1KJFA

Substrate shape determines specificity of recognition recognition for hiv-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes
Total Genus 18

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
95
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEMLPGKWKPKMIGGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)TIV4 (65-68)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-93)S3 (31-34)TIV5 (80-83)EMPTYS6 (69-78)S4 (43-49)TII1 (49-52)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Substrate shape determines specificity of recognition for HIV-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
total genus 18
structure length 95
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1kjfA00
5P4XA 2O4SA 1EAGA 4R5NA 5P4RA 2OHSA 5P3OA 1C6XA 5HCOA 4Y37A 3VYFA 1BWBA 5P0PA 1ZP8A 4OBKA 1EEDP 2BPVA 3L58A 3PJ6A 5P2SA 5P7XA 3BVAA 5J25A 3UDMA 5OZZA 3S7MA 4XX3A 5DR1A 1GNNA 5HDVA 1LYWB 4M8XA 5P08A 2G22A 5P0UA 1AM5A 5CONA 4X7IA 5P33A 3K4VC 1FQ4A 3GI5A 5P71A 3PCZA 3UPJA 3EKYA 3D91A 3KFNA 3KT2A 3RTHA 5P3GA 5P0DA 4EJDA 1RQ9A 3O9LB 1CZIE 5P4IA 5OYUA 5P62A 2G1SA 1DW6C 4LAPA 3LIYA 5P4YA 2AOJA 4L7GA 1NPAA 4Y5MA 4TVGA 3OQ7A 2NR6A 2QZWA 5HDXA 5P7NA 1AVFA 3KMYA 3OADA 1F34A 1C70A 3O9AA 2I4XA 1WKRA 3T7XA 2P3CA 4FSLA 5P75A 5P3ZA 3SPKA 5OZIA 5P89A 3MSLA 5P77A 5P32A 3QBHA 4OBDA 4RCFA 2I0AA 5SZ9A 5P47A 3OUAA 3SM1A 5P4VA 4FE6A 1HBVA 2FMBA 5P66A 2AZ9A 5OZ8A 1HVLA 2BQVA 5P7IA 3UDPA 2G69A 1BDRA 4GJDA 5P00A 2PYNA 1BDQA 5P3CA 1LS5A 3S7LA 1MTRA 1IZIA 5P6DA 2R5QA 1EPQE 3HAUA 5P8JA 3Q3TA 5P5GA 1B5FB 3ZMGA 2P8HA 5P2OA 1LYBB 5P7GA 4APEA 1T6GA 2FLEA 4YD6A 3SM2A 1EBWA 4DJYA 4JPCA 2IGXA 3HVPA 2V11C 3PWWA 3UCBA 1WBMA 1MPPA 4I0JA 4L7JA 4B72A 1BV7A 2G21A 4EJ8A 5P07A 2CEJA 3VCMA 2AOIA 3MSKA 3SA6A 4BFBA 2AZCA 2R3WA 1HTEA 3IVIA 2Q15A 3VUCA 3U7SA 2A4FA 5C9BA 5DR8A 2AVQA 2VA6A 4ZSQA 1N49A 1LF4A 4YDGA 3PWMA 1FKNA 5P1SA 5P1TA 2OHLA 3MSJA 1W5WA 2VJ7A 4HZTA 5P23A 3G6ZA 3H5BA 4AZYA 5P7AA 1EBZA 4YD3A 5P7WA 4B78A 5P10A 3NWXA 1MVPA 1FQ7A 1GNOA 3UDJA 1W50A 4ZPEA 3VV7A 2F81A 3DOXA 2XYFA 4FM7A 3ECGA 4D88A 3PM4A 7HVPA 2G94A 2QZXA 3OU4A 2B8VA 5OZQA 5P57A 3VEUA 4FGXA 5C9FA 1YTJA 1TZSA 5P8PA 2ER0E 5IVTA 5DGUA 8HVPA 2QU3A 3VF3A 1BV9A 3BXRA 5SY2A 5P28A 3OHFA 2HIZA 4ACUA 4EJLA 5P17A 3VFAA 3BUGA 3CYXA 2WHHA 5P6NA 1D4JA 2OHUA 2R5PA 4J1HA 3D1YA 3ER5E 1HSHA 3NU9A 1IBQA 3QRSA 3PMUA 1NPVA 5P1LA 4B00A 1BILA 4GJCA 5P7ZA 2FDEA 5P1YA 5P40A 5P1XA 1EPPE 1ZJ7A 2Q54A 3TLHA 1SH9A 1LZQA 4PZXA 5P43A 3OQFA 5P53A 1K6PA 1WBKA 4Y4XA 5P63A 1FF0C 6APRE 4RCDA 5P5NA 1U8GA 5HE4A 3UHLA 3WZ8A 2G24A 3IXKA 2WJOA 5P1IA 5P25A 3OTYA 2P3AA 4Y5NA 5HU0A 4DJVA 3MWSA 2IS0A 1EPRE 5P1OA 4JPEA 4Y47A 4HDFA 5P2EA 3CKPA 4J0TA 3BC4A 3EL5A 5P4LA 4CPSA 1FMXA 2FXDA 4U7VA 5P1ZA 2HB2A 4FAFA 4AA8A 4WY6A 5P6RA 4DQCA 1EPNE 5P0YA 5P2BA 1LYAA 2Q3KA 5P5LA 5OZWA 5ENMA 5APRE 2HAHA 4Y3RA 4Y4EA 3HD8A 1TW7A 3KF0A 2QNQA 1DIFA 2OHQA 5OYTA 3TKGA 1F7AA 5P0SA 5P52A 1ODXA 3O9CA 5DR0A 5OZJA 3BGCA 2B8LA 5DR4A 5P1FA 3NDWA 1MSMA 5P0ZA 1FQ5A 4HDBA 5BS4A 4NKKA 5P5EA 3LIXA 5P0RA 2QMFA 5P5MA 1EPME 3KYRA 1FQ6A 5JFUA 5P19A 1D4SA 1HIIA 2VIYA 3BRAA 5P61A 3OOTA 4FSEA 4CMSA 3OXWA 2HC0A 3T7QA 4DUSA 2AZBA 2PH8A 1JLDA 1B6KA 4F73A 4Y4BA 5P0AA 1IDBA 1HHPA 2IGYA 5P3YA 3NUJA 3CKRA 5P65A 2H6SA 4I0EA 5T4SA 1APWE 2I4UA 4J1EA 3NU4A 5KR2A 3EKVA 3OWNA 1HTRB 4CPUA 3TPPA 2QI6A 3VSXA 5P16A 5P8IA 5OZ1A 1GVUA 3CIBA 4HEGA 3OGQA 4A4QA 3UTLA 4M8YA 5P24A 3FSMA 3CIDA 3O9DA 3EKPA 2IRZA 3O99A 5AH7A 5OYWA 3K5DA 1YX9A 3GI4A 4R8YA 1ZAPA 5P5KA 1UH8A 4LXKA 1SIVA 1IIQA 1FLHA 4Y4WA 1XS7D 3VG1A 1FQXA 3LINA 5P2VA 3BHEA 3PBDA 5SXNA 3WSJA 5P8VA 5P1EA 2I1AA 3SABA 5P80A 1ODWA 5OYRA 4AMTA 1YM4A 3SA4A 5P0NA 4WY1A 5ISJA 5P6UA 3HW1A 4LBTA 3L5BA 5P1PA 4J1FA 2NNPA 5P7JA 3L3AA 2ZHVA 3ZPTA 1PSAA 2ZJHA 5E5JA 4N00A 2QD6A 4YCKA 3OUCA 4RCEA 5P1GA 5OZKA 3LITA 2R3TA 1C6ZA 3TPJA 1ZSFA 5I3YA 3UQPA 5P72A 3U6AA 4UPJA 1VIJA 2UY0A 3K5GA 1E5OE 4Y5GA 2JXRA 2NMYA 2UPJA 1HIHA 1XE5A 2OAHA 4OBGA 3QRVA 5P0KA 5P22A 5P5BA 1LEEA 5P60A 2PQZA 5P15A 2VA5A 3SACA 4Y3WA 5P0TA 5P2NA 2ZHSA 2V13A 3PCWA 5P6YA 1W5YA 5IVRA 2VJ9A 3K1WA 5COOA 4DPFA 1ZLFA 2G26A 2PSGA 2Q5KA 2ASIA 1KJFA 5P4DA 5HTZA 5OZ3A 1HTFA 2AVVA 1LYWA 2ER9E 1MEUA 1W5XA 4Y44A 2IDWA 3WB4A 3UQXA 4GJAA 5OZGA 4I10A 4TRZA 2I4VA 5P5QA 1LF3A 5DPZA 4ZSMA 2QI3A 5P6QA 2PWRA 1M43A 3O9LA 5P7QA 3CICA 4GJ5A 3APPA 1YM2A 3OUDB 2R43A 5P87A 1SDUA 4Y6MA 2NXMA 2Q55A 5P6PA 3PSYA 2Q64A 1APUE 5P5DA 5P3HA 3I2LA 5P5ZA 4JECA 1IZDA 5P7SA 5P86A 3IN4A 1ME6A 3LHGA 3QAAA 4A6BA 4B70A 1APVE 3GGUA 5ER1E 3PGIA 2O4LA 2O40A 5P6WA 3DV1A 4FRKA 4DJWA 4OBHA 1ZPKA 3MXEA 5P36A 3QVCA 2P3BB 2JJJA 3I6OA 4OBFA 1PPKE 5P85A 5P01A 4Y3SA 4FS4A 4K8SA 3INHA 3LPJA 5P4OA 4NJTA 2IKOA 4GIDA 3TPRA 5P5UA 1BWAA 3OXCA 4Y9WA 1A8GA 5OZOA 1T3RA 5P42A 3ZKNA 2I4WA 2OHNA 3D20A 5P5OA 3SA5A 4Y48A 1LYBA 4Y3DA 3BXSA 2IEOA 5P50A 5P0FA 4YD5A 5P0XA 1BVGA 4BFDA 3FNTA 4L6BA 5OYVA 4ZIPA 5KR0A 5KOQA 5P4EA 2WF2A 5PEPA 4FRIA 5OZTA 3PB5A 4RYCA 3K5FA 4J54A 5P11A 5P76A 3VV6A 4D8CA 3PBZA 7UPJA 1HVKA 4RROA 3VYEA 3ZKMA 3PLLA 4GJ7A 5P4CA 4EHCA 3NDTA 4H3FA 3EM4A 5OZDA 3RSXA 4APRE 2QI1A 3S8IA 3QP0A 3QBFA 6UPJA 3NU3A 1BBSA 1IDAA 2QD8A 3EL1A 3O9FA 4AA9A 3G72A 2PSUA 5C9DA 5P7DA 5P1WA 3PMYA 3SAAA 4Y53A 1TQFA 1YTGA 1VIKA 3PEPA 1XN3A 3UDRA 5P2QA 1W51A 4OBZB 5SY3A 3INEA 3SA9A 2QI7A 2SAMA 2QZLA 5JFPA 3HVGA 4EPJA 3NLSA 4YDFA 5OZEA 5OZ9A 2B42A 2FDPA 4Q1NA 3TTPA 3O9BA 5HD0A 4Y3AA 5P8OA 5P6SA 3NXEA 2I0DA 2Q11A 5P7HA 5OZYA 5P3RA 2G1NA 2WF3A 5OZ5A 3KT5A 3Q6YA 2QCIA 4GJ6A 5P1KA 2ANLA 4ER4E 4COEA 2WF4A 5P6OA 3SA3A 4OC6B 5P69A 3UDKA 4FL8A 2G1YA 4GYEA 3UDHA 5P8LA 2OHPA 2BPXA 1QRPE 2JJIA 5HDZA 1C6YA 5P41A 2ZJNA 2XYEA 4CKUA 5P4NA 5OYQA 5P2MA 3TOFA 1B6JA 3OAGB 5P74A 2WL0A 5P35A 4B77A 3OK9A 4ZPFA 5P20A 1TSUA 1GVWA 3NSHA 3FKTA 5P5AA 1NH0A 3R2FA 2H6TA 1FFFC 1CMSA 1RL8A 3RSVA 5P4QA 1M0BA 5P1JA 2OHTA 1MUIA 4Y58A 4FAEA 4EJKA 2R9BA 2ZYEA 2V12C 4RZ1A 5P2JA 4YA8A 1KJ4A 3OTSA 5P3QA 3O9GA 3S85A 5P37A 5P0IA 2O4KA 5P39A 5P2GA 5P5WA 3L38A 1EBYA 4J1CA 1FGCC 4RGHA 4YOAA 3FIVA 4Y3JA 5OZRA 5OZCA 5KOSA 2Q63A 4LC7A 2F80A 2BPZA 4Y4GA 3TKWA 5P4WA 4CPTA 3D1ZA 2XFKA 3HDKA 3PVKA 1D4HA 4GZFA 5F00A 2AOCA 5P6KA 3ZLQA 5P0OA 1META 1XN2A 2QI0A 5OZNA 4EYRA 5P70A 3GW5A 2MIPA 3QPJA 5P02A 2AOEA 5P79A 4FLGA 1OHRA 4YE3A 5P5FA 5AGZA 2QI4A 1HVHA 5P0JA 2FGUA 4X2LA 2Z4OA 2BBBA 5IE1A 4J17A 4CP7A 3ZL7A 1HPVA 4Y3EA 4F74A 4EQ0A 3AUPA 5F01A 1QBTA 3UFNA 5P8AA 4XXSA 1E80E 4Z22A 5P81A 2AZ8A 4EXHA 1B11A 2BPWA 5DR7A 5P6EA 5P6MA 3WB5A 1HIVA 1D4LA 4CPRA 5P3XA 3EXOA 3R1GB 5OZLA 3PLDA 3TH9A 2ZE1A 4Y41A 5P4FA 1A9MA 5OZHA 3L5FA 2WEZA 5E5KA 4LXAA 2AOFA 3T11A 5P7UA 4K4RA 2ZHTA 3SQFA 2ZGAA 3OQKA 1EC2A 5OYYA 5P5PA 3O9IA 3OUBA 5AHCA 5P2YA 5P3LA 3S2OA 4DJXA 4KB9A 4RVIA 5ER2E 2BPYA 5P7KA 3QI1A 2RMPA 4ER2E 3CKTA 5P4GA 3EKQA 3L5EA 1QDMA 5OZBA 3UDNA 5P6VA 3EKTA 1HVCA 1PROA 4GJBA 2AVMA 1B6MA 1IZHA 2XFJA 5P5SA 3T7PA 2VNMA 5P13A 3LZVA 5P1HA 2ZDZA 3UQWA 4DJPA 2VA7A 4MC9A 3GGAA 2B7ZA 4QJ7A 4Y36A 1BXOA 5COKA 3RVIA 3TOGA 5P1BA 3UFLA 2WEAA 5P2WA 2QP8A 1W5VA 1SDVA 2QK5A 1YTHA 5P38A 3OHHA 4J0ZA 3T6IA 1EPLE 2ER6E 3EL0A 5P6AA 1GKTA 2OF0A 2AODA 4OBJA 5P6ZA 4Y4AA 2PC0A 3OQDA 4MC2A 2V00A 5P8UA 1DAZC 4YCTA 5P68A 4QJ8A 4TVHA 5P2CA 5P1CA 3DJKA 5P3FA 3I8WA 4U8WA 5P6CA 5P48A 4Y4DA 2G27A 5P31A 2WKZA 4I8WA 1G2KA 1HRNA 5OZ6A 3TNEA 4DQBA 3NDUA 2RKGA 2QZKA 1NPWA 4YOBA 1ZTZA 1SIPA 2OHRA 5TOLA 1K6VA 1K6TA 3S53A 2NPHA 4HDPA 4Z50A 5P44A 2CEMA 5P59A 5P0CA 3BUHA 4LL3A 4Y35A 5P54A 3H0BA 1ZPAA 5P4KA 1ZSRA 4I0ZA 5COPA 5P8CA 1MERA 3QIHA 5P4TA 1HVJA 2PSVA 3EKXA 3OUDA 4DQEA 5P6XA 4Y54A 2I4QA 3LIZA 5P7LA 1HWRA 1FMBA 3L5DA 2RKFA 2V10C 1G35A 3C9XA 5P0MA 5P0EA 3APRE 3OU1B 3VLBA 5OZPA 1FIVA 3EM3A 1GNMA 3LPIA 1EC0A 4Y3TA 5P3PA 1M4HA 3OOZA 5JODA 4H1EA 5P84A 3JVWA 1PFZA 3LIVA 1HXWA 4J55A 1SGZA 4Y4JA 5I3VA 2P3BA 1K1UA 4H3JA 4B0QA 4J0PA 3OQAA 4DJOA 4Y3ZA 3SLZA 4ACXA 3VLAA 3I7EA 1CPIA 1BXQA 3EL9A 1YTIA 2AOGA 2HPFA 5BRYA 5KAOA 2JE4A 1UPJA 4YBFA 5P8QA 3IXOA 3ZKSA 4PPHA 5P4BA 5P6TA 4Y43A 1DPJA 4I12A 4F76A 3PSUA 3ER3E 1XL5A 5IS4A 3ZPSA 1MT7A 5P3NA 4KUPA 2EWYA 2J9KA 1AJXA 5OZMA 1K6CA 2PYMA 4F75A 3VF5A 1MESA 3M9FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4X A;  2O4S A;  1EAG A;  4R5N A;  5P4R A;  2OHS A;  5P3O A;  1C6X A;  5HCO A;  4Y37 A;  3VYF A;  1BWB A;  5P0P A;  1ZP8 A;  4OBK A;  1EED P;  2BPV A;  3L58 A;  3PJ6 A;  5P2S A;  5P7X A;  3BVA A;  5J25 A;  3UDM A;  5OZZ A;  3S7M A;  4XX3 A;  5DR1 A;  1GNN A;  5HDV A;  1LYW B;  4M8X A;  5P08 A;  2G22 A;  5P0U A;  1AM5 A;  5CON A;  4X7I A;  5P33 A;  3K4V C;  1FQ4 A;  3GI5 A;  5P71 A;  3PCZ A;  3UPJ A;  3EKY A;  3D91 A;  3KFN A;  3KT2 A;  3RTH A;  5P3G A;  5P0D A;  4EJD A;  1RQ9 A;  3O9L B;  1CZI E;  5P4I A;  5OYU A;  5P62 A;  2G1S A;  1DW6 C;  4LAP A;  3LIY A;  5P4Y A;  2AOJ A;  4L7G A;  1NPA A;  4Y5M A;  4TVG A;  3OQ7 A;  2NR6 A;  2QZW A;  5HDX A;  5P7N A;  1AVF A;  3KMY A;  3OAD A;  1F34 A;  1C70 A;  3O9A A;  2I4X A;  1WKR A;  3T7X A;  2P3C A;  4FSL A;  5P75 A;  5P3Z A;  3SPK A;  5OZI A;  5P89 A;  3MSL A;  5P77 A;  5P32 A;  3QBH A;  4OBD A;  4RCF A;  2I0A A;  5SZ9 A;  5P47 A;  3OUA A;  3SM1 A;  5P4V A;  4FE6 A;  1HBV A;  2FMB A;  5P66 A;  2AZ9 A;  5OZ8 A;  1HVL A;  2BQV A;  5P7I A;  3UDP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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