1MSMA

The hiv protease (mutant q7k l33i l63i) complexed with kni-764 (an inhibitor)
Total Genus 15

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
S1 (10-15)TIV1 (5-8)O1 (8-10)S2 (18-24)S5 (52-66)EMPTYS7 (84-85)TI1 (25-28)AH1 (87-90)S6 (69-77)S3 (32-33)O2 (78-80)TVIII1 (80-83)TIV4 (65-68)3H1 (91-93)S4 (42-49)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
publication title A structural and thermodynamic escape mechanism from a drug resistant mutation of the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1msmA00
4GJAA 4EWOA 4Y9WA 2V13A 2Q3KA 3PI5A 5P2CA 4IVSA 4OC6B 5P0IA 5P5FA 5P4IA 1E82E 4MC9A 2AOEA 1QBTA 2RSPA 5P4ZA 5P7OA 2HM1A 1D4HA 5P32A 3O9BA 2JE4A 3WZ7A 7HVPA 1SDTA 4K9HA 4QJ6A 4Y3LA 3R2FA 3BVBA 2WHHA 3IN4A 1APWE 4AA9A 2VIYA 2AOFA 2HAHA 4OBJA 3OU1B 3MWSA 5OZAA 5P3SA 5P5VA 2G26A 4HDPA 1K6VA 1HPXA 3SQFA 1BWAA 2Q63A 3KN0A 3HLOA 1ZPAA 2Q5KA 3QI1A 2UY0A 3NU4A 1EBYA 1C70A 2PK6A 5P6XA 4Z4XA 3DUYA 1IZDA 2BPVA 1HPVA 5P19A 1ZPKA 4Y41A 3OAGB 4CP7A 4ZSMA 4QJ2A 5P8BA 1IVPA 2QI4A 3CICA 2I0AA 4YD5A 5BRYA 5OZYA 5OZQA 3VFAA 4QJ8A 4Y4AA 2VNNA 3LHGA 4QJ9A 4A4QA 2QNQA 1UH8A 5P3BA 3KMYA 1MT8A 3OHFA 2SAMA 2G1YA 5P0EA 3G72A 4F73A 3ZMGA 5P2LA 1HPOA 3S54A 4CPWA 5E5JA 2V00A 2IKUA 5P4SA 3KF0A 3EM6A 2R9BA 3OWNA 4J1CA 3SAAA 3CMSA 3KDCA 4Y47A 3T11A 5P2OA 1AJXA 3ZOVA 2ER7E 1GNOA 3NUJA 2OHMA 3LIQA 5P00A 4HA5A 5P5XA 3K4VA 3M9FA 4B1EA 3UDNA 5P7BA 4DJVA 1ZTZA 3BXSA 1A8GA 4EP3A 2I4XA 4YD7A 3SO9A 5P4KA 5P3PA 2JJJA 3IA9A 5OYYA 4EJKA 5P8TA 4LXKA 3URIA 1ZSFA 4I0IA 4LXAA 1ER8E 3RTNA 4FS4A 4RVJA 2OHRA 2BKSA 4J5JA 3PSUA 2B60A 3GGXA 3L5BA 3SACA 4S1GA 4ER1E 1B6KA 3EKWA 4PZXA 5KOSA 1YTGA 5P8HA 2WECA 2V11C 4RRNA 3PCWA 5KQYA 1D4IA 2G24A 2R8NA 2CEMA 1BBSA 2ZHUA 5P3GA 3DV1A 2BPZA 5P2FA 5P0JA 3TTPA 3GGAA 5DR8A 1W5WA 1FG8C 4TRWA 5P2WA 3EKVA 2BPXA 5OZVA 3R0WA 5P4EA 2G94A 5P71A 4AZYA 5P7VA 1HIIA 4B72A 1UH9A 3S2OA 2AODA 1B5FB 5DGWA 5P4RA 5P1TA 5HCOA 4RROA 4FE6A 5P0RA 2HC0A 5C9BA 2Q54A 4Y3HA 3EL9A 5HE4A 4U7VA 4Y3WA 1SBGA 4HZTA 1LV1A 4I8WA 1VIKA 1VIJA 5P6KA 4WY6A 5P7SA 2FGUA 1C6YA 4B05A 4Y3JA 2I4VA 4YD6A 2VA7A 2QI3A 4D89A 5P3HA 3UPJA 3CKPA 3PRSA 5HE5A 1K1UA 5P5NA 2ZJIA 5P5UA 3SKGA 2RMPA 5OYSA 5P0WA 1MERA 1A8KA 3UQXA 5P5YA 1D4KA 1YTHA 2MIPA 5P4XA 4B77A 3L3AA 5P1YA 3VSWA 5P7DA 1CMSA 2Q15A 4EYRA 5P0HA 1XL5A 5P3EA 5P1DA 2I4UA 3CIDA 3MSJA 2F3FA 2ER0E 3EXOA 1QBUA 3LIYA 5P48A 5P8LA 1FGCC 1TZSA 3OUBA 2PYMA 3O9IA 5P2UA 5P8VA 3PCZA 2WF4A 2WEAA 3IXJA 2G1RA 3RTHA 5P4WA 2NPHA 2NXLA 5HTZA 2JYSA 1BVGA 5P5WA 2QI7A 5P78A 2I1AA 2AOHA 8HVPA 5P8PA 1FFIC 3VYDA 5P1UA 3KFPA 2NTRA 3QS1A 3SFCA 5KOQA 1GVUA 2QMPA 3NXNA 5P8OA 2A1EA 2G1NA 3BC4A 5P41A 2HPEA 3T7XA 5P2EA 4IVTA 5KQFA 5P24A 3H0BA 3S8IA 4EQJA 1K1TA 2ASIA 6APRE 3CYWA 5P73A 3TPRA 1PPKE 4NJUA 5P7HA 5OZCA 3UDPA 4YOAA 5P28A 3QROA 5P5GA 5P5IA 5P8AA 4Y4WA 3LITA 4DPIA 5P4PA 3IVIA 2QMGA 5P7XA 1FQXA 4RCDA 4DI2A 3UFNA 4Y3PA 2O4KA 1B6LA 5OYXA 4L1AB 4Q1XA 5FIVA 1AZ5A 1BIMA 5P62A 5P7IA 4YD4A 4Q1NA 3OXCA 1META 3NWXA 5P6LA 1HRNA 5P8NA 2P3CA 1FQ4A 5P1XA 1ENTE 3DCRA 5P46A 4GJBA 5P0FA 5DQ1A 2BKTA 1T7KA 1T7JA 4R93A 3K5CA 1OEXA 4CPQA 2VJ7A 5P3VA 3VV6A 4KE0A 1LZQA 1T6EX 4OBKA 1IZHA 5P1EA 1LYWB 5P83A 4RYCA 4DQFA 5P14A 5P5OA 4WTUA 3RSVA 4ZLSA 4Y58A 1E81E 1M43A 5OZLA 3HZCA 5P6EA 2P83A 4J1EA 5P30A 3TH9A 3L5FA 3OOZA 3O9EA 1DPJA 2PH6A 3KM4A 1A30A 4Y4BA 1M4HA 5IE1A 4K8SA 1LYBA 1WBMA 2P3BA 3Q6YA 3G70A 5P1GA 3LZYA 1LEEA 4PPHA 5P4AA 4YCKA 4Y3EA 1APTE 1FEJC 4BELA 2FMBA 2AVMA 3WZ6A 4GB2A 4TRZA 4I0DA 5ER2E 4I0ZA 1FQ6A 3EM3A 5P0CA 4B78A 2ER9E 5P3AA 5AGZA 3T7PA 5OYRA 3NLSA 4Y5BA 5OZ4A 5P6ZA 5P7QA 4CPXA 2G1OA 3K5DA 1BXOA 3PWRA 5P60A 4FM6A 3FX5A 1SGZA 1GKTA 1KJ4A 4Y3ZA 4I0FA 4I0GA 2P4JA 3GI4A 4WY1A 5P13A 4YD3A 4CPSA 3I25A 4LXMA 5P3OA 4LC7A 4F74A 2IS0A 2F81A 4QJ7A 4ZEAA 1K6TA 2V10C 3TNEA 1DW6C 2PWRA 3APPA 5P5LA 3WSJA 3PBDA 4FRSA 4L7JA 5P4JA 1DMPA 1GVTA 4B0QA 2WEDA 3ZKIA 2F3KA 4J17A 5P5SA 2RKFA 4Z2ZA 3OXVA 3O9LB 3PVKA 3TOGA 5DR1A 4LHHA 3QP0A 2R3TA 2IGXA 5P5AA 1B6JA 3GI5A 5P2TA 4YBFA 4LAPA 2G1SA 1EPQE 3PGIA 4Y4TA 3ZPTA 1APVE 4NJSA 1TSQA 5P8CA 4H3GA 3L5CA 3D3TA 4FL8A 3TKGA 2QNPA 5P8IA 3TOFA 1HBVA 3PEPA 4H3FA 5P37A 5P85A 4YDGA 4EPJA 1MUIA 4Y51A 5IVSA 4F75A 1HVCA 5P6WA 2QZXA 1HVSA 3PWWA 2QHYA 5OZUA 3NDTA 2FDEA 3DK1A 5P5RA 3S43B 1JLDA 3VEUA 3ZLQA 5P7UA 5P12A 5OZMA 4DJUA 3MXDA 2AZCA 4TVGA 1KJHA 4HE9A 2QP8A 5P2GA 2QMFA 2QZWA 4XX3A 3LIZA 3OADB 5IVQA 4LL3A 3LPJA 3AUPA 3QVCA 3DV5A 5DQCA 3OAGA 1Z1RA 1IBQA 2O4LA 3G6ZA 5P81A 2IENA 3EKPA 4YOBA 3SA9A 5P1WA 4KE1A 1OEWA 4NJVA 5HDXA 1FG6C 5OZ3A 5OZKA 2OHPA 1HTFA 1PFZA 4Y5PA 4Y5CA 1ZSRA 1EEDP 3S56A 5SY2A 5P45A 4Y56A 5OZRA 4J55A 3H5BA 1EPPE 5P57A 3SA8A 3SA6A 3UQWA 1LF4A 2RENA 4ZSQA 2AZ9A 3IN3A 2PK5A 5P3TA 3S7MA 1IZEA 3AIDA 1NSOA 4YBIA 1HTGA 3NU6A 5P3ZA 4GMIA 5P40A 5OZDA 4Y3AA 4Y4ZA 4I0JA 2ZJHA 3KFSA 1OD1A 5P76A 1XN2A 5P3QA 3RU1A 2O40A 3LZSA 1IDAA 4MC6A 5P77A 5P2ZA 5AHBA 2JJIA 3URJA 3WZ8A 1FMBA 3OQDA 5P17A 3SA5A 1YM2A 3OHHA 5P1NA 3K5GA 5P64A 3BGBA 1K6PA 4FRKA 4U7QA 2P8HA 2WEZA 3EKXA 4OD9A 3UDRA 4N00A 4XXSA 2OHNA 2Z54A 1G2KA 3LPKA 5HVPA 5SY3A 5P4MA 5P0GA 3KDDA 5P7AA 1XDHA 5P44A 1FMUA 4Y5AA 5DQ2A 1EC3A 3L5EA 5P0KA 5OYUA 3D1YA 3A2OA 4DJPA 5P0BA 3QRSA 3LZUA 5P01A 3SA3A 3FNTA 4Y57A 5P7NA 3FNUA 5UPJA 4E43A 1ZAPA 4L7HA 5P11A 3QVIA 5IVTA 1FQ5A 2WKZA 3UCBA 1DP5A 1LF3A 4Y3DA 5P0OA 3ZKNA 3ER5E 5OYTA 4Y50A 3HD8A 3LZVA 4Y4EA 1SH9A 3VF3A 1GVXA 2NXMA 1B5FA 5JG1A 5OZNA 3EKTA 3OQAA 4EXGA 4YCYA 4ZPGA 4FAFA 1XE5A 3K4VC 4Y3QA 2V16C 4OD9B 2AOIA 2WJOA 2WF3A 2ZYEA 3SPKA 4CPUA 4Q1YA 4COEA 5HU1A 3ER3E 5IVRA 5P4TA 1N49A 1F34A 4QGIA 4YDFA 2H6TA 4Q1WA 3ZKQA 3EMYA 3HAWA 5P6BA 1B6MA 4J1HA 3LNKA 1SDVA 5P29A 3PBZA 5P0YA 3OU4B 1D4JA 1PSAA 4Y5LA 3TPPA 5P1BA 4GJDA 2PWCA 4Y45A 4Y38A 4EJDA 3K1WA 5P6TA 4LBTA 3URLA 5COKA 2AQUA 1B6PA 1FQ8A 3QIHA 5P7RA 5DR3A 5P56A 2OHUA 1YTIA 2IDWA 3B7VA 4NJTA 4RLDA 1HVKA 5I3WA 1YM4A 4OBHA 3U71A 3KFRA 2O4NA 3NWQA 3O9AA 5HD0A 4GJCA 5P36A 2B7FA 5OYVA 5P0ZA 5P31A 4GJ5A 2VS2A 1NPVA 2ZJMA 2HB4A 5P33A 5SXNA 5DQ5A 5P1FA 5P3IA 2PH8A 2Q11A 3BXRA 1BDRA 5P02A 5KAOA 5PEPA 3UDHA 3INDA 4KB9A 5DR0A 2CEJA 4YE3A 2H6SA 4EHCA 2ZJNA 5OZOA 4EJ8A 2AVQA 1BV7A 3VV8A 5P4LA 5P5JA 4L1AA 5P0NA 1NPWA 1KJFA 3O99A 5P1LA 5OZSA 5P26A 4JPEA 3ZKXA 4XKXA 4EXHA 4AUCA 3EKYA 5P6IA 4I8ZA 1YTJA 2A4FA 2VA5A 2PSUA 5P06A 3VLBA 5AH8A 1A9MA 1RV7A 2R38A 5P7EA 1Q9PA 2HPFA 1AAQA 2WF1A 4B00A 5P6RA 1G6LA 3HBOA 5P5QA 4PYVA 4QLHA 4FSLA 4Y37A 3LIXA 5OYZA 3VCMA 4I0HA 3OXXA 3EL1A 2HB2A 2G21A 4Y5NA 2AVVA 2F3EA 5P1ZA 5KR8A 1LYWA 5HDUA 3S45A 2FIVA 3INFA 2FNSA 3DOXA 1ODYA 5OZEA 4JOOA 3UDMA 2IEOA 1D4LA 3D1ZA 3NU3A 4D8CA 1AM5A 5P75A 1EC1A 5OZPA 2AOJA 1PPME 1LYAB 5P1IA 1W50A 1HWRA 4ZE6A 5P6VA 2QD6A 3O9DA 3SKFA 2QI1A 5P4FA 4BFDA 5P4YA 5OZ1A 2VJ9A 3FKTA 5KQZA 5P09A 1MRWA 1W5YA 4I0EA 1MVPA 4RCFA 4K4QA 2I0DA 5P7PA 4Y3YA 4NPUA 1OHRA 2G27A 4ACUA 1T6GA 4CMSA 3KMXA 5P1QA 5P1SA 3S7LA 2WL0A 3OY4A 5P8RA 3VSXA 2I4QA 5P5ZA 4Z22A 4R5NA 2NR6A 4XX4A 2IKOA 1BAIA 3IVHA 1YX9A 5P6SA 1MT9A 1EPRE 5KR0A 1FKNA 1Z8CA 1G0VA 2P3DA 3ZKSA 3ZKMA 1QDMA 1ZJ7A 3PI0A 3NUOA 4Y6MA 5P4HA 4CKUA 3ZKGA 4I10A 3BUFA 1FLHA 2I4WA 3S85A 1MSNA 3VG1A 5P47A 4L6BA 2XFKA 5P1HA 1DAZC 5AH7A 5P3FA 4Q5MA 2J9JB 5E5KA 1FQ7A 5P5PA 1Z1HA 1HSGA 3UHLA 4B1DA 2OHSA 4R8YA 2ZHVA 1ODWA 5AH6A 5I70A 3U7SA 5HU0A 3VYFA 7UPJA 3O9LA 3ECGA 1EBZA 3VYEA 2HS2A 5T4SA 1MPPA 2QAKA 5P0PA 2PYNA 3APRE 5P2BA 2R5QA 3KYRA 4Y5MA 5P7CA 5P2QA 1MT7A 4J0PA 5P4UA 5P5EA 5P20A 3FV3A 4Y4DA 5P0UA 5P82A 3WB4A 1SMRA 1HVHA 3OUCA 5P50A 5P5BA 3HW1A 3UDKA 4Y3NA 5P38A 5OZXA 3S43A 1HOSA 5HDVA 1GVVA 5P6YA 5P72A 1BXQA 2AOCA 4J54A 4BFBA 1SGUA 4I12A 5P7KA 2BPWA 5BS4A 2PSGA 5P6OA 5P2SA 2QU2A 3O9HA 3DCKA 3OADA 5P10A 1AXAA 5P1RA 1UPJA 5ER1E 5P3JA 1PROA 4B1CA 1SIVA 3SM1A 5P27A 4EJLA 1AVFA 1C6XA 1XS7D 1TCWA 1HVJA 1J71A 5P69A 3HVPA 5P2JA 1EPOE 3OQFA 5HE7A 3ZL7A 3UDJA 2ANLA 4DFGA 2J9KA 5P49A 5P7LA 1E80E 2RKGA 2B42A 1MTRA 1K6CA 3OQKA 5P70A 4ZIPA 5P22A 2ZJLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJA A;  4EWO A;  4Y9W A;  2V13 A;  2Q3K A;  3PI5 A;  5P2C A;  4IVS A;  4OC6 B;  5P0I A;  5P5F A;  5P4I A;  1E82 E;  4MC9 A;  2AOE A;  1QBT A;  2RSP A;  5P4Z A;  5P7O A;  2HM1 A;  1D4H A;  5P32 A;  3O9B A;  2JE4 A;  3WZ7 A;  7HVP A;  1SDT A;  4K9H A;  4QJ6 A;  4Y3L A;  3R2F A;  3BVB A;  2WHH A;  3IN4 A;  1APW E;  4AA9 A;  2VIY A;  2AOF A;  2HAH A;  4OBJ A;  3OU1 B;  3MWS A;  5OZA A;  5P3S A;  5P5V A;  2G26 A;  4HDP A;  1K6V A;  1HPX A;  3SQF A;  1BWA A;  2Q63 A;  3KN0 A;  3HLO A;  1ZPA A;  2Q5K A;  3QI1 A;  2UY0 A;  3NU4 A;  1EBY A;  1C70 A;  2PK6 A;  5P6X A;  4Z4X A;  3DUY A;  1IZD A;  2BPV A;  1HPV A;  5P19 A;  1ZPK A;  4Y41 A;  3OAG B;  4CP7 A;  4ZSM A;  4QJ2 A;  5P8B A;  1IVP A;  2QI4 A;  3CIC A;  2I0A A;  4YD5 A;  5BRY A;  5OZY A;  5OZQ A;  3VFA A;  4QJ8 A;  4Y4A A;  2VNN A;  3LHG A;  4QJ9 A;  4A4Q A;  2QNQ A;  1UH8 A;  5P3B A;  3KMY A;  1MT8 A;  3OHF A;  2SAM A;  2G1Y A;  5P0E A;  3G72 A;  4F73 A;  3ZMG A;  5P2L A;  1HPO A;  3S54 A;  4CPW A;  5E5J A;  2V00 A;  2IKU A;  5P4S A;  3KF0 A;  3EM6 A;  2R9B A;  3OWN A;  4J1C A;  3SAA A;  3CMS A;  3KDC A;  4Y47 A;  3T11 A;  5P2O A;  1AJX A;  3ZOV A;  2ER7 E;  1GNO A;  3NUJ A;  2OHM A;  3LIQ A;  5P00 A;  4HA5 A;  5P5X A;  3K4V A;  3M9F A;  4B1E A;  3UDN A;  5P7B A;  4DJV A;  1ZTZ A;  3BXS A;  1A8G A;  4EP3 A;  2I4X A;  4YD7 A;  3SO9 A;  5P4K A;  5P3P A;  2JJJ A;  3IA9 A;  5OYY A;  4EJK A;  5P8T A;  4LXK A;  3URI A;  1ZSF A;  4I0I A;  4LXA A;  1ER8 E;  3RTN A;  4FS4 A;  4RVJ A;  2OHR A;  2BKS A;  4J5J A;  3PSU A;  2B60 A;  3GGX A;  3L5B A;  3SAC A;  4S1G A;  4ER1 E;  1B6K A;  3EKW A;  4PZX A;  5KOS A;  1YTG A;  5P8H A;  2WEC A;  2V11 C;  4RRN A;  3PCW A;  5KQY A;  1D4I A;  2G24 A;  2R8N A;  2CEM A;  1BBS A;  2ZHU A;  5P3G A;  3DV1 A;  2BPZ A;  5P2F A;  5P0J A;  3TTP A;  3GGA A;  5DR8 A;  1W5W A;  1FG8 C;  4TRW A;  5P2W A;  3EKV A;  2BPX A;  5OZV A;  3R0W A;  5P4E A;  2G94 A;  5P71 A;  4AZY A;  5P7V A;  1HII A;  4B72 A;  1UH9 A;  3S2O A;  2AOD A;  1B5F B;  5DGW A;  5P4R A;  5P1T A;  5HCO A;  4RRO A;  4FE6 A;  5P0R A;  2HC0 A;  5C9B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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