1MERA

Hiv-1 mutant (i84v) protease complexed with dmp450
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis of HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with cyclic urea inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1merA00
3HDKA 4J55A 5OYWA 2FGVA 3ZPTA 2VA5A 3TKWA 3IVIA 1FF0C 1M0BA 3OU3A 4GJ6A 5P7CA 5P50A 1TW7A 1GNNA 1K2CA 3NU9A 3OAGB 3MSJA 1XDHA 4TVGA 5P58A 1BILA 5P3NA 5P8PA 3NUOA 1LEEA 2B7FA 4DFGA 3O9LA 3OQFA 3ER3E 3OY4A 5P2QA 1W6HA 3ZPUA 2ER6E 5P1RA 5OZUA 3DOXA 5KAOA 1D4YA 4FAEA 5P81A 5HTZA 2XFIA 5P3XA 2UPJA 5P61A 2ZGAA 4R8YA 4EP3A 1BDRA 1E82E 1ODXA 3VF7A 3IN3A 3KMYA 1B5FA 5P8KA 4ZPGA 1RNEA 6UPJA 4DV9A 4OD9A 3SACA 1OHRA 3QRSA 1YTJA 5P87A 5P8RA 1MT8A 6FIVA 5P4QA 5P5BA 3L59A 1FGCC 3BC4A 4Y54A 5P4EA 2QK5A 3L5FA 5EZXA 4KE0A 5ER2E 2QCIA 4HDPA 1FMUA 5OYQA 3IXKA 5P65A 5P0JA 2OHNA 5P66A 3UFNA 5P0VA 5P4NA 3WB5A 4Y3LA 1EBZA 4XX3A 4YCKA 3UDYA 4DQHA 3EM4A 5ISKA 5F01A 5P08A 3INDA 5P4RA 5P0ZA 3VEUA 4DJPA 3SO9A 2IS0A 2B60A 1EPRE 1CPIA 1HPOA 5P2NA 1KJ7A 2WKZA 5P5DA 5P8BA 5I3WA 3QP0A 1YX9A 4Y4WA 3K5FA 4DJYA 4I0IA 3PGIA 4DJOA 4YCYA 3O9IA 4U8WA 5P0DA 3DJKA 5SXNA 3NDUA 4Y5PA 1BAIA 3D20A 1EAGA 5HCOA 4NJVA 4I0HA 3QPJA 5P5EA 1HVLA 2FLEA 1PSOE 1W50A 4RZ1A 1LF2A 5P2YA 5P0BA 2I4QA 4CPXA 1ZPAA 5P7MA 2FMBA 1LYAB 7UPJA 1ZSRA 1LF3A 5P88A 2OHPA 2QI4A 2I0DA 2O4PA 3PHVA 1Q9PA 5P60A 4FRKA 5P6JA 1ZSFA 5P7UA 5OYUA 5OZVA 4YBIA 3CKPA 5P2ZA 5P2OA 3TTPA 4DPIA 1D4KA 2UY0A 2WF0A 1HIHA 4Y4JA 2AOFA 3GGUA 1FKNA 5P7GA 1UPJA 3GI5A 3K4VC 3BGCA 4EWOA 4MC9A 1HHPA 2OHLA 5P6ZA 4QJ7A 4TRWA 4ZE6A 3APPA 3BVBA 5P0OA 5P2EA 4EXGA 5P0RA 2WEBA 5ENMA 1LZQA 9HVPA 3SLZA 1XN3A 2CENA 3BGBA 3LZYA 1G35A 4N00A 5P8IA 1SMRA 1G2KA 4F76A 5P23A 1QBUA 5P3VA 2R43A 4Y4DA 1CZIE 4J54A 5P5QA 2JE4A 5B18A 5P7VA 3PVKA 1MRWA 5P6OA 4JP9A 1MPPA 2B8VA 4Y5GA 5P20A 2J9JB 5IVRA 2ZJNA 3RSXA 2BPZA 2QHCA 1T7JA 4Z50A 3S7MA 4RCFA 3UFLA 5P7NA 1DP5A 3Q6YA 3KA2A 1SP5A 3PM4A 3T7QA 5P7YA 3ZKNA 1EPQE 5P68A 3R0WA 3OUDB 3OQ7A 2QI3A 5P7XA 3PB5A 2BBBA 5P7WA 3OU4B 2BQVA 4YD3A 5P12A 5P5RA 3PLLA 4MC6A 4FE6A 1HTGA 3KFSA 3S8IA 1IDBA 3ZKIA 3PSYA 2HB2A 3VSWA 4CMSA 4GJBA 2PC0A 1LYWA 5P1PA 5OYZA 5P4WA 1PPKE 2QMGA 5P1QA 2ZJHA 1B6KA 5P25A 3O9EA 4I8WA 3PI0A 2G1SA 4B0QA 4Y4XA 4Y5BA 1APTE 2AOGA 4L6BA 4Y3RA 5P4DA 3L58A 5P4GA 1E81E 4L1AB 2WF2A 5P7LA 3OADA 4K4PA 1HEGE 5P8GA 2AQUA 5P6XA 2IKUA 2IKOA 4J0TA 4OBJA 1PFZA 2R3TA 1F7AA 4MC2A 3DCRA 4B72A 3SPKA 5OZ1A 3UQUA 3Q4BA 4CPUA 6APRE 2VIZA 5HDZA 5DR1A 2HB4A 3EM6A 5OZRA 5AH8A 1FQ7A 1APVE 2BB9A 4Y38A 3VV6A 1GVTA 5DQ1A 5P85A 3SA8A 1A94A 5OYVA 5P1LA 3PRSA 3TOHA 2AVQA 2G20A 1K2BA 5DQ4A 5KR1A 1XL2A 1IVPA 5P3GA 4FSEA 4Y36A 2WEZA 3OU1A 4I1CA 5P2XA 4FM8A 5P89A 1HBVA 3NR6A 4IVSA 4RCEA 4U7QA 2IGYA 3IN4A 5KR8A 5KOSA 5P6CA 3GI0A 4A6CA 3QBFA 4I0EA 2Q15A 2G27A 2G94A 2FIVA 5P8SA 2NNKA 3PBDA 3SFCA 2OHMA 3C9XA 4IVTA 1IZEA 1AVFA 1PPLE 2ZJLA 1MT9A 4Y5MA 3VV8A 3N4LA 4BFBA 4Y4AA 4Z4XA 4YHQA 5P0EA 3SA3A 1W51A 1FQ8A 5P80A 5P6KA 4YD4A 4A6BA 5SY2A 3UDPA 4RVXA 4LXMA 5P75A 5P76A 4H1EA 1A8KA 5P3YA 4Q1XA 1HRNA 3WZ8A 5P74A 1Z8CA 3ZKSA 3DM6A 4B00A 5DR0A 4QGIA 2VIJA 1NPVA 2AVOA 4GJCA 1IZIA 4YDFA 2WHHA 4H3JA 1KJGA 1ODWA 3JVYA 5P1EA 2V10C 5P0AA 5P62A 2A1EA 3QRVA 4PEPA 5P30A 3QBHA 5P0QA 1TCXA 1OEWA 3OAGA 5P1FA 2RKGA 3SKGA 2BPXA 3RTNA 4DI2A 1XL5A 5BRYA 4Y5EA 3L5BA 3ZLQA 2QNNA 1OEXA 5P4CA 1LYWB 1BDLA 1DW6C 1FMBA 3HZCA 4GB2A 3PJ6A 5AHBA 4Y3AA 1IZHA 1C6YA 3FX5A 5P47A 4J1HA 5DR8A 1HSGA 3U71A 5I3YA 2VNNA 5P52A 4DJRA 3QROA 4Y4TA 3UDQA 1UH7A 3MXEA 5OZCA 3LIQA 4XX4A 2RMPA 2P83A 3UDNA 2FS4A 2QD8A 4DJVA 2NXMA 5IS4A 2PYNA 1EC3A 4I0FA 5OZOA 5P5JA 2J9KA 3CIDA 3LZUA 4FLGA 5P1TA 5OZ7A 5P1VA 5EZZA 2IGXA 4GIDA 5P1CA 5P2RA 5P07A 5P03A 4ZSQA 5OZ6A 3RSVA 5P0FA 3UDJA 3S54A 2XFKA 2HIZA 4ZSRA 3UDKA 3IAWA 3IVHA 3PWWA 4Y48A 2VS2A 2I1AA 5P5IA 5P4ZA 5P49A 2HAHA 2FXDA 3NXEA 3SA9A 1M43A 1EEDP 5P1OA 5P7FA 3L5CA 3OK9A 2NPHA 1TQFA 5OZ4A 3K5CA 4X7IA 1MTRA 2F3FA 3O9BA 2G69A 4F74A 4Y4ZA 2P3AA 3EKPA 3IXJA 5HU1A 3FNSA 4XXSA 4B78A 2BJUA 4TRYA 3O9AA 4EP2A 1HSIA 4JOOA 4J1FA 5P55A 1LYAA 3KT2A 1MERA 2BKSA 5P8LA 5P4LA 2B42A 2WF4A 1QRPE 5OZYA 2PH8A 5P7RA 1NSOA 5P6TA 5P3AA 2H6TA 2AVVA 4WY1A 3TOGA 5P0WA 3PI5A 2XYFA 2AOJA 3HAWA 5OYSA 5P5SA 5HDXA 3PEPA 3ER5E 5IVTA 1META 5P3RA 4F75A 5CONA 4OBKA 4U7VA 4MC1A 2PK6A 2PYMA 5DQ5A 4Y3QA 5HE7A 3ZKXA 3FKTA 1J71A 4Y9WA 4Y4BA 3K5DA 1EBWA 4L7JA 4B1EA 3BHEA 1AJVA 5JODA 3L5DA 5P2BA 2XFJA 5TOLA 2RENA 5P10A 4Z2ZA 4QJ9A 4PZWA 5P37A 4LC7A 2HB3A 1NH0A 4Y39A 5P19A 5P00A 3VYFA 3NU4A 5OZ3A 4Y3NA 4EJDA 5P2UA 3TNEA 2G1YA 2PMAA 3S2OA 2J9JA 2PK5A 3NXNA 4WY6A 5SY3A 5HE5A 3ST5A 5P4VA 3S43A 1F34A 1PROA 4LXKA 5P5VA 3VFBA 3RU1A 4OBDA 5P4YA 3TPRA 5P7KA 4CPRA 5UPJA 5P2SA 4FRJA 5P8MA 3OUDA 5F00A 3KDBA 2WF3A 2PQZA 3OU4A 5P3OA 5HDUA 5P4JA 4BFDA 1LV1A 2NXLA 1GKTA 1MVPA 2G1NA 3OOTA 5P4PA 4DJUA 4B1DA 4J5JA 2I4XA 2PWRA 5P2KA 3EL0A 5P1ZA 3TLHA 1QS8A 3CIBA 3LIYA 4K8SA 3UCBA 1ZLFA 1ME6A 5P2JA 2AOHA 2ZHSA 2I0AA 4DJQA 5P29A 3S7LA 5P1AA 1SH9A 1HTFA 5P40A 2O4NA 4ZPFA 2BPWA 5P8NA 4L1AA 5P4UA 5P1WA 1W5WA 3KDCA 5P3LA 2HC0A 1LF4A 3RTMA 2AZBA 4Y57A 3NU6A 3FIVA 5P6VA 1RPIA 5P5PA 3LHGA 3UF3A 3R1GB 1D4IA 3BUHA 4X2LA 4R5NA 4H3GA 5P3TA 3JW2A 3QRMA 2R5QA 2Q63A 4KE1A 2Z4OA 3SQFA 4EJ8A 4DQGA 1SIPA 5P3JA 4GJAA 2NR6A 5P31A 4RLDA 3L5EA 3OTYA 5P4TA 1BIMA 5P7ZA 8HVPA 3RVIA 3OXCA 3OOZA 1ZPKA 4Y4EA 1U8GA 4GYEA 3VCMA 1GNMA 4COEA 3UTLA 5OZFA 4L7GA 5P05A 5P36A 2ZHTA 2QD6A 3GGAA 4M8YA 2QNQA 5HU0A 2B7ZA 5P86A 1NPAA 1T7IA 4NJTA 4OBZB 3PWMA 5IVSA 3LZVA 3I7EA 4Y3FA 5P6MA 3DCKA 4R92A 2Q55A 4Y3PA 2WEAA 5OZNA 1HWRA 3URJA 2QI1A 5P5KA 5P7BA 3UHLA 3DV5A 5P2DA 3PCWA 4S1GA 4QLHA 3M9FA 4RRNA 1HIVA 4CPTA 3TPPA 3ECGA 4RYCA 1K6PA 3S56A 4I0ZA 1BBSA 1RL8A 4APEA 1MT7A 2H6SA 5I70A 5P4XA 1EBKC 1YT9A 5BWYA 5P1SA 5OZMA 5P0UA 3U7SA 5P8VA 5P67A 3S43B 4HEGA 2ZHVA 5P02A 4PHVA 2CEMA 5P3EA 3R2FA 3VFAA 1SMEA 1FQXA 1D4SA 5P6RA 1UH9A 5P5ZA 2VJ7A 4ZLSA 1FFFC 3PBZA 4OC6B 2SAMA 3O9DA 2O4LA 3WSJA 1EBYA 4FCOA 3EC0A 5C9BA 5COKA 1C6ZA 5HCTA 5P6QA 1DPJA 1DAZC 3LNKA 1YG9A 2P8HA 2OAHA 5P1XA 1NPWA 1HVSA 3K4VA 3NDTA 5HDVA 1QBTA 3K5GA 2P3DA 5P7QA 1ER8E 1TZSA 4H3FA 3I2LA 5P4FA 4Y4UA 4J17A 5P5UA 4Y3TA 2OHUA 2ZJJA 5P15A 2A4FA 2FDPA 1AM5A 2F3KA 5KOQA 5P72A 4PPHA 5OZPA 2ZHRA 5P3HA 4D8CA 5P7JA 5P0KA 3UDRA 3QIHA 1A30A 1HVJA 2I4UA 3OUAA 2ZE1A 1IIQA 1FQ5A 1RV7A 5P71A 1ZJ7A 4YDGA 4J0VA 3IXOA 4TRZA 1FFIC 3D1XA 5P2AA 5P5CA 2WECA 5P0GA 5P8OA 5P13A 3TH9A 3EKTA 5P53A 5P5TA 3BUGA 4JPCA 1W5XA 3LPKA 4Y3SA 5OZGA 3SM2A 5ER1E 1SBGA 5P38A 2AOIA 5E5JA 1EPPE 1CMSA 2QMDA 2G1OA 5P54A 3I25A 1EC1A 4FM6A 1YTIA 3PLDA 3B80A 2F80A 3PSGA 4RVJA 5OZKA 1K1TA 5P32A 5DQCA 3VUCA 1AJXA 5P09A 4NJUA 5P4AA 4J1EA 3CYXA 2AIDA 3VF5A 3OHFA 4LHHA 5KQFA 2G24A 4Y3JA 4AMTA 3KF0A 4LL3A 1PSAA 1YM4A 3KFPA 4ER4E 2QP8A 3BXRA 5P3SA 4Z22A 3SA5A 3BVAA 3KT5A 4K4QA 1SGUA 4J0PA 3EBZA 5P1DA 5SZ9A 3BXSA 4YD6A 3TOFA 4YCTA 3IGBA 2JXRA 4DQFA 3S45A 1MTBA 5OZIA 2ZYEA 5P44A 5OZ9A 3G6ZA 3GI6A 2VA7A 5P6EA 5P1MA 2EWYA 3QN8A 5OZHA 4JECA 5BS4A 4RCDA 5P6NA 2R8NA 3NYGA 3URLA 1KJHA 5P4HA 4J1KA 1BV7A 3OHHA 3B7VA 2G1RA 2IQGA 1LYBB 5OZXA 4K4RA 1EPNE 3INEA 1W6IA 2UXZA 2NMYA 5P6SA 1MIQA 1HOSA 2QI5A 1FIVA 4FIVA 3VSXA 3ZKQA 3FV3A 1HVRA 2P3BB 1Z1RA 5AGZA 5OZAA 5P6LA 2VA6A 5T4SA 2VIEA 4ACXA 1HVKA 5P6BA 1BWAA 4A4QA 2AVSA 2O4KA 3PCZA 4M8XA 4R95A 4Y5KA 1XS7D 4Y35A 3O99A 4Y53A 4CPWA 1T7KA 2APRA 2Z54A 3LINA 3K1WA 5OYRA 1E80E 4YOAA 5APRE 5P5OA 3VV7A 1MESA 1ENTE 4HA5A 3QVIA 5P1BA 5P6IA 2QAKA 2V13A 3OXWA 3MWSA 3UDHA 2PSVA 5P7SA 2IEOA 3EXOA 5P0SA 4D83A 1SDTA 5P8EA 1QBSA 4YBFA 5P14A 2O4SA 2RKFA 1K6TA 3O9CA 4B70A 2FNTA 4FGXA 1EC2A 3TKGA 1A9MA 3ZL7A 3OXXA 1WBMA 1HPSA 3APRE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HDK A;  4J55 A;  5OYW A;  2FGV A;  3ZPT A;  2VA5 A;  3TKW A;  3IVI A;  1FF0 C;  1M0B A;  3OU3 A;  4GJ6 A;  5P7C A;  5P50 A;  1TW7 A;  1GNN A;  1K2C A;  3NU9 A;  3OAG B;  3MSJ A;  1XDH A;  4TVG A;  5P58 A;  1BIL A;  5P3N A;  5P8P A;  3NUO A;  1LEE A;  2B7F A;  4DFG A;  3O9L A;  3OQF A;  3ER3 E;  3OY4 A;  5P2Q A;  1W6H A;  3ZPU A;  2ER6 E;  5P1R A;  5OZU A;  3DOX A;  5KAO A;  1D4Y A;  4FAE A;  5P81 A;  5HTZ A;  2XFI A;  5P3X A;  2UPJ A;  5P61 A;  2ZGA A;  4R8Y A;  4EP3 A;  1BDR A;  1E82 E;  1ODX A;  3VF7 A;  3IN3 A;  3KMY A;  1B5F A;  5P8K A;  4ZPG A;  1RNE A;  6UPJ A;  4DV9 A;  4OD9 A;  3SAC A;  1OHR A;  3QRS A;  1YTJ A;  5P87 A;  5P8R A;  1MT8 A;  6FIV A;  5P4Q A;  5P5B A;  3L59 A;  1FGC C;  3BC4 A;  4Y54 A;  5P4E A;  2QK5 A;  3L5F A;  5EZX A;  4KE0 A;  5ER2 E;  2QCI A;  4HDP A;  1FMU A;  5OYQ A;  3IXK A;  5P65 A;  5P0J A;  2OHN A;  5P66 A;  3UFN A;  5P0V A;  5P4N A;  3WB5 A;  4Y3L A;  1EBZ A;  4XX3 A;  4YCK A;  3UDY A;  4DQH A;  3EM4 A;  5ISK A;  5F01 A;  5P08 A;  3IND A;  5P4R A;  5P0Z A;  3VEU A;  4DJP A;  3SO9 A;  2IS0 A;  2B60 A;  1EPR E;  1CPI A;  1HPO A;  5P2N A;  1KJ7 A;  2WKZ A;  5P5D A;  5P8B A;  5I3W A;  3QP0 A;  1YX9 A;  4Y4W A;  3K5F A;  4DJY A;  4I0I A;  3PGI A;  4DJO A;  4YCY A;  3O9I A;  4U8W A;  5P0D A;  3DJK A;  5SXN A;  3NDU A;  4Y5P A;  1BAI A;  3D20 A;  1EAG A;  5HCO A;  4NJV A;  4I0H A;  3QPJ A;  5P5E A;  1HVL A;  2FLE A;  1PSO E;  1W50 A;  4RZ1 A;  1LF2 A;  5P2Y A;  5P0B A;  2I4Q A;  4CPX A;  1ZPA A;  5P7M A;  2FMB A;  1LYA B;  7UPJ A;  1ZSR A;  1LF3 A;  5P88 A;  2OHP A;  2QI4 A;  2I0D A;  2O4P A;  3PHV A;  1Q9P A;  5P60 A;  4FRK A;  5P6J A;  1ZSF A;  5P7U A;  5OYU A;  5OZV A;  4YBI A;  3CKP A;  5P2Z A;  5P2O A;  3TTP A;  4DPI A;  1D4K A;  2UY0 A;  2WF0 A;  1HIH A;  4Y4J A;  2AOF A;  3GGU A;  1FKN A;  5P7G A;  1UPJ A;  3GI5 A;  3K4V C;  3BGC A;  4EWO A;  4MC9 A;  1HHP A;  2OHL A;  5P6Z A;  4QJ7 A;  4TRW A;  4ZE6 A;  3APP A;  3BVB A;  5P0O A;  5P2E A;  4EXG A;  5P0R A;  2WEB A;  5ENM A;  1LZQ A;  9HVP A;  3SLZ A;  1XN3 A;  2CEN A;  3BGB A;  3LZY A;  1G35 A;  4N00 A;  5P8I A;  1SMR A;  1G2K A;  4F76 A;  5P23 A;  1QBU A;  5P3V A;  2R43 A;  4Y4D A;  1CZI E;  4J54 A;  5P5Q A;  2JE4 A;  5B18 A;  5P7V A;  3PVK A;  1MRW A;  5P6O A;  4JP9 A;  1MPP A;  2B8V A;  4Y5G A;  5P20 A;  2J9J B;  5IVR A;  2ZJN A;  3RSX A;  2BPZ A;  2QHC A;  1T7J A;  4Z50 A;  3S7M A;  4RCF A;  3UFL A;  5P7N A;  1DP5 A;  3Q6Y A;  3KA2 A;  1SP5 A;  3PM4 A;  3T7Q A;  5P7Y A;  3ZKN A;  1EPQ E;  5P68 A;  3R0W A;  3OUD B;  3OQ7 A;  2QI3 A;  5P7X A;  3PB5 A;  2BBB A;  5P7W A;  3OU4 B;  2BQV A;  4YD3 A;  5P12 A;  5P5R A;  3PLL A;  4MC6 A;  4FE6 A;  1HTG A;  3KFS A;  3S8I A;  1IDB A;  3ZKI A;  3PSY A;  2HB2 A;  3VSW A;  4CMS A;  4GJB A;  2PC0 A;  1LYW A;  5P1P A;  5OYZ A;  5P4W A;  1PPK E;  2QMG A;  5P1Q A;  2ZJH A;  1B6K A;  5P25 A;  3O9E A;  4I8W A;  3PI0 A;  2G1S A;  4B0Q A;  4Y4X A;  4Y5B A;  1APT E;  2AOG A;  4L6B A;  4Y3R A;  5P4D A;  3L58 A;  5P4G A;  1E81 E;  4L1A B;  2WF2 A;  5P7L A;  3OAD A;  4K4P A;  1HEG E;  5P8G A;  2AQU A;  5P6X A;  2IKU A;  2IKO A;  4J0T A;  4OBJ A;  1PFZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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