1IZHA

Inhibitor of hiv protease with unusual binding mode potently inhibiting multi-resistant protease mutants
Total Genus 17

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)EMPTYS6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TIV5 (80-83)3H1 (91-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Unusual Binding Mode of an HIV-1 Protease Inhibitor Explains its Potency against Multi-drug-resistant Virus Strains
pubmed doi rcsb
molecule keywords proteinase
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2002-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1izhA00
5P7OA 1D4IA 9HVPA 3OUAA 1F34A 3R2FA 5P2ZA 2FLEA 1G2KA 5P1YA 4K4PA 5OZLA 2G1NA 5HCOA 3BGBA 1MVPA 5P0OA 4HDFA 3T6IA 3UQPA 2PSGA 1LYAA 4QJ6A 3UDMA 1HVIA 3SKFA 1MT7A 2QD7A 4I0IA 1CPIA 3QIHA 4Y9WA 5OZQA 1Z1HA 2I4XA 3OUCA 1ODYA 5P6WA 5P3UA 2ER9E 4E43A 1FQ6A 3O9AA 4B00A 1SP5A 1BDLA 5P5LA 5I3XA 4APEA 6APRE 4Y5NA 1APVE 5DQ4A 3L5CA 4Y38A 5P80A 1XS7D 5COOA 4I0GA 3EM3A 5P1KA 3L58A 1HHPA 1K6PA 5P8NA 1ER8E 2BB9A 5P4LA 5P2KA 1D4LA 5OZSA 1NH0A 1G0VA 4S1GA 1A30A 1K1UA 1ODXA 4HEGA 2I1AA 4DUSA 2O40A 5OZVA 1K6CA 1FQ4A 3OXWA 1SMEA 3INFA 4I0DA 4Y35A 3OGQA 4HDPA 5P24A 5P13A 2HPEA 5HE4A 2VA7A 5P4AA 2QI4A 5P3OA 5KR8A 3ZKNA 3KT2A 2ZE1A 2G24A 1A9MA 2Q3KA 1BDRA 3OADB 4Y3EA 3KDBA 5P1NA 4RVIA 2JXRA 4B1EA 2WL0A 1W6HA 4Y4AA 5P5CA 2ZJNA 3LPJA 1WBMA 2FGVA 5P50A 5AH6A 2IQGA 3C9XA 1E80E 4TVHA 5I70A 3EL9A 4YD3A 4NPTA 5P1MA 1QBUA 5OYQA 2IKOA 5P8VA 5SXNA 2VJ7A 1N49A 3S85A 3NYGA 3T7PA 4B1DA 3URJA 2WF1A 5APRE 3EMYA 4BFBA 3QRVA 4Y57A 1GVXA 2QZLA 3PI0A 3N3IA 2ZJMA 5P0JA 5P41A 5P0ZA 4AMTA 5DR1A 3SA5A 3PSGA 1ZTZA 5P7RA 1PSAA 5BS4A 5P7CA 1EBZA 1HPVA 5P5IA 3FNUA 3GW5A 5SY2A 5P6PA 1IZDA 3OU4B 5FIVA 4FSLA 3NLSA 4J54A 3AIDA 4ZSMA 1AJXA 4Y3FA 4QJ8A 5P7IA 1NPWA 2QNPA 4PHVA 4R5NA 2RSPA 5OZUA 5P81A 3OGPA 4FRJA 2OHNA 5P2IA 5P5YA 1RV7A 3TPLA 1D4JA 1EBYA 2V0ZC 1DP5A 3PBZA 3SM2A 1AZ5A 1HEGE 4I11A 5P6CA 2QP8A 3B7VA 3FNTA 1SDUA 5OZWA 1E81E 2PSVA 2ZJIA 4GJ5A 5P2NA 4RROA 3HLOA 2PYMA 2J9KA 5DQ1A 2ZHTA 3RU1A 5P7KA 3VLBA 3O9DA 5P2TA 4DPIA 1RPIA 1SGUA 4Y3GA 3OXXA 4FIVA 5P4WA 3DUYA 4Z22A 5HCTA 3QBHA 4Y45A 1BDQA 4CPXA 3S53A 1TCXA 2VA6A 4EXHA 1FMXA 5P1RA 5P12A 1HPOA 2AIDA 1HIIA 2AOHA 1SIPA 6UPJA 1YTHA 2F80A 5P4OA 2BJUA 5P3HA 1SGZA 2NMYA 4Y4XA 5DQ2A 1LF2A 3QBFA 3ZOVA 3S7LA 3VV8A 3O9LB 4GJCA 4EP3A 5P2SA 3SO9A 1J71A 1M0BA 5ENMA 2HB2A 1B11A 5P0HA 5P3MA 5P4EA 3JVYA 5T4SA 3KN0A 3EKQA 4M8YA 1HEFE 3QRSA 3TPRA 4MC9A 5P6OA 2R3TA 4QJ9A 3NDXA 4DFGA 2VA5A 5OZXA 4H1EA 5P8EA 5DR3A 1YTGA 3OQKA 5P8JA 1IZIA 1BV7A 3DOXA 3ECGA 3GI4A 3KT5A 5P71A 5IVQA 5P0EA 5P7BA 1A94A 2WEDA 5P2VA 4CPQA 5P26A 5P0MA 1FFFC 3IXOA 2O4KA 4ZEAA 4OBGA 1U8GA 1FEJC 3NXNA 4ZPEA 1IDAA 5P6XA 3UFNA 2QI5A 3OQDA 1OEXA 4B0QA 5AGZA 4Y53A 1KJ7A 1PFZA 3O9FA 5P23A 5OZTA 4ER4E 5KQZA 5P7WA 5P64A 4DQFA 2P3BB 3D3TA 3OXVA 1LF3A 1XE6A 2NR6A 1ZSRA 5P2QA 2PWCA 5P6UA 5P5BA 3PBDA 3OAGB 3OHHA 2I4DA 2IDWA 2V16C 2P83A 4Y3JA 2AVMA 5P35A 1MIQA 5P0TA 2F3KA 3HVPA 2P3DA 1BWAA 1LYWA 4Y54A 5IVTA 3LZYA 1HTFA 1ZAPA 2XYEA 5P2JA 3UQXA 5OZOA 1MESA 1W5VA 1DAZC 5OZEA 3QVIA 5E5KA 5P5TA 3O9IA 2WKZA 4YDFA 5P8KA 2PMAA 5P7UA 5C9FA 3SKGA 2OHLA 4YCTA 1D4YA 1BV9A 4I0EA 5OZ3A 1T7JA 4FLGA 4Y3MA 2I4VA 4J1CA 5P46A 5P0LA 4OC6A 2Q63A 3O9GA 5P4MA 5AH8A 5P3QA 3DCRA 3GGXA 5P2YA 1BILA 5P6JA 3APPA 2B42A 4AUCA 4K8SA 5KQFA 5P3RA 4L1AA 2ANLA 2XYFA 2IENA 3INEA 3NDTA 1MT8A 2WEZA 1BIMA 3NXEA 1MERA 2JE4A 1AVFA 3HAUA 5P27A 2FGUA 3NWQA 4PYVA 5P7TA 5P4XA 3L5EA 3IAWA 4JPEA 5P5PA 1LYBB 1SDVA 4QJ2A 4YCYA 4ZSQA 1XN3A 1ZPKA 3KMYA 5P0AA 1ENTE 5P0VA 4FE6A 4L7HA 5P37A 5P85A 3PJ6A 5OZHA 3EKVA 2AODA 5DR7A 3PLDA 4Y3SA 3FX5A 2CENA 1FMUA 4YOBA 5P01A 4Y4JA 4TRYA 1UH8A 5P7HA 3S45A 4DJXA 3EKYA 3PI5A 3NDWA 5P5MA 1HPXA 2AOEA 3D1ZA 5P7MA 5P7SA 1HBVA 4EHCA 5HVPA 4LAPA 1OD1A 3Q5HA 3MWSA 3PB5A 3NR6A 2Z54A 1LEEA 2ZJHA 3HVGA 4ZPFA 5P06A 2OHKA 1C6XA 4CPTA 3SLZA 4EJ8A 1FQ8A 5P3YA 4J1HA 4RLDA 4A6BA 1MT9A 5P73A 4CPWA 4RVXA 2QK5A 4EWOA 1KJ4A 5P4DA 4B77A 5P8SA 1K1TA 4LL3A 4EJDA 5P5ZA 3ZKQA 1FQ5A 3EC0A 5P5XA 5P5OA 5P53A 4J1KA 4YOAA 2VJ9A 1IZHA 4Y4BA 3SA8A 5UPJA 3A2OA 5P2DA 3SACA 4EQJA 4F75A 4Y5BA 1RNEA 3TOFA 4YD4A 1NSOA 5KR0A 6FIVA 2BKSA 3INHA 3VYEA 3TOHA 3K4VC 4B78A 4DI2A 2OHTA 1WBKA 5P3IA 5P7ZA 4WY1A 2QMDA 4Q1YA 1LS5A 3SM1A 3L5FA 5P7VA 1QBSA 2QMPA 5P3PA 1HVJA 3LINA 3OOTA 3I6OA 5P3FA 1HSHA 2G1RA 3CYXA 4F76A 5P8TA 5P2UA 2HPFA 1FF0C 2J9JB 4J0YA 3OWNA 2CEMA 1DW6C 1TSUA 3NUJA 2UY0A 3GI6A 4QLHA 3T7QA 2QHZA 1W51A 1B5FA 2ZYEA 3LIYA 5P68A 5P4QA 3S43B 3ZLQA 2V10C 3FV3A 2WF0A 4H3FA 4NPUA 5P54A 4Y51A 5P6SA 1LZQA 5DGWA 4Y4WA 4Y3ZA 5P5EA 4I8ZA 4B70A 4HE9A 3PWRA 1XDHA 2NMZA 5P5VA 2QI6A 5P43A 5P69A 4KE0A 5P4BA 3GI0A 2QI1A 3KM4A 5P5SA 4ER2E 3BUHA 3SAAA 5AH7A 2HS2A 3ST5A 3G6ZA 4QJ7A 2BPXA 4OBFA 5OYSA 5P47A 1AXAA 4EYRA 1HXWA 2ER6E 3K4VA 3S56A 1DMPA 1UPJA 4AA8A 3UDNA 3RVIA 5P4YA 5P1EA 5AHCA 2FS4A 3UDQA 1GNOA 3O9CA 5P4UA 2G21A 3K1WA 4Z50A 3FKTA 5P0UA 3LZSA 3PSUA 2HS1A 3K5GA 1PSNA 3L3AA 3SA9A 3ZKIA 3WZ6A 5P20A 4Y37A 5OZ5A 2PH6A 1SMRA 3GI5A 4I1CA 4FCOA 1FG8C 5P51A 4RVJA 3TKWA 3UF3A 5OZMA 1DPJA 4XXSA 2UXZA 5P3NA 5P6ZA 2R9BA 3CIDA 3HW1A 1C6YA 5P7PA 1HXBA 3Q70A 3RTNA 2WECA 2OAHA 2I4UA 3N4LA 7HVPA 4KB9A 2V13A 5P39A 2O4NA 1BBSA 2AVQA 3U71A 3KMXA 2JJIA 2BKTA 1ODWA 3EM4A 4NJUA 5OZCA 5P2HA 5P78A 3OXCA 2QNNA 5P8FA 2IGXA 2Z4OA 3T7XA 3OU1A 1YM4A 5OZNA 2ZGAA 3JVWA 4LBTA 1HTRB 4D8CA 1BXQA 1SBGA 1TW7A 1IIQA 5P5WA 1BVGA 3I7EA 3TTPA 2AZ8A 3VFAA 1EBWA 2CEJA 3WSJA 1YTJA 3FIVA 5JG1A 3LIXA 3S8IA 1W5WA 1SIVA 4EPJA 2G69A 4RCDA 2WF4A 4J1FA 3G72A 5P77A 3KFRA 4LP9A 5IS4A 1GNMA 3UPJA 5P42A 1EPNE 4Y50A 3L5BA 5P6FA 1FLHA 5HU1A 5P5RA 3TNEA 2AVSA 3EKTA 2WF2A 2G94A 5P0WA 3PLLA 5P3BA 1ZBGA 5P55A 2ZHUA 4J1IA 1YM2A 5P17A 3R4BA 2OHQA 1HVRA 3NWXA 5OZYA 1EEDP 2Q55A 1ZP8A 3DK1A 5P74A 2FXDA 2QU3A 4Z4XA 3OUBA 5EZZA 3IXJA 3SPKA 5OZPA 5P6NA 1LYAB 3EKXA 4Y3QA 1CMSA 5P60A 3G70A 3UTLA 2G1YA 3IN4A 2PC0A 4LXMA 2P3CA 5P0DA 5P45A 5P4CA 1IBQA 5P5FA 3URLA 5P8QA 3HD8A 5KQXA 1C70A 4YBFA 5P72A 5OZ8A 1EC0A 4YDGA 5P1BA 1K6TA 1FQ7A 3LZVA 1B6MA 1W5YA 5E5JA 2R8NA 4DJWA 2ER0E 1EPOE 3WB4A 1M4HA 5P0SA 1WKRA 4RGHA 3OK9A 2AOJA 4DJQA 5P5HA 1HTEA 3BRAA 3MSJA 3VCMA 4X2LA 3VYDA 4Y43A 4OD9A 5OZ6A 5P09A 3K5DA 1D4KA 4J17A 5P33A 4LXAA 4RRSA 3MSKA 4HDBA 1UH7A 3LHGA 3JW2A 1GVWA 1EPLE 3BXSA 1FMBA 3CKPA 4KE1A 4OBZA 5P66A 4HLAA 3CICA 3EM6A 2RKFA 5HE7A 4EP2A 1HOSA 4FRKA 3VEUA 3HBOA 3I8WA 5P8OA 5OYTA 4Y44A 4ER1E 1T6GA 4Y4UA 3MXEA 1MEUA 3PCWA 4Y5KA 5KOQA 2G20A 5BWYA 2AOFA 4EJLA 5P02A 4F74A 3EL5A 3GGUA 5OYVA 3K5CA 5P8GA 4DVFA 2PQZA 5P3TA 3NU4A 5P3JA 4Q1NA 3VSWA 1DIFA 3UDHA 5P5UA 5P6MA 5P7YA 5P7GA 2OF0A 5P1DA 1GVVA 5P4HA 3IXKA 3D1XA 5P2MA 1PPKE 5P62A 5P75A 3ZKXA 1NPAA 4RCEA 3EKWA 3R0WA 4NKKA 5P61A 3NU5A 3SA3A 3OY4A 1BAIA 3BGCA 5P00A 4D85A 2I4QA 3NU9A 3GGAA 2B60A 5P4RA 4Y4ZA 2I0DA 1HVCA 2AOCA 2WEBA 1FGCC 5P2RA 4FAFA 5P56A 1E82E 5P28A 5JODA 3DJKA 4H3GA 2QI7A 3CKTA 1HWRA 3OUDA 5P31A 5P2OA 4FAEA 4D83A 1YG9A 5I3VA 3UQRA 1XN2A 2IGYA 3UDPA 4K4QA 5P8UA 3EL1A 3LIQA 5C9BA 5OZRA 4ZSPA 3DV1A 5P4TA 2ZJLA 5DR4A 3LPKA 4GYEA 3H5BA 2OHUA 4DPFA 1RL8A 5P4VA 2IL2A 1D4SA 4I0ZA 5P3VA 2P8HA 2P4JA 3QI1A 4GMIA 4TVGA 2G26A 4BFDA 3VF7A 3NUOA 5P63A 5P2CA 1B6PA 5P7LA 4Y4GA 2B8VA 2ZHSA 3LIVA 3Q3TA 2H6TA 4QGIA 5OYWA 5P22A 5P6TA 4NJSA 3VUCA 2RMPA 2V11C 3INDA 4GJAA 4Y3AA 5P1WA 3TPJA 2FDEA 2PWRA 1LF4A 4FRIA 3TLHA 4K9HA 5P4NA 3WZ7A 5P58A 4I0HA 5OYXA 4H3JA 5HDVA 3LPIA 5P1OA 3QP0A 1FFIC 5OZIA 4FM6A 1MTRA 1OHRA 3ZKSA 2G1SA 3VYFA 5P0QA 3QROA 5P8BA 5PEPA 5P6IA 5P6AA 3NU3A 4Y6MA 1MUIA 4YBIA 5P1VA 5P8PA 2NNPA 1T3RA 4FRSA 3URIA 2B7FA 2QHYA 4U7QA 5KOSA 3OOZA 3VV6A 2HIZA 4NJTA 5OZ7A 1MPPA 5P3WA 1PPLE 1HVLA 5P57A 4KUPA 3QVCA 4J55A 3S2OA 1BWBA 3ER5E 3KFSA 3PSYA 5P1PA 2WHHA 5P15A 3K5FA 1VIKA 4FGXA 2JYSA 3PEPA 5P88A 3VF3A 5P1ZA 5OZGA 5P5GA 1AAQA 1MTBA 5P6YA 4Y3RA 3O9HA 1KJFA 5P3GA 2VNMA 3AUPA 2FXEA 2ZJJA 5OZ9A 3PGIA 3BVBA 5OZJA 1HVSA 4WTUA 2AQUA 2VS2A 5P3DA 2PK5A 5P4SA 1YX9A 2QD8A 8HVPA 3UQUA 5HDZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7O A;  1D4I A;  9HVP A;  3OUA A;  1F34 A;  3R2F A;  5P2Z A;  2FLE A;  1G2K A;  5P1Y A;  4K4P A;  5OZL A;  2G1N A;  5HCO A;  3BGB A;  1MVP A;  5P0O A;  4HDF A;  3T6I A;  3UQP A;  2PSG A;  1LYA A;  4QJ6 A;  3UDM A;  1HVI A;  3SKF A;  1MT7 A;  2QD7 A;  4I0I A;  1CPI A;  3QIH A;  4Y9W A;  5OZQ A;  1Z1H A;  2I4X A;  3OUC A;  1ODY A;  5P6W A;  5P3U A;  2ER9 E;  4E43 A;  1FQ6 A;  3O9A A;  4B00 A;  1SP5 A;  1BDL A;  5P5L A;  5I3X A;  4APE A;  6APR E;  4Y5N A;  1APV E;  5DQ4 A;  3L5C A;  4Y38 A;  5P80 A;  1XS7 D;  5COO A;  4I0G A;  3EM3 A;  5P1K A;  3L58 A;  1HHP A;  1K6P A;  5P8N A;  1ER8 E;  2BB9 A;  5P4L A;  5P2K A;  1D4L A;  5OZS A;  1NH0 A;  1G0V A;  4S1G A;  1A30 A;  1K1U A;  1ODX A;  4HEG A;  2I1A A;  4DUS A;  2O40 A;  5OZV A;  1K6C A;  1FQ4 A;  3OXW A;  1SME A;  3INF A;  4I0D A;  4Y35 A;  3OGQ A;  4HDP A;  5P24 A;  5P13 A;  2HPE A;  5HE4 A;  2VA7 A;  5P4A A;  2QI4 A;  5P3O A;  5KR8 A;  3ZKN A;  3KT2 A;  2ZE1 A;  2G24 A;  1A9M A;  2Q3K A;  1BDR A;  3OAD B;  4Y3E A;  3KDB A;  5P1N A;  4RVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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