1LZQA

Crystal structure of the complex of mutant hiv-1 protease (a71v, v82t, i84v) with an ethylenamine peptidomimetic inhibitor boc-phe-psi[ch2ch2nh]-phe-glu-phe-nh2
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An Ethylenamine Inhibitor Binds Tightly to Both Wild Type and Mutant HIV-1 Proteases. Structure and Energy Study
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lzqA00
2Q55A 3LPJA 2VNNA 2QI3A 5DQ1A 5P8IA 3K5CA 4Y44A 5P7GA 3NDTA 3O9HA 3INFA 3UDMA 3VCMA 4AUCA 5P06A 4FM8A 2G26A 2QD7A 1MTBA 3O9GA 5P2ZA 5IS4A 3L59A 4R95A 5P31A 2V12C 5OZAA 4BEKA 1AIDA 4Y5NA 4Y3GA 3L5EA 4XXSA 3MSLA 4I11A 3HAWA 1MSNA 3PCZA 3KM4A 3NXEA 5AHAA 5P7VA 3BXRA 4Y39A 2VJ6A 1IZIA 4KB9A 3ZPUA 2VS2A 1B5FA 2I0DA 5AHBA 3LIYA 3UQWA 2B8VA 1W6HA 4YOAA 4ZPFA 5P0KA 5P1RA 1GNOA 5P32A 1ZPKA 5P7JA 4Y4BA 5OYSA 1G2KA 2PK6A 4NJUA 3Q3TA 2V10C 3R4BA 5P7SA 5SY3A 2ER7E 5P3PA 1HPVA 3Q4BA 1BDRA 3K4VC 4Z4XA 4J0YA 2BQVA 2AOFA 3TTPA 1A94A 3PSGA 3NWXA 5EZXA 2HS2A 2IS0A 3UDQA 4IVSA 1PSOE 1PPME 2VJ7A 5P1LA 3PSUA 1K1TA 4Q1YA 4XX4A 5P0OA 1A8KA 5P0VA 4H3GA 3K1WA 1PPLE 2IQGA 3JVWA 4Y48A 5P56A 5JFPA 3R0YA 1EBKC 2R9BA 1HVLA 5P25A 1XS7D 5E5KA 1D4LA 5JFUA 5P5RA 5P0LA 1PFZA 1K2BA 4RVIA 3VV7A 1D4IA 1SMEA 5P19A 2JE4A 1YT9A 4GJDA 5HCOA 5P6GA 3GI4A 4CPUA 2XFKA 3S2OA 5P4RA 1LYAA 5P88A 2WEDA 5P6AA 4D89A 5P51A 2ZJHA 3G6ZA 1YM4A 1ZBGA 3CKTA 2QU3A 1KJHA 2G22A 2JJIA 4EJKA 1KZKA 3HZCA 2ZE1A 1FEJC 4Y57A 2OHMA 1KJGA 1T7JA 4I0IA 5DR4A 2FXDA 5P3YA 4GJ9A 1IBQA 4Y5PA 3K5GA 4OD9B 4A6CA 3VV8A 1QBRA 4YDGA 2A4FA 5OZJA 1BWAA 1SIVA 2H6SA 4Y3ZA 2AZ9A 5P1CA 5P4CA 3QRSA 5P3BA 3QRVA 2HC0A 5P45A 3VF5A 2AZBA 3ZOVA 2FLEA 2QZXA 4Y5KA 3MSJA 1HPSA 4I1CA 1GVUA 3IAWA 2VIJA 3NU6A 1HVHA 3HDKA 5P12A 5OZYA 3I8WA 5P7NA 5OZXA 5P20A 1W51A 3VFBA 1TSQA 5OZNA 5P6QA 1HTFA 3APPA 2ER0E 3EM6A 1W5VA 3HW1A 5P40A 2NTRA 2IGYA 4GJCA 5P38A 1QS8A 3EKTA 4CKUA 3UPJA 5P4IA 2G1SA 3QPJA 5P85A 4H3JA 2PYNA 5T4SA 4Y5CA 5P6HA 5P6BA 3PJ6A 3WZ7A 5P04A 4B72A 2P3CA 3FNSA 2FXEA 4LP9A 5HVPA 3B80A 4R91A 3K5FA 5KQXA 1ZJ7A 2I4VA 4DPIA 2BPYA 5OZDA 2NR6A 3TPLA 5P02A 1BVGA 5P8NA 4QJ6A 4LC7A 3A2OA 3L5BA 3BXSA 4K4RA 5DR7A 5P2VA 5P6RA 2ZJNA 3IVHA 4APEA 5P0RA 1FGCC 2ZHVA 3UF3A 3OUCA 2APRA 4OBZB 2ZHRA 1HPXA 1YX9A 2BKSA 2ZJKA 4Y3DA 4D83A 5OYTA 3WZ6A 1E5OE 3NLSA 3BC4A 3O9DA 1IZEA 1E82E 1EPPE 4MC1A 2ZJJA 1W5XA 3VYFA 3PEPA 5P67A 5P62A 2G24A 5P0AA 2QI5A 5ISKA 5OZTA 2IENA 5P3WA 5P10A 5P43A 1APTE 5IVTA 4GJ6A 3APRE 2QAKA 2Q63A 5P1YA 4ER2E 5P4FA 4RCFA 4J1CA 1MT8A 5KOQA 1HVCA 6UPJA 5P6XA 4HA5A 5P2UA 4FCOA 5P3IA 4DJOA 5P84A 4HEGA 5P74A 5P3AA 2ZHSA 3JVYA 3OY4A 5P7DA 5P5LA 2OAHA 3OUDA 5P8AA 1LEEA 1HIVA 3VEUA 1FKNA 3ST5A 1XE5A 3PHVA 3U71A 4DQBA 2WEBA 3H5BA 5OZMA 3PVKA 1IDBA 1BILA 3LHGA 5ISJA 3EC0A 4IVTA 5P1FA 2OHKA 2I4UA 4RZ1A 1NPAA 5P5UA 4HDPA 5P5BA 5P6VA 1HEFE 3OTYA 4I10A 5P7RA 4U7VA 3KFSA 3TL9A 5P28A 1CPIA 1BIMA 5OZGA 4Y3FA 3S43B 4J54A 1ME6A 2NNPA 2VIZA 3OQFA 5P5XA 5P0IA 5P0TA 5OYRA 3GI0A 3R1GB 2R38A 1FG6C 4Y53A 5P7UA 4D85A 4I0HA 1BXOA 4Y54A 4DI2A 4EYRA 3ZPSA 4EXHA 6FIVA 1HVRA 1M0BA 5P5HA 1HHPA 4K4PA 1D4JA 5DGUA 3TOGA 1VIJA 2R3WA 1C6XA 1HVKA 1FFIC 3KT2A 2HB4A 3FKTA 5P3UA 4DJRA 1B6JA 2XFIA 3T7QA 3L5CA 5P7OA 4Y6MA 4U7QA 5P1BA 1IZHA 2F3KA 1FLHA 2F8GA 1K6TA 1RQ9A 5P7YA 4DQGA 1A30A 5P03A 4Z2ZA 5P37A 5P4TA 2UXZA 5P3XA 1IDAA 5OZIA 4TVGA 5P4NA 2P3BB 5P53A 3OUAA 2O40A 3SQFA 3QN8A 4OC6B 3I6OA 2G20A 3S7MA 2PSGA 1SDTA 3VYDA 4N00A 4UPJA 3OXVA 1SGUA 2O4KA 2PMAA 7UPJA 5P8MA 5P66A 3PSYA 1FQ8A 1Z1RA 4K8SA 5P23A 3KN0A 3VLBA 4DQCA 2I4XA 4FM7A 5P3ZA 5OYZA 5P6JA 5P7HA 5P8BA 5P3VA 2G21A 4EQ0A 1QBTA 1D4HA 5OZ1A 4OBKA 2IRZA 2QD6A 4HVPA 5SXNA 4F75A 3INDA 5OZ8A 2AIDA 2V0ZC 3S85A 1EPOE 5P5NA 2QU2A 3CYWA 3JW2A 1JLDA 4HE9A 4TRYA 2PYMA 4B1DA 1YTHA 2NPHA 3EKXA 5P5EA 5P5TA 4ACXA 5P48A 5P6SA 1C6ZA 5P1JA 1HPOA 3D1YA 3NXNA 5P8KA 4HZTA 2PH8A 2WEZA 2ZHUA 1M4HA 3I7EA 4Y4JA 5P8SA 2G1OA 3EMYA 3UTLA 2BPXA 5P3EA 1HXBA 4RVXA 2CEJA 3LNKA 5I3YA 3D20A 3KFPA 3S45A 3VG1A 3BRAA 4J1HA 5P82A 2IKUA 1K6PA 3OADB 2PQZA 2AQUA 4Y58A 1LF3A 2UPJA 2P4JA 3OU1B 5KQFA 3G70A 4QJAA 1D4SA 1UPJA 5P5AA 4CP7A 1IIQA 2NXMA 3RSXA 2FS4A 1EPME 1ENTE 1HTEA 2ZJLA 3VLAA 4DUSA 2Q54A 5HE5A 4DJXA 2G1YA 4J1EA 3CKRA 4GJ7A 4LHHA 2QHCA 5P78A 4NKKA 2AODA 3F9QA 3QBHA 2B7FA 5P41A 4I0DA 3K4VA 2MIPA 5JODA 3S43A 4AA8A 3ZKIA 1QBSA 1ZP8A 3PCWA 3UDPA 3LINA 5P7TA 4Y3PA 5P89A 2OHQA 1HRNA 5I3XA 1B6MA 2BPVA 2HB3A 5OZLA 1WBMA 2ER6E 3KA2A 4Y4AA 2BB9A 1W5YA 3OU4A 5P5QA 3TPJA 4XX3A 1MVPA 3ZKQA 1AXAA 4OBHA 3O9AA 2ZJMA 1ODYA 4CPTA 1EPNE 1EC0A 5OZPA 2FNTA 1T7IA 5P2TA 2R8NA 2CENA 2B60A 3GGUA 5P0WA 1GVVA 4J1KA 5P22A 1Z8CA 5HE7A 4EJ8A 2WL0A 5P3CA 1QRPE 2I0AA 1OD1A 4I0JA 3OXCA 1RNEA 1EC2A 5P6DA 5P6CA 1M43A 1K2CA 2P3BA 3MWSA 5PEPA 1HSHA 2P3DA 2QHYA 4Y50A 4Y4EA 2QI1A 4J5JA 5JG1A 3HLOA 1F34A 5P2MA 4DVFA 5P27A 1G6LA 1SIPA 1D4KA 1BDLA 4RROA 5P0EA 3INHA 5IVRA 3PWMA 1UH7A 3SO9A 1GKTA 5P0CA 4FS4A 3SA8A 2R43A 3ZPTA 1LZQA 1ZLFA 2G27A 4FSLA 5OZQA 5E5JA 1CMSA 3KF0A 4J1IA 5P72A 2AOCA 4GMIA 1YM2A 3QRMA 5P2HA 1U8GA 1E80E 3Q70A 1B6PA 1HSIA 3TKWA 5OZBA 5P3SA 2PSUA 1LV1A 2FNSA 4MC2A 3IN4A 3EL4A 4L1AA 3S7LA 4B77A 3TOHA 3PI0A 2RENA 5P71A 2OHNA 2G94A 4I8ZA 5P5ZA 3QIHA 4YBFA 1HVIA 5P0DA 1LYBA 2ZYEA 1TQFA 2J9JB 3OAGB 5BS4A 5P6TA 3BVBA 4Y35A 1BXQA 3OGPA 5P5WA 5P8QA 3UQRA 1APWE 3OADA 3UDNA 3GGVA 2HS1A 3KT5A 1FMBA 3EKVA 5P5VA 3DCRA 5P6PA 5P3KA 4BFBA 2AVMA 5P6KA 1META 5HDZA 5P2AA 5P54A 5SZ9A 4RCDA 1CZIE 3LIZA 2G1NA 1FQ4A 4F76A 1MRWA 3I2LA 1GNNA 3SA9A 4YD6A 3LZYA 1EC3A 5P8LA 2V13A 3T3CA 5OZ3A 3DJKA 2VA5A 1NPVA 5P6WA 5P1EA 3OOZA 4Q5MA 3GGAA 5ENKA 2P83A 4Y41A 1FMUA 4Y3SA 2BJUA 4ER1E 4Y4TA 4Y5MA 3R0WA 1T3RA 4NJVA 5P2NA 3CICA 3ZKSA 4CMSA 2QMFA 1KJ7A 5TOLA 1LF2A 5P0HA 3S53A 4RGHA 4J0PA 2VA7A 5P7AA 1SGZA 4Y5BA 3WSJA 5P05A 1MUIA 4LXKA 3PBZA 5P8EA 4JECA 3IGBA 3OHFA 2IKOA 5P26A 4LAPA 2AOIA 5KQZA 1TW7A 5P2YA 5P1XA 1OEXA 1DP5A 2RKFA 1C70A 4MC6A 5P81A 4Y3MA 5OZVA 5P6ZA 5P8VA 2AVSA 4OBJA 4Y38A 4DQEA 5P75A 4J17A 5P7LA 1K6CA 2Q64A 1PROA 1N49A 4Y3QA 1WKRA 4ZE6A 3SA6A 5HU1A 4Y43A 2OF0A 1XN2A 4GJBA 2JXRA 2F81A 4DJPA 5P2FA 3FV3A 5P5FA 5P6IA 3PRSA 5P4YA 4B1CA 1T6GA 1E81E 5P7MA 5P4AA 4APRE 5P79A 3SACA 3VFAA 3TH9A 5P42A 3VSWA 1A9MA 5P80A 3LIVA 4B05A 5DR1A 4EJDA 3NU4A 4A6BA 5P0FA 1Q9PA 4DJWA 4X7IA 5HDUA 1BVEA 4YCYA 5COOA 1WBKA 5CONA 5I3VA 4ZSPA 4EWOA 5P58A 2XYEA 1MT7A 4ZSQA 5IVSA 5P36A 3O9LB 1AAQA 2PWRA 3OHHA 3DV1A 1FIVA 3QAAA 2ZJIA 5OYQA 4Y51A 5P5OA 5P01A 2AVQA 1ZPAA 3NR6A 5P4HA 4DJQA 2J9JA 2VNMA 3OAGA 4I0EA 1EAGA 3RVIA 2O4SA 3D3TA 4CPQA 3KMXA 4YD4A 5P4JA 4Y4UA 1QBUA 3OQAA 5P3RA 3SM1A 4EQJA 3QVCA 5P1OA 5P34A 9HVPA 1RV7A 3QROA 2F80A 4L7GA 3ER3E 4PYVA 5OZUA 3NDUA 5OZ6A 5KR2A 5P1IA 3PBDA 2IGXA 2Z4OA 4QJ7A 3NYGA 4YHQA 2B8LA 4D8CA 3PWWA 5P24A 3VF3A 1XL2A 4OD9A 4KUPA 2NXLA 1DW6C 3LPKA 3L5FA 5P3GA 3UFLA 3FNTA 2XFJA 2Z54A 3SPKA 3R2FA 3IXKA 5KQYA 5P46A 3SKGA 4Y4ZA 4FRKA 1UH8A 3U6AA 5P1PA 4GJ8A 4Y4XA 2R5PA 4RYGA 4JOOA 3GGXA 1NH0A 1FMXA 5P47A 5P87A 5P2KA 5OYXA 3HBOA 2J9KA 4GZFA 3UQUA 3SA3A 3RU1A 3BVAA 5P57A 5P7FA 3O9FA 5P5GA 3URLA 1B6KA 5P1DA 8HVPA 5SY2A 4H3IA 5HTZA 4AA9A 3T7PA 5P4XA 5OZ4A 3L58A 2VJ9A 5P4OA 5DR8A 5DGWA 5P6NA 5P1TA 5I3WA 5P0PA 2FMBA 4HLAA 3MSKA 1XDHA 3NDWA 3WZ8A 4BFDA 5AGZA 3VSXA 4J0VA 3BHEA 3OQKA 1F7AA 5P2CA 5OZOA 4ZSRA 2NXDA 2BKTA 3AUPA 5P0UA 4FAEA 4LBTA 3QBFA 3TNEA 4R8YA 5OZSA 2ANLA 3LPIA 4LXMA 2G69A 1ODWA 3EL0A 4FRSA 1W50A 1IVPA 4JPCA 2JJJA 1Z1HA 1EC1A 1TCWA 3DV5A 4OBZA 3RTNA 3HD8A 4H1EA 5P7CA 5P4SA 1AVFA 4YD3A 3SKFA 3URIA 3VYEA 3O9EA 5P4GA 4I0FA 1FQ5A 2P3AA 1NPWA 1MTRA 2OHUA 3UDHA 5P3NA 4YBIA 5P4UA 2PSVA 5OZKA 5P77A 2VKMA 5P4QA 3MXEA 5DQ2A 3RTHA 1HIIA 5B18A 5P4BA 4LL3A 3TPRA 4I0ZA 5HD0A 2QNNA 4H3FA 5KOSA 4QGIA 3UDJA 5DQ5A 5P08A 4ZLSA 3OUBA 5P3HA 4EPJA 2QMPA 5UPJA 4RYCA 3VUCA 2Q11A 5BRYA 5AH6A 1YTIA 2ZDZA 3BGCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q55 A;  3LPJ A;  2VNN A;  2QI3 A;  5DQ1 A;  5P8I A;  3K5C A;  4Y44 A;  5P7G A;  3NDT A;  3O9H A;  3INF A;  3UDM A;  3VCM A;  4AUC A;  5P06 A;  4FM8 A;  2G26 A;  2QD7 A;  1MTB A;  3O9G A;  5P2Z A;  5IS4 A;  3L59 A;  4R95 A;  5P31 A;  2V12 C;  5OZA A;  4BEK A;  1AID A;  4Y5N A;  4Y3G A;  3L5E A;  4XXS A;  3MSL A;  4I11 A;  3HAW A;  1MSN A;  3PCZ A;  3KM4 A;  3NXE A;  5AHA A;  5P7V A;  3BXR A;  4Y39 A;  2VJ6 A;  1IZI A;  4KB9 A;  3ZPU A;  2VS2 A;  1B5F A;  2I0D A;  5AHB A;  3LIY A;  3UQW A;  2B8V A;  1W6H A;  4YOA A;  4ZPF A;  5P0K A;  5P1R A;  1GNO A;  5P32 A;  1ZPK A;  5P7J A;  4Y4B A;  5OYS A;  1G2K A;  2PK6 A;  4NJU A;  3Q3T A;  2V10 C;  3R4B A;  5P7S A;  5SY3 A;  2ER7 E;  5P3P A;  1HPV A;  3Q4B A;  1BDR A;  3K4V C;  4Z4X A;  4J0Y A;  2BQV A;  2AOF A;  3TTP A;  1A94 A;  3PSG A;  3NWX A;  5EZX A;  2HS2 A;  2IS0 A;  3UDQ A;  4IVS A;  1PSO E;  1PPM E;  2VJ7 A;  5P1L A;  3PSU A;  1K1T A;  4Q1Y A;  4XX4 A;  5P0O A;  1A8K A;  5P0V A;  4H3G A;  3K1W A;  1PPL E;  2IQG A;  3JVW A;  4Y48 A;  5P56 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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