1K6CA

Lack of synergy for inhibitors targeting a multi-drug resistant hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
94
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLMNLPGRWKPKMGGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Lack of synergy for inhibitors targeting a multi-drug-resistant HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 94
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k6cA00
2BQVA 3BUFA 5OZGA 2AOFA 3PSYA 1KJHA 2NNKA 1TCXA 4Y39A 3TTPA 1ODXA 3WB4A 4I11A 4DFGA 2Q54A 1ME6A 3VF5A 5P34A 2G1NA 3LIYA 5OZPA 3UF3A 5P3WA 5P1LA 5P62A 1LYBA 2AODA 2UPJA 4RGHA 3NXNA 4X7IA 4FRIA 5P43A 5P4AA 1W5XA 1MT7A 4B00A 1HVIA 1PSNA 3QP0A 5AH8A 3QVCA 5P3LA 4ZSQA 1DPJA 5P86A 4D85A 4K9HA 2V11C 2XYFA 1FQXA 4FIVA 3TKGA 5P6IA 4Y3QA 7UPJA 1BXOA 4ACUA 5P4TA 4Y38A 3AUPA 3VYDA 4JPEA 3VLAA 1A8GA 5P8LA 1SIPA 1D4IA 3MWSA 4DQCA 5P8UA 5T4SA 4B1DA 5P29A 2EWYA 4Y3AA 4DVFA 1SMRA 4I0JA 5P4JA 1FG6C 5P2WA 5P7YA 5P7XA 1LF3A 3MSJA 3WZ6A 2IL2A 3QBHA 5P4WA 2OHUA 2O4SA 2FIVA 5P8QA 1AIDA 1VIKA 3JVWA 4ZIPA 5P60A 5P4CA 1TSUA 4FM8A 1HHPA 3KT5A 4Y4EA 3H5BA 2ER0E 3B7VA 2Z54A 4DJYA 4LBTA 5P14A 4Y4WA 5P74A 2QHCA 4J1EA 5P0SA 2AOIA 1HEGE 1XL5A 3OUCA 3QAAA 4Q1XA 3L59A 1PPLE 1GVXA 1YT9A 3ECGA 1BDRA 4XXSA 4YA8A 2NXDA 4Y54A 1C6ZA 2JE4A 5P5PA 1IZIA 2WF4A 3IAWA 3L5DA 3O9EA 3RTNA 3FX5A 4Y6MA 2HC0A 5P63A 5OZWA 2AVVA 1E82E 3T6IA 2NXMA 1M43A 5HCTA 2G21A 4LL3A 1EBWA 1E80E 5F01A 5P0TA 4RCFA 4B77A 3FKTA 1KJFA 4E43A 4TRYA 3OXCA 5P53A 5OZ4A 2APRA 1HEFE 4AUCA 1ZP8A 1IZHA 5P20A 2NMZA 5P19A 3ZKQA 4DJQA 3EM3A 3OOTA 3NU5A 6FIVA 4BFBA 4Z50A 2O4NA 1MRWA 5OZ5A 2O4PA 5P13A 5I3WA 1ZPKA 1LYWA 5DQ4A 2OHQA 4DV9A 2ZHRA 1HPOA 1SGZA 2QI0A 5P69A 4RLDA 1IBQA 5P2NA 2OHLA 3O9DA 2WEZA 4NPTA 4Y3LA 5CONA 3EBZA 5OYWA 5P5CA 4OD9A 1J71A 1D4JA 3LIQA 4ER2E 5P1BA 5P4PA 2G27A 4OC6B 3SAAA 3IN3A 5UPJA 3HZCA 3UFLA 2VA5A 2ER6E 5P4YA 4Y3PA 3S85A 1BVGA 3S43B 1A30A 4EYRA 4I0DA 3VEUA 4ZSMA 4EJLA 1AJVA 1NPAA 5P1HA 2R9BA 5P42A 3HW1A 3FNTA 2QHZA 1D4SA 3CIBA 3OWNA 3LZSA 4GMIA 4Y51A 5HE4A 4H3FA 2ZGAA 3F9QA 3UFNA 1TQFA 1EC0A 5P3FA 3OADB 5HDUA 3EL1A 5OZXA 3IVIA 2WEDA 1MRXA 5P7WA 2BKTA 4M8XA 5P7IA 5KOSA 5PEPA 3BHEA 5P0JA 5P76A 4ZPFA 1E81E 2Q15A 1WBMA 2PK6A 5P7CA 5P8DA 5J25A 5OZ6A 3DCRA 3BXRA 3CKRA 5P1MA 4Y37A 3NWQA 4Y48A 4Y53A 2HS2A 4LAPA 5HU0A 3PBDA 1HOSA 5ISKA 4YBFA 5P6MA 4AZYA 4DJUA 5P75A 1MT8A 5P5LA 2HPEA 3GGVA 2G22A 5F00A 3JVYA 4JP9A 5P1UA 1GVUA 5OZTA 1HVKA 4J0VA 2FDPA 4EQ0A 4Z22A 4Y9WA 1ZTZA 3NU3A 2P8HA 3CMSA 5JG1A 3SA9A 5DQ2A 3D1ZA 1HIHA 3VSXA 5P11A 4PPHA 2PMAA 4QGIA 5P2HA 5DR3A 2ANLA 2AZ9A 1FMBA 4F74A 3UQUA 1KJ7A 2AVMA 4YD7A 3SO9A 2V16C 5P15A 5P4QA 3HVPA 5P66A 4OBGA 4FRSA 4JECA 5P6QA 1SH9A 3LNKA 5P0HA 4TRZA 2BPYA 3IGBA 3INEA 4DJWA 4FE6A 3EL9A 5P3DA 1M4HA 3H0BA 5P7NA 3IN4A 4Y3TA 3BGBA 3TKWA 5P1QA 5P5SA 5I3YA 2B60A 2HB4A 3GGUA 4B0QA 5P5ZA 3ER5E 1ZPAA 1T7JA 1CMSA 5P5XA 4R95A 4GYEA 3VYFA 2QNPA 3NUOA 5P3QA 1GVVA 5P3ZA 1ZAPA 5OYQA 5OZ8A 2B42A 5KQZA 3OHHA 5DR4A 3UTLA 1EC2A 3DUYA 2I4VA 4HLAA 2QU3A 4Y3GA 4J1HA 1FLHA 1B5FA 5EZXA 1LYAA 3WB5A 4KUPA 5P6JA 4QJ7A 3RTHA 4APEA 5P3KA 5P84A 4I0EA 5OYSA 4QJ6A 3SM2A 4EJKA 5OZUA 2VS2A 6UPJA 4COEA 1B6MA 5AGZA 3EM6A 5P2JA 4HDBA 2IGXA 3CKTA 3IXKA 3I2LA 5OZCA 4M8YA 1E5OE 5P0UA 5P18A 3DOXA 4HDPA 3O9HA 5DPZA 2B7FA 1MTBA 2I4WA 5HD0A 3UQXA 1IVQA 3WZ7A 1HTFA 4GJ7A 1EAGA 4J0ZA 3SA8A 4LP9A 1FFIC 5DGWA 5P1ZA 2UY0A 3OU1B 1APVE 1ER8E 3PRSA 5P6FA 3LPIA 5P37A 5P3UA 1EPLE 4LC7A 3O9GA 3S54A 2PC0A 2QMPA 3EL0A 3PCZA 5P8OA 4Y4GA 2I4DA 5OZHA 1YTIA 4A4QA 3K5DA 2ZJMA 5P4IA 1SDTA 3R0YA 5P6LA 2WKZA 5P01A 3LIZA 4YD5A 5OYUA 1K2CA 2I0DA 5P81A 5P06A 3G70A 4Y3EA 5DR1A 4U8WA 1MSMA 3VF7A 2IRZA 5OZLA 5P8HA 1FQ6A 2UXZA 3O9AA 1BAIA 5P6WA 2J9JB 4MC2A 3UCBA 1SP5A 5P6OA 1UH8A 2QMFA 5P0DA 4D83A 5P1VA 5I70A 2IENA 5P70A 3FSMA 4I0GA 5P0BA 1XE6A 2AIDA 5P3EA 2QD6A 5P2EA 1Q9PA 3PB5A 4YE3A 5JODA 1AAQA 1BILA 5P2RA 1FQ8A 5P2VA 4Y36A 3KFPA 2VIZA 2R8NA 3SA6A 4ZE6A 3GI4A 3EMYA 3RU1A 5P2KA 4CPTA 4WY6A 4J0TA 4H1EA 3AIDA 5P6KA 5P1JA 4DI2A 2QI7A 5P54A 1HVHA 4L7HA 2I4QA 5P35A 2NMYA 4Y5AA 4CPXA 4FCOA 5IVRA 3VLBA 5P78A 1APUE 2V10C 2MIPA 4Y5PA 5P5JA 1AXAA 1MTRA 2QZXA 3OXWA 5P09A 3PVKA 5I3XA 1BXQA 1QBSA 1BDLA 5SY3A 2G94A 5OZ7A 5HDXA 4LXMA 5P4VA 3CICA 5IS4A 5P3PA 1K6PA 5OZNA 3GGAA 5P6AA 3PEPA 3OQAA 5P5DA 3OUAA 4HA5A 5P8TA 2HB3A 5P4UA 4B70A 4CP7A 1HVJA 5OZJA 4Y3XA 2QD7A 5HE5A 4Y3JA 4DQGA 5P3TA 6APRE 1C6YA 2R5PA 1FMXA 2I4XA 4OBZA 4FM6A 5P5YA 5P30A 5P3MA 3IVHA 4Y4XA 2XFKA 5P4RA 3UDQA 1GVTA 1RQ9A 4I0ZA 4S1GA 4OBHA 2V13A 2V00A 4YCKA 4YCYA 4ER4E 1DIFA 3VFBA 4ZSRA 2FLEA 4K4QA 5DR0A 2ZHSA 4MC1A 1WKRA 1FIVA 1META 2R5QA 3HAUA 4XX3A 5P0RA 5P0QA 2R38A 3BGCA 2NTRA 5P07A 1EC3A 5KQXA 3OHFA 4JPCA 3KMYA 1FFFC 5P5AA 1QDMA 3OQFA 1C6XA 5P5BA 4I10A 4ER1E 3OQDA 1PFZA 3UPJA 4BELA 3N3IA 4L6BA 2V12C 3KN0A 4IVTA 4Y3NA 2QMDA 4J1KA 2QZWA 1RNEA 5P3IA 3D3TA 3QROA 5P05A 2H6SA 2IQGA 4Y58A 5P27A 3BUHA 2ZJNA 2OHKA 1T7KA 2G1SA 3KDBA 4D89A 1ZJ7A 2NNPA 1MERA 4Y5NA 5P17A 4D8CA 2FDDA 5OYRA 2A4FA 3WZ8A 5AH7A 5OZAA 1RV7A 3PBZA 5P7JA 4K4PA 5P7QA 2BJUA 2FXDA 1TCWA 2P3CA 3LZUA 2A1EA 1W6HA 1QRPE 5P59A 3K1WA 5P5NA 3T3CA 4NJUA 2HS1A 3FV3A 3OGPA 1FEJC 4RRSA 2G24A 4Y5CA 4FRJA 5P1XA 2CEMA 1LEEA 2ZDZA 4QJ8A 5DGUA 3UDPA 2P83A 1IDBA 1MT9A 5P44A 4Y5BA 5P6TA 3BRAA 2WF0A 5BRYA 9HVPA 4H3GA 3ZMGA 5P4FA 2AZCA 3UDMA 3OOZA 4B1EA 1HWRA 2QI6A 4AA9A 3UQPA 3URLA 1PPME 1TZSA 2Q5KA 3APRE 4GJ6A 5DR7A 3OXVA 5P00A 4ZPEA 3FNUA 2P3BB 3T11A 1Z1RA 4Y5MA 3CIDA 1TSQA 1XN2A 1B6JA 5P6GA 1EPRE 2OHMA 4DH6A 2AOJA 3EKTA 2F80A 4J0PA 1AJXA 4Y4ZA 5P85A 1C70A 5P5MA 4R5NA 3O9LA 4GIDA 3SA4A 5P5IA 1PSAA 3CKPA 3QBFA 3BVBA 1ODYA 4PZXA 4GJAA 3M9FA 3GI0A 1HVLA 4H3JA 1QBUA 2VNNA 1QBTA 4Y3RA 4RROA 1HXWA 2OF0A 2VIYA 1GNMA 4Y3ZA 4EWOA 2QU2A 4GJ8A 2RENA 1BWAA 1IDAA 3INFA 3O9FA 4Q1WA 3PWMA 4L1AA 4DPFA 3PLDA 4Y4DA 5P38A 5COOA 4DQFA 3HDKA 3SM1A 3BVAA 1GNOA 5P0OA 4X2LA 5OYVA 4Y35A 1T7IA 1T6EX 1LYBB 1K1UA 4Y5EA 5DQ1A 5DQCA 1LF4A 4EXGA 2PQZA 2JYSA 4K8SA 4MC6A 1NPWA 5SXNA 5P1DA 3I7EA 3NDTA 3LZVA 2VKMA 4NKKA 1OHRA 2QMGA 2FXEA 3R1GB 3Q5HA 1IIQA 5P1PA 2AOCA 5HCOA 2QP8A 5OZ3A 4KE0A 2WEAA 3HVGA 5P83A 4YD6A 1K6VA 1F7AA 1XN3A 2JJJA 5KAOA 2Q64A 4NJSA 5P1KA 3ZKNA 3VYEA 5CLMA 2IKOA 3KT2A 4R8YA 3QS1A 3KFSA 4B78A 1HIIA 1W5VA 4I12A 5P8RA 1DAZC 2AVSA 2Q63A 3GI5A 1HVCA 4EHCA 5P0LA 5I3VA 1IZEA 3EXOA 2AOHA 5OZRA 5P56A 5P36A 3QRMA 2O4KA 3ZKXA 4CMSA 3G72A 2QI5A 3GI6A 4Y5GA 2VJ7A 4Y57A 5P8AA 2IKUA 4D88A 2FDEA 2HPFA 2ZJJA 2FNSA 3T7XA 5OZ1A 3SQFA 5P5FA 3NUJA 3NSHA 4TVGA 3S7LA 5HU1A 5P79A 5P88A 3VF3A 3URJA 1HRNA 2VA7A 1MPPA 3CYXA 3DJKA 5P26A 2VJ6A 2PYMA 3Q70A 3VV7A 4YOBA 5AH9A 3L5FA 5P3XA 1ZLFA 3ZKMA 5IVTA 2BKSA 1B11A 2BB9A 3EKYA 5P61A 4FSLA 2PSUA 5P0NA 3EL4A 2VJ9A 5P1IA 4EP2A 2P3AA 3L5CA 5P3YA 4FSEA 4Y4TA 1GNNA 2QI3A 5P5WA 3O99A 4J1FA 3QRVA 1IZDA 5P4NA 3LPKA 4ZLSA 1YG9A 4QLHA 4Y50A 2PWCA 1AZ5A 5P8KA 3ZL7A 2ASIA 5KR2A 3KYRA 3KF0A 1HTEA 5OZFA 4L7JA 5P89A 1W5YA 3PLLA 4FLGA 4J17A 4Z2ZA 3KMXA 8HVPA 5P6HA 3B80A 2ER7E 2R3WA 4RYGA 5KQFA 1LYWB 2AOEA 2G1RA 3PHVA 4A6CA 2G1YA 3KFNA 5AH6A 2PK5A 1W50A 2QI1A 3Q4BA 4Y3DA 5P55A 3BXSA 5P02A 3R0WA 4FGXA 4Q1NA 5P4LA 2OHTA 4PEPA 5P58A 2QI4A 4ZEAA 3ER3E 5P8PA 5P2AA 3OGQA 5P23A 5P6YA 5P3SA 4J1IA 1BV7A 4R92A 4JOOA 1WBKA 1KZKA 1BIMA 5P7BA 1M0BA 1Z8CA 4XKXA 3D1YA 4MC9A 3TPRA 3VV6A 4QJ2A 5P04A 4FL8A 5P57A 3UDKA 5P2CA 3NR6A 5P6EA 4F76A 1HIVA 2R43A 4RYCA 5P7LA 1IVPA 4Y5KA 5TOLA 2JJIA 4B72A 2VIEA 1FKNA 2WL0A 4YDGA 1XE5A 1A94A 3QVIA 4GZFA 4J55A 5P6DA 4F73A 5HE7A 3S45A 1DP5A 2AQUA 3DK1A 3K5CA 5P2OA 4PYVA 5P0KA 7HVPA 3R2FA 5P64A 5P5EA 1D4LA 5P1SA 1BBSA 1XS7D 3HBOA 4TVHA 1SGUA 1EBYA 4BEKA 2XFJA 4J0YA 5P3OA 4ACXA 1SBGA 2WEBA 5P1WA 3A2OA 4RCEA 5ENMA 3ZKSA 5P0CA 5P3GA 5KR1A 3EL5A 5OYYA 5P5TA 4NJVA 2ZHUA 5P6PA 5P8SA 4GJ9A 5OYZA 5P2FA 2OHSA 1ODWA 5P7RA 3KDCA 5P7UA 5P47A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BQV A;  3BUF A;  5OZG A;  2AOF A;  3PSY A;  1KJH A;  2NNK A;  1TCX A;  4Y39 A;  3TTP A;  1ODX A;  3WB4 A;  4I11 A;  4DFG A;  2Q54 A;  1ME6 A;  3VF5 A;  5P34 A;  2G1N A;  3LIY A;  5OZP A;  3UF3 A;  5P3W A;  5P1L A;  5P62 A;  1LYB A;  2AOD A;  2UPJ A;  4RGH A;  3NXN A;  4X7I A;  4FRI A;  5P43 A;  5P4A A;  1W5X A;  1MT7 A;  4B00 A;  1HVI A;  1PSN A;  3QP0 A;  5AH8 A;  3QVC A;  5P3L A;  4ZSQ A;  1DPJ A;  5P86 A;  4D85 A;  4K9H A;  2V11 C;  2XYF A;  1FQX A;  4FIV A;  3TKG A;  5P6I A;  4Y3Q A;  7UPJ A;  1BXO A;  4ACU A;  5P4T A;  4Y38 A;  3AUP A;  3VYD A;  4JPE A;  3VLA A;  1A8G A;  5P8L A;  1SIP A;  1D4I A;  3MWS A;  4DQC A;  5P8U A;  5T4S A;  4B1D A;  5P29 A;  2EWY A;  4Y3A A;  4DVF A;  1SMR A;  4I0J A;  5P4J A;  1FG6 C;  5P2W A;  5P7Y A;  5P7X A;  1LF3 A;  3MSJ A;  3WZ6 A;  2IL2 A;  3QBH A;  5P4W A;  2OHU A;  2O4S A;  2FIV A;  5P8Q A;  1AID A;  1VIK A;  3JVW A;  4ZIP A;  5P60 A;  5P4C A;  1TSU A;  4FM8 A;  1HHP A;  3KT5 A;  4Y4E A;  3H5B A;  2ER0 E;  3B7V A;  2Z54 A;  4DJY A;  4LBT A;  5P14 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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