1LF2A

Crystal structure of plasmepsin ii from p falciparum in complex with inhibitor rs370
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
SSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMNYVSGTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNISLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structures of Ser205 mutant plasmepsin II from Plasmodium falciparum at 1.8 A in complex with the inhibitors rs367 and rs370.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Plasmepsin 2
molecule tags Hydrolase
source organism Plasmodium falciparum
total genus 86
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date 2002-04-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lf2A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lf2A01
3Q6YA 3UDHA 5IVQA 3PBZA 3DUYA 2FMBA 2RKGA 1XE6A 5P62A 4I0HA 2OHTA 4LP9A 5OZPA 3BUFA 4U7QA 3R2FA 2OHQA 2QI1A 3LIXA 5P6AA 2AZ8A 5P6LA 5OZBA 5P0MA 4RCDA 3K5FA 1YTGA 4HE9A 3H0BA 3LHGA 5P11A 5DGWA 2Z54A 5CLMA 4L1AA 3L38A 4HDBA 2HIZA 5IVTA 3GI5A 1D4JA 5P17A 3QROA 5P2SA 4KE0A 2UXZA 3L5CA 1B6JA 4L1AB 2Q3KA 5DQ5A 4OBDA 4ZEAA 2B7ZA 1QRPE 2I4WA 2ZHSA 3LPIA 4LAPA 5OZLA 2FIVA 5OZVA 3NXNA 4OBKA 3OUDA 4I0FA 4EPJA 4Y3GA 1U8GA 4Y4BA 5P81A 5P83A 3LNKA 5OYTA 1IVQA 3OUDB 3ZKXA 4BFBA 4DJRA 4BELA 1HVCA 5P7BA 3EKYA 5P33A 2BPZA 4Y3NA 2VKMA 3IGBA 4ACUA 1ZJ7A 2JYSA 5P42A 2OHMA 2G1NA 5P56A 2BQVA 5OZ4A 5P7HA 4RYGA 1TCWA 2OHLA 1SMRA 4Z50A 3O99A 5KR8A 4Y53A 3TLHA 5P5DA 4AUCA 2MIPA 3QBHA 3H5BA 1B11A 5P8VA 4EP3A 2R5PA 2QU2A 5P1BA 2ZHUA 2QNPA 5OZXA 5P5AA 5P7GA 2OHUA 3BVBA 5P4AA 4CPWA 5P3QA 5P4PA 5ISJA 1MUIA 3QS1A 4WTUA 3DK1A 4J1IA 1YM2A 2BBBA 1W6HA 5P3KA 2B8VA 5P2AA 1KZKA 2QNNA 3OXXA 4Z2ZA 4Q5MA 5P8JA 3QVIA 2VIEA 5IE1A 2HB2A 4B78A 4OBJA 2QMFA 5P0IA 3B7VA 5P1KA 5P20A 1D4YA 1MEUA 1APUE 2JXRA 4DJVA 4YD7A 3NUJA 1AAQA 1NPAA 5OZ0A 3EKXA 5P6MA 2F3KA 1XDHA 4RRNA 3GGAA 3KFPA 1IVPA 5OZ8A 1NPWA 3VG1A 5DR3A 2G1YA 1FMBA 3TNEA 1BXOA 4FS4A 4PYVA 4MC2A 3KFNA 5OZUA 5P5SA 4B1EA 4FLGA 1FQ6A 3EM6A 3O9BA 5P2VA 4Y6MA 5P3MA 1K6PA 4QJ8A 4Q1XA 2AQUA 2R8NA 5IVSA 1YG9A 5P5HA 2QK5A 5P28A 1W6IA 1FGCC 2Q55A 1ZAPA 3D1YA 3SQFA 1Z1RA 5P0BA 1KJFA 4MC1A 3NWQA 5P3UA 3INHA 5P8TA 4GJ5A 5P0AA 2I4UA 2XYEA 1D4SA 5P5QA 3PSUA 5P7MA 3FNSA 5P1FA 5OYYA 1OD1A 3KT5A 3QRSA 4FRKA 1YTIA 4Y50A 5P2XA 3PMUA 5P4FA 4QLHA 5OYWA 5UPJA 1FEJC 5P5IA 3D20A 4MC9A 5P1EA 5JODA 3WSJA 3PGIA 4HA5A 5OZYA 4FL8A 5TOLA 3L5BA 1HXWA 2G22A 2ZGAA 4FRIA 5P3CA 2OHPA 2R5QA 1SGZA 4Y4EA 1FG8C 3KMYA 1YT9A 3S45A 1G0VA 4Y54A 5HDUA 3L3AA 4Y3EA 2AOHA 2FDPA 4KUPA 1AVFA 3HLOA 3OK9A 5P0EA 5P8RA 5P54A 3NDXA 2PYNA 4I12A 1XL5A 3MWSA 2PC0A 2AVQA 1A8KA 3LPJA 4YBFA 5HVPA 2QZLA 1G35A 1KJ7A 4GJDA 2G69A 2G21A 5P6OA 1ODYA 1ENTE 3N3IA 5OZ7A 3G6ZA 4RLDA 5P2DA 4H1EA 2ZJKA 3I8WA 4RVJA 4AMTA 3NXEA 5DR4A 1XE5A 4K4RA 4Y5NA 4Y3JA 5OZTA 4B77A 1OHRA 4PZXA 2AOIA 5P0NA 5OZFA 1DPJA 1FF0C 1EPRE 1HWRA 2B42A 2V13A 3TOGA 1LYAA 5KQXA 5P29A 5P4BA 3I25A 5IS4A 5P4QA 1LYAB 5DPZA 5SY3A 5DQ4A 2O4KA 1W5XA 2OHSA 4LC7A 5IVRA 4Y4XA 4F73A 4FRSA 1FQ4A 2WHHA 3K4VC 5P46A 4OBZB 1C6ZA 4CPSA 2A1EA 2JJIA 1AJXA 3DOXA 3EKTA 3UDPA 2V11C 4OC6A 3SO9A 3APRE 5P86A 1C6XA 1VIKA 4NPUA 3KF0A 3VV6A 3ZMGA 2EWYA 1BIMA 1CPIA 5P2TA 3EM3A 1A9MA 5P8AA 4BFDA 5OZ9A 1PPME 3SA9A 4L7JA 5HD0A 5ER2E 3MSKA 1CMSA 4Y3YA 2NXLA 5J25A 1MESA 5P38A 2XYFA 4Y5BA 3I6OA 4A6CA 3HVPA 3JVWA 1K6TA 5P3XA 2VJ7A 5P85A 4LXMA 1RV7A 2O4SA 3ECGA 5P69A 3VSWA 4PHVA 5P7YA 5P4IA 2WEZA 3CICA 2I4XA 5P47A 4JPCA 4RROA 2AVOA 2AODA 3PRSA 4CKUA 4CPRA 1F34A 4FGXA 1MRWA 3KN0A 4FM7A 4GJCA 3PEPA 4QJ6A 3SKGA 2HB4A 5APRE 5P2BA 1D4KA 1EPPE 1FMXA 4OBHA 1KJHA 1HVKA 4ACXA 1GVUA 4D89A 4AA8A 1K1TA 2J9KA 4U8WA 5DR7A 5P4MA 2IQGA 5P7EA 3RTHA 1FQ7A 4X7IA 5P7UA 3SA8A 5P1GA 1PSAA 1HHPA 5P5OA 2HPEA 3S2OA 3JW2A 4L6BA 2VS2A 3UTLA 1W51A 2VA7A 3SLZA 2QZKA 2WEDA 4HZTA 4Z4XA 5P72A 1IZDA 4L7HA 3OWNA 5EZXA 2FNSA 5P09A 5P8SA 4I10A 5P6ZA 5COOA 1B6PA 3UQUA 1BVEA 3OXCA 3OQFA 1ZPKA 1MT9A 3WZ6A 3L59A 2ZJJA 1FQ5A 5P22A 3EL0A 2IGXA 3INEA 5P0WA 4FAEA 5HCTA 1MT8A 2FGVA 5P3NA 1IIQA 2G20A 2I4DA 4GJ6A 4Y5CA 1PSNA 4DVFA 1UPJA 5OZ1A 1ZLFA 4PPHA 4I11A 4EWOA 3L5DA 5P0YA 3EXOA 2IKOA 2QD8A 5P84A 4I0EA 2BKSA 1CZIE 3BC4A 3URLA 4YCYA 2UPJA 2WL0A 1JLDA 5P5FA 4Y3TA 4FSEA 5P2OA 2QMDA 1SP5A 5P08A 4Y4WA 1IZHA 4ZSRA 2IL2A 3ZOVA 2I4VA 2VNNA 3O9GA 4YBIA 4COEA 4Y3SA 3IXKA 5KQZA 1PPLE 4GJ8A 5P52A 5P0VA 3EKPA 7HVPA 5FIVA 5C9DA 3Q70A 5P70A 4GYEA 3VFAA 5P4CA 1GVWA 2ER0E 1LYBA 2FXEA 3T3CA 5P1WA 1AZ5A 2WKZA 5P5ZA 2AVVA 5P5BA 4HEGA 3IXOA 5P7KA 2WJOA 5BS4A 2AOCA 2G24A 2P3BB 4FM6A 3KMXA 4EQ0A 1HEGE 5EZZA 1BWBA 5P2RA 1HSHA 1M4HA 5P0XA 3KA2A 3OU1A 4B72A 1HPVA 1QBSA 7UPJA 3GI0A 3GI6A 1WKRA 3G70A 5SZ9A 2XFJA 3OXWA 3OAGA 3UDRA 4B00A 3OU1B 5P8BA 1N49A 2JJJA 5P1HA 2QHZA 1QBUA 3OAGB 5P66A 5P18A 2CEMA 1RQ9A 2G1RA 5OZ3A 1W5VA 5F01A 3PJ6A 4Y36A 2BPXA 5AH8A 5P4JA 5ISKA 5P8EA 5P2WA 3VV8A 1IDBA 2PWRA 4APEA 6UPJA 5AH9A 1A8GA 5P3HA 5P0RA 4DQBA 3PI0A 2G26A 2HC0A 3OXVA 4IVSA 5P30A 5PEPA 3K4VA 5P5TA 2QI6A 5SY2A 1BVGA 3GGXA 3T7QA 3K5GA 3D1ZA 3SKFA 5P2KA 5P2LA 4Y3RA 1QS8A 4TRWA 5P68A 4ER1E 1HVSA 1RPIA 5P1MA 3SABA 5P6UA 3OQDA 1AJVA 5P14A 5OZNA 4YE3A 4DQFA 3UFLA 2VJ9A 2NR6A 5P7SA 5ER1E 1NPVA 3ZKGA 4MC6A 5HCOA 5P67A 1HEFE 3A2OA 4GIDA 1EBKC 3PBDA 2PWCA 3PLLA 5P51A 2RSPA 2AIDA 3VFBA 4J55A 5OZIA 1UH7A 2PK6A 3FX5A 3HZCA 5P2NA 4Y3FA 3DJKA 2OAHA 5P00A 4XX3A 1EPOE 3NR6A 3VYDA 3CYXA 5P13A 6APRE 5P4NA 4EXGA 3HAUA 2ER7E 5P6YA 3O9AA 3BGBA 1EC2A 5P7ZA 1HIVA 2P4JA 4QJ9A 4I0DA 5P8CA 4CMSA 2P3AA 3RSXA 5OZMA 3INDA 4FAFA 5P37A 4CPUA 5P3RA 2F80A 3BUGA 2R43A 3DM6A 3QBFA 3SM2A 3PCWA 5P31A 4GB2A 3JVYA 3R4BA 5P48A 5P7WA 3OTYA 1QBRA 5P8FA 2AOEA 5P60A 3WB4A 1HSGA 3KYRA 5P5RA 4Y3QA 4N00A 4YCKA 2I1AA 4D8CA 3VYFA 5P4YA 2QMGA 5P5PA 4YDFA 1BDLA 5P80A 3UDNA 2P8HA 1AIDA 3TPLA 4DJXA 1BV7A 3OHHA 3VEUA 3OUBA 4RGHA 4Y45A 5P5UA 5OZHA 4QJ2A 4R8YA 5P7RA 2WF0A 3I7EA 5P2IA 1EC1A 4QJ7A 4XXSA 5P1NA 1LF3A 3KFSA 5P50A 4HVPA 5P5MA 3UFNA 4FE6A 5P5GA 3IVHA 2ZYEA 3EKWA 4WY1A 4J17A 4KE1A 5P3VA 4Y41A 3ZKSA 4HDPA 3QP0A 5P6IA 2QHYA 2QAKA 1YX9A 2QD6A 3U6AA 3EMYA 1J71A 3C9XA 2O4NA 3IAWA 5OYZA 2AZ9A 3R1GB 1HOSA 1TSUA 1Z8CA 5P2QA 4I1CA 5AGZA 1KJ4A 5P6JA 5P26A 4DJQA 2Q63A 5OYRA 4LXKA 2B7FA 5P5VA 2WF4A 4DPFA 3NDTA 5P5NA 5P39A 2B8LA 4Y4DA 3SFCA 5P4GA 4Y9WA 1PFZA 5OZZA 2QNQA 4GZFA 5P73A 2R3WA 5P43A 5P5YA 4ER2E 1EPME 3NYGA 5P6EA 4AA9A 3K5CA 2PH8A 1W5YA 2AVSA 5P0CA 5P4UA 5P3AA 5P6PA 3OU4A 2G27A 5P3JA 2O40A 5P1TA 3MSLA 5KQYA 1HIHA 4DI2A 1ZP8A 4EJ8A 4Y5MA 3OU4B 5P5WA 3PMYA 3UQXA 1PSOE 2XFKA 3FSMA 3DV5A 4A6BA 5P0ZA 4I0JA 4Z22A 5P3YA 5P7OA 4J0TA 3VLAA 5P32A 4B05A 5P24A 4JECA 4M8XA 1IZEA 1FG6C 3BRAA 2P3CA 1LF4A 4K9HA 1EC0A 5DR1A 3SA4A 1FFIC 3INFA 3NSHA 1DAZC 4D88A 4CP7A 4Y3ZA 4EYRA 1NH0A 1RNEA 5P1DA 5P6RA 1DW6C 5P5CA 3IN3A 1HPOA 3UF3A 5P8HA 5AHCA 5P6DA 3T6IA 3NU5A 3M9FA 3PVKA 4WY6A 3MSJA 4BEKA 3CKTA 4Y4GA 1EBWA 2OHKA 2ER6E 3FNUA 3ZPSA 4Y5AA 4K4PA 5P8NA 5P4LA 3TPRA 4Y3DA 2BPYA 5P4WA 4GJ9A 3SA7A 3KDCA 1D4LA 2G1SA 3TKGA 5P36A 4Y35A 1PPKE 2V00A 5P3ZA 5P8KA 4K8SA 5P3DA 5P2MA 1AM5A 1SMEA 3VSXA 5P6HA 3ER5E 5P7XA 5P8DA 2VNMA 4OC6B 1ER8E 5P1OA 5P3PA 4DV9A 3O9EA 3OOTA 5P6BA 1M0BA 2CEJA 3HW1A 5P75A 1SIVA 5COPA 2I0DA 4K4QA 3SA5A 3LZSA 5OZDA 4TVGA 1C70A 2NNPA 5P7VA 5OYXA 3IXJA 5P4OA 1AXAA 1MPPA 4A4QA 2QI4A 5P12A 5KQFA 4J0ZA 3S7LA 3LIQA 1RL8A 1W5WA 3S54A 1BXQA 3NWXA 1MTBA 3O9CA 5P0JA 2QCIA 1HTEA 3WZ7A 1E82E 2QZXA 4I0ZA 5ENKA 3URJA 4Q1NA 1APTE 2SAMA 2AOGA 1IDAA 2ZDZA 3N4LA 4XKXA 1TZSA 4IVTA 2I4QA 3SPKA 5HU0A 1EEDP 1MSNA 2WEBA 3BXSA 3I2LA 2WF3A 2QHCA 1T3RA 5P6GA 5P5JA 2OF0A 3OU3A 3PLDA 5JFPA 2HAHA 5P0TA 2ZHTA 1SH9A 4YOAA 5P4EA 3S8IA 4QGIA 3ZKNA 2NXMA 2F8GA 5OZQA 3WZ8A 2ZJHA 4Y38A 4ZPGA 3PCZA 3D1XA 5P7LA 1E80E 5OZGA 5OZJA 3GGVA 3PI5A 1HPXA 4F74A 3FV3A 1WBKA 4E43A 1HVIA 4R95A 2XFIA 3OGQA 4HLAA 3HD8A 3BHEA 5DQ2A 3BGCA 3S53A 5KOQA 1ZTZA 5P1IA 1LS5A 4ZSMA 4Y39A 1SIPA 3UDJA 1ODXA 4ZPFA 1IBQA 4JOOA 3S85A 5KR2A 4Y4AA 3NU3A 1SDUA 2BKTA 5HDXA 3URIA 3U71A 3QRMA 4DQEA 2PSVA 3PWRA 1ME6A 3OADA 5P19A 2VA5A 2PH6A 4Y47A 3RU1A 5P45A 5HU1A 1KJGA 5OZEA 5P44A 4RCEA 4DH6A 1T6GA 3ZPUA 2G1OA 3L58A 4Y44A 5P78A 2RENA 5P76A 4EJDA 2FLEA 5OZRA 1DMPA 5P15A 1HVLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3Q6Y A;  3UDH A;  5IVQ A;  3PBZ A;  3DUY A;  2FMB A;  2RKG A;  1XE6 A;  5P62 A;  4I0H A;  2OHT A;  4LP9 A;  5OZP A;  3BUF A;  4U7Q A;  3R2F A;  2OHQ A;  2QI1 A;  3LIX A;  5P6A A;  2AZ8 A;  5P6L A;  5OZB A;  5P0M A;  4RCD A;  3K5F A;  1YTG A;  4HE9 A;  3H0B A;  3LHG A;  5P11 A;  5DGW A;  2Z54 A;  5CLM A;  4L1A A;  3L38 A;  4HDB A;  2HIZ A;  5IVT A;  3GI5 A;  1D4J A;  5P17 A;  3QRO A;  5P2S A;  4KE0 A;  2UXZ A;  3L5C A;  1B6J A;  4L1A B;  2Q3K A;  5DQ5 A;  4OBD A;  4ZEA A;  2B7Z A;  1QRP E;  2I4W A;  2ZHS A;  3LPI A;  4LAP A;  5OZL A;  2FIV A;  5OZV A;  3NXN A;  4OBK A;  3OUD A;  4I0F A;  4EPJ A;  4Y3G A;  1U8G A;  4Y4B A;  5P81 A;  5P83 A;  3LNK A;  5OYT A;  1IVQ A;  3OUD B;  3ZKX A;  4BFB A;  4DJR A;  4BEL A;  1HVC A;  5P7B A;  3EKY A;  5P33 A;  2BPZ A;  4Y3N A;  2VKM A;  3IGB A;  4ACU A;  1ZJ7 A;  2JYS A;  5P42 A;  2OHM A;  2G1N A;  5P56 A;  2BQV A;  5OZ4 A;  5P7H A;  4RYG A;  1TCW A;  2OHL A;  1SMR A;  4Z50 A;  3O99 A;  5KR8 A;  4Y53 A;  3TLH A;  5P5D A;  4AUC A;  2MIP A;  3QBH A;  3H5B A;  1B11 A;  5P8V A;  4EP3 A;  2R5P A;  2QU2 A;  5P1B A;  2ZHU A;  2QNP A;  5OZX A;  5P5A A;  5P7G A;  2OHU A;  3BVB A;  5P4A A;  4CPW A;  5P3Q A;  5P4P A;  5ISJ A;  1MUI A;  3QS1 A;  4WTU A;  3DK1 A;  4J1I A;  1YM2 A;  2BBB A;  1W6H A;  5P3K A;  2B8V A;  5P2A A;  1KZK A;  2QNN A;  3OXX A;  4Z2Z A;  4Q5M A;  5P8J A;  3QVI A;  2VIE A;  5IE1 A;  2HB2 A;  4B78 A;  4OBJ A;  2QMF A;  5P0I A;  3B7V A;  5P1K A;  5P20 A;  1D4Y A;  1MEU A;  1APU E;  2JXR A;  4DJV A;  4YD7 A;  3NUJ A;  1AAQ A;  1NPA A;  5OZ0 A;  3EKX A;  5P6M A;  2F3K A;  1XDH A;  4RRN A;  3GGA A;  3KFP A;  1IVP A;  5OZ8 A;  1NPW A;  3VG1 A;  5DR3 A;  2G1Y A;  1FMB A;  3TNE A;  1BXO A;  4FS4 A;  4PYV A;  4MC2 A;  3KFN A;  5OZU A;  5P5S A;  4B1E A;  4FLG A;  1FQ6 A;  3EM6 A;  3O9B A;  5P2V A;  4Y6M A;  5P3M A;  1K6P A;  4QJ8 A;  4Q1X A;  2AQU A;  2R8N A;  5IVS A;  1YG9 A;  5P5H A;  2QK5 A;  5P28 A;  1W6I A;  1FGC C;  2Q55 A;  1ZAP A;  3D1Y A;  3SQF A;  1Z1R A;  5P0B A;  1KJF A;  4MC1 A;  3NWQ A;  5P3U A;  3INH A;  5P8T A;  4GJ5 A;  5P0A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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