1K6TA

Lack of synergy for inhibitors targeting a multi-drug resistant hiv-1 protease
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
95
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEMNLPGRWKPKMIGGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Lack of synergy for inhibitors targeting a multi-drug-resistant HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 95
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k6tA00
1ODXA 1ZSFA 3TPPA 3CYXA 1HVHA 5OZ1A 5P8GA 5P7WA 3BUGA 4FIVA 1C6ZA 2FMBA 3JVWA 5DR4A 5P4SA 2G27A 4J1KA 5P0HA 2BPXA 5TOLA 5P1QA 2P83A 3TNEA 2Z54A 2PYNA 1YTGA 4Y48A 5UPJA 1B6LA 1MERA 5P1JA 3CIBA 3OUBA 5I3VA 4I0ZA 4J0YA 5P4FA 4MC1A 4EJKA 2AZ9A 2IQGA 2QK5A 2PSGA 1B6KA 2ZJIA 4Y3TA 5P4AA 2NNKA 5P19A 5P5UA 2HB2A 5HCOA 1M43A 4RVJA 4Z4XA 1IBQA 3PHVA 2VA7A 3T3CA 5CLMA 3BRAA 5P20A 1A9MA 3UQRA 4HVPA 5KOSA 5KQYA 4J0PA 1C6XA 1BBSA 3UQXA 5P5JA 2ZGAA 1EC3A 3OQ7A 3VG1A 1FEJC 1KJFA 3NWQA 5P45A 1EBKC 3VF7A 3NXNA 4YCKA 3SKGA 1ZAPA 3LZUA 1XE6A 2XYFA 1XE5A 5ISKA 4KE0A 4Q5MA 2R3WA 4YDGA 5P1TA 5C9BA 4J1CA 5HU0A 1TSUA 1EPQE 5P6QA 5OZCA 2V13A 1HIIA 4XX4A 4RCDA 3GI5A 3LZSA 5P0ZA 1UPJA 2V0ZC 5FIVA 5P6TA 5P2IA 5P2LA 4HZTA 5P3IA 4PZWA 4M8XA 3EKQA 1BVGA 5P5KA 3H5BA 4I0DA 5OYVA 1DP5A 1LV1A 2RKFA 3LIVA 4U8WA 3EKXA 4J1HA 3IA9A 5OZIA 1FMBA 2AOFA 4ZSQA 5P8TA 4Y3QA 3GI0A 3OXWA 2ZYEA 4TVGA 3UDJA 2QP8A 3EKTA 5DQ1A 5P1EA 1HSIA 4Y3SA 2APRA 3ZKIA 5HDZA 2G20A 1D4SA 5KQFA 4B0QA 3SLZA 1CZIE 4OBZA 1MRXA 5P5XA 4Y38A 3K4VA 4FLGA 1FQXA 2B8LA 3O9DA 5P7VA 4AUCA 5P0OA 2BJUA 2P3AA 3ZMGA 5P54A 3DJKA 5P5GA 2IDWA 5P1ZA 3EKVA 2OHSA 2ZHRA 1UH7A 2QHZA 2XFJA 4EQ0A 3UCBA 1K2BA 2VNMA 4OBGA 1NPVA 4Z50A 5P29A 3BUFA 4ZSRA 5P2VA 1EPRE 3SM1A 5P7XA 4H1EA 1LF4A 2UPJA 2QI3A 5DGUA 5OZRA 4CPQA 5P89A 3HVPA 4J0TA 2BKTA 5P0YA 3HDKA 5P77A 3NXEA 3VLAA 3O9AA 2P3BA 3G6ZA 3K5FA 3UQUA 3QVCA 1GVTA 3SA3A 5P2KA 1K6TA 4Y4BA 2BPVA 1GVWA 4Y4GA 5P5RA 2WL0A 3EKPA 5SY2A 1BV7A 3MXDA 4Y9WA 1MT7A 3TKGA 4DQHA 3R0WA 4GJ6A 5KQXA 1YG9A 4HDFA 1WKRA 3N4LA 5P09A 5P0NA 1A30A 2QMPA 3RU1A 4Y57A 5P4ZA 5P0TA 1VIKA 2IENA 4NPTA 3AIDA 5E5KA 5OZ5A 5P8FA 4DQEA 3QPJA 3VUCA 2EWYA 2P4JA 5HU1A 4U7QA 5JFPA 3B7VA 2F8GA 3BXRA 1B5FB 5P55A 5P5NA 2OF0A 5P8DA 2VIEA 3PVKA 5BRYA 1B6PA 5P3FA 2HS1A 5B18A 3B80A 1MIQA 3INDA 2QI4A 2G1OA 5P2UA 2AZCA 5DQ5A 5P0UA 4NJUA 2QNPA 4YD5A 1FFFC 4JECA 3CYWA 5P2FA 3T7PA 4YDFA 2QCIA 2FGVA 3OU1A 3S7MA 3S7LA 5P6DA 1W50A 4Y5KA 5P01A 2I4DA 3QBFA 1BVEA 2ER6E 2UY0A 3GI4A 2FDDA 2NMZA 4I8WA 4FL8A 5P4YA 5P31A 3A2OA 4K4PA 4Y3RA 4ZSPA 5P2TA 3CMSA 3VF5A 5P6VA 1HBVA 4LXMA 1SMRA 5P0VA 4Y36A 4RGHA 1BXQA 5P3YA 3RVIA 4K9HA 5IE1A 3I2LA 1SDTA 4AZYA 3LPIA 1RV7A 4Y39A 2QZWA 5P6FA 3EM4A 5P41A 2QD6A 2QNQA 2R43A 5P7KA 3PSGA 3OK9A 1XN3A 2IEOA 5P66A 5P68A 3ZKSA 2B60A 1DAZC 4D83A 4YCTA 4ACUA 2G1YA 1NPWA 4XXSA 5P1KA 3JVYA 4QJ9A 4OC6A 5P2OA 3EL9A 3L3AA 3L38A 1FG6C 3PI0A 5OZMA 5P75A 2OHKA 5P42A 2HAHA 3BVBA 2AODA 2PC0A 4GB2A 5P2CA 4A6BA 4RRSA 3NR6A 4Y47A 5HVPA 5P6IA 5P80A 3LNKA 5P73A 3BC4A 5P05A 2O4NA 5P64A 5P3DA 5HTZA 5HDUA 1PROA 2AQUA 3KFSA 3PMUA 5P1MA 1RNEA 1TCXA 5AH7A 5OZTA 5P5MA 3OQFA 2O4LA 3IN4A 4B77A 2F3KA 4H3GA 3Q4BA 3T11A 3VLBA 5P58A 4L1AB 3SO9A 3UFNA 5OZUA 4ACXA 5P0DA 3T7QA 3OUCA 1WBMA 2PH6A 3GGAA 1BAIA 3EM6A 3NU4A 5P0WA 2I4UA 5P7SA 1PFZA 3ZKXA 5P2YA 4DH6A 4J0VA 4JOOA 4PYVA 4FS4A 1FQ7A 4Y3YA 1MRWA 4NJVA 3IAWA 3URLA 5P1CA 2R38A 4Y3EA 1TW7A 1ZBGA 5P7EA 2IL2A 4Y3HA 1CPIA 5P4QA 5KR0A 5P8IA 3O9HA 4DPFA 1BDQA 3QBHA 2QHCA 3WZ7A 4F73A 5OZ4A 5I70A 4MC6A 5P3CA 3O9LA 3BXSA 2PSUA 1HVJA 3OU4B 2I0AA 3TOHA 3VSXA 5P0EA 2QU2A 3PI5A 1K6CA 4QJ2A 4Q1NA 1YTJA 5P8RA 1KJHA 4DQFA 4I1CA 3OHFA 4Y53A 2FNTA 2AOIA 2ZHVA 2VJ9A 4DQGA 2V12C 5OZAA 4APEA 4EYRA 1A8GA 2AVMA 2G22A 5HDVA 5P4BA 3FX5A 2UXZA 5P2GA 3PRSA 3HVGA 2OHNA 4PHVA 2A1EA 2ZJMA 4DJPA 3HAWA 5P3HA 1LF3A 5P63A 4Y5MA 4I0GA 4EXGA 5P70A 2Q63A 5OZZA 4J1IA 3PBZA 5P61A 3EKWA 1ZJ7A 4L7GA 3OQKA 5P4DA 5KOQA 3NU5A 5P2ZA 2SAMA 3FIVA 2RMPA 5P81A 3PGIA 1VIJA 1BWBA 2PWCA 1IZHA 4YE3A 4XX3A 5P6UA 1SIPA 3OADA 4NJTA 3RTNA 1QBSA 2WECA 2PWRA 3S43B 2IKUA 1XN2A 5OZ6A 5OYWA 3I25A 1IVPA 1OEWA 3O9IA 1HPSA 2AOCA 2BPZA 3OUDB 5F00A 5P08A 1D4HA 5P2SA 1Z1HA 5P0GA 1G0VA 2BBBA 4Y5LA 1Z8CA 2CEMA 3RTMA 5P16A 4IVTA 3VYDA 4GJ5A 4Y3ZA 3PWMA 2XFKA 2QZKA 4NKKA 3TL9A 5P7TA 5P62A 1AJXA 1SH9A 2J9KA 1FKNA 4I10A 5P2XA 5P27A 1WBKA 5P0QA 3GGVA 5P6PA 2QMDA 4Y56A 5P6KA 4DJVA 2AOJA 3QS1A 3ST5A 3HD8A 4DVFA 1LYAA 5OYZA 3KMXA 5ENKA 3SA5A 2G1RA 4Y54A 5P7CA 1A8KA 3DV5A 1F7AA 4Y5BA 3IXOA 1EPOE 1YT9A 5ER2E 1EBWA 5P4GA 1EBYA 5P4MA 1RQ9A 3PWRA 4PPHA 3DM6A 5P7ZA 5OZGA 5P1GA 4LBTA 3NU3A 2MIPA 3GW5A 4X2LA 1FF0C 2G1SA 3ZKMA 3GI6A 1MUIA 2ZHUA 3UQPA 2FXDA 5OZ3A 4DQCA 2VNNA 2OHTA 5P1BA 3Q6YA 3ZOVA 4EWOA 1HPOA 5P10A 1HVLA 5P5ZA 5T4SA 3G70A 1FMXA 5COOA 4I0FA 5P4TA 5P0MA 4Y50A 3PSYA 5P7DA 5COPA 3TH9A 4EP2A 5KAOA 3OTSA 3FKTA 3OGQA 2WF4A 5P1WA 3JW2A 3D1ZA 4TRYA 1K6VA 3D1XA 5P6EA 3EL1A 4DJRA 1DW6C 5P00A 3ZL7A 4Y51A 3OOTA 2QI6A 4I0EA 4KE1A 2ZJNA 1PSOE 2IRZA 2HM1A 5P33A 3UDPA 5P76A 2P8HA 4LXAA 2V11C 3D91A 5SXNA 4EJ8A 1EPLE 2AOHA 3NUJA 1GNOA 5KR8A 4OBFA 3LIXA 1YTHA 5HE4A 4Y3XA 5P02A 5P74A 5P5EA 2NXLA 2I4XA 4Y3MA 5P72A 4A6CA 3DCRA 5P52A 3PSUA 5DGWA 3SA8A 4DJXA 3EC0A 2ZHTA 2PYMA 5P3QA 2NMYA 2B7FA 3IVIA 5P35A 2P3DA 3PWWA 4FGXA 2WJOA 2JE4A 2OHQA 5P8UA 4L6BA 4NPUA 4Y4AA 5P4LA 5P2AA 3K1WA 5P0KA 4Y4ZA 3BHEA 1W5VA 3WZ6A 5P8JA 4BEKA 5OZVA 5P2MA 1NPAA 5HCTA 5DR0A 5P39A 5P3LA 4Y4WA 5P5OA 2HIZA 1FQ5A 3VYEA 5P3JA 1KZKA 3EKYA 5P79A 4Y3JA 2B8VA 5P4JA 4B1DA 3U71A 5BS4A 3ZPTA 3K5DA 4ER2E 2H6TA 3TPLA 2CENA 4R91A 5P7YA 4EJLA 5P26A 1DIFA 5JFUA 4MC9A 4B70A 4N00A 2VJ6A 4J1FA 4I11A 4FRIA 1APUE 5P2RA 2I4QA 4HDPA 4Z2ZA 3CKTA 5P7HA 5P7LA 4ZLSA 5P18A 9HVPA 4RLDA 3I8WA 3DCKA 2VIZA 4CPTA 3INEA 2QZXA 3OU3A 5SZ9A 3NDUA 1EC0A 4CPRA 5P1SA 1E81E 1Z1RA 5OZKA 2FDPA 4GJDA 5P8LA 4YHQA 3O9EA 2JJJA 2O4KA 2G94A 5P1VA 1HSHA 7HVPA 5P8BA 3OAGA 3KFNA 5P3MA 2QI7A 4WY1A 1LYWA 5P56A 1SIVA 4HA5A 3WB4A 2RKGA 1K2CA 4HLAA 4FRKA 4Y5PA 3VFAA 4I8ZA 4CPXA 2XYEA 5PEPA 5P48A 3OGPA 3TKWA 2I1AA 4OBZB 5P32A 5AH9A 5P6OA 5P0BA 2NXMA 1RPIA 5P3WA 3BGCA 3QIHA 2ZE1A 1PSAA 3AUPA 4EPJA 4RCEA 2QNNA 3DK1A 2NR6A 3UDRA 2JYSA 2AOEA 5P7BA 3KDDA 4AMTA 2IGXA 4DI2A 5AHAA 3TOFA 1ODYA 1MTRA 5P57A 3Q3TA 3OXVA 1A94A 4ZPEA 5IS4A 3UF3A 5KR2A 2B7ZA 3R0YA 1G2KA 2IS0A 4ER4E 1IDBA 4ZPFA 3LZYA 5I3YA 3SAAA 3EBZA 2I4WA 4J54A 5P0AA 1PSNA 2WF3A 4FM7A 1YM4A 2ER0E 3K5GA 5OYXA 2PK6A 4B1EA 2OHRA 3UDQA 4BELA 4JPCA 4WY6A 5C9FA 3L5BA 3EL5A 3NYGA 1W51A 3LPKA 3ER3E 1AAQA 3RSVA 1RL8A 3UHLA 2P3BB 2WEBA 3HAUA 5P5YA 2O40A 1BIMA 4FRJA 2NXDA 2AVVA 5P8AA 1FLHA 2J9JA 5P88A 3VCMA 3L59A 5P3EA 4UPJA 1B11A 1PPKE 4CPUA 4K4RA 5P8HA 5P5BA 5P5VA 5ENMA 3PJ6A 4DJUA 2HPFA 3NWXA 5P17A 1KJ7A 4LC7A 4F75A 1IDAA 4QJAA 1PPME 3PBDA 5P3PA 3EM3A 5BWYA 3OHHA 2I4VA 1ZP8A 3QP0A 4Y5CA 2P3CA 1HPVA 2V00A 1AIDA 5P25A 2ZJJA 3CICA 1LYBA 4B00A 3PM4A 4DUSA 3M9FA 3MSLA 5HE5A 4J1EA 3WB5A 4NJSA 3OY4A 2PSVA 3UDNA 4U7VA 5P5HA 1HTFA 5P43A 3NU6A 3O99A 4KUPA 5P6CA 6FIVA 1YTIA 2FS4A 5P1AA 3OU1B 3PCZA 1UH8A 2PQZA 5OYTA 4TRZA 1IZIA 4QJ8A 5P60A 2VS2A 2ZDZA 3NLSA 4Y3FA 3O9FA 2FNSA 5P4IA 4DJOA 4Y3LA 5P7UA 3O9GA 3HLOA 3LIZA 4D88A 7UPJA 1K1UA 1YM2A 2BQVA 3SA4A 3EMYA 2PH8A 5P8MA 4Y4TA 4MC2A 1FQ8A 5P8SA 1MSNA 2Q15A 4LHHA 1M4HA 1T7JA 3N3IA 4TVHA 2H6SA 2Z4OA 1HVSA 2ASIA 1QS8A 4GJ8A 2Q3KA 2QI1A 1MTBA 1TCWA 1HXWA 1W5WA 2WKZA 5DR1A 4WTUA 5P7OA 3DOXA 4OBJA 3GGXA 5P6BA 4Y4DA 1E80E 1G35A 1HOSA 1EPNE 1HVRA 3R2FA 4OC6B 5P0PA 5P1IA 5P2BA 3SA7A 3TTPA 2G24A 2V16C 5P24A 5P5AA 2VA6A 4CKUA 3APPA 5P3VA 2O4PA 4Y5EA 3T6IA 1UH9A 1HHPA 2AZ8A 3GGUA 5DR7A 4ZIPA 3OXCA 2IGYA 4H3IA 5P0FA 2QMGA 5P11A 5P6RA 5AGZA 3EXOA 5P0JA 3QAAA 2PK5A 5P0RA 2OHMA 5JODA 3SA6A 4Y44A 4EJDA 5COKA 1N49A 3SQFA 3UDYA 4FE6A 1HPXA 3LPJA 2OHPA 5P6AA 3OOZA 5OZ8A 4DJWA 5HD0A 5P28A 2Q54A 1C6YA 3IN3A 4Q1XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ODX A;  1ZSF A;  3TPP A;  3CYX A;  1HVH A;  5OZ1 A;  5P8G A;  5P7W A;  3BUG A;  4FIV A;  1C6Z A;  2FMB A;  3JVW A;  5DR4 A;  5P4S A;  2G27 A;  4J1K A;  5P0H A;  2BPX A;  5TOL A;  5P1Q A;  2P83 A;  3TNE A;  2Z54 A;  2PYN A;  1YTG A;  4Y48 A;  5UPJ A;  1B6L A;  1MER A;  5P1J A;  3CIB A;  3OUB A;  5I3V A;  4I0Z A;  4J0Y A;  5P4F A;  4MC1 A;  4EJK A;  2AZ9 A;  2IQG A;  2QK5 A;  2PSG A;  1B6K A;  2ZJI A;  4Y3T A;  5P4A A;  2NNK A;  5P19 A;  5P5U A;  2HB2 A;  5HCO A;  1M43 A;  4RVJ A;  4Z4X A;  1IBQ A;  3PHV A;  2VA7 A;  3T3C A;  5CLM A;  3BRA A;  5P20 A;  1A9M A;  3UQR A;  4HVP A;  5KOS A;  5KQY A;  4J0P A;  1C6X A;  1BBS A;  3UQX A;  5P5J A;  2ZGA A;  1EC3 A;  3OQ7 A;  3VG1 A;  1FEJ C;  1KJF A;  3NWQ A;  5P45 A;  1EBK C;  3VF7 A;  3NXN A;  4YCK A;  3SKG A;  1ZAP A;  3LZU A;  1XE6 A;  2XYF A;  1XE5 A;  5ISK A;  4KE0 A;  4Q5M A;  2R3W A;  4YDG A;  5P1T A;  5C9B A;  4J1C A;  5HU0 A;  1TSU A;  1EPQ E;  5P6Q A;  5OZC A;  2V13 A;  1HII A;  4XX4 A;  4RCD A;  3GI5 A;  3LZS A;  5P0Z A;  1UPJ A;  2V0Z C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1EED P;  3KYR A;  3KF0 A;  4Y4E A;  3VV8 A;  5P69 A;  3OXX A;  4GID A;  2REN A;  3ECG A;  5P8V A;  5OZN A;  3TPJ A;  5OZ9 A;  3S43 A;  5P0L A;  1MPP A;  3INF A;  2JXR A;  1LYB B;  4FAF A;  5P4K A;  3FNT A;  3OUD A;  5AHC A;  4Y4X A;  1QDM A;  3HW1 A;  5P7N A;  1D4Y A;  5P2J A;  5P7F A;  1LZQ A;  1SGZ A;  4B78 A;  4Y3W A;  4BFD A;  4QJ6 A;  2R8N A;  2F3E A;  4APR E;  5OYQ A;  3UTL A;  1D4L A;  1ME6 A;  5P6H A;  1GNM A;  5OZY A;  5P2E A;  3R4B A;  5CON A;  5P38 A;  1GVV A;  5P7M A;  4DPI A;  1DPJ A;  1HIV A;  4H3F A;  4YOB A;  2HB4 A;  4S1G A;  2ZJK A;  3APR E;  5P4W A;  1Q9P A;  5DQ2 A;  4I0I A;  1FB7 A;  5P3A A;  5E5J A;  3T7X A;  5P7A A;  5P8O A;  5OZH A;  1BIL A;  3OTY A;  1HWR A;  1IZD A;  3PB5 A;  4B1C A;  1APW E;  1LF2 A;  3S85 A;  5DQC A;  1T7I A;  3K5C A;  4OD9 B;  1W5Y A;  5P3K A;  5P5W A;  5P8P A;  2NPH A;  1QBT A;  5DR8 A;  4Y5N A;  2WF1 A;  3WSJ A;  4R8Y A;  5OZF A;  2WHH A;  4CP7 A;  1MET A;  4J0Z A;  5P0C A;  4YD3 A;  4D8C A;  4Y6M A;  3NDW A;  5OZQ A;  2OHL A;  5P5T A;  1F34 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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