1K1TA

Combining mutations in hiv-1 protease to understand mechanisms of resistance
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPIMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPSNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Combining mutations in HIV-1 protease to understand mechanisms of resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k1tA00
3PCWA 4H1EA 4L1AB 4NPUA 5OZ5A 3BGBA 5P10A 2SAMA 4GIDA 1IVQA 1FG6C 5OZYA 3OU1A 3OHHA 4OBJA 2P3BB 4B05A 3TKWA 3NU6A 4J0PA 5OZKA 5COOA 1C70A 4MC2A 4CPWA 5P34A 4DJQA 4GB2A 1GVVA 1GNOA 1Z1HA 2VA5A 4Y35A 5P59A 1MERA 1VIJA 1IBQA 1MRWA 4B78A 4HA5A 5P28A 4H3IA 5P5HA 1LEEA 3QI1A 3LZSA 3EBZA 5P6EA 3EM3A 3PLLA 3ER3E 2G22A 1XN2A 1Z8CA 3CMSA 3K5DA 3Q6YA 5P0TA 5P7XA 4Q1XA 3NDTA 4OBZB 3SA5A 5C9DA 1AXAA 5P18A 3SKFA 1QBTA 5P6UA 2QI6A 4I11A 2WF2A 4TVGA 2QI3A 4J0ZA 2I4DA 4L7HA 3SM1A 5ENKA 3CIBA 3RSVA 4FLGA 5P5YA 1ZPAA 4YE3A 5P14A 5P6TA 2F8GA 4Y3LA 5P7RA 3DCKA 2AOJA 4U7VA 5P0VA 5P3NA 4RRSA 5P6YA 4DQFA 3G70A 5P00A 5P6AA 1F7AA 4Y47A 5P39A 6FIVA 5OZDA 2QZWA 5P4LA 5P2XA 2B7FA 5P2MA 2PK5A 5OZ9A 5P7TA 4GJAA 5DGWA 4ZE6A 2A4FA 2IDWA 4LL3A 5P1DA 2HM1A 4DQCA 4NJUA 4GZFA 2QI4A 2JE4A 4PZWA 5P33A 1LF4A 3KN0A 3G72A 3NXEA 5P0GA 8HVPA 2FS4A 1AJXA 5EZZA 5KAOA 4FE6A 4D89A 3R0WA 4HE9A 5P0KA 5P5CA 3NDUA 3CYWA 3O99A 4ER1E 3L5CA 4IVTA 2ANLA 2IS0A 2QNNA 4Y3PA 3DCRA 4Y3JA 2JJJA 5P0HA 5P3TA 4CP7A 3S7LA 5P1LA 3OUBA 4LXMA 1LYAA 5DR8A 2WEAA 3GI6A 4EP2A 3KFPA 5P5JA 5P31A 4J1EA 4Y4XA 1DP5A 4Y39A 3PSUA 4Y5MA 1XDHA 4K8SA 1D4LA 4Y3QA 4LXKA 3S43B 4Y36A 4OD9B 2IKUA 3EM4A 5KOSA 5P3PA 3SACA 2Z54A 5P2YA 2AIDA 5E5KA 1GNNA 3KDBA 3LPIA 5P15A 3I8WA 1HVJA 2BPXA 4Y3FA 4Y51A 5P2UA 4B72A 1IZIA 2O4PA 4FS4A 5HU0A 5P1VA 4Y4UA 2Q11A 2NNPA 3SQFA 1HVIA 7UPJA 3ZKGA 5P69A 3IN4A 5P6DA 1ZP8A 1ZAPA 2P3DA 3TPLA 1WBKA 2VNNA 1K6CA 3O9IA 5OYVA 5P07A 3UF3A 5P4UA 3WZ6A 2QNQA 2O4KA 3WB4A 3L5EA 6APRE 3ZLQA 2ZHVA 3S54A 1GVWA 4K4QA 5P17A 5P8NA 5FIVA 1W50A 1ZLFA 5P0BA 2V0ZC 1EPOE 1BDLA 2G27A 3TTPA 5P2TA 5P8EA 3FV3A 5P4IA 1CPIA 4Z22A 5P4ZA 4XX3A 4LAPA 3OQKA 2ER0E 4M8YA 1DPJA 5C9FA 3O9LA 1HWRA 2ZJJA 5SY2A 2PK6A 1MTRA 2QI5A 2VJ6A 1B6KA 4J55A 4Y3AA 5P38A 3T7PA 1NPWA 1XE5A 5P3BA 3PJ6A 5P5XA 2AOEA 5P2DA 5P0MA 5P35A 1FMBA 1K2BA 3KDDA 1YTIA 5KQXA 4L6BA 2AOIA 5P5GA 5P4PA 1LS5A 3OQAA 4Y3XA 3CKRA 4HDFA 3PMYA 2ZGAA 4Y9WA 3KMXA 5I70A 3UTLA 5P37A 5P2SA 4Y48A 5P5PA 5P5OA 3OU4A 1HVCA 5P50A 5P65A 5DGUA 4BFBA 3R4BA 1SGUA 4MC6A 3LZUA 1LYWA 5P8FA 2IGXA 4D88A 1G35A 4F73A 2WKZA 2FGUA 3LIVA 1QS8A 4D83A 4GJ5A 5P81A 5ER1E 2IQGA 5P3OA 1IZEA 5P49A 4APRE 3ER5E 1AIDA 5BRYA 3D91A 1XL5A 4X7IA 1SGZA 1BIMA 5P2FA 2QHYA 2IENA 1EC1A 3NDWA 2ZHTA 3EKVA 4QLHA 3OWNA 5P6PA 5P1UA 4DI2A 2R9BA 1B6PA 1LYBA 2AVSA 1HSGA 4J5JA 4FSLA 4Y3RA 2BKTA 5P89A 2HPFA 5AH9A 4I8WA 4J1HA 1QBSA 5DQCA 5P77A 5P3WA 1K6TA 2I4VA 5P5MA 5P84A 5HE7A 1FLHA 3UQUA 1TSUA 2NMYA 3PLDA 4FRIA 3UCBA 1W5YA 3NDXA 2ZHRA 2HB3A 3LPJA 1FFFC 4YDFA 5KR2A 2UPJA 3PBZA 1G2KA 3RU1A 4RYCA 3UQWA 3QBFA 2OHNA 1QBUA 3MSKA 5HTZA 3EL4A 1IDBA 5OZWA 1RPIA 2O4LA 4ZPGA 5BS4A 4GJDA 2UY0A 4FSEA 3EC0A 1GNMA 3QVCA 1C6XA 2IEOA 5P19A 5DPZA 3H5BA 4IVSA 1LYAB 1W5XA 5P0LA 5P4HA 3GGUA 1HTRB 1J71A 2QD8A 3OXCA 5P8MA 2VJ9A 1UPJA 5P4TA 5P53A 4D85A 3RTNA 2QMPA 5P6FA 4YDGA 4Y5EA 1PSOE 5DR4A 3LIZA 4YD7A 4NKKA 3O9CA 3INDA 1BV7A 5P2OA 1W5WA 4RYGA 5P08A 4QJ7A 4DJRA 3KFSA 3IA9A 4TRZA 5KQFA 4A6CA 2AVMA 1HXBA 3GGXA 5P8IA 3ZKXA 2BPYA 2VIJA 5JG1A 4ZSQA 2HS1A 5OYRA 4MC9A 2ER6E 5P8KA 5P05A 2VNMA 3QS1A 4AA8A 1FMUA 4AA9A 3HD8A 5P51A 1HXWA 3AIDA 3BRAA 1FQXA 3Q5HA 3OOZA 4Y3EA 1UH8A 5P29A 5P5KA 2QAKA 5P4RA 3F9QA 5P54A 5P3ZA 5P8HA 2RSPA 4PHVA 3TNEA 3C9XA 5P78A 4ZPFA 5P4KA 5P8PA 3LIXA 4FL8A 5OYZA 2XFKA 2G20A 5HCTA 4CKUA 2WJOA 2R5QA 4Y57A 5OZRA 4L7GA 2NNKA 3UDKA 4DJUA 3L5DA 1PROA 5P8SA 4ACXA 1A94A 1HPVA 1ODXA 3A2OA 2OHLA 3TOGA 3EM6A 1XE6A 5P24A 3S53A 3UDPA 2G1OA 4CMSA 1LV1A 3EL0A 5OYTA 4RCFA 3R2FA 5P3IA 4WY1A 2QI0A 1FIVA 2B8LA 3VG1A 3INEA 4DQBA 2AZ9A 4HLAA 3DOXA 2VJ7A 5P6BA 4YCTA 4PPHA 5P8DA 5P7ZA 4OBHA 4ZEAA 4XKXA 5P6ZA 1RQ9A 2O4NA 4TRYA 2BPWA 1PSAA 5P80A 2PC0A 3ZOVA 5P1RA 1G0VA 3CKTA 2R43A 4H3FA 2NPHA 5P6LA 5P2NA 2WEBA 5P4CA 5OZ3A 2ZJNA 4YD3A 5P1GA 3B80A 2AOFA 3BXRA 3BC4A 1IVPA 3ZMGA 5P4OA 1MTBA 5P7YA 4B70A 2V16C 2BB9A 3OY4A 1MT9A 4DFGA 3UPJA 2QHCA 1BXQA 3OUCA 5OZTA 5P7PA 5P1JA 4BELA 1OEWA 2OF0A 4OBDA 1D4KA 5KOQA 3QPJA 5P4NA 2PWCA 1TCWA 5P4VA 4HEGA 3K4VC 3CIDA 2B42A 4DPIA 1Q9PA 3VSXA 1T7IA 4JP9A 4RROA 1M43A 1PFZA 4Q1YA 2ZJLA 5OZ7A 5AHAA 2NXDA 3S45A 2FXEA 1LYBB 4QJAA 5P83A 5P4EA 3I7EA 1MT7A 5P7IA 3EXOA 2PSGA 5HVPA 3OGPA 4YBIA 5OZFA 2QZXA 3VLBA 2PWRA 5P8JA 4RGHA 5ER2E 3NU4A 5P0DA 3TPJA 5DQ2A 1D4IA 5OYWA 1E82E 1XL2A 4F76A 3WSJA 3K4VA 2CEMA 5P8BA 3HVPA 3HAUA 5COPA 1SDVA 1K6PA 3OQDA 5HE5A 5P20A 3LITA 1KJHA 2R3WA 5IVTA 3OU3A 5DR3A 2ZYEA 1RL8A 3TH9A 1GVUA 2IGYA 2PQZA 3NXNA 1HVHA 2AOHA 5P0FA 5P3EA 5P32A 1HPSA 5P1CA 1IIQA 5P7CA 5P66A 2RENA 2WF3A 5P3SA 3PVKA 1HPOA 3U6AA 2AOGA 3HDKA 3OQ7A 3IXOA 3PWMA 5P75A 1SIVA 3SA9A 5P8GA 1EEDP 2ZJIA 5P1EA 3OQFA 3APRE 5P5UA 3UQPA 2RMPA 3UDNA 5P5TA 5OYQA 5P6NA 1N49A 4DH6A 5OYUA 4GJBA 4Y3ZA 3TPRA 5KR0A 5ISKA 5P7HA 5P1IA 3KA2A 3PI0A 3JVYA 4CPQA 2G94A 3FNTA 4K4RA 3VYDA 5ISJA 3VF5A 1EPRE 3VV6A 1B6MA 1D4HA 5P2HA 2QU2A 3HW1A 5OZGA 3VLAA 4OC6A 5P3AA 5P8UA 3NLSA 4FM6A 3URLA 4Y3YA 2FXDA 4YCKA 5P8TA 4PEPA 2IL2A 2H6SA 1EBYA 1BVEA 1TW7A 1T3RA 4F74A 4HVPA 2HIZA 4X2LA 3NSHA 2WF0A 3O9HA 1HBVA 5P8VA 4FAFA 3EKYA 1YTHA 3QRMA 4Q1WA 3SM2A 5P1PA 1BBSA 3ZPSA 5P6IA 5P02A 3HLOA 1D4SA 3OHFA 3BVBA 4I0EA 4K4PA 1MIQA 3LINA 5P0WA 3SA4A 2A1EA 4CPRA 4Y4EA 4K9HA 1FMXA 3PWWA 3BXSA 1ENTE 3I6OA 1BWBA 4B0QA 4Y3MA 5P8QA 2CEJA 4YA8A 1ZSFA 4ACUA 2QK5A 3OTSA 1F34A 4PYVA 5P2BA 1XS7D 4Y3WA 5P1QA 3ZKMA 5P7JA 1DW6C 2FIVA 1W6IA 4JOOA 1AM5A 3O9AA 5P0IA 4EXGA 2QNPA 5P79A 4EHCA 5P5FA 3SPKA 5P2EA 1NH0A 1FQ5A 2XFJA 4UPJA 1E81E 3WZ8A 5AH7A 4FM7A 5SY3A 2FDPA 5P4JA 3PSYA 3D1XA 4EJDA 3RSXA 4Y44A 5P7QA 4DQGA 4FM8A 5P2KA 1SH9A 3DJKA 3M9FA 4Y5LA 4Z2ZA 5CONA 1ME6A 2QCIA 2R8NA 3OU1B 5HU1A 1FQ7A 2G1SA 5OZJA 3PEPA 1YM4A 4Y38A 4RCEA 3PBDA 4Y3GA 1FQ8A 3T7XA 3VF3A 5DR1A 1HTEA 1T7JA 2F3FA 3UDYA 4Y3SA 5P5EA 3K5GA 5P6JA 4LBTA 1HTFA 3UDQA 3PSGA 5P4XA 1APUE 3NUOA 2BKSA 1AJVA 1EBKC 5IE1A 2I4XA 4I0FA 4ZPEA 4Y53A 5P1AA 2FLEA 5DQ1A 1HSHA 5P0SA 2XFIA 4YD5A 4FRSA 1ZTZA 3FIVA 3NU5A 3GI0A 5P1OA 3IN3A 4CPTA 5P63A 1PPKE 5HDUA 4Y5BA 5T4SA 1EPNE 5P5QA 3BUFA 5P41A 3QIHA 1HEGE 3OAGA 5P2GA 1HIHA 1B6JA 3HBOA 3TLHA 5P40A 4J0TA 4YOBA 3OUDA 1YT9A 3UDRA 3ZL7A 1XN3A 2RKFA 5HE4A 2PSVA 1TQFA 3T6IA 5P88A 5P4FA 3SA7A 4ZLSA 3HAWA 2WL0A 2HB4A 5P7EA 4R91A 5P7GA 3T11A 1GVXA 4EWOA 2R5PA 3APPA 3D3TA 5P2QA 5HCOA 4QJ2A 1T6EX 7HVPA 5P06A 4F75A 5P2JA 5P5RA 3L5FA 3VCMA 2XYFA 1DMPA 1HTGA 1MPPA 3PWRA 2R3TA 2G1YA 4I0DA 4EXHA 5P3KA 4DJXA 5PEPA 4EQJA 2VIEA 4R95A 4HZTA 5AH8A 5COKA 3NR6A 4R92A 1YTGA 4DJWA 4Y5PA 3O9BA 5OYSA 5DQ5A 2I4UA 2AVVA 5P0AA 3FSMA 5OZIA 3RVIA 1KJFA 1G6LA 5P0QA 1EBWA 5P3QA 1EC3A 2ER9E 5P4YA 4OBZA 3RTHA 4I0HA 5P2RA 2WECA 1EC0A 4Y3NA 4Y4GA 3DK1A 5P8OA 2BQVA 1BDQA 4YHQA 3HZCA 4U7QA 4L7JA 4KB9A 5P57A 3URIA 3O9DA 5P5ZA 2QP8A 5P5IA 1EAGA 5DR7A 5OZXA 2PMAA 2F3EA 1FQ4A 3EL1A 4DPFA 1MESA 4RVXA 2V00A 1CZIE 1W5VA 3VSWA 2WHHA 4Y43A 1T6GA 3OADA 5P72A 4XX4A 4JECA 3CYXA 3KYRA 2OHSA 4HDPA 4Z4XA 5OZEA 5P1NA 5P7VA 2NTRA 5P1ZA 1FF0C 2G1NA 1DIFA 2VA7A 2BPZA 2HS2A 3QROA 4Y5AA 3UQRA 1DAZC 1E80E 1YX9A 4GJCA 4XXSA 3DV1A 5I3YA 3O9GA 5J25A 5P27A 3PRSA 3LIYA 2XYEA 4GJ7A 4BFDA 5OZSA 3R1GB 2F3KA 2V12C 3UDJA 3SA8A 1HVKA 5OZ4A 2OHRA 1D4JA 4Y58A 5P3YA 5P8RA 4Y45A 1APVE 1BV9A 5P60A 3VYFA 4DJOA 4DJYA 1IZHA 1FKNA 4AZYA 3G6ZA 1HSIA 4Z50A 2BBBA 3KFNA 5P47A 2Q15A 4B00A 5IS4A 5P16A 5OZNA 3S2OA 5P4BA 2I4QA 3VV7A 3O9FA 4J17A 4Q1NA 3EKPA 5I3WA 3PMUA 3O9LB 4CPXA 4E43A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PCW A;  4H1E A;  4L1A B;  4NPU A;  5OZ5 A;  3BGB A;  5P10 A;  2SAM A;  4GID A;  1IVQ A;  1FG6 C;  5OZY A;  3OU1 A;  3OHH A;  4OBJ A;  2P3B B;  4B05 A;  3TKW A;  3NU6 A;  4J0P A;  5OZK A;  5COO A;  1C70 A;  4MC2 A;  4CPW A;  5P34 A;  4DJQ A;  4GB2 A;  1GVV A;  1GNO A;  1Z1H A;  2VA5 A;  4Y35 A;  5P59 A;  1MER A;  1VIJ A;  1IBQ A;  1MRW A;  4B78 A;  4HA5 A;  5P28 A;  4H3I A;  5P5H A;  1LEE A;  3QI1 A;  3LZS A;  3EBZ A;  5P6E A;  3EM3 A;  3PLL A;  3ER3 E;  2G22 A;  1XN2 A;  1Z8C A;  3CMS A;  3K5D A;  3Q6Y A;  5P0T A;  5P7X A;  4Q1X A;  3NDT A;  4OBZ B;  3SA5 A;  5C9D A;  1AXA A;  5P18 A;  3SKF A;  1QBT A;  5P6U A;  2QI6 A;  4I11 A;  2WF2 A;  4TVG A;  2QI3 A;  4J0Z A;  2I4D A;  4L7H A;  3SM1 A;  5ENK A;  3CIB A;  3RSV A;  4FLG A;  5P5Y A;  1ZPA A;  4YE3 A;  5P14 A;  5P6T A;  2F8G A;  4Y3L A;  5P7R A;  3DCK A;  2AOJ A;  4U7V A;  5P0V A;  5P3N A;  4RRS A;  5P6Y A;  4DQF A;  3G70 A;  5P00 A;  5P6A A;  1F7A A;  4Y47 A;  5P39 A;  6FIV A;  5OZD A;  2QZW A;  5P4L A;  5P2X A;  2B7F A;  5P2M A;  2PK5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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