1MSMA

The hiv protease (mutant q7k l33i l63i) complexed with kni-764 (an inhibitor)
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A structural and thermodynamic escape mechanism from a drug resistant mutation of the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1msmA00
1ZSFA 4A6CA 3KMXA 5P6DA 1W6IA 3R0YA 5P0MA 4DJOA 2NNKA 1HTEA 5P5QA 2VJ7A 2IRZA 2OHKA 5P3JA 5HCOA 4Y3XA 5P7XA 5P7ZA 5P0WA 4RVXA 4YCYA 2ER6E 5P2UA 3APRE 3UQRA 4J0VA 5P8EA 5P0VA 5DQ4A 2AOGA 3INFA 3TKGA 3S7MA 5P2ZA 3ER5E 2BPVA 2FGVA 5P3HA 5P05A 2QD6A 2CEJA 1MT8A 1ZPAA 3VFAA 4JPEA 3GW5A 5P8LA 1NPVA 2WHHA 5TOLA 5P4RA 2G24A 1SDTA 5P1MA 1SDUA 3L3AA 4DJQA 1SIPA 4Y5KA 5KQXA 3SM1A 2BKSA 4ZPFA 3D1XA 4Y3JA 3DV1A 3QROA 3PWRA 4Y47A 3LIYA 4Y3YA 4D85A 4J0PA 3QIHA 3EKQA 3IVIA 5P5UA 5OYTA 2QZWA 1TSQA 5P2XA 4HZTA 3BHEA 1CMSA 3OQFA 1KJ4A 5OZSA 5P80A 1FKNA 4Y4DA 1MRWA 4LP9A 2WECA 1AJXA 3ZKQA 3EKXA 2R3TA 3EL0A 4R92A 1KJ7A 1G35A 2H6TA 4DVFA 5P0RA 1FFFC 1FMBA 4UPJA 5COPA 5P1KA 4J1KA 3HVGA 3QN8A 5AHAA 3QRSA 3GGVA 5P26A 5P4HA 4CPSA 3EKWA 3H5BA 5HU1A 3URIA 2HIZA 5P16A 5P77A 5P78A 1BVEA 5OZFA 5P8SA 2HS2A 5P2MA 5KOSA 2P3BB 3OGQA 3I2LA 5P8IA 1GNNA 3ZPSA 3EM4A 2AOHA 2XFIA 5P5AA 2QNQA 3GGUA 5IVTA 4Y53A 4CP7A 5P18A 4DJYA 4M8YA 5P7MA 4R5NA 3TNEA 5P1WA 3TTPA 5P8OA 4GJDA 4Y6MA 1EPME 2FNSA 3PLDA 4KE0A 4ZPEA 4ACXA 4U8WA 3QVCA 1HWRA 1YTGA 4Y41A 1AZ5A 1SP5A 4I1CA 2H6SA 5P4DA 4Y50A 3UCBA 5P07A 5SXNA 2AVVA 3GGXA 4LXKA 4GMIA 1C6ZA 4YD3A 3INDA 2FXEA 4HEGA 5P2SA 5OZIA 2I4QA 1UH7A 1SMRA 5P4OA 5P8NA 5P11A 1UPJA 3KFPA 5P0UA 1KJFA 4GJAA 2P4JA 4ZSQA 5P4AA 2NMZA 1OEWA 4AMTA 2PH8A 2PSGA 5P0NA 4K8SA 5P5FA 3SA9A 2UPJA 1OD1A 4Y38A 5P6LA 3VV8A 4I11A 4I0IA 1IZIA 5P6VA 3UQWA 5P61A 3U71A 3IA9A 5KQYA 4ZSPA 3OQKA 3OQDA 5P7TA 5P1VA 3LPIA 5OYZA 2AOFA 5HDVA 4Y4BA 5P1UA 3HLOA 5P09A 4YBFA 2ASIA 5P5OA 3OADB 1NPWA 3URJA 1APTE 1MT7A 5ISKA 3TPJA 1B11A 1APWE 1ZAPA 4Y5PA 4LAPA 4N00A 1T7KA 4RCEA 1FMUA 3UQPA 5P1SA 2AZBA 5P03A 3QRMA 4FL8A 4E43A 5OZ8A 1VIKA 1LV1A 2OHMA 3VV7A 5JFUA 1ODXA 4JOOA 5P4PA 5P5TA 2B8VA 4GJ8A 2VIYA 4Z50A 3D20A 1HPOA 1W5YA 5P7VA 4DJVA 2XFKA 5P4NA 2V0ZC 3KMYA 3EKPA 5P6PA 1K2CA 5P6WA 3VYDA 5P1NA 5HDXA 3PLLA 4GJCA 4I0HA 3NXNA 4OC6A 2B8LA 4DJUA 4I12A 5P7QA 1ER8E 5P58A 3IXOA 2UXZA 1ME6A 2IKOA 2EWYA 5P7IA 5P8PA 1LZQA 5OZYA 2NPHA 5KQZA 1E5OE 4I0JA 2QAKA 5P2DA 4GJBA 5OZPA 4KUPA 4R95A 5OZZA 4IVSA 5P8DA 1VIJA 3GI5A 5P6IA 3DJKA 2AODA 2AOIA 2HS1A 3GI0A 5P5VA 4EJLA 5P57A 5P85A 1DAZC 2HM1A 4J0ZA 5DGUA 5P0OA 5OZAA 3VSWA 3LIXA 3GGAA 5P0EA 3BUFA 4OBDA 3OXWA 2B60A 4PYVA 5P1YA 2RKFA 1HVCA 2APRA 3LNKA 5P3PA 2Q5KA 2OHRA 3T3CA 3JVYA 5OYSA 1B6MA 5IS4A 4DPFA 1AAQA 4OBFA 3SO9A 1EC3A 5OZVA 1BAIA 1TCXA 1RPIA 3BGBA 3FIVA 1K1TA 1GVVA 1IDBA 3O9BA 3VF3A 3ZKGA 4CMSA 4ZPGA 5CONA 1IDAA 5P8TA 3L5FA 5P7AA 4OD9A 4MC2A 1HVKA 4Q1NA 4Y51A 2BJUA 4YCKA 1BV7A 4Z22A 5P6HA 2QZLA 3L38A 3CYWA 1CPIA 3SA3A 5P38A 4LXMA 5DGWA 2AOEA 5P4WA 1GNOA 5DR3A 5OZMA 3TKWA 4Y9WA 3WSJA 4YCTA 2JXRA 2QI6A 2FDEA 2ZHVA 7UPJA 5P0IA 5P6MA 2G21A 4L6BA 3S54A 5P3FA 3OHHA 5HE4A 3VG1A 4EP3A 5EZZA 2VKMA 3BUGA 5P4UA 1HSGA 1FG8C 5P5EA 2PC0A 2QMGA 3IN3A 5P1IA 5E5JA 4I0ZA 5P4EA 2ZJJA 5P20A 1PSNA 4HDFA 4I10A 5P3EA 1AM5A 5P2YA 5P42A 2Q63A 2FDDA 3OY4A 5OZ5A 5P8GA 4YE3A 1MRXA 3NU6A 3WZ6A 2AVSA 4ZIPA 5P7KA 5HE5A 3T7PA 3LPKA 1QS8A 3O99A 3NLSA 3OGPA 4EQJA 3OOTA 3UDJA 2J9JA 4OBHA 5P83A 3Q3TA 2P3DA 4H3FA 1G2KA 3SA5A 1BV9A 3UQXA 2QP8A 5C9FA 4L7GA 3IGBA 4H1EA 5HD0A 4FSLA 3BVBA 4EPJA 2ZJNA 5P0GA 3EXOA 4DQEA 3CKTA 5P53A 4Y3DA 4FCOA 4Y5MA 2MIPA 4Y4WA 1MUIA 2PQZA 4Q1YA 2OHNA 4BFBA 3O9DA 3EKYA 5I3VA 3OU3A 3TOHA 4EJ8A 1EBKC 1HOSA 5OYQA 1C6XA 5AH8A 4JPCA 3R1GB 5B18A 3FV3A 3NDXA 5P30A 3OQ7A 5P40A 4F75A 2IENA 3LIVA 3PVKA 3AIDA 2BKTA 2JYSA 4Y5GA 5OYXA 2OHQA 2WEAA 3OUAA 3F9QA 5P6TA 4R91A 3G70A 2G20A 5HE7A 3UDHA 1FG6C 5OZ1A 3SABA 4Z4XA 3JVWA 3UDYA 4OBJA 5P10A 5OYWA 5OZCA 4LL3A 1B5FA 5P1AA 5DQ2A 2Q15A 3NSHA 3FNUA 5P19A 5P3QA 3UDPA 2F3FA 3OU1B 5P72A 2RMPA 3FKTA 1K2BA 4IVTA 5P25A 5P1EA 5P4FA 5P4SA 5P79A 4APEA 3S45A 5OZ2A 2F8GA 5P69A 3T7QA 2HC0A 5J25A 2AZCA 2G69A 2AIDA 1MESA 2IS0A 3BC4A 1IZEA 4FAFA 1BWAA 1HEGE 2PWCA 1FQ6A 3Q5HA 5P87A 2NXLA 3C9XA 2QZXA 5P8KA 5P4GA 4EHCA 5AGZA 3FNSA 3NDWA 5P4ZA 3L5BA 1LYWA 2WEBA 2ZGAA 4DJWA 2WF2A 2ZJKA 3ER3E 3LITA 5ENKA 1YM2A 1EPPE 2WF1A 2I4VA 2AOCA 2QNNA 3U6AA 5DR4A 3OUBA 5P3VA 1SGUA 5P22A 4U7VA 1M43A 1QDMA 3TH9A 5HU0A 4CPQA 4EJDA 2A4FA 4DUSA 2AZ8A 5P0BA 5P6KA 2JJIA 2VNNA 3URLA 1EPRE 2NNPA 3AUPA 3UF3A 2VIJA 2IEOA 1EBWA 2I0AA 4EJKA 1FFIC 4HLAA 1B6JA 2I4WA 1D4KA 5DPZA 3CKRA 5P0XA 1BDLA 3QBFA 5P0QA 4QLHA 1IZHA 3FSMA 4AUCA 4NKKA 1WBMA 4FRKA 5KAOA 4TRWA 2ZJIA 3T6IA 3OXCA 4Y45A 4Y3QA 5P2NA 3IXKA 3INEA 1BDRA 2QD8A 3CIDA 5JFPA 4OBKA 1MSNA 4L1AB 1XL5A 3T7XA 5IVRA 4F74A 5P71A 3BXRA 5P4VA 3L5DA 3HZCA 5P4QA 3TOGA 3VUCA 5P7EA 2ANLA 4XX3A 2B7FA 4TRZA 4NJSA 2IGXA 4Y5AA 2IL2A 5P39A 3I8WA 2QI4A 3I7EA 1F7AA 4XX4A 1K6CA 1W51A 3HW1A 4Y37A 4Y3TA 4EYRA 2ZYEA 2V16C 3S85A 5AHCA 4YBIA 5OZBA 4J1FA 3KT2A 5F00A 3H0BA 3UDMA 4TRYA 2ZDZA 5P60A 5P1OA 5P7LA 5P2OA 4JP9A 4CKUA 1NH0A 4RVIA 1B6KA 4RRSA 2QMPA 5P15A 5OZJA 5P1TA 5P0TA 2BQVA 1HSHA 5P48A 3VYEA 3KDDA 2ZJMA 1YTIA 1FQ4A 4GJ5A 1MERA 4PEPA 5P2LA 4HE9A 4Y5LA 3OTSA 5OZUA 3O9LB 3B80A 3SA7A 4QJ7A 1RL8A 1G6LA 2F80A 3LPJA 4Y57A 2G1SA 3NR6A 3UDRA 5P3ZA 3QBHA 5P49A 2OHUA 5SY3A 1QRPE 5P2GA 3T11A 2B42A 4J1EA 5P8HA 4DI2A 4YDGA 1AJVA 2RSPA 5P45A 4TVGA 5P1JA 2ZHUA 4Y4AA 4Y3HA 4F76A 1FLHA 1AIDA 4DH6A 4Y5EA 2O4SA 3ZPUA 3EBZA 3TOFA 3DM6A 1T7IA 3ZL7A 2BPYA 7HVPA 5P62A 5P5CA 3O9IA 3PI5A 3OAGA 5P2QA 5SY2A 1G0VA 5P4CA 5P4JA 4B70A 3SACA 5P8CA 1MIQA 2F3EA 1NPAA 2Q54A 1PROA 1XL2A 5P3UA 5OZKA 2ZJHA 2VIEA 5I3WA 1D4IA 4Y3MA 4DQFA 1PPKE 4DFGA 5P6OA 5P1DA 4DJRA 4I0DA 3K1WA 3LZYA 5P4BA 3EC0A 3LHGA 4CPWA 3U7SA 4Y4XA 5P8QA 2OHPA 9HVPA 5P6YA 2IGYA 2SAMA 3PI0A 4RVJA 5P6UA 3ZPTA 4K4PA 4FM6A 4A6BA 5P8UA 4J55A 1D4YA 3RU1A 1HSIA 5COKA 5P7GA 5P0KA 5AH6A 5P1BA 3PMUA 5P3SA 5DQ1A 1HTFA 5HVPA 4MC1A 2HB3A 4HA5A 1RV7A 5IE1A 5P7NA 2Q55A 3PM4A 5P0DA 5P1RA 4RGHA 3WB4A 1LYBA 2QHZA 3NU4A 5P1CA 5P8BA 1AXAA 4OBZB 5P7DA 1HRNA 4KB9A 5BS4A 5P7RA 4Y58A 3EKVA 3MSKA 4Y4GA 3MWSA 4J0YA 5P4MA 4YOAA 2WL0A 3S43B 1HEFE 2NXMA 5HDZA 3HVPA 1UH9A 4U7QA 4RRNA 3KFNA 1HXBA 2FNTA 2QI5A 5P6AA 3KN0A 3R0WA 4GZFA 5P75A 3K4VA 1SBGA 3JW2A 4Y56A 1T6EX 4FE6A 1DMPA 4QJ8A 5OZDA 3ZMGA 4AA8A 2Q11A 5P0ZA 4EP2A 1HIIA 3HD8A 5P43A 3WZ7A 1EAGA 1HVRA 3OUDB 2QNPA 2QI1A 3CMSA 5P13A 5P1ZA 2G22A 2QU2A 5P1QA 3LZSA 5P7UA 2HPEA 4RCDA 4Y43A 4BFDA 2WF0A 3EL4A 4Y3EA 5P0PA 2FMBA 2OHLA 1Z1RA 2QZKA 2AVQA 2WJOA 3PBDA 3QAAA 3FNTA 1W5WA 4J17A 5P8MA 5FIVA 2QK5A 1SDVA 5P89A 3RSVA 5P8VA 2WF3A 1APVE 4FIVA 5P68A 5P6NA 3PGIA 3CIBA 5P1PA 1Z8CA 1A8KA 3IAWA 3PJ6A 3PSYA 5P3MA 5DR7A 4RYCA 4ZE6A 3NDTA 3UQUA 1RQ9A 3HBOA 2Q64A 3OU1A 5P2AA 1W6HA 2XYEA 3TPPA 2HPFA 2RENA 2R38A 1NSOA 4I8ZA 4GB2A 4K4RA 4HDPA 1ODYA 3ZKXA 4Y44A 2ZHRA 1DPJA 4S1GA 2QI3A 3SLZA 5KOQA 3GI4A 5IVQA 4CPRA 1BDQA 1PSAA 4QJAA 5P2FA 1B6LA 2QHYA 3OK9A 1FIVA 4Y3AA 1EC2A 1HTGA 1ZLFA 5E5KA 3KFRA 4ER4E 1T3RA 4B1EA 1DW6C 5KR0A 2Z54A 5P1HA 4H3IA 4L7HA 5P52A 2BPWA 1M4HA 2O4LA 3KT5A 4YD7A 3NWXA 5I70A 4WY6A 4COEA 5P3BA 2P8HA 3EL5A 5BRYA 5P4TA 2CEMA 4B0QA 2JE4A 5OZTA 5DQCA 2QCIA 1EC0A 3N4LA 1TCWA 3LZUA 1PFZA 4RYGA 2I4UA 2V13A 3SA4A 1HPVA 1META 3L58A 1ODWA 1M0BA 1MSMA 3L59A 5P50A 4I0EA 3UPJA 3NXEA 2V10C 1KZKA 5P23A 5KR2A 4J54A 4Y54A 6UPJA 3TPRA 4Y4EA 3K5FA 4GJ6A 4PZXA 3INHA 2PK6A 1A94A 4OC6B 1K1UA 5DQ5A 4ER1E 5P6XA 3RTNA 5P5NA 2VA7A 5P88A 4QJ9A 1KJHA 5P08A 3BGCA 5P3WA 1YTJA 1EEDP 5P29A 3OHFA 3O9CA 1XN3A 2WEDA 4L1AA 2ER9E 4QGIA 5P0HA 2BPXA 2VJ9A 2V12C 2P3BA 5P4IA 5P65A 5P7PA 1EBYA 4J1CA 2AOJA 5P3LA 5JODA 4Y36A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZSF A;  4A6C A;  3KMX A;  5P6D A;  1W6I A;  3R0Y A;  5P0M A;  4DJO A;  2NNK A;  1HTE A;  5P5Q A;  2VJ7 A;  2IRZ A;  2OHK A;  5P3J A;  5HCO A;  4Y3X A;  5P7X A;  5P7Z A;  5P0W A;  4RVX A;  4YCY A;  2ER6 E;  5P2U A;  3APR E;  3UQR A;  4J0V A;  5P8E A;  5P0V A;  5DQ4 A;  2AOG A;  3INF A;  3TKG A;  3S7M A;  5P2Z A;  3ER5 E;  2BPV A;  2FGV A;  5P3H A;  5P05 A;  2QD6 A;  2CEJ A;  1MT8 A;  1ZPA A;  3VFA A;  4JPE A;  3GW5 A;  5P8L A;  1NPV A;  2WHH A;  5TOL A;  5P4R A;  2G24 A;  1SDT A;  5P1M A;  1SDU A;  3L3A A;  4DJQ A;  1SIP A;  4Y5K A;  5KQX A;  3SM1 A;  2BKS A;  4ZPF A;  3D1X A;  4Y3J A;  3DV1 A;  3QRO A;  3PWR A;  4Y47 A;  3LIY A;  4Y3Y A;  4D85 A;  4J0P A;  3QIH A;  3EKQ A;  3IVI A;  5P5U A;  5OYT A;  2QZW A;  1TSQ A;  5P2X A;  4HZT A;  3BHE A;  1CMS A;  3OQF A;  1KJ4 A;  5OZS A;  5P80 A;  1FKN A;  4Y4D A;  1MRW A;  4LP9 A;  2WEC A;  1AJX A;  3ZKQ A;  3EKX A;  2R3T A;  3EL0 A;  4R92 A;  1KJ7 A;  1G35 A;  2H6T A;  4DVF A;  5P0R A;  1FFF C;  1FMB A;  4UPJ A;  5COP A;  5P1K A;  4J1K A;  3HVG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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