1MTRA

Hiv-1 protease complexed with a cyclic phe-ile-val peptidomimetic inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
97
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate-based cyclic peptidomimetics of Phe-Ile-Val that inhibit HIV-1 protease using a novel enzyme-binding mode.
pubmed rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 97
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mtrA00
2VIYA 2APRA 4M8XA 2QMFA 3ZLQA 1F7AA 3L5CA 3PCWA 4Y51A 2J9JB 5DR1A 2FS4A 4Y5NA 3KDCA 4FM8A 3PWWA 3OADA 4I11A 2I4QA 2WEZA 2QHYA 2AQUA 3EKXA 2QZKA 4Y4EA 4I8ZA 1XE5A 1MESA 4Z50A 4Y4GA 4XX4A 1K1TA 4JP9A 4L7JA 3ZPUA 5P23A 3R1GB 3VFBA 2OHRA 4NJTA 5P14A 3SM1A 1HXWA 1CMSA 1PSNA 2NMZA 5T4SA 4NKKA 4Y5MA 4NJUA 3NUJA 5P3KA 4DQCA 3Q5HA 1HPOA 3O9BA 2QZXA 4FAEA 5P1JA 5P72A 2G21A 3UQXA 4ZLSA 1DMPA 1ENTE 2AOIA 3HLOA 3KF0A 2AOFA 2R9BA 4Q1NA 1DW6C 1XDHA 5P48A 5P7HA 5P22A 2BPYA 3OUBA 5P7BA 5P68A 4HLAA 1XL2A 2AVMA 5P1GA 5P4DA 4OBKA 4YBIA 3PBZA 3PM4A 4B1CA 2J9JA 5P6HA 4FAFA 3INDA 5P67A 4DPIA 5P2VA 2IGYA 2O40A 2QI5A 2Q3KA 5P8DA 5P8RA 1XL5A 1RV7A 5P28A 3UFNA 1ZAPA 5OZCA 3S7LA 1VIJA 5P8MA 4Y4ZA 2PSGA 1LF4A 2NR6A 2HS1A 4APEA 2AZ8A 3UPJA 3OTSA 4Z22A 3PSGA 3ECGA 5P1AA 2HB2A 4EP2A 5P4YA 2ZJJA 5P6CA 1LYBB 5UPJA 1APTE 1UH9A 4Y38A 5HD0A 5OYVA 3SA6A 3SACA 4R93A 3CKRA 4GZFA 2Q11A 2A1EA 4Y56A 5KR0A 1ZBGA 1SP5A 1ZTZA 3RVIA 2WF0A 7UPJA 1TCXA 2QI4A 5P3RA 3U7SA 3UHLA 2BPVA 5EZXA 2I0AA 2I4DA 1SBGA 5P3WA 3OUCA 3VV6A 1BVEA 5P0GA 2P83A 3R0YA 5P4PA 5OZRA 3U71A 3UQWA 5ISJA 1TQFA 4RGHA 2FGVA 2VS2A 3NYGA 5P3BA 2Q64A 3OU4B 1SGZA 3ZMGA 2QD6A 3PLDA 5ER1E 4CPTA 3DK1A 5P6PA 5P0YA 4F74A 2XFJA 1XN3A 1K6TA 3ER5E 4QJ6A 4LHHA 1LYBA 5P5KA 1IZDA 1YTHA 5P0SA 1HTGA 3HD8A 1K1UA 3PLLA 5I3XA 1G2KA 1EC1A 1QS8A 4RRNA 1B11A 4EP3A 4OD9B 3QRVA 1FIVA 5OZDA 5OZKA 3VYDA 4J0YA 3O9CA 4RCDA 4I0FA 2QNQA 3OUAA 5P03A 1IZHA 2ASIA 2AODA 1SIVA 4X2LA 2OHQA 3TL9A 3VV7A 5OYZA 2V00A 4X7IA 4QJAA 1EPRE 4Y3XA 3TPLA 2WF4A 4Y3YA 2ZGAA 2O4LA 4K4RA 7HVPA 1MT8A 3HW1A 4OBZB 3BUGA 2QHZA 5P0RA 5P3QA 4YDFA 5P85A 4DJQA 5KQFA 3D1YA 5P54A 4I0HA 4QGIA 4MC6A 4FRKA 2QI1A 3OU4A 5DR7A 2QMPA 4EQJA 3ZPSA 3LZUA 5P80A 1FMXA 4DQGA 5P3JA 3CYWA 4KB9A 3T7QA 3BGCA 2JJJA 1WBMA 3QROA 5P5TA 2G69A 2I1AA 1K6VA 3INEA 5DR0A 2QNPA 4ZSQA 3QVIA 4J1IA 5DGWA 1ODXA 3DCKA 4D8CA 4FIVA 5P39A 1GVXA 4EJLA 3KT5A 4OD9A 5P6JA 2I4VA 5P0WA 4Y3WA 5P06A 3D20A 5HE7A 1HOSA 4I0JA 1MT9A 2QI0A 4IVTA 5KR2A 3FNUA 5P5OA 1FQ8A 2PK6A 1OEXA 5P2LA 2VKMA 2HC0A 5P2MA 4YCYA 2BKSA 4Y36A 5P5ZA 4FCOA 2OHTA 3AUPA 4Y50A 5P64A 3EKVA 3SFCA 4ZEAA 1B6MA 2B8LA 3GI0A 1MTBA 5P7FA 2BPWA 4Y3FA 3IAWA 3KYRA 4OBZA 3GGUA 4Z4XA 4Y4XA 5P8PA 5P49A 3L58A 1PPKE 3NXNA 5P81A 3UDQA 1KJ7A 5P3HA 1TCWA 2G1YA 3OOZA 5OYUA 3GI4A 4R92A 5P7WA 2RKGA 2V10C 5SZ9A 4N00A 1FEJC 5OZ1A 1K2BA 3KFNA 4EJDA 5P2JA 2WL0A 3NWQA 5OZXA 2QD8A 5P82A 1HPSA 5P3PA 1T7IA 1MPPA 1N49A 3OAGB 5DR4A 5B18A 5BS4A 1LZQA 5P0JA 4Y5EA 1APWE 5F00A 5KR1A 3NU4A 2NXLA 5OZSA 2NTRA 5P6ZA 5P5VA 4DI2A 5P1MA 4RRSA 2Q15A 4J54A 5P09A 5P41A 3QRMA 5AH9A 3FNTA 4Y5LA 3TNEA 2RSPA 5OZYA 4H3IA 5P7QA 2B7ZA 2QAKA 5P4SA 4YBFA 3OHHA 4MC1A 5P5CA 1MUIA 4K8SA 4YD4A 1ZPAA 2G1RA 1SDUA 5P7MA 5P5BA 2AOEA 1Z8CA 3FNSA 3QRSA 3VYEA 4RVIA 1FQ6A 5P55A 1APVE 1AM5A 1CZIE 4Y57A 5P79A 1MSMA 4Y3MA 5P8NA 4D89A 1A9MA 2ER7E 3ST5A 5P6WA 4QJ9A 5P43A 5P0KA 4EJKA 2O4NA 5P3VA 4APRE 1LV1A 3OAGA 1G35A 4DQHA 1W5YA 2RENA 5P8HA 3ZKGA 4HVPA 4Y5BA 3O9DA 3L38A 1D4SA 4Y41A 5P61A 3CICA 3LIZA 2I4UA 5P31A 1ZPKA 4RLDA 2OHLA 5OZ9A 5P16A 4Y54A 2VA5A 1PSAA 2FDDA 1E81E 3ZKIA 5P59A 2F3EA 4HE9A 4RVXA 1OHRA 4XKXA 3OGQA 2OHPA 5P0LA 5P7ZA 3O9HA 4YD5A 5P12A 1ZP8A 4E43A 2PYMA 4FL8A 5P6GA 3UDPA 4XX3A 1KZKA 2QI3A 4HEGA 2QI6A 2WEDA 1D4IA 4M8YA 5HU1A 3LPIA 4OBGA 3ZKSA 2IRZA 5P3FA 3LHGA 5OYTA 1EPOE 1MIQA 5P87A 5P7LA 4DJWA 2PYNA 4GJ7A 5E5KA 1BAIA 5BRYA 4CPSA 2Q55A 3CIDA 4ZPEA 5P1LA 1META 2AOCA 3K4VA 3S7MA 4PZWA 1A8KA 1T7KA 5P4XA 2P3DA 5OZBA 5P5WA 5P4OA 3TLHA 4Y3EA 3KM4A 4GJ5A 2PWCA 5P8EA 4K9HA 4DJPA 1ZJ7A 2PSUA 5P8BA 1YM2A 4DV9A 5P3IA 3ER3E 4AUCA 1AAQA 5SXNA 3SKFA 3L3AA 3K5DA 6UPJA 4DH6A 1M0BA 5P2AA 4F75A 5P51A 3I7EA 4R8YA 5P5RA 3O9AA 5P00A 3SO9A 4Y48A 4HDBA 3ZOVA 1IDBA 5P7JA 5P77A 3VSXA 1HBVA 5P33A 1HEFE 5P5JA 2HPEA 5P1WA 5P83A 4Y3ZA 2FDPA 3HAUA 4YE3A 3NDUA 4YOAA 2FMBA 3R0WA 5DPZA 5OZ0A 1HHPA 3UDHA 2PMAA 3PRSA 2ER9E 5P7SA 2R3TA 3RU1A 1HTFA 5P1EA 1ODWA 3RTNA 5P1BA 5P2HA 4LC7A 3H5BA 3CMSA 4FRJA 4RROA 3S45A 5P1VA 5P2SA 3SA3A 5P7EA 3HVPA 2XFIA 4LXAA 3TTPA 5P1XA 3VV8A 5P2DA 1HVCA 5OZVA 3APRE 3DV5A 5P40A 5KQYA 5P73A 1EPNE 3VEUA 3EKTA 5P5HA 4FE6A 5P3SA 1M4HA 3G6ZA 5P6KA 4BFDA 5OZTA 4DVFA 3OWNA 5P0XA 3OUDB 1IZIA 1GNMA 1IDAA 4KE1A 4FGXA 3KA2A 2B8VA 5SY2A 4XXSA 4Y53A 5P4WA 4EXHA 4HDPA 2V16C 4I0DA 4BFBA 5HU0A 3UQRA 5P0CA 5OZOA 2IS0A 2ANLA 5DR3A 4BEKA 5P4NA 1W51A 4CP7A 2PK5A 4Y3PA 3Q3TA 5P4ZA 2NPHA 5P56A 4Q5MA 4UPJA 2QK5A 3PSYA 3K1WA 3SA8A 5C9DA 1PPLE 2OHMA 2JYSA 2BQVA 1HTEA 1DAZC 5P1FA 3GGXA 4H1EA 3O9LB 4J55A 1F34A 2HB4A 2EWYA 3RSXA 5P32A 1AJXA 3EBZA 1IZEA 1QBTA 5P3LA 2PQZA 3OUDA 4Y3SA 3UDRA 2J9KA 4I0IA 4GJ6A 3GI6A 1EEDP 3S53A 3VF7A 1HVJA 4Y45A 3EKPA 5P58A 2JXRA 4J1CA 5P3CA 1YG9A 2FXDA 3IGBA 1FF0C 1E82E 5P4LA 1K6CA 5P2YA 4QLHA 5P6YA 5HDXA 1W5WA 2AZBA 5OZ3A 2HB3A 1UH8A 1PPME 5P4CA 2WKZA 3DV1A 3LINA 2NNKA 1EPQE 3VFAA 3CKTA 1EBZA 5P6UA 3PI0A 3LZYA 5P0FA 5P4GA 1HWRA 1ZSFA 4J5JA 5P1KA 1FGCC 1NPVA 1QDMA 5P5NA 5OZGA 3LPJA 2V11C 2ER0E 4J0VA 4Y4BA 5P65A 5P2BA 5EZZA 2ZJMA 3O9LA 5P86A 1SMEA 4Q1WA 5OZ2A 2OF0A 1XN2A 3PSUA 4Y3TA 3VUCA 1BV7A 3MSLA 2BPXA 5IE1A 2PC0A 3F9QA 5P6SA 5P6IA 3BGBA 4Y5PA 2ZHRA 1LF3A 3KFPA 5KR8A 4S1GA 1MT7A 2O4PA 3MWSA 5P66A 2AOJA 2BPZA 3C9XA 4YD7A 5P6TA 3TPRA 2ZHVA 2F8GA 5P5XA 2IQGA 5P18A 4GJ9A 5P6EA 5P7TA 5P30A 4TVGA 5IS4A 2R43A 5OZ7A 1W6IA 1BWAA 5P2CA 2QZWA 3QVCA 1BILA 5P89A 4AZYA 5P10A 3VSWA 5P4IA 4ER2E 5P1QA 2WJOA 1HVSA 3HZCA 5P76A 5SY3A 1AVFA 2P3AA 3TOFA 4A6CA 5P17A 3O9IA 2NMYA 4KE0A 2I4WA 1HIIA 2VNNA 5PEPA 5KAOA 4PEPA 3O99A 3PVKA 3PEPA 3NU9A 3PWMA 2Z4OA 2A4FA 3L5EA 1AXAA 4LP9A 5P7IA 1EC2A 1ODYA 2WF1A 4ACXA 4Y6MA 5COKA 1BDQA 5IVSA 2WF3A 5IVTA 2V12C 1C6YA 4Y5KA 3KN0A 1G6LA 3D1XA 1EPME 4HA5A 1FFFC 5OZLA 5OZ6A 2Q63A 1AIDA 5P5IA 2QD7A 1GVTA 5AGZA 3SLZA 4FRIA 5P7RA 3SA5A 3S54A 5P1UA 1IVPA 5OZZA 4LL3A 3FSMA 5P4EA 5P63A 5P2IA 1UPJA 5P27A 4A4QA 5P1RA 2VIJA 5AHBA 4GJAA 2UY0A 5P0IA 5P2EA 5ISKA 1QBSA 3VG1A 4RZ1A 4DUSA 5OYXA 1XE6A 3SAAA 1GKTA 5P2GA 4DJYA 4Y43A 3EL5A 3CYXA 2R3WA 2ZHSA 5P2ZA 2IENA 5P2TA 3URIA 5P2NA 4QJ7A 4ZSRA 4J1EA 4J0ZA 2NXMA 4FM6A 4RCEA 3VLAA 3ZL7A 3LPKA 4Y3DA 1HVLA 4B1DA 2FNTA 2WEBA 4R5NA 4Y3AA 2SAMA 5P62A 4K4PA 2FXEA 2JJIA 3KFRA 4D85A 5P0DA 5HVPA 1B6LA 4U8WA 3ZKXA 3EL4A 4LAPA 5P0TA 3EKYA 2VJ6A 3URJA 4QJ2A 4D83A 3T11A 4DJXA 5OZAA 4ER4E 1HIVA 3LIQA 1TSQA 1FKNA 1HPVA 3IA9A 5P69A 2RKFA 2G1SA 3LZSA 5P35A 5P4BA 5P05A 2R38A 4COEA 3CIBA 2OAHA 3L5FA 5AH6A 5P6XA 5P4HA 1MEUA 3PHVA 5P5YA 2BBBA 3S43B 2AZCA 5P1CA 1D4YA 4A6BA 4OBFA 4DQFA 3O9GA 4YDGA 3SA7A 2ZJLA 5P4TA 2P3BB 3QS1A 3BVBA 1BXQA 1K2CA 1LEEA 1EBKC 2IDWA 3QN8A 2B7FA 3SQFA 3INHA 5P36A 3OXWA 5P0UA 3IN4A 3NWXA 5P71A 1FLHA 5OZMA 5P7AA 1NPWA 3L5BA 5DQ1A 5P2QA 5P1IA 2CENA 4QJ8A 3QBHA 2Q54A 1PFZA 2G26A 1XS7D 4YA8A 4I10A 4Y3GA 4Y4AA 4ER1E 1BDLA 5I3YA 1WKRA 4GJ8A 3DM6A 2PSVA 3LIVA 1EBYA 5P2UA 1EAGA 3MXEA 4LBTA 3HBOA 2OHNA 3KFSA 3B7VA 3BUHA 5JFPA 3S43A 5P8CA 3OGPA 5P24A 4L7GA 5P0MA 1ZLFA 2P3BA 3HDKA 1NH0A 5AHCA 3UDKA 4I12A 4Y4TA 5P5DA 2QMGA 4AMTA 1LF2A 1BXOA 2RMPA 1HSGA 5P74A 2VIEA 3PGIA 1YTJA 3FKTA 4DJOA 3QIHA 3QPJA 4L7HA 4LXMA 5P8KA 5P4MA 1SGUA 2VIZA 1HVIA 4FS4A 4Y5AA 3NDXA 4FLGA 1HRNA 4TRYA 4HZTA 3PB5A 3IXKA 3KT2A 2IKOA 1HXBA 1LYAB 5P0BA 3EXOA 2I4XA 4FSEA 4U7QA 5P6AA 3UF3A 3IVIA 4I8WA 2R5PA 3UTLA 5P11A 5P75A 1PSOE 3EL1A 2ER6E 3ZKNA 4CMSA 2UPJA 2V13A 3A2OA 5P13A 1DP5A 5IVQA 2O4KA 1W50A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VIY A;  2APR A;  4M8X A;  2QMF A;  3ZLQ A;  1F7A A;  3L5C A;  3PCW A;  4Y51 A;  2J9J B;  5DR1 A;  2FS4 A;  4Y5N A;  3KDC A;  4FM8 A;  3PWW A;  3OAD A;  4I11 A;  2I4Q A;  2WEZ A;  2QHY A;  2AQU A;  3EKX A;  2QZK A;  4Y4E A;  4I8Z A;  1XE5 A;  1MES A;  4Z50 A;  4Y4G A;  4XX4 A;  1K1T A;  4JP9 A;  4L7J A;  3ZPU A;  5P23 A;  3R1G B;  3VFB A;  2OHR A;  4NJT A;  5P14 A;  3SM1 A;  1HXW A;  1CMS A;  1PSN A;  2NMZ A;  5T4S A;  4NKK A;  4Y5M A;  4NJU A;  3NUJ A;  5P3K A;  4DQC A;  3Q5H A;  1HPO A;  3O9B A;  2QZX A;  4FAE A;  5P1J A;  5P72 A;  2G21 A;  3UQX A;  4ZLS A;  1DMP A;  1ENT E;  2AOI A;  3HLO A;  3KF0 A;  2AOF A;  2R9B A;  4Q1N A;  1DW6 C;  1XDH A;  5P48 A;  5P7H A;  5P22 A;  2BPY A;  3OUB A;  5P7B A;  5P68 A;  4HLA A;  1XL2 A;  2AVM A;  5P1G A;  5P4D A;  4OBK A;  4YBI A;  3PBZ A;  3PM4 A;  4B1C A;  2J9J A;  5P6H A;  4FAF A;  3IND A;  5P67 A;  4DPI A;  5P2V A;  2IGY A;  2O40 A;  2QI5 A;  2Q3K A;  5P8D A;  5P8R A;  1XL5 A;  1RV7 A;  5P28 A;  3UFN A;  1ZAP A;  5OZC A;  3S7L A;  1VIJ A;  5P8M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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