1KJ4A

Substrate shape determines specificity of recognition recognition for hiv-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate shape determines specificity of recognition for HIV-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1kj4A00
3FV3A 5OZXA 1MRXA 4H3JA 4D8CA 3D20A 2ZHSA 4Y47A 2AVQA 3L5CA 5P0AA 4KB9A 5HE5A 1A94A 5OZVA 5P0HA 5P7KA 3O9LB 2WF1A 1VIKA 3UFLA 3UQRA 3TOHA 5HCTA 5P89A 4HLAA 3URLA 4DQGA 3GGXA 3GW5A 3HZCA 2Q11A 3OTSA 5P65A 4WY6A 5EZXA 4Y5CA 1A9MA 3Q4BA 3UQWA 2I4WA 1W6HA 1SIPA 2QD8A 5DQ1A 4QJ6A 2F8GA 3GI5A 3S85A 2PMAA 2ZHVA 2CEJA 1W6IA 5P34A 4MC6A 5P5GA 3FKTA 4DPFA 4I0HA 4EP3A 4Q1XA 2PWRA 2VJ6A 5P0KA 4YBIA 4FRSA 1NPWA 5P7JA 2O4NA 4Y3RA 1HVSA 1MSNA 5P4QA 1IVPA 1PSAA 4LXKA 4OC6B 2AOFA 3OTYA 5BRYA 5P0IA 1VIJA 2V12C 1CZIE 3LZVA 5P7VA 3D3TA 4ER2E 1AIDA 4Y5PA 2HPFA 4GJAA 3RSXA 2AOJA 1EPRE 1D4JA 5P1LA 3UDPA 5P3QA 3KFPA 1QDMA 2QNPA 2Z54A 9HVPA 3FX5A 2WEBA 5P2RA 5IVRA 1HVHA 5DR3A 4Y3XA 2PQZA 5P2GA 3KA2A 3U7SA 5DR4A 2QAKA 5E5JA 5I3VA 2WEAA 3KT2A 4JP9A 2R3WA 3PBDA 3IXOA 3S53A 1RPIA 5P6GA 1WBMA 2FS4A 5P42A 2AOCA 3LIQA 5OYSA 4CPTA 3ZLQA 5P6SA 1AXAA 3K5GA 3MSJA 2G21A 4AZYA 4S1GA 5P2WA 2XFJA 3HLOA 1AZ5A 1EAGA 3VFBA 3D1ZA 2PC0A 5HU1A 5DQ5A 2OHMA 7UPJA 3ZPSA 4J5JA 4FE6A 4BFDA 5FIVA 5P4XA 3OUAA 4DQCA 5P4TA 5P8TA 5P2HA 2Z4OA 5P7AA 4GJBA 1QBSA 2HPEA 4YCYA 5AGZA 1GKTA 5P86A 5IE1A 5C9DA 5P4AA 5P6MA 5P27A 3TLHA 3M9FA 5P1ZA 2ZHTA 1YTGA 5P8AA 1K1UA 3K5CA 1AJVA 5P8CA 1YM2A 5P80A 3QBFA 2AZBA 3BXSA 3U6AA 4ACXA 5P07A 1MT7A 3PWMA 4I8WA 4YHQA 5KR2A 1G35A 4A4QA 3CKPA 5AH8A 2OHLA 4ACUA 5P5YA 2IGXA 3OXVA 3DOXA 2G22A 4Y9WA 4DQHA 5P54A 3UPJA 4CPSA 1HXBA 1FMBA 2QI5A 4DV9A 1GNNA 5P6EA 2XYEA 2ER7E 1SMEA 1M4HA 3GI4A 5P2MA 1MSMA 3A2OA 4H3FA 5P75A 3MSLA 5UPJA 4Y4TA 1FB7A 1UH7A 2QU2A 4HDBA 4EHCA 4L6BA 1AM5A 3BGCA 3ECGA 3PHVA 5HVPA 2WL0A 1YX9A 5P5SA 5P7EA 5P6WA 3NDWA 5P5KA 2CEMA 5P64A 1C70A 4HDFA 1T7KA 5OZGA 1FEJC 1IZEA 5P8UA 1YM4A 5P1UA 3VV7A 3ZKGA 5P77A 4FCOA 3L5EA 4KUPA 2Q55A 5P5UA 2J9KA 2I4XA 2WF4A 4YBFA 1LF4A 3OOTA 5OZPA 3KFNA 4N00A 3AIDA 1G0VA 5SZ9A 5OZNA 5OZMA 4HE9A 4J1EA 3OQDA 3PWRA 2V13A 1LYAB 2AVVA 5P4WA 2BPYA 3NU9A 3OU1A 5P61A 3D1XA 5P7IA 3SAAA 1KJFA 3OK9A 5P7UA 5P6ZA 3GGAA 1OEWA 2WKZA 1ZPKA 4ZE6A 1GNOA 2PSUA 2NNKA 2JE4A 4H3IA 3SLZA 5P3CA 5P51A 1XE5A 5OYRA 3RTNA 3INDA 3H5BA 2UY0A 3PSUA 1W50A 2V11C 5P2AA 1K6TA 5P1SA 2ER6E 2OHQA 1BWAA 1E80E 5P4MA 5E5KA 1BV7A 2AVMA 5OZYA 5P53A 3SO9A 3R1GB 2IEOA 2XFKA 4ZPFA 4Q1WA 4XX4A 1K2CA 1ZAPA 2J9JB 2G1NA 2PH6A 3EKXA 2RENA 2G26A 3RSVA 3ZPUA 1IDBA 3BVBA 1DW6C 5HTZA 5P1KA 4I0IA 4OBGA 5P1EA 5P7RA 3UQPA 2AOEA 3JVWA 2QI1A 3OU4A 5P7ZA 5P6VA 1YTHA 1EPOE 2H6SA 1UH8A 4Y5KA 1SBGA 5JG1A 4YDFA 3OXWA 2NR6A 5P4VA 3NU4A 4Y48A 2ZJIA 5P50A 3DCKA 3ZKNA 5BWYA 3SA8A 5DGWA 4HA5A 5P2KA 5SY3A 3UQUA 2QK5A 1ZTZA 4GYEA 3EL0A 1SMRA 3S43A 2VA7A 3G70A 4HEGA 4FAFA 1QBUA 1ZJ7A 1LYBB 5P0OA 3O9IA 4NPUA 4RVJA 4JECA 1EPQE 3KN0A 2OAHA 3DUYA 4F74A 1IIQA 4Y4BA 3OU3A 2VIJA 5P5RA 5P8IA 3QP0A 1HTRB 5P4DA 5P4SA 5SY2A 3SABA 5P2BA 2BKSA 4H3GA 5P6QA 3BVAA 3O9LA 4X2LA 4LAPA 4YE3A 4GIDA 3QRSA 5P36A 4ZLSA 5P4HA 1T6EX 4I0ZA 1FG6C 4YD5A 2NTRA 3PMUA 5P0YA 5P7XA 5P1JA 3F9QA 4OBJA 4DJOA 1MUIA 4Y4JA 3IXKA 4GJCA 2G1RA 2PWCA 3QRVA 4Y4GA 3OGPA 3OQFA 4OD9B 4QJ7A 1AJXA 2FMBA 4B1DA 4RROA 5P14A 2F3KA 2MIPA 2ZYEA 3SA9A 4TRZA 1EC0A 2WJOA 5HE4A 5P49A 4Y3NA 3L58A 1HXWA 5P0NA 1HVLA 4GMIA 2B42A 5P30A 2A4FA 4GB2A 4QJAA 2IENA 1ODWA 3DV5A 5P2XA 2WEZA 5P72A 1META 3TKGA 2EWYA 3GGUA 1HIIA 1ZBGA 3Q5HA 3KFRA 1BAIA 4Y5EA 1W5WA 3TL9A 5P4OA 3OADA 5KQXA 4DFGA 4LC7A 3SA5A 2BKTA 2VA6A 1TCWA 1AVFA 1PFZA 4RCDA 5P05A 5P6JA 5OYUA 5P37A 5P3AA 5P16A 1XL5A 4Y3DA 5P7NA 3ZKIA 2AVSA 1XN3A 4PYVA 5P3VA 3VF5A 4QLHA 3LHGA 3ZPTA 3INEA 2NNPA 3UF3A 4J1CA 2I0AA 4J0TA 5P41A 2PSVA 2VJ7A 3SM2A 5P5PA 4LXAA 3QI1A 5P73A 3JW2A 3TPLA 1PSNA 4J54A 3NXNA 5P6IA 3IGBA 3DJKA 1Q9PA 3OY4A 1M0BA 3SM1A 3O9FA 2B7FA 3R0WA 5P3MA 5P62A 2ZHUA 4L7GA 4B1EA 5P0QA 5P4JA 4RZ1A 7HVPA 1HVRA 2G1YA 4RYCA 2ASIA 4X7IA 1SDVA 1T3RA 2PK6A 5KR8A 2QHCA 4Y6MA 5DQ4A 4ZSRA 5P2EA 5P5LA 5P4IA 1E5OE 2QHYA 2R8NA 1EPPE 5P3XA 3HAWA 1WKRA 4DVFA 5P11A 3OUDB 1E82E 3CMSA 5P43A 5P7TA 2NXMA 3PCWA 5P1HA 4AUCA 4FRIA 5P17A 1BWBA 2QZXA 3UDHA 4YOAA 3PEPA 3SFCA 4FM6A 5P1PA 1TZSA 2P4JA 4ZSQA 1PPLE 4PZWA 4OBFA 3K4VA 2H6TA 3NLSA 1LEEA 4Y3GA 5F01A 5P12A 5OZ9A 1K6CA 5OZ5A 1HVJA 3LZUA 3HW1A 4Y38A 5ENMA 2V00A 2FNSA 1FQ6A 2UPJA 3U71A 1N49A 3WZ7A 1HPXA 3LITA 6UPJA 4IVSA 2QI6A 3B80A 3S7LA 2AOIA 3VFAA 5P5OA 5P5NA 3RU1A 3ER5E 3FNSA 5P45A 2IKUA 2BPZA 4DJXA 1K1TA 2G20A 3SA4A 1EBZA 4EXHA 3BGBA 2VNNA 4MC2A 4Y3QA 4I12A 5P19A 5P6RA 3DK1A 1FMUA 5AHAA 5OZWA 3LNKA 5P6BA 3ZKXA 1QS8A 1PPME 5P20A 2VIZA 2VIYA 5P8QA 5P00A 2BPVA 2VJ9A 4ZEAA 1LYAA 4Y36A 4RLDA 2I1AA 4DQFA 5OZRA 2RKGA 4A6CA 3HVGA 5P29A 2JYSA 4QGIA 4XXSA 4F76A 5I3WA 5ISJA 3EC0A 1PROA 4YD6A 5OZ8A 3INHA 5P2DA 5JFPA 3FNUA 3FSMA 4RCFA 4ZPEA 3T3CA 5P3LA 2BPWA 2I4QA 1IZHA 4I0GA 3PCZA 4Q1NA 3NUOA 5KQZA 3OADB 5P1WA 2R9BA 3QS1A 5P4NA 1DMPA 4CPUA 1MT8A 3IN3A 5CONA 3LZYA 3NU5A 3ZKSA 6APRE 2J9JA 1ENTE 2QI7A 3R2FA 2G69A 4LBTA 3PM4A 5P0XA 4Q1YA 1WBKA 4CKUA 3K1WA 1FQXA 1DIFA 3ZMGA 1KJ7A 4JPCA 3S56A 5P44A 3QPJA 4Y3SA 1A8GA 5P4LA 4YDGA 3Q70A 3LPIA 3LIYA 3NWXA 5P8LA 3BC4A 1T6GA 1A8KA 2UXZA 2HS2A 4Y3JA 4Y37A 5OZ3A 2ZE1A 3EMYA 3PLDA 1D4KA 3SACA 4NJUA 2V16C 2FIVA 1BBSA 5P4EA 4D88A 5P38A 3PSYA 5HU0A 3LZSA 3QN8A 2B8VA 5OZAA 2ANLA 4B00A 4DJYA 4B0QA 1LYBA 2F81A 1MIQA 4RRNA 4OBZA 3OAGB 3EL1A 1ZSRA 1HPVA 2OF0A 1LS5A 4TRWA 4YOBA 4AA8A 4Y44A 2PYMA 5T4SA 4Z2ZA 5JODA 3O9BA 1SDUA 3MXEA 4ER4E 4Y51A 4Y3PA 5DR7A 4TVGA 5OZ7A 3TOFA 3VF3A 5P7MA 4Y3YA 3KMXA 4NKKA 4Y3FA 5P13A 3OOZA 5P0LA 5P2UA 4Y58A 1MEUA 2G27A 3O9CA 5P5ZA 4Y45A 4F73A 3NDUA 5DR8A 3UHLA 3OQAA 5P08A 2O4KA 3OUBA 5OZ4A 1BDLA 5OZ0A 3JVYA 4OD9A 5P3KA 4B05A 4R95A 5P40A 5OZOA 5P2JA 4XKXA 4GJ8A 4CMSA 5P3PA 4D85A 4CPRA 3R0YA 3EKVA 1TSQA 3OHHA 5P5IA 1GVXA 2AZCA 5P09A 2AQUA 4R92A 3CIDA 2HB3A 1BVEA 4DQEA 5B18A 1D4LA 5P48A 1HBVA 1TW7A 3OGQA 5P3NA 5P66A 5P69A 4QJ9A 3VUCA 3VYDA 5OYQA 2QD7A 2OHPA 3MSKA 2HM1A 5DGUA 1XL2A 5P71A 4Z4XA 5P8DA 5OZEA 3LINA 2FNTA 3EKPA 3NR6A 4J1IA 1T7IA 3K4VC 5P7PA 1Z1HA 2FDDA 1W51A 3IXJA 4R93A 1SP5A 3K5FA 3CYWA 5P0PA 4DJQA 2Q64A 3BUHA 4Y53A 4Y3AA 3T7QA 5P84A 4EJ8A 5P0WA 2P3BB 3ZOVA 4DPIA 2NMZA 2QZKA 3S54A 5AH9A 4TVHA 4I0EA 2IL2A 2ZJJA 3OQKA 5HDXA 5KR0A 3QAAA 1MRWA 3NDTA 2JJIA 3VYEA 3OUCA 2OHSA 5P0FA 5OZFA 5KAOA 2A1EA 4FLGA 5P25A 1HSIA 5P3OA 1KJ4A 5P2SA 4FRJA 3SA7A 1F7AA 4RVIA 4XX3A 1ER8E 5P78A 4I0JA 3OUDA 1FMXA 3PGIA 5OZLA 4Y4DA 5OYXA 2QU3A 3UCBA 1HTFA 5P3FA 2G24A 1TQFA 5OZ6A 2P8HA 5ER1E 3EM3A 5COOA 4Y50A 3TKWA 4M8XA 3L5FA 5KR1A 3T11A 5COPA 5TOLA 1HTGA 4DJRA 4HVPA 4R91A 4APRE 5BS4A 2FDPA 5P1OA 3IAWA 4OBZB 3KYRA 1EBKC 1G6LA 1C6ZA 1GVTA 2ZDZA 2NXDA 1QBTA 3HDKA 1DPJA 4U7VA 3LIZA 5P1DA 4ZPGA 3OXCA 1ZPAA 4GJ7A 2HAHA 3UDMA 3T6IA 4RCEA 2FGUA 1FGCC 3I6OA 3VSXA 4PHVA 1SDTA 5OYZA 3VG1A 1HVIA 5P3RA 4Y4ZA 1XN2A 4FM8A 3LPJA 4I8ZA 5KOQA 3G72A 1ODXA 2RSPA 4GJDA 5KOSA 5P3UA 3VLAA 3NU3A 3PWWA 5OYYA 3N4LA 4WY1A 5P8HA 2R3TA 3VSWA 4U7QA 3EBZA 3NYGA 5P5EA 5EZZA 2BPXA 4FM7A 2B60A 3UDKA 2NXLA 5P6UA 5C9FA 1LV1A 3SKGA 3UTLA 5OYWA 5P74A 3BHEA 4I10A 3ER3E 4FSLA 4I1CA 5P02A 5P63A 5J25A 5P6XA 5HCOA 2OHNA 2ZJHA 5P8KA 2RMPA 1B6KA 5P32A 4J1HA 3WZ8A 5P6DA 5P4UA 5P1YA 5P2TA 1U8GA 5P2LA 2WHHA 2OHUA 5OZKA 1D4HA 1K2BA 1HIVA 5DR1A 1C6YA 5P52A 3QIHA 5P6CA 5P60A 4Y3LA 1B11A 2HIZA 3LIXA 5P2FA 2IS0A 2FGVA 3I7EA 5C9BA 2QMDA 3AUPA 5ENKA 5OZHA 5P2NA 5P7OA 1G2KA 3BUFA 4EJLA 3APPA 4I0DA 1XS7D 3SPKA 3QRMA 1APTE 1KJGA 3ZKQA 5P3YA 5P7YA 5P6OA 5P8FA 3EKWA 5P6TA 4Y3WA 2AZ9A 3O9EA 4DUSA 2BB9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FV3 A;  5OZX A;  1MRX A;  4H3J A;  4D8C A;  3D20 A;  2ZHS A;  4Y47 A;  2AVQ A;  3L5C A;  5P0A A;  4KB9 A;  5HE5 A;  1A94 A;  5OZV A;  5P0H A;  5P7K A;  3O9L B;  2WF1 A;  1VIK A;  3UFL A;  3UQR A;  3TOH A;  5HCT A;  5P89 A;  4HLA A;  3URL A;  4DQG A;  3GGX A;  3GW5 A;  3HZC A;  2Q11 A;  3OTS A;  5P65 A;  4WY6 A;  5EZX A;  4Y5C A;  1A9M A;  3Q4B A;  3UQW A;  2I4W A;  1W6H A;  1SIP A;  2QD8 A;  5DQ1 A;  4QJ6 A;  2F8G A;  3GI5 A;  3S85 A;  2PMA A;  2ZHV A;  2CEJ A;  1W6I A;  5P34 A;  4MC6 A;  5P5G A;  3FKT A;  4DPF A;  4I0H A;  4EP3 A;  4Q1X A;  2PWR A;  2VJ6 A;  5P0K A;  4YBI A;  4FRS A;  1NPW A;  5P7J A;  2O4N A;  4Y3R A;  1HVS A;  1MSN A;  5P4Q A;  1IVP A;  1PSA A;  4LXK A;  4OC6 B;  2AOF A;  3OTY A;  5BRY A;  5P0I A;  1VIJ A;  2V12 C;  1CZI E;  3LZV A;  5P7V A;  3D3T A;  4ER2 E;  1AID A;  4Y5P A;  2HPF A;  4GJA A;  3RSX A;  2AOJ A;  1EPR E;  1D4J A;  5P1L A;  3UDP A;  5P3Q A;  3KFP A;  1QDM A;  2QNP A;  2Z54 A;  9HVP A;  3FX5 A;  2WEB A;  5P2R A;  5IVR A;  1HVH A;  5DR3 A;  4Y3X A;  2PQZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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