1KJFA

Substrate shape determines specificity of recognition recognition for hiv-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
95
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEMLPGKWKPKMIGGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate shape determines specificity of recognition for HIV-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 95
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1kjfA00
3S53A 4DQEA 1EC1A 4L7JA 3NU9A 5P35A 2OF0A 4J0VA 3QS1A 2G1SA 5OZWA 5P2UA 5P0JA 1ODYA 4WTUA 3NU5A 3QIHA 4R8YA 5P5XA 5P6NA 3SM2A 2PK5A 1MRXA 5P71A 5OZYA 4KUPA 1LYWA 2BPXA 4Y3QA 5OZ3A 2APRA 1IZHA 3AUPA 2FNTA 5F00A 2IGXA 3HAWA 1BWAA 5HDVA 5DQ2A 3LIQA 3PM4A 2AQUA 1HWRA 2IDWA 4J1CA 2QU2A 2Z4OA 2WL0A 3SA9A 4ZIPA 4K4QA 5P0NA 5P7VA 1SBGA 5SZ9A 1BVEA 1XDHA 5P66A 4DJVA 4J5JA 2BPZA 4Y4JA 5IE1A 2ER9E 1KJHA 3D20A 2I4VA 1BAIA 2QMPA 5P00A 3R4BA 1CZIE 1D4YA 1HBVA 1SDVA 3LZVA 5P6MA 3LZUA 3OU1B 5P6OA 3TKWA 4HDFA 1G2KA 4FM8A 3A2OA 5P0DA 4YE3A 5OZOA 5P0MA 2QK5A 2IS0A 4B70A 2IGYA 5OZKA 1AM5A 3OUCA 3KFRA 2AVQA 2ZE1A 5P3JA 5DR4A 3CKRA 3QAAA 5BS4A 5HE7A 5P5HA 3BRAA 4Y4EA 5JFPA 5P6UA 3ZKSA 4IVTA 4OD9B 1YTGA 1TW7A 2VJ9A 3TOGA 3PWRA 5P6CA 2P4JA 4YBIA 5P4WA 4CPQA 1T6EX 5P80A 1SH9A 3VV6A 3UHLA 1D4JA 2QZLA 3GGAA 4DJYA 2CEJA 3PLDA 3DCRA 5OYRA 4OBZB 5P52A 4B72A 4TRYA 5P4MA 1OHRA 2WF4A 5P7QA 1RL8A 4OBDA 1B6JA 5P7XA 5P0YA 4WY6A 4Y53A 5P2KA 5P39A 3VLBA 1AZ5A 4GZFA 5P7YA 4CPSA 3OU3A 4QJ9A 5P1SA 4EPJA 1QDMA 5AH9A 2G22A 3OU4B 1F34A 4Y3HA 2XYFA 5P6WA 2Z54A 5P5MA 3HZCA 4F76A 4U7VA 2QI3A 1SGUA 1MT9A 2R5QA 1T7KA 5ISJA 1Z1HA 4Y5BA 4B77A 5P4AA 4Y4BA 3OTSA 1BXQA 5I3WA 4Y5EA 4YCKA 4DJQA 4K9HA 5P2ZA 1HSHA 4Y3NA 4M8YA 1HPSA 4GIDA 1W5YA 5P5CA 4XKXA 5HDZA 4DJXA 2VNNA 3JVYA 2VJ7A 1YTJA 4Y57A 4UPJA 5DQ1A 5P0RA 3O9LB 5P4UA 5P8TA 1T7JA 2BPWA 3DV5A 5P6VA 4ZSQA 3TNEA 4DI2A 5P6KA 5P2DA 3ZPSA 4GJAA 5E5JA 3K4VC 1BDLA 4QLHA 5HU0A 5P1OA 1MPPA 4Y51A 5P10A 1LZQA 1DW6C 5P4YA 5P74A 5P17A 5P3HA 5P2OA 3SA6A 3I8WA 2FNSA 1PFZA 4B78A 4GJDA 5HDXA 4GJ8A 3QN8A 1HEGE 1EPQE 1XE5A 5P49A 2NMZA 3UDNA 4F75A 2ZJNA 2IRZA 1HVKA 2HB3A 5P18A 4DV9A 1W6HA 5P3PA 3KT2A 2FGUA 3EL5A 2I4XA 3O9GA 3ZLQA 3SA4A 5P2TA 3BC4A 3QBHA 4JP9A 5P3OA 2O4NA 3QRVA 3R2FA 5DR8A 3URJA 5P3MA 5P3AA 3D1XA 4JPCA 3KFNA 1A8GA 4TVGA 3UDHA 4GJ5A 5P7MA 3VEUA 1SIVA 2B8VA 2FGVA 3EKXA 5P3SA 2AVOA 5P0UA 4Y45A 3BUFA 5P6TA 3O9BA 5P12A 2QNQA 4YOAA 3O9FA 5F01A 5P7GA 3K1WA 2Q15A 1LS5A 3GGXA 4Y36A 1FB7A 5P2NA 2ZYEA 3VSXA 1CPIA 5P34A 5OYZA 5P0FA 3B80A 4KE0A 2ZJLA 5JFUA 4XX4A 3PI0A 4Y47A 5P30A 5P65A 1D4LA 5P7DA 1SMRA 2G69A 4Z2ZA 2I1AA 3BGBA 1FGCC 2XYEA 3LZSA 2HIZA 4CP7A 4HA5A 5OZEA 1XE6A 2IL2A 3UDPA 4EYRA 5P7HA 5P11A 4Y4DA 5P5YA 5P2WA 2RMPA 3OXXA 4ZSRA 4YD4A 4QJ6A 2I0AA 3H5BA 1ZLFA 1T7IA 3WZ6A 1NH0A 1GVXA 2NR6A 3BVAA 4EJKA 5OYVA 4I0IA 1META 1E81E 4QJ8A 5P68A 1RV7A 5KQXA 2P3DA 4J1KA 4NJVA 4J1EA 4BELA 1EPOE 4APRE 2ER7E 1M4HA 3AIDA 3PLLA 5KAOA 3URIA 1XN2A 3S43B 2R38A 3LIZA 4RRNA 3HBOA 4YCYA 3PCWA 5I3VA 2G94A 1BDRA 5P58A 1FG8C 2G21A 1VIKA 3ZKGA 5P38A 2AOIA 3WB4A 4B1CA 1SIPA 5HD0A 3FSMA 5P0TA 1XN3A 2B7FA 3EL0A 4Y41A 3SABA 3I7EA 1K2CA 1HTFA 4AUCA 1FQXA 5P0ZA 1K6CA 3VG1A 1EBZA 4HVPA 4YHQA 2AOGA 5P69A 3F9QA 5P6SA 2ZHUA 1SGZA 2QHCA 4OBZA 5I70A 3NXEA 3NDWA 3EKQA 4OC6B 5OZ1A 3WSJA 5P8NA 3OADB 4WY1A 1MT7A 4Y5KA 3BXRA 4DJOA 5P3UA 2AVVA 3KF0A 4Y3TA 2HM1A 1KJ7A 2V11C 3OU4A 4M8XA 5P2VA 3L5DA 1D4HA 3OAGA 5P88A 5P7KA 2A4FA 5P0BA 3NU4A 5P2EA 1B5FB 1HTGA 5P7RA 1HIVA 5DR1A 2R8NA 4LBTA 2Q63A 3LZYA 3CKTA 4Y4XA 5P50A 2JJIA 5P2XA 3OWNA 3UFLA 1WKRA 4I0DA 3T7XA 2QD7A 4Y3ZA 5ER2E 3RTNA 3VYDA 2P3BA 3VF5A 2ER6E 2BPYA 5P2RA 5OZDA 2B60A 3L5FA 4B1DA 2OHKA 4X7IA 1G35A 2OAHA 4I0HA 4AMTA 4LC7A 3VFBA 1MSMA 3O9LA 5P0VA 5P2JA 5P1UA 1PSOE 2Q3KA 3NYGA 3HDKA 4Y37A 5P33A 4Y35A 3WZ7A 3RTHA 3OQAA 5P8AA 5P5AA 2G24A 2JJJA 3KMXA 5OZUA 3B7VA 4R93A 1A30A 2G1OA 5HE4A 2NMYA 5P5LA 5P7BA 1UH7A 5P72A 4DQBA 1FMUA 2R3WA 3QRSA 2PSVA 4J0PA 1YM4A 2AVMA 5P6ZA 1MESA 1C6ZA 4GJBA 2G1RA 8HVPA 3KFSA 3N3IA 3G72A 3KT5A 1EEDP 3QVCA 5P8PA 2NXLA 1MVPA 3MXDA 3S8IA 3TPLA 4I0ZA 5P09A 1BV7A 5OZ4A 3S7MA 1ZAPA 5P1QA 2G27A 4R95A 4FRJA 1AIDA 4PHVA 5OZLA 4Y4ZA 1C70A 5DR7A 2QZXA 5P02A 1GNOA 2OHUA 3MXEA 2NPHA 3S54A 2IENA 5P4PA 1DP5A 3EKWA 3Q4BA 4CKUA 3DCKA 4OBGA 4Y3DA 1PSAA 4YD5A 2QI0A 5HDUA 5P8DA 4ZE6A 1ZTZA 5P2IA 1LYBB 5P1VA 2I4WA 1JLDA 3BGCA 5P3CA 4EQ0A 3OXWA 3NWQA 2NNPA 3PRSA 5P6XA 3I25A 3ZOVA 2WEBA 4DH6A 5P6YA 1KJGA 1QBRA 3TTPA 4FL8A 5P7EA 5ENMA 5P59A 2HC0A 1EPPE 4RRSA 3O99A 2VA7A 4QJ2A 2FXDA 2WF3A 5P44A 4HEGA 4RVIA 3OK9A 5P54A 3MSKA 2HB4A 2WF1A 1BBSA 1ODWA 4EJ8A 2OHSA 5P83A 1APVE 1UH8A 1EAGA 4H3JA 3EM3A 2OHNA 4RCEA 4RCDA 2AOHA 4I0JA 2IQGA 5P4ZA 4RYGA 5OZ5A 2O4PA 5AH6A 4ER2E 3SLZA 5P86A 3NXNA 2MIPA 1J71A 3S56A 3ZKIA 4JECA 5P2HA 3K5FA 2OHLA 4I1CA 3N4LA 3S43A 1M43A 3EL4A 3ZKNA 1FMBA 4H3GA 4D8CA 1T3RA 4LP9A 5P2SA 5P8RA 5P7SA 5P8LA 4FM6A 1LEEA 7HVPA 2HAHA 1EC2A 3HVGA 3OUBA 3MSJA 1DIFA 5IS4A 5P6LA 5P1WA 4L7HA 4YDFA 3K4VA 5P6RA 5EZZA 1K2BA 1XS7D 5P14A 3QROA 3SQFA 2ZJKA 3KM4A 4K4PA 3U71A 1HIHA 2QZWA 1IDBA 3INFA 5P4NA 3S2OA 3TKGA 1ZPAA 5P3QA 3IXOA 3HLOA 5HCTA 1UPJA 5OZ2A 5P81A 4FRKA 3NLSA 4GJ6A 4L1AB 4OC6A 3VV8A 5OZHA 4ER4E 4QJAA 1FQ5A 4Y43A 5P67A 3OY4A 2ER0E 4JPEA 2QNPA 5P51A 5P73A 4B05A 5C9BA 2AZCA 1ER8E 3HW1A 1UH9A 4HE9A 3EL9A 5OZ8A 3K5CA 5ENKA 3PB5A 5P0OA 3RSXA 1B5FA 3VF7A 3WZ8A 3D91A 3L38A 3OOTA 3NUOA 1OEXA 4GYEA 5P1HA 2HS1A 4YD7A 3UTLA 5DQ5A 3INDA 4Y5AA 3LNKA 3CICA 5P1CA 3VUCA 3RU1A 1IIQA 2I4DA 2AZ9A 4Y3JA 5AGZA 2XFJA 1E82E 1EPNE 4N00A 5DR3A 3KMYA 2R9BA 1HEFE 5P3BA 5B18A 5P5KA 1ZP8A 5P6IA 5P08A 1ZPKA 2ZJIA 3VYEA 2OHMA 4D83A 1TQFA 5P2AA 5COOA 5OYUA 1HPVA 3O9DA 1SP5A 2RKFA 1B6KA 5P7OA 2ZHVA 4HDBA 3DV1A 5HTZA 1G0VA 5OYWA 5P78A 3T7PA 2QI7A 4J54A 1PPME 3NDXA 3VFAA 2V0ZC 1B6PA 3D1ZA 4Y44A 5P5WA 5DGWA 1IZDA 5P4GA 5P23A 3RTMA 4Y5LA 5P13A 1VIJA 3OUDA 5P76A 3KYRA 4A6BA 3QRMA 1W5XA 5P31A 1IZIA 5P4DA 3ECGA 1IVQA 3EKVA 4J0YA 2AIDA 3IVIA 2QI5A 5P7LA 3VF3A 1ENTE 2QCIA 4I11A 2BB9A 2UXZA 3OXVA 5KQZA 2P3CA 4J1IA 1K1UA 5OZPA 3TH9A 2PYNA 4EP2A 5P16A 4I12A 1LYBA 4Q1WA 3IXKA 5P01A 3EBZA 4Z4XA 2QI1A 4EHCA 5AH8A 3OUAA 3OGPA 1Z8CA 2BKSA 2G1NA 5KQYA 4ZPFA 5P1RA 4Y5GA 5P5RA 1LV1A 3ER5E 5OZIA 3Q5HA 3DK1A 5FIVA 1B6LA 4OBHA 1W51A 5P3KA 5KR8A 3Q70A 5P7WA 3S7LA 2O4KA 3VV7A 1AJVA 4IVSA 2FXEA 5AHCA 2Q64A 3BVBA 1MTBA 2OHRA 4Y4GA 5P6QA 1E5OE 2IEOA 4EJLA 1MT8A 3K5GA 4RROA 2RKGA 3DUYA 1HPOA 4Y58A 5AHAA 1EPRE 4DPIA 4TRZA 2NXMA 1HVCA 4CPXA 4QGIA 4CPUA 9HVPA 5P3GA 5P6EA 3C9XA 4RLDA 5P3NA 3RVIA 4RZ1A 1TSQA 2JXRA 5KQFA 5P48A 5P27A 3TOHA 5C9DA 2F8GA 2CENA 1GVVA 2BPVA 1NSOA 4Y3GA 1K1TA 3GGVA 3T7QA 3OU1A 3FKTA 2F3EA 5P8GA 5P5DA 5P8CA 3L5BA 2WF2A 1KJFA 5P2LA 5IVTA 1HHPA 5COKA 2QU3A 3PEPA 4MC1A 2ASIA 4RVXA 4Y38A 4YOBA 3U7SA 5P1DA 3L3AA 5P5OA 3FX5A 4Y4WA 3EKYA 2PK6A 5OZQA 2OHTA 4Y5CA 5P8HA 5P06A 1HVLA 1W50A 5P36A 4Q1YA 4K8SA 3EC0A 4OD9A 3SA3A 2IKOA 3OTYA 2P3AA 2ZJJA 4FRSA 5P5EA 3EKTA 2NNKA 5P7ZA 2QI6A 3R0YA 4H3FA 4FSEA 2QHYA 2AVSA 1C6XA 5P24A 3G70A 3PBZA 3DM6A 5P26A 1HOSA 1MRWA 1K6PA 3PSYA 1GVWA 3SFCA 1ODXA 1BIMA 2HPEA 5P2MA 2A1EA 5P37A 5OYXA 5OZRA 6APRE 2G20A 1NPVA 5P8IA 4J0ZA 4A6CA 1FFIC 5P0IA 1BXOA 4FGXA 4OBKA 2HPFA 1SDTA 5P63A 1YG9A 5P0PA 4U7QA 3UQRA 1IVPA 3VYFA 2ZHRA 4Y3RA 4ZEAA 5SXNA 5P3LA 1EBWA 2FDEA 5P0WA 5P62A 5COPA 5P5IA 2BBBA 2QMGA 3KFPA 1GVTA 5P4JA 1HVRA 5P53A 5P5UA 3LIVA 3UDRA 1N49A 3OQ7A 5OYYA 1MUIA 2WEDA 4D85A 4ACXA 4YA8A 3O9CA 5P3RA 5OZAA 4DJRA 5DR0A 3UDKA 2Q5KA 2BQVA 2JYSA 5P1EA 2B7ZA 2QNNA 4MC2A 1W6IA 1FLHA 5BWYA 4R91A 3QP0A 5P1AA 2V13A 3TOFA 4H1EA 1EC0A 3URLA 1OD1A 5P8VA 1LF4A 4ER1E 5P8KA 5P64A 5P4BA 2OHQA 5P2QA 4FE6A 4ACUA 3NSHA 5P05A 2VIEA 1FIVA 4I8ZA 4LXAA 3Q6YA 3UF3A 1ZJ7A 2I0DA 1A8KA 5AH7A 5P70A 1EBYA 4Y54A 2J9JB 3UCBA 4I8WA 4NPUA 3KDCA 1APTE 5P4KA 3EM6A 3FV3A 4RVJA 2FIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S53 A;  4DQE A;  1EC1 A;  4L7J A;  3NU9 A;  5P35 A;  2OF0 A;  4J0V A;  3QS1 A;  2G1S A;  5OZW A;  5P2U A;  5P0J A;  1ODY A;  4WTU A;  3NU5 A;  3QIH A;  4R8Y A;  5P5X A;  5P6N A;  3SM2 A;  2PK5 A;  1MRX A;  5P71 A;  5OZY A;  4KUP A;  1LYW A;  2BPX A;  4Y3Q A;  5OZ3 A;  2APR A;  1IZH A;  3AUP A;  2FNT A;  5F00 A;  2IGX A;  3HAW A;  1BWA A;  5HDV A;  5DQ2 A;  3LIQ A;  3PM4 A;  2AQU A;  1HWR A;  2IDW A;  4J1C A;  2QU2 A;  2Z4O A;  2WL0 A;  3SA9 A;  4ZIP A;  4K4Q A;  5P0N A;  5P7V A;  1SBG A;  5SZ9 A;  1BVE A;  1XDH A;  5P66 A;  4DJV A;  4J5J A;  2BPZ A;  4Y4J A;  5IE1 A;  2ER9 E;  1KJH A;  3D20 A;  2I4V A;  1BAI A;  2QMP A;  5P00 A;  3R4B A;  1CZI E;  1D4Y A;  1HBV A;  1SDV A;  3LZV A;  5P6M A;  3LZU A;  3OU1 B;  5P6O A;  3TKW A;  4HDF A;  1G2K A;  4FM8 A;  3A2O A;  5P0D A;  4YE3 A;  5OZO A;  5P0M A;  2QK5 A;  2IS0 A;  4B70 A;  2IGY A;  5OZK A;  1AM5 A;  3OUC A;  3KFR A;  2AVQ A;  2ZE1 A;  5P3J A;  5DR4 A;  3CKR A;  3QAA A;  5BS4 A;  5HE7 A;  5P5H A;  3BRA A;  4Y4E A;  5JFP A;  5P6U A;  3ZKS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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