1HXBA

Hiv-1 proteinase complexed with ro 31-8959
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Novel binding mode of highly potent HIV-proteinase inhibitors incorporating the (R)-hydroxyethylamine isostere.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (clone 12)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hxbA00
1T7IA 3NSHA 5HTZA 4L7HA 3EMYA 3GW5A 3JW2A 2OF0A 3PJ6A 4WTUA 3PWRA 4HEGA 4Y4EA 5P44A 2I1AA 2VIZA 3G6ZA 2OHPA 5DR3A 2AVQA 1LYBA 5I3YA 2XFJA 3T11A 1NH0A 3RU1A 5JFUA 4Y3SA 3K5CA 5P3QA 5C9BA 5P8NA 3EKWA 4F76A 3EKYA 5P6PA 3EBZA 4XXSA 4QJ9A 3OAGB 2PK6A 4QJ6A 5OYQA 4YD6A 3INFA 6FIVA 4ACXA 1BVGA 5KR1A 5P7WA 4EJDA 5P1KA 3K1WA 5P4ZA 4RRNA 5P3LA 1FGCC 2VJ6A 5CLMA 4U8WA 2WEBA 5KOSA 2BKSA 1K6PA 1HVHA 3D20A 5P0UA 3URIA 1EBZA 5HCTA 1GNNA 3SO9A 1HVJA 5P35A 3VEUA 3MSJA 3N4LA 2O4NA 1QBUA 1K2CA 2P3BA 3IAWA 2PMAA 5AH8A 5P3OA 4ZLSA 4J1KA 2JJIA 5P0MA 4LXAA 3RSVA 5OZEA 3KYRA 1FKNA 4J55A 4I0JA 1EC2A 2VA6A 4I0FA 3PCWA 4LAPA 5P55A 4EWOA 2F8GA 4L1AB 5P1PA 1IIQA 3L5EA 4Q1XA 5P5PA 2F81A 2R5QA 1YTGA 2QK5A 2PQZA 1ME6A 3F9QA 3OXXA 5P2XA 5DQCA 3O9GA 4DUSA 2IGXA 5P2UA 2QD7A 3WSJA 1XDHA 3PLDA 4K4PA 3VLBA 3OTSA 3ST5A 2HAHA 2O4PA 5P0QA 5P6AA 5P78A 1E82E 2WECA 2AZ9A 2RKFA 2OHKA 4IVSA 5P60A 4F75A 5C9DA 3L5BA 4Y44A 1GKTA 1SBGA 3EM3A 3O9LA 2UY0A 3LINA 1APVE 5OYWA 5AHBA 2ZYEA 1META 3EXOA 5OYVA 1LYBB 2XYEA 3CKTA 4ER1E 1D4KA 1HWRA 2QI5A 2ZDZA 5OYYA 2Q3KA 2ZHVA 5OZ1A 4JP9A 3KMXA 3BC4A 5P51A 3VFAA 1PSNA 3DJKA 5P00A 4LL3A 1YTHA 1EPPE 3HLOA 3SA6A 5P6TA 2HS1A 5P5TA 1AXAA 1EBKC 5P3KA 3M9FA 5P37A 5CONA 2BB9A 6APRE 1HPOA 2P3BB 5HE4A 3APPA 2IQGA 4MC6A 5P7DA 1HPSA 2FNSA 5DQ5A 1JLDA 2V12C 5P1DA 2ER9E 1TW7A 5P04A 5KQFA 1ZP8A 2RENA 5E5KA 1BWAA 1KJ7A 5P6ZA 3L5DA 4GYEA 2IDWA 3CYWA 1SP5A 5P71A 3OQDA 1EC1A 2I4VA 4HE9A 5P7GA 1T7JA 3R0YA 5P1CA 4RZ1A 5P41A 3SKGA 5P4OA 5OYXA 2BPYA 4Y4GA 4J0ZA 5FIVA 5P1HA 3L59A 5P05A 3CICA 4R8YA 1Q9PA 5P5OA 3D3TA 3LZUA 3UQPA 2PWCA 2R43A 5P0VA 3T7PA 2F80A 4PHVA 5P2AA 2ZJIA 2FXEA 3VFBA 5EZXA 1QRPE 5F00A 4Y3NA 2PWRA 1XE5A 5P2EA 5P0OA 4Y3AA 4Y45A 5P5VA 1LF3A 2QZLA 3O9BA 2A4FA 1ZLFA 5P4SA 3SM1A 2V11C 3OUBA 3GGVA 5OZOA 5P27A 1ZBGA 3TKWA 3O9LB 2NXLA 3RTMA 3HAWA 3BUHA 4ZPEA 4GJBA 2FS4A 2NMZA 1E80E 2HPEA 3DUYA 4TRWA 3ZKSA 1FLHA 3KDBA 4APRE 3I8WA 5OZVA 3VF5A 1SIPA 1AVFA 4NJSA 3PVKA 5IVQA 3BVBA 4DQGA 5P28A 4J1EA 2G26A 5OZ2A 2PK5A 3QN8A 2G1YA 5P4VA 1SDTA 3UQXA 5P3AA 4DH6A 2MIPA 4CKUA 4B78A 4H1EA 5P5FA 5P24A 3MSLA 3UDQA 5P3TA 4EQ0A 3O99A 1PSOE 4I10A 4HDPA 1FQXA 1ENTE 5P3GA 4FM7A 3K5DA 4Y9WA 4F73A 5P0DA 2QCIA 1BVEA 5OZBA 3WB4A 3O9HA 1ODYA 5P12A 4ER4E 1XS7D 4Y58A 5P5ZA 4Y3LA 1D4HA 5P74A 3SA5A 3BXRA 1W6IA 4Y35A 2ER0E 4Y3PA 1W5XA 2FNTA 3ZOVA 4K8SA 5P63A 2QMFA 1KJHA 3K5FA 5P1WA 5P01A 1YT9A 2AIDA 1B6JA 5KAOA 3PEPA 4Y3TA 3NR6A 1FMBA 2QNQA 1TSUA 1EBYA 5KQYA 3SLZA 2FGVA 4B05A 4Y37A 4LXMA 3QBFA 2VA5A 4Z2ZA 5IVRA 3OTYA 1HIIA 2AZBA 4FIVA 3ZKMA 3QVCA 3RVIA 3TH9A 5P52A 3UDMA 5P8LA 6UPJA 2CEJA 2OHSA 3KT5A 5P0XA 5HVPA 5P7XA 1NPWA 5OZMA 5OYZA 5P80A 5P4MA 1HVRA 3FSMA 4TRZA 5P43A 1MSMA 2H6SA 1WBMA 3VV7A 5P4WA 5P40A 5P10A 1HXBA 3GI5A 3VG1A 3DM6A 1LV1A 1UH9A 4DV9A 5E5JA 5OZ3A 2AOCA 2B8VA 3PGIA 4Y4DA 2I0DA 1YX9A 1BDLA 4KUPA 1HOSA 1D4LA 3HDKA 5P8DA 5P79A 1XE6A 4RYGA 4FRKA 4ZSMA 3LZVA 4APEA 2I0AA 3OXCA 4L6BA 2QZKA 5P4KA 3RTNA 5KR8A 5SY2A 5KQXA 5P4DA 4B72A 5P4LA 5P0ZA 2VS2A 1DW6C 3SACA 5P7VA 1MTBA 5P0NA 3BUFA 3LHGA 4WY1A 3S85A 3BGBA 5P5WA 5ENKA 2Z4OA 2QNNA 5P0RA 1DPJA 4JECA 2V10C 4Y41A 1QBRA 5P16A 4R92A 5P6LA 3ZKQA 3PBZA 3DCKA 4DJRA 4RYCA 4YOAA 4B1CA 2QI1A 4BEKA 2VJ7A 4DQFA 4OBHA 4DJOA 2ZHRA 3EL4A 5P83A 4RGHA 5HDXA 3UDJA 5P34A 3PMUA 5P73A 4CMSA 3PLLA 4NJUA 5P5UA 4B77A 4EP3A 2AZCA 4H3IA 5AH7A 3OU4A 1M4HA 2JE4A 3O9DA 5ER2E 3O9FA 5P1QA 2FDPA 2AVMA 3NDUA 3Q6YA 2IENA 2R8NA 5P3XA 1A9MA 3OGQA 4R91A 4U7QA 4Y48A 5P8UA 2F3EA 5P5BA 2NNPA 5DQ1A 5P45A 2Q15A 5P4EA 5P31A 5P4QA 5BWYA 4E43A 2ER7E 3C9XA 4ER2E 3OUAA 3GGXA 1HEGE 5IVSA 5F01A 1W5YA 5P8GA 2G22A 5P17A 5P0HA 4Y3YA 5OZTA 3T7XA 5OZPA 1K6CA 5P6DA 1A30A 5P8QA 5P3JA 4J1FA 3S2OA 5P1EA 3QBHA 3GGUA 2RSPA 4EXGA 4H3JA 4DQCA 5OYUA 3VV6A 4Y3FA 1ODXA 5DGUA 4GMIA 3PHVA 3S8IA 3RSXA 4CPRA 2AOHA 5P4AA 2OAHA 4FM8A 4YCKA 4KB9A 2Q64A 5P2RA 1EC3A 3OXWA 2QD6A 5P1VA 3BVAA 3INEA 5OZ4A 3EM6A 3PWMA 4Y4ZA 5P11A 5P3SA 3UQUA 3KN0A 4LHHA 5P3ZA 4ZPFA 5OZ0A 2WF0A 1BBSA 4AA8A 3L58A 3QP0A 2BQVA 1FEJC 4QJ8A 5P2CA 2HB3A 5P6IA 3PBDA 1C70A 3VYDA 8HVPA 4OBJA 1GNOA 5HCOA 1QS8A 5P56A 3INHA 5P0IA 3KFRA 4J0YA 2NPHA 3OQAA 5P5XA 4DJXA 4S1GA 4D89A 1EAGA 2XYFA 5P1XA 2QHCA 1DMPA 5P5HA 3S56A 2WF1A 3ZMGA 5P3VA 2HC0A 2VNMA 2B42A 4Y5PA 2R3WA 5P7CA 4I11A 3OU4B 3TOGA 5P6BA 5P2DA 1PPME 5AH9A 1HEFE 3KF0A 4DPIA 4OBKA 1WBKA 3UFLA 1IVPA 4FSLA 5P8SA 2R3TA 1TCWA 1VIKA 3PSYA 4YCTA 3UDYA 3O9CA 3SFCA 5P4YA 2R5PA 5P06A 2ZJJA 5P7EA 2B60A 3BUGA 5P3UA 1IBQA 5P42A 1F34A 4NJTA 4XKXA 5P0WA 4K9HA 3KM4A 5P23A 1YG9A 4DPFA 5ISJA 1LF2A 1FQ8A 4CPUA 5P81A 1YM4A 3OQFA 3UHLA 3BHEA 2F3FA 3UDKA 1ZPAA 1SH9A 4Y3JA 3WZ8A 3HW1A 3OQKA 5JODA 5P0EA 4CPTA 7UPJA 5IS4A 2I4DA 3JVWA 2OHUA 4X2LA 1SDVA 3IN4A 3KFNA 2UXZA 5P2FA 5COOA 4YD4A 3FNTA 4QJ2A 4DJYA 2AVVA 5P0PA 3I25A 5P4GA 1OHRA 5HU1A 3CYXA 5P5LA 2CEMA 5P30A 3TPLA 5P1MA 3VLAA 1FIVA 2G94A 5P3CA 2WF2A 4I12A 4GJCA 1C6ZA 3S7LA 5P62A 3FX5A 3MXDA 4DVFA 3VYEA 4EJ8A 4FRIA 2FGUA 3ZKXA 4Y5AA 5P19A 3NDWA 1PPLE 5P67A 5OZXA 3A2OA 1LYAA 4OBDA 1T6EX 2O4KA 4DJVA 2VIYA 3QAAA 3B80A 3NYGA 2G27A 4R95A 3TLHA 3ZLQA 2B7ZA 2VIJA 4ZSPA 4PZXA 5BRYA 1SGZA 4ZEAA 4Y56A 5P69A 1MRWA 2WHHA 4Y5KA 3OOTA 4YOBA 3OQ7A 1DP5A 3IVHA 3SA7A 3SPKA 2RMPA 3FIVA 5P4JA 3PSUA 5P0GA 2WL0A 5P7SA 3K5GA 5OZ8A 5P65A 4Y5CA 5ENMA 1FF0C 2PC0A 3LZYA 5P8MA 4TVGA 2G20A 1HSIA 3OUCA 5P1JA 5P72A 5OZZA 4ZSQA 4YA8A 1MSNA 4ACUA 2AOGA 3AUPA 3HD8A 4YD3A 1A8KA 4D88A 3LIVA 5HE7A 4HA5A 4Y53A 5P1YA 5P8PA 4EYRA 1HVSA 2AODA 3MXEA 3O9IA 5P0AA 3PB5A 2IS0A 3OOZA 4TVHA 2I4QA 5DQ4A 5OZDA 5P48A 3NU9A 1G35A 1FQ4A 4RVJA 3PI0A 5P2LA 3NWXA 2FDDA 2NTRA 4QLHA 2BPVA 2FIVA 5P18A 1MEUA 2Z54A 5P5DA 3ZL7A 5P8OA 2AZ8A 1UH8A 4L7JA 5P6KA 3SA3A 2FMBA 5P3MA 3UDHA 5OZ6A 3NLSA 1FQ7A 4FSEA 1YTIA 4YHQA 5P6QA 5P2NA 4QGIA 3Q3TA 1FG6C 3QPJA 4GJ9A 4Y51A 5P8AA 5P7HA 2ZGAA 3NUOA 5SXNA 1IZIA 2G69A 1DAZC 1BXQA 2WEZA 1KJ4A 5P6FA 5TOLA 2WEDA 1M43A 5ER1E 5OZNA 5P6MA 3QVIA 1HBVA 4RROA 1HTGA 5P6WA 1AJVA 4Q1NA 4K4RA 5P07A 2QNPA 2QAKA 5I3WA 1LYAB 5P2SA 4MC1A 5P7BA 5I3XA 3HVGA 2QP8A 3HAUA 2QI0A 1HSHA 1LF4A 4R5NA 4RVIA 2PSGA 2NNKA 1ZSRA 5P5GA 5SZ9A 4QJ7A 5P6GA 3NU3A 3VCMA 4R93A 3I7EA 4Y3EA 5P0JA 1N49A 4QJAA 3LITA 4RRSA 3WB5A 5HD0A 3VUCA 4NPUA 5P3NA 1G6LA 2A1EA 1MT9A 4Y3DA 4J1CA 4DQBA 2HB2A 2VA7A 3PM4A 3MWSA 4B1DA 5BS4A 3UCBA 3LPIA 4GJDA 5P54A 5ISKA 4JPEA 5P1BA 3NUJA 2IGYA 3L3AA 3QRVA 4GZFA 5P4UA 5HE5A 2NXDA 4GJ7A 1APTE 3U7SA 3SA4A 1SIVA 5OYTA 4YD5A 2IEOA 1C6YA 1IZDA 3QIHA 2HPFA 2QU3A 2QI7A 2HS2A 3KDDA 1XL5A 3VF3A 1SGUA 5P5YA 1GVVA 3TL9A 5P8TA 1KZKA 5P49A 2AQUA 3OU3A 1EC0A 1KJFA 3SKFA 5P2MA 5OZFA 2ZJMA 1EBWA 5P88A 2V00A 5IE1A 1ZAPA 3OGPA 3I6OA 4Y39A 4Y4WA 1MPPA 5P8VA 3S43A 3TPPA 2QU2A 1FQ5A 5P8FA 1FG8C 1NPVA 2AVOA 3DV1A 3S45A 1G2KA 1FMXA 4OBZA 3DV5A 3H0BA 3OU1A 1J71A 3TOHA 3O9AA 5P57A 4BELA 5P5SA 3FNSA 2AOIA 5DPZA 2HIZA 3ZPSA 7HVPA 5P0YA 4ZIPA 1IZHA 2RKGA 2QZXA 3MSKA 1K2BA 4FAFA 5P7RA 3NU4A 4F74A 3S53A 2VJ9A 4MC2A 4YE3A 3G72A 2WKZA 4BFDA 5P1SA 2BPZA 1D4YA 4Y3ZA 3R2FA 4OBGA 3ZPUA 3IXOA 1MESA 2ZJNA 4Y6MA 4Y4XA 2IKOA 2PH6A 1B5FA 5P26A 1HTFA 3GI4A 5P7YA 1GNMA 5OYRA 5P4CA 5P4FA 4N00A 2XFKA 2P8HA 5P47A 1HVKA 1Z1HA 1IZEA 4D83A 4H3GA 4Y4BA 1NSOA 3CMSA 3EKVA 1OEWA 4XX3A 1K1UA 4B0QA 3ER5E 5DR0A 1LS5A 4EJLA 5OZIA 4GJAA 4I8WA 2Q11A 2G1OA 2Q5KA 3FKTA 4LBTA 3HBOA 5P0FA 1AZ5A 2QD8A 5P1RA 4I0EA 3UDPA 5P5RA 1SMEA 1TCXA 3VYFA 3U71A 4OBFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T7I A;  3NSH A;  5HTZ A;  4L7H A;  3EMY A;  3GW5 A;  3JW2 A;  2OF0 A;  3PJ6 A;  4WTU A;  3PWR A;  4HEG A;  4Y4E A;  5P44 A;  2I1A A;  2VIZ A;  3G6Z A;  2OHP A;  5DR3 A;  2AVQ A;  1LYB A;  5I3Y A;  2XFJ A;  3T11 A;  1NH0 A;  3RU1 A;  5JFU A;  4Y3S A;  3K5C A;  5P3Q A;  5C9B A;  5P8N A;  3EKW A;  4F76 A;  3EKY A;  5P6P A;  3EBZ A;  4XXS A;  4QJ9 A;  3OAG B;  2PK6 A;  4QJ6 A;  5OYQ A;  4YD6 A;  3INF A;  6FIV A;  4ACX A;  1BVG A;  5KR1 A;  5P7W A;  4EJD A;  5P1K A;  3K1W A;  5P4Z A;  4RRN A;  5P3L A;  1FGC C;  2VJ6 A;  5CLM A;  4U8W A;  2WEB A;  5KOS A;  2BKS A;  1K6P A;  1HVH A;  3D20 A;  5P0U A;  3URI A;  1EBZ A;  5HCT A;  1GNN A;  3SO9 A;  1HVJ A;  5P35 A;  3VEU A;  3MSJ A;  3N4L A;  2O4N A;  1QBU A;  1K2C A;  2P3B A;  3IAW A;  2PMA A;  5AH8 A;  5P3O A;  4ZLS A;  4J1K A;  2JJI A;  5P0M A;  4LXA A;  3RSV A;  5OZE A;  3KYR A;  1FKN A;  4J55 A;  4I0J A;  1EC2 A;  2VA6 A;  4I0F A;  3PCW A;  4LAP A;  5P55 A;  4EWO A;  2F8G A;  4L1A B;  5P1P A;  1IIQ A;  3L5E A;  4Q1X A;  5P5P A;  2F81 A;  2R5Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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