1HVJA

Influence of stereochemistry on activity and binding modes for c2 symmetry-based diol inhibitors of hiv-1 protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Influence of Stereochemistry on Activity and Binding Modes for C2 Symmetry-Based Diol Inhibitors of HIV-1 Protease
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase(acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hvjA00
1PROA 4EJDA 3OU3A 3L38A 4OBZB 5P3VA 3I6OA 1HBVA 2I0DA 1GKTA 5P74A 3ZL7A 3R0WA 3TPLA 5P1LA 3SM1A 3O9CA 2V13A 5P12A 5P61A 5P00A 5B18A 3Q3TA 5DGUA 4Y4AA 3OAGA 1YM2A 4J1KA 3OUCA 4BEKA 4DUSA 1K2CA 4Y6MA 1DIFA 1CMSA 4Y53A 5P1WA 5OZ3A 1IZEA 3PHVA 3T11A 3R2FA 2RSPA 5P69A 1Z1HA 1YX9A 3PBDA 5P8OA 4Q1NA 5OZYA 2WF3A 4Z50A 3OQFA 4PPHA 2P4JA 2VS2A 4U7QA 2NMYA 2BPVA 4GJ6A 1HSGA 5P14A 1KJ4A 3L58A 3DM6A 5OZ2A 3VFAA 4DQGA 2WKZA 2ZHUA 1PSAA 2UY0A 3RTNA 2ER0E 2I0AA 3NWXA 4EYRA 4RCDA 5OZTA 3B7VA 2I4XA 4QJ6A 5P8GA 5E5KA 3ZKXA 2BQVA 3K5FA 5P1SA 2ZJNA 3K4VC 1A30A 5P8BA 1AZ5A 5P8HA 4Y3NA 3FV3A 4B72A 1META 3OU4B 4Y3PA 3SFCA 5P7ZA 5P5CA 5P1YA 5P68A 4MC1A 1KJGA 2WEZA 5P78A 3UQRA 5P0JA 1NPWA 3BVBA 2RENA 4OD9A 3LZUA 1BDLA 5P4TA 1EBWA 5P3TA 1HOSA 2I1AA 5P87A 2BBBA 2P3CA 1AAQA 3QP0A 3GGXA 5HU0A 5COKA 3H0BA 4LXMA 4OBKA 1CZIE 5P1QA 3MXEA 5OZ8A 3OUBA 4RVIA 4OBDA 4CMSA 3UDNA 2G22A 3OAGB 5JODA 5P65A 5P66A 5JFPA 4A6BA 5P73A 4GJ8A 4F76A 2NR6A 2Q5KA 1ZBGA 1HVKA 3URJA 2AVOA 1G2KA 3TTPA 1HWRA 1D4JA 4Y39A 1UH9A 4JPEA 4AA9A 5P3MA 3UDHA 4BFDA 5HDVA 2XFJA 3NU5A 4FRSA 3GI4A 3LINA 3PBZA 5P1OA 3GGAA 4I0DA 1SGZA 4FE6A 4LHHA 5P4NA 4CPQA 4I12A 1K1TA 3UDMA 5P5MA 5P18A 5OZIA 3UTLA 4GJ9A 3INFA 2I4WA 3IN3A 1PPKE 3WB4A 4Y5EA 1RV7A 5P39A 2QHCA 3UHLA 4B0QA 1T6GA 2R5PA 3ZPTA 1EPLE 2BPWA 3EM3A 1EEDP 4Y36A 2H6SA 4I0JA 4ER2E 5KR8A 1IDAA 4I11A 5P22A 5P09A 2BKSA 4DVFA 3K4VA 5P7PA 4OD9B 1F34A 5KR2A 3OOTA 5DQ2A 1B6LA 3EKVA 4Q1XA 1RL8A 5AH8A 2OHTA 3OK9A 4FRKA 1OD1A 3UDYA 1HTRB 3VV6A 3QAAA 1HTGA 3SM2A 1K6VA 2HS1A 5P0GA 2B8LA 3NUJA 3K5DA 5P44A 5P7HA 4Y4ZA 2VA7A 3UFNA 4YE3A 3ZKGA 3RU1A 2I4UA 2AOEA 1KJFA 2HAHA 5P62A 1MT8A 4YHQA 5P7JA 1EBZA 5P8DA 3EKPA 5DQ4A 4PYVA 4YCTA 4Y3QA 4YCKA 4I0EA 2BPYA 4F74A 3JW2A 5KQFA 5OZ1A 5OZCA 1BVGA 5P0BA 5ER2E 5OYRA 2A4FA 1YM4A 5OYTA 5P3KA 4GJDA 5OZSA 3VV8A 5J25A 4B1DA 5P38A 1BILA 4J5JA 5P71A 4Y3YA 4Y5MA 1XN2A 3SA9A 3OHHA 2AIDA 4J0VA 4APEA 3UDPA 1LV1A 1FF0C 2FIVA 4Y3GA 3FNUA 1EC3A 3OHFA 1J71A 2WEDA 5IS4A 1AVFA 4YD5A 2OHUA 3PLDA 3LIXA 3ECGA 2QU2A 4FM7A 3IVHA 2F3FA 5DPZA 2Q64A 5P4BA 5HVPA 3PSYA 5P2CA 4J55A 4I1CA 3L5EA 1W6HA 4HLAA 4FCOA 5P4RA 3UDQA 5P7GA 2Q15A 1FKNA 4TRZA 2G69A 3IXOA 2PSVA 5P08A 2UXZA 4I0FA 5P2OA 1A8GA 4J1IA 3TOHA 4QJAA 2V00A 5SZ9A 3NU9A 4HZTA 5P3GA 3EM6A 4XX3A 3O9BA 3GW5A 4B1EA 4HA5A 4ZPFA 4Q5MA 5P6XA 4QGIA 3D1YA 3O9HA 5DR3A 2FLEA 1EPQE 1B11A 3M9FA 1IZDA 5OYWA 5DQ5A 1KJHA 1ZSFA 5BRYA 1W5YA 2G1OA 2PWRA 3KFRA 4NKKA 2B60A 3KT5A 5ENMA 4FS4A 3OXCA 4Y3RA 3DV1A 2OHKA 3BXSA 4Y3EA 1ENTE 5P63A 6UPJA 4ZSMA 2OHNA 3OQAA 5P2BA 4J1EA 4YA8A 5P7LA 5P6EA 4RRSA 2IL2A 4RROA 3TNEA 3NXNA 5I3VA 3NU4A 5P3CA 4CKUA 3L5FA 2Q54A 4XXSA 1MUIA 3L5CA 4DJRA 1TCWA 5P3PA 4MC9A 5P8EA 2ANLA 5P8LA 1IBQA 4I0IA 4Y5AA 5P47A 5P6UA 4Y3FA 1DW6C 5P15A 1XDHA 4Y50A 1OEXA 4J0YA 5P2EA 4PEPA 5I3XA 2AZCA 3EL0A 5P2FA 1IVQA 1G35A 4YDFA 5P01A 1HIIA 5P4ZA 3LPJA 5P0RA 3NDWA 3PVKA 5P7FA 3EKWA 5P5LA 1DPJA 5DR7A 5P7OA 4Y3XA 5P1VA 4K4QA 1E82E 1ODYA 1APWE 5P2TA 4FL8A 5F01A 5P4XA 3UDJA 1AXAA 4DQFA 3BHEA 4LL3A 2ZHSA 4Y4BA 2HIZA 4FRIA 3EKYA 3CIDA 3S85A 4EXHA 3D1XA 2Q63A 2R38A 2IENA 1HVSA 4Y4XA 3URLA 4L6BA 3K5CA 1FQ8A 5P03A 1FG6C 3ER3E 5P4KA 4MC6A 4Y5BA 4YDGA 5P1BA 2HM1A 5P0WA 5P2HA 1U8GA 3OQKA 4Y4JA 5P4UA 5OZPA 2FGUA 2V11C 4Y44A 3MWSA 4QJ8A 2QI7A 3HAWA 4AMTA 1BXQA 2ZJKA 1MT9A 5P1HA 5P4EA 1LF3A 2O4KA 1XE5A 4DV9A 2G27A 5P0KA 1ZTZA 2ZJHA 1G6LA 1N49A 5P52A 4DJYA 5OZLA 5P8PA 5P3NA 2FS4A 2ZJLA 2WF4A 4GMIA 4H3IA 1Q9PA 2VJ6A 3I25A 3URIA 2QI3A 5P0DA 3QRSA 2QNQA 1W6IA 2BPXA 3OQDA 3G70A 5P37A 5COPA 1D4KA 3TKGA 3WSJA 4B78A 4Y4GA 1BWAA 2ZJJA 1MRXA 1ODXA 1HVHA 4JOOA 5I3YA 2JJIA 4RLDA 3EM4A 2WF0A 2OHLA 5P4FA 3TL9A 3WB5A 5P4MA 3O9GA 1B6KA 4Y3LA 5OZNA 1ZLFA 2NTRA 2I4VA 2Q55A 5BWYA 4JPCA 1FMBA 5KQXA 3PMUA 3RSXA 2RKGA 2EWYA 4PZWA 1HVIA 4GJ7A 5P79A 2HC0A 1EBKC 5P3IA 2G1RA 4Y48A 3O9IA 3IXKA 5P19A 5OZJA 5OZUA 2VA5A 5P50A 3OU1A 5P2IA 1LZQA 4HDPA 4Y9WA 3ZKNA 3IGBA 5P8TA 3UDKA 5AHCA 9HVPA 5OZMA 5HCTA 5P3HA 3H5BA 5P1PA 5P6KA 3T7PA 4B05A 3NDUA 3I7EA 2O4LA 2PH8A 4OBJA 1BWBA 2HB4A 1AIDA 3VUCA 1HSHA 5IE1A 5P7SA 4ACUA 5P5AA 5F00A 4YD6A 3GGVA 5KQZA 5P4GA 5P7YA 3PB5A 2R5QA 5P5SA 4EQ0A 3ZPUA 1JLDA 3WZ6A 3SA3A 4CPSA 5P10A 3DCKA 2BKTA 5P6TA 3SACA 1LF2A 4DJPA 1HIVA 3DCRA 5P1MA 2ZHRA 3VYFA 3SPKA 4Y3ZA 2PK6A 5HU1A 3S7LA 1B5FA 5P0LA 3PSUA 3NU3A 4AZYA 4CPRA 5HD0A 3KYRA 3NYGA 3NSHA 5P3SA 2O40A 3HLOA 1GVVA 4Y5NA 1PPME 3GI6A 5P5NA 4DJUA 2O4NA 2QZWA 3JVYA 5DR0A 3SA7A 5P3WA 4WTUA 2HPFA 1FGCC 1MSMA 2Q3KA 4R8YA 2O4SA 4FM6A 3EL1A 3OU1B 3SA4A 2WECA 1T7KA 3VCMA 4EWOA 2NXDA 2HB3A 5SY3A 4OC6A 4Y37A 5P5ZA 5P6IA 3UQXA 3G6ZA 3HBOA 3NXEA 2WEAA 2P83A 1SMEA 3QBHA 3HVGA 3EL5A 3ZLQA 4Y58A 5P1TA 5P64A 5OYUA 1HXWA 3S54A 5AH7A 3N3IA 2NMZA 1T7JA 3BGBA 3VYDA 3GI5A 5P4YA 1SIPA 4I10A 4RGHA 5P3FA 5P6GA 1EBYA 1D4LA 4WY6A 2G1SA 5ISJA 2AZ8A 1BAIA 1RPIA 2HB2A 2AOIA 5P5RA 5P2GA 5P59A 1W5WA 1C6ZA 5P5JA 4X7IA 3BC4A 2G24A 1B5FB 5P5YA 3APPA 1GVTA 5I3WA 3L3AA 4YBFA 5IVSA 3UF3A 3PLLA 4IVTA 1GNMA 4KUPA 2ASIA 2Q11A 2CEJA 3PRSA 5P86A 2ER7E 3SABA 2QI6A 4ZPGA 4HVPA 1ODWA 5IVQA 1GVUA 3FNTA 2VJ9A 5OZKA 4TVHA 5P2ZA 3S56A 6FIVA 3HZCA 5P56A 5OZ4A 3NDXA 4JP9A 3CKTA 5AHBA 5P8JA 4B77A 5P55A 1MRWA 4FGXA 1Z1RA 5P27A 3G72A 4OC6B 1D4SA 1VIJA 3O9EA 3ZKIA 5P5VA 3VYEA 2ZYEA 1TZSA 5P4QA 5P6LA 5P45A 1FQ5A 3O9FA 2MIPA 4MC2A 2V10C 3PWMA 2PSGA 4TRYA 1BIMA 2OAHA 5P8CA 5P8NA 3LPIA 5P0TA 1G0VA 2QCIA 4YD7A 5OZ9A 3SKGA 3HD8A 4ZLSA 4UPJA 1BV9A 1NH0A 2ZJIA 5P02A 3EL9A 3CIBA 5C9FA 5HE4A 5P0YA 3NU6A 5P07A 5PEPA 3FIVA 2QMDA 1EPOE 3IAWA 1EAGA 5HE7A 4Y5KA 4LP9A 4KE1A 3INEA 2PMAA 1A94A 1A9MA 4FLGA 5P4CA 3T7QA 5P6YA 4QLHA 1SDUA 2JE4A 4OBHA 5P1JA 1FIVA 2IDWA 3KN0A 4I0ZA 1FMXA 1K1UA 4JECA 1OHRA 5P5QA 1YTGA 3PM4A 2OHQA 5P7XA 2G1NA 2XYEA 5P6DA 3PMYA 5T4SA 2IGYA 4RCFA 1OEWA 3OWNA 4K4RA 1EC1A 2QD6A 5P6SA 5P4DA 2QNPA 5P2LA 4RVJA 5OZ7A 5P3BA 3SO9A 5EZZA 5P0EA 1YTJA 1HPVA 4PHVA 5P43A 3OY4A 1HXBA 2P3DA 2NNPA 4Y3JA 2VIEA 1QBSA 3TOGA 4APRE 5P6FA 3OADA 5HDXA 5P6BA 1BDRA 3UQWA 4OBGA 3UQPA 5P13A 4YOAA 5AGZA 2HPEA 5P16A 3KMYA 1T6EX 5OZQA 2IEOA 1FQ7A 5P28A 5P4OA 5P7KA 3PWWA 4Y3DA 4YD3A 5P57A 3VF5A 2WJOA 2G26A 3O99A 5KAOA 4A4QA 5OYSA 3VFBA 1DAZC 1HVJA 5P0PA 5OZVA 3LPKA 4D89A 5P8FA 5P3AA 2R8NA 1HTEA 4GJ5A 4Z2ZA 2FDEA 5DGWA 3TOFA 4GB2A 4L1AA 3UQUA 1D4IA 5P6OA 2UPJA 4L7GA 2WF1A 3PSGA 3QVIA 1BV7A 5OZRA 4XX4A 3DUYA 2OHPA 5P26A 1NSOA 4J1HA 4Y3HA 3OTYA 5HE5A 1EPME 1QRPE 3ZOVA 3CKRA 1VIKA 4Q1YA 3SAAA 3IXJA 3LIVA 3T6IA 1MVPA 5P2QA 2H6TA 3L59A 4M8YA 3UCBA 3LZVA 1FFFC 2ZE1A 4EQJA 4Y5PA 3K5GA 5DR1A 4GJBA 3LIYA 1M43A 1W5XA 5P1GA 3INHA 1ZP8A 1IIQA 3CICA 4H3FA 4NJVA 2CEMA 5P34A 1PPLE 3OADB 5P0XA 4CP7A 5P23A 4DQBA 2B7ZA 4ZIPA 4Y35A 8HVPA 3KMXA 5P1CA 2QMPA 3B80A 5P7IA 5P4IA 5P5XA 2AODA 4K8SA 1SDTA 4J1FA 4U7VA 1A8KA 1B6JA 1EPNE 2IKUA 2QZXA 3GI0A 5P3LA 2JXRA 5P46A 4Y3MA 1GVWA 2FNTA 3S53A 1TQFA 4I0GA 1XS7D 5P4VA 1EC2A 1E81E 5P7VA 2ZHVA 1EC0A 1HHPA 1NPAA 5P5WA 5KR0A 4XKXA 5P17A 3SLZA 3BUFA 3OUAA 4H3JA 3U6AA 4L1AB 5DR8A 4DJVA 2QI0A 1HRNA 2P3BA 1YTHA 4K9HA 1B6PA 5P30A 3NR6A 1UH8A 3ZPSA 2AOFA 3DJKA 4B00A 2G21A 3OQ7A 1HSIA 2PSUA 5P6AA 4FRJA 1AJVA 5JG1A 3QRMA 4LXAA 5OYXA 5P0OA 5P6MA 2NPHA 1APVE 3LZYA 4Y4UA 5P8MA 5P1UA 2AZBA 4Y56A 5SY2A 2BPZA 4TRWA 2VA6A 4Q1WA 4EJKA 3BVAA 2WL0A 4Y43A 2ZDZA 4Y38A 5P0IA 2AVQA 2B8VA 4RRNA 4Y51A 5OYVA 5P2SA 3QN8A 2QI4A 3VSXA 3ZKMA 1E5OE 5AH9A 3PEPA 3ZKQA 1MTBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PRO A;  4EJD A;  3OU3 A;  3L38 A;  4OBZ B;  5P3V A;  3I6O A;  1HBV A;  2I0D A;  1GKT A;  5P74 A;  3ZL7 A;  3R0W A;  3TPL A;  5P1L A;  3SM1 A;  3O9C A;  2V13 A;  5P12 A;  5P61 A;  5P00 A;  5B18 A;  3Q3T A;  5DGU A;  4Y4A A;  3OAG A;  1YM2 A;  4J1K A;  3OUC A;  4BEK A;  4DUS A;  1K2C A;  4Y6M A;  1DIF A;  1CMS A;  4Y53 A;  5P1W A;  5OZ3 A;  1IZE A;  3PHV A;  3T11 A;  3R2F A;  2RSP A;  5P69 A;  1Z1H A;  1YX9 A;  3PBD A;  5P8O A;  4Q1N A;  5OZY A;  2WF3 A;  4Z50 A;  3OQF A;  4PPH A;  2P4J A;  2VS2 A;  4U7Q A;  2NMY A;  2BPV A;  4GJ6 A;  1HSG A;  5P14 A;  1KJ4 A;  3L58 A;  3DM6 A;  5OZ2 A;  3VFA A;  4DQG A;  2WKZ A;  2ZHU A;  1PSA A;  2UY0 A;  3RTN A;  2ER0 E;  2I0A A;  3NWX A;  4EYR A;  4RCD A;  5OZT A;  3B7V A;  2I4X A;  4QJ6 A;  5P8G A;  5E5K A;  3ZKX A;  2BQV A;  3K5F A;  5P1S A;  2ZJN A;  3K4V C;  1A30 A;  5P8B A;  1AZ5 A;  5P8H A;  4Y3N A;  3FV3 A;  4B72 A;  1MET A;  3OU4 B;  4Y3P A;  3SFC A;  5P7Z A;  5P5C A;  5P1Y A;  5P68 A;  4MC1 A;  1KJG A;  2WEZ A;  5P78 A;  3UQR A;  5P0J A;  1NPW A;  3BVB A;  2REN A;  4OD9 A;  3LZU A;  1BDL A;  5P4T A;  1EBW A;  5P3T A;  1HOS A;  2I1A A;  5P87 A;  2BBB A;  2P3C A;  1AAQ A;  3QP0 A;  3GGX A;  5HU0 A;  5COK A;  3H0B A;  4LXM A;  4OBK A;  1CZI E;  5P1Q A;  3MXE A;  5OZ8 A;  3OUB A;  4RVI A;  4OBD A;  4CMS A;  3UDN A;  2G22 A;  3OAG B;  5JOD A;  5P65 A;  5P66 A;  5JFP A;  4A6B A;  5P73 A;  4GJ8 A;  4F76 A;  2NR6 A;  2Q5K A;  1ZBG A;  1HVK A;  3URJ A;  2AVO A;  1G2K A;  3TTP A;  1HWR A;  1D4J A;  4Y39 A;  1UH9 A;  4JPE A;  4AA9 A;  5P3M A;  3UDH A;  4BFD A;  5HDV A;  2XFJ A;  3NU5 A;  4FRS A;  3GI4 A;  3LIN A;  3PBZ A;  5P1O A;  3GGA A;  4I0D A;  1SGZ A;  4FE6 A;  4LHH A;  5P4N A;  4CPQ A;  4I12 A;  1K1T A;  3UDM A;  5P5M A;  5P18 A;  5OZI A;  3UTL A;  4GJ9 A;  3INF A;  2I4W A;  3IN3 A;  1PPK E;  3WB4 A;  4Y5E A;  1RV7 A;  5P39 A;  2QHC A;  3UHL A;  4B0Q A;  1T6G A;  2R5P A;  3ZPT A;  1EPL E;  2BPW A;  3EM3 A;  1EED P;  4Y36 A;  2H6S A;  4I0J A;  4ER2 E;  5KR8 A;  1IDA A;  4I11 A;  5P22 A;  5P09 A;  2BKS A;  4DVF A;  3K4V A;  5P7P A;  4OD9 B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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