1MPP | Genus

Total Genus 79

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	79
sequence length	357
structure length	357
Chain Sequence	GSVDTPGLYDFDLEEYAIPVSIGTPGQDFYLLFDTGSSDTWVPHKGCDNSEGCVGKRFFDPSSSSTFKETDYNLNITYGTGGANGIYFRDSITVGGATVKQQTLAYVDNVSGPTAEQSPDSELFLDGIFGAAYPDNTAMEAEYGDTYNTVHVNLYKQGLISSPVFSVYMNTNDGGGQVVFGGVNNTLLGGDIQYTDVLKSRGGYFFWDAPVTGVKIDGSDAVSFDGAQAFTIDTGTNFFIAPSSFAEKVVKAALPDATESQQGYTVPCSKYQDSKTTFSLVLQKSGSSSDTIDVSVPISKMLLPVDKSGETCMFIVLPDGGNQFIVGNLFLRFFVNVYDFGKNRIGFAPLASGYEND

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__441096687267754__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__441096687267754__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1MPP/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__441096687267754__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"441096687267754","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1MPP/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__441096687267754__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfb97a32dc6e558c6b2953f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfb97a32dc6e558c6b2953f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfb97a32dc6e558c6b2953f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfb97a32dc6e558c6b2953f/pdb.gz): 829 ms

reading 357 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

357 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:356});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase(acid proteinase)
source organism	Rhizomucor pusillus
publication title	X-ray analyses of aspartic proteinases. V. Structure and refinement at 2.0 A resolution of the aspartic proteinase from Mucor pusillus. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PEPSIN
total genus	79
structure length	357
sequence length	357
ec nomenclature	ec 3.4.23.23: Mucorpepsin.
pdb deposition date	1992-02-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	1mppA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	1mppA01

5P2IA 3BVAA 5J25A 5SZ9A 5P1TA 4GIDA 2SAMA 2G94A 2FIVA 1B5FA 5P1PA 1YM2A 3T6IA 3DM6A 4DQBA 4BFDA 4D83A 4AMTA 4EPJA 2F80A 1SIPA 4LHHA 5P72A 3PHVA 4Q1NA 2HC0A 2NXLA 3I25A 1QDMA 4Y5BA 5P47A 2I4QA 3UQUA 3HZCA 3EBZA 1ER8E 3OU4A 5P3BA 3GGVA 2XYFA 2AOIA 3H0BA 2ER7E 4I8WA 1XL5A 5P6LA 2R9BA 1IZIA 5P8DA 2OHKA 5CONA 2PSVA 4I1CA 4L6BA 3ZL7A 1BXQA 5P20A 5P3WA 3ECGA 3K4VC 5P7ZA 4L7JA 5APRE 3UDHA 2CEMA 3N3IA 5OZCA 3NYGA 4DQEA 5P0VA 5P1IA 2O4KA 1NSOA 1APTE 4RCEA 5P5RA 3BHEA 5P1KA 2FDDA 2F8GA 1W6IA 2PH8A 4R93A 4NKKA 2IKUA 3PEPA 3EM4A 5P3QA 5OZ8A 2RENA 5P11A 4H1EA 3S7LA 4D85A 5P6TA 4CPTA 3SA3A 4OBDA 3MXEA 1TW7A 3O9HA 3TKWA 2VNNA 4DJRA 5I3WA 1ZP8A 3QBFA 2FLEA 2O40A 4YBIA 1HSHA 5P0CA 4L1AA 3PCZA 4Y4GA 1MRWA 1SDTA 2R3TA 5P7NA 3TOGA 3IA9A 3O99A 2WL0A 2F81A 3HAUA 2B8VA 1APVE 5DQCA 2B7ZA 5OZLA 5P5OA 5P80A 2XFJA 3S2OA 4LBTA 1HIVA 4ER2E 1BDQA 5FIVA 3SKGA 1HSGA 3UDJA 3SA5A 2AOGA 5AH9A 5P4KA 5C9DA 4Y5LA 2P3DA 4Y3RA 3K1WA 1XE6A 5P89A 3R0YA 1HPVA 2OHPA 2R3WA 3OQAA 3F9QA 5P0DA 3OQDA 5AH7A 3PRSA 5P5TA 4R91A 4Y4UA 3GGXA 5P3PA 4YA8A 1W51A 1HVJA 5TOLA 5DR0A 2AOEA 4JP9A 5P69A 3NLSA 1EPPE 5P70A 5OZWA 5P2AA 3ZKNA 3D3TA 5P44A 1VIJA 4B1DA 3OHHA 1PSAA 2H6TA 3WB5A 2OF0A 1BDLA 5OZTA 4GJBA 3SAAA 5P5JA 3S45A 2PK5A 4H3IA 1GVTA 1KZKA 3APRE 2HM1A 3K5DA 1AZ5A 5P67A 3UDRA 1QBUA 4Y53A 4B72A 1B6LA 3VEUA 1B6MA 3L5EA 1LZQA 2R5PA 1BWBA 1AM5A 2NPHA 3PMUA 2BBBA 5P7XA 2FMBA 3FNSA 5KQYA 3VFAA 4TRYA 1ZSRA 1EPRE 1G6LA 5HTZA 1MPPA 2R8NA 5DPZA 5P5BA 5P48A 4OBZA 3T7QA 3LIYA 4F73A 4M8YA 3KDCA 1MT7A 2PYMA 5P23A 2JJIA 5HDUA 1IIQA 2G26A 1FQ7A 4ER4E 3T11A 3TOFA 3EKXA 4K4QA 4Q1YA 1NH0A 1MERA 5P78A 2HPFA 3TPPA 1LYBA 5P8EA 2I4DA 3EMYA 3MSLA 1RL8A 2HB2A 4DJQA 1HTGA 3D1ZA 5P1DA 5P2BA 2JYSA 1OEWA 5ENMA 4ZEAA 4AUCA 3D20A 3OOZA 4GJCA 3SM1A 4ZPEA 4CP7A 3SKFA 4K9HA 4CPWA 4DQHA 4RRNA 5HDXA 3MSJA 3OQFA 5P2YA 5P2FA 5P88A 3URLA 4NJVA 5KOSA 2ZHTA 5P08A 5P0XA 2QZWA 1GVWA 4CPUA 5P3VA 5P3MA 3NU5A 1JLDA 4Y37A 2O4LA 2AZ8A 1SGUA 4Y3SA 2QNNA 4CPXA 4QJAA 2NXMA 5P3AA 2OHTA 3OHFA 5HU0A 4OD9B 3WZ8A 2ANLA 3OU1A 4DJWA 2WEBA 3T7PA 5P3ZA 2ER9E 1FIVA 2PSUA 3KMYA 3SFCA 1PROA 2G1RA 4GMIA 3HDKA 5P50A 2V00A 5P7DA 1Z1HA 1YM4A 1LF2A 2AOCA 5P77A 5P53A 5P66A 5P1VA 3VV8A 2B7FA 5OZQA 5P27A 1EBZA 1MSNA 5P4QA 5P5QA 3VSWA 2ER6E 4I0HA 5P3HA 3IVIA 2QZXA 4NPTA 5P5AA 3M9FA 3VUCA 1IVQA 4KB9A 5P2RA 4YCYA 4Y5NA 3NDXA 5IVRA 3U7SA 3VF3A 3VFBA 4Q1XA 2IENA 1FMUA 2NMYA 2ZHRA 2ASIA 3LNKA 5P0KA 5P6FA 1HSIA 1LV1A 2QU3A 5P3DA 2VIEA 1IZEA 3S43B 5P2CA 4CPRA 2Q63A 5P7SA 2FDEA 3TPRA 5IE1A 4ACXA 5P6QA 5P7UA 5DR8A 4LP9A 1W6HA 4DJUA 1MVPA 3HLOA 2A1EA 4RGHA 3NU9A 4DI2A 4BELA 3OTYA 3CICA 4R8YA 3TNEA 5P1ZA 4Y3HA 2QU2A 3PLDA 3ZKQA 1LYAA 1FLHA 2PC0A 5OZ3A 5P8SA 5P87A 1C70A 5P12A 1UPJA 5P4NA 5AGZA 5P2EA 1UH7A 3GI0A 5OZEA 2RMPA 5OYYA 1EPOE 1EBWA 5P1WA 2IQGA 2P3BA 5E5KA 2QHZA 3RTMA 4Y5AA 3INFA 1AVFA 1FB7A 1WBMA 2I4VA 3Q4BA 1EC2A 3BXSA 5JODA 2OHRA 4J1CA 5HU1A 5I3XA 5SY3A 1D4JA 5P74A 5ER2E 5P4TA 1BWAA 5P4CA 3UQPA 4RVXA 4FGXA 4ER1E 4YBFA 5P2HA 3VYFA 2XFIA 3K5GA 1F34A 4Y3EA 3TTPA 1ZSFA 3D91A 4QJ8A 3N4LA 4J54A 2WEAA 5P6XA 5P54A 1HVLA 5P5CA 2UXZA 5JG1A 2FNSA 5DQ2A 1SGZA 4J0TA 2ER0E 2V10C 4NJSA 4Z2ZA 3MWSA 4J1IA 3O9CA 4YDFA 2QMPA 5P2ZA 2QI4A 2Q15A 2QCIA 3S56A 4YD7A 2VIYA 4DVFA 1MEUA 4J55A 3OUCA 4K4PA 2QZLA 3KF0A 4B70A 5P32A 4PEPA 4WY6A 3LIVA 5P4PA 5EZXA 1MT9A 4DJOA 5OYSA 1T6EX 1BVEA 4Y4ZA 1ZAPA 1YTGA 5P18A 5P30A 1HVCA 4A6BA 2BPZA 5P4MA 5EZZA 2FGUA 5P0IA 3SM2A 3R1GB 3K5CA 1T7IA 2QMGA 5ISJA 3DCRA 3L59A 5OYWA 6APRE 4LAPA 3O9LB 5P0OA 1YTHA 1MTBA 1HIHA 4Y3YA 1YG9A 4GJAA 2B8LA 3ZKIA 5P0GA 3SA7A 3I8WA 3S8IA 3LITA 1FFIC 5P8GA 5P5FA 4BEKA 5P26A 5P3YA 5P3EA 1SIVA 5JFUA 3BVBA 5HVPA 4J0ZA 5DR1A 2AVMA 5P7IA 3SLZA 5P19A 2IGXA 1K1TA 3RTHA 4F75A 3GGAA 3TPLA 4Y3JA 3BXRA 5P3JA 3VF7A 5OZXA 4FRKA 1APWE 3QAAA 5F01A 5P2XA 5P35A 3LPIA 2VJ9A 4GB2A 4Y4DA 5ER1E 3ER3E 5P6YA 1HPSA 2B42A 1PPKE 5P4SA 3PCWA 1TZSA 2ZGAA 5P33A 1EPNE 5P2DA 3LZSA 3R4BA 1IZHA 4F76A 5P7OA 5P4EA 4FIVA 1F7AA 5P1MA 5OZ1A 5P0AA 5P24A 1NPAA 1SDVA 2ZJMA 4NJUA 3B7VA 3R2FA 1FQ8A 4DH6A 1Q9PA 3UHLA 5P5SA 2QI5A 4YHQA 4Y35A 2I0AA 3UQRA 1FF0C 4QGIA 1FQ4A 1ODWA 5P02A 1J71A 2QP8A 5P7BA 2I4XA 4HDBA 5P4ZA 3VYDA 3CYXA 4EJ8A 2QI7A 3HW1A 5P3RA 3EL0A 4ZIPA 1FG6C 5P83A 2PK6A 1MESA 4DQFA 5HE4A 4Y5CA 4COEA 4U7QA 3LINA 1GNNA 5P81A 1LEEA 3O9EA 5P0MA 1B6JA 1UH9A 3TH9A 4KE1A 5C9BA 4A6CA 4YCKA 1IVPA 1A9MA 2QI3A 3OADA 4N00A 2Q3KA 1BV9A 1QBRA 4DJYA 3TPJA 4Y3MA 5OZJA 5P1AA 5P4UA 2QD8A 5OZ4A 5P7JA 5P6GA 3QN8A 4OD9A 3ZOVA 3OK9A 2G27A 5P25A 5P8CA 2OHNA 4MC9A 3TL9A 5P4GA 5T4SA 3NR6A 5P4DA 5P10A 2XFKA 1YT9A 4I12A 5P79A 2OHMA 5P0YA 1C6ZA 5P2LA 1IDAA 5OZ0A 3SO9A 3NWQA 4CKUA 3ZKGA 1G0VA 2QD7A 5P1NA 1EAGA 5P6AA 5P63A 2FDPA 5OZ2A 4B77A 5ISKA 4RYCA 1TCXA 2ZHUA 2B60A 4HDFA 5P07A 5P2JA 4I0IA 1CPIA 4OBFA 3QVCA 1BVGA 5P4LA 4I0GA 4YDGA 2RKGA 4HDPA 4YCTA 6FIVA 3NXNA 3KDBA 5COPA 1NPVA 4HEGA 1MUIA 3QBHA 3S43A 3OAGA 1B6KA 2A4FA 5OZMA 1XL2A 1ZLFA 5IVTA 2ZJJA 2PWRA 3CIDA 2AIDA 1EBKC 3A2OA 2Q11A 4Y4XA 5P5ZA 4DJXA 4J1FA 4J0VA 4J1KA 4EQJA 5P6JA 3BRAA 5P41A 5P1JA 4AZYA 1K6CA 3O9IA 5KR8A 4H3JA 5P55A 4Z4XA 4AA9A 3D1YA 2FGVA 3S85A 5P7VA 1FQ5A 5OZHA 5KQFA 5P2QA 3UQWA 4NJTA 1DAZC 4I0EA 1FMBA 2OHQA 5I3VA 2QI6A 4FRIA 2ZHSA 5OZAA 2WF2A 1KJHA 3BUGA 5P2NA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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