1HVIA

Influence of stereochemistry on activity and binding modes for c2 symmetry-based diol inhibitors of hiv-1 protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Influence of Stereochemistry on Activity and Binding Modes for C2 Symmetry-Based Diol Inhibitors of HIV-1 Protease
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase(acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 1994-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hviA00
4HDBA 5HDVA 9HVPA 2QHCA 1WKRA 3EKPA 5P5KA 4CP7A 3LPKA 4YDGA 1ZBGA 4HZTA 5P0XA 2QU3A 1EPQE 3O99A 3SFCA 2P4JA 5P2JA 1F7AA 5P4PA 1T7IA 2HM1A 4KB9A 1A9MA 5P3QA 2P3DA 3EKQA 5P3WA 5P47A 1BILA 3EL9A 5P18A 4LXAA 2WHHA 3S53A 1GVTA 2XYEA 1EBKC 2AOEA 2WEDA 1TSUA 1E82E 1Z1RA 3KN0A 5P2CA 4D89A 2QCIA 2B8VA 3VLBA 3PSGA 4GJBA 4Y9WA 3FX5A 3LZYA 2APRA 5P0JA 3FV3A 3GGXA 4Y3GA 5P4NA 5P6ZA 3PCZA 3PRSA 1MEUA 3KFPA 4F74A 5P4UA 3VSWA 5P5SA 5P3FA 3NXNA 5P8SA 1XDHA 4DJQA 2F3KA 3OU1A 3TOHA 3WB5A 3D91A 5P7BA 1K6PA 4Y35A 4DPIA 3OUCA 5IVSA 4NJSA 3S8IA 3R4BA 5P02A 5P3IA 2VJ6A 2AZ9A 3BVBA 3IVIA 4Y48A 1YM4A 1XN3A 1MTRA 1N49A 4GIDA 3SM2A 1U8GA 3PVKA 5AHCA 5OYTA 1SIVA 2Q55A 2R43A 1D4SA 4TRWA 1HWRA 1BDQA 4J1HA 5P8BA 4H3FA 5P0OA 2JXRA 2B7FA 1APUE 4LL3A 4J0TA 5AH6A 2J9KA 3F9QA 2R3TA 2QMDA 5AH9A 4Y4DA 4Y43A 4X2LA 5P03A 3DJKA 4FM8A 3GI5A 3H0BA 1EC1A 2IKUA 3VV7A 3HDKA 1LYAB 4HE9A 2OHUA 3VG1A 3O9FA 4B0QA 3MXDA 3NXEA 2G94A 2PC0A 4QJAA 3TH9A 5P1MA 4U7VA 4Y4BA 5P8TA 3CYXA 5P35A 3O9LA 4Y39A 5HCTA 3INEA 2BKTA 4I8WA 5OZUA 3EKXA 2QD7A 3DUYA 3UQXA 5HU1A 1SBGA 4YD4A 3GI0A 2ANLA 3HBOA 4ACXA 3B7VA 5HE7A 5DR0A 1EPME 1W5XA 1TQFA 3OXVA 1NH0A 2ZHVA 5P6VA 4I8ZA 1HSGA 4AZYA 3SKFA 4BELA 3SA7A 4L7GA 3RTNA 5P5XA 5P85A 3K5GA 5P72A 5OZ8A 1XL5A 1T7KA 5P7TA 5P1NA 5P0UA 3NU4A 3KF0A 3R0WA 1Z1HA 2AVMA 1MERA 1B6LA 1YM2A 5P6OA 5OZZA 5P8DA 1D4IA 4Z4XA 4Q5MA 4ZSMA 4GJ5A 1BWAA 3O9EA 4DQBA 3DV1A 4ER1E 3S7LA 1W5YA 2O4NA 3D3TA 4GJ6A 4HDFA 5P8FA 1T3RA 5OZ9A 5P1YA 2I1AA 4EXHA 2QI7A 5P4WA 3LHGA 3TLHA 4Y3PA 4Y3EA 5P5BA 4ZSPA 3HAUA 1ME6A 1BVGA 3G70A 5P0KA 4Y3TA 5P00A 4PPHA 4R8YA 3ZKSA 4DJPA 3QVIA 5P0BA 3ZLQA 3HZCA 3KDDA 4NJUA 5P23A 1CZIE 4Q1WA 3BGBA 3EL0A 4FM6A 1GKTA 1W51A 2F81A 1QS8A 5P3RA 2FIVA 5P2QA 4GMIA 4CKUA 2QNPA 2FS4A 5HE4A 1MTBA 4Y5PA 2ZJLA 5P42A 2P8HA 3K4VC 4NJTA 5OZIA 3BC4A 2AOFA 2ZGAA 4Y3FA 5P1AA 5P4QA 3TKWA 5P76A 2OHSA 5DGUA 3PJ6A 4PYVA 5P3GA 2BQVA 2IKOA 5P7SA 1AZ5A 5HDUA 4Y3YA 1HTFA 1XE6A 4FIVA 2P3BB 4HEGA 3Q3TA 4EQJA 1FLHA 5OZCA 2AOJA 1FIVA 2AOIA 4RCEA 4KUPA 5P29A 1META 1SH9A 2JJJA 3INFA 1QBSA 2ZDZA 2P3CA 5OZHA 5P05A 4B1CA 3TPRA 5P6DA 5P4MA 3EKTA 1VIJA 1HHPA 2WECA 3ZKQA 3NWXA 5P6IA 5P2RA 2AVQA 5P2NA 2V13A 3QBHA 3DOXA 4I12A 2BPWA 3SAAA 5P6QA 1B6JA 3ZKGA 1EC3A 5DR7A 5P84A 4EP2A 5P17A 1XE5A 4HVPA 1A94A 3IXJA 1RPIA 3IAWA 2G27A 2OF0A 4QGIA 4JECA 4OBHA 5OZ1A 1MT7A 4Y41A 5KR2A 1FEJC 4J0ZA 5BS4A 2ZHTA 5P1EA 2PWRA 5P5LA 2A4FA 1HBVA 1EPLE 4Y5NA 3NU6A 1MRWA 4U7QA 2QZKA 1SDUA 2HB4A 2O4SA 3B80A 3QBFA 4B77A 3N3IA 5P2LA 5AHBA 3IN3A 5P4HA 3EM3A 2WEZA 4J0VA 1AAQA 4I11A 4YOAA 3ZOVA 3VYDA 5P2HA 3WB4A 3FIVA 5HU0A 5P2MA 4FAEA 2P3AA 2QI5A 2QZWA 1T6EX 4R93A 3SABA 3U6AA 4Z22A 1PROA 5P50A 1MSNA 5DPZA 3VF5A 2JYSA 5P2YA 5KAOA 3DK1A 5P5IA 3K4VA 3L3AA 5IVTA 2HS2A 3CMSA 3UQUA 3TOFA 4DFGA 1QRPE 4DJWA 3U7SA 5P30A 1LYAA 3LITA 5P2EA 3UF3A 5P6TA 5P14A 2QMPA 2RKGA 1LZQA 3DCKA 4MC2A 3NUOA 2HIZA 3ST5A 1GVVA 3PBZA 3EC0A 4DQCA 4ZLSA 4Q1YA 4XX4A 4YD7A 5P36A 1RNEA 5OZTA 1Z8CA 3LIZA 4NKKA 4H1EA 4J54A 4J1CA 5P71A 3AUPA 1YTHA 5P6SA 4OBZB 5P32A 5P3BA 4PZXA 3KT2A 3BGCA 3ER5E 5P1ZA 5OZVA 1WBMA 3O9BA 1EBZA 5P68A 3I7EA 2QAKA 1D4LA 3KFRA 3QN8A 1EPOE 5P01A 1E5OE 2I0DA 3OUDA 1FFIC 2PSGA 4RGHA 2OHMA 1QBUA 4Y3JA 3S45A 4WY1A 5DQCA 3OQAA 3O9LB 2QI1A 4I0GA 5KQFA 5P6YA 4GJAA 5AGZA 1LF3A 2R3WA 5P16A 5OYVA 6APRE 1FMXA 1M4HA 5DGWA 4GJDA 5P8CA 5P8EA 5P2WA 1K6VA 2AOGA 2OHNA 4K8SA 4OBJA 5JODA 3D1ZA 3OHFA 1LYWA 3RU1A 1C70A 4CPXA 4ZPFA 5OZEA 4FLGA 3T7QA 1UH7A 2JJIA 5OZYA 3KMXA 1E81E 3FKTA 3OXWA 4I10A 5P6BA 5P3SA 2RSPA 5KOQA 1XS7D 3L5CA 4EXGA 5P8JA 5COOA 1KJHA 3SA9A 1AM5A 2VA5A 3T7PA 4DJRA 4PHVA 5P37A 3PLLA 3ZPSA 2I4XA 1OEWA 3K5FA 3OUBA 5E5JA 1HVRA 5P5MA 3R2FA 3URJA 3PCWA 1EBYA 2ZHUA 1BV9A 5P2BA 4B00A 4J55A 5P8IA 3IGBA 2CENA 2OHLA 4EJDA 1ZPKA 2BPZA 3UDKA 4AA9A 3NDWA 4L7HA 1YG9A 1D4YA 1FQ5A 3LIQA 5AHAA 5P0PA 5DQ1A 5P7MA 5P41A 3BHEA 1HOSA 3OQ7A 6UPJA 4EJ8A 2B7ZA 3IN4A 2FGUA 5HCOA 4D85A 1K1UA 5P06A 5P39A 3A2OA 2WF1A 5JFPA 3NU3A 3HD8A 4Y3HA 2ER9E 1D4JA 4RYGA 4GJ7A 5OYWA 5HD0A 2AOCA 4RVJA 2AVSA 3K1WA 4Y4EA 4D88A 2PK5A 1HVCA 5P25A 3UDMA 5OZ5A 4Y5MA 3WSJA 1G35A 5P10A 3OQKA 5T4SA 1RL8A 5P82A 2AODA 4QJ2A 4K4PA 3D1YA 3I2LA 4B1DA 2P83A 3MWSA 5P7AA 3K5CA 5P1BA 2J9JA 1PSNA 4LBTA 2FNSA 1MT9A 5P49A 1UH8A 1C6XA 4J17A 5P8MA 2OHPA 2QNQA 5P3DA 3O9DA 1KJ7A 5P87A 1APTE 4J5JA 3VFAA 2A1EA 4A6BA 5C9DA 2OHTA 2ZHRA 1HTEA 3LINA 5AH8A 1DMPA 3HW1A 2WF2A 5P6MA 4R95A 1G6LA 4Y3SA 4Y5LA 2I4UA 3S54A 2G20A 3GW5A 5SY2A 5P28A 5ISKA 3QROA 5P8OA 2QI3A 3O9HA 3TPJA 1ODXA 5P4SA 3QRMA 2HB2A 1DP5A 1MVPA 1UPJA 2F3EA 3QRVA 4QLHA 2BPYA 4COEA 3UDJA 1YTIA 4YCKA 2MIPA 5P1KA 3EKYA 5OZMA 3TKGA 2QZLA 3LPIA 5P0EA 2FMBA 3C9XA 3SKGA 4YBIA 5P5UA 5P73A 4FRJA 4Y45A 1FKNA 2BPXA 4PEPA 2QMFA 4I0FA 3PGIA 3NUJA 1BAIA 1A8GA 5P0FA 5P3MA 2G22A 5P0DA 5APRE 3M9FA 3OADA 1HIVA 5P8NA 2IGXA 3APPA 5P58A 1ENTE 4Y3QA 1MPPA 5P62A 1ZSRA 4Y3AA 4YCTA 2WKZA 2HPEA 4OBZA 5P7EA 5P2KA 3OOTA 3Q6YA 1EC2A 5P6PA 5P7OA 2G1RA 4Y4XA 1F34A 2UPJA 5FIVA 3QP0A 4RYCA 3PM4A 4RZ1A 2FGVA 4AMTA 3KMYA 4K4RA 1C6ZA 4Y3ZA 4Y5BA 3JVWA 5BRYA 4YA8A 5P5ZA 3KDCA 1SIPA 4Y38A 5P6FA 1TCXA 4QJ7A 1EPNE 5OZSA 5P7WA 2UXZA 2HAHA 4LXKA 3OHHA 1IDAA 5I3XA 1HVSA 2RMPA 3O9IA 1FGCC 1OHRA 5SY3A 5OZWA 2JE4A 3O9CA 5OZFA 3OUDB 1SDTA 1SMEA 4N00A 1YX9A 5P5GA 4EQ0A 2IRZA 5P24A 1IVQA 2ZE1A 3UDNA 1LV1A 3VYEA 5P63A 4I0IA 3QS1A 1FMUA 2HPFA 2AZ8A 2ZJNA 3Q70A 1LYWB 2QHYA 2PH6A 5P3EA 2HB3A 2PWCA 3ZKNA 1HPVA 2V10C 1IZIA 1FQXA 2R9BA 3SA8A 4Y3MA 5P61A 5C9FA 5P8RA 5P0RA 5KR1A 1XL2A 2G1NA 4APEA 1GVXA 2AVVA 2XFJA 5P6JA 2H6TA 5P81A 4HLAA 3UDRA 4MC1A 3HLOA 5P60A 3N4LA 1G0VA 5P5TA 3O9AA 4FCOA 5P4YA 4GJCA 1T7JA 1BXOA 1AVFA 4BEKA 3O9GA 1HEGE 2Q11A 1K6TA 4Y54A 4RCDA 3HVGA 4J0YA 5P86A 1HTRB 2HC0A 5OZRA 2F3FA 3UQPA 4JOOA 4Y5KA 5ISJA 4DQEA 5P1LA 3S2OA 2BKSA 4FL8A 3OGQA 4Y4JA 4I0ZA 1KJ4A 5UPJA 4R92A 5OZNA 5P6EA 1HVJA 5P2GA 4F75A 5P8PA 1IZDA 2XFIA 4U8WA 3RTHA 4F73A 5DR8A 1D4KA 3OU4A 4GJ9A 3OWNA 4RLDA 5P7CA 2VKMA 5HVPA 1W5VA 5P5DA 5P8LA 1FG8C 1HVLA 4EWOA 5P08A 5F01A 1HRNA 6FIVA 3AIDA 3CYWA 4Y4WA 5P7JA 5HDXA 4NJVA 5IVRA 1KJGA 4J1FA 1BDLA 2XFKA 4YBFA 2SAMA 3MSJA 1W5WA 2J9JB 1W50A 4APRE 3GGVA 5P1VA 5P4DA 4E43A 1UH9A 5CLMA 2QMGA 5P5EA 4OC6A 5P7ZA 5P5RA 3OXXA 5P89A 4FM7A 3CICA 3FNTA 3UDPA 4CPRA 5P0SA 5P8GA 2ER7E 5F00A 2QHZA 2V12C 1G2KA 5EZXA 5I70A 5ER2E 3UPJA 5PEPA 4WTUA 5P3VA 4R91A 2NXMA 2WF0A 3GI4A 5P8KA 1HXBA 5P0CA 1B6KA 3D1XA 5P44A 4H3IA 3URIA 5P26A 2IS0A 1A30A 3IVHA 4Y51A 5OZBA 5DR1A 5P15A 5DQ5A 5P7DA 3QPJA 2PH8A 5P54A 4YOBA 4GJ8A 5TOLA 2VA7A 5P11A 1IZHA 2QI6A 1NPVA 2G1YA 4B72A 1APWE 4YE3A 3OADB 5P0NA 2AVOA 1EPRE 3GGAA 2IGYA 4YD6A 2NXLA 1RQ9A 5P31A 2Q54A 4Y5CA 4CPUA 1M43A 5P0IA 4EP3A 3SQFA 3BUFA 1LEEA 4EPJA 3BRAA 1K2CA 4XX3A 2FXEA 4DV9A 5KR0A 4X7IA 5P7NA 1K2BA 4Y3WA 2OAHA 5P6CA 5P7HA 3TPPA 3KT5A 1GVWA 1PPKE 1HSHA 1BVEA 2QZXA 5P53A 5P70A 2I4QA 1LS5A 5P1UA 2F8GA 1GNOA 3ER3E 5P0VA 1XN2A 4CPTA 4DQGA 1HVIA 1HIIA 5P0HA 2R8NA 4RRNA 1NPAA 3GI6A 2BJUA 5P51A 3SM1A 4Y5GA 2PSUA 3GGUA 2BPVA 5P5VA 3SO9A 2VS2A 4YHQA 4A4QA 4GB2A 5OZ3A 5P5HA 5KQYA 5P6HA 4DVFA 2VNMA 3LNKA 2IL2A 5P3NA 1CMSA 3KYRA 5P1XA 5KR8A 5OZ7A 3PLDA 1LF4A 3BVAA 3UDHA 4OD9A 3OY4A 4Z2ZA 2Q63A 5P67A 3NU5A 4S1GA 5P48A 4OBGA 3SA5A 1JLDA 4L7JA 5P5NA 4Y5EA 1KJFA 1W6IA 3S43B 5P43A 5P4KA 2I4VA 1OEXA 4Y4TA 2AZBA 2QU2A 5P7GA 5KOSA 4F76A 1AJXA 5P79A 3UQRA 5P6KA 4I0JA 5P8AA 1BBSA 5P19A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HDB A;  5HDV A;  9HVP A;  2QHC A;  1WKR A;  3EKP A;  5P5K A;  4CP7 A;  3LPK A;  4YDG A;  1ZBG A;  4HZT A;  5P0X A;  2QU3 A;  1EPQ E;  3O99 A;  3SFC A;  2P4J A;  5P2J A;  1F7A A;  5P4P A;  1T7I A;  2HM1 A;  4KB9 A;  1A9M A;  5P3Q A;  2P3D A;  3EKQ A;  5P3W A;  5P47 A;  1BIL A;  3EL9 A;  5P18 A;  4LXA A;  2WHH A;  3S53 A;  1GVT A;  2XYE A;  1EBK C;  2AOE A;  2WED A;  1TSU A;  1E82 E;  1Z1R A;  3KN0 A;  5P2C A;  4D89 A;  2QCI A;  2B8V A;  3VLB A;  3PSG A;  4GJB A;  4Y9W A;  3FX5 A;  3LZY A;  2APR A;  5P0J A;  3FV3 A;  3GGX A;  4Y3G A;  5P4N A;  5P6Z A;  3PCZ A;  3PRS A;  1MEU A;  3KFP A;  4F74 A;  5P4U A;  3VSW A;  5P5S A;  5P3F A;  3NXN A;  5P8S A;  1XDH A;  4DJQ A;  2F3K A;  3OU1 A;  3TOH A;  3WB5 A;  3D91 A;  5P7B A;  1K6P A;  4Y35 A;  4DPI A;  3OUC A;  5IVS A;  4NJS A;  3S8I A;  3R4B A;  5P02 A;  5P3I A;  2VJ6 A;  2AZ9 A;  3BVB A;  3IVI A;  4Y48 A;  1YM4 A;  1XN3 A;  1MTR A;  1N49 A;  4GID A;  3SM2 A;  1U8G A;  3PVK A;  5AHC A;  5OYT A;  1SIV A;  2Q55 A;  2R43 A;  1D4S A;  4TRW A;  1HWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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