1MUIA

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with lopinavir.
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray Crystallographic Structure of ABT-378 (Lopinavir) Bound to HIV-1 Protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2002-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1muiA00
4JOOA 2G20A 2QI3A 1PPME 3MSLA 4ER1E 5P6NA 1HIVA 4DUSA 1APUE 4Q1NA 5P1RA 2I0DA 5ISJA 1KJ7A 4K4QA 2G26A 3T3CA 3LIQA 5P7LA 3FX5A 3T11A 1FKNA 3OTYA 3UCBA 5P81A 1LYBA 3QROA 3FNSA 5P40A 2AVOA 3QRSA 4EQ0A 4OBZA 3OHHA 1FF0C 1C6ZA 4CMSA 4CPWA 4TVHA 4BFDA 3NUJA 5P6XA 5P6FA 5P19A 1MVPA 5P1UA 3SM2A 2FGUA 3VF7A 5P1KA 4DQHA 5P8FA 4TVGA 2NPHA 2APRA 5P6IA 3QRVA 4LXKA 5P2YA 5P68A 2QP8A 5P4VA 5P3RA 4IVTA 3GI6A 3R2FA 4B0QA 3VUCA 5P8SA 1QBTA 2IENA 3RTMA 3SA3A 4RRSA 5P22A 3M9FA 3OHFA 5P35A 4ZSMA 2R3TA 5P53A 4YBIA 5HE5A 3OXVA 1GKTA 1T6EX 2H6TA 2G1NA 1RNEA 1ZLFA 2IEOA 2OHMA 5ER1E 5P0RA 4MC9A 4Y5PA 5P80A 5P10A 1LYAA 3EKXA 5OYQA 1IZHA 4EP3A 4OC6A 5P0IA 4DI2A 1W6HA 3SA6A 4YD6A 4DVFA 1PSNA 4M8XA 5P1OA 5P2VA 5P3OA 3INDA 2IKOA 1XE5A 1IZEA 4L6BA 1KJHA 3EL5A 2QHZA 5P2GA 1JLDA 4B05A 2Q54A 5C9DA 5P8DA 2QZXA 2BPWA 2I4XA 4H1EA 2XFKA 2B8VA 3BGBA 2WJOA 5P1AA 4QJ9A 3SFCA 5P7FA 2ZYEA 2OF0A 3OU4A 5P18A 1WBKA 1YTGA 5P8PA 2PK6A 3AIDA 5P6SA 4WTUA 1GVVA 4YD3A 1SDTA 5P5YA 1EC1A 1AXAA 4GJ5A 3LIYA 5SY3A 1M4HA 1PPKE 1LV1A 2AZBA 3K5FA 5P3AA 5P6BA 4Z4XA 5P5CA 3NUOA 4J1FA 4YCYA 5OZCA 5DR4A 5P5BA 4XX4A 5OZ4A 5P6HA 4J1IA 2RKFA 3H5BA 4DQEA 3K4VC 5P5QA 3U71A 1AM5A 5P5IA 2G21A 2ZJHA 5P34A 5P7UA 4Y37A 3O9DA 5P4SA 5P1FA 4DPIA 4ZIPA 5P4NA 1HXWA 1UH7A 1BV9A 5P0UA 4Y4AA 1FG8C 4NJUA 2AIDA 2P3BA 1W5XA 2FMBA 5OYTA 5P5UA 5P1BA 3HVPA 5P7WA 2B42A 3GW5A 3GI4A 1FIVA 2R3WA 4JPCA 1LZQA 5HE7A 5JG1A 5P6EA 3FIVA 3OGQA 3IAWA 5DGWA 3SM1A 3KDDA 1FMUA 3S7LA 3UQRA 5P8MA 2A1EA 5P4EA 4AMTA 4CPRA 2B60A 3Q5HA 3UDKA 4GJCA 4RVJA 5I3YA 4D85A 3O9LB 5P63A 3VEUA 3UDNA 3QP0A 3VSXA 3DV5A 3CIDA 4ZSPA 1SMRA 5P32A 5HDUA 5P7NA 4K8SA 4RYCA 5P1EA 5P48A 2AVVA 3INFA 1SDVA 5P1NA 1XL5A 3OXXA 3FV3A 2OHTA 4J1CA 1TCWA 1XDHA 1PROA 5P39A 1OEXA 3OADB 4WY1A 2ZJJA 3OOZA 5P89A 5P2EA 3MXEA 1A8GA 3HAUA 4GJ6A 5P70A 5P0GA 4OBHA 3G6ZA 1DIFA 4Y53A 5P2CA 3EL4A 3VV8A 4Y4DA 3OU1B 5P3HA 1XN3A 4GB2A 4Y45A 4FSLA 4FAEA 5P5SA 5P4ZA 5E5KA 4GZFA 1E5OE 2Q55A 4WY6A 5P7BA 1HVLA 2I4WA 5P0WA 4D89A 2VKMA 3LPKA 5OZ5A 1META 4Y3MA 2ER6E 5P51A 3ZKMA 1MT7A 2IRZA 3K5GA 3VV7A 3SA8A 5P7TA 2NTRA 4NJTA 3BRAA 4RCFA 2G22A 1APTE 4Y3WA 2VA5A 3FSMA 3ER3E 2WF1A 3QRMA 4QJ2A 3TL9A 4DPFA 2PYMA 1B6MA 2OHQA 3BVBA 5P28A 4CPTA 5P4TA 2V00A 5P2OA 5T4SA 5P5AA 4ACXA 1NPVA 5BS4A 3TPLA 1AJVA 2WEDA 3R1GB 3KDCA 1E80E 3UDRA 3LNKA 3S53A 5OZOA 5P3KA 5P8KA 4L1AB 2P3CA 4L7GA 3S7MA 5OZSA 5EZZA 5P36A 3VV6A 3S43B 3NR6A 1BVGA 1FEJC 5P5VA 5P3WA 1HVCA 1ZPAA 3D1ZA 4COEA 1SIVA 1FGCC 4J0YA 3T7PA 5P2MA 5P8JA 5IVSA 1SMEA 5P4YA 4DJOA 5P2LA 2Q64A 5P4MA 3TNEA 3ZKXA 1D4SA 4Q1WA 4F75A 3R0WA 2AZCA 2XYEA 1ZJ7A 4EPJA 2G1RA 2F3FA 2VA7A 4Y5LA 5AHCA 3PEPA 4FLGA 2O4PA 5P6TA 1SP5A 3Q3TA 1FQ5A 2ZE1A 5SZ9A 2NNPA 5OZ6A 5P5MA 1HIHA 1KJ4A 3QI1A 1ODXA 5P5NA 2VIZA 4Y50A 3LINA 1MSNA 2Z54A 5P0VA 3SABA 5P8LA 3ECGA 3SLZA 3LZUA 1BV7A 5P20A 5C9BA 5DQ1A 2RMPA 2I4DA 5ISKA 5P5EA 3S85A 2J9JA 5P0BA 1BWBA 5P60A 3NU6A 4YDGA 2IKUA 3LIZA 5OZ8A 4Y5BA 2B7FA 2QMDA 5P7DA 4I0IA 4D8CA 1OD1A 2QD8A 5COOA 3FNTA 3I8WA 3OQAA 4APRE 2PSGA 3SKGA 5P5FA 2PK5A 2VJ7A 1GVXA 3INHA 3OQDA 2O4SA 4Y3LA 1FFFC 4Y56A 5P17A 2XFJA 5KOSA 4FRSA 2AODA 4R95A 5P15A 5P1HA 5P7VA 2ER0E 3KT2A 3EM4A 3L58A 3DUYA 3KM4A 4Y3AA 5OYUA 2V11C 5P1SA 5P08A 5P0TA 4HVPA 1K6CA 3JVYA 5AH8A 4APEA 4U7VA 4FAFA 1T7KA 5I3VA 4FE6A 5P6UA 2PYNA 2A4FA 5P4CA 4FRIA 4EWOA 1DAZC 5P1GA 4PZWA 5P6CA 4YOAA 4Y4ZA 5P0DA 5P6VA 4CPXA 1IVQA 5HVPA 4ZSRA 5P64A 1ZPKA 3L5CA 4GJAA 4Y57A 5P2TA 2VNMA 4YHQA 4I0DA 5DR1A 1HSHA 3WZ6A 3O9BA 4LHHA 5IVTA 3IVHA 5P41A 5P87A 5P6KA 1HTEA 4IVSA 5P7EA 2ZJIA 1N49A 4Y36A 1BDLA 2QD7A 3RVIA 3CKPA 3PBDA 2OHRA 4DJVA 2QNPA 4RVXA 1A8KA 5P2KA 1OHRA 5P46A 5P77A 3LPJA 1BDQA 1PSOE 4J1HA 2R43A 3KT5A 2ZJMA 1RV7A 3EM3A 5P44A 5HD0A 5P3PA 2WF0A 2FXDA 4B77A 1EPME 3I25A 4Y3ZA 3IN3A 4Y5GA 4GJ8A 5KR0A 4I0EA 1LYWB 4DQBA 3OWNA 2QMFA 5OZ9A 4RRNA 5P3VA 4Y3TA 3Q6YA 2HPFA 5OZJA 4FGXA 4J0VA 4Z50A 1YG9A 4LC7A 3OUBA 5OZIA 4H3JA 5P3CA 3R4BA 4GJBA 2FDEA 5CLMA 3L5EA 1FB7A 7UPJA 1NPWA 4HLAA 5P11A 4J1EA 5P00A 5P7RA 1NSOA 2FXEA 1EEDP 4BEKA 2ZGAA 5KQYA 5P72A 3N4LA 3UDYA 3DCRA 4NJVA 1WBMA 1EPRE 3I2LA 3ZKSA 1T6GA 1ZAPA 5P2XA 5P2SA 1EBZA 2VJ9A 3VFAA 4D88A 5P2AA 2P4JA 1K1TA 5P4UA 4J55A 3D1YA 3GGAA 4DJYA 4OBJA 2WHHA 4R93A 3L5FA 2JJJA 5AH9A 5P2JA 1TSQA 5P8OA 5P1XA 1D4HA 5P16A 3WZ8A 2RSPA 1Z8CA 3OU3A 1QDMA 1A30A 3DCKA 1G0VA 5OZLA 1RL8A 5BRYA 5IS4A 3GGXA 3BUFA 2O4LA 1EBKC 3UQUA 1FG6C 1SH9A 2I1AA 4Y3EA 4Y47A 4LXMA 3LPIA 3OXCA 3PM4A 2WECA 4DH6A 1MRXA 1YM4A 5P24A 5P8RA 5JFUA 1A94A 5P33A 5P3TA 5P4HA 1J71A 4OBFA 4FL8A 4A6BA 3BVAA 3O9GA 5DQ4A 4Y3QA 5P8IA 2O4KA 1DMPA 3IN4A 4RZ1A 4J0ZA 3IXJA 1HVHA 2BKTA 3O9FA 3VYDA 2BPYA 4Y3NA 1B5FB 1FQ6A 4GJ9A 4OBKA 4R5NA 1GNOA 4Y44A 5P7GA 1CMSA 4BFBA 2ER9E 2R9BA 5P1LA 3UQPA 1EC2A 5P75A 5CONA 2AVQA 5P4IA 4HEGA 2O4NA 3PJ6A 3LITA 3OY4A 3O9LA 4FM8A 4ER2E 1LYAB 5JODA 3GGVA 3KFRA 2HB2A 5P6YA 4A6CA 4OC6B 3WB5A 1LEEA 5P3BA 4ER4E 1G6LA 2PSVA 3KDBA 5C9FA 5P2FA 1EAGA 4JECA 3SA9A 1B6KA 5P4GA 2FDDA 5OZQA 4Q5MA 5P01A 2AOJA 3NDUA 5KOQA 5P03A 3PVKA 3QS1A 5ENKA 5OZZA 5P5XA 2IDWA 2JE4A 3VLAA 4AZYA 3T7XA 3KA2A 1W50A 1HRNA 4EHCA 3OU4B 3NXEA 5P7YA 4I11A 3LZYA 4RCEA 5OZAA 1OEWA 1E81E 5DR0A 3L5DA 3Q4BA 5IVRA 5P0HA 2F3EA 4B72A 2QI4A 1K6PA 5P5GA 3TPPA 2BPZA 3G70A 2AQUA 4NKKA 3IVIA 5P42A 4EXGA 4MC1A 4DJPA 4B1DA 3ZKGA 4RYGA 3URIA 5P8NA 3DJKA 2NMZA 1C70A 3LHGA 3BXRA 4Y4WA 5P8QA 3QAAA 5P6DA 2B8LA 5P6OA 1HVKA 2HS1A 1ZSFA 4EQJA 2AOIA 1BDRA 5P8TA 4QLHA 5J25A 1LF2A 5EZXA 1ZBGA 4ZPEA 5DPZA 4AA9A 3ZOVA 3VCMA 2P3BB 5P7XA 3CKTA 5DR3A 2ZHRA 4NPTA 1PFZA 1Z1RA 1HSGA 3OUAA 5P04A 5P2NA 5P1WA 5P55A 1C6YA 4LAPA 4HZTA 3NU4A 3BGCA 1ENTE 3RU1A 5P3QA 3K4VA 2BQVA 1K2CA 5P1CA 4LBTA 3QPJA 3MSKA 4KUPA 4OD9B 3NDXA 2NNKA 1MUIA 3U7SA 3TKGA 1B6PA 3NLSA 4MC2A 5P5WA 3KYRA 2NR6A 5P2QA 3F9QA 4F76A 4JPEA 5P27A 1A9MA 5OYXA 5P2UA 3UF3A 2BBBA 1K1UA 1HPXA 1K6VA 5P0XA 3URLA 1HVIA 4RLDA 1D4KA 4D83A 1FFIC 3UQXA 1BAIA 2QI0A 4Y43A 3OQFA 4TRYA 3ZPUA 1ER8E 3L38A 4U7QA 5HDXA 5P3JA 4DQFA 5P83A 3OXWA 5P4XA 5OYSA 1SGUA 5P5ZA 5P4LA 1G2KA 3FKTA 4FM6A 1MPPA 4OBDA 1HEGE 5P52A 4Y4JA 4Y51A 3QBHA 4Y3YA 5OZXA 5P58A 3OK9A 4I8ZA 3VSWA 1ZSRA 4GMIA 3HD8A 1K2BA 3SAAA 5P5DA 3DK1A 3R0YA 5P3DA 1W6IA 2SAMA 4GJ7A 5P3GA 5P4WA 5UPJA 3K5CA 4FCOA 1QBSA 3TKWA 5P3IA 2ZHVA 2PH6A 5F00A 3SA4A 2ER7E 5P2ZA 1W5VA 4Y39A 1MT9A 2CEMA 5P6LA 5APRE 2HB3A 2AOEA 3VG1A 1NPAA 1UPJA 4Y4UA 3ZPTA 3NYGA 5OZPA 4KE0A 1RQ9A 4I8WA 1B11A 1SIPA 5P06A 5P4FA 2PWCA 5P3UA 3K1WA 2OHLA 4J1KA 1U8GA 5HCOA 3HDKA 1HTGA 1IDBA 5OYWA 5AH6A 5P1PA 5P3LA 4X2LA 3OAGA 4K4RA 4EXHA 5P2HA 3PCZA 3BUHA 1GNNA 3DV1A 3VYFA 5BWYA 4Y3DA 2MIPA 3LIVA 3OQKA 4B00A 5IVQA 3BHEA 2NXLA 1QS8A 3NU5A 1IZDA 1D4YA 5P6ZA 5OYVA 1VIKA 2R38A 4F73A 2IL2A 8HVPA 1GVUA 2G24A 3DM6A 5DR8A 5P3SA 1HPSA 5P0NA 5P69A 2QZKA 3EL9A 5P7MA 2BKSA 2OAHA 4XKXA 5FIVA 3IXKA 3D1XA 1APVE 3LZSA 4Y5EA 5OZBA 3VLBA 2QZWA 1BBSA 5DGUA 5DQ5A 1D4JA 4L7HA 4UPJA 5P5PA 5COPA 5P0LA 5P0EA 5P47A 3MWSA 4LL3A 5P2WA 1HWRA 4QGIA 3NWXA 1HSIA 5OYZA 2ZJLA 4Y3GA 4B1EA 3UTLA 5OZEA 4YE3A 4JP9A 4NJSA 4K9HA 4Y58A 3PMUA 4CP7A 3TPJA 5P5KA 1W5YA 3EL0A 5P79A 2F81A 1DW6C 1F34A 4RGHA 2ZHTA 2OHKA 5OZHA 2I4VA 5COKA 3UPJA 1FMBA 2F3KA 4PZXA 1HXBA 3TOFA 5P7PA 1HVJA 1MIQA 3HZCA 3L59A 1AVFA 3OOTA 4Y3JA 4LXAA 2HB4A 4Y5MA 1TSUA 1APWE 3KN0A 1CZIE 2FGVA 5P6AA 2WL0A 5P8VA 1LYWA 4Y3XA 4CKUA 1C6XA 2Q15A 5P88A 3TTPA 3BUGA 1MERA 2QNNA 5P1DA 5P7SA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4JOO A;  2G20 A;  2QI3 A;  1PPM E;  3MSL A;  4ER1 E;  5P6N A;  1HIV A;  4DUS A;  1APU E;  4Q1N A;  5P1R A;  2I0D A;  5ISJ A;  1KJ7 A;  4K4Q A;  2G26 A;  3T3C A;  3LIQ A;  5P7L A;  3FX5 A;  3T11 A;  1FKN A;  3OTY A;  3UCB A;  5P81 A;  1LYB A;  3QRO A;  3FNS A;  5P40 A;  2AVO A;  3QRS A;  4EQ0 A;  4OBZ A;  3OHH A;  1FF0 C;  1C6Z A;  4CMS A;  4CPW A;  4TVH A;  4BFD A;  3NUJ A;  5P6X A;  5P6F A;  5P19 A;  1MVP A;  5P1U A;  3SM2 A;  2FGU A;  3VF7 A;  5P1K A;  4DQH A;  5P8F A;  4TVG A;  2NPH A;  2APR A;  5P6I A;  3QRV A;  4LXK A;  5P2Y A;  5P68 A;  2QP8 A;  5P4V A;  5P3R A;  4IVT A;  3GI6 A;  3R2F A;  4B0Q A;  3VUC A;  5P8S A;  1QBT A;  2IEN A;  3RTM A;  3SA3 A;  4RRS A;  5P22 A;  3M9F A;  3OHF A;  5P35 A;  4ZSM A;  2R3T A;  5P53 A;  4YBI A;  5HE5 A;  3OXV A;  1GKT A;  1T6E X;  2H6T A;  2G1N A;  1RNE A;  1ZLF A;  2IEO A;  2OHM A;  5ER1 E;  5P0R A;  4MC9 A;  4Y5P A;  5P80 A;  5P10 A;  1LYA A;  3EKX A;  5OYQ A;  1IZH A;  4EP3 A;  4OC6 A;  5P0I A;  4DI2 A;  1W6H A;  3SA6 A;  4YD6 A;  4DVF A;  1PSN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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