1K2BA

Combining mutations in hiv-1 protease to understand mechanisms of resistance
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Combining mutations in HIV-1 protease to understand mechanisms of resistance.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k2bA00
5P0ZA 5P2ZA 1M0BA 3B80A 4AMTA 2Q11A 4Y5BA 4GMIA 5P1EA 2QD6A 3TPRA 2IEOA 1FQ4A 1YTGA 2NNPA 1KJHA 1T7JA 2HIZA 1IDBA 5I3XA 4Y4BA 5P4MA 3LPIA 5P2DA 3ZLQA 5P8KA 4U7VA 4L6BA 3OOZA 3TPLA 7UPJA 4Y3DA 5P4VA 5HU0A 4Y3SA 5P4BA 4DQFA 2WEDA 1D4YA 1C70A 4DPIA 1HVIA 1FKNA 1Z1RA 3HW1A 3I8WA 4ZPGA 5P7TA 1MESA 3SA3A 2PSVA 1BAIA 4OBDA 4Y3RA 4X7IA 5P3HA 4DQCA 5P86A 5P79A 2F3EA 1PPME 3S56A 1LF4A 4J55A 4AUCA 1HXWA 4YCTA 1RV7A 3UCBA 1W6HA 1SDVA 2FIVA 4Y4XA 3S2OA 3URJA 4JECA 3SQFA 3NWQA 3DK1A 5P11A 4HDPA 4R92A 3H5BA 1BDRA 2OHLA 3RTMA 5C9FA 1K2CA 1GNMA 4OD9A 1D4IA 2OHQA 1LEEA 2AVQA 5KQXA 3KN0A 4EP3A 4HDFA 2XFKA 4EP2A 4J0YA 5P7EA 1NPAA 2O4KA 5P01A 1UH9A 2QU2A 5OZWA 2NMZA 4Z22A 5P4RA 3DUYA 4JPCA 2ZJIA 1K6TA 2VKMA 3NXEA 5P8MA 4I0JA 3URIA 1FEJC 1B6MA 4JP9A 5P6QA 2FDPA 3BUHA 1B6JA 1ZAPA 4CMSA 4TRZA 2V16C 4FSEA 2FDEA 5P28A 1HIHA 5P48A 3UPJA 4ER2E 5P8IA 5P5OA 1B6PA 3MSKA 5AHAA 4GJDA 1T6GA 1SGZA 5P8PA 1YTJA 1LV1A 5P68A 2HS1A 3S8IA 4Y43A 2JXRA 3QN8A 4RYCA 5KAOA 4HE9A 3O9BA 1BXQA 5P0OA 3SA8A 4LBTA 5P3VA 4F73A 2HM1A 5P3ZA 3FX5A 4I0ZA 5P7OA 5HTZA 5P15A 5HE5A 5P16A 2ER9E 3L3AA 2JYSA 1HIVA 3KMYA 1HPVA 2F3KA 1Z8CA 5OZNA 3ZPTA 3INHA 4NKKA 3KDDA 1B6KA 4DQBA 5E5JA 4CPRA 2VIJA 2AOIA 5SY2A 3FV3A 2PK5A 4Y51A 5P0CA 3BC4A 2IS0A 1HHPA 1ODWA 3C9XA 4DFGA 3KDCA 1D4SA 3Q5HA 2G94A 5P5RA 3WSJA 1AM5A 5P7YA 1EBKC 4I10A 2BPWA 3LINA 5OYZA 2J9JB 5OZIA 3KT5A 2QI4A 4B77A 1EPQE 4MC2A 1TSUA 3NR6A 5P7RA 5P3UA 5P31A 3IN3A 3OADB 4E43A 5P6FA 4FRJA 1FFFC 3L58A 4A6CA 4K4RA 5T4SA 1SIVA 2NPHA 3R2FA 1FB7A 5OZYA 3T7XA 5P1IA 5P60A 1D4KA 1D4HA 2F81A 3QPJA 1HIIA 1AIDA 1BBSA 2OHSA 3K1WA 2ANLA 1KJGA 5P0FA 3IXOA 4Y3GA 5P1OA 4DJWA 2VJ9A 4YOBA 5P5NA 3L5FA 2R5PA 3S43B 2NMYA 3ZKIA 4YCKA 3PCWA 4RGHA 5P09A 1MPPA 5BWYA 3BHEA 4YDGA 1HVCA 1YTIA 4GJ6A 2H6TA 2WECA 3GI6A 1MTBA 2PSGA 4H3IA 2XYFA 4RVIA 4FRIA 3LIXA 5P7MA 3NLSA 4PYVA 5P0RA 3S7MA 2QCIA 1KJFA 5P3KA 5P5FA 1EEDP 1GVWA 5DGUA 2I4WA 3PWMA 5HCOA 3EMYA 3EC0A 1IZEA 3FNUA 1AZ5A 4FM7A 5P80A 1AVFA 3VUCA 4ACXA 1APVE 5P34A 3PLDA 2ZJMA 3PM4A 3OTSA 2J9JA 3LIVA 1WKRA 1DP5A 1LYAB 5P7UA 1APTE 5P30A 1SMRA 1DPJA 5KR2A 4N00A 5P0KA 1PPLE 5P2YA 2AZ9A 5P3IA 4ZPEA 5P3FA 3OADA 1SGUA 5HDUA 3GI0A 3PGIA 3HDKA 2ER6E 3EBZA 2FGVA 1HPSA 5P4IA 4Y4JA 5P0HA 1UH8A 5P6HA 4NJUA 3L5EA 5EZXA 3UHLA 3SM1A 1JLDA 5P8NA 5HVPA 5OZTA 1SIPA 3PI5A 3S43A 5P6ZA 1TQFA 2XFJA 3LZVA 3R0WA 2BBBA 2AVVA 5P1UA 5P7LA 5P7GA 2VIZA 5P3RA 5P37A 3TOGA 1PPKE 4Y4EA 5P5QA 1B5FB 1AJXA 2F8GA 2O4LA 5P67A 1VIJA 3VYFA 5P8VA 2I4DA 2B7ZA 1HVHA 2PMAA 4I11A 4HVPA 4Y54A 3TLHA 2V0ZC 1MIQA 1ODXA 4FAEA 2R3TA 2AZ8A 4Y3HA 1B6LA 3MWSA 4K8SA 1EBWA 4RLDA 1SMEA 1OD1A 4NPUA 2P4JA 2ASIA 5P17A 3KMXA 5P0QA 5P0YA 1FMXA 4J0VA 2O4NA 3NU6A 4TRWA 3LITA 5P2WA 1A8GA 2AOEA 5P5BA 5P1NA 4QJ9A 3LZYA 3UDRA 1LYAA 5OZ7A 3HBOA 4GJAA 3T7PA 1HPXA 3OHHA 3VV8A 2PH6A 3LPKA 1PSNA 1HVLA 3FNTA 3EKVA 2FS4A 3T7QA 3G72A 3VV6A 2NXMA 5P0AA 5OZVA 5P1SA 3F9QA 5P2MA 5P03A 2R3WA 5P4SA 1NPVA 3PMUA 2QZKA 5P2CA 1GKTA 3H0BA 1A8KA 3PRSA 3PSUA 3AIDA 5P4NA 1EBZA 3IXJA 5P8SA 5DGWA 3GI5A 5P22A 1LS5A 3TKGA 5P7KA 2HS2A 5P2RA 5P13A 1DAZC 5OZ1A 3UDQA 2QK5A 3PWWA 5P0SA 5P1PA 3IXKA 1B5FA 5OZ9A 5P3BA 2FNTA 5P0UA 1A9MA 2O40A 4B1EA 1KJ7A 5P6UA 5COPA 3K5GA 5P1BA 2WEZA 5P76A 5P6OA 5P5CA 3UQWA 5OZQA 1XL2A 3ZKXA 1EPLE 3EKPA 4DI2A 5P89A 3OU1B 4J17A 4FLGA 1META 5P2HA 5P64A 4EJDA 5P4QA 5P8FA 3NDTA 5OYUA 4BELA 2CEJA 5P7SA 3OUBA 2G22A 1A94A 2V10C 3LZSA 4GYEA 1AJVA 5P23A 1EBYA 4FIVA 5OYRA 5P1VA 1HSGA 1XN3A 3CKTA 3SA7A 5P88A 1MT7A 3IN4A 1W51A 5P1ZA 2ER0E 2QAKA 5P73A 2V12C 4XX3A 4HEGA 3URLA 5P59A 5DR7A 2BKTA 1A30A 5P1GA 4QJ2A 4HDBA 1W5YA 5BS4A 4DQHA 5HD0A 4GIDA 3TPPA 1QDMA 2SAMA 4Q1NA 4ZSMA 3SLZA 4J1HA 3EKWA 1QS8A 5IVQA 2ER7E 1IDAA 2IL2A 1XL5A 5ISJA 2OHUA 4YHQA 1IVPA 1LZQA 3KA2A 3JVYA 1T3RA 5P29A 2A1EA 1BDQA 5IS4A 3O99A 2OHTA 4FE6A 3I2LA 5DQ1A 3B7VA 2RKGA 5P75A 5P6PA 5P4WA 1IZHA 1BV9A 1WBMA 4Y5PA 5PEPA 3CICA 4FCOA 1K1UA 1MTRA 5P57A 5P50A 5OZXA 4NJSA 2B8VA 2HAHA 5P38A 2IGYA 4Y5CA 3LIYA 3T6IA 3PBZA 3OU1A 4B78A 1ZJ7A 2WF3A 4KE1A 5P8LA 3K4VA 1FG6C 2VA5A 3VYEA 2NNKA 5P53A 4BFBA 5P6AA 3OUAA 4DJVA 5P6GA 5P0IA 3JVWA 2VNMA 2WKZA 2AOHA 3K5FA 3L5BA 2BPXA 4LL3A 1FQXA 1FQ5A 5P6JA 5P5HA 1SH9A 1NSOA 1B11A 2QU3A 4OBZB 3VFAA 3NU3A 4B00A 3SA9A 3ZKMA 4J1EA 1BWBA 4KUPA 3UQUA 1Q9PA 1RL8A 1TCWA 1KJ4A 3FIVA 4YBIA 2ZJJA 5P1HA 4EQJA 3FSMA 5P2QA 5P05A 1NH0A 2I4XA 3UDJA 1ZPKA 2ZJHA 3NSHA 3IAWA 4I0GA 5OYTA 1C6XA 1LF3A 5AGZA 5DQ4A 3OY4A 1K2BA 4I0EA 4DV9A 3NU9A 3VV7A 2VNNA 4PHVA 3KM4A 3PCZA 5F01A 4RRSA 3IGBA 4RCFA 1EC0A 4NPTA 5P58A 1HSHA 5P0TA 5P2NA 3QAAA 4B1CA 4GJ7A 5JFUA 1HRNA 2F3FA 4K9HA 5P1JA 4Y3QA 2IRZA 3EM4A 2QZXA 2ZGAA 4OC6B 4L1AB 5P7JA 2P8HA 3JW2A 5OZ4A 4DUSA 5P3TA 1HVRA 2UY0A 3O9FA 3L5DA 4XXSA 5P3MA 2G27A 4DJPA 4OBFA 4EHCA 4LP9A 2RKFA 1HPOA 4ZE6A 2IDWA 4Z50A 4QGIA 5P72A 1K1TA 5OZSA 5P0PA 4OBZA 3TOFA 5P7VA 1EPOE 5IVSA 4WTUA 3PVKA 5P2IA 5P4AA 4Q1YA 5P2TA 4D83A 2OHRA 2RENA 5P2AA 4GZFA 1BVGA 2PSUA 3BVBA 5P8GA 5P2EA 2CEMA 4Z4XA 4F74A 3NU5A 2UXZA 3BRAA 3VF7A 2JJIA 2AZCA 1ER8E 4PPHA 3PJ6A 5P2BA 3OOTA 3INDA 5P3EA 4Y3MA 3M9FA 1FLHA 4I8WA 1OEXA 5P5MA 1QBUA 3S7LA 1Z1HA 2FGUA 5P7ZA 5JFPA 3BUFA 4FRKA 3OU3A 3OHFA 5FIVA 3OXXA 5COOA 5P3XA 5P6RA 5C9BA 5P6SA 3O9EA 4FRSA 2FNSA 4Y3ZA 4Q5MA 5P4JA 5DQ2A 4M8XA 4EYRA 5P82A 1IVQA 5P7DA 4K4QA 5IE1A 5P3NA 2OHNA 4COEA 5HE4A 5P3AA 5P5WA 3T3CA 3TL9A 4OC6A 4L1AA 5TOLA 4APEA 1HTFA 5P3CA 4I0DA 3EM3A 5P6WA 1M4HA 1APWE 5OZRA 3UDYA 4EPJA 2ZHUA 5KOSA 5P55A 2FMBA 3GGXA 3QRVA 1SP5A 3ZOVA 5P27A 2O4SA 1BXOA 3RU1A 2QHYA 2BJUA 3TTPA 5COKA 4YE3A 3KFSA 3SABA 4Y47A 4DPFA 1BIMA 1G0VA 1SDTA 4B72A 3OK9A 5P3WA 5P8EA 4Y3XA 3APPA 5P54A 3VF5A 1GVXA 3TOHA 4ZIPA 1ZSFA 4L7JA 4FAFA 5OZ6A 5P4LA 3SA6A 2G21A 5P5KA 4Y44A 3QS1A 1T6EX 5P4TA 5BRYA 3IA9A 2QHCA 4L7HA 4CPTA 2ZHTA 4LXMA 1BVEA 3NDUA 4EQ0A 3KFPA 5P2XA 3D1XA 5P08A 3D91A 5APRE 4GB2A 1W50A 1TW7A 4Y50A 2O4PA 5CONA 1GNOA 3NUOA 5P3QA 1IZDA 1UPJA 2IKUA 2Q63A 4IVSA 5P6KA 2Q15A 4ER1E 4Q1XA 2IGXA 3KT2A 5P0LA 2G26A 1LYWB 4Y3TA 2FLEA 3PSYA 5OZHA 2G1SA 4OBJA 3DV1A 3D1ZA 4CPSA 5OZGA 4GJCA 5P1FA 5P87A 1HVKA 3IVHA 5P0MA 5OZ5A 5P0GA 4Y5MA 1QBRA 5P2FA 4Y4GA 4FM6A 5P06A 4Y5AA 3K5CA 1LYBB 5P7WA 5P8HA 4AA9A 1TSQA 1HTGA 3EM6A 5P6CA 1M43A 5P46A 4DH6A 3BVAA 2Z4OA 1QRPE 4LAPA 3O9HA 1YTHA 4YDFA 4J0ZA 3ER3E 2QNPA 3AUPA 5HCTA 1GVVA 2A4FA 2AVSA 3ER5E 3TNEA 5P5JA 5P7FA 2PYNA 4YBFA 2R5QA 3SM2A 4Y3NA 3S54A 4S1GA 2QD8A 4B0QA 3LHGA 5AHCA 5P4EA 5P04A 5DQCA 3HZCA 2HPFA 5P7IA 5KQYA 1HTRB 1MSNA 4L7GA 4EWOA 4UPJA 5P8CA 1ME6A 5P5YA 4A6BA 4HA5A 3QVIA 3TPJA 2WF1A 1FQ7A 5P1QA 4H3GA 3RTNA 5P4GA 5P3PA 4RCDA 1C6ZA 7HVPA 5P65A 4DQGA 5OZCA 2ZJNA 1OEWA 3LPJA 1EPRE 4CPXA 1RPIA 1SDUA 4Y48A 1HWRA 4Y4TA 3RTHA 3WZ8A 3QBFA 5KR8A 3SA5A 1LYWA 6FIVA 2BPZA 5OYYA 2HC0A 4B05A 1EAGA 4U7QA 5P5XA 2QI7A 3SFCA 2ZE1A 5P1KA 4ZPFA 2VA6A 1IIQA 3LNKA 2FDDA 5AH7A 4I12A 1LYBA 5P5GA 5ISKA 1T7IA 2F80A 3QP0A 1MERA 3S53A 4ZSQA 2AVOA 5P24A 5P61A 4FS4A 1W5WA 1EC2A 2PYMA 5P6MA 5P6NA 3A2OA 4YD4A 2I4VA 4Y35A 5OZPA 1W5VA 2APRA 3CYWA 4ZEAA 4J5JA 5P7BA 3KYRA 2FXDA 2G1NA 3O9CA 4F75A 5P4OA 1PFZA 5P20A 2QHZA 3OTYA 5P6EA 5P6LA 3NU4A 3OWNA 4LC7A 4Q1WA 1MEUA 2ZJLA 4OBGA 4Y5NA 6UPJA 4Y38A 3CKPA 3PI0A 4B1DA 2AZBA 6APRE 3CIBA 2VS2A 5P71A 1K6CA 5EZZA 5P42A 4Y39A 2WL0A 5P5PA 3U7SA 5P74A 2BPYA 1HTEA 2OF0A 4RROA 3K5DA 3LIZA 1U8GA 4APRE 1EC1A 5P1RA 5P3LA 3DV5A 4JOOA 3UDKA 1CPIA 1W5XA 5P4PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0Z A;  5P2Z A;  1M0B A;  3B80 A;  4AMT A;  2Q11 A;  4Y5B A;  4GMI A;  5P1E A;  2QD6 A;  3TPR A;  2IEO A;  1FQ4 A;  1YTG A;  2NNP A;  1KJH A;  1T7J A;  2HIZ A;  1IDB A;  5I3X A;  4Y4B A;  5P4M A;  3LPI A;  5P2D A;  3ZLQ A;  5P8K A;  4U7V A;  4L6B A;  3OOZ A;  3TPL A;  7UPJ A;  4Y3D A;  5P4V A;  5HU0 A;  4Y3S A;  5P4B A;  4DQF A;  2WED A;  1D4Y A;  1C70 A;  4DPI A;  1HVI A;  1FKN A;  1Z1R A;  3HW1 A;  3I8W A;  4ZPG A;  5P7T A;  1MES A;  3SA3 A;  2PSV A;  1BAI A;  4OBD A;  4Y3R A;  4X7I A;  5P3H A;  4DQC A;  5P86 A;  5P79 A;  2F3E A;  1PPM E;  3S56 A;  1LF4 A;  4J55 A;  4AUC A;  1HXW A;  4YCT A;  1RV7 A;  3UCB A;  1W6H A;  1SDV A;  2FIV A;  4Y4X A;  3S2O A;  3URJ A;  4JEC A;  3SQF A;  3NWQ A;  3DK1 A;  5P11 A;  4HDP A;  4R92 A;  3H5B A;  1BDR A;  2OHL A;  3RTM A;  5C9F A;  1K2C A;  1GNM A;  4OD9 A;  1D4I A;  2OHQ A;  1LEE A;  2AVQ A;  5KQX A;  3KN0 A;  4EP3 A;  4HDF A;  2XFK A;  4EP2 A;  4J0Y A;  5P7E A;  1NPA A;  2O4K A;  5P01 A;  1UH9 A;  2QU2 A;  5OZW A;  2NMZ A;  4Z22 A;  5P4R A;  3DUY A;  4JPC A;  2ZJI A;  1K6T A;  2VKM A;  3NXE A;  5P8M A;  4I0J A;  3URI A;  1FEJ C;  1B6M A;  4JP9 A;  5P6Q A;  2FDP A;  3BUH A;  1B6J A;  1ZAP A;  4CMS A;  4TRZ A;  2V16 C;  4FSE A;  2FDE A;  5P28 A;  1HIH A;  5P48 A;  3UPJ A;  4ER2 E;  5P8I A;  5P5O A;  1B6P A;  3MSK A;  5AHA A;  4GJD A;  1T6G A;  1SGZ A;  5P8P A;  1YTJ A;  1LV1 A;  5P68 A;  2HS1 A;  3S8I A;  4Y43 A;  2JXR A;  3QN8 A;  4RYC A;  5KAO A;  4HE9 A;  3O9B A;  1BXQ A;  5P0O A;  3SA8 A;  4LBT A;  5P3V A;  4F73 A;  2HM1 A;  5P3Z A;  3FX5 A;  4I0Z A;  5P7O A;  5HTZ A;  5P15 A;  5HE5 A;  5P16 A;  2ER9 E;  3L3A A;  2JYS A;  1HIV A;  3KMY A;  1HPV A;  2F3K A;  1Z8C A;  5OZN A;  3ZPT A;  3INH A;  4NKK A;  3KDD A;  1B6K A;  4DQB A;  5E5J A;  4CPR A;  2VIJ A;  2AOI A;  5SY2 A;  3FV3 A;  2PK5 A;  4Y51 A;  5P0C A;  3BC4 A;  2IS0 A;  1HHP A;  1ODW A;  3C9X A;  4DFG A;  3KDC A;  1D4S A;  3Q5H A;  2G94 A;  5P5R A;  3WSJ A;  1AM5 A;  5P7Y A;  1EBK C;  4I10 A;  2BPW A;  3LIN A;  5OYZ A;  2J9J B;  5OZI A;  3KT5 A;  2QI4 A;  4B77 A;  1EPQ E;  4MC2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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