1MTRA

Hiv-1 protease complexed with a cyclic phe-ile-val peptidomimetic inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate-based cyclic peptidomimetics of Phe-Ile-Val that inhibit HIV-1 protease using a novel enzyme-binding mode.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mtrA00
2VIYA 1UH9A 5P28A 5P3WA 4ZSPA 3ZPSA 4CKUA 3NWXA 4L7GA 3EKQA 1AVFA 2PC0A 1EPPE 5JFUA 1B6KA 5P3HA 1IDBA 5P40A 4EHCA 5P8FA 4YOBA 2I4WA 4Y5MA 3EXOA 5AHCA 5TOLA 1TW7A 2B60A 5P0EA 2IKUA 4Y5BA 3K5FA 1BWBA 5P4OA 2F80A 5P7AA 2WEBA 4LXAA 5P85A 2QMPA 5P7BA 3B7VA 5P6SA 1ZTZA 2AOEA 2OHNA 4RLDA 1OEXA 3LZUA 4DQCA 4A4QA 4Y4JA 5P0RA 1XDHA 3ER5E 4OD9A 5P2IA 5P39A 1HVJA 1CPIA 3PMUA 3UDJA 1MRXA 2QNQA 5P8BA 3SA4A 1FQ8A 5EZZA 3DK1A 4B1EA 1A8KA 3DOXA 1W5WA 1AAQA 2CEMA 1BXQA 4J0PA 3UCBA 4Y58A 1HEFE 5P1OA 1E5OE 3OUDB 3T6IA 3LZVA 4A6BA 2VS2A 5P49A 4CPXA 1BBSA 5P3EA 5P6RA 3TPRA 1FKNA 3EL5A 5I3YA 1SMEA 3UDMA 4MC9A 4Y3RA 4ZE6A 1B5FB 1LF2A 4FE6A 1D4JA 3N3IA 2G1NA 1HBVA 1MTRA 3OHHA 4Y4EA 2BQVA 3FSMA 1AZ5A 2R5PA 2IGXA 4D88A 4B72A 2NXLA 4Y5NA 3VLBA 1MT9A 3NWQA 1FFIC 5P4VA 3PCZA 1T6GA 4HEGA 1W51A 3WZ8A 5P1FA 1D4YA 2IS0A 4JPEA 5P8HA 2O4LA 3GGVA 3OUDA 3OXCA 3EKPA 1A9MA 5P0DA 2G22A 5P5LA 5P6VA 2Z54A 1Q9PA 4YBIA 4RYGA 1QBTA 3G72A 3UQXA 3PSUA 4I0EA 4LXKA 5P58A 2QHYA 4H3JA 1B5FA 3SA3A 1ZSRA 5OYXA 2J9JA 2QI6A 5ER2E 3EKWA 2PWCA 5P2TA 2APRA 3I25A 5P6AA 5BS4A 2BPVA 3PGIA 3UQRA 5P09A 1LF3A 1IDAA 4CPUA 2G69A 5P2BA 5OZ6A 1APWE 2QHZA 5P0ZA 4Y3TA 4Y3NA 5P6CA 3PBZA 5P6EA 2I4QA 3NXEA 1WKRA 3S53A 1T3RA 5KR1A 5P59A 4FAFA 5P60A 4EJKA 5ISJA 2ZGAA 4Y3ZA 1FMBA 5P1RA 2PSVA 3CMSA 2OAHA 4Y3AA 5AHAA 5P6WA 3R4BA 5P5PA 2HPFA 5P6NA 4DJQA 3S45A 1TSQA 2ER7E 5P2FA 3UFLA 1E80E 4L6BA 1J71A 2BKSA 4I8WA 3O9LB 4I0DA 5P10A 3HVPA 2QAKA 1HIVA 1MERA 2NNPA 5P7JA 3WZ7A 3U7SA 5CONA 1BDLA 1HRNA 1RPIA 5DR7A 3LIQA 5P5UA 4DQEA 5P2CA 2OHKA 1IZHA 1D4LA 4Y47A 1ME6A 2RENA 1MSMA 3L5EA 1META 2WKZA 4D8CA 5P1UA 1APVE 1XE5A 4XXSA 4F75A 4TVHA 3OQ7A 5OZBA 2Q15A 1HPXA 1NPVA 2UY0A 4CPSA 1C70A 5HCTA 2FIVA 1BV9A 4HA5A 4FL8A 3D3TA 4DI2A 3H5BA 2I4XA 4L7JA 5P2KA 3TNEA 2VA7A 1YM2A 3FKTA 5P5GA 5P5KA 1KJ4A 3TTPA 5P45A 4Y4UA 4DFGA 3O9IA 1BILA 3UQWA 1D4IA 5P4FA 5P4AA 2WEAA 5OZHA 2VJ6A 1GVVA 5KQFA 3Q6YA 2VNNA 5P3OA 1GVXA 2RKGA 3ZL7A 4QLHA 3S2OA 5I3VA 2P4JA 5IVSA 5OZZA 4JPCA 3LIVA 1LYBB 4RZ1A 2ZJHA 5OZCA 3DUYA 5P4QA 4ACUA 4IVSA 1FF0C 3KFSA 3PI5A 5OZEA 2VIJA 4Y4BA 1ZPAA 5P2ZA 3UQPA 4HDFA 5P3IA 5OYVA 5P1NA 3HD8A 1ODXA 3EM3A 3QIHA 3EKTA 3KMXA 5P5JA 2WEDA 1XL2A 3BHEA 4B1CA 4YDFA 3NDXA 3ZKMA 5AGZA 1ZSFA 5P18A 2R5QA 4QJ6A 3NUJA 2AZCA 5P46A 4GIDA 2ZYEA 3O9CA 1HPOA 4LL3A 5HE5A 5OZYA 2QP8A 2BKTA 4Y54A 5P63A 4Y5KA 5P5SA 3L38A 3MSLA 3HAWA 3O9DA 1BIMA 1ZP8A 4Y3GA 5OYZA 4J1EA 5P32A 1LYBA 3VF3A 4DJWA 2PQZA 5P7PA 3M9FA 1YTJA 4PEPA 2ZHSA 2ANLA 3DCKA 2ASIA 3S8IA 2QI3A 4D89A 5P2QA 2AOJA 2IL2A 5P3AA 5ER1E 3OY4A 5P0GA 5DQ4A 3SACA 5I70A 1BDQA 1BDRA 3ER3E 4RCDA 1K1UA 5P36A 4R5NA 3QROA 2QI7A 2O4NA 3ZKQA 4RYCA 1QS8A 1NPAA 4RGHA 4U8WA 3ZLQA 5DQ1A 5P5FA 1RQ9A 3UF3A 1MTBA 1M0BA 5E5JA 8HVPA 1FQ5A 2WL0A 4I10A 5OYYA 1YT9A 4Y4TA 3ZKSA 4YHQA 4Y3QA 3MSKA 4EP2A 5P66A 4OBFA 5P6BA 5P8IA 1M4HA 1W5XA 3VF5A 2R38A 4Y37A 3OUBA 4FS4A 5F01A 5P4IA 5P3SA 1FIVA 4PYVA 1GNOA 4HE9A 4DPFA 2VIEA 4DQGA 3O9EA 4OBGA 3QAAA 5ISKA 3JW2A 3KDDA 3QP0A 4ER4E 5P4CA 3KDBA 1DPJA 1SDVA 2OHMA 3T7XA 5P4ZA 4Y3JA 1T6EX 3SA9A 3PWRA 3K5DA 3URLA 4OBDA 2UPJA 1APUE 5OZTA 4GYEA 3NU6A 1KZKA 1XL5A 5P4NA 5P1GA 4H3GA 2QD8A 5IVQA 2FXEA 3OUAA 1QDMA 1YTHA 5HU1A 3MXEA 5DQCA 1MESA 1SDTA 5P8KA 4FIVA 3OOTA 1PFZA 1JLDA 3RTHA 1ER8E 3F9QA 5P4TA 5P22A 3TPJA 3UDPA 4K4RA 5AHBA 3UDKA 3LIZA 3RVIA 2ZE1A 3DV1A 3IGBA 5P4HA 1AXAA 5P2SA 1ZLFA 1EBZA 5P7OA 3BRAA 4TRYA 3KFPA 2G24A 4NJVA 5P4BA 5P6OA 2VJ7A 3VF7A 1HXWA 4QJ2A 1FG6C 1BAIA 3G6ZA 4Q5MA 5P68A 4ACXA 4CPWA 5P7KA 4OBHA 4HLAA 4XKXA 3MXDA 1Z1RA 5OZPA 2G1YA 4ZSMA 5P8RA 5P6TA 3JVYA 3PJ6A 1HTRB 5P0WA 2B8LA 4B77A 4Z4XA 2ER6E 4YD5A 3NUOA 4RVXA 3EKXA 3LPJA 2G1OA 4Q1WA 4EJDA 5OZIA 1BWAA 3KFRA 3LIYA 2PK5A 4DJXA 3OGQA 3PEPA 5P4RA 3EC0A 1T7KA 4KE0A 4RRNA 3QBFA 2UXZA 3LZSA 5P33A 4NPUA 2G1RA 2PWRA 2V10C 2QCIA 5P1QA 3NDUA 4YCKA 2QI5A 5P5QA 3G70A 5P3NA 4H1EA 5P51A 4ZSRA 5P2AA 2PK6A 4CMSA 1HVIA 4J5JA 1BV7A 5OZJA 5P2HA 2F3KA 2IENA 3TOFA 4NJSA 3ZPTA 1E81E 5APRE 3SA6A 3O9GA 5HE4A 1HTFA 4J0TA 5DR4A 4Y3WA 3PI0A 5OZ3A 2VA5A 3KYRA 5P16A 3CKTA 4Y50A 5P71A 1EC2A 5P1IA 4X7IA 2G21A 5P7QA 5P1VA 1HEGE 5P6LA 5P6YA 1DIFA 3URIA 1FQXA 5HCOA 3VCMA 5P8CA 5P5AA 1DMPA 2H6TA 1KJGA 1MT8A 3L5CA 4OBZB 5P0QA 5P1TA 1ZBGA 5P4GA 2IGYA 5P57A 1SIPA 2AZ9A 1W5YA 5T4SA 4DJYA 4WY1A 5P5XA 3ZMGA 3LPKA 2ZDZA 1TCXA 4Y43A 5P72A 1UH8A 3APRE 2BPYA 3FNSA 4RRSA 4J1CA 5P88A 5P8TA 5P4WA 2FGVA 3R2FA 4J1FA 3TL9A 3ZKXA 4Y5LA 2QU2A 4U7VA 2HIZA 1PPKE 2XFJA 1KJFA 1DP5A 1ZAPA 4Y4XA 1HVLA 5P3TA 3QPJA 1M43A 3LNKA 4Y36A 3INEA 4FSLA 4Y57A 4B1DA 1HIHA 3OOZA 5P05A 4I11A 2PH6A 3PLDA 4Y4ZA 5P15A 5P4DA 3S7MA 1CMSA 4ZPFA 5P3ZA 2J9KA 5SXNA 3RSVA 5P2LA 5P29A 1QRPE 3IXKA 3B80A 4I0JA 5P62A 3VYFA 5P2JA 4I1CA 5P4EA 5P6FA 5P7EA 5P50A 3EL9A 2Q64A 4GJ5A 4EXGA 3LZYA 4UPJA 5P5HA 3GI4A 5P7CA 4AA9A 2R3WA 4YBFA 5P0HA 3S56A 5KQYA 1QBSA 4B78A 5P67A 1VIJA 4Y3HA 5COKA 5HD0A 2WJOA 3QRMA 1HHPA 2IEOA 2JYSA 3SKGA 2FDDA 2AVQA 3ZKIA 3OAGB 4DQBA 5P73A 5P1BA 3S7LA 1WBKA 4Z22A 1XN2A 3PLLA 4I0IA 1FMXA 1SBGA 1K6PA 1W5VA 2ER9E 2QZWA 2G27A 3SM2A 5P7UA 1A8GA 1MRWA 1YG9A 3L5BA 5P27A 3EM4A 2XYFA 4Y3FA 2BB9A 2PYNA 3OGPA 3VLAA 4F76A 3PSGA 5HDXA 1XN3A 2ZJLA 3OK9A 1EC3A 3MSJA 1HVHA 3KM4A 1F34A 3SO9A 4AMTA 3BC4A 5P8GA 4DJRA 4GJ7A 5P61A 4Y9WA 1HVSA 3HDKA 5I3WA 3ECGA 3HVGA 1HTGA 4Y51A 5P7NA 2NTRA 2P3AA 3OAGA 4FRSA 5CLMA 2AQUA 4NJUA 2QI4A 5P3YA 4D85A 3DCRA 4B70A 4LAPA 5P6PA 4Y3PA 3VFBA 2OHLA 2OHSA 5P31A 5OZAA 3HLOA 1W6IA 3OU3A 5P12A 1FFFC 3WB4A 2QD6A 4KE1A 5P5EA 3PHVA 2Q54A 5P76A 3KT2A 3SPKA 5P7MA 4Y5CA 3S54A 1EPME 5KOQA 1ZPKA 2P3CA 4HZTA 2FNSA 4H3FA 1MVPA 2BPZA 5P25A 2FGUA 1IVPA 1UH7A 1VIKA 5P2WA 2R9BA 5P1JA 5F00A 5P0NA 4YD4A 5P8JA 2Q3KA 1AIDA 1YTGA 4Y5AA 5PEPA 4AA8A 1GKTA 3PRSA 3WZ6A 3O9LA 3QN8A 3NR6A 1AJXA 4KUPA 2RSPA 2VNMA 4ER1E 3OQKA 1NPWA 4FM6A 4I0FA 4PHVA 4QJAA 5P0JA 4YOAA 5P6MA 2HC0A 1MT7A 4J1IA 1KJ7A 2VIZA 5OZRA 3PVKA 5AH9A 4NKKA 2WECA 2F3EA 5P7YA 2F3FA 2V11C 4K9HA 3EM6A 4BEKA 4AUCA 5HDVA 1FG8C 1EPRE 2QI1A 3BGCA 2P8HA 2ZJIA 3HBOA 7UPJA 1IVQA 4R95A 5P79A 3KF0A 3UTLA 5P6HA 4GJ6A 3T11A 3NU9A 1OD1A 1HTEA 1HSHA 4YDGA 3PMYA 1MSNA 4J0ZA 4I0ZA 5P35A 3BXRA 1Z1HA 3IN4A 5P8NA 5DQ5A 5OZ1A 3D1XA 1SP5A 5P80A 5P8VA 3SKFA 2AVMA 3RTNA 4FGXA 4Y4WA 2P3BB 4DPIA 5P6QA 3PM4A 1DW6C 1PSNA 2AZ8A 2BBBA 5OYRA 3VSWA 5P0PA 1SGZA 1B6LA 5P17A 5P6UA 2B7ZA 1HWRA 4Q1XA 4Z50A 2V13A 2JXRA 3UDHA 2BJUA 2XYEA 3GGXA 3TOHA 4D83A 1LEEA 5P8AA 1GNNA 2V12C 1EPNE 1LZQA 5P53A 3ST5A 4ZIPA 4S1GA 6APRE 4RCFA 5P70A 2NMZA 2ER0E 5P2MA 1Z8CA 6UPJA 5P1LA 5P13A 5P0MA 5P3KA 1B6MA 5IE1A 1GVTA 5P6JA 5P3QA 1MEUA 3HW1A 5P34A 4LBTA 1QBUA 2R8NA 5HE7A 3D1YA 4HVPA 5P3FA 5P41A 5P7XA 5P52A 4DV9A 5P5DA 1EAGA 2I0AA 5OZWA 5P03A 4Y6MA 2P3BA 4R91A 3L59A 4Y38A 3C9XA 2I0DA 5P48A 4RCEA 5OZLA 3K4VA 5P3BA 5DQ2A 5P75A 3Q5HA 3VV7A 3KDCA 3GI0A 5P0AA 1PROA 1EBWA 1MIQA 5P83A 5P7VA 1AM5A 1F7AA 4CPRA 4KB9A 3BUFA 3NU3A 5OZ0A 5OYWA 5P0KA 4GJ9A 3VV6A 5P4SA 3FIVA 3T7QA 1MPPA 3L5DA 1GVWA 4EQ0A 5P7SA 3SA5A 5OZOA 5OZ2A 3VSXA 5P7DA 1EC1A 9HVPA 1SH9A 5DR1A 1TQFA 1XS7D 2ZHRA 3Q3TA 5P3MA 5HTZA 3I2LA 1DAZC 4J0YA 5P7LA 3EL4A 2B7FA 5P2OA 1PSOE 5DGUA 2O4SA 1HSGA 5P5CA 3VFAA 3VYEA 5I3XA 1EEDP 5P8DA 5P78A 2ZHUA 4EWOA 3AIDA 3L5FA 3CIBA 1RV7A 3OQDA 3INDA 2WF0A 4FRJA 5JODA 2PMAA 1B6PA 5P0CA 5P14A 5P77A 5FIVA 3QS1A 3SQFA 5OYSA 1HVCA 5P07A 3R0WA 3RSXA 1OEWA 2WF2A 5IVRA 2PYMA 4GJDA 5JG1A 5KQXA 5P8PA 6FIVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VIY A;  1UH9 A;  5P28 A;  5P3W A;  4ZSP A;  3ZPS A;  4CKU A;  3NWX A;  4L7G A;  3EKQ A;  1AVF A;  2PC0 A;  1EPP E;  5JFU A;  1B6K A;  5P3H A;  1IDB A;  5P40 A;  4EHC A;  5P8F A;  4YOB A;  2I4W A;  4Y5M A;  3EXO A;  5AHC A;  5TOL A;  1TW7 A;  2B60 A;  5P0E A;  2IKU A;  4Y5B A;  3K5F A;  1BWB A;  5P4O A;  2F80 A;  5P7A A;  2WEB A;  4LXA A;  5P85 A;  2QMP A;  5P7B A;  3B7V A;  5P6S A;  1ZTZ A;  2AOE A;  2OHN A;  4RLD A;  1OEX A;  3LZU A;  4DQC A;  4A4Q A;  4Y4J A;  5P0R A;  1XDH A;  3ER5 E;  4OD9 A;  5P2I A;  5P39 A;  1HVJ A;  1CPI A;  3PMU A;  3UDJ A;  1MRX A;  2QNQ A;  5P8B A;  3SA4 A;  1FQ8 A;  5EZZ A;  3DK1 A;  4B1E A;  1A8K A;  3DOX A;  1W5W A;  1AAQ A;  2CEM A;  1BXQ A;  4J0P A;  3UCB A;  4Y58 A;  1HEF E;  5P1O A;  1E5O E;  3OUD B;  3T6I A;  3LZV A;  4A6B A;  2VS2 A;  5P49 A;  4CPX A;  1BBS A;  5P3E A;  5P6R A;  3TPR A;  1FKN A;  3EL5 A;  5I3Y A;  1SME A;  3UDM A;  4MC9 A;  4Y3R A;  4ZE6 A;  1B5F B;  1LF2 A;  4FE6 A;  1D4J A;  3N3I A;  2G1N A;  1HBV A;  1MTR A;  3OHH A;  4Y4E A;  2BQV A;  3FSM A;  1AZ5 A;  2R5P A;  2IGX A;  4D88 A;  4B72 A;  2NXL A;  4Y5N A;  3VLB A;  1MT9 A;  3NWQ A;  1FFI C;  5P4V A;  3PCZ A;  1T6G A;  4HEG A;  1W51 A;  3WZ8 A;  5P1F A;  1D4Y A;  2IS0 A;  4JPE A;  5P8H A;  2O4L A;  3GGV A;  3OUD A;  3OXC A;  3EKP A;  1A9M A;  5P0D A;  2G22 A;  5P5L A;  5P6V A;  2Z54 A;  1Q9P A;  4YBI A;  4RYG A;  1QBT A;  3G72 A;  3UQX A;  3PSU A;  4I0E A;  4LXK A;  5P58 A;  2QHY A;  4H3J A;  1B5F A;  3SA3 A;  1ZSR A;  5OYX A;  2J9J A;  2QI6 A;  5ER2 E;  3EKW A;  2PWC A;  5P2T A;  2APR A;  3I25 A;  5P6A A;  5BS4 A;  2BPV A;  3PGI A;  3UQR A;  5P09 A;  1LF3 A;  1IDA A;  4CPU A;  2G69 A;  5P2B A;  5OZ6 A;  1APW E;  2QHZ A;  5P0Z A;  4Y3T A;  4Y3N A;  5P6C A;  3PBZ A;  5P6E A;  2I4Q A;  3NXE A;  1WKR A;  3S53 A;  1T3R A;  5KR1 A;  5P59 A;  4FAF A;  5P60 A;  4EJK A;  5ISJ A;  2ZGA A;  4Y3Z A;  1FMB A;  5P1R A;  2PSV A;  3CMS A;  2OAH A;  4Y3A A;  5AHA A;  5P6W A;  3R4B A;  5P5P A;  2HPF A;  5P6N A;  4DJQ A;  3S45 A;  1TSQ A;  2ER7 E;  5P2F A;  3UFL A;  1E80 E;  4L6B A;  1J71 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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