1IVQA

The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ivqA00
4YHQA 4OBGA 4GMIA 3N4LA 4L1AA 4Y9WA 2QNQA 2G22A 1LYAA 2PH8A 4LP9A 4R8YA 5P4LA 5P6SA 3IVHA 3CKRA 3T6IA 1DPJA 1MT8A 2P3DA 1APWE 3IXKA 2AZCA 4RRNA 3GI5A 5OZGA 5P8JA 3OXWA 5JG1A 4QJ8A 4DQBA 2ER0E 3LZYA 4DJWA 5F01A 5P5NA 4LL3A 1YM4A 4GJ6A 1PPKE 5P7EA 1PSAA 2ZHTA 1HSIA 5KR8A 1LF2A 2ASIA 3NSHA 5P73A 5COKA 1GVXA 2H6TA 5T4SA 2BJUA 2G1SA 5P34A 5P53A 5CLMA 5P0IA 3KM4A 5P60A 4RVJA 2ZJHA 3G6ZA 5P70A 3DM6A 5P2CA 4XXSA 2Q63A 5P52A 4J1FA 4Y5BA 3JVYA 3OU1B 5P76A 5P62A 1A8KA 3APPA 1OD1A 3R4BA 5AH9A 4RYGA 4Y3AA 4GJCA 4Y3TA 2ZJKA 4EXGA 3EKWA 2P3CA 2BBBA 4BELA 4CPQA 4Y5LA 2QHCA 5HTZA 4TRYA 4IVTA 1HPVA 3SA9A 1PFZA 4Y3XA 5P25A 2O4KA 1CMSA 2OHMA 3IGBA 5P4NA 1T6GA 4DJVA 2QZWA 4EHCA 3QVIA 3CKTA 3OQAA 1K6CA 2ANLA 4Y5CA 4CPRA 3FX5A 4I0IA 5P2TA 5P0QA 3R0YA 5OZSA 5P86A 5P3ZA 6FIVA 2V0ZC 4PPHA 3ZKGA 5AH8A 4KE0A 3S7LA 5P6PA 5P0JA 4RROA 3LIVA 5OZKA 5P1PA 1G0VA 2R3TA 1BBSA 5OZBA 2QI3A 3PLLA 5P0NA 3QN8A 5P49A 5OZLA 3OXXA 2ER7E 5DR8A 4Y6MA 4FRKA 4Y3NA 5KR0A 4Y3LA 3EKXA 1K6TA 1LYBB 1J71A 5OZMA 1C70A 5P5GA 3OOTA 2AVVA 3NU4A 4I0JA 4Y47A 3D1YA 4IVSA 3ZL7A 4RCFA 4OC6B 5P2QA 2APRA 3RTMA 3UQUA 2QZKA 5OZTA 1UH7A 5P2MA 5P7SA 1T7IA 5OYVA 1ODYA 2QI4A 3PI0A 3LIYA 3NU5A 1BWAA 4AA8A 3OADB 4YBFA 3KDCA 1SDTA 3O9GA 2CENA 1SBGA 3NWQA 4J0TA 2I4WA 5IVSA 4Y36A 4YA8A 4ZSQA 5P2HA 4RVIA 2ZHVA 4DPFA 2ZHSA 2PSVA 5P2JA 5P18A 1FMUA 1LZQA 4J1CA 3OQKA 1AAQA 4Y4ZA 3T3CA 1QBUA 2QI6A 1GVTA 4Y4EA 1UH9A 3OUDA 1T3RA 3O9LB 3LIZA 5P32A 1W5WA 5AH7A 3WZ8A 5P4SA 3GGVA 3I8WA 1BDQA 5P5RA 1M0BA 4Y37A 2QCIA 5P4UA 4FSEA 4GJAA 5OZIA 1HIIA 3BXSA 2JE4A 3R1GB 3SQFA 2VA5A 4DPIA 2J9KA 3DUYA 4Y56A 5FIVA 3OUCA 2AIDA 1MUIA 3L38A 2AZ9A 2IL2A 3O9DA 4Y4WA 5P8RA 4Y39A 3DV5A 1HXBA 2G1NA 5P1ZA 4Y3ZA 3ZKMA 5P1BA 1VIJA 4N00A 2PC0A 2F3EA 3EKVA 2Z54A 1SIVA 1IDAA 1BXOA 4Y3DA 3PCZA 3SFCA 4D8CA 5P1NA 1E82E 4APRE 3O9FA 2AZBA 5P4VA 4HZTA 3FV3A 4CMSA 1FGCC 4A6CA 4Y51A 5P58A 2IQGA 2QU2A 3HAWA 4HVPA 5P6IA 2B42A 3CMSA 3VF3A 5P8MA 4YD3A 1FEJC 5P3LA 4YDFA 3S8IA 3EL1A 3OXVA 1YM2A 5P66A 2VS2A 2JXRA 4NJVA 4DVFA 3B80A 2FGUA 2QMPA 5P1AA 4ER2E 3SA6A 3L3AA 3NUJA 3O9AA 4GJDA 5P5LA 5DPZA 2RSPA 5P55A 4HDBA 1B6PA 5E5KA 5P57A 4CP7A 2IKUA 3SM1A 3SM2A 5P3BA 2G20A 2OHPA 4Y4JA 3WZ7A 4E43A 3U7SA 4OBFA 4MC9A 3QS1A 4Y3PA 5P7DA 3O9HA 5KQZA 1ENTE 4JPEA 5P4AA 5P5AA 2BPVA 1W5XA 5HE7A 1AXAA 5P85A 5P79A 3OAGA 5P7IA 5OZ2A 1FQ7A 4ZSMA 5P2KA 5P83A 1B5FB 4J1EA 4L6BA 1XE6A 2XYFA 3RTNA 1YX9A 5P30A 4QJAA 3K5CA 3NU9A 1ZPAA 2VA6A 5P5KA 3D1XA 4FM8A 2G21A 1E81E 1XL2A 2HS2A 3EL5A 5P3UA 1MVPA 1NH0A 5OZ9A 5JFUA 4Y3WA 3EM3A 5P8TA 4B00A 1MERA 1SMRA 5P54A 4D89A 3BHEA 2HB4A 4EP3A 1HVCA 3UFLA 1IZIA 3UQRA 2AODA 4Y3JA 1HEGE 1HSHA 1EPOE 1C6XA 5P8GA 5P4QA 4HEGA 5APRE 5P4RA 3Q3TA 2QI7A 5P3AA 1TSUA 5P61A 4EYRA 1T7KA 1CZIE 5P5TA 4Y3EA 4GJ7A 3QVCA 2BPXA 5P8SA 1B6KA 5P7XA 1FLHA 1IBQA 3PBZA 2QMGA 5JODA 5P1TA 3WB4A 1TQFA 3NYGA 3NR6A 3KYRA 4I0DA 2XFKA 4LXKA 2A4FA 3UF3A 1AVFA 3T7XA 3EKPA 5P0TA 5HDVA 2VIEA 5P2EA 5P0DA 4FE6A 1HIVA 1KJ7A 5P0KA 5P0WA 3Q6YA 3S2OA 5P15A 3PSGA 3LZSA 4X2LA 1FG6C 3L58A 1MSNA 4S1GA 4Y44A 3UDQA 1K6VA 1F34A 3LPJA 3LNKA 5P1IA 3BVAA 5P06A 3TLHA 2NXDA 1FIVA 5ER1E 5P37A 5DQ2A 4RZ1A 1K1TA 1G35A 1GNOA 1TW7A 1EPQE 2AOCA 4GIDA 5P26A 5P04A 1Z1HA 5CONA 1HXWA 3HW1A 5DGWA 5P1OA 5OZVA 2VNMA 1GKTA 3HBOA 5I3WA 2B7ZA 1DAZC 1FQ8A 1BILA 3KF0A 3UPJA 3EXOA 5P7VA 5P8DA 3INDA 2PSUA 1OEWA 2PWCA 4F75A 4QLHA 5P2RA 3UDJA 3O9EA 1HTRB 3I2LA 2R3WA 5KOQA 5P4OA 4PZXA 4KE1A 1DMPA 2FMBA 3EKYA 5P0SA 4Y43A 4RLDA 3PMYA 5P50A 3FSMA 2QNPA 3S7MA 3EM6A 5P7GA 5P2OA 5P8OA 2WEAA 4I0ZA 5SY3A 3GI0A 1TSQA 3RTHA 5P2LA 5OYQA 4ZEAA 1HWRA 5OZRA 4GJ8A 1K2CA 4BEKA 4CPXA 5P5SA 1ER8E 1HVHA 5DQCA 5ER2E 1RQ9A 2IDWA 3S56A 5UPJA 3VYEA 3TNEA 1NPWA 5OZDA 3RSVA 4Y38A 2FS4A 5OYUA 5P64A 1M4HA 4OD9A 4XX4A 5HE4A 2B60A 1GVWA 1JLDA 4R95A 1EC0A 4Y4XA 1Z1RA 3TPPA 2OHNA 1FG8C 5P0AA 4J5JA 3JW2A 1IZHA 4DJUA 4DQEA 5KR1A 1ODXA 2QP8A 1YTGA 5P38A 3CYWA 2ZJNA 5P1EA 5I3XA 1D4IA 4R91A 5P8UA 4Y4BA 5ISJA 2VIYA 5P0ZA 5P2UA 1D4SA 3TKWA 1EC1A 1FF0C 2OHTA 3EKQA 2PYNA 2ZDZA 2ZGAA 4NJUA 2QI0A 3HLOA 4Z50A 4BFDA 4Q5MA 4CPTA 1LEEA 4J1HA 2PK6A 1M43A 4Q1YA 5P4BA 4Y48A 5P6KA 1ZTZA 5P3YA 1DIFA 2NMYA 9HVPA 5P0HA 2AOGA 2F81A 5P2FA 2WL0A 2AZ8A 2P3AA 3INEA 3PBDA 3WSJA 3HAUA 5P6TA 2VJ7A 3OU1A 4Y53A 5P5MA 3OU3A 5P4KA 2QHYA 3PWWA 5OZUA 5P23A 1D4JA 4AA9A 3VSWA 1YT9A 5P4IA 2AVMA 5P4GA 5DGUA 4ZSPA 2NNKA 1SDUA 3URLA 4FRSA 1BAIA 4DQGA 4XX3A 2Q64A 3RSXA 1BVGA 5P6QA 3UDPA 5P8IA 2P3BA 3GI6A 4Y54A 4RYCA 5P75A 3BUGA 5C9DA 3EKTA 3UDMA 3OHFA 3T7PA 5P0XA 1LS5A 3D91A 5P1RA 5P3HA 5P6UA 4MC6A 1W50A 1YTJA 1TZSA 1ZSFA 3D3TA 4LC7A 4YD5A 4B1CA 1A30A 5P6HA 3MSJA 4M8XA 4KB9A 3KA2A 5HCOA 1RPIA 4YD6A 4QJ7A 3UHLA 3LZUA 4Y5GA 4L7GA 3S43B 5KQFA 3SKFA 2I4UA 3ZOVA 4B1DA 3K1WA 1XS7D 3OTSA 3R0WA 4FLGA 3K5DA 4F73A 4Y41A 1LYBA 2AOEA 5P59A 1BDLA 3EL0A 3O9BA 4PZWA 1EBZA 5P29A 4DJQA 3BC4A 4Y4GA 4OC6A 2G94A 4GB2A 4L7HA 5P0FA 5P6YA 5IVRA 5EZXA 2Q3KA 3FNTA 1IIQA 5OZHA 5P78A 5P5CA 4Y5EA 2P8HA 5P3EA 2FIVA 4U7VA 4B1EA 1UPJA 3OADA 2WECA 2Q54A 4J1IA 5P3RA 5P5EA 3L59A 1WBKA 4Y5KA 5P7WA 4Y3SA 1T7JA 5P1GA 5ENMA 5P77A 5P6RA 3K4VC 2WF2A 2HC0A 2UPJA 3ZKQA 5P71A 3ZPUA 5P5JA 3U6AA 5P16A 3UQXA 5P6JA 2ZJIA 3O9LA 4I11A 5P6WA 1EPRE 4RRSA 1APTE 5P2BA 2Z4OA 3T7QA 4FM6A 2R43A 2V10C 4J17A 1QRPE 1PROA 2CEJA 5P5QA 1PPLE 2UXZA 5DR3A 5P89A 4B70A 1MT7A 5P88A 5P5WA 3IN3A 4FAEA 3HVPA 5P74A 4PEPA 2FXDA 3PM4A 5P1HA 3O9CA 1KJ4A 5P1MA 5P01A 5P7JA 1HBVA 2HS1A 4Y3MA 5DR1A 4TVHA 5P2ZA 5P4MA 2IRZA 3PWMA 4EJKA 3PLDA 2P83A 4ER1E 2ZYEA 5P48A 3S85A 4JECA 5DR7A 3IA9A 3PWRA 3OY4A 5HDXA 2PH6A 1XL5A 4I10A 4Z22A 5P6OA 4OBHA 4Y35A 1OHRA 4FAFA 1MRXA 2IEOA 3Q70A 3SLZA 5P41A 4YCYA 5P3OA 4B77A 3CIDA 3VF5A 3KFPA 3LZVA 3TL9A 4DQCA 1FMBA 4EQ0A 1WKRA 5P5VA 2AQUA 1HPSA 5BRYA 4DJOA 3O9IA 3L5EA 4H3FA 1HHPA 5P6AA 1ZPKA 3VCMA 1B6MA 3VV8A 5OZ1A 1EPLE 5KOSA 4JOOA 2EWYA 2VIZA 2BPYA 3DOXA 5P7BA 4Z4XA 5P8HA 1HVIA 1WBMA 4OBDA 5OYRA 2FNSA 5P39A 5P1WA 2NXMA 2QI1A 2V11C 4ZSRA 5P46A 2PSGA 5COOA 3S53A 3VUCA 4PYVA 4J54A 1IVQA 2FNTA 4B0QA 3LINA 1ZBGA 5OYZA 2VA7A 3ZPSA 3GI4A 1TCWA 5IS4A 3EL4A 4I12A 3CIBA 5P0GA 4I0FA 1B6LA 4LXAA 3LPIA 5P0EA 1HVLA 3LIQA 4LXMA 2G1YA 1HVRA 3BGCA 4EWOA 2QU3A 4LBTA 1CPIA 3A2OA 3NDTA 3NXEA 3ZMGA 1B5FA 1LYWB 5P4XA 1W51A 3QRMA 4PHVA 4JPCA 5OZPA 5P07A 4RGHA 4A4QA 2XFJA 5P24A 1FB7A 3BUFA 3ZKSA 4EXHA 4F76A 5HU0A 3MXDA 2QI5A 1W6HA 2AOIA 1BIMA 4YE3A 1DW6C 4NJTA 3ER3E 5P6VA 2WF0A 3FNUA 3KMYA 1ODWA 3JVWA 3U71A 4TVGA 4Y4DA 4HLAA 4OBKA 2OHLA 2OHUA 4Q1WA 1META 5SY2A 5C9FA 3SABA 5P2YA 2Q5KA 4DJRA 4Y4AA 1W6IA 2I4QA 1G6LA 5EZZA 3EC0A 1FQ6A 2HPFA 4RCEA 2JYSA 2IGXA 2O4NA 2QNNA 4Q1NA 5P7HA 3VV6A 5B18A 5P20A 3QIHA 3M9FA 3IN4A 5P1YA 3BGBA 4I1CA 5KQXA 5P8PA 3NDUA 2QMDA 4GZFA 3URJA 1PSOE 5P6NA 3NLSA 1AJXA 1SGUA 1EEDP 5P2IA 5JFPA 2JJIA 5P3NA 3T11A 2V13A 5P2XA 4H3GA 4EPJA 4Q1XA 4K4RA 5P2DA 4K9HA 4Y5MA 3R2FA 2G26A 4DH6A 1KZKA 3TKGA 5P8KA 4J55A 1A8GA 1XN3A 3SKGA 6UPJA 3BUHA 4I8WA 2O40A 1EC2A 4UPJA 1IVPA 5DQ5A 2VJ9A 3FIVA 2SAMA 5P4EA 5P11A 5P7YA 2QD8A 4K4PA 5P08A 3PSUA 5P7NA 5P5HA 3H5BA 1K6PA 3S45A 2R38A 1B11A 1ZAPA 4I0EA 4QJ9A 3OUAA 3UDRA 2OHSA 4Y3YA 3QBFA 2WJOA 5HE5A 2V12C 1B6JA 2BB9A 2WF3A 4B72A 1QDMA 1EBKC 4HDPA 2HPEA 4I0HA 3UQWA 4OBJA 4AZYA 1F7AA 5P2VA 5J25A 3TOGA 1D4LA 2NPHA 5P43A 2I0AA 1BV7A 2HIZA 3TPJA 1KJHA 4QJ6A 3PEPA 5AHCA 2O4LA 4GJ5A 2FLEA 5OZ5A 5P3WA 3UFNA 4OBZB 4J1KA 3SA4A 3SA8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YHQ A;  4OBG A;  4GMI A;  3N4L A;  4L1A A;  4Y9W A;  2QNQ A;  2G22 A;  1LYA A;  2PH8 A;  4LP9 A;  4R8Y A;  5P4L A;  5P6S A;  3IVH A;  3CKR A;  3T6I A;  1DPJ A;  1MT8 A;  2P3D A;  1APW E;  3IXK A;  2AZC A;  4RRN A;  3GI5 A;  5OZG A;  5P8J A;  3OXW A;  5JG1 A;  4QJ8 A;  4DQB A;  2ER0 E;  3LZY A;  4DJW A;  5F01 A;  5P5N A;  4LL3 A;  1YM4 A;  4GJ6 A;  1PPK E;  5P7E A;  1PSA A;  2ZHT A;  1HSI A;  5KR8 A;  1LF2 A;  2ASI A;  3NSH A;  5P73 A;  5COK A;  1GVX A;  2H6T A;  5T4S A;  2BJU A;  2G1S A;  5P34 A;  5P53 A;  5CLM A;  5P0I A;  3KM4 A;  5P60 A;  4RVJ A;  2ZJH A;  3G6Z A;  5P70 A;  3DM6 A;  5P2C A;  4XXS A;  2Q63 A;  5P52 A;  4J1F A;  4Y5B A;  3JVY A;  3OU1 B;  5P76 A;  5P62 A;  1A8K A;  3APP A;  1OD1 A;  3R4B A;  5AH9 A;  4RYG A;  4Y3A A;  4GJC A;  4Y3T A;  2ZJK A;  4EXG A;  3EKW A;  2P3C A;  2BBB A;  4BEL A;  4CPQ A;  4Y5L A;  2QHC A;  5HTZ A;  4TRY A;  4IVT A;  1HPV A;  3SA9 A;  1PFZ A;  4Y3X A;  5P25 A;  2O4K A;  1CMS A;  2OHM A;  3IGB A;  5P4N A;  1T6G A;  4DJV A;  2QZW A;  4EHC A;  3QVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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