1K1TA

Combining mutations in hiv-1 protease to understand mechanisms of resistance
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPIMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPSNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Combining mutations in HIV-1 protease to understand mechanisms of resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k1tA00
3NU5A 1MSMA 5P1EA 5P3LA 1YX9A 4EP3A 1Q9PA 5DQ1A 3EC0A 3OU3A 3RTMA 4D88A 4FL8A 5P50A 4L7HA 3SQFA 4PZWA 5P3FA 2Q55A 3OHFA 1W6IA 5DR0A 4HA5A 3OU1B 5P5MA 4HVPA 5P5YA 3OY4A 4CMSA 2ZYEA 3CYXA 5OZIA 1EEDP 2BKTA 1HTRB 4TVGA 1MTBA 2PH6A 2NPHA 5OZYA 1AAQA 1T6EX 4LXMA 2QAKA 3MSKA 5P57A 1F34A 1HPOA 5P41A 5I3WA 4DJVA 5P4IA 5P4UA 4Y3FA 3EKQA 5P7TA 1CPIA 4HLAA 4F74A 2F3EA 3RU1A 2FGUA 5P7EA 3O9DA 4NJUA 5P88A 3NDTA 4IVTA 5P8JA 5P8QA 3OGQA 3NDXA 3UDPA 5P1OA 5DR4A 1GKTA 4Y53A 1G0VA 3ECGA 5OYTA 1META 3WZ8A 2PH8A 2B60A 3OAGB 3DJKA 4LXKA 1EC1A 1HVKA 4Y5KA 5P0ZA 5HD0A 4PHVA 2JJIA 4Y3WA 5P6VA 1IDAA 3IXJA 2V12C 3KYRA 5P3QA 5P4WA 1XE6A 3PM4A 1FGCC 3PWWA 5P7OA 1OEXA 3I25A 5SZ9A 1WKRA 1IBQA 2I0DA 2Q5KA 5DR8A 3SPKA 1HXWA 4DJRA 5P3OA 5P0WA 2OHLA 3L5DA 2FS4A 1G35A 4OBJA 1FIVA 5KQXA 5P8SA 5P8NA 4GJBA 1IVPA 2QNPA 3NUOA 5P6LA 5P12A 5SY3A 3EKVA 3WZ6A 3LZYA 6UPJA 3QRSA 4I0GA 3TPJA 3K1WA 4DJOA 5P84A 5P05A 5P52A 3QROA 5OZCA 5P44A 5P1PA 1LYBB 4R91A 4JPCA 3D1XA 5OZ7A 1HTEA 4Y3MA 2VKMA 5P49A 4MC2A 4HE9A 1VIJA 2QI4A 1SIVA 1MVPA 1NSOA 3F9QA 5OZBA 5P62A 2G1SA 5P1UA 1B6KA 2AIDA 4ZPGA 5P15A 5OZHA 5P6XA 4J1HA 4I0JA 5OZTA 4CKUA 3FX5A 1HSIA 5P5DA 4Y5PA 3CKPA 3JVYA 4RCEA 2BQVA 1EPOE 5P5QA 1LYWB 1HIVA 5P7WA 5P0UA 1PSNA 1AM5A 1QBSA 1B11A 1MRWA 1LZQA 5P81A 5P7RA 3GI4A 5P1IA 5P5SA 3B7VA 1EBKC 3GI0A 1T3RA 3EM4A 1G6LA 3QVIA 6FIVA 2H6TA 3NU4A 5C9BA 3HVGA 4J5JA 2H6SA 4XXSA 4DPFA 5P4VA 5OYXA 4ZLSA 1QBTA 2HB4A 5P0VA 4DQBA 4YD6A 4Y51A 3TKGA 3EKWA 3BXRA 4YD3A 5KOSA 5P1YA 4L7GA 2BKSA 2WF2A 3O9CA 2ZJHA 5ER1E 4DQEA 1EPLE 2XFKA 1AXAA 1EPRE 2IGXA 4YCTA 1B5FA 1LF4A 1UPJA 2P3BB 1T6GA 5JFPA 4HDBA 3SA9A 3ZMGA 1M43A 5P4OA 5P8CA 1XL2A 3VUCA 2VNNA 4B77A 4YD4A 2ZE1A 1DIFA 1NH0A 1D4JA 3URIA 1OD1A 1VIKA 3PWRA 5P6PA 3OUBA 1BWAA 5P5XA 3VEUA 4U7VA 2XYFA 5P7NA 1LF3A 5OZ0A 1NPVA 5P11A 5P0NA 5P78A 3S45A 3BGBA 4KUPA 4AUCA 1M0BA 5P0BA 5P2BA 1QS8A 1RL8A 4DQCA 1PFZA 3KDCA 3O9LA 3IN4A 3EL1A 2NNKA 4Q1XA 2BPWA 2OHSA 3DOXA 3R0YA 4NJSA 4Y5CA 2G1NA 1SH9A 4EQJA 5COOA 1G2KA 5P0JA 4B1CA 7UPJA 1M4HA 2HB3A 5OZJA 3BVAA 3UFLA 3ZKQA 1ODWA 4EJDA 5P48A 5P54A 5OZZA 2QI0A 2ZJIA 3VFBA 5P77A 3LIZA 4Y3ZA 3ZKSA 5P45A 2ZGAA 5P6IA 1EBZA 5DGUA 4OD9A 3L5FA 2I4VA 3TOFA 1SDTA 1T7KA 3OTSA 2HIZA 4Y57A 3PI0A 4Y4JA 1BVEA 4Y4XA 5HDVA 5P5PA 4FGXA 3INHA 4JOOA 4Y35A 4Y48A 4I0ZA 2OHKA 3URLA 5P4MA 5P7YA 5IS4A 3EM6A 2V0ZC 3N3IA 2VJ6A 5P46A 5ISJA 4Y43A 1APWE 3VV6A 5P1DA 4BEKA 4DQFA 4J0YA 3S7LA 3UDNA 2FMBA 3VF3A 4Z22A 4BFBA 1FG6C 4NJVA 1ODYA 2FIVA 3OHHA 4OBZB 3VSWA 3NLSA 1RPIA 3TLHA 5P4HA 1YTIA 5P3MA 4EXGA 3QN8A 4KE1A 7HVPA 5P8OA 5P09A 5P6DA 1MPPA 3ZKIA 4ER4E 3UTLA 3TPLA 4PYVA 3UDKA 4Y3GA 5P86A 5OZDA 3PJ6A 3I8WA 2FDDA 4YOAA 3CKRA 5OZVA 5I3YA 4OBDA 4NPUA 2RENA 5P5GA 5P5ZA 5P2CA 5P3DA 3PEPA 3VLAA 5P67A 1PROA 2PK5A 1HVHA 3GI5A 3BHEA 3LZUA 4K9HA 3PI5A 5OZAA 5P4GA 5DR3A 5P1ZA 3DUYA 4CPRA 4XX3A 3N4LA 4L1AB 3HLOA 1TCWA 5P0RA 2ZHUA 2F3KA 3H0BA 2B8LA 4AA9A 1AIDA 4GJ7A 3TKWA 3ZOVA 1HTFA 4Y4UA 5P0MA 1PSAA 2AOJA 3L38A 2ZJKA 1D4KA 4M8YA 2PMAA 3IXOA 4DJUA 1HPXA 2QMPA 5F01A 1C6YA 4RCDA 1K1UA 5P2DA 5P6KA 3SABA 3KDDA 4R5NA 3LPIA 2ZJLA 3BUHA 5P0PA 5OZGA 2NXMA 3UQPA 5HE4A 1BV7A 2CENA 5P72A 2IL2A 1BDRA 4Y3HA 3ZKNA 2Q64A 1SBGA 3SFCA 5P1JA 5P29A 3EKXA 5IVRA 5P2EA 1B6JA 1EAGA 5P85A 5P0FA 5P47A 3PCZA 5P2NA 2V11C 3AUPA 3U7SA 3PRSA 5P16A 1HTGA 3RVIA 5OYRA 5HVPA 2FXDA 4LL3A 2QHZA 1ODXA 5P7JA 2G1RA 3KFRA 3SA5A 2BBBA 4DFGA 2NR6A 5P82A 4Z4XA 4FE6A 2WECA 2FNTA 5P4DA 4FCOA 1W5VA 1LYAA 2JYSA 5P7CA 3VYEA 5OYYA 3SA6A 4Y45A 2IKOA 3EL0A 3S56A 3NDWA 5P8FA 1MRXA 5FIVA 1FQ6A 3OOTA 4JECA 4ACXA 4MC1A 4HZTA 4B0QA 5P8VA 1ZJ7A 4DPIA 2OHRA 1HVJA 1T7JA 3KN0A 3QVCA 5P8KA 4Y4WA 5P0EA 1FMUA 2AOIA 5P7UA 2RKFA 1PPKE 5P4TA 5P2GA 5P4LA 4GMIA 1XL5A 4B72A 2QZKA 1IDBA 2RSPA 3TH9A 4MC9A 5I3VA 4KB9A 4Y54A 1APUE 2ZHVA 3BUFA 1APTE 5P36A 3NWXA 5P5TA 4Z2ZA 4LHHA 5JG1A 3VSXA 2PSGA 3UF3A 2B7FA 4Q1YA 3FIVA 5P0LA 2PK6A 3FV3A 3FNTA 3KM4A 5AGZA 1B6PA 3APRE 4TVHA 4GJ9A 2F80A 5P8PA 1GVWA 4RVJA 4R95A 5B18A 5HU0A 5P7AA 4FRKA 4Y5EA 4Y47A 1RNEA 3MXEA 3OUDA 3UQXA 5P1LA 2BJUA 5P1SA 5HE5A 5P30A 1K2BA 4Y44A 1GNMA 3MWSA 1K2CA 2ZJMA 3CICA 4GJAA 3ZL7A 1HVSA 2OAHA 1MSNA 3PSGA 4Y4AA 1GVVA 2QD7A 1XN2A 5OYZA 5P5RA 4NKKA 2XFIA 5HU1A 2WEDA 3IA9A 1ER8E 5DR1A 1MIQA 5P74A 2IDWA 4APRE 1A9MA 4S1GA 5OZOA 5HDZA 5OZ5A 5P3WA 1LF2A 5P6AA 5P4FA 4YCYA 3M9FA 5P6TA 5P01A 4RRNA 3NWQA 2WHHA 2PC0A 4J0ZA 4Y3QA 5C9FA 3DCRA 5P42A 4F75A 1WBKA 5P2AA 1PPME 4FLGA 5AHAA 2R9BA 5KQZA 5OZXA 2WF1A 1OHRA 1ZSRA 3K4VA 5P8HA 2I4DA 3KFPA 5P10A 5KQFA 3OQKA 1D4SA 1BAIA 4RYGA 3KF0A 4QJ8A 1HHPA 5HTZA 1B5FB 2UPJA 1KZKA 2QZWA 4Y3EA 3L59A 5P73A 4Y36A 5P4RA 3KFNA 5P51A 5KR8A 2J9JB 4D89A 4FRSA 5DQCA 1E81E 2QP8A 3UDJA 2Q15A 1FMBA 2QI5A 5P59A 2V00A 3FNSA 3FKTA 1ZBGA 4ZSQA 5IE1A 5P2KA 3S85A 1ME6A 5P8TA 2NMYA 5OZUA 2J9KA 5OZ1A 5OZWA 4YOBA 3QBHA 5P7IA 3PSUA 5P35A 2VIJA 3WSJA 2IGYA 4DJPA 2G27A 3VYFA 1ZAPA 4R8YA 4Y3YA 1FQ5A 1SDUA 3EXOA 4Y5NA 9HVPA 1YG9A 2Z54A 5HDXA 3MXDA 3B80A 3OU1A 4OBGA 1YTGA 2ZDZA 1MEUA 2AOEA 3INEA 4FSLA 4Y3AA 4Y37A 5P5LA 2HPFA 3BVBA 5P0AA 2O4KA 4RROA 2O4PA 2UXZA 1HVCA 5P4YA 2JE4A 1OEWA 5OZ8A 1HRNA 3EBZA 5P3NA 3GGVA 1K6CA 3LITA 4QJ2A 3KFSA 1ZTZA 4Y5GA 1C70A 3UHLA 5P1QA 2PSUA 3LIXA 5P33A 2B8VA 2OHPA 1PSOE 5OZLA 4D85A 5TOLA 3OU4A 5EZXA 4U7QA 3OAGA 3MSLA 5P1CA 4Y5LA 1FF0C 3UDYA 1B6MA 1DAZC 2B7ZA 5ENMA 3NU3A 4R92A 3BUGA 1BXOA 1B6LA 3TPPA 3IVHA 2I4XA 1EC3A 5P28A 1ZPAA 3GI6A 2WF0A 5P7LA 4LC7A 5T4SA 2AZ9A 2I4UA 5P0DA 4DV9A 1TZSA 2ER9E 5P31A 2G20A 1YM2A 2HB2A 1A8KA 1DMPA 3VF5A 3EMYA 3EKPA 4AMTA 3L5EA 5P8EA 1SIPA 4OC6A 3DV5A 1C6ZA 3SA3A 1BDLA 3VG1A 1K1TA 1GVTA 4Q1WA 5P3GA 3OXVA 5P5IA 1KJ7A 1SGZA 5P1HA 3QRVA 5HCOA 2QHCA 5P4KA 5P58A 3R2FA 5DGWA 4YDGA 3UQWA 5P6OA 5P1MA 3HW1A 1EPQE 3PHVA 2QI6A 3NSHA 2ZJJA 5P2HA 4CPSA 1BV9A 4Y3LA 3VV8A 1MT9A 4FM8A 3LPKA 4Y4ZA 1HOSA 1BBSA 3BXSA 2G26A 4UPJA 5P3JA 1E80E 1Z1RA 3ZKXA 4EHCA 2R3WA 3VYDA 5P2RA 5P56A 3IGBA 3S54A 3CIBA 5P6FA 1FQ7A 5P5OA 2VS2A 3KDBA 1W6HA 1ZLFA 5P3RA 3TNEA 4H1EA 5P1NA 4J1IA 2A1EA 1LYWA 5P3IA 5P2FA 4FRJA 4H3IA 1A8GA 1C6XA 3SM1A 5P7MA 4JP9A 1D4IA 4GJCA 2HM1A 5P7QA 4OBFA 4YHQA 2R8NA 5P3YA 3OQDA 2CEMA 5P7KA 3NXNA 1APVE 1TSUA 5I70A 3PBZA 3D3TA 4OBHA 4FM7A 4B1DA 5P8BA 3LZVA 4FAFA 3QAAA 3HAUA 4CPWA 3LINA 1BXQA 2G1OA 5P6BA 3K5CA 5E5JA 1FQXA 2P3BA 5P5NA 4EJ8A 4J1CA 4N00A 4Y3TA 2NNPA 4Y3XA 3OUAA 5P1AA 5P2IA 2ZHSA 4CPXA 2IRZA 5SY2A 3UPJA 5P8LA 2I0AA 4I0DA 1LYAB 5P0HA 2Z4OA 2F8GA 2G1YA 5P5FA 4Y58A 5P2QA 3WZ7A 4F76A 1IVQA 4FM6A 5P7VA 2APRA 4I1CA 3S43B 5P7PA 1HIHA 4Y3SA 3OADB 3H5BA 2QI3A 3FNUA 3LPJA 1UH7A 3QI1A 4I12A 2ER7E 5DPZA 3VCMA 5OZEA 4HDPA 3FSMA 3RSVA 1N49A 3KMXA 2WJOA 5DQ4A 2VIYA 2QHYA 4RRSA 4Y4DA 5P6NA 3OQAA 1EBWA 2XFJA 1FG8C 2PWCA 4CPQA 5P6YA 5IVSA 2V13A 5P8UA 5OYQA 4YBFA 4COEA 3SA7A 1DPJA 4Y38A 3T6IA 3D1ZA 5COPA 1KJHA 3PMYA 4BFDA 2WEBA 3O9BA 4DVFA 4QJ7A 4H3GA 2A4FA 5P2ZA 3PVKA 1YTHA 4Y4EA 3I2LA 3UDQA 4B00A 3ZPUA 3CYWA 3QIHA 2G24A 3PSYA 4ZEAA 5OZ4A 3K4VC 2NXDA 2BB9A 5P6QA 2AVVA 5P34A 3O99A 3EKTA 3TL9A 1A30A 2G22A 3GGAA 1FB7A 4RVIA 3A2OA 8HVPA 4ER1E 2P3CA 3NR6A 3IXKA 5J25A 3O9HA 5P19A 4B1EA 5P1BA 2VJ7A 5CLMA 5P7HA 5P60A 3O9IA 5SXNA 4YDFA 3L5BA 5HCTA 5F00A 5P02A 5KR1A 2ANLA 1XS7D 3NYGA 5P6JA 2XYEA 1YT9A 3R0WA 5P3XA 2AVQA 5P2TA 4BELA 4DI2A 3Q70A 2QU2A 1ENTE 5OZ3A 2AOGA 3Q5HA 3C9XA 4YD5A 5P3EA 4L6BA 3G72A 3GGUA 1ZSFA 4B05A 5P0OA 1AJXA 1BILA 1JLDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NU5 A;  1MSM A;  5P1E A;  5P3L A;  1YX9 A;  4EP3 A;  1Q9P A;  5DQ1 A;  3EC0 A;  3OU3 A;  3RTM A;  4D88 A;  4FL8 A;  5P50 A;  4L7H A;  3SQF A;  4PZW A;  5P3F A;  2Q55 A;  3OHF A;  1W6I A;  5DR0 A;  4HA5 A;  3OU1 B;  5P5M A;  4HVP A;  5P5Y A;  3OY4 A;  4CMS A;  2ZYE A;  3CYX A;  5OZI A;  1EED P;  2BKT A;  1HTR B;  4TVG A;  1MTB A;  2PH6 A;  2NPH A;  5OZY A;  1AAQ A;  1T6E X;  4LXM A;  2QAK A;  3MSK A;  5P57 A;  1F34 A;  1HPO A;  5P41 A;  5I3W A;  4DJV A;  5P4I A;  5P4U A;  4Y3F A;  3EKQ A;  5P7T A;  1CPI A;  4HLA A;  4F74 A;  2F3E A;  3RU1 A;  2FGU A;  5P7E A;  3O9D A;  4NJU A;  5P88 A;  3NDT A;  4IVT A;  5P8J A;  5P8Q A;  3OGQ A;  3NDX A;  3UDP A;  5P1O A;  5DR4 A;  1GKT A;  4Y53 A;  1G0V A;  3ECG A;  5OYT A;  1MET A;  3WZ8 A;  2PH8 A;  2B60 A;  3OAG B;  3DJK A;  4LXK A;  1EC1 A;  1HVK A;  4Y5K A;  5P0Z A;  5HD0 A;  4PHV A;  2JJI A;  4Y3W A;  5P6V A;  1IDA A;  3IXJ A;  2V12 C;  3KYR A;  5P3Q A;  5P4W A;  1XE6 A;  3PM4 A;  1FGC C;  3PWW A;  5P7O A;  1OEX A;  3I25 A;  5SZ9 A;  1WKR A;  1IBQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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