1LYBA

Crystal structures of native and inhibited forms of human cathepsin d: implications for lysosomal targeting and drug design
Total Genus 11
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
11
sequence length
97
structure length
97
Chain Sequence
GPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of native and inhibited forms of human cathepsin D: implications for lysosomal targeting and drug design.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CATHEPSIN D
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Streptomyces argenteolus subsp. toyonakensis
total genus 11
structure length 97
sequence length 97
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.4.23.5: Cathepsin D.
pdb deposition date 1993-04-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lybA00
3OAGB 5P0FA 5I3WA 4B72A 1HVLA 4D8CA 2ZJKA 4N00A 4YOBA 2ZE1A 1YX9A 5P0DA 4DPFA 2PYMA 2ZJIA 5P76A 2J9KA 2AVSA 3UDPA 3Q70A 5IS4A 5HE5A 3LITA 4YD5A 5P2AA 3OTSA 4FSEA 5P3EA 3OXXA 3OU4B 3NU4A 3VCMA 2O4KA 4GJBA 1UPJA 2R3WA 2APRA 3CKPA 3PSYA 5KQXA 3OUBA 4Y3RA 5HTZA 5P1GA 3TPPA 4B70A 2F8GA 3RSVA 5P3KA 4GJDA 3LPKA 1K6VA 5P5FA 1BDLA 3B7VA 5P8VA 5P4BA 3S7MA 1B6KA 3ER5E 1T7JA 2P3BA 4Y4DA 3NU3A 1B6JA 3ZKMA 3UHLA 2FS4A 1ZSFA 1EC3A 4Y5PA 4RVXA 4FRSA 2AOJA 1IVQA 5OZ0A 1D4JA 5HDZA 1M4HA 1A9MA 2QD7A 3VSXA 5P62A 4MC6A 2WECA 1PSNA 3VUCA 1BILA 2NNKA 4M8XA 4D83A 5P1WA 5P7CA 4Y51A 2WL0A 3ZL7A 5P4WA 5P1UA 1RNEA 2I4XA 4OBKA 3OK9A 2P3DA 4DJVA 3K1WA 1F7AA 5OZ3A 2Q63A 4Y3WA 1EPRE 1BXQA 2ANLA 4U7VA 5OZUA 5P3LA 1OD1A 5P7LA 2OHPA 3UQWA 5P7TA 1JLDA 5P5OA 3OQFA 3QVIA 3PLLA 6UPJA 3GW5A 5P78A 5ER2E 3GGUA 3IA9A 4I0GA 5P80A 4Y4XA 2QZLA 4RRSA 4ER4E 4J0YA 2ZJMA 3LZVA 3FKTA 5FIVA 1SIVA 5OZ4A 5P04A 5P7BA 5ENKA 1IDBA 3OWNA 4Y3TA 4QGIA 4RVIA 5P5RA 2JJIA 2VS2A 5OYRA 5HD0A 5P0EA 3TL9A 3AIDA 1XL2A 5P8OA 4H3IA 5P1IA 3VEUA 3UFLA 4ZPEA 2AZCA 2R43A 1FKNA 2FDPA 5IVTA 2V0ZC 5P8FA 3UDNA 4GMIA 5AH7A 4Y3QA 3LZSA 2ZHTA 3PSUA 3FNTA 5P2EA 3PMUA 2XYFA 3OU3A 4FM7A 1BV9A 2QI0A 4QJ8A 3L5DA 3Q3TA 2QNNA 5I3XA 5P1AA 3BXRA 3L5BA 5AH8A 5DQ1A 5P6IA 2OHTA 3HD8A 3K4VA 2MIPA 2QI1A 3UDYA 2NNPA 3O9IA 4GZFA 4R8YA 4FE6A 5OZVA 3T3CA 3UCBA 3WZ6A 1MSMA 5P2BA 5P40A 4CPTA 5P8EA 5P6VA 4OBHA 4TRYA 4GJ6A 2QI6A 5P2MA 1K2BA 4A4QA 4I8WA 5IVSA 2VIEA 4F76A 2NMZA 4R91A 3WZ8A 4YCYA 1DW6C 4AA9A 2AOGA 4OD9A 4JPEA 1FG6C 2JXRA 3ZKGA 5OZZA 1E82E 3OXCA 3QN8A 4J0VA 4B1EA 4DJXA 5P4GA 3HVPA 5OYUA 7UPJA 3IVHA 2R38A 5P2VA 3I7EA 5P6EA 4J1KA 4ZIPA 3QIHA 3LZUA 2IEOA 4KE0A 1HHPA 5P0JA 3O9EA 1CPIA 3UQRA 3GI6A 5P7UA 5IE1A 3MXEA 2QU3A 1B5FA 1YTJA 3FSMA 5P1SA 4TVHA 3OY4A 5AH6A 1BWBA 2AOHA 2B42A 3D3TA 3SA4A 3ZOVA 2I1AA 4Y37A 2ZJJA 5P1RA 5HU1A 2Q5KA 4R92A 5P1DA 3I6OA 5AHAA 4RLDA 3L59A 1XN2A 5DGUA 2VIJA 5P0AA 3QRMA 2XFKA 2V16C 5F01A 2A1EA 2BPXA 4Y3PA 4M8YA 3O9LB 1B11A 3KT5A 4Y58A 3T7XA 5P74A 2OHMA 4ZLSA 4EQ0A 4R95A 1G6LA 3SKGA 5P4DA 5CONA 5P2DA 4Y4ZA 3OOZA 2PQZA 3D20A 5P1OA 3O9FA 3UDHA 3OADB 5P08A 3VLAA 5P8MA 4Y47A 2PWCA 5COOA 5OYXA 2Q64A 1LYAB 5P8SA 1D4KA 2BQVA 5P2NA 2XFJA 2ASIA 5P6UA 1C6ZA 1MERA 1HIVA 5P22A 2QMFA 4U7QA 4DPIA 1PSOE 4FGXA 1MPPA 3R2FA 1EEDP 3PI5A 2V00A 3OAGA 3TPLA 2QI3A 5P5BA 5P00A 5P5CA 4Y5BA 2O4NA 1QBRA 2JYSA 2O40A 2QI4A 5OZHA 3EKPA 4B78A 3SA3A 4FAFA 3PM4A 3WSJA 5P55A 2FNSA 2XFIA 5P5DA 3L5FA 1FEJC 5P12A 4IVSA 5P41A 1HVCA 4Y39A 2PSGA 5COKA 2AOIA 1M0BA 3OU4A 1EPLE 5P1KA 1EBZA 4DFGA 5P0GA 2V10C 2PH8A 3T11A 1XN3A 4PZWA 1RPIA 3I25A 3I8WA 5P6YA 2XYEA 1ZAPA 1W5XA 4LXKA 3ECGA 4H3GA 1FLHA 3TKWA 3BXSA 1BAIA 5HDXA 5P6SA 5P2ZA 2BKTA 4GJ7A 4J1IA 5P2KA 5P2IA 1KJ7A 5COPA 4PEPA 1OHRA 2JE4A 1Z1HA 4XX4A 1KJFA 1HVHA 1FG8C 1DP5A 5P1XA 1EC0A 5P2HA 1T3RA 5P73A 1C6YA 4I12A 1MT8A 4JPCA 1LF2A 4J0PA 5OZBA 5P2QA 1BIMA 5EZXA 5P6WA 5SXNA 1QBSA 3D1YA 1XS7D 2HB2A 2B60A 1ME6A 3FV3A 4RCDA 4YD4A 2G94A 3O9CA 5HVPA 2HS1A 5P43A 2FDDA 2B8LA 3D1ZA 3VYDA 4B05A 4RGHA 4J0ZA 4KE1A 2PMAA 4BELA 5P36A 5SZ9A 1B6PA 1NPVA 5P5ZA 1MUIA 5OYQA 5P34A 5P4CA 5P88A 3BGCA 1W51A 1SMRA 5P4XA 3DJKA 4I1CA 4DJUA 3EL5A 2ER0E 3IXOA 4CP7A 1FQ7A 2FMBA 2FXDA 2G26A 2UY0A 5P7SA 4Y53A 1HIHA 5DR1A 5P23A 5P7YA 1D4YA 2QNQA 2WF3A 3UDMA 5P4JA 3HAUA 4OBZB 5CLMA 1E81E 4DQGA 1HVJA 5P4YA 5P28A 4Y3XA 3TTPA 5P57A 5DR3A 4XXSA 1GKTA 3ER3E 3CMSA 3EM6A 4GJ8A 2PYNA 3KMXA 3DM6A 1UH9A 2QHCA 2ZHVA 1UH8A 5P6JA 3ZKQA 3KYRA 4FL8A 3S2OA 3S43B 5P5EA 3INEA 4MC2A 3MXDA 5OYVA 2ZYEA 5P1EA 5DQ4A 2Q55A 5OYWA 1HPSA 2RMPA 5P18A 4QJAA 4Q1WA 4GJ5A 1EPME 3EXOA 5P3OA 1IZDA 2FIVA 2P8HA 3VFBA 5P8TA 1W5VA 2PWRA 1E80E 4APRE 2R9BA 3GI0A 1PPKE 4Y3LA 1YG9A 1VIJA 2WEZA 3I2LA 1SDVA 5P44A 3SQFA 3OU1B 5P72A 4WTUA 2B8VA 4FM6A 1YT9A 5P0IA 2VA6A 3OGQA 5P68A 2O4PA 4Y36A 1K6TA 3DV1A 4FS4A 5P8UA 3CIBA 5P4EA 2QMGA 4YD6A 4Y4EA 4RZ1A 5P4AA 2H6SA 4R5NA 3VYFA 4FRKA 4K4RA 4NJUA 3K5FA 1PFZA 5P0PA 1KZKA 1TSUA 2HC0A 3PVKA 5P3BA 3KFPA 4D89A 1T6EX 5P6KA 1LV1A 5P6QA 2IKOA 1HSHA 5OZIA 3UDRA 3OXWA 3EBZA 4YA8A 4GJAA 4Y4TA 3QPJA 5P3MA 5P3WA 5BWYA 3O9GA 2VIZA 5P64A 5P5HA 1ZPAA 3CYXA 1MT9A 5P39A 3LIYA 5OZEA 5P0MA 3KFSA 5P69A 4Z2ZA 2V12C 3OUAA 5OZ2A 4Y5NA 1HTRB 1EPQE 1Z1RA 5OZNA 3O9LA 4EP2A 2BPZA 4S1GA 4LC7A 1HSGA 5P0BA 5P4SA 3PCWA 4ER1E 5OZDA 4DJOA 1QS8A 5P3AA 3F9QA 3HZCA 3ZKNA 1W50A 2ZHUA 4QJ6A 1RV7A 3OADA 4B00A 1QRPE 5KR8A 4ACXA 3S8IA 4EJ8A 1LYAA 3VYEA 5I3YA 2VA7A 1FB7A 4ZEAA 5P75A 2G1NA 3Q6YA 3L58A 1EBYA 3N4LA 1AJXA 5P5JA 5BRYA 1FQXA 4I0FA 2O4LA 5P5YA 3VF5A 1SDUA 2QNPA 1HVKA 4DI2A 3R0WA 5OZ6A 5P89A 3SM2A 4EP3A 3QS1A 1EC2A 5P0OA 5P5WA 5P6LA 4ZPFA 5P0LA 1YTIA 4FSLA 5P11A 1M43A 4E43A 4Y5KA 5P2GA 4LP9A 5UPJA 4DJRA 2PH6A 4YCTA 3VLBA 2IRZA 1SIPA 1APUE 1HSIA 3HBOA 3BC4A 5P3QA 4PHVA 5PEPA 5ISKA 4Z50A 3EKXA 3NWXA 4RRNA 3L38A 3ZKSA 5P6PA 5P2CA 3ZLQA 3EKWA 2AOCA 1ZLFA 5DR0A 1AJVA 4XX3A 4Y3HA 5P8GA 2Q11A 5P4TA 3A2OA 3SM1A 5KOQA 5P60A 3R1GB 3S53A 3L5CA 4NJVA 5P25A 2G69A 4CMSA 2HS2A 2ZJNA 4HZTA 1LF3A 3TPJA 4Y5CA 5P8CA 4FIVA 5P2LA 3SA6A 3EKYA 3LZYA 3URLA 3EKVA 4LBTA 5P1MA 5P4HA 4DQEA 4K4PA 3MSKA 3QRVA 5P0NA 2OHKA 3NU5A 5P01A 5P3DA 5C9BA 1META 2AVVA 3K4VC 1NPAA 5OZJA 4Z4XA 1HTGA 3ZPUA 1GVVA 3G6ZA 2FGUA 3VV6A 3WB4A 2VNMA 4I10A 5P1QA 2R5PA 3PBZA 3PHVA 1GVUA 5KQZA 3S45A 3ZKIA 5P5GA 5P56A 2HAHA 5P8NA 1IZIA 4Y4GA 2NPHA 3VF7A 1ODXA 1ER8E 5DR7A 4Y3SA 4OBZA 3NXNA 5ISJA 3OUCA 5HE4A 5P6BA 4JOOA 5P2YA 3NYGA 1FMUA 3RTNA 1D4IA 5JFUA 2HIZA 5OZ5A 1EC1A 5P13A 1APTE 5P8IA 4WY6A 5JG1A 3S43A 4EJLA 3O9AA 5C9FA 1HRNA 2FGVA 5P5VA 3GI4A 5P02A 1BVGA 4Y4WA 3L5EA 3HLOA 3IN4A 4IVTA 4DUSA 1SBGA 3H5BA 4Y4UA 3LIXA 4YE3A 2V11C 3QI1A 5P53A 1TCXA 5P46A 5P54A 3PSGA 3SLZA 2ZHRA 2NXDA 4RYGA 2G21A 5P3NA 3EM3A 5DQCA 1IBQA 5P09A 2PK6A 1ZTZA 4EJDA 1BXOA 4Y44A 3ZPSA 3EM4A 4DJYA 3O9BA 3URIA 3OU1A 5OZKA 3OQ7A 2QCIA 2HB4A 3UQUA 2V13A 2BJUA 2OHQA 5P6TA 3OGPA 3LNKA 1XL5A 4U8WA 4Y45A 3O99A 2G1YA 4J0TA 4Y5AA 5P2WA 5DGWA 5P8BA 3O9HA 2ZJLA 5P6XA 1LYBB 4B1CA 5KR1A 1SGUA 2OHLA 3OXVA 3PRSA 2QMDA 1BVEA 1LYWA 2WKZA 4AZYA 4Y5GA 5P8QA 2VJ7A 3JVYA 4FM8A 5P4IA 2QHZA 5I70A 4DJQA 4L1AB 2F81A 5HDVA 3Q4BA 5HE7A 5P3ZA 2VJ6A 1DMPA 1XE6A 5P3IA 1W6HA 2ZHSA 4I0HA 3D1XA 5OZ1A 3DCKA 1AIDA 3NSHA 1BV7A 1G2KA 3WB5A 5P4PA 2UPJA 3T7PA 2G22A 3EL9A 1AM5A 4OC6B 5JFPA 1LS5A 4TVGA 5P07A 1SP5A 5P0XA 1XE5A 5P7KA 4BFBA 1IZEA 3NDTA 5P0KA 5P0UA 1YTHA 1IIQA 2NXLA 4Y35A 5P6CA 2SAMA 2IL2A 1IVPA 5OZTA 3INFA 5P7MA 3LIVA 5P2XA 2F3KA 5P5QA 5P8DA 5P10A 1FMBA 5JODA 3MWSA 4YBFA 5AHCA 3SABA 4HE9A 4J1CA 3TOHA 2P83A 5P6MA 5KR2A 4J1HA 4JECA 1TSQA 4Y43A 2AVQA 1CMSA 3SPKA 1PPME 4Y9WA 5P4NA 3INDA 5P86A 1ODYA 5P4QA 4RROA 2A4FA 5P19A 2R8NA 4PPHA 3EL4A 5P6GA 3KM4A 3S7LA 3LPJA 1HIIA 5P03A 3DCRA 1MRXA 4HEGA 2QK5A 1YM2A 3CICA 2OHSA 5P26A 4HDPA 5P7HA 5P7AA 4PZXA 3PWRA 3VG1A 5P1CA 1F34A 2F3FA 4LAPA 1OEXA 5P32A 2Q15A 3KDBA 2FXEA 3SAAA 3R4BA 2HM1A 3SA7A 1PPLE 2QAKA 3OTYA 4J1FA 5OZLA 3TNEA 2WEDA 4H3JA 2B7FA 2IENA 5P52A 2G24A 1FMXA 5DR4A 5OYZA 4OBGA 3UTLA 3RVIA 5ENMA 3FNSA 3APRE 5P8HA 3PBDA 1HXWA 4LHHA 4COEA 3AUPA 3OQDA 3FIVA 4DJWA 5P3TA 5P5XA 5P6NA 1ZBGA 4Y3EA 3IXKA 5P2FA 1BDRA 5OZCA 5OZMA 5P61A 1QBTA 5P7VA 5P81A 4Y3DA 3URJA 1DIFA 2I4VA 2IGYA 3S85A 1LZQA 1HXBA 2AZ8A 2NR6A 5P2RA 3QBHA 2J9JB 4GYEA 5P1VA 4Y5MA 4Q1XA 3KT2A 2EWYA 3ZMGA 3TKGA 4AMTA 3SA5A 4DH6A 3KFRA 3PWMA 4CPQA 1FFIC 4K8SA 5P29A 5P0WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OAG B;  5P0F A;  5I3W A;  4B72 A;  1HVL A;  4D8C A;  2ZJK A;  4N00 A;  4YOB A;  2ZE1 A;  1YX9 A;  5P0D A;  4DPF A;  2PYM A;  2ZJI A;  5P76 A;  2J9K A;  2AVS A;  3UDP A;  3Q70 A;  5IS4 A;  5HE5 A;  3LIT A;  4YD5 A;  5P2A A;  3OTS A;  4FSE A;  5P3E A;  3OXX A;  3OU4 B;  3NU4 A;  3VCM A;  2O4K A;  4GJB A;  1UPJ A;  2R3W A;  2APR A;  3CKP A;  3PSY A;  5KQX A;  3OUB A;  4Y3R A;  5HTZ A;  5P1G A;  3TPP A;  4B70 A;  2F8G A;  3RSV A;  5P3K A;  4GJD A;  3LPK A;  1K6V A;  5P5F A;  1BDL A;  3B7V A;  5P8V A;  5P4B A;  3S7M A;  1B6K A;  3ER5 E;  1T7J A;  2P3B A;  4Y4D A;  3NU3 A;  1B6J A;  3ZKM A;  3UHL A;  2FS4 A;  1ZSF A;  1EC3 A;  4Y5P A;  4RVX A;  4FRS A;  2AOJ A;  1IVQ A;  5OZ0 A;  1D4J A;  5HDZ A;  1M4H A;  1A9M A;  2QD7 A;  3VSX A;  5P62 A;  4MC6 A;  2WEC A;  1PSN A;  3VUC A;  1BIL A;  2NNK A;  4M8X A;  4D83 A;  5P1W A;  5P7C A;  4Y51 A;  2WL0 A;  3ZL7 A;  5P4W A;  5P1U A;  1RNE A;  2I4X A;  4OBK A;  3OK9 A;  2P3D A;  4DJV A;  3K1W A;  1F7A A;  5OZ3 A;  2Q63 A;  4Y3W A;  1EPR E;  1BXQ A;  2ANL A;  4U7V A;  5OZU A;  5P3L A;  1OD1 A;  5P7L A;  2OHP A;  3UQW A;  5P7T A;  1JLD A;  5P5O A;  3OQF A;  3QVI A;  3PLL A;  6UPJ A;  3GW5 A;  5P78 A;  5ER2 E;  3GGU A;  3IA9 A;  4I0G A;  5P80 A;  4Y4X A;  2QZL A;  4RRS A;  4ER4 E;  4J0Y A;  2ZJM A;  3LZV A;  3FKT A;  5FIV A;  1SIV A;  5OZ4 A;  5P04 A;  5P7B A;  5ENK A;  1IDB A;  3OWN A;  4Y3T A;  4QGI A;  4RVI A;  5P5R A;  2JJI A;  2VS2 A;  5OYR A;  5HD0 A;  5P0E A;  3TL9 A;  3AID A;  1XL2 A;  5P8O A;  4H3I A;  5P1I A;  3VEU A;  3UFL A;  4ZPE A;  2AZC A;  2R43 A;  1FKN A;  2FDP A;  5IVT A;  2V0Z C;  5P8F A;  3UDN A;  4GMI A;  5AH7 A;  4Y3Q A;  3LZS A;  2ZHT A;  3PSU A;  3FNT A;  5P2E A;  3PMU A;  2XYF A;  3OU3 A;  4FM7 A;  1BV9 A;  2QI0 A;  4QJ8 A;  3L5D A;  3Q3T A;  2QNN A;  5I3X A;  5P1A A;  3BXR A;  3L5B A;  5AH8 A;  5DQ1 A;  5P6I A;  2OHT A;  3HD8 A;  3K4V A;  2MIP A;  2QI1 A;  3UDY A;  2NNP A;  3O9I A;  4GZF A;  4R8Y A;  4FE6 A;  5OZV A;  3T3C A;  3UCB A;  3WZ6 A;  1MSM A;  5P2B A;  5P40 A;  4CPT A;  5P8E A;  5P6V A;  4OBH A;  4TRY A;  4GJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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