1MTBA

Viability of a drug-resistant hiv-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Viability of drug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease variant: structural insights for better antiviral therapy
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mtbA00
2A4FA 4Y3SA 3TPPA 1K6PA 5AHAA 1FG8C 2UY0A 3OUBA 2I0DA 5KQFA 5KR1A 3QAAA 4H3FA 4QGIA 3TPRA 5P0IA 5P3UA 5HE5A 2NMZA 1LF2A 5P5EA 3OGQA 3TPLA 3TLHA 4DJXA 5DR0A 2ZJLA 1LS5A 4J0ZA 5I3WA 4GJCA 3EL1A 1A8KA 5P56A 3EL0A 3PLLA 5P2NA 5P8UA 4FRIA 5I70A 7HVPA 4K9HA 5OZ9A 5P0WA 3PLDA 1SMEA 5P46A 5P05A 5I3XA 2HC0A 5HU1A 5IVQA 4I0EA 3LPIA 3VLBA 1T3RA 5P2UA 5P6QA 3RTMA 3TOHA 5P4FA 3VLAA 5P3BA 4Y45A 1W5YA 3OGPA 4YA8A 5P17A 4Y4EA 3UF3A 2PQZA 5P6FA 3ZKGA 3OK9A 5P4GA 4LAPA 4CP7A 1FGCC 2QU2A 4YCYA 4Y6MA 2AZ8A 3VV7A 5P77A 5P09A 1LF4A 5EZZA 2ER7E 3BRAA 5P23A 5IVSA 3IXOA 1SDVA 3HVGA 1AXAA 2Z4OA 5C9BA 3WB4A 5IS4A 5P6YA 1MIQA 5P5YA 4JPEA 3S45A 2XFIA 5P78A 3VV8A 1BV9A 1FB7A 4OBJA 4TRZA 3KN0A 1YM4A 2R8NA 4J5JA 1IVQA 3I7EA 4YDFA 3VYDA 3DK1A 1YTHA 5OZ6A 5P1ZA 3OTYA 3LPKA 1META 5DQ5A 2PSVA 3DV1A 3VF5A 3U71A 2PSGA 5P81A 4KUPA 3HZCA 4FLGA 5OZ4A 4YCKA 2G1OA 3KT2A 4Q1XA 1FQ8A 5OZBA 4I0DA 2VJ9A 5P3KA 3ZL7A 3PI5A 5DQ1A 3D1XA 3S43A 2ZHSA 1T6GA 5P0NA 1G0VA 2P83A 4DQEA 3O9GA 5P1HA 1TQFA 1XDHA 2WF2A 4Y3TA 1HVCA 5P6WA 1PFZA 1BILA 2PYNA 1LYBA 5P4RA 1SH9A 5P8KA 2AVMA 4GJDA 3K5GA 5P8IA 4M8XA 4FE6A 4RCFA 1DAZC 5OZ0A 2AZBA 3AIDA 2R3WA 3URJA 4NJVA 5P4JA 4D88A 3L5EA 5P7BA 5IVTA 5HE7A 5P6RA 5P4VA 3PM4A 5P7IA 3CMSA 5P8HA 4E43A 5P5CA 1Q9PA 4Y5BA 3ZKQA 3SABA 3UDJA 1FQ4A 3M9FA 1SDTA 2PK6A 1QBTA 1EC0A 3UQPA 3LZVA 1HTGA 5P74A 2P4JA 1YM2A 5P51A 2HB2A 5OYTA 5ER2E 5P61A 2NXMA 2BPVA 2VA6A 3APRE 1TCWA 1HPSA 4PYVA 2R5PA 3ZKXA 3EBZA 1AJXA 1ODYA 4Y3EA 5PEPA 1CZIE 1VIKA 4Y41A 3IN3A 3S7MA 4L1AA 5P6PA 4Y4WA 5P5NA 3NUJA 5P5XA 5P0SA 4EWOA 3RSXA 3N3IA 2BPZA 3BXRA 5P18A 3VF7A 1D4IA 1HSHA 1FEJC 4ER1E 1BV7A 3EM4A 1EBKC 1HXWA 2NPHA 5P3OA 2P8HA 1XN2A 1OEXA 1G35A 4D85A 2Q55A 2WEZA 3G70A 5OYZA 2QP8A 1FG6C 3C9XA 1Z1RA 5P0HA 3O9LB 2O4NA 1UPJA 3SA3A 5P2JA 2QMGA 4B78A 5DR8A 2QNPA 2ZDZA 4HLAA 1UH9A 4Y43A 4DVFA 5P1QA 1HVRA 3LITA 1TSQA 1HWRA 2HM1A 5P24A 4CPWA 3O9CA 1BVGA 3IGBA 3T3CA 3TKGA 1SP5A 4MC1A 5P5UA 3RTHA 5P1WA 4Y5KA 3VFBA 1MT9A 4I11A 1HVLA 4Y50A 3NU3A 2BKTA 4RCDA 5P2AA 3GI0A 2AVSA 5P48A 4EJKA 4ZLSA 5P2YA 1PSAA 1EPQE 4B1CA 4DJQA 5P30A 3NWQA 5P4WA 5F00A 1IDBA 1MTBA 5DQ2A 2RKFA 2ZHRA 2FLEA 5BWYA 3DJKA 1KJGA 4I8WA 1FMBA 5HDXA 3ST5A 1Z8CA 2HB4A 3O9AA 5P3HA 4QJ8A 3HW1A 2VNNA 5BRYA 1EEDP 4Y4DA 1QBRA 5P7RA 3EC0A 3EKXA 2HPEA 3CIBA 2QAKA 3GGAA 3ZPSA 4JOOA 5P2EA 3R4BA 5DR1A 2OHUA 1GNNA 5P4LA 4ZIPA 1APVE 2WF1A 1FLHA 3NDXA 1KJFA 2V12C 5P58A 3L58A 5P8SA 5P4MA 5P4IA 4Y3HA 1SBGA 2G94A 1IIQA 5P0AA 4RVIA 4YD7A 4FRKA 5P1OA 5P2TA 5P1RA 3LZYA 1W5VA 1EC1A 2WF0A 4Y3LA 4DJOA 3LIVA 3L5DA 2H6TA 5P6OA 2BQVA 5AH8A 3CKTA 3TPJA 3SAAA 1HIHA 2IS0A 1B5FB 3OUCA 4Y53A 3FKTA 4RGHA 1NPVA 5P7UA 4ZE6A 3RU1A 3DV5A 4PEPA 2ER6E 3U7SA 2FIVA 3NU5A 5P8LA 1BIMA 1MEUA 5HE4A 4Z22A 5OZTA 1MERA 4NJSA 4Y3JA 2BPYA 3K4VC 5P5MA 3LHGA 4R92A 2QI7A 4Z50A 4FS4A 4HA5A 4Y4JA 4GYEA 2Q3KA 2HS1A 4Y39A 3ECGA 5P1CA 3ZKSA 5P0GA 4EQ0A 2FDEA 3OXWA 5P8MA 1EBWA 2V00A 3HD8A 1EPOE 4FM8A 1LYBB 5P0LA 4OBZB 3VCMA 5OYVA 1T7IA 5P40A 3KMXA 2RSPA 4TVGA 3TNEA 4K8SA 3QBHA 1MRWA 5P5DA 5P5QA 4EHCA 4OBFA 1DMPA 5P6CA 5P1TA 3S53A 3SA9A 3INEA 5P6GA 4Y5LA 4JECA 3OOTA 5P64A 3WZ8A 5P4YA 4J1CA 5OZZA 3NU6A 3SA4A 2P3DA 1B6LA 1RNEA 2QZWA 4ZSMA 4Y5MA 2WEAA 5P7SA 4Y5EA 5P5GA 4XXSA 3I8WA 4RRNA 1LV1A 1U8GA 5P1GA 5P8AA 1LF3A 6APRE 3LNKA 2P3BA 3UDHA 3KFSA 5P11A 3UDPA 5P71A 5P8CA 3OAGA 2ZE1A 1AVFA 5P5RA 2HB3A 3CKPA 5P0QA 4OBGA 2F80A 2NNKA 4Y5NA 4Y5AA 3FNUA 3APPA 3OU1B 2G22A 3IXKA 1SMRA 3NUOA 3L5BA 4QJ2A 2J9KA 3U6AA 4DI2A 3O9LA 2QI0A 1ODXA 3UFNA 1GKTA 2CENA 2CEJA 5P27A 2IQGA 5P1UA 4DV9A 4R5NA 5KQZA 1EBZA 2I4XA 5ISKA 4AA8A 1C6XA 5P16A 3MWSA 5I3VA 5P1SA 5HVPA 4DPIA 5P5JA 4AA9A 4I1CA 4KE0A 4L7HA 3Q4BA 1K1UA 2IGYA 2ZGAA 3PB5A 4Y56A 4TRWA 2FGVA 4Y54A 2QD7A 4Q1WA 3UHLA 5HTZA 5COPA 4GMIA 5P86A 3OUAA 9HVPA 5OZAA 1LEEA 1HXBA 5P6AA 2OF0A 1QS8A 2G27A 4J54A 5P5LA 3QN8A 5P14A 5HU0A 1WKRA 1XE5A 1E5OE 3PBDA 6FIVA 2IDWA 4N00A 4J1KA 2WKZA 1K1TA 2OHQA 2WF4A 1FMXA 5P2LA 4CKUA 5P6DA 5P38A 1YTIA 5P13A 4YOBA 1ZTZA 3O9BA 2A1EA 3VV6A 1AIDA 3HLOA 5P2SA 5P8NA 4BEKA 5P7WA 5P2GA 5P82A 4K4QA 1WBMA 5P1AA 5UPJA 5ISJA 3K1WA 4YCTA 2NR6A 1ZSFA 2FS4A 3KM4A 2AVOA 2O4SA 2O40A 3UDYA 5P7NA 4Y4BA 3BHEA 2VA5A 5DQ4A 3OQFA 2AOHA 2B7ZA 3O9DA 4J0PA 4LP9A 4YD6A 5P4SA 5P84A 5P3DA 5P3LA 1YX9A 4J1IA 3B7VA 4QJ9A 5B18A 2QI5A 4B1EA 1XL5A 3TL9A 5P7FA 5P37A 5OZUA 4EP3A 1APWE 5P7VA 2AVQA 4ZEAA 1MTRA 3K5CA 2I4DA 2QU3A 1NPWA 4YD4A 3VSXA 2O4LA 2B8VA 5P7MA 1A94A 3PGIA 5OZ8A 4J1EA 3NYGA 4J0TA 5OZPA 3PSUA 2B8LA 2BB9A 4J55A 5KOSA 2QK5A 2AOCA 3QP0A 1WBKA 2BPWA 5P7ZA 3Q3TA 4Y57A 3BGCA 1EPNE 4IVSA 2G1SA 3GGXA 1BBSA 5P72A 1B5FA 3URLA 2JE4A 3BC4A 5P1YA 3GGUA 3JW2A 4LL3A 4NJTA 2QD8A 3PWWA 1KJ7A 1HEGE 3TKWA 4EJLA 3KMYA 5P3MA 2F81A 3T7QA 4Y3FA 3PEPA 3EKVA 4GIDA 5P2QA 5P4BA 3SA5A 5P70A 3KF0A 2JXRA 5ENKA 4GB2A 5C9FA 5P6NA 2HAHA 1EPPE 5P7YA 8HVPA 3OADA 2VIZA 1ZP8A 1BWBA 3OQ7A 1IVPA 1G2KA 3OTSA 4J0VA 2FXEA 5P8QA 5CONA 5OZYA 3PWMA 5COKA 5P1NA 4OBZA 1BWAA 1IZHA 1LYWB 1HTFA 3OUDB 5KR8A 5OZMA 1BVEA 2QCIA 4DQCA 4GJAA 2I4WA 5P44A 5AH7A 2G1NA 5OZLA 1C6YA 2RKGA 5P6HA 2P3CA 3CICA 5DR7A 5OYQA 4DQBA 3R0WA 4Y3MA 4RYCA 4GJ6A 3S85A 5P06A 2NXDA 3QVCA 5P1VA 4GZFA 4Y5GA 5P0DA 4L7GA 1ZBGA 5P7GA 4JP9A 2QHZA 1DW6C 5KQXA 1ZAPA 1E80E 5P2MA 3UDRA 1OD1A 1CPIA 5P2BA 5P6TA 1HPOA 1HPXA 2RENA 5P4PA 2PSUA 2P3BB 3BGBA 5OZ3A 7UPJA 4LXKA 3EKWA 5P7XA 3OAGB 3OU1A 3CYXA 2VKMA 3S2OA 1AZ5A 3INDA 5P7AA 2I0AA 3SM1A 3PJ6A 1GNOA 5P42A 3QS1A 4FSLA 4APRE 3LZSA 5P8GA 4ZSPA 1HTRB 5P65A 5P1PA 1EPME 1D4LA 4H3IA 5P52A 4D8CA 2ZJMA 1HOSA 2I4UA 5P63A 1A9MA 2PMAA 3NLSA 3D1ZA 1SGZA 4OC6B 3BUHA 1XE6A 5P19A 4A6CA 5AH9A 4CPRA 3VYEA 3FX5A 3UCBA 3UDMA 5AHCA 3F9QA 3NDTA 4RZ1A 4Y3WA 2FMBA 3O9HA 5P4QA 2FXDA 4NKKA 4Q1NA 3D91A 1BDQA 1BXQA 3QRMA 3KT5A 3CIDA 2QI3A 4HE9A 1ME6A 3K5FA 5P6SA 5P3GA 5OZEA 1FIVA 2NXLA 3BUFA 5P3EA 4EJ8A 2AOIA 2QD6A 1LYAA 3UQWA 5J25A 5P0ZA 2AIDA 2APRA 4COEA 5P45A 3LIYA 4YDGA 5P3PA 2UPJA 2WJOA 4WY1A 1GVUA 5P5WA 2ZJNA 5P6ZA 3KFRA 3ER3E 4OBKA 5APRE 2QHCA 1DIFA 5P2WA 1IZIA 1GVVA 5P1EA 4R93A 1K6CA 2OAHA 2FDDA 5P26A 5P32A 2ER0E 5P5TA 1EC3A 5P7EA 5OZCA 4QJ6A 1AAQA 5P3JA 4EQJA 5OZWA 1T7JA 5P3QA 1MVPA 3IN4A 2R43A 4HEGA 4FM7A 4APEA 2SAMA 3FNSA 3KYRA 5HCOA 2JJIA 4Z4XA 2F3KA 3NU9A 3G6ZA 3D20A 3MXDA 4H1EA 4BFDA 5P0PA 4RRSA 3K5DA 2WHHA 4ZPEA 1FF0C 3DCRA 3QBFA 3WZ6A 4MC2A 3SA8A 3IA9A 3QIHA 5P5VA 4HVPA 5E5JA 1DP5A 3BXSA 4HDBA 5P4UA 3SACA 5OYYA 5P8PA 3PMYA 4Y48A 2VIYA 5P4HA 4Y5PA 2OHLA 3K4VA 4Y38A 1EC2A 2B42A 3ZKNA 3VF3A 5P54A 4DUSA 1K6VA 4LHHA 3I25A 1HPVA 1G6LA 3EL4A 3NDUA 1AM5A 5AGZA 3L3AA 3PVKA 3PSGA 4Y5CA 5CLMA 2ZJKA 4EP2A 3OOZA 5P5IA 1UH7A 5P7TA 3CKRA 1EPLE 5P3TA 2ZHTA 4Q1YA 3LIXA 5OZKA 4A6BA 1LZQA 4YD3A 5P2KA 3ZPTA 2Q63A 3KDCA 4I0HA 2AZCA 2G24A 1QDMA 1YTJA 2BKSA 1LYWA 3OUDA 5P0FA 5P4ZA 3OADB 3OXVA 3T7PA 4DQGA 5P3RA 2WEBA 4PZWA 4GJBA 5P59A 5P6EA 5P80A 5AHBA 3TH9A 5P7OA 2ASIA 4AUCA 2V0ZC 5JFUA 1OEWA 4Y58A 4I0GA 4FAEA 4CPUA 5P6LA 5KAOA 4A4QA 4Y3ZA 3LINA 5P3IA 4B70A 5P4TA 4X2LA 3SPKA 5P7LA 3O99A 4YBFA 5P6JA 2Z54A 3INHA 3GI6A 1PSNA 5P79A 1GNMA 3EKQA 5P5BA 5P04A 3NSHA 1EPRE 2AOJA 3LIQA 4ER4E 4B72A 4HDFA 1RV7A 4YE3A 1C6ZA 3PSYA 5ER1E 2ZJJA 3ZKMA 5P88A 5OZIA 5P83A 3KDBA 3SO9A 1FQ7A 4Y3RA 1KJ4A 3UQRA 5P0CA 5OZ7A 5KR2A 2AOGA 4FRSA 5KR0A 5P02A 3UDQA 4CPXA 2G1YA 3EKPA 5P8EA 2JJJA 2VS2A 1D4KA 5P5HA 5P57A 3A2OA 4PZXA 4OC6A 5P31A 1HRNA 2AOEA 1A8GA 3DOXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2A4F A;  4Y3S A;  3TPP A;  1K6P A;  5AHA A;  1FG8 C;  2UY0 A;  3OUB A;  2I0D A;  5KQF A;  5KR1 A;  3QAA A;  4H3F A;  4QGI A;  3TPR A;  5P0I A;  5P3U A;  5HE5 A;  2NMZ A;  1LF2 A;  5P5E A;  3OGQ A;  3TPL A;  3TLH A;  4DJX A;  5DR0 A;  2ZJL A;  1LS5 A;  4J0Z A;  5I3W A;  4GJC A;  3EL1 A;  1A8K A;  5P56 A;  3EL0 A;  3PLL A;  5P2N A;  5P8U A;  4FRI A;  5I70 A;  7HVP A;  4K9H A;  5OZ9 A;  5P0W A;  3PLD A;  1SME A;  5P46 A;  5P05 A;  5I3X A;  2HC0 A;  5HU1 A;  5IVQ A;  4I0E A;  3LPI A;  3VLB A;  1T3R A;  5P2U A;  5P6Q A;  3RTM A;  3TOH A;  5P4F A;  3VLA A;  5P3B A;  4Y45 A;  1W5Y A;  3OGP A;  4YA8 A;  5P17 A;  4Y4E A;  3UF3 A;  2PQZ A;  5P6F A;  3ZKG A;  3OK9 A;  5P4G A;  4LAP A;  4CP7 A;  1FGC C;  2QU2 A;  4YCY A;  4Y6M A;  2AZ8 A;  3VV7 A;  5P77 A;  5P09 A;  1LF4 A;  5EZZ A;  2ER7 E;  3BRA A;  5P23 A;  5IVS A;  3IXO A;  1SDV A;  3HVG A;  1AXA A;  2Z4O A;  5C9B A;  3WB4 A;  5IS4 A;  5P6Y A;  1MIQ A;  5P5Y A;  4JPE A;  3S45 A;  2XFI A;  5P78 A;  3VV8 A;  1BV9 A;  1FB7 A;  4OBJ A;  4TRZ A;  3KN0 A;  1YM4 A;  2R8N A;  4J5J A;  1IVQ A;  3I7E A;  4YDF A;  3VYD A;  3DK1 A;  1YTH A;  5OZ6 A;  5P1Z A;  3OTY A;  3LPK A;  1MET A;  5DQ5 A;  2PSV A;  3DV1 A;  3VF5 A;  3U71 A;  2PSG A;  5P81 A;  4KUP A;  3HZC A;  4FLG A;  5OZ4 A;  4YCK A;  2G1O A;  3KT2 A;  4Q1X A;  1FQ8 A;  5OZB A;  4I0D A;  2VJ9 A;  5P3K A;  3ZL7 A;  3PI5 A;  5DQ1 A;  3D1X A;  3S43 A;  2ZHS A;  1T6G A;  5P0N A;  1G0V A;  2P83 A;  4DQE A;  3O9G A;  5P1H A;  1TQF A;  1XDH A;  2WF2 A;  4Y3T A;  1HVC A;  5P6W A;  1PFZ A;  1BIL A;  2PYN A;  1LYB A;  5P4R A;  1SH9 A;  5P8K A;  2AVM A;  4GJD A;  3K5G A;  5P8I A;  4M8X A;  4FE6 A;  4RCF A;  1DAZ C;  5OZ0 A;  2AZB A;  3AID A;  2R3W A;  3URJ A;  4NJV A;  5P4J A;  4D88 A;  3L5E A;  5P7B A;  5IVT A;  5HE7 A;  5P6R A;  5P4V A;  3PM4 A;  5P7I A;  3CMS A;  5P8H A;  4E43 A;  5P5C A;  1Q9P A;  4Y5B A;  3ZKQ A;  3SAB A;  3UDJ A;  1FQ4 A;  3M9F A;  1SDT A;  2PK6 A;  1QBT A;  1EC0 A;  3UQP A;  3LZV A;  1HTG A;  5P74 A;  2P4J A;  1YM2 A;  5P51 A;  2HB2 A;  5OYT A;  5ER2 E;  5P61 A;  2NXM A;  2BPV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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