4QJ9A 4DJQA 3MSLA 1HPOA 2OHTA 5F00A 4FRIA 2QZLA 4QLHA 2VJ7A 2NXMA 3S45A 1PPME 5IS4A 1RNEA 3BC4A 4HDPA 1HVIA 3D20A 4J0YA 3R0WA 5P2EA 3FNTA 4GJ7A 4Y53A 1LYBB 5OZBA 5P07A 4B05A 1GKTA 1DPJA 4BEKA 2EWYA 4OC6A 3F9QA 5KQYA 4HDFA 3VLBA 4CMSA 3INFA 4APRE 4Y36A 5HDVA 4LC7A 5EZZA 3OUAA 5P4DA 4FRKA 2RENA 4QJ8A 4EYRA 3D1ZA 5JODA 1LF4A 5P1MA 5P10A 3LIVA 4DJWA 1B6MA 3SQFA 1BDQA 1EAGA 3QAAA 1UH8A 1KJGA 1SMRA 2I4VA 2V12C 5P1BA 2Q64A 5P01A 2I4QA 2V10C 2HB4A 2B42A 4GB2A 2FS4A 1XN3A 2G20A 4YHQA 1C70A 5P8CA 1HRNA 1FGCC 4FM7A 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2FIVA 5P2CA 5P3AA 2FLEA 1SGUA 1FMXA 1MSNA 4J1IA 5P1FA 3CKPA 3S56A 5P72A 1LYAB 3INEA 3VSXA 5P6GA 4I0HA 4L7JA 3GGUA 3FKTA 5APRE 4QJ2A 3OGQA 5P7LA 3VSWA 5P73A 4DQFA 3UDRA 4I0IA 4CPQA 5ISJA 2ZHRA 5P0KA 2B8VA 5P0RA 5KOSA 2R5QA 3O99A 1QBRA 5P52A 1Z1HA 1EC3A 3D1YA 3TPPA 2WKZA 2A4FA 3K1WA 1HXBA 3C9XA 2QU3A 2O4NA 1MESA 2G1OA 3O9HA 2QZXA 5P82A 5HE7A 3HZCA 4YCKA 4Y4GA 3U6AA 3QVIA 3MSKA 2J9JA 5AHAA 2AZBA 3OGPA 3HVPA 5P5BA 3FIVA 3LNKA 1HVKA 2G26A 5P69A 5P8QA 2F3FA 4NJVA 2QI3A 3EKPA 2ER9E 5P7TA 3BGCA 4I10A 5HDUA 5P85A 1C6ZA 1IZIA 3PLLA 5P5FA 3D1XA 2VJ6A 3NU3A 5ENKA 3TH9A 2ZJKA 3HDKA 5P26A 4KE0A 2A1EA 1FLHA 5P4FA 3UDNA 1D4HA 5OYYA 3LIZA 1AJVA 4Y57A 5AH6A 3OUCA 5OZXA 4J1HA 4Y48A 1HTEA 1NPVA 2NNKA 2BPZA 2PYNA 5JFUA 2VS2A 5P1EA 2NTRA 2G1RA 2XFJA 5JFPA 3NWXA 2QI4A 2R38A 4J54A 4MC6A 4NJUA 1BVEA 3R2FA 3OXCA 2VIYA 1SMEA 2AOHA 1K2BA 1BIMA 3T7QA 3VYFA 3K5DA 5P4ZA 3PVKA 1HWRA 5P1DA 3I8WA 4MC2A 3GI0A 5P4JA 2HB3A 4DJVA 2JYSA 4Y4AA 5P11A 4QJ7A 3EL5A 5P8RA 2OHMA 5P6JA 5P2TA 5OZQA 5P49A 3SA4A 2WF2A 5P40A 2F3KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KN0 A;  4Y3X A;  4Y4X A;  5P34 A;  4OBJ A;  4XKX A;  1EPL E;  3PEP A;  1EC1 A;  4LP9 A;  2OAH A;  2PYM A;  3CKT A;  3EXO A;  3KDD A;  1K6V A;  5P00 A;  4GYE A;  5KR1 A;  5P6B A;  1APW E;  3K5F A;  5P5O A;  3HVG A;  5HCT A;  5P24 A;  3BUH A;  4Q1N A;  4B77 A;  1MSM A;  1Q9P A;  3PCZ A;  2WHH A;  4R5N A;  2BB9 A;  3EMY A;  3UQW A;  4Y6M A;  5P0W A;  4J55 A;  1HVJ A;  4TVH A;  1ZJ7 A;  5P8U A;  5P4Q A;  4D85 A;  4EP3 A;  2P3A A;  5P77 A;  1DAZ C;  3GW5 A;  5IVQ A;  1A9M A;  4LHH A;  4OBG A;  3S7M A;  3ZL7 A;  6APR E;  5P6C A;  1U8G A;  1LF3 A;  4TRY A;  1BV7 A;  4ZEA A;  5P2M A;  4OBZ B;  4Y3F A;  4I0F A;  2QCI A;  5ER1 E;  5OZF A;  4GJ9 A;  3SFC A;  2Q55 A;  4A4Q A;  5P0Y A;  4WTU A;  5P0C A;  4CKU A;  5P5R A;  3ZKS A;  2UY0 A;  1T7J A;  4FS4 A;  2ZJN A;  4RVI A;  1AVF A;  2ZJJ A;  3OAD B;  5P0F A;  3INH A;  5P2O A;  5P4U A;  4L1A A;  3O9I A;  1MRX A;  1B6J A;  2FGU A;  3RTM A;  3I7E A;  1MT8 A;  4FAF A;  5P7C A;  1FEJ C;  2QNN A;  3EKX A;  3PMU A;  1EBY A;  2BPW A;  3T11 A;  3BRA A;  4GJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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