1MESA

Hiv-1 mutant (i84v) protease complexed with dmp323
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis of HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with cyclic urea inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mesA00
2BB9A 2V11C 4ACUA 4M8YA 5P13A 2HS2A 5P0LA 3VF5A 5P7AA 5P7EA 1EEDP 5P2MA 3JVWA 5P5TA 4CPQA 3PB5A 5P8FA 2V0ZC 4LXAA 1U8GA 4ZSMA 3D3TA 5P0ZA 3RSXA 5P2IA 5P24A 3B80A 4CKUA 1HVCA 4WY1A 4ACXA 2FGUA 2WKZA 3EBZA 5IVRA 2QMDA 5P7MA 3L5EA 5P19A 1EPQE 3O9FA 3VF3A 4Q1WA 1W5VA 4GJ8A 1G0VA 1K6PA 4U7QA 3SM2A 1FQ7A 5P2GA 3LPKA 3VEUA 1OEWA 2AZCA 3QI1A 3S45A 2FXEA 4GJ6A 1SGUA 3R0YA 4Y5MA 3M9FA 5P74A 3D1YA 3SLZA 4Y4UA 1HRNA 1GVXA 3EL0A 3UQXA 5P50A 1TCWA 1TQFA 4Y3TA 5IE1A 2PMAA 5P3SA 4LXMA 3G6ZA 2R5PA 4TVHA 4GIDA 1QRPE 4FM8A 2R3WA 3OAGA 5P0WA 1Z1HA 5P8BA 4Q1NA 3QBFA 1UPJA 2UXZA 2G1YA 4Z4XA 4B0QA 1QBSA 1D4SA 5P6MA 4ZSQA 1ZSRA 4Y3QA 4HLAA 5P5VA 5P7HA 4RROA 3KYRA 5P6HA 5T4SA 5DGUA 4PEPA 4RGHA 5AHAA 4L1AB 1XE6A 3ZKMA 1E5OE 4KB9A 5KAOA 4YBIA 5P7PA 1A30A 3T6IA 5P3ZA 5P6WA 3LPIA 4E43A 3VCMA 2V12C 5P4PA 5P7ZA 3PJ6A 3ZPTA 1BXQA 4HVPA 3D91A 3OHHA 4FSLA 3UDQA 3PWWA 1HXWA 1B6PA 1LS5A 3K5CA 4YOAA 5COKA 2WF4A 1AVFA 1LYBA 1T3RA 2QU3A 3NDTA 1CZIE 5P36A 3URLA 3OAGB 2AOGA 1HEFE 2I4XA 2ZHSA 4Y3XA 3OXVA 4DQBA 1UH9A 3OOZA 1GKTA 5P04A 2Q54A 3QIHA 4NPTA 2FNTA 2OHNA 2J9JB 5OZFA 5P85A 1HSIA 5P1WA 2V13A 5P7IA 2QI4A 4Y53A 5HCTA 5P89A 3AIDA 3FIVA 5P79A 5P00A 2I0DA 5P1QA 3U6AA 3FNTA 5OZYA 2ER6E 5P5RA 2PSGA 5OZ6A 5P65A 2QNNA 5P6IA 3OGPA 5P6DA 5P70A 1HBVA 5E5KA 2B8LA 1J71A 5P20A 3URIA 3OXCA 1EBWA 5HDXA 3BUHA 2G24A 3N3IA 3BUFA 1LYAB 3S85A 4K9HA 4BELA 3O9CA 4RVXA 5HCOA 1WBMA 2AVMA 3FSMA 3LPJA 3Q5HA 5OZ8A 2PWRA 1FEJC 4YCKA 3SA4A 5P02A 3KDCA 3KFPA 5P4RA 5P23A 2FIVA 5P5XA 1SDUA 1FGCC 5P4SA 5OYSA 3SPKA 2RKFA 2QMPA 3OWNA 5HVPA 2QU2A 1GVUA 2WEBA 5P6QA 4NJSA 1XL2A 5P35A 2OHQA 3INHA 5P8GA 2ZHVA 5P1MA 1IZEA 2RSPA 4B72A 5P76A 4M8XA 4OD9B 3KFSA 5P1KA 4Y54A 4DQGA 5P7TA 1K2CA 4YDGA 3EC0A 5KR0A 3WB4A 4ZSRA 3HLOA 5P5NA 1B6JA 4RCDA 1EBKC 1APWE 5HU0A 2AOIA 4B78A 2H6TA 4RLDA 2I0AA 5P26A 3TKWA 4GJDA 1A94A 1FIVA 3OTSA 1MVPA 5OZKA 1DIFA 3WZ7A 3ZKIA 3KDDA 5IVTA 3O9IA 3CKPA 3PWMA 5P2VA 3TPPA 3SA5A 5OYWA 5APRE 3KFRA 5P29A 3BVBA 3VYDA 5OZMA 4DUSA 5P27A 2I1AA 4F73A 5P3AA 3ER3E 1BAIA 4BFDA 2CEJA 4FAFA 2FS4A 5P59A 5P3NA 5P7XA 4I0IA 1W5WA 4Z50A 3PBDA 4QJ8A 4Y3HA 2AZ9A 4DJXA 2BPXA 4Y5PA 4Y5KA 2AVSA 3OUAA 4RCEA 4Y3MA 3UQPA 1PSNA 4OC6A 2ZJHA 2NMYA 2FMBA 1D4HA 5P7WA 3RTNA 3I6OA 4H3IA 2WL0A 5KR8A 3RSVA 5P06A 3HAUA 5F00A 3PLLA 1T6EX 3O99A 2B42A 4K4RA 2R38A 5P2TA 4NKKA 3UQRA 2I4DA 5P0QA 3UDRA 5DGWA 1SDTA 1EC2A 3PEPA 4RYGA 3EKVA 3G70A 5KQZA 5P8DA 2Q5KA 3LZVA 5KQYA 1YM4A 3QVIA 2BBBA 4JPCA 1D4YA 5P2LA 2AOJA 1W6IA 4EXGA 1GVVA 5P8JA 3HVGA 2XYFA 3UF3A 4XXSA 2B8VA 3BUGA 5P6KA 2P3CA 3WZ6A 1D4KA 4LP9A 4FLGA 5HU1A 1HPXA 3HBOA 5P3MA 4Y4JA 5OZTA 3DCRA 4Y47A 4L7GA 3OU3A 5OYUA 4R8YA 1EPNE 3OQKA 3EMYA 5P0VA 4D83A 2RMPA 4Y3SA 5P87A 4Y4TA 4RRSA 4Y5LA 3QP0A 1BVEA 4Y5AA 3OTYA 2WHHA 2Q11A 5E5JA 1YTJA 2PC0A 5P0SA 5P44A 1QBUA 3SA3A 5P3CA 4FL8A 3QROA 2VIEA 1SP5A 5P6FA 1YX9A 3O9LA 1HVRA 2O4NA 3INFA 2G21A 2BKSA 5P1RA 4Y48A 2Z4OA 4QJ9A 2HC0A 1F7AA 1SH9A 3LINA 5P7SA 1MSMA 3BGCA 1BILA 2ER0E 5P73A 5P4QA 2AOEA 3NUOA 5P0XA 3MXEA 4EP2A 5P4AA 2B60A 1FQ4A 3RU1A 3T7XA 1BV7A 5P38A 2BQVA 4AZYA 5P1YA 3K4VA 2RENA 3LIYA 5ISJA 5P42A 5JFUA 4YE3A 4QJAA 4DPIA 4YCTA 3NWQA 3L5CA 1AJXA 1FB7A 5OZ1A 1EC3A 1UH8A 4ZIPA 2IRZA 4QLHA 4YHQA 5P1GA 3UDJA 5P09A 4DJWA 5HTZA 4Y5GA 5P6AA 3ZKNA 4J1EA 5P8VA 1XN2A 3L59A 5P6SA 1ZPKA 3PM4A 4OBDA 5P3RA 5P46A 5P2HA 2G27A 5SXNA 5P81A 3PBZA 3OXWA 3QRSA 1B6LA 1MUIA 1QS8A 2VNMA 2ZYEA 4NJVA 2IQGA 3DV1A 4PHVA 1FMUA 4OBJA 1A8KA 3NUJA 3ZPSA 2Q55A 5P5JA 1SBGA 5P56A 4I0GA 5P6GA 2F8GA 5P0KA 4FRJA 3IVHA 4D88A 4YDFA 1RV7A 4DFGA 5P53A 5P8KA 5OZRA 3TLHA 1W5YA 5OZBA 5HE4A 3I25A 2WEDA 4J1FA 1APUE 4YD4A 3T11A 3HVPA 3DCKA 2OHSA 1FQ8A 2VIYA 5P8OA 2XYEA 3VV6A 5P1XA 4QGIA 4B1CA 4I0FA 4HZTA 4L6BA 5OZ7A 2PSVA 1NSOA 4I0DA 1BBSA 2V16C 4KE1A 5EZZA 1IDAA 2OHTA 5P3UA 4I8ZA 3OUDA 5AH7A 2QI5A 5P6RA 5P05A 3MWSA 1NPWA 1W5XA 2P3BA 3EKWA 4L1AA 5HE5A 5P4NA 5P6VA 5OZ0A 4Y39A 3IGBA 2OHKA 4Y3RA 2ZHRA 1ZSFA 3WZ8A 1E82E 3OQ7A 5P4BA 5P8IA 6FIVA 2ZJMA 1HPSA 1T7KA 5P4YA 4DQHA 3VF7A 5P8NA 5JG1A 4AA9A 5DR4A 1VIJA 2ANLA 1GNOA 1DMPA 5ENKA 5I3VA 4Y5NA 5KQFA 2F3KA 1AJVA 3MXDA 4CPXA 4ZPEA 5ER2E 5P72A 5P8MA 3JW2A 3KT2A 4FCOA 4Y5CA 1XE5A 3CKTA 5P6NA 3OGQA 5P51A 1TCXA 1MRXA 3CIBA 2MIPA 3NU9A 3INDA 1G6LA 4CPRA 3D1XA 1CPIA 2IGYA 4EJKA 2IEOA 1RNEA 2XFJA 3SABA 3HDKA 4FS4A 1MERA 4GB2A 3IAWA 3OUDB 4HEGA 3LIQA 2ZJNA 3OOTA 5P3OA 7HVPA 2ER9E 2J9JA 4XKXA 5P1DA 4J55A 1XDHA 3QS1A 2NPHA 2P3BB 3UCBA 5P40A 4FAEA 5OZEA 2AOFA 3O9GA 2FDDA 2QD6A 2Q64A 4BFBA 3RTMA 5P2UA 2F3EA 1MRWA 4NPUA 5OZWA 4Y51A 3SA9A 5P32A 3QBHA 1E81E 3CYXA 5OZ2A 2BPWA 5P1AA 3JVYA 4X7IA 5P5GA 5COPA 4B05A 4FRSA 4AA8A 1EPPE 3MSLA 8HVPA 3CIDA 1LYAA 3R2FA 5P2YA 2VJ7A 5P0PA 3H5BA 1E80E 5P0IA 1BIMA 5P30A 2JJJA 1FFFC 2VJ9A 4K4PA 2VS2A 2XFKA 5P5UA 3ZKQA 5P47A 1PPME 3SKGA 3I8WA 3UQUA 2QK5A 5P5MA 5AH8A 2PYNA 3PCWA 2NXDA 5OZAA 1RL8A 1ZLFA 5ENMA 5OZIA 2FDEA 2BPYA 3HAWA 5P4FA 5HD0A 1LV1A 5P2DA 5P43A 3IVIA 4DH6A 1MTRA 5P7GA 6UPJA 1ZTZA 4DQEA 4GJ9A 4D85A 5P2XA 4OD9A 5P5AA 5P66A 3R0WA 5P11A 2ZHTA 3VYFA 4CPUA 4HDBA 2QZXA 1HTRB 2HIZA 4Y3WA 1LEEA 2WF3A 1ZP8A 4HDFA 1B6KA 4GMIA 3S54A 3GGXA 1IDBA 4D89A 1AIDA 1HVIA 1T7JA 3CMSA 3ZKSA 3QRVA 5P1EA 2EWYA 2QMFA 1FMBA 4PZWA 2VA7A 2I4QA 4S1GA 3UHLA 4Y57A 3ZOVA 4Y45A 5P2KA 3KF0A 5OZSA 3EKPA 1HIIA 5OYXA 4NJUA 1ZBGA 4KE0A 5P6PA 5P14A 1IVQA 5P67A 3NYGA 3EKXA 5P5FA 1G2KA 5P84A 4R95A 5OZNA 2AQUA 2H6SA 5P0NA 4RYCA 3FV3A 2ZE1A 5DR1A 3VFAA 1EPRE 1DW6C 1ODWA 2JYSA 4H3JA 4CPSA 4K4QA 4J17A 1A8GA 3NXNA 3OADB 3LNKA 4RVIA 5P3XA 5P7KA 4FGXA 3UQWA 5P80A 5P4LA 5P5ZA 3TOFA 5P4OA 5P3VA 1FQXA 4B00A 5DQ1A 7UPJA 1OHRA 5P64A 3VV7A 1DPJA 3O9HA 2OAHA 4Y6MA 2QNPA 1B6MA 5C9BA 2NNPA 5JODA 2ZDZA 2NTRA 5P4GA 2HM1A 5AH6A 3KFNA 5P0OA 3UDPA 1XN3A 2A1EA 3TPRA 5I70A 4OBGA 3UFNA 5KQXA 2NMZA 2P4JA 4TRYA 4EQ0A 3PSGA 4D8CA 4ER2E 5P3IA 5HDZA 5P0BA 2VNNA 4QJ2A 1TW7A 2VJ6A 4N00A 1VIKA 4K8SA 5IVQA 4Y37A 1HVHA 1SIPA 4Y56A 4Y4AA 1HIHA 3LIXA 1WBKA 2G22A 3GI0A 5DR7A 2G94A 2QHCA 3KDBA 4YD6A 3GI4A 2PSUA 5P3HA 4EHCA 4LHHA 5OZ4A 3UTLA 5P2AA 5OZ3A 1BDLA 5P7RA 5P7FA 4A4QA 5P8PA 5P0FA 4ER1E 5P3BA 4EPJA 2V10C 2XFIA 5P2EA 4Y3GA 3S7MA 2JJIA 4YD7A 3PGIA 4Y50A 5P3GA 2G1SA 1SMRA 5P54A 2JE4A 5OYRA 5P1CA 4A6CA 5P0RA 5KOSA 5P8LA 1B5FB 5P45A 4NJTA 4EP3A 3Q3TA 4Q1YA 4YBFA 2IENA 4TVGA 5P1NA 4Y4WA 4HA5A 3H0BA 3S2OA 2CEMA 1K6CA 2QHYA 4Y9WA 4R92A 4Y58A 3K5FA 3K5GA 2ASIA 3OUBA 4RZ1A 5P49A 4F74A 2FGVA 1EPOE 5P7NA 4Y4GA 3KM4A 3OU1B 3Q6YA 1PSOE 2AIDA 1M43A 4B1DA 1ME6A 2V00A 3F9QA 1QBRA 2VIJA 1FG8C 3UDNA 5P8QA 4HE9A 4Z2ZA 2J9KA 1EC1A 4ZSPA 5P6JA 3G72A 4WY6A 1SGZA 4GJ7A 2FDPA 4DJYA 4DJQA 1AXAA 3OQDA 1C6YA 3NU3A 5P03A 4PZXA 1HPVA 5P37A 1CMSA 3LITA 4YA8A 1PPKE 3OU4A 3KN0A 5OZVA 5P0JA 1META 3DM6A 3LZSA 5I3XA 5P34A 3VSWA 5AHBA 3BRAA 2G26A 5OZUA 5P0AA 5P1VA 1KJFA 2AOCA 1ENTE 3K5DA 5P7DA 4GJBA 5OZDA 4H3FA 3ZKXA 5DR0A 3TPLA 4B70A 2QMGA 1K6VA 3PVKA 4MC6A 3VLBA 5P7VA 5P5WA 5P7LA 5ISKA 3R4BA 1KJ7A 4DJVA 3KA2A 4EJDA 1ZJ7A 1W51A 3ZL7A 2I4WA 2QI3A 3SQFA 3NR6A 3D20A 4GYEA 5P57A 1HXBA 5DR3A 5P22A 4EXHA 2PYMA 2CENA 4Y44A 4Y5EA 1LYWB 5P62A 3INEA 5P8RA 2JXRA 1ODXA 5P61A 1NH0A 5DR8A 5P3TA 3OU4B 5P2BA 5BWYA 3PMUA 3VFBA 4L7HA 2Q15A 1PFZA 2PQZA 4TRZA 3WSJA 2HB3A 3HW1A 5P7JA 4Q5MA 4CMSA 5P1JA 5P4WA 1FKNA 4FM7A 3NU4A 3QPJA 2P3AA 1RQ9A 5P8UA 1HPOA 4R91A 3EM6A 4LXKA 1EAGA 5OYTA 5KOQA 3OUCA 5P63A 3UDHA 5IVSA 4J0ZA 1IZIA 3SM1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BB9 A;  2V11 C;  4ACU A;  4M8Y A;  5P13 A;  2HS2 A;  5P0L A;  3VF5 A;  5P7A A;  5P7E A;  1EED P;  5P2M A;  3JVW A;  5P5T A;  4CPQ A;  3PB5 A;  5P8F A;  2V0Z C;  4LXA A;  1U8G A;  4ZSM A;  3D3T A;  5P0Z A;  3RSX A;  5P2I A;  5P24 A;  3B80 A;  4CKU A;  1HVC A;  4WY1 A;  4ACX A;  2FGU A;  2WKZ A;  3EBZ A;  5IVR A;  2QMD A;  5P7M A;  3L5E A;  5P19 A;  1EPQ E;  3O9F A;  3VF3 A;  4Q1W A;  1W5V A;  4GJ8 A;  1G0V A;  1K6P A;  4U7Q A;  3SM2 A;  1FQ7 A;  5P2G A;  3LPK A;  3VEU A;  1OEW A;  2AZC A;  3QI1 A;  3S45 A;  2FXE A;  4GJ6 A;  1SGU A;  3R0Y A;  4Y5M A;  3M9F A;  5P74 A;  3D1Y A;  3SLZ A;  4Y4U A;  1HRN A;  1GVX A;  3EL0 A;  3UQX A;  5P50 A;  1TCW A;  1TQF A;  4Y3T A;  5IE1 A;  2PMA A;  5P3S A;  4LXM A;  3G6Z A;  2R5P A;  4TVH A;  4GID A;  1QRP E;  4FM8 A;  2R3W A;  3OAG A;  5P0W A;  1Z1H A;  5P8B A;  4Q1N A;  3QBF A;  1UPJ A;  2UXZ A;  2G1Y A;  4Z4X A;  4B0Q A;  1QBS A;  1D4S A;  5P6M A;  4ZSQ A;  1ZSR A;  4Y3Q A;  4HLA A;  5P5V A;  5P7H A;  4RRO A;  3KYR A;  5P6H A;  5T4S A;  5DGU A;  4PEP A;  4RGH A;  5AHA A;  4L1A B;  1XE6 A;  3ZKM A;  1E5O E;  4KB9 A;  5KAO A;  4YBI A;  5P7P A;  1A30 A;  3T6I A;  5P3Z A;  5P6W A;  3LPI A;  4E43 A;  3VCM A;  2V12 C;  5P4P A;  5P7Z A;  3PJ6 A;  3ZPT A;  1BXQ A;  4HVP A;  3D91 A;  3OHH A;  4FSL A;  3UDQ A;  3PWW A;  1HXW A;  1B6P A;  1LS5 A;  3K5C A;  4YOA A;  5COK A;  2WF4 A;  1AVF A;  1LYB A;  1T3R A;  2QU3 A;  3NDT A;  1CZI E;  5P36 A;  3URL A;  3OAG B;  2AOG A;  1HEF E;  2I4X A;  2ZHS A;  4Y3X A;  3OXV A;  4DQB A;  1UH9 A;  3OOZ A;  1GKT A;  5P04 A;  2Q54 A;  3QIH A;  4NPT A;  2FNT A;  2OHN A;  2J9J B;  5OZF A;  5P85 A;  1HSI A;  5P1W A;  2V13 A;  5P7I A;  2QI4 A;  4Y53 A;  5HCT A;  5P89 A;  3AID A;  3FIV A;  5P79 A;  5P00 A;  2I0D A;  5P1Q A;  3U6A A;  3FNT A;  5OZY A;  2ER6 E;  5P5R A;  2PSG A;  5OZ6 A;  5P65 A;  2QNN A;  5P6I A;  3OGP A;  5P6D A;  5P70 A;  1HBV A;  5E5K A;  2B8L A;  1J71 A;  5P20 A;  3URI A;  3OXC A;  1EBW A;  5HDX A;  3BUH A;  2G24 A;  3N3I A;  3BUF A;  1LYA B;  3S85 A;  4K9H A;  4BEL A;  3O9C A;  4RVX A;  5HCO A;  1WBM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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