1LF2A

Crystal structure of plasmepsin ii from p falciparum in complex with inhibitor rs370
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNISLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Ser205 mutant plasmepsin II from Plasmodium falciparum at 1.8 A in complex with the inhibitors rs367 and rs370.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Plasmepsin 2
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 86
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2002-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lf2A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lf2A01
3KDBA 4DV9A 2OHRA 3HZCA 5P1QA 2QHYA 4Y4JA 4A6CA 4Y4EA 1HXWA 2OHNA 2JYSA 5KR1A 3TL9A 5P5KA 3TKWA 4Y3WA 5P0SA 3NLSA 1K6VA 3QVIA 2Q11A 5DPZA 2AVVA 3LIVA 2I4WA 4ZPGA 4WTUA 5P0TA 5P0XA 5P6OA 3SABA 2CEMA 1J71A 2I0AA 5P4MA 3IVHA 5P13A 2B7ZA 1SP5A 2V00A 2Q55A 4FIVA 4I8WA 5P4ZA 2P3BA 3GGUA 4LXKA 4H3IA 1K1TA 3MXEA 1M0BA 4LP9A 5P73A 3EM6A 5SZ9A 5P7VA 2B42A 5P2QA 3SA6A 5DR0A 5P4DA 5P5FA 1AM5A 1ER8E 3KF0A 1HSHA 1GVWA 1Z1RA 2QU3A 3U6AA 2NNPA 3PMUA 1EAGA 5P5WA 1HVIA 2NMYA 2IKOA 5P4EA 4FRKA 5P51A 5AHBA 3L5EA 3TPJA 1HPSA 5P7BA 3K4VC 4I12A 1A30A 1ME6A 2BQVA 1UPJA 2WL0A 4EYRA 5P39A 3CYWA 4YDGA 2BJUA 4FRIA 2BPYA 5JG1A 5P2WA 4I0GA 2P83A 3EM4A 5HVPA 2FDPA 2BPZA 3UFNA 1XN2A 2V16C 2G26A 2UY0A 2WHHA 3NU9A 1FKNA 1MERA 2WEDA 5P55A 1YTJA 1RQ9A 4WY1A 5P3PA 4K4QA 3HW1A 4QJ2A 5P34A 5P41A 5P6GA 1K6CA 5P6PA 2P4JA 2VJ7A 3NDTA 2FGVA 1YM4A 5P8RA 2QZXA 3UQWA 5OZQA 2ZHUA 1MEUA 4YD5A 1SDVA 3M9FA 3OUDB 5P8PA 2G24A 5P1NA 2OHKA 4NJTA 2IRZA 3MWSA 2VIYA 5P5ZA 5OZUA 3PCZA 3RTHA 2FGUA 5IE1A 3OUAA 2ANLA 4GJDA 2B60A 3UQPA 5HDZA 3VFBA 4I1CA 4GJ6A 1ODXA 3G70A 5P61A 3QS1A 5P7TA 4B0QA 3PJ6A 5P44A 4CPRA 5KOQA 3LPJA 1FQ4A 5P1OA 3VLAA 2VIEA 1TW7A 3OQ7A 4HZTA 5P1YA 2OAHA 3TKGA 4Y54A 1HIHA 1ODYA 4GJAA 5P30A 2WF1A 3KDCA 3OQDA 1HSGA 3S56A 5P5PA 1E81E 1HTEA 2NMZA 4ZPEA 3HVGA 5AH9A 2I4QA 5OZ2A 3KA2A 3OXVA 5P2LA 2QI3A 4YCTA 1IZHA 4H3GA 5P6VA 5P0AA 3OGPA 1MPPA 1YTGA 5P3WA 2QMFA 2BKTA 4DQGA 3IXOA 5P71A 5P8AA 2PYNA 1XE6A 3NDXA 2BB9A 5P5BA 3O9GA 5JFUA 4B78A 5P0HA 4Y3GA 5OZAA 3IA9A 5KQXA 1EBZA 2Q64A 1W5XA 2Q15A 3ZOVA 3GI6A 4Y39A 3O9HA 5P78A 3UDRA 1MUIA 2QCIA 3EC0A 4D83A 5P70A 3LNKA 3OQAA 3SQFA 1C6ZA 5OYWA 4K8SA 5P0MA 2OHQA 3JW2A 4A6BA 4EJ8A 1FG8C 2VNNA 3O9AA 5P7LA 2F3FA 2G1NA 3APRE 5P4XA 1TSUA 4RRNA 3VSXA 3NU6A 1MTBA 4RRSA 2Z4OA 1DIFA 3Q4BA 4RZ1A 1D4IA 3KFRA 4A4QA 3VV8A 4J1KA 5P3AA 2AIDA 4YOAA 4ZSQA 2AVMA 2RMPA 4AMTA 5P6JA 4J1HA 5P7KA 2ZDZA 5DQ5A 1FMBA 2PSGA 2FDEA 4Y3FA 3OXCA 3QVCA 4J1IA 4U8WA 4PYVA 3OAGB 5P40A 5P52A 4F73A 1BVEA 4Y4AA 5P58A 3OU4A 1BV7A 2OHLA 5P38A 1NSOA 5P6CA 3S45A 5OZLA 5P47A 4TRZA 2AOHA 4Y3EA 1WBMA 3EL4A 4FGXA 2NNKA 4Y4UA 3O9FA 4YA8A 5OZ7A 5P5CA 4GJ9A 4PZXA 5P49A 1PPKE 2BPWA 5P7YA 5P08A 3CKRA 1FFFC 3LIXA 2IS0A 2I4XA 2Z54A 2IKUA 5P7UA 4ZLSA 5P7IA 3FV3A 3IAWA 5OZSA 2O40A 1SDTA 3PI0A 4FM6A 3PEPA 2AZCA 3FNTA 3MSKA 5P6QA 3OU1A 3T11A 3CMSA 2PWRA 5KQZA 4Y56A 1BILA 3CKPA 1IBQA 4GB2A 4L1AB 5P05A 3VCMA 1LYAB 4LHHA 2G1RA 3OOZA 2O4SA 4Y5MA 5P5MA 4YOBA 3JVYA 2BBBA 2R43A 5I3WA 4RVJA 3K5DA 1K2CA 5P10A 5P74A 1HVCA 2I4VA 1SH9A 1HVLA 2A1EA 1MT9A 3D91A 3HVPA 3EKVA 4Y36A 2OHPA 3UFLA 5ENKA 5P3UA 5P2UA 3APPA 3UDMA 3S7LA 5P2BA 1HTGA 1HWRA 5P2KA 4K4PA 4YHQA 1FLHA 2P3DA 4J0VA 1GVUA 4LXMA 3NWQA 3TTPA 4RGHA 4Y45A 3C9XA 5P5IA 5P2MA 4LAPA 3VV6A 1HPXA 2JJIA 4R92A 3TPLA 3U71A 2HIZA 3TPRA 1EPLE 5OZZA 5P0IA 2ZGAA 5P36A 1HRNA 3NXNA 3VLBA 4Y5AA 4DJUA 4Y41A 2F3EA 2Q5KA 3Q3TA 1B6KA 5P5LA 5P6HA 1AIDA 3NSHA 3PGIA 3DK1A 5P2VA 3GW5A 3EMYA 4FSEA 5P0JA 1HIIA 1SMRA 2NXLA 5P1RA 4APRE 3CIBA 1E82E 4GJCA 5AH7A 3RTMA 2QNPA 3EKPA 3NU3A 4Y3SA 2BKSA 1A8GA 5P43A 1GVTA 5P1EA 1ENTE 5HU1A 5P5SA 4DQHA 1IVQA 3BHEA 2HAHA 4I0JA 3ER5E 2ZE1A 5P31A 5KOSA 1T3RA 5P5YA 1EBWA 4B05A 3ER3E 1LEEA 1SGUA 5P1DA 1TZSA 5P0YA 3PSYA 5OYXA 5KQYA 3B80A 3EXOA 3OK9A 2RENA 3KYRA 1FMXA 4Z4XA 3OOTA 4Y3JA 3ZLQA 3K4VA 1W6HA 3DV5A 2IEOA 2I1AA 5P7ZA 3JVWA 3O9DA 4J55A 5P4SA 3UDHA 2OHUA 4HE9A 3KT5A 5P11A 1B6MA 5P14A 4FL8A 2WEZA 1QDMA 2XFKA 4R91A 4MC2A 2VA6A 5P5JA 2NXMA 5P6DA 2F8GA 5OZNA 1G0VA 2FS4A 3OGQA 1EPOE 4JECA 2PK5A 3LPIA 2WJOA 5BRYA 5P6NA 4CPUA 3I2LA 1B6LA 4JPCA 1FQ5A 4R95A 1ZTZA 3VSWA 5TOLA 2VJ6A 4NJVA 3PWWA 2FIVA 2HS1A 5P1SA 5P4FA 1EC2A 2QMGA 2V13A 5P50A 2QD8A 1QRPE 5P6BA 3T7QA 2WKZA 3H5BA 5P8JA 3UDYA 4I0IA 1G35A 3R0WA 2ZHVA 2A4FA 3GI0A 2OHTA 2APRA 2JJJA 4HA5A 5P26A 5P4NA 5OZRA 5P8UA 3ZPTA 5P5RA 2QZWA 5P5XA 3BUHA 3I6OA 3NWXA 4Y3DA 2ZJHA 4Y4DA 4NPTA 3UDJA 2VA7A 3VF3A 3TNEA 3NU5A 4GJ5A 5COOA 2AOIA 4Y3MA 1MSMA 2ZJIA 5P35A 3UQUA 4Y43A 6UPJA 2AVQA 1NH0A 4HLAA 5CONA 1T7KA 2WF2A 2AOJA 1G2KA 1IIQA 3GI5A 5P67A 2ZJNA 1WBKA 4ER1E 5IVSA 5OZXA 1VIKA 1FB7A 2P8HA 1MIQA 5P6AA 5KR0A 4CMSA 2FXDA 2FNSA 4Y3HA 4OC6B 1HPVA 1EPME 5HDXA 5P69A 3HDKA 1A8KA 1EEDP 5OZJA 3EL9A 2XYEA 2QHCA 5P15A 5OZ8A 1PSOE 3AIDA 1T6GA 3OXWA 2HM1A 3ZKSA 4F75A 5P88A 4Y3AA 5OZOA 5HE4A 2WECA 2QD7A 4TVHA 4CPSA 2V11C 1CPIA 4EJDA 5P1UA 2UPJA 3Q6YA 5P0ZA 3BGCA 3QI1A 1PSAA 4PZWA 4DQCA 4RYCA 1MRWA 4FAFA 1ZSRA 1K6TA 4DPFA 5OZCA 5P1AA 3VYFA 5OZ6A 2WF4A 2ZHSA 5P4PA 1DP5A 1KJGA 3UDPA 5P33A 2NPHA 4Y3TA 4Y50A 5HU0A 1PROA 5OZHA 3GGXA 5E5JA 5P7EA 4Y57A 5P4QA 4GJ8A 5P79A 5DQCA 3VEUA 2BPXA 3R1GB 1BDQA 3NR6A 3BUGA 4Y3QA 1CZIE 3NXEA 1MTRA 1MRXA 3N3IA 5COPA 3PVKA 1HVKA 5P2RA 3INHA 3EL0A 4EP2A 3NDWA 3DJKA 4U7QA 2Q54A 1ZSFA 5P3ZA 5P5NA 4J0TA 5P4YA 4RVXA 4HDFA 3EKQA 5P8TA 3BVAA 4Y58A 1MESA 3OUDA 5P18A 1HSIA 5P76A 3QAAA 1BDRA 3EM3A 5P1WA 1MVPA 2F3KA 2G1OA 4Y3NA 3FIVA 4EQJA 1SIPA 2HPFA 4ZSRA 2ZHTA 3OHFA 2IDWA 5P0PA 5P7PA 4U7VA 5OZ9A 4Y5CA 3TH9A 1MSNA 2AZBA 5OZTA 4F74A 3GGAA 2F81A 5P4IA 4Y5KA 4DUSA 5P6SA 5P06A 2XYFA 3GGVA 5P0UA 5SXNA 1LYWB 4D88A 5P4UA 1GNMA 5BWYA 2BPVA 1ODWA 3SA7A 2RSPA 4APEA 3FSMA 3G6ZA 3K1WA 2AZ8A 3OHHA 5IVRA 4R5NA 4IVSA 5DR3A 2G94A 3SKGA 1ZLFA 3NU4A 5P0EA 5P77A 5P1GA 3ZKMA 5P1XA 4J17A 5P4LA 5P8SA 4DQFA 4Y5EA 1APWE 1GVVA 5P04A 4ER2E 5HTZA 3UQXA 1K6PA 2G20A 3SA8A 5ISKA 1YTIA 3SACA 5EZZA 5P37A 1B5FA 5P1MA 5DGWA 3LZVA 3I7EA 2H6SA 3QRMA 4Y3YA 3S43A 1FQ6A 1M43A 5P0WA 1D4LA 5P1ZA 1FQ8A 4Y3LA 5P2CA 5P7QA 1E80E 2G69A 4FCOA 1KJ7A 5OZGA 5P8IA 1AAQA 1SMEA 3FNSA 5OZYA 5P07A 3QROA 1BBSA 2HB3A 1ZJ7A 3ZKGA 5P6RA 2NXDA 4FM7A 1D4YA 7HVPA 2B7FA 2FLEA 3S85A 3O9CA 1SDUA 4NJSA 1SGZA 3RSVA 3OUCA 1QBSA 2P3AA 1EBKC 1HVHA 2B8VA 5P85A 3TOFA 2AOGA 4RLDA 4DQEA 3Q5HA 5P29A 4DPIA 3OUBA 5P3JA 4Y35A 2WF0A 3BRAA 1DMPA 5P0LA 3WZ6A 2FXEA 5P09A 5P4KA 2XFJA 5ISJA 3OAGA 2ER7E 1RPIA 5ER2E 4H3FA 1CMSA 4L7JA 4TRWA 5P6WA 4Y44A 1Q9PA 4FM8A 5IS4A 4TRYA 5P7HA 4CPTA 5P3XA 4D89A 5P8NA 4ACUA 5P2ZA 1T6EX 3L59A 5HE7A 4J1FA 5DR8A 2QMPA 1DW6C 5P2NA 2FMBA 5P3GA 5P3IA 4ZPFA 3PM4A 3KMYA 3MXDA 2G21A 5P1JA 4OBGA 5F01A 5P6EA 5EZXA 4R8YA 1FGCC 5P7JA 1M4HA 2PSUA 5OYZA 5P64A 4NPUA 4EPJA 5P8GA 2R3WA 2R5QA 4OD9B 2ER9E 4HDPA 2HB4A 5P6ZA 5OZFA 3T3CA 3PLLA 4AA8A 3QPJA 4OBJA 3KFPA 5P8MA 3ZPUA 4YD3A 5P2XA 1B6JA 5I3VA 5P82A 2J9JA 5HDVA 2WEBA 2XFIA 5P59A 2CEJA 1LZQA 5P3QA 1GVXA 3EKTA 4L1AA 4RROA 4GYEA 3BXSA 3PSGA 4M8YA 4Y3PA 2I4UA 5P1FA 3O9EA 2ER6E 3HLOA 4YCYA 3EL5A 4J0YA 5P8BA 2AOEA 4RVIA 5P6YA 2QNNA 3HAWA 1W5VA 5P8QA 5P5UA 2G22A 4DJOA 3UHLA 5P32A 4Y5BA 3ZL7A 2PK6A 4D8CA 2HS2A 3SA9A 1OHRA 3OWNA 5P6IA 1BXQA 4J1CA 4QJ7A 3HBOA 2QD6A 3INEA 3KN0A 2ASIA 5HCOA 4YDFA 3PLDA 3UTLA 3PHVA 1E5OE 4Z22A 1A94A 1WKRA 3DV1A 3URJA 5P1BA 1HPOA 4GZFA 4M8XA 5P2GA 5OZWA 1HHPA 5OYTA 3N4LA 4WY6A 5P66A 3QP0A 1LF3A 2IGYA 3UF3A 2V0ZC 2AVSA 4LBTA 1BWBA 4L7HA 3ZKNA 2VNMA 3L5DA 4Y5LA 3MSLA 3OADB 1MT7A 1HVJA 5P3RA 4Y4TA 3EBZA 3KDDA 5P28A 3RSXA 3R2FA 5P0QA 4DJRA 4XX3A 1B11A 3D1XA 4EP3A 5P2JA 2VS2A 2VJ9A 3K5CA 5OZ4A 3LITA 1W5YA 4J0PA 3URLA 3LZYA 5P4VA 5P03A 1QBTA 3NUJA 2HC0A 4AA9A 1YTHA 5P48A 2R9BA 5P8DA 1XL2A 3NDUA 3WZ8A 1META 3O9IA 4RCEA 5IVQA 2I0DA 5P3SA 3KFNA 5P1LA 4Y47A 1NPWA 3TPPA 2ER0E 5P4JA 3ST5A 4YD6A 2PH6A 1F7AA 3D20A 4JP9A 5P2SA 4X2LA 5ENMA 2AOFA 3UQRA 5OZMA 1NPVA 1LYBB 1AJVA 3O9LB 1D4KA 3IVIA 5P5GA 2QZLA 4YD4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3KDB A;  4DV9 A;  2OHR A;  3HZC A;  5P1Q A;  2QHY A;  4Y4J A;  4A6C A;  4Y4E A;  1HXW A;  2OHN A;  2JYS A;  5KR1 A;  3TL9 A;  5P5K A;  3TKW A;  4Y3W A;  5P0S A;  3NLS A;  1K6V A;  3QVI A;  2Q11 A;  5DPZ A;  2AVV A;  3LIV A;  2I4W A;  4ZPG A;  4WTU A;  5P0T A;  5P0X A;  5P6O A;  3SAB A;  2CEM A;  1J71 A;  2I0A A;  5P4M A;  3IVH A;  5P13 A;  2B7Z A;  1SP5 A;  2V00 A;  2Q55 A;  4FIV A;  4I8W A;  5P4Z A;  2P3B A;  3GGU A;  4LXK A;  4H3I A;  1K1T A;  3MXE A;  1M0B A;  4LP9 A;  5P73 A;  3EM6 A;  5SZ9 A;  5P7V A;  2B42 A;  5P2Q A;  3SA6 A;  5DR0 A;  5P4D A;  5P5F A;  1AM5 A;  1ER8 E;  3KF0 A;  1HSH A;  1GVW A;  1Z1R A;  2QU3 A;  3U6A A;  2NNP A;  3PMU A;  1EAG A;  5P5W A;  1HVI A;  2NMY A;  2IKO A;  5P4E A;  4FRK A;  5P51 A;  5AHB A;  3L5E A;  3TPJ A;  1HPS A;  5P7B A;  3K4V C;  4I12 A;  1A30 A;  1ME6 A;  2BQV A;  1UPJ A;  2WL0 A;  4EYR A;  5P39 A;  3CYW A;  4YDG A;  2BJU A;  4FRI A;  2BPY A;  5JG1 A;  5P2W A;  4I0G A;  2P83 A;  3EM4 A;  5HVP A;  2FDP A;  2BPZ A;  3UFN A;  1XN2 A;  2V16 C;  2G26 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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