1MESA

Hiv-1 mutant (i84v) protease complexed with dmp323
Total Genus 17

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV4 (65-68)S5 (52-66)S2 (18-24)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-91)EMPTYS3 (31-33)O1 (78-80)TVIII1 (80-83)S6 (69-77)TI2 (91-94)S4 (43-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title Molecular basis of HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with cyclic urea inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mesA00
3NXNA 3PCZA 3NDWA 3QS1A 1YG9A 5P0WA 4GJBA 4ACUA 2MIPA 4DJVA 4EJDA 5UPJA 5P7DA 3SKFA 5P3IA 4YD4A 2QI1A 5OZ5A 4GZFA 1MSMA 5P0XA 2VA7A 1TW7A 3IXOA 3FKTA 5SY3A 1A9MA 5P7AA 3N3IA 3BVAA 3R1GB 3UPJA 3O9IA 2G1OA 2BPVA 5P4DA 4Y3TA 3S53A 4HE9A 2PWRA 5P2YA 5P79A 2EWYA 5OZMA 5ER2E 2VNNA 4Y51A 4DJWA 3OQKA 2AVMA 5P2GA 3IVHA 5OYTA 4HZTA 4FCOA 1HHPA 4R8YA 2PH6A 5P4OA 4Y3PA 2OHRA 3PGIA 4J1IA 3PMYA 4B72A 4EYRA 2QI0A 5OYSA 3D1ZA 4NJVA 1K6VA 5P0LA 1A8GA 4GYEA 2H6TA 2ZJHA 4Y39A 4FLGA 5P4GA 5P6FA 2QD8A 3AUPA 2BBBA 4BFBA 5P1DA 1LF3A 2QU3A 5P58A 4EJ8A 4EQ0A 3KFPA 3OXCA 4U7VA 3VSXA 1OHRA 2WEAA 5P3RA 4B70A 1G6LA 4HDBA 3NU3A 2UXZA 1BBSA 1YTIA 4FIVA 5P8MA 1IZIA 4ZSMA 4QJ6A 1AJXA 3O9FA 3KM4A 1FQXA 1DIFA 5P4MA 4B0QA 2R5QA 3CKRA 1TZSA 2QI5A 3NSHA 1APWE 3GGAA 3OTSA 4PYVA 1BXOA 4TRZA 1AZ5A 2QZWA 4I0ZA 4IVTA 2OHTA 4Y3HA 4JP9A 3HAUA 2Z54A 1KJHA 3LZSA 4Y4JA 4APRE 1Z1HA 2WF4A 4A6CA 3ZKXA 4X2LA 4L1AB 4J55A 5OZPA 3L3AA 4RROA 4EQJA 4GJ5A 3S7MA 5OZ9A 5OZ4A 5IVSA 4LBTA 4FAFA 3OAGB 1BWBA 3BHEA 2QMGA 3G6ZA 4I0HA 4PZXA 3ZMGA 3NDUA 4DH6A 4XX4A 2B7ZA 5P5LA 5P8KA 1E80E 2PSGA 3NDTA 1WBMA 1A8KA 5DQ2A 2OHMA 5P6JA 5P5FA 2AVQA 3BRAA 5P69A 2B8VA 4TRYA 2AOCA 1XL2A 2Q54A 4F76A 2HPFA 4QLHA 1MESA 5P6YA 1MPPA 4FRJA 3O9HA 4RZ1A 3SABA 1FQ4A 1AM5A 4LAPA 5DGUA 4YOBA 1ZTZA 3N4LA 1PFZA 5P6TA 4BFDA 5P1MA 5P2VA 2P3BB 3VYEA 4JECA 3K4VA 5OZVA 5P62A 5P7UA 2R3TA 3F9QA 5OZYA 4LC7A 1UH8A 1SDVA 1FEJC 4WY1A 5P00A 3BVBA 5P34A 3HVPA 5HDXA 3KF0A 5HE5A 5OZSA 5P6MA 3G70A 3QP0A 5P1QA 3OUDA 1HWRA 4J1HA 5CLMA 4DFGA 1N49A 4FRSA 2PSVA 4Y4EA 5P6UA 2ZHRA 1YTGA 4YCTA 4QJ7A 3VF5A 1W6IA 5P8OA 1M4HA 5P0ZA 5P8UA 5P73A 3S7LA 3EL5A 1XS7D 3UQRA 4RVXA 3IVIA 3NLSA 4MC9A 1APVE 5AH8A 5EZXA 5P16A 6APRE 5P5VA 2G1NA 5P3FA 5P57A 3MSLA 3R0WA 1D4LA 5P5BA 3TPLA 4DPIA 2PK6A 2G22A 4FSLA 5P32A 2P3CA 5ER1E 1IZEA 3TLHA 1IZDA 1K2CA 4GJ6A 1SP5A 5P7TA 3PWWA 3TKGA 1LYWA 5P4FA 5P33A 3WB4A 4A4QA 2RKGA 1D4YA 1TSQA 2R43A 5PEPA 5DGWA 5P2WA 5P89A 4Y54A 5OYQA 5P2ZA 5P0HA 5P4BA 5P84A 3UQUA 1HTFA 5P8EA 5P4ZA 3NU6A 2IKUA 5KR2A 4CPUA 2NR6A 2AOFA 1XDHA 4EXGA 1Z8CA 5HVPA 2O40A 2ZHSA 3OQ7A 1MUIA 2IGXA 5P2EA 5P5XA 5P77A 4Y3SA 3UDKA 5P88A 3L59A 3VFBA 3GI5A 1QBRA 5OZZA 2QD6A 1APUE 4FSEA 2QI3A 3RVIA 3DJKA 2FGUA 1YX9A 4Y48A 3SPKA 1HOSA 2HB3A 4CKUA 2VJ6A 5P46A 1FF0C 5OZ6A 1RQ9A 3ECGA 3OY4A 2AODA 3NWQA 5P68A 5P7PA 3ZKQA 3UQWA 3ZPUA 2NXMA 1BILA 4Y3WA 3VLAA 4A6BA 2BJUA 1MT7A 1KZKA 2HM1A 3O9AA 3INFA 1KJFA 4WTUA 2BPYA 3OUBA 2IEOA 1IBQA 5P3DA 1BDRA 4DQCA 5P6KA 3CMSA 5P31A 3ZKGA 5P27A 5P3ZA 5P1KA 4B00A 3TKWA 3H5BA 5P6RA 4JPCA 5P2QA 5P6BA 5OZTA 1B6KA 5P1HA 4AUCA 1EBYA 1E82E 3NU9A 3QAAA 2FDPA 3HAWA 1KJ7A 3OU3A 3EC0A 5JODA 5P4XA 1EAGA 4ER2E 5OZAA 5P80A 3OU1B 3NXEA 1ME6A 1YT9A 5P07A 5P0PA 5P0JA 2O4KA 5F01A 4LXMA 3ZL7A 5P7ZA 3K5CA 2WF2A 5P0QA 4Y5GA 1C6XA 1MEUA 1PPLE 4K8SA 4DQGA 3U7SA 5P5CA 5P7LA 2JE4A 2XFKA 5P8IA 1EBKC 3D3TA 1QBUA 5P7KA 1NPWA 2RKFA 5P6LA 2IS0A 5P4TA 3VUCA 5P47A 1EPME 4KE1A 4FS4A 5P7JA 2FNSA 1QBTA 3EKQA 4AA9A 4N00A 5DR1A 5P3JA 5P4EA 4ZPGA 3L5FA 4ZEAA 3UDQA 5IE1A 3JVWA 4Y6MA 3LNKA 5DQ1A 3IAWA 2QMPA 3PSGA 1GNMA 4DQHA 5P1XA 1SH9A 4J5JA 3B80A 5P53A 4R93A 5P8NA 4LXAA 5P6CA 1GKTA 5AH9A 4DJXA 3EKTA 3R0YA 1ZLFA 1EPLE 2FIVA 5P8FA 4EPJA 5P0DA 1PSNA 1B5FA 3IN4A 4B77A 3DV1A 3TPRA 1GVUA 3KFNA 4Y3QA 2G26A 5OYUA 2QP8A 5P70A 1ODXA 1K1UA 5P7HA 2VKMA 3OOTA 4IVSA 4J0ZA 4QJ2A 1SDUA 3HLOA 3QVCA 3TNEA 4Y5NA 3APPA 3D1XA 3NU4A 4J17A 5P4SA 4ZPEA 1LV1A 4B1EA 2Q5KA 4OBGA 4KE0A 3OHFA 4B1DA 3O9CA 5P4VA 3TOFA 4CP7A 3CYWA 5P19A 3APRE 5P3CA 2ER0E 3RTMA 4Y3NA 1E5OE 5P7SA 2Q63A 3SA7A 3M9FA 4CPSA 3GGXA 4OBHA 5P4PA 3SM1A 4DPFA 3AIDA 2WJOA 5KQXA 1BV7A 5P5JA 3SKGA 5P2IA 3DK1A 3INHA 3O9GA 2G20A 4ZSPA 3HBOA 4L7HA 3S45A 1UH7A 5P1AA 4RVJA 5HE7A 3LPIA 1K2BA 2Q55A 1W5XA 5P6OA 2FLEA 2Q15A 1C6ZA 3CYXA 4Y45A 3ZPTA 5KOSA 3HDKA 1RPIA 3LIYA 1IVPA 2HB2A 4APEA 3MWSA 2HAHA 5P1OA 2F3KA 2ZE1A 4Q1YA 3TH9A 5P8PA 1CMSA 2B60A 4F74A 1FMXA 3SM2A 1D4HA 4EP3A 1EPNE 5DQ4A 3OUDB 5OZCA 1CPIA 5P15A 3K4VC 4Y4XA 5P85A 5P6QA 5SXNA 1OEWA 5P1UA 3WB5A 5APRE 5DQ5A 4NPUA 3T7XA 4Y36A 5P7CA 5P2XA 1NH0A 3OGQA 2AOIA 3VF7A 3ER3E 2A4FA 2NTRA 1K1TA 1AIDA 2BPZA 2V12C 4J1KA 3O99A 2QHYA 3NWXA 4CPTA 2NXDA 1MTRA 5OYZA 4FRKA 3OADA 1FQ7A 5DR4A 5P3HA 2ZGAA 2ER7E 5P72A 4GJCA 3ZOVA 4J1CA 5KR8A 1BXQA 2R3WA 1GNNA 5BWYA 1XN3A 2AZ9A 4DV9A 4FM8A 4FE6A 1LEEA 4RRNA 1LYWB 3GI0A 5P87A 3IA9A 3TPPA 1PSOE 1W5YA 4DJQA 2G1RA 5P6VA 2ER6E 3PSUA 4GIDA 5P29A 1G2KA 5AH7A 5OZGA 4AA8A 2RMPA 2HPEA 5P7XA 4MC6A 2FS4A 3O9LA 4Y4ZA 1ER8E 4OBJA 4GJ8A 2OHLA 1OD1A 3KFRA 2I0DA 2B7FA 2B8LA 1UPJA 3UDPA 4CPRA 1Z1RA 5OZ7A 2VJ7A 5OZXA 4AMTA 5P3SA 5P4LA 4J54A 3ZKNA 4JPEA 1IDBA 4LXKA 1ZBGA 5P23A 3I2LA 4YD6A 5AHCA 5P1YA 5P8LA 3T3CA 3TTPA 5P0KA 5OZKA 1F7AA 2HIZA 4Y41A 3FNSA 4DVFA 4Y35A 4Y3RA 5I3VA 2QI7A 3PHVA 1FMUA 5P5GA 4HVPA 2Z4OA 5I3YA 3OQAA 2V16C 4EHCA 4M8XA 2F3EA 5OYRA 5P4AA 4B1CA 2ZJJA 3GI4A 5P86A 3K5DA 2WL0A 5P11A 5DR7A 3OWNA 1M0BA 5P3BA 4I0DA 1HXWA 3SAAA 1GVWA 5P5MA 4H1EA 2ZJNA 4DJOA 5AHBA 5P4NA 4H3FA 5P06A 2I4QA 3PLDA 2NMZA 5P8GA 3L5DA 1ZSRA 5P2NA 5BS4A 1HPVA 5P4RA 4EP2A 4FL8A 4RVIA 5P0EA 3LZVA 3OU4A 5P55A 1G0VA 2OHSA 5E5JA 4Y4TA 2QHZA 5P0BA 4Y57A 5P78A 3BGBA 4Y44A 4Y3AA 3HZCA 3WZ7A 3NYGA 3L58A 4Y3EA 4RLDA 3KFSA 3OTYA 2G69A 1BIMA 4OBFA 3KDCA 1FKNA 5HD0A 5P2SA 5P5HA 3S8IA 3FX5A 5P81A 3OUCA 5OZLA 5P83A 3URIA 2BPWA 5ISJA 4Y56A 3HW1A 5P25A 1SGUA 1AJVA 4K4QA 4PHVA 5P0UA 3SFCA 3PB5A 4Y47A 1HIIA 3ZKMA 5P2FA 2R5PA 2BKTA 4I8WA 1K6PA 3GW5A 3DCRA 2VA6A 1EPRE 3UDYA 5DR0A 1EPPE 2VS2A 1DPJA 1Q9PA 4YD3A 2XYFA 8HVPA 5P1IA 3PJ6A 2ZJKA 4NJUA 1B5FB 5AGZA 5SZ9A 2P3DA 2OHQA 4ER1E 5P1RA 1MT9A 5OYXA 3Q3TA 2UY0A 4ZLSA 2PK5A 5OZOA 1TCXA 4I8ZA 1PPME 5P82A 4CPXA 4NJSA 2FGVA 3BC4A 4J0VA 3EM3A 4HA5A 5P6HA 3ST5A 3TOHA 5P3EA 3SACA 5P12A 5KQZA 3BUHA 3PVKA 2WEBA 2PYMA 3KN0A 5P60A 3PLLA 2PYNA 2NXLA 5C9FA 1MIQA 4RCFA 5P8RA 4Y3FA 5P0NA 4QJ8A 2ZJIA 4Y5AA 5P2UA 1C70A 2V10C 3VCMA 2ER9E 3Q6YA 5P8BA 2B42A 5P1LA 1T3RA 3D91A 4Y5EA 5P5NA 4BEKA 4RYCA 5ISKA 4Y37A 4QGIA 5DR8A 4OD9A 2V0ZC 1T6GA 7UPJA 4Y58A 5P63A 5P8SA 2FDEA 1IIQA 1W5VA 5P7FA 5P1VA 5KQFA 4Y3LA 5P2JA 3L5BA 5P7MA 2FDDA 1HTRB 5P40A 4HLAA 4Y3XA 4Z22A 5IVRA 5P2RA 2QZKA 5OZFA 1VIKA 5OZNA 3QBHA 2CENA 2Q64A 4TVHA 4H3JA 5HU0A 5P3TA 2JJIA 3VYDA 5P64A 2NNKA 2AZ8A 3ZPSA 1BVEA 1A30A 3T7PA 4GB2A 4U8WA 4Y9WA 1HIHA 4XX3A 5P18A 4I0GA 5P6PA 4Y5LA 4EJKA 1AVFA 2SAMA 1GVVA 5P2OA 3QIHA 5P4HA 5P45A 5P7OA 2PWCA 5P8VA 4Y3ZA 5P76A 3SA8A 4DJRA 2ZJMA 3OXWA 5P0CA 2G21A 5KR0A 3IN3A 1FG6C 4OC6A 5KAOA 3UDMA 1F34A 1LF2A 4B78A 3NU5A 1ZJ7A 5P3OA 2O4LA 3IGBA 1HPOA 2QZLA 1XN2A 4Y53A 3LINA 4J0YA 3VFAA 2BB9A 4Y5CA 5P14A 5HDVA 1QS8A 3OADB 4D85A 4YD5A 2PH8A 4DJPA 3G72A 3O9BA 5P2MA 5P3GA 2V00A 4I0FA 5P22A 1WKRA 5P51A 2O4PA 5P2CA 3UCBA 3NUOA 2QD7A 1GVTA 3ZKSA 2QCIA 3EKVA 2QI6A 5OZ1A 5P30A 2R9BA 5P1EA 5P5UA 4FM6A 1QRPE 4YBFA 3PCWA 3I25A 1IVQA 3EKXA 3OUAA 2G24A 1FQ5A 4ZIPA 1ZSFA 5P6DA 4COEA 1MERA 4ZPFA 5P2KA 1FQ8A 3EXOA 4HEGA 3EBZA 1T6EX 2RENA 2P3AA 4Y3GA 1T7JA 4OBDA 4GMIA 1HPSA 4GJ7A 4H3IA 3ZKIA 4L7JA 4OBZA 1EC1A 3OK9A 3UDJA 4Y3DA 5C9DA 5P6ZA 1YTHA 4YD7A 1DMPA 5P0SA 4NPTA 5HTZA 2QNNA 3BGCA 3EL1A 1SIVA 2CEMA 3EM4A 5P5YA 5P0TA 4H3GA 3TOGA 3WSJA 4L7GA 4HDPA 5P1FA 5P8TA 2WF0A 5OYWA 1FFIC 5P04A 5KQYA 2AQUA 5OZHA 5P01A 5P5WA 1K6TA 5P6GA 5TOLA 5ENMA 5P1NA 1FLHA 5SY2A 3LZYA 2UPJA 1LYBA 1MVPA 5P7RA 4LL3A 1ODWA 1PSAA 3K5FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NXN A;  3PCZ A;  3NDW A;  3QS1 A;  1YG9 A;  5P0W A;  4GJB A;  4ACU A;  2MIP A;  4DJV A;  4EJD A;  5UPJ A;  5P7D A;  3SKF A;  5P3I A;  4YD4 A;  2QI1 A;  5OZ5 A;  4GZF A;  1MSM A;  5P0X A;  2VA7 A;  1TW7 A;  3IXO A;  3FKT A;  5SY3 A;  1A9M A;  5P7A A;  3N3I A;  3BVA A;  3R1G B;  3UPJ A;  3O9I A;  2G1O A;  2BPV A;  5P4D A;  4Y3T A;  3S53 A;  4HE9 A;  2PWR A;  5P2Y A;  5P79 A;  2EWY A;  5OZM A;  5ER2 E;  2VNN A;  4Y51 A;  4DJW A;  3OQK A;  2AVM A;  5P2G A;  3IVH A;  5OYT A;  4HZT A;  4FCO A;  1HHP A;  4R8Y A;  2PH6 A;  5P4O A;  4Y3P A;  2OHR A;  3PGI A;  4J1I A;  3PMY A;  4B72 A;  4EYR A;  2QI0 A;  5OYS A;  3D1Z A;  4NJV A;  1K6V A;  5P0L A;  1A8G A;  4GYE A;  2H6T A;  2ZJH A;  4Y39 A;  4FLG A;  5P4G A;  5P6F A;  2QD8 A;  3AUP A;  2BBB A;  4BFB A;  5P1D A;  1LF3 A;  2QU3 A;  5P58 A;  4EJ8 A;  4EQ0 A;  3KFP A;  3OXC A;  4U7V A;  3VSX A;  1OHR A;  2WEA A;  5P3R A;  4B70 A;  1G6L A;  4HDB A;  3NU3 A;  2UXZ A;  1BBS A;  1YTI A;  4FIV A;  5P8M A;  1IZI A;  4ZSM A;  4QJ6 A;  1AJX A;  3O9F A;  3KM4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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