1MT7A

Viability of a drug-resistant hiv-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Viability of drug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease variant: structural insights for better antiviral therapy
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mt7A00
5F01A 3FKTA 4CP7A 3UTLA 4I10A 5P0EA 5P1RA 2PMAA 3DJKA 5P8UA 3APRE 2ANLA 5P66A 4EPJA 4B78A 4Q1XA 3IN4A 5P6NA 4NJSA 3K5CA 5KQZA 2ZHUA 1UPJA 4Y58A 4EXGA 7HVPA 5HD0A 2FXDA 1HSGA 3AIDA 2NNPA 4J1CA 4Y4WA 5OZJA 5JG1A 4DV9A 1EBKC 3PM4A 3OQKA 3INFA 4X7IA 1QRPE 2NTRA 4I8ZA 5P40A 4ZPGA 1W5YA 3KN0A 5I3XA 5HCTA 3SLZA 4ZSPA 3PSGA 2O4KA 1TSQA 3VF5A 5P15A 2QZLA 3UF3A 2PH8A 5F00A 1SIVA 2VJ7A 1PROA 1ZSFA 3OADB 5P52A 3NLSA 2BPZA 2OHMA 3LIVA 1A9MA 3K4VC 1C6ZA 5P0SA 5HCOA 2R5QA 4F76A 1ZBGA 1WKRA 3VYEA 5P1XA 3PB5A 1MSNA 2CEMA 5P0NA 4BFBA 5P29A 5P1JA 2WEZA 5SY3A 1T3RA 5P0TA 4YCKA 4NJVA 5ENKA 2G1SA 1NPAA 3O9LA 2QZXA 2VNNA 1D4KA 2Z4OA 4Y3PA 5P6KA 3NWQA 3ER5E 3Q5HA 5P0LA 1MVPA 2VNMA 5P8TA 5P8VA 5P4SA 4AMTA 5P8QA 1HVJA 3URIA 2VKMA 3PGIA 4J1KA 1FLHA 5OZIA 4Y51A 4LP9A 3LHGA 2XFIA 2Q64A 2FGUA 5P04A 2HPFA 5COKA 3CKRA 1SP5A 1ODXA 2Q5KA 4OD9B 5P8PA 5P1GA 5P3RA 3F9QA 5P7SA 1BWBA 5P0YA 5P1IA 3NUOA 5AH8A 3UDJA 5P2DA 4Y5PA 4D83A 4B1DA 5P31A 2OHSA 4Y3AA 1FMUA 2PSUA 1EC1A 4J0ZA 3T7QA 2Q63A 4I0JA 2SAMA 2BPXA 2ZJJA 3UDQA 4ER1E 5P54A 3EKXA 4Y3HA 5P75A 5P42A 2I4DA 3BRAA 3D3TA 5E5JA 5P6DA 1KJFA 5P3NA 2FGVA 1VIKA 3KDCA 3RSVA 4D8CA 2ZJNA 3TLHA 5IVRA 3ECGA 3O9DA 5OZ1A 5P2QA 3OU1A 2QHYA 3S43B 3SM2A 5OZGA 5IE1A 3URLA 3HLOA 5OZYA 5P2XA 1QS8A 3VV7A 4NPTA 3T7PA 2Q15A 5P5CA 3KDBA 1D4JA 3HAWA 5P80A 3I7EA 5BS4A 1KJGA 3ZPUA 2R5PA 2B8VA 2QI5A 4OBKA 3NU9A 5P2JA 2ZHRA 5HE7A 5P4VA 5P00A 4YD5A 2R3WA 2PK6A 4QGIA 4GJ5A 1GNMA 2OAHA 2G21A 3QN8A 3O9CA 4B05A 1B6MA 2P83A 4A4QA 5P50A 1G0VA 1HIVA 1HVSA 4Y4JA 5J25A 3OU3A 2Q3KA 5DPZA 5P4RA 5COPA 4GJAA 1T6GA 4OBDA 2FMBA 2UXZA 1K6VA 1APUE 2PWCA 3PHVA 4YD4A 3B80A 3UQUA 5OYUA 3I6OA 3OQ7A 4I0EA 4Y4AA 1LYAB 3R1GB 5P0XA 3DV5A 5P5TA 2FLEA 1AZ5A 2AOIA 3O9BA 2NMYA 3VG1A 5P8CA 4Q1NA 3OAGB 5P70A 4WY1A 5HVPA 5ER1E 2F80A 5P1OA 1GKTA 5P67A 2WEDA 4EJKA 2HIZA 1UH7A 4YCTA 3QIHA 3OU4B 4AA8A 1LZQA 1K6CA 2R9BA 3M9FA 3KFSA 1HVCA 4EP2A 5P8JA 3TKWA 5APRE 1FQ4A 3CYXA 4I0GA 3LZSA 5P74A 5P48A 3IGBA 5P4LA 5P7ZA 4GIDA 5ISJA 2VJ9A 5P1QA 3MXDA 5P3WA 2HAHA 5KR0A 2G26A 4YDFA 3OUDB 1HHPA 4J55A 5P6OA 5P08A 3S53A 1MSMA 3FV3A 5OZLA 3OTSA 3SKGA 5P33A 5P78A 4FL8A 2HB4A 5P5ZA 2G1OA 4D85A 4BFDA 1FQ8A 4I1CA 3ZPTA 4RGHA 1A94A 5P2HA 5OYWA 3FSMA 2VA7A 5P3XA 5P4XA 5P2BA 3RTNA 1HTFA 2ZDZA 2I1AA 4DJYA 3KMYA 4XX3A 2AZBA 3PSUA 4KE0A 2QP8A 2WKZA 4HZTA 4L1AA 3O9GA 5P1YA 5OZOA 2XFKA 4Y4UA 4FAEA 1XE6A 6UPJA 5P7HA 3VSXA 1FFIC 3S85A 4GZFA 3K5DA 5P5NA 2IS0A 4H3GA 1BDQA 4ZSRA 4DJPA 4Y5CA 5P5PA 2V12C 5P51A 3OUAA 5OYSA 4LHHA 3LZUA 4J1FA 2IGXA 4RCEA 1B5FB 2OHRA 1U8GA 2RKGA 1SDUA 3CKPA 5P6QA 2QI4A 3T6IA 3UDPA 4DQCA 5P2EA 5OYVA 3MXEA 1M43A 5P5EA 4OBHA 4J5JA 3IN3A 3JVWA 1EPRE 1META 5P6GA 2QMGA 1SMEA 5KAOA 2WEAA 2B42A 5P7NA 3OWNA 4B72A 2V16C 4DUSA 3OGQA 3TNEA 3OOTA 2NXMA 1FIVA 2Q54A 5P7PA 5OZBA 5ER2E 5OZDA 1LYBA 4QLHA 1T6EX 1EC0A 5SZ9A 3HVPA 5P4WA 5AGZA 1DW6C 4B1EA 3S2OA 5P3IA 4F74A 5OZ7A 3BXSA 3N3IA 5P3DA 3DV1A 1G6LA 5P3HA 5P8GA 2VJ6A 3QAAA 5P3VA 1C6YA 3BUFA 3ZKSA 2P3AA 5COOA 4RYGA 5P1EA 4CPQA 5HDXA 5OZMA 5P2WA 3FNUA 4Y5LA 5P30A 5P1KA 1E80E 1G35A 1HBVA 1HVIA 2OHPA 3SA9A 5P7UA 1AXAA 3D1XA 5FIVA 2FDEA 3UFNA 3I2LA 5HTZA 2AVOA 4Y5EA 3NDTA 1BILA 1QBRA 1FMXA 3MWSA 5P4YA 3PRSA 1GVWA 1KJ7A 3EKQA 4ZIPA 4QJAA 5OZ2A 3FIVA 5OYYA 3SO9A 3TOFA 2BB9A 4Y37A 3EKYA 1F34A 5P0CA 5OYRA 5P2AA 5P3GA 1EPOE 3WZ6A 5KQYA 4L7HA 1HEGE 5P22A 4Y45A 2G20A 1IZEA 5KOSA 5DQ1A 1B6PA 2PK5A 5P39A 1GNOA 1SGZA 3R0YA 5P6WA 2HS1A 4QJ7A 5HU0A 5P1UA 3WB4A 3NXNA 4ZPFA 2WF4A 1YG9A 3BUHA 2P3CA 1D4SA 3ZKXA 3NU5A 3INHA 5P8OA 3NU3A 5P0WA 3TOGA 1BDRA 3TTPA 5P7VA 5P19A 3NSHA 2PQZA 5P5IA 5P1MA 2G1YA 2F3FA 5P0FA 4K8SA 5P20A 2AOFA 5P43A 4Y43A 5KR2A 5P14A 3LNKA 3PLDA 2HB2A 3EC0A 2V13A 1SH9A 2AVVA 3WZ8A 1ZJ7A 5OZEA 5C9BA 5CONA 1CPIA 5P68A 2BQVA 4Q1WA 5P0KA 5P3FA 4D89A 1IIQA 2O4NA 3OY4A 4Q5MA 4EYRA 3TPRA 4Y44A 5P88A 1MERA 3ZL7A 5JFPA 3L5DA 2ZYEA 5P4MA 5P6VA 2BKTA 3PBDA 4FIVA 3VUCA 3KMXA 2AVSA 3QP0A 1APVE 2PWRA 4YOAA 3VYFA 4DJOA 4M8YA 4NJUA 5P3EA 3S45A 1EAGA 2G22A 3ZMGA 4DI2A 4WTUA 5P8BA 3N4LA 5P4JA 1GVUA 3UDKA 3PCWA 5P8RA 4DJQA 2QI6A 1QBTA 5P5KA 5P5BA 1LS5A 1BDLA 1YM4A 5P32A 1TZSA 5P7QA 4HDFA 3DUYA 4NKKA 5P11A 1MPPA 3OHFA 5AHBA 5P7GA 5P4UA 3SKFA 2FDPA 3O9HA 5P12A 3K5GA 5P73A 5OZQA 2F81A 4H3FA 4FRIA 1ZSRA 2IRZA 3HAUA 2R8NA 3OADA 4HVPA 4YCYA 1PSOE 1MT7A 4J0VA 1EC2A 4KUPA 5I3YA 3GI0A 8HVPA 4Y53A 3LIZA 5I70A 3U6AA 4FAFA 3DCKA 3K1WA 1YTIA 4Y3TA 5P2SA 3TPLA 3PWMA 3O9AA 2QU3A 1MRWA 5P18A 3TKGA 5SXNA 1OEWA 5P5LA 2JE4A 5AHAA 3UPJA 2ZJMA 3BGCA 5KR1A 1K2BA 2ZGAA 3IAWA 5P2TA 4Y3JA 2FS4A 2ZJKA 1E81E 5P7YA 3D1YA 5OZVA 3R0WA 2JJJA 5P5MA 5OZWA 2IKUA 3UDNA 1QDMA 3A2OA 1MRXA 5DGWA 3APPA 4EQ0A 2J9JB 2F3KA 1UH9A 2NPHA 3JW2A 3H0BA 4FLGA 4GJ6A 5OZCA 4QJ8A 3L5FA 5P1TA 4OBZB 4Y35A 5P7LA 1BXOA 3UQRA 2O40A 4Z22A 5OZXA 2RENA 4JPCA 5P53A 1ENTE 4APEA 4DFGA 1K1TA 4Y48A 4HEGA 4OD9A 5P4IA 3OQFA 5P3KA 2VS2A 3PMYA 5PEPA 1HPVA 2IENA 1EEDP 1M4HA 2BBBA 5OZ9A 5BRYA 5P71A 1G2KA 1HPOA 5DR4A 1MT9A 1HTEA 4OBJA 2AVQA 1HPXA 1FG8C 3CIBA 5OZTA 5AH7A 4IVSA 5DR7A 5P8DA 2WL0A 4FM7A 3KF0A 5P55A 5P61A 3HW1A 4I12A 4YHQA 4DPIA 2AIDA 5P0VA 5P79A 5P17A 5P4OA 5P58A 2PH6A 2PSGA 3BVAA 3MSKA 3RSXA 3RU1A 2WHHA 5OZ0A 2AQUA 1AIDA 3EL9A 5P0MA 4ZPEA 4ZSQA 3BC4A 5P7WA 3NR6A 3O9EA 2F3EA 1T7JA 3EL5A 5P7AA 2P8HA 1NH0A 3GI4A 3S43A 2EWYA 3NDUA 3SA8A 1ZPAA 5P6XA 4B70A 2R3TA 3BGBA 4Y5NA 5P4NA 6FIVA 3PVKA 1GVVA 3OHHA 3KFNA 4Y57A 1C6XA 4TVGA 5P4EA 4FGXA 1HIIA 4OC6B 3OXCA 5P5HA 5P6YA 3OU1B 5P3CA 5P6PA 3K5FA 1W5VA 4CPSA 3ER3E 2IDWA 5P09A 4UPJA 5P07A 4R95A 4XXSA 5OZ5A 2P3BA 4J0TA 1K1UA 2OHKA 3EKVA 3PI0A 2ZHSA 3TOHA 3LINA 1B6LA 5P2CA 5P03A 5P23A 2OHLA 3INDA 5P6CA 4HDBA 1LYAA 1XN3A 5OZHA 1IVQA 4LL3A 4Z50A 4Y38A 2FIVA 2FXEA 1HIHA 4H3JA 1W5WA 4HDPA 4R91A 2QD8A 3I8WA 3OAGA 3PMUA 1XE5A 4TRWA 5P5AA 3VV6A 4FM8A 1KZKA 1BBSA 5P5OA 3VLAA 4H1EA 4KB9A 1APWE 4YOBA 3HVGA 4Y3DA 2FNSA 1Z1HA 3I25A 2B8LA 2QCIA 2I0AA 3RTHA 3R2FA 5P2ZA 4HA5A 1FKNA 3O9IA 2I0DA 5P34A 5P4ZA 3SAAA 4R92A 3LPJA 5P8HA 4F73A 1J71A 1NSOA 1D4YA 3KFPA 4PZXA 3UHLA 2MIPA 2ZE1A 1A8GA 3LZVA 4Y4BA 4NJTA 2NR6A 3QVCA 5P6JA 3MSLA 1EBWA 1FQXA 4Y5BA 4GMIA 4LC7A 1BAIA 5P7BA 2AOJA 3OUDA 4Y3GA 2AZ9A 5DR0A 3GW5A 1Q9PA 4J54A 5OZRA 2VIYA 1HWRA 3VYDA 2UY0A 3QI1A 4B77A 2O4PA 3T7XA 4PZWA 4QJ9A 4YDGA 4Y3SA 5SY2A 5P13A 5P2YA 3EXOA 2RSPA 4OBFA 2FDDA 5CLMA 2R43A 5P3JA 4ER4E 3CICA 5OZFA 4K4RA 4DJRA 2V00A 5P6UA 2RMPA 5T4SA 1ZLFA 3OOZA 5P6BA 4CPRA 2I4QA 2F8GA 2JYSA 3Q70A 4I8WA 4CPTA 5B18A 5DR1A 5P45A 1W6HA 3INEA 5P6RA 2NXDA 3NDWA 2QI0A 2NNKA 3HD8A 5IVSA 5P7JA 3SQFA 5P1CA 2QMDA 3ZKIA 4YBIA 5P5QA 4I0DA 4H3IA 4Y5GA 1ODWA 5P4HA 1E5OE 1CMSA 5C9DA 3RVIA 4Y3XA 3QRSA 2AODA 1BV7A 1HRNA 4EQJA 3GGVA 4OBGA 4YD3A 2PC0A 4L1AB 2WF1A 5DQ4A 3KT5A 4WY6A 5P65A 4EJ8A 1A30A 2UPJA 2BJUA 5DQCA 4AUCA 1LYWA 3S7LA 2ER7E 4Y3ZA 3CYWA 3AUPA 4LXMA 1BWAA 3VF3A 3CMSA 2IGYA 1OD1A 1FB7A 2NMZA 3Q6YA 1IVPA 5P10A 3URJA 4YD7A 1D4HA 1BVEA 5P3ZA 2OHQA 1YT9A 1OEXA 4PHVA 1K6TA 4XKXA 2ZJLA 5P0QA 1ZPKA 5P2OA 2AOEA 5OZ6A 3NU6A 3S7MA 3C9XA 5ISKA 2G27A 5P1FA 1FQ7A 1EBZA 4ER2E 3EBZA 5P7MA 5P87A 3PSYA 5P76A 4DJVA 3BVBA 4ACUA 3UDYA 5P3TA 3OQAA 1YTHA 4ZEAA 4Y4EA 2WEBA 3S8IA 2OF0A 1F7AA 5P85A 5OZ4A 5P7RA 5P1SA 4U7QA 2WECA 4LXAA 4EJDA 5OYQA 4APRE 3OXVA 3GGUA 4X2LA 1DIFA 5P2UA 3D20A 5HE4A 2I4WA 3PLLA 4FRKA 3EM4A 4CMSA 6APRE 5P4GA 2VIZA 5P35A 3OXWA 2OHNA 4YA8A 3LPIA 4ACXA 1NPVA 4J0PA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5F01 A;  3FKT A;  4CP7 A;  3UTL A;  4I10 A;  5P0E A;  5P1R A;  2PMA A;  3DJK A;  5P8U A;  3APR E;  2ANL A;  5P66 A;  4EPJ A;  4B78 A;  4Q1X A;  3IN4 A;  5P6N A;  4NJS A;  3K5C A;  5KQZ A;  2ZHU A;  1UPJ A;  4Y58 A;  4EXG A;  7HVP A;  5HD0 A;  2FXD A;  1HSG A;  3AID A;  2NNP A;  4J1C A;  4Y4W A;  5OZJ A;  5JG1 A;  4DV9 A;  1EBK C;  3PM4 A;  3OQK A;  3INF A;  4X7I A;  1QRP E;  2NTR A;  4I8Z A;  5P40 A;  4ZPG A;  1W5Y A;  3KN0 A;  5I3X A;  5HCT A;  3SLZ A;  4ZSP A;  3PSG A;  2O4K A;  1TSQ A;  3VF5 A;  5P15 A;  2QZL A;  3UF3 A;  2PH8 A;  5F00 A;  1SIV A;  2VJ7 A;  1PRO A;  1ZSF A;  3OAD B;  5P52 A;  3NLS A;  2BPZ A;  2OHM A;  3LIV A;  1A9M A;  3K4V C;  1C6Z A;  5P0S A;  5HCO A;  2R5Q A;  4F76 A;  1ZBG A;  1WKR A;  3VYE A;  5P1X A;  3PB5 A;  1MSN A;  2CEM A;  5P0N A;  4BFB A;  5P29 A;  5P1J A;  2WEZ A;  5SY3 A;  1T3R A;  5P0T A;  4YCK A;  4NJV A;  5ENK A;  2G1S A;  1NPA A;  3O9L A;  2QZX A;  2VNN A;  1D4K A;  2Z4O A;  4Y3P A;  5P6K A;  3NWQ A;  3ER5 E;  3Q5H A;  5P0L A;  1MVP A;  2VNM A;  5P8T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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