1LYWB

Cathepsin d at ph 7.5
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
241
structure length
241
Chain Sequence
GGVKVERQVFGEATKQPGITFIAAKFDGILGMAYPRISVNNVLPVFDNLMQQKLVDQNIFSFYLSRDPDAQPGGELMLGGTDSKYYKGSLSYLNVTRKAYWQVHLDQVEVASGLTLCKEGCEAIVDTGTSLMVGPVDEVRELQKAIGAVPLIQGEYMIPCEKVSTLPAITLKLGGKGYKLSPEDYTLKVSQAGKTLCLSGFMGMDIPPPSGPLWILGDVFIGRYYTVFDRDNNRVGFAEAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Conformational switching in an aspartic proteinase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CATHEPSIN D
molecule tags Aspartic protease
total genus 41
structure length 241
sequence length 241
chains with identical sequence D, F, H
ec nomenclature ec 3.4.23.5: Cathepsin D.
pdb deposition date 1998-06-30
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lywB00
4ZSMA 4ZE6A 5P03A 4LL3A 4H3IA 1HXBA 1TCXA 3D20A 3GI6A 3BVAA 5P3TA 2VIJA 2QU2A 5P39A 5DQ1A 5IVRA 3T7PA 5P2QA 5P59A 3URJA 2ZDZA 4EQJA 4Y4AA 2IL2A 3CKTA 2J9JA 4Y54A 5P1TA 4I0GA 1YTIA 2R9BA 1C6ZA 2G69A 5OYSA 5HE4A 5P7VA 4NJUA 4AA9A 5AH7A 4B72A 1GNMA 1AJXA 4QJ6A 5P2AA 5DR3A 4CMSA 5P4ZA 2OHQA 5OZZA 1IDAA 5P1XA 5P6HA 5P0HA 3JW2A 5P8HA 5P83A 5ENMA 2QMFA 4HZTA 3PLLA 5P64A 4Y4GA 2Q3KA 3BUGA 2ER7E 2ZJIA 2PH6A 4X7IA 3ZOVA 5P5RA 3QRVA 4FLGA 2AZ8A 3S7MA 4B0QA 2VIZA 5P1JA 4RCDA 3K5CA 5P0GA 4H3FA 1ZLFA 5P3DA 5P1ZA 3UQXA 2PQZA 2WEDA 3ZLQA 5P4UA 3GGAA 1DIFA 2F3FA 1LV1A 5P16A 4DQCA 1EBKC 1APTE 2P3CA 2V16C 1HTGA 2AOCA 4AA8A 3LIZA 2HM1A 3LIQA 5P8FA 2NTRA 5I3VA 5P3MA 2VNNA 5EZXA 5P04A 2QI4A 5P53A 4Y3MA 3TPRA 1B6MA 2FS4A 5P0XA 3TNEA 5DQ5A 5P6SA 5P6YA 5P4AA 3L5BA 1MRXA 2G21A 5P4NA 2B8VA 2J9KA 4IVSA 1MSNA 2NNKA 4J1KA 5P0CA 3OQDA 3PBZA 2QI3A 1HTEA 1GNOA 2VKMA 5AHBA 1MUIA 4HDPA 5PEPA 2Q55A 5OYWA 3QI1A 3LPKA 3SA7A 5P8QA 4DPFA 5E5KA 1LF2A 1BXQA 3WZ7A 1BXOA 1BV7A 2VJ7A 5P60A 5P7XA 4TVHA 4Y3NA 3LPJA 4ZEAA 3R4BA 4ER1E 3VF7A 2WJOA 2QMGA 5P3FA 2AZCA 5P3QA 1ENTE 5P4FA 1BIMA 3HZCA 3NR6A 3T11A 1LEEA 3IXOA 5P6JA 5P7OA 3S43B 3CKPA 2WEBA 4EJ8A 2QAKA 3NU6A 3DCKA 2VNMA 1W5YA 1HWRA 5COKA 3VG1A 1LZQA 3INEA 3R1GB 1QDMA 3K5FA 5P7AA 3LINA 3UQUA 4Y4DA 5P0YA 5KQFA 3DV5A 3CYXA 5HDVA 3ZKIA 3QRSA 2UY0A 5P5TA 2BKSA 1TCWA 2OHSA 3OOTA 5KR1A 5HE7A 3OADB 3VUCA 5P84A 3QBFA 5HCOA 1YTGA 1M4HA 4N00A 5P07A 5I70A 2G27A 2F8GA 4JP9A 1SIPA 5P8DA 4YE3A 4CP7A 2FDPA 1EPNE 1W51A 3O9LA 3SA4A 4L7JA 3OU4A 1GVWA 3O99A 3VSXA 4L7GA 5HCTA 3BXSA 2ZYEA 1A8GA 1BWAA 3F9QA 1IZHA 1D4KA 2P3DA 4D85A 2P3BA 1BILA 1CZIE 4F76A 3OU4B 1C70A 3URIA 5P3LA 4AUCA 4J1FA 5P28A 3D1XA 5P2SA 5SXNA 3HBOA 1IZEA 5JODA 1DAZC 4DQFA 4I0FA 3EKWA 1YTHA 3BC4A 3TOGA 2ER6E 1W6IA 1A30A 2HS2A 1D4LA 3LIYA 3SLZA 2BQVA 3IGBA 3VFAA 4L7HA 4LXMA 4F73A 4NJSA 4H3GA 1AXAA 4Y50A 4RVJA 5OZSA 5P2NA 5TOLA 5CONA 3S2OA 4B78A 4GIDA 5P43A 3TLHA 3U71A 3R0YA 2WEAA 3QN8A 5P55A 5P5ZA 4OBZA 3U6AA 4WY1A 5P02A 1CMSA 1KJFA 5AH9A 2OHLA 1BV9A 5P6LA 5P7NA 4Y36A 5P1FA 3KYRA 3SFCA 5OYTA 5P4PA 5P89A 1EPME 4LC7A 3ZPTA 1TSQA 1C6YA 4MC2A 5OZNA 1HVIA 4Y5NA 2I4QA 5P2FA 4J0VA 2JXRA 2ER0E 2B8LA 1E80E 3VSWA 4Y4JA 1UH9A 5P75A 5P1LA 1BBSA 4B77A 4ZIPA 1XL2A 5OYVA 3KF0A 4ZPGA 1AZ5A 5P0AA 1EC2A 4QJ2A 2FNTA 3HAUA 3CIBA 4J1IA 1HSGA 5P71A 5P3WA 3OUCA 3R2FA 1W50A 1D4SA 2FGUA 5P0UA 2BKTA 1OD1A 4Y3XA 4Y3WA 5OZ8A 1XN3A 4KE1A 1N49A 5P3GA 2O40A 5P6TA 4APRE 3EL0A 1D4JA 5P3HA 3OK9A 4Y47A 5P20A 3FIVA 3PBDA 5P80A 4ZSQA 2EWYA 3S85A 5P49A 1HEGE 2AVMA 3WB4A 1SGUA 5OZCA 2FGVA 4OC6B 4YD7A 3SPKA 4OBKA 4HDBA 1MRWA 3G70A 4I8WA 5P7TA 1YT9A 4LXAA 5P4OA 3TH9A 4ZSRA 2QNNA 1HOSA 1A8KA 5P4GA 5P8IA 5P7QA 1HTFA 1XE6A 5P3YA 3L5DA 1KJGA 3R0WA 5BS4A 5P8SA 5P2VA 5OZKA 3OXXA 3KDBA 1K6CA 3OXCA 3PJ6A 1FG8C 1LS5A 1TSUA 5P42A 5P5YA 4I11A 3NU4A 3FSMA 1LYWB 3RSVA 1T7IA 1FQXA 4R5NA 3UQRA 4Y5EA 3APPA 1ODXA 5P1UA 2WF4A 1LYAA 5ISJA 5P4SA 5P26A 2ZJMA 4Z50A 4EHCA 3NU9A 1AM5A 5P1CA 1META 2ZJLA 4U8WA 3GGUA 3H5BA 4RYGA 4Y3TA 4DI2A 1LYAB 4Z22A 1TW7A 2B7FA 4NJTA 1JLDA 1HPSA 2AZBA 4B05A 1B6JA 5P3RA 1XS7D 2HC0A 2AVSA 5HU0A 5P30A 1E81E 5OZ3A 5P38A 4Y5BA 3T7XA 1E82E 5P06A 1PFZA 3AUPA 5P5NA 2V00A 2PYNA 3IVHA 5OZFA 3QS1A 3OHFA 5P5DA 3S53A 1XN2A 1VIJA 4Y4TA 4JPEA 4I0JA 2AOEA 1FB7A 4M8YA 5P0PA 3UDRA 3Q5HA 4L6BA 2ZJNA 1D4HA 3VV7A 3H0BA 3ZKQA 5APRE 3ZKMA 1LYBA 2ZHTA 4Y3FA 2VJ6A 2WKZA 5P2CA 3KFSA 1Q9PA 4X2LA 5P4EA 4COEA 1FFIC 5P8OA 1J71A 5OZYA 5P87A 4HLAA 5P86A 2NXLA 4FE6A 4GJ8A 5P6BA 5P0LA 4K8SA 5P0WA 4RYCA 1W5VA 4CPRA 5P2YA 3UTLA 5P6MA 5P4MA 4BFBA 5P5QA 3EM4A 3IXJA 4K4RA 5IVSA 5OZGA 2OHMA 4B1EA 3L3AA 1K6TA 5P5AA 1KZKA 5C9DA 5P7UA 5P6UA 3FNSA 5P2UA 1PSAA 1ZTZA 3O9EA 5P6QA 1XDHA 5P5GA 3PM4A 4YD3A 3I7EA 1SDVA 1QBRA 4LBTA 4DUSA 4EXHA 3PSGA 5OZOA 5P4CA 4H1EA 4RRNA 4LP9A 2I4XA 2RSPA 2AIDA 2ZGAA 4PZXA 5OZ1A 2Q63A 5DR7A 1EC1A 1FKNA 4I0ZA 5P23A 4DPIA 4J1HA 4DJOA 1B6KA 4GYEA 5P0DA 2QI7A 2HS1A 1WKRA 3FNUA 2F3EA 4RCEA 4R91A 5P4VA 5P70A 3UDHA 5P44A 4LHHA 3DM6A 3LPIA 3T3CA 5E5JA 3TKWA 2HPFA 5P22A 2J9JB 5OZ9A 3K1WA 1AIDA 4F74A 3HDKA 3SAAA 5P65A 1Z1HA 3NYGA 3CKRA 5SY2A 4OBFA 1AJVA 4EJLA 4MC9A 2P4JA 1IZIA 4XX3A 2PSGA 3TTPA 3KT2A 5P68A 3OGQA 3ZKGA 4YBFA 4FM8A 4GJCA 3UDMA 4CPQA 3WB5A 4Y44A 1B6PA 5HDXA 3VV8A 5P54A 1CPIA 5P8PA 5OYUA 3RVIA 3ER5E 5P0BA 2IGYA 2G1OA 5P5MA 3O9AA 3OU1A 4FAFA 1QRPE 4K4PA 3EL1A 3L59A 5P2TA 5P8LA 5P5WA 5P5FA 1LF3A 2ZJKA 1GKTA 5P1VA 5P2OA 4I8ZA 3D1ZA 4Y5KA 2IKOA 5P6OA 1E5OE 2H6TA 3PWRA 1IZDA 2R5PA 1UH8A 4RVXA 5P0JA 1W5WA 3PI0A 2AOJA 2BPXA 5P3KA 5P6NA 1QS8A 5P5UA 4YCTA 5ER1E 1XL5A 4RGHA 1GVUA 4TVGA 5P1DA 3NWXA 1FMBA 4S1GA 3SKGA 5P7GA 3B80A 4D89A 3HW1A 4DV9A 1PSOE 1HVSA 5P73A 3UDJA 4TRZA 2Q5KA 2CEJA 1G6LA 5I3YA 8HVPA 5P11A 5P58A 5P5CA 2NNPA 4OBGA 3QVIA 5P52A 5P74A 5OZVA 3O9IA 4OBDA 5P4RA 2RKGA 5P8NA 4J55A 2IEOA 2P8HA 3S8IA 2FMBA 1ZBGA 1APVE 2WECA 3EKXA 1MERA 1SBGA 4YA8A 2OHTA 1BVGA 5HE5A 5C9BA 3KMYA 4XKXA 4Y3GA 4QGIA 5P1WA 1ME6A 4Y5CA 2WF3A 3EC0A 4HVPA 3UDQA 3PMUA 5P32A 1ZAPA 1EPPE 1Z1RA 1HPOA 4EP2A 1EC0A 1K1UA 5HU1A 5P6FA 5P4KA 1BAIA 3OOZA 5P3BA 3TPPA 5OZXA 3I8WA 5P05A 4FGXA 3MSLA 5P2XA 5P7HA 2UXZA 5EZZA 4QJ9A 2WHHA 2OHKA 5P2DA 3SA9A 1B5FA 1IBQA 3B7VA 3GI0A 1GVVA 5P5BA 4YHQA 3I6OA 3Q3TA 4Y57A 1HIIA 5I3XA 1W5XA 9HVPA 2Z54A 3BHEA 3AIDA 4Y41A 4J0YA 4R93A 1WBKA 2CEMA 3LZVA 4OD9A 5P2RA 1MVPA 5P7LA 2G24A 5P3VA 1M43A 5P61A 3RTNA 1KJ4A 3EL5A 4DJPA 5P3AA 3VCMA 4Y3HA 3ZMGA 5P2JA 4DVFA 2RENA 4RRSA 3OAGA 4DQEA 5P3SA 2RKFA 5P7ZA 3NUOA 4YD5A 3D91A 2HB4A 3O9LB 3RU1A 1APUE 3EKQA 4Q5MA 2QD7A 3TOHA 5COOA 1OEWA 5P5IA 3EM3A 5P6GA 1C6XA 2R3TA 2HIZA 4Y48A 3PWMA 5OYQA 2P3BB 2VIEA 2V13A 5P6IA 5P0OA 4I1CA 5P4XA 5P1RA 2PH8A 1U8GA 3OXVA 4NPTA 4QJ7A 3FV3A 3KM4A 5KR0A 1DW6C 5P0VA 4B1CA 3VF3A 5P6RA 4B1DA 2V0ZC 4J5JA 2G26A 5P6AA 4Y5GA 5P36A 2QHZA 3OY4A 4XX4A 3BGBA 5HD0A 5P7BA 5DR4A 4GJBA 1Z8CA 5KQYA 3TPLA 5KOSA 3RSXA 2UPJA 1VIKA 2BPVA 2ER9E 3D3TA 1T7JA 2P83A 2G1YA 4OBZB 3VYEA 5P4BA 5P2BA 1SH9A 4PHVA 4IVTA 1ODYA 5P72A 4EXGA 3UF3A 2QNQA 1HVCA 3K4VC 3LNKA 2HPEA 4HEGA 5OYZA 2IENA 5DR1A 5KQZA 3OQKA 1A9MA 1YM4A 3KA2A 3EL4A 2PWCA 3FKTA 2JJIA 4K9HA 3BXRA 5OZBA 3KDDA 1A94A 1B6LA 5P14A 4GJ9A 4Y51A 5OZRA 1IVPA 3PB5A 5P7YA 2ASIA 4EJKA 2R8NA 1NPAA 2QI1A 4DJQA 2BPWA 3EKVA 4J0PA 2QI5A 2WL0A 5AH8A 3LZYA 5SZ9A 5P48A 3S45A 3WZ8A 4Y4BA 4EYRA 1RV7A 2ZHVA 1FQ8A 4Y9WA 2ZHUA 5P6KA 5T4SA 4Y3PA 1NPWA 7UPJA 3HVGA 5P1OA 5AH6A 5P7IA 5P0NA 4DQGA 4DFGA 5P7PA 2NMYA 5P6WA 5P7RA 2WF0A 3MSJA 4Y3SA 3DK1A 3EMYA 2QZLA 4DJWA 5P82A 1DMPA 3N3IA 4PEPA 5P8RA 4GMIA 1NSOA 2R43A 5P3UA 3BGCA 1SDTA 3HVPA 3HLOA 1GVTA 5P78A 3T6IA 5P6ZA 1F7AA 5P7JA 7HVPA 5HDZA 3SACA 1AAQA 5P7FA 4M8XA 4ZPFA 1D4IA 5P5LA 3QP0A 3DJKA 5P37A 1NH0A 4HE9A 5P51A 3UQWA 4FM6A 2WEZA 3KFPA 5JFPA 5OZ4A 1EEDP 4Y37A 3NWQA 5OZTA 1EPLE 2ZHRA 2FDDA 1G35A 2G1NA 4LAPA 4UPJA 2BJUA 4GJAA 3TKGA 1FMXA 3NDUA 2JE4A 5P10A 4QLHA 5P8BA 2OHUA 5P8TA 3U7SA 4YBIA 2VA6A 5P8AA 1HTRB 4NKKA 4F75A 4I0DA 3K5DA 4CKUA 5P2GA 1FG6C 5P5JA 2VJ9A 1T7KA 4Y3DA 5FIVA 5OZIA 2MIPA 3NXNA 2F81A 2PC0A 4RVIA 2IKUA 5P6EA 1FF0C 5P0TA 2O4PA 2QNPA 5P8MA 5HVPA 5P8JA 3PI5A 1HPXA 3PCZA 2QU3A 3BUHA 5P00A 4ACUA 3G72A 2PWRA 1ZSFA 4ZSPA 5P41A 3PRSA 4KE0A 4FM7A 5P25A 3SA5A 5P3EA 4XXSA 4I0EA 4OBHA 1HVKA 4R8YA 2QCIA 4JPCA 2PSVA 3NXEA 1MT9A 2BBBA 1MIQA 1T3RA 1EAGA 5ENKA 4HDFA 3WZ6A 1PROA 2AOGA 4DQHA 5P0MA 3CICA 3VYDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZSM A;  4ZE6 A;  5P03 A;  4LL3 A;  4H3I A;  1HXB A;  1TCX A;  3D20 A;  3GI6 A;  3BVA A;  5P3T A;  2VIJ A;  2QU2 A;  5P39 A;  5DQ1 A;  5IVR A;  3T7P A;  5P2Q A;  5P59 A;  3URJ A;  2ZDZ A;  4EQJ A;  4Y4A A;  2IL2 A;  3CKT A;  2J9J A;  4Y54 A;  5P1T A;  4I0G A;  1YTI A;  2R9B A;  1C6Z A;  2G69 A;  5OYS A;  5HE4 A;  5P7V A;  4NJU A;  4AA9 A;  5AH7 A;  4B72 A;  1GNM A;  1AJX A;  4QJ6 A;  5P2A A;  5DR3 A;  4CMS A;  5P4Z A;  2OHQ A;  5OZZ A;  1IDA A;  5P1X A;  5P6H A;  5P0H A;  3JW2 A;  5P8H A;  5P83 A;  5ENM A;  2QMF A;  4HZT A;  3PLL A;  5P64 A;  4Y4G A;  2Q3K A;  3BUG A;  2ER7 E;  2ZJI A;  2PH6 A;  4X7I A;  3ZOV A;  5P5R A;  3QRV A;  4FLG A;  2AZ8 A;  3S7M A;  4B0Q A;  2VIZ A;  5P1J A;  4RCD A;  3K5C A;  5P0G A;  4H3F A;  1ZLF A;  5P3D A;  5P1Z A;  3UQX A;  2PQZ A;  2WED A;  3ZLQ A;  5P4U A;  3GGA A;  1DIF A;  2F3F A;  1LV1 A;  5P16 A;  4DQC A;  1EBK C;  1APT E;  2P3C A;  2V16 C;  1HTG A;  2AOC A;  4AA8 A;  3LIZ A;  2HM1 A;  3LIQ A;  5P8F A;  2NTR A;  5I3V A;  5P3M A;  2VNN A;  5EZX A;  5P04 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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