1IVQA

The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ivqA00
4Y3WA 2XFJA 3TTPA 5OZAA 5P6OA 4B78A 5P68A 5P71A 3NU5A 5P46A 1YT9A 3O9FA 3PEPA 5KR8A 3ZKNA 2ZHVA 1XE5A 4K4RA 3HD8A 4FSEA 3KFNA 1PPME 1W6IA 2G94A 3PBDA 4H3GA 1BWAA 5P7HA 5P19A 3VF5A 2HC0A 3APPA 2AODA 4DQBA 5P0UA 5P8LA 2I4XA 3OGQA 5P3LA 3U6AA 4Y6MA 1UH8A 5ER1E 2F80A 3T7PA 5P5MA 1A8GA 5P6XA 1GVTA 5P4BA 5P3SA 5P5OA 3FV3A 3QIHA 2AZ9A 3TNEA 5KR1A 2R43A 4L7GA 2WEZA 5P2OA 5P5QA 1B5FB 5IE1A 4QJ7A 5C9BA 2IL2A 2V0ZC 3I2LA 4Y3XA 2WEDA 1D4IA 5HDVA 5P12A 5ENMA 5P3HA 3UFLA 5IVSA 2AIDA 4Y9WA 3R0YA 1GVVA 5P81A 5P3MA 1TCXA 4EQ0A 4OBDA 4J1EA 5EZZA 3URLA 3BUFA 2V10C 4CKUA 5P7EA 5P4OA 5P5JA 5CONA 2BPWA 1KZKA 1FKNA 2AZBA 1DAZC 5P5NA 2RMPA 3PSYA 5OZ8A 4J0VA 4DJYA 2Q55A 5P4MA 3HBOA 3QBHA 1HSHA 2VKMA 3S54A 1DIFA 2O40A 4I8ZA 1BDRA 2R5PA 4S1GA 1HTRB 3VLBA 5COPA 5P8EA 3QBFA 4U7QA 4MC9A 3CICA 4QJ2A 5P0MA 5P23A 3ZKMA 2BPYA 2WEAA 1ZSFA 4CPRA 1HSIA 3I8WA 2QU2A 5P8NA 5P5BA 3TPJA 2I0AA 2I4QA 1YM4A 1ZPAA 3EMYA 3S2OA 4OBZB 5P2DA 2G69A 3NWQA 5OYQA 2QHZA 1J71A 3NXNA 5COKA 4Y4DA 4RCDA 1MSMA 5SZ9A 4LBTA 2QZKA 3OQKA 3QRSA 5P58A 5P4WA 5P3NA 4GJAA 3O9DA 2UXZA 5KAOA 3MSKA 5P6KA 2PK6A 4RRNA 2B60A 3SQFA 3MSLA 5P41A 5P6BA 3TPLA 5IVRA 2ER7E 5OZ3A 5P56A 4EJLA 3T7QA 5P7GA 2FS4A 2QU3A 3KT5A 2QI3A 3VSXA 3LINA 3TOHA 4YCYA 1AJVA 3Q70A 5P6HA 5P22A 3NLSA 4GJ6A 4I11A 3VFAA 4FAEA 2I4VA 5P1JA 3C9XA 3INHA 5DQ2A 1VIJA 4GMIA 1IVQA 2MIPA 4Y4XA 3UFNA 5J25A 2QMGA 5P4GA 1XN2A 4IVTA 2G27A 5OZNA 3AIDA 5P6RA 5OYRA 5OYYA 1NPVA 4TRWA 4RCEA 5P6MA 2XYFA 4ER2E 4GJ8A 3GW5A 5OZ2A 1K1UA 2Q64A 4BELA 3TOGA 4H1EA 4AA9A 1F7AA 1WKRA 1HPVA 1UH9A 4Y4JA 4FRJA 3NDUA 5P0NA 5P5DA 2OF0A 4Y3PA 5OZ6A 2OHUA 3INEA 5P10A 5P0DA 1PSNA 3EKWA 5P88A 3I6OA 5P3GA 4YOAA 2VJ6A 3CIBA 4Y4WA 3BGCA 4FGXA 5P7NA 5OZGA 3Q3TA 2PSVA 4OD9A 5P27A 5P70A 2JJIA 2ZJIA 5OZ1A 5P13A 3U7SA 4HA5A 2WECA 1PFZA 5KQXA 2ZGAA 3SM2A 3PI0A 2FXEA 1SDUA 3GGUA 3GI0A 1W5XA 3UF3A 1IVPA 1ME6A 5C9FA 2QI0A 1FFIC 2ZJLA 2FNTA 3KMXA 4J0YA 3R1GB 3VUCA 3BHEA 3F9QA 3I25A 5P2NA 3UQWA 2QD7A 2J9KA 3BXSA 3SA3A 4GIDA 3VEUA 1TCWA 5P38A 3SM1A 5HD0A 4OBKA 4RVXA 3EKVA 1ZPKA 3TL9A 1HTGA 3NSHA 4DH6A 4Y57A 5P4LA 2VA7A 1AJXA 5P66A 3S43A 5P57A 4Y5BA 5P6IA 1FQ8A 1SIPA 1B6MA 5P35A 3Q4BA 4EP2A 5JFUA 4Y3QA 4TVGA 2ER6E 4QJ6A 4J17A 5P82A 3DK1A 5DGUA 1W6HA 5P1EA 2G22A 5P3TA 2BBBA 2G1YA 1D4SA 2ZYEA 5P75A 2Z4OA 1HIIA 4NJVA 1BIMA 5P5YA 1MESA 4ER4E 5P29A 3ECGA 3DV1A 5P55A 1FIVA 1YTJA 4F76A 2HS1A 3UDJA 2FDPA 5P1KA 3L5FA 2O4PA 4XX4A 3K5DA 2FDEA 4QLHA 1EC0A 5P7FA 3ZPSA 5I70A 5P0BA 5P87A 2R5QA 3OU1A 2A4FA 5P6AA 4Y3YA 2V13A 3DM6A 4LL3A 5OZPA 3IXJA 5P1XA 4EJKA 5P48A 3ZL7A 1LF3A 2VIYA 5P00A 4BFDA 3HAUA 4QJAA 3TKGA 4FM7A 4H3FA 3QS1A 2ZJMA 5P1BA 3T11A 2HPEA 3B80A 5P1LA 3EC0A 5TOLA 1EC2A 3CKTA 3QRVA 5P63A 5P7LA 4Y4EA 5P24A 3D20A 3OAGA 3EKTA 2P3BA 5P0XA 2AOJA 4DPIA 1EBYA 1HVRA 5P62A 3QVIA 2QI5A 5P5GA 1SMEA 1YTGA 2QZLA 5P7MA 5P5AA 2QCIA 2HB4A 4M8YA 5DR8A 3LITA 5P0YA 2P3DA 3EM6A 3OADA 4YCTA 2WL0A 5P3WA 4R92A 4ZSPA 3WZ6A 2I4WA 4I0EA 3TH9A 3UDMA 3WB5A 3D1ZA 3D3TA 4OBJA 3A2OA 2PH8A 1G0VA 5P2LA 2CEMA 4B0QA 1FFFC 2FDDA 5P7PA 1SDVA 5P5UA 1LZQA 3LIVA 7UPJA 4A4QA 3MXEA 5P07A 1FEJC 2NPHA 4Y5EA 3PWRA 5KQFA 3NU6A 4F75A 4ZPFA 5P2CA 5P4AA 5I3WA 4DPFA 5OZDA 2QMFA 5P0KA 5P1UA 1KJFA 5P6SA 3VV6A 4LXKA 4GZFA 5P25A 1SGUA 1YTHA 3B7VA 2ZHSA 1BAIA 2HB2A 4LC7A 2WJOA 3IXOA 4J0ZA 3D91A 5P32A 3D1XA 3S53A 5P3UA 4J1KA 2JJJA 2PQZA 3LIYA 5P2HA 5P6WA 3S85A 2V12C 3LIXA 1CPIA 3OU4B 3PHVA 5E5KA 3UDQA 5HU0A 2XFKA 4Y5CA 6FIVA 3S7LA 3BUHA 3FSMA 3S56A 3VV8A 4J0PA 2QI7A 1HXBA 3PB5A 1E82E 4J1IA 1BBSA 5HE7A 4RROA 3RTNA 5ISKA 1T3RA 4B72A 5P1AA 3SA5A 4AMTA 3PWMA 5P5FA 5P5WA 1XL2A 3GGVA 5OYWA 2F3FA 3LPKA 5OYTA 1MEUA 5P01A 1FG6C 5HCTA 4I0DA 3NUJA 5P2JA 3RVIA 5P8FA 2G26A 2HAHA 2VJ9A 5P0RA 3SA7A 2VJ7A 2AOIA 2P4JA 2RENA 4R95A 1MRWA 2G1OA 4E43A 1T6GA 4A6CA 4Y5LA 3LNKA 2V16C 1PSOE 3OQFA 5P1TA 3NDXA 4OBFA 4RVJA 1WBKA 3KDBA 3JVYA 5P8HA 3NWXA 3PSUA 5P1VA 4L7JA 3N4LA 3K4VC 5P5XA 5AGZA 1KJ4A 3IN3A 1APUE 4FS4A 4EPJA 1EBKC 1HWRA 2HIZA 3PLLA 2WEBA 5OZEA 5P4QA 1TW7A 5P2WA 4HVPA 2ZDZA 4Y3ZA 5P2GA 5P79A 2VIZA 3GI5A 5OZWA 1VIKA 5P30A 1ZJ7A 2NR6A 2F8GA 4FL8A 5I3YA 2QI1A 5P8UA 3R0WA 5P0TA 5P2MA 4Y3SA 1IZHA 4YA8A 1FF0C 4Y4TA 3FIVA 5P3JA 5P43A 3EM3A 2NMYA 4Z50A 5P4DA 2Q15A 1DW6C 3BUGA 3PVKA 5AHBA 2P3AA 1JLDA 4UPJA 5PEPA 5P2SA 1IDAA 4HLAA 3UDKA 4ACXA 2PWCA 1DP5A 2ZHRA 2QNNA 4TRYA 4B1CA 2H6TA 3SAAA 4H3IA 3O9EA 4Y58A 1EBZA 1LYAA 4Y5PA 4D8CA 3NU4A 1W51A 5P7SA 2WF3A 5COOA 1Z1RA 1NPWA 1TQFA 2IRZA 3HZCA 4Y54A 1QS8A 5OZTA 3JVWA 1A30A 5P42A 2QD8A 1ODXA 4DQGA 3PSGA 1MRXA 1EPRE 3LIZA 4IVSA 4YE3A 1IDBA 4Y41A 5P1ZA 4WY6A 3SA4A 5P5EA 2P8HA 3O9IA 2Q5KA 4OD9B 2JE4A 5P49A 2PH6A 5E5JA 1PPLE 2AOGA 3KFRA 5P20A 4HE9A 1LV1A 3OK9A 3OHFA 3NYGA 2QAKA 2NXMA 3VSWA 1A8KA 2AZ8A 5P1CA 5P1SA 5P0LA 3VF7A 5P2YA 3ER3E 5DPZA 4RVIA 5P1DA 1HIHA 5P0CA 1QBUA 3O9LA 4KE0A 3SO9A 5APRE 3K1WA 4XX3A 1DMPA 2PYMA 3UDPA 3MXDA 3NR6A 5P1RA 4PHVA 5P3ZA 4FLGA 4Q1YA 3T3CA 2Q11A 3OUAA 5P6VA 1K1TA 5P04A 3VYDA 1TZSA 4FAFA 5P7IA 2IEOA 5HDUA 2IQGA 3S43B 5P4IA 4PPHA 2QI6A 3L38A 4EXGA 5P3YA 5P28A 2FMBA 3CMSA 5P16A 4YOBA 1T7KA 2ZHUA 3SA9A 3WSJA 4X7IA 1DPJA 5P5SA 5OZZA 5P0GA 4RYCA 4CPUA 1RV7A 2AVSA 1HTEA 5BS4A 1HVCA 4MC1A 4PEPA 1LYWB 4KB9A 1SGZA 2PYNA 5KQZA 4I12A 1B5FA 2VS2A 4AUCA 1BVGA 2BPVA 5P6QA 4Y5KA 5DQ1A 2ASIA 1OEWA 1PSAA 3SACA 2I0DA 5OYUA 5P7TA 4ZIPA 5P1OA 5DR1A 5P1YA 1BXOA 4RRSA 3HVPA 4HDPA 4Y3NA 3OU1B 5P0PA 1KJHA 5EZXA 1AM5A 3U71A 4L1AA 2PK5A 4DJOA 2G20A 1MPPA 4Y4UA 4J0TA 3O9CA 4FSLA 3IVHA 1K6VA 5P7CA 5P0WA 1XL5A 2O4KA 1FMUA 5P1IA 5SXNA 3TKWA 1GNNA 2ANLA 5P31A 5P4CA 5OZHA 5OZXA 2FGUA 2QK5A 4DJQA 1B6PA 2XYEA 3UQXA 3LZUA 5KOQA 1FQ6A 1MTRA 4DJUA 2VIEA 2NMZA 1AXAA 1FG8C 3UDNA 4YD3A 4Y5GA 1HVJA 4KUPA 4DQFA 5DQCA 4BFBA 1TSUA 1LYBA 3OADB 1YG9A 3L5EA 4OBGA 4EJ8A 5P8MA 3PJ6A 4HDBA 5P1QA 3OXCA 3DCRA 4Y38A 4Y43A 3GI4A 2F3KA 4OBZA 3ZKGA 2J9JA 3ZKIA 4EP3A 1B6JA 5P60A 3EM4A 4I0ZA 5P4NA 5KR0A 4GJ7A 3VG1A 2WKZA 3LPJA 5P4XA 3RSVA 4CPQA 4FIVA 3FNTA 4FRIA 3NU9A 3LZSA 4Y3RA 4Y3FA 4Y4AA 1RNEA 1FQ4A 1NSOA 5P2ZA 5P5TA 1T6EX 2P3CA 1QDMA 3KT2A 1C6YA 1HRNA 1TSQA 5P3PA 5P53A 2R3TA 3PWWA 1HXWA 5P54A 5P8CA 2AOHA 1SBGA 3ZLQA 4APEA 4APRE 5OZ5A 3QVCA 4Y3TA 3PCZA 5P7JA 1ER8E 3L5BA 5P3IA 5P11A 3PMYA 2HS2A 1K6CA 1MUIA 1EPPE 2VA5A 2AZCA 5P8VA 3HLOA 5P0EA 4N00A 1EC1A 4YHQA 4ZSMA 5P4VA 3BVAA 3ER5E 2B7ZA 5OZOA 1QBSA 1BVEA 5T4SA 4FRSA 4I0GA 5P73A 2F3EA 1YM2A 4Y36A 3UQPA 5P8BA 1IZIA 3OWNA 3GGAA 3EXOA 4Y45A 1EAGA 5P34A 5P3QA 5P64A 1BWBA 3NU3A 4Y44A 3L3AA 5P5HA 5P83A 2WF2A 3ZKSA 4B05A 4ZE6A 5P4TA 4Y4GA 1EEDP 5P65A 4DJRA 4PZXA 5P3BA 5P4ZA 2FIVA 2R38A 4CPWA 4D85A 2IS0A 3FKTA 4A6BA 1APTE 5P7RA 4J55A 3OQDA 5P5KA 2VA6A 1M0BA 2Q3KA 1UPJA 3OUDB 1OD1A 5P44A 1KJ7A 4TVHA 3K4VA 5P6EA 2NTRA 3OXVA 2R3WA 1HVHA 2AVQA 2IKOA 3EKPA 4U7VA 2HM1A 3L5DA 1D4JA 5CLMA 2G21A 4Y48A 2Z54A 4ZPGA 2QD6A 5P7KA 3S7MA 3G70A 2UPJA 5B18A 3PLDA 3CIDA 4DJVA 4Y56A 4GB2A 3QI1A 1Z8CA 3ZOVA 1IZDA 3OQ7A 3APRE 5P15A 4J5JA 5P8QA 5P1FA 1SIVA 3NDTA 5OZ9A 8HVPA 3OOTA 2CENA 5P2RA 3NXEA 1E80E 3DOXA 3RU1A 3T7XA 5P1MA 5P4FA 4EHCA 5AH7A 3PRSA 1META 2H6SA 5OZMA 1W5WA 5P05A 5JFPA 2OHRA 1RQ9A 5OZSA 5P0QA 4JPCA 2R8NA 5AH9A 5HU1A 1QBRA 5P37A 4CPTA 3EL1A 3VFBA 3KYRA 2CEJA 3OY4A 3L59A 1YTIA 4LP9A 1LYAB 4LHHA 2G1RA 5P6FA 5P0FA 3KN0A 4B00A 3NUOA 1OEXA 3EKYA 4J1HA 4JOOA 5P86A 5P78A 2RKFA 3URIA 5OZJA 5HVPA 4ZEAA 5P4JA 4B1DA 3K5GA 4CPSA 1BXQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3W A;  2XFJ A;  3TTP A;  5OZA A;  5P6O A;  4B78 A;  5P68 A;  5P71 A;  3NU5 A;  5P46 A;  1YT9 A;  3O9F A;  3PEP A;  5KR8 A;  3ZKN A;  2ZHV A;  1XE5 A;  4K4R A;  3HD8 A;  4FSE A;  3KFN A;  1PPM E;  1W6I A;  2G94 A;  3PBD A;  4H3G A;  1BWA A;  5P7H A;  5P19 A;  3VF5 A;  2HC0 A;  3APP A;  2AOD A;  4DQB A;  5P0U A;  5P8L A;  2I4X A;  3OGQ A;  5P3L A;  3U6A A;  4Y6M A;  1UH8 A;  5ER1 E;  2F80 A;  3T7P A;  5P5M A;  1A8G A;  5P6X A;  1GVT A;  5P4B A;  5P3S A;  5P5O A;  3FV3 A;  3QIH A;  2AZ9 A;  3TNE A;  5KR1 A;  2R43 A;  4L7G A;  2WEZ A;  5P2O A;  5P5Q A;  1B5F B;  5IE1 A;  4QJ7 A;  5C9B A;  2IL2 A;  2V0Z C;  3I2L A;  4Y3X A;  2WED A;  1D4I A;  5HDV A;  5P12 A;  5ENM A;  5P3H A;  3UFL A;  5IVS A;  2AID A;  4Y9W A;  3R0Y A;  1GVV A;  5P81 A;  5P3M A;  1TCX A;  4EQ0 A;  4OBD A;  4J1E A;  5EZZ A;  3URL A;  3BUF A;  2V10 C;  4CKU A;  5P7E A;  5P4O A;  5P5J A;  5CON A;  2BPW A;  1KZK A;  1FKN A;  2AZB A;  1DAZ C;  5P5N A;  2RMP A;  3PSY A;  5OZ8 A;  4J0V A;  4DJY A;  2Q55 A;  5P4M A;  3HBO A;  3QBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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