1MRXA

Structure of hiv protease (mutant q7k l33i l63i v82f i84v ) complexed with kni-577
Total Genus 13

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPFNVIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
TIV1 (5-8)S1 (10-15)O1 (8-10)S2 (18-24)S5 (52-66)S7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)EMPTYS6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TVIII1 (80-83)TIV4 (65-68)3H1 (91-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title A structural and thermodynamic escape mechanism from a drug resistant mutation of the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mrxA00
5P0AA 4Y4TA 5CONA 5P3OA 5BS4A 3SO9A 2EWYA 5P3EA 4HZTA 3UDMA 1ZPAA 2QZWA 1BVGA 5P4BA 4M8YA 3SA7A 1HSHA 5P6AA 1MT9A 3O9LB 5P3NA 5HU0A 5P6BA 5P35A 3HD8A 2IQGA 1FQ7A 4DQFA 4EP3A 1HVSA 1ME6A 2V00A 4Y45A 3I6OA 6APRE 4HLAA 2ZJKA 5IVSA 4EHCA 4Y47A 4HEGA 5OYYA 3APRE 3PHVA 1BIMA 4DJRA 5P1KA 1QBTA 2OHMA 3VSWA 2ZE1A 4Y3PA 4I0JA 4YCKA 5P2QA 2R38A 5P7KA 5OYUA 2G26A 3TH9A 4K4RA 3OHHA 5P29A 5P8MA 1NPWA 4ZSQA 1LS5A 4YA8A 5P3ZA 2XFIA 4Y43A 5P0ZA 1HSIA 2ZGAA 4K8SA 2H6TA 3GGAA 1HVCA 5P45A 1SIPA 3APPA 3AUPA 1HWRA 1EPRE 2RSPA 4LP9A 3OTYA 4A6BA 1QDMA 1D4LA 3VFBA 2VA7A 2APRA 4Y4XA 5HE5A 5P7VA 1LYBA 1PSNA 3MSLA 4OBFA 4EWOA 4R91A 1HIVA 4NJVA 5OZNA 5P72A 2R9BA 1K6VA 3OGPA 5P66A 5J25A 3SQFA 5IVTA 1NSOA 5P48A 4AA9A 4YOAA 5P1TA 3GGXA 3S56A 5P5LA 4R8YA 5P5KA 3L5FA 3TNEA 5P7TA 4FRJA 4Y5GA 1BDQA 5P0UA 5P24A 4DJYA 2HS2A 4B00A 3UCBA 5COKA 5P3BA 3TKWA 1XN2A 2WJOA 4EJDA 5OZGA 1T7KA 3DOXA 4Y51A 5P2BA 3O9FA 5P7CA 5P2OA 2UXZA 2NTRA 5P5NA 1K2CA 3GI6A 4XX4A 1IZEA 3Q4BA 4Y3DA 5JFPA 3SAAA 1EEDP 1ZLFA 4HE9A 5P2HA 4EPJA 1GNMA 5P25A 1T7JA 3PRSA 2VA6A 5P12A 2ANLA 4OBKA 3MSKA 5OZHA 2ZYEA 3RSVA 4B05A 5E5KA 3KFSA 1HVKA 4OD9A 5P4WA 3WZ6A 2PYNA 4Y5LA 5P0EA 3S85A 2PH8A 3D3TA 3VFAA 2QU3A 3SACA 3RU1A 3Q3TA 3L3AA 7HVPA 3WB5A 3OK9A 4YBIA 3ZKMA 3DCKA 4RVIA 4Y3HA 1VIJA 3LIQA 1SGZA 4Y38A 1HHPA 1MUIA 4KB9A 2FNTA 1SDTA 5P2EA 1D4SA 9HVPA 5P3WA 2QHZA 3TOFA 2P3BA 2G1OA 1AJVA 5P3YA 5I3VA 2B8VA 3PSGA 5JFUA 4Y4AA 5KOSA 3T7QA 2IL2A 1TCWA 3ZKIA 1YTHA 1HTEA 4OC6B 5P54A 5AH8A 4XKXA 5OZ2A 5P73A 1QBUA 5OZ8A 3OU4A 5P8VA 5DQ1A 1AAQA 4B77A 5OZLA 5P3GA 3O9DA 5P7RA 1AIDA 4K4QA 2OHRA 3PGIA 3UQXA 5P6XA 3HLOA 4Y5NA 4TRYA 1QRPE 5OZCA 4Q5MA 4JP9A 3PLLA 4Y6MA 2QNPA 5P6LA 6UPJA 1C6ZA 4L7GA 3KFRA 3VG1A 1UH9A 1UPJA 3CMSA 5P8KA 4Y3XA 5P5AA 3KDCA 5OZSA 3LINA 5P5JA 4Y44A 4Y3GA 3IXOA 5P5CA 2Q54A 4Z22A 3HDKA 5KR2A 5P44A 1QBRA 2NXMA 1G6LA 1BWBA 1D4JA 2I4XA 3KN0A 3RTHA 4QJ6A 4R95A 3PI0A 4LXMA 2WKZA 4CPXA 1B5FA 3R0YA 5P2KA 2QI6A 2MIPA 3OUCA 4RLDA 4GJAA 5P0HA 3ZKXA 4D89A 2WECA 3VEUA 3OUAA 5P60A 1HXBA 3EKXA 5P02A 4EJ8A 4RGHA 4B1EA 2PMAA 4HDFA 2AIDA 5P37A 5C9BA 5P0LA 5SY3A 4R93A 4RROA 4BEKA 4WY6A 4HVPA 3UQUA 5P7XA 5P4XA 5I3XA 3OU1A 1G35A 5E5JA 2OHPA 2FGVA 4Y3TA 1W5YA 2P3AA 2FMBA 4QJAA 1HIIA 3OGQA 1OD1A 5P50A 1IVQA 1EC1A 1B6MA 3UQPA 3OXXA 1ER8E 3NXEA 5P1ZA 5COOA 4Y5AA 1M0BA 5KQFA 2V13A 1SDUA 5P2IA 3LPIA 4U8WA 3EC0A 5OZJA 3GGUA 4Q1WA 3LIZA 3BHEA 3OOTA 2V11C 3D1YA 4LL3A 2IRZA 4ZPEA 4H1EA 5P5HA 1MIQA 1PPLE 4TVHA 2VIZA 5P6RA 5IVRA 5P26A 3IVIA 3BXSA 4RYGA 5OZ3A 3TOGA 4Y3FA 3B80A 1MSNA 5P65A 4Y4WA 4Y4BA 3C9XA 5P8JA 1DAZC 3MXEA 4FM6A 4B1CA 4ER2E 5P3CA 3ZKQA 5DR1A 3FSMA 3R0WA 2HB4A 4Y3JA 1WBMA 5P6DA 1HIHA 3LIVA 5P62A 2WF0A 4DQBA 5OZQA 5P7AA 1PROA 2IKUA 2WEZA 3ER5E 5P5BA 1LEEA 5AH7A 5P0QA 4LBTA 3FNUA 5HTZA 2FLEA 3I8WA 5OZVA 3KFNA 3HVGA 5OZXA 5OYRA 5P5VA 3S2OA 3ZPSA 5P8RA 5P18A 3KF0A 4MC9A 2BB9A 4D8CA 2Z54A 3VV8A 4J1IA 1BBSA 3T3CA 3VLAA 3MXDA 1KJGA 1SH9A 5HDVA 4B70A 4ZPGA 1BV9A 1ZAPA 1A30A 3JVWA 3UHLA 4YD5A 1MESA 2I4DA 2R5PA 3UDPA 5P84A 1A94A 1KJFA 1OEXA 2FXEA 2O4KA 5HE4A 2QMGA 1FQ8A 1G2KA 5P4NA 1LYBB 1WBKA 4J1FA 1NPVA 5P1XA 3BC4A 2BPWA 3UFLA 4J0PA 3GW5A 1KJHA 4Y57A 3SA9A 1AZ5A 5P4CA 2Q11A 1LZQA 1K1UA 1FFFC 4GJBA 4YD6A 1HTRB 5P08A 5OZ9A 4ZLSA 1HSGA 3IXJA 3QBHA 4DQGA 5P6VA 4CMSA 5P8TA 1RNEA 3UDNA 1C6XA 3LZSA 2AOHA 5SXNA 5P67A 3HZCA 4CPTA 2CEJA 3SFCA 5P0BA 1HVHA 2O40A 5P8FA 5P8AA 2QNQA 2FIVA 3FNTA 1WKRA 3NDTA 3UDJA 5P2RA 5P06A 2F81A 5P1FA 3PJ6A 2R5QA 5P2VA 2JYSA 3BUHA 1JLDA 2F3EA 3KFPA 5HDUA 4HDPA 2AZCA 5KR8A 3OQ7A 4GB2A 2VS2A 3SA5A 1BDRA 1W6HA 5KR0A 5OZRA 3SPKA 2AOEA 3EBZA 4Y3AA 5P82A 1XE6A 1SMRA 3PEPA 3NYGA 3RVIA 3K5DA 4YDGA 2IDWA 3K5GA 1TQFA 2P3BB 5P2XA 1K6PA 1OHRA 1C6YA 2B8LA 4Q1NA 4GJCA 3NLSA 3WSJA 1K6CA 2QCIA 2HM1A 4OBHA 5P1CA 5P6CA 5P1UA 5P71A 1KZKA 3SA3A 3NU6A 2G94A 5P0TA 3U6AA 2WF1A 3SM2A 5OZ7A 3S7MA 3FX5A 4Y5BA 5HDXA 2VA5A 3OU4B 3RTNA 3JVYA 3LZYA 2FS4A 2HB2A 3KMYA 4DVFA 4GJ6A 2R3TA 5P5ZA 5ER2E 2P3DA 5P05A 1W5VA 5P4UA 2HPFA 4CP7A 1EBZA 5P3XA 1CPIA 1DIFA 5P89A 2ZHVA 3Q70A 1YT9A 3T7XA 2QAKA 3G72A 3TPRA 4QJ2A 3OUDA 1EAGA 1XS7D 4Y5MA 5P8SA 4KE1A 5P49A 1DP5A 1W50A 3SA4A 1F34A 5P8BA 2AZBA 3I7EA 4EP2A 4GJ9A 5P32A 2F8GA 2ZJHA 5OZYA 4EXGA 3K4VC 3HW1A 1B6LA 2AZ8A 2P3CA 3EXOA 4YCTA 1MERA 4ZE6A 3PWRA 3VF5A 3ZL7A 4Y3NA 4AUCA 3LIXA 1EC0A 1UH8A 4F73A 2F3FA 5P39A 3BVAA 1HEFE 5P2MA 5P4OA 3UDRA 3TKGA 3GI4A 3S7LA 2OHTA 1FG8C 3HVPA 2QHCA 5P4RA 3NWQA 3UTLA 3NU9A 4K4PA 5ISKA 3ZPUA 3I2LA 1GVVA 1B5FB 3D91A 5P7PA 4RCFA 5HCTA 3N3IA 5KR1A 5SZ9A 2B60A 2V12C 4KUPA 4Y48A 1FGCC 4RRNA 5P0NA 2OHKA 5P6OA 3QN8A 5T4SA 2AOFA 5OYQA 2IGYA 5P7EA 5P1SA 5P4TA 3PVKA 4AMTA 1APVE 4QJ8A 5P1BA 3BVBA 4L1AA 3OU1B 4DJQA 5IE1A 1GKTA 3QBFA 5P7HA 3GI5A 2VIEA 5P13A 3G70A 2UPJA 3I25A 5P61A 1T7IA 5P6SA 3HBOA 1TZSA 5P17A 4FRIA 4FLGA 5ENMA 5P34A 3K1WA 5P1PA 4J5JA 1ENTE 4Y3WA 3SM1A 1LYAA 4QJ9A 2PSGA 3EM4A 2NMZA 4NJTA 1HTGA 3NU4A 4Q1XA 4Y39A 2HPEA 3SKFA 2UY0A 1TSQA 5P4EA 3UF3A 4APEA 5P4JA 2I0DA 2QMDA 3KM4A 2G27A 5OZDA 5P3AA 4DH6A 2AVMA 2PWRA 3Q5HA 4Y56A 5HVPA 1FQ6A 2QK5A 4Y5CA 5P6NA 3LITA 1K2BA 2HAHA 4J17A 3UDKA 3ST5A 3VYDA 2PSVA 5P2GA 3QVIA 4RYCA 2O4PA 5P5WA 5P2ZA 4FSLA 5OYZA 5OYXA 1M43A 4GJ5A 1DMPA 3OU3A 2PK5A 1A8KA 3QIHA 4JPEA 5OYTA 1ODWA 2J9KA 3UPJA 4S1GA 5KQZA 2PSUA 5OZIA 1BWAA 1BILA 3AIDA 1BVEA 5P81A 4EJLA 5P31A 1HVLA 2VJ6A 1ZTZA 5P33A 1FF0C 4QLHA 2QMPA 1AVFA 2IENA 3DJKA 5P1QA 2ZHRA 1E5OE 3EKQA 1GVWA 2WF4A 5P7DA 1D4IA 1T6GA 4I0ZA 3VF3A 3LHGA 5P42A 1IBQA 2AVOA 4ER4E 4Y4EA 3OADA 1ZSRA 4ZSPA 3NUOA 4NJSA 5P7GA 2OHQA 4D88A 4QGIA 3LZUA 5P0XA 5P6FA 5OZTA 4H3FA 1QS8A 2J9JB 3TOHA 5P5OA 4FIVA 5DR4A 3H0BA 4Y53A 2FGUA 3PWMA 4Y41A 5P8EA 2O4LA 1FMUA 5KQXA 5OZAA 3U71A 3SKGA 3VUCA 1HXWA 3FNSA 2OHLA 2SAMA 4Z4XA 3NU3A 5P5TA 2F80A 3TTPA 5P8OA 4EXHA 3NR6A 2QNNA 1DW6C 4GZFA 5P63A 4AZYA 2QD6A 2F3KA 3G6ZA 1N49A 4I11A 5P2YA 5P6ZA 1FG6C 3IVHA 4I0IA 3ZKGA 2I4WA 4Y3SA 2QI4A 3PBZA 2WF3A 2I1AA 5P1NA 2WL0A 3GI0A 4NPUA 4Y58A 3BRAA 5P1HA 1IIQA 1D4KA 4YD7A 2G21A 5P2NA 3O9BA 5OZWA 1K1TA 4Y3RA 3OTSA 2QZKA 3O9EA 3IGBA 1W5XA 1Z1RA 2ZJIA 5OYVA 2PQZA 5P6YA 5P1EA 1CZIE 4Y35A 4Y5EA 1VIKA 5P79A 4Y3YA 3O9GA 4DPIA 2V10C 4Y4UA 1LF2A 5PEPA 4PYVA 3ZKNA 5P27A 3SA8A 1B11A 4B0QA 2HS1A 3FV3A 3WZ7A 3MSJA 1FEJC 5C9DA 3LPKA 5P4QA 5P4KA 1IZIA 5P3KA 2QZLA 5OZOA 1MEUA 5P2SA 4N00A 1NH0A 2NXDA 4I0FA 5P11A 4DI2A 3L5EA 4JPCA 5SY2A 8HVPA 5P7ZA 1XN3A 1AJXA 5P8GA 5JG1A 4I10A 5P0CA 4HA5A 4Y50A 4BFDA 3KT2A 3L5DA 1ODYA 2VKMA 2AZ9A 1FKNA 4NKKA 1A9MA 3EL4A 4Y54A 5HCOA 2AQUA 2I4VA 1W5WA 4LXAA 4ZSMA 2QP8A 2AVQA 4H3JA 1BDLA 1B6KA 5P16A 5P1AA 2NNKA 3OXVA 3CYWA 5P4IA 5P1DA 4LAPA 3PLDA 3VYEA 3OQKA 3URLA 4B78A 5P83A 2HIZA 2RMPA 3OUDB 5P76A 2QI7A 2CENA 3BXRA 3PBDA 3IA9A 3NUJA 5P4AA 4I12A 5P6HA 3L59A 4TRWA 3OWNA 1FQXA 1ZPKA 4MC2A 4OBJA 2BPYA 4Y36A 4DQHA 1SDVA 5P2JA 4YD4A 1E80E 3INFA 3PB5A 4I8WA 3DM6A 3EKTA 3KA2A 5P7WA 1Z8CA 2QI0A 4JECA 1RQ9A 5P70A 3VSXA 3NDWA 4Y4JA 3IN4A 4DFGA 4RVJA 2BQVA 1XL5A 4Y4GA 3KDDA 5P3QA 4D83A 4K9HA 5DQ2A 5DR0A 5P6QA 3O9AA 3PCWA 5P0JA 3NWXA 3ZOVA 3JW2A 5P57A 3ZMGA 5P20A 2JJJA 1BV7A 5P6WA 5P3UA 5B18A 5AHBA 4FRKA 4XX3A 1MTRA 2AODA 5P58A 1IDAA 1SP5A 1LYWA 3OUBA 2ER0E 1RL8A 4FGXA 3LNKA 2XFJA 3R2FA 3CYXA 4L1AB 3ZLQA 4Y3EA 5FIVA 5OZPA 3U7SA 4EQJA 4X7IA 4J0TA 2FXDA 4CKUA 1LF3A 4Q1YA 3EM6A 5P6MA 3S43A 3NU5A 3ECGA 1TW7A 5P75A 3L5BA 2OHNA 5P1MA 5P1IA 2PH6A 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3ER3E 1ZP8A 4Y5KA 2ZHSA 7UPJA 3UQWA 3QS1A 1FIVA 5P1WA 1HRNA 3OQAA 1MVPA 1HBVA 2ZJMA 5P4SA 1MT8A 5P4VA 5P6PA 3UDYA 4QJ7A 5P78A 3VLBA 2VJ7A 1SMEA 3OY4A 5P4ZA 3IAWA 3M9FA 4YBFA 1M4HA 5P2AA 5OZ1A 4M8XA 5P4LA 4CPRA 5P00A 4U7VA 3EKWA 4Y3ZA 3HAWA 2ZJNA 5P7FA 2R3WA 5P3MA 4HDBA 5I3WA 5P19A 1FMBA 4YDFA 5P7OA 3MWSA 5P6EA 3EL0A 5P6UA 4PZWA 5KAOA 5OZUA 1XDHA 1BXQA 4FM7A 4L6BA 1ZSFA 5P3JA 2HB3A 1TSUA 4J0YA 5P64A 2QI3A 2B7ZA 5P0SA 3KT5A 3DV5A 4Y3LA 2JE4A 1EBKC 3CICA 5P04A 4FM8A 3OXWA 1YX9A 5P87A 2P83A 3H5BA 5OZ5A 3INHA 2HC0A 5P4HA 1E81E 4RRSA 1EPPE 3L5CA 3DK1A 2WF2A 4B72A 2XYFA 4OBZA 1KJ4A 2PWCA 2AOGA 4TVGA 1W6IA 6FIVA 5F01A 5P4GA 4FS4A 1D4YA 5DGUA 3LPJA 4FRSA 4FSEA 4DJUA 5P3DA 5P7IA 5DGWA 5P7QA 3VV7A 3PI5A 4GYEA 3R1GB 3CIBA 3PWWA 5DQ5A 5OZ4A 2QU2A 1EPQE 4ZIPA 5AH9A 3URJA 4D85A 2FDPA 2ZJLA 5APRE 5F00A 3Q6YA 5OYSA 3O9LA 3TPLA 3ZKSA 2G20A 2XYEA 4DUSA 4NPTA 5P1YA 3UDHA 4J55A 3EKYA 5P1JA 2R8NA 5EZZA 5EZXA 5P5EA 1BAIA 2V16C 1XE5A 2QMFA 4Y9WA 5KOQA 5P74A 4DJVA 3PSYA 1YTIA 3S45A 1SGUA 3T11A 4WY1A 4FCOA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0A A;  4Y4T A;  5CON A;  5P3O A;  5BS4 A;  3SO9 A;  2EWY A;  5P3E A;  4HZT A;  3UDM A;  1ZPA A;  2QZW A;  1BVG A;  5P4B A;  4M8Y A;  3SA7 A;  1HSH A;  5P6A A;  1MT9 A;  3O9L B;  5P3N A;  5HU0 A;  5P6B A;  5P35 A;  3HD8 A;  2IQG A;  1FQ7 A;  4DQF A;  4EP3 A;  1HVS A;  1ME6 A;  2V00 A;  4Y45 A;  3I6O A;  6APR E;  4HLA A;  2ZJK A;  5IVS A;  4EHC A;  4Y47 A;  4HEG A;  5OYY A;  3APR E;  3PHV A;  1BIM A;  4DJR A;  5P1K A;  1QBT A;  2OHM A;  3VSW A;  2ZE1 A;  4Y3P A;  4I0J A;  4YCK A;  5P2Q A;  2R38 A;  5P7K A;  5OYU A;  2G26 A;  3TH9 A;  4K4R A;  3OHH A;  5P29 A;  5P8M A;  1NPW A;  4ZSQ A;  1LS5 A;  4YA8 A;  5P3Z A;  2XFI A;  4Y43 A;  5P0Z A;  1HSI A;  2ZGA A;  4K8S A;  2H6T A;  3GGA A;  1HVC A;  5P45 A;  1SIP A;  3APP A;  3AUP A;  1HWR A;  1EPR E;  2RSP A;  4LP9 A;  3OTY A;  4A6B A;  1QDM A;  1D4L A;  3VFB A;  2VA7 A;  2APR A;  4Y4X A;  5HE5 A;  5P7V A;  1LYB A;  1PSN A;  3MSL A;  4OBF A;  4EWO A;  4R91 A;  1HIV A;  4NJV A;  5OZN A;  5P72 A;  2R9B A;  1K6V A;  3OGP A;  5P66 A;  5J25 A;  3SQF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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