1MVPA

Structural studies of the retroviral proteinase from avian myeloblastosis associated virus
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
124
structure length
112
Chain Sequence
LAMTMEHKDRPLVRVILTNTGSHPVKQRSVYITALLDSGADITIISEEDWPTDWPVMEAPMRKSRDMIEVGVINRDGSLERPLLLFPAVAMVRGSILGRDCLQGLGLRLTNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural studies of the retroviral proteinase from avian myeloblastosis associated virus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYELOBLASTOSIS ASSOCIATED VIRAL PROTEASE
molecule tags Hydrolase(aspartic proteinase)
source organism Avian myeloblastosis-associated virus
total genus 22
structure length 112
sequence length 124
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.-:
pdb deposition date 1990-09-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mvpA00
3OK9A 2AVMA 4B05A 3D3TA 5P2UA 4NPTA 5DGWA 5P1HA 3GI6A 5IVTA 2AVQA 4HDPA 4Y3DA 3L5FA 4AMTA 4Y3LA 5P11A 2OHSA 2PMAA 3OADA 2F3KA 3APRE 1RQ9A 4PHVA 5OZPA 1OEWA 5P1ZA 4J55A 5OYSA 4DJVA 2R3WA 1FIVA 3NLSA 3QVCA 3NU4A 4APEA 1HVRA 2P3BA 4DQBA 5P8TA 3URLA 3KA2A 1LYBB 2QD7A 5P5BA 4YDFA 2WF3A 3EL4A 5OZCA 1ENTE 4Y5MA 4TRWA 5IVSA 5P0UA 1G6LA 5P54A 4S1GA 2FGVA 2P3CA 3QBHA 1TZSA 4D83A 3FNTA 4GB2A 1DW6C 4DJQA 5P4IA 5P8HA 1MPPA 5OZ6A 5P7LA 4Y3PA 4DVFA 1APTE 3OU1A 2OHRA 4Q1NA 4BELA 1A9MA 4U7VA 2Q5KA 3OQ7A 1C6ZA 5P3NA 5P2AA 2F3EA 4L6BA 3BRAA 5P3BA 4RLDA 1RL8A 1GNMA 5P6IA 4Y9WA 5P8CA 2OAHA 5OZLA 2QMPA 3OQFA 4XKXA 5OZ5A 5I3WA 5P10A 4KE1A 5P1YA 4FRIA 2QCIA 5P3JA 5P3ZA 1J71A 2Z4OA 3QRVA 4D8CA 3EKQA 5P8KA 2V00A 2AODA 1YM4A 3BVAA 3LIVA 5JG1A 4EQJA 2QZLA 4U8WA 1SDUA 3TKGA 4YD6A 1B6KA 5OZ8A 5P65A 3KFNA 5P3QA 5HVPA 1T7IA 3ZKIA 4KE0A 1DIFA 4B77A 4TVGA 5AH8A 3MSLA 4GJ7A 5P51A 1ZJ7A 1WBMA 2BBBA 3UQRA 4FE6A 5P7CA 4DPIA 5P4XA 3T7QA 1FQ8A 3INEA 3TOFA 4YE3A 4NJUA 5P4GA 4L1AB 5SY3A 1ODXA 1PSOE 3UDHA 5P2VA 2HC0A 5P26A 5P5ZA 1M43A 2BKTA 3DJKA 3BC4A 5P3HA 4OBZA 4DFGA 4I11A 3MSKA 1GVUA 3I25A 4Q1YA 4Y3ZA 3MXEA 4BFBA 3SO9A 5EZXA 3PWMA 2AZ9A 4EQ0A 4YCYA 2G1SA 3O9LB 4R92A 2FGUA 2WEDA 5P5IA 2P3AA 3NSHA 3OAGB 4EJDA 1ZP8A 5OYXA 5P43A 4OC6A 2FDPA 2XFIA 5P1NA 5P4QA 4I1CA 5SY2A 1QRPE 1YTIA 1WKRA 2WF1A 3D1XA 3DV1A 5P2LA 2IL2A 2B8VA 3UTLA 4ZSPA 5P6SA 4YD5A 3GI5A 3OTSA 4H3JA 4K4PA 3IXOA 2PWRA 1VIKA 2XYEA 1BV7A 5P7VA 5KOQA 5TOLA 3JW2A 5P6DA 5P80A 1B6PA 2G69A 4GJAA 5P5NA 2PWCA 3PVKA 4Q5MA 2NNKA 4Y4UA 5P25A 2I4UA 1MUIA 5P30A 2IQGA 3WZ6A 4AA8A 3INDA 3ZPUA 5OYWA 4Y3JA 2RENA 3Q70A 1SP5A 3EKWA 4FRKA 5I70A 4DJRA 1EBKC 4LXAA 5P6CA 4ZEAA 1UH7A 1D4SA 4Y57A 3KF0A 3QROA 7HVPA 3ZMGA 1B5FB 1MRWA 5P2QA 5P5YA 3URIA 1SMEA 2AZBA 5P8NA 5AGZA 3O9AA 3K5GA 3OXWA 1IIQA 4I0GA 3L38A 5P8BA 5C9FA 3QVIA 5KQFA 2JE4A 4Y3EA 1T7JA 3VEUA 4Y4JA 4PEPA 2BPXA 5P32A 5OZYA 1ER8E 3FX5A 5P4VA 5AH9A 2BPYA 3LHGA 1BXOA 1MSMA 4APRE 4Y41A 1FKNA 3KT2A 4LXMA 3F9QA 3EKTA 4RCEA 5OZVA 4Y4WA 5IE1A 1HVSA 3Q3TA 2VA6A 2OHMA 5OZNA 5P8MA 4Y5PA 5P60A 4FRJA 5P7IA 2ZJMA 4QGIA 4WTUA 5P1VA 4CPXA 1EC3A 5OZSA 3TNEA 1N49A 2WKZA 3UDYA 2F81A 3OGPA 2P4JA 3L58A 3I6OA 3MXDA 4B1EA 5IVRA 4GMIA 5OZOA 5P2HA 5FIVA 5DR4A 1GNNA 3SFCA 2PYMA 3BUFA 5P4YA 1ZLFA 1AJXA 4ZIPA 3ZPTA 4F74A 5P2SA 1AZ5A 1D4HA 2AOCA 1IDAA 4EWOA 5HTZA 3TL9A 5P7NA 3CIBA 5P6NA 2V16C 4OBGA 5OZ1A 3O9IA 3QN8A 1XN3A 5P1BA 1TSQA 3RTMA 3PLDA 1ZBGA 3PI0A 4HLAA 4CPSA 5P3XA 3ZLQA 2Q15A 3OGQA 5P7QA 3D91A 4MC9A 5P6EA 2PSGA 3O9CA 4JECA 2AOEA 5P7DA 2G27A 3PB5A 2ER0E 5J25A 2FDDA 2QNNA 4Y6MA 5P39A 3I2LA 5P18A 3GI4A 3O9GA 5P1OA 3UQPA 3UQWA 4GJ6A 3VG1A 3SA8A 5P1LA 4Y35A 3O9FA 2OHTA 5DQ1A 5P0OA 2R5QA 2FIVA 1HIIA 5P13A 2ER9E 3EL5A 4I0FA 3LZYA 4YD4A 5IVQA 1T3RA 1MT8A 5P20A 2QI7A 1A8GA 3FKTA 1K2CA 5P5SA 1EC0A 4H3IA 5DR7A 4A4QA 1NH0A 1CPIA 5OZ9A 4EP2A 5P07A 5P6BA 4ZSQA 3LPIA 5P0IA 2AVVA 4LBTA 5P2TA 1AIDA 2Q63A 5P08A 1HVLA 5P7FA 3EC0A 2AQUA 1A94A 4Y3NA 5P3FA 2IDWA 5P0VA 5P2RA 4OD9B 3IVIA 5P2GA 1KZKA 3JVWA 5P0CA 5P5OA 4R91A 1AJVA 2B60A 2HAHA 6APRE 4DJOA 4K4QA 3TH9A 4JOOA 3S43B 2QI3A 4Y5AA 5P2XA 4ER1E 2QI4A 4Y37A 5P06A 3S8IA 4J1FA 4R8YA 3VFBA 2WECA 3T7XA 4CPUA 4NJTA 3OQKA 4FAFA 4Y38A 4FM8A 4RCFA 1W5YA 2AVOA 3INHA 2O4SA 5HU0A 1ME6A 2WEAA 5P5HA 5P8QA 4GIDA 2QHZA 5P7AA 3VF5A 5P1EA 3OOZA 5P3OA 4J1CA 1QS8A 3T11A 4Y5EA 2B42A 3KN0A 1FMUA 5P4DA 5P67A 5P5UA 3RSVA 2PC0A 5DR3A 1APUE 4YCTA 1LF3A 3KT5A 1HPSA 8HVPA 5P7KA 5P7UA 5P2JA 3R4BA 3M9FA 5P37A 5P0XA 1LYBA 3NDXA 2FDEA 5P31A 3KFSA 5P01A 4RROA 2WHHA 5AH7A 3A2OA 5P41A 5P6HA 3DM6A 2BPVA 3LIQA 4RRSA 5BRYA 2R38A 5EZZA 2NPHA 2Q64A 5P6TA 1EC2A 1FQ4A 3NU9A 1FQ5A 3TOHA 3O9HA 1HEFE 3EKXA 3G70A 5OZZA 4CP7A 4Y5KA 1APVE 3PCWA 4DJUA 4EP3A 4J0YA 4LAPA 1W6IA 1HXWA 2OHQA 4Y36A 4J54A 2EWYA 3K5CA 1TSUA 5P7TA 3HAWA 5P4UA 3R1GB 1UH8A 1IBQA 2R8NA 5P0PA 1HVCA 5P4BA 5P6LA 3L59A 2OHLA 5P7BA 1IZEA 3CYXA 3MWSA 5P0GA 3CYWA 2WL0A 2NXLA 2B7ZA 2WEZA 3UCBA 2ZE1A 4J5JA 4A6BA 3IVHA 1XS7D 4HVPA 2ZJKA 2PQZA 5P3AA 4OBDA 4RVXA 2V12C 5P88A 4Y4DA 5P6KA 1PSNA 3LIXA 1IVQA 5P36A 2O4KA 2B7FA 1YTJA 5P6UA 5P1TA 3VYFA 1G35A 2ZJJA 2G1RA 5P5WA 3T6IA 5P7SA 3EMYA 4J0PA 5P5EA 2QI0A 4A6CA 1XE5A 4TRYA 4DJXA 1GKTA 3SPKA 4OBFA 4WY1A 3EL1A 4J0ZA 3OU4B 5P6MA 4DH6A 3DV5A 5P24A 2RKGA 2G26A 3U7SA 5P8PA 3UDNA 4TRZA 1ZTZA 4NPUA 3OXXA 1JLDA 5P4NA 1G2KA 1EPRE 5P56A 2ER6E 1D4KA 4HZTA 3OXCA 5P00A 1E5OE 2AZ8A 3SABA 2VS2A 3UDPA 3KDDA 5P66A 2ZGAA 3S7MA 5P0JA 1LS5A 3VFAA 3LZUA 4J1EA 1ZSFA 1FLHA 2PH6A 4L1AA 4LL3A 5JFPA 1HIVA 2A1EA 5P42A 4M8YA 2I1AA 3K4VA 1PPLE 4XX3A 2OHNA 5ER2E 1MSNA 1BV9A 1T7KA 5P6ZA 1NPVA 3K5DA 3KDBA 1HTFA 3S54A 3PGIA 1E80E 4QJAA 5P2ZA 5DQ2A 1RNEA 3O9LA 3ZKQA 1HPOA 2R43A 3EBZA 3KMXA 3OAGA 2R5PA 1D4IA 3HD8A 4R5NA 3KM4A 3HLOA 3G6ZA 1BAIA 4ER4E 3KFRA 2ZJHA 5P7MA 3NU3A 1EPLE 5P48A 4L7HA 3PSYA 2IGXA 1BVGA 5P8UA 4L7GA 3OTYA 5OZAA 4HA5A 4ZPGA 5OYVA 5P72A 5OZ3A 1QDMA 3D1YA 1BDLA 5P0TA 4EJKA 3RTHA 2HS2A 4QLHA 1HWRA 3RU1A 5P3EA 2OHUA 3VYEA 1EBYA 5HE7A 3QP0A 1QBRA 1W6HA 2FNTA 3KFPA 3GGAA 1IZIA 3VLAA 1K6VA 5P1KA 3LINA 3L5BA 4D85A 1BDQA 3L5DA 3LPJA 3HBOA 2UPJA 5OZ2A 5KAOA 1IZHA 3CICA 4CMSA 5ER1E 3PMYA 3QRMA 2AOJA 5OZ4A 2PSUA 1B5FA 2AZCA 3OUDB 4Y5LA 1K2BA 3L5CA 3NDUA 1OEXA 4COEA 3ER3E 5P84A 5P6RA 2QP8A 3VF3A 3PBZA 2Q11A 5P2BA 4DV9A 3SACA 4HDFA 2OHPA 5P1GA 4DQCA 5P5XA 1EPME 1LV1A 5P4HA 2QZXA 4F73A 4EYRA 5P1MA 5P28A 2VIEA 3EKYA 3S7LA 2B8LA 4DQFA 5P79A 3IN3A 3WZ7A 3KMYA 2BB9A 1MVPA 4XX4A 3U71A 3O9BA 4Y58A 3I7EA 5P85A 3ZPSA 4QJ2A 5AH6A 5P0EA 1SGZA 5P5TA 3ER5E 5P6VA 4Y3TA 1AVFA 2F8GA 1LF4A 4EPJA 1GNOA 3FIVA 2H6SA 1Q9PA 3VYDA 2HB3A 4HEGA 1UPJA 1OD1A 4U7QA 2Z54A 5OZTA 3PM4A 5P1FA 4FAEA 1KJGA 2QK5A 4PZWA 2ZYEA 4I0HA 5P7EA 4HDBA 5P5MA 1FQXA 3NDWA 3EKVA 2JXRA 3BXRA 4ACXA 2VJ7A 3ZKXA 5P3MA 4J17A 2JJIA 3R2FA 5SXNA 3FNSA 3TPPA 2QI6A 3I8WA 4WY6A 2G20A 3PCZA 4Y3XA 4H3GA 5P8EA 2CEMA 4DQGA 5P16A 3PEPA 5P8JA 3OWNA 2NXDA 1FGCC 5HCTA 5P03A 4JPCA 3ZKMA 1HXBA 5P0ZA 3TTPA 3OXVA 5P34A 2WJOA 4YA8A 5AHAA 9HVPA 6UPJA 4Y3AA 3SM2A 5P59A 5DQCA 5P8GA 1ODYA 1LYAB 4EXHA 1W5WA 2J9KA 3WZ8A 5P19A 1LYWB 5P8DA 2QHCA 5OZJA 2AOGA 5OZRA 5P7XA 4X2LA 2I4QA 5P7JA 1TQFA 2APRA 1F7AA 3NUJA 3VF7A 5P4RA 5P4JA 5P2MA 2ZHVA 5P75A 5P2FA 4ZSMA 4L7JA 4YCKA 3OOTA 4I8WA 5C9BA 5KOSA 5ISKA 4Y43A 4K4RA 3FNUA 5P14A 5OZHA 5P12A 5P3IA 4EHCA 2IENA 2BQVA 1TW7A 2NMZA 3GGUA 4Y53A 1FQ6A 5KR8A 1NPAA 4FS4A 5APRE 4Y3WA 2RSPA 5HE4A 2ZHUA 1FFFC 3VV6A 5OZGA 4H3FA 4OD9A 5P83A 5P17A 1FMBA 5P57A 5P76A 4Y3FA 5P8LA 4JPEA 2FXEA 5HDXA 3S43A 3ST5A 4Y3QA 1GVTA 3CKPA 5P0QA 3BUHA 4Y50A 3O9DA 3CKRA 5P4LA 1ZPKA 2VNMA 4RRNA 1XL2A 3Q6YA 4FIVA 3KDCA 1BWAA 2QAKA 5P2DA 1LEEA 4Y56A 2CENA 3VSXA 2PYNA 2I0DA 3QS1A 4GJ9A 5ISJA 3OHFA 5UPJA 5COPA 1EBZA 1QBSA 3QBFA 4Y47A 1PPME 4F75A 2FMBA 4DUSA 3U6AA 3DUYA 1T6EX 3UF3A 5ENMA 5P3DA 5P1RA 4Y4BA 6FIVA 3O9EA 2QNQA 5KR1A 3NXNA 1KJFA 3SA5A 5P5LA 1HTRB 4Y3SA 1GVVA 2R9BA 5P2YA 3VV7A 5P3SA 3EKPA 2G21A 3UDJA 2G1NA 4CKUA 1DMPA 2V0ZC 5P1SA 4Y3GA 3G72A 5P40A 1EPPE 4Y5NA 5P4KA 4DJWA 4I10A 5PEPA 1EPQE 1QBTA 4QJ7A 4LC7A 4Y45A 4K8SA 5P2EA 3DK1A 1U8GA 2G24A 1NPWA 2Q54A 3FSMA 1VIJA 5P0YA 1YX9A 5P5PA 3S56A 4B70A 3K5FA 1BWBA 1KJHA 4I12A 2VNNA 1HTEA 5P63A 4M8XA 4KB9A 4PZXA 4CPQA 5P8AA 5P3KA 4I0DA 1XN2A 3APPA 5HCOA 1IDBA 1SH9A 1FQ7A 5P5GA 1XL5A 4MC6A 3QRSA 3TPLA 2JYSA 2IKUA 1W5XA 5P8FA 2Q55A 2AIDA 2XFJA 3SLZA 3WB4A 3O99A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OK9 A;  2AVM A;  4B05 A;  3D3T A;  5P2U A;  4NPT A;  5DGW A;  5P1H A;  3GI6 A;  5IVT A;  2AVQ A;  4HDP A;  4Y3D A;  3L5F A;  4AMT A;  4Y3L A;  5P11 A;  2OHS A;  2PMA A;  3OAD A;  2F3K A;  3APR E;  1RQ9 A;  4PHV A;  5OZP A;  1OEW A;  5P1Z A;  4J55 A;  5OYS A;  4DJV A;  2R3W A;  1FIV A;  3NLS A;  3QVC A;  3NU4 A;  4APE A;  1HVR A;  2P3B A;  4DQB A;  5P8T A;  3URL A;  3KA2 A;  1LYB B;  2QD7 A;  5P5B A;  4YDF A;  2WF3 A;  3EL4 A;  5OZC A;  1ENT E;  4Y5M A;  4TRW A;  5IVS A;  5P0U A;  1G6L A;  5P54 A;  4S1G A;  2FGV A;  2P3C A;  3QBH A;  1TZS A;  4D83 A;  3FNT A;  4GB2 A;  1DW6 C;  4DJQ A;  5P4I A;  5P8H A;  1MPP A;  5OZ6 A;  5P7L A;  4Y3P A;  4DVF A;  1APT E;  3OU1 A;  2OHR A;  4Q1N A;  4BEL A;  1A9M A;  4U7V A;  2Q5K A;  3OQ7 A;  1C6Z A;  5P3N A;  5P2A A;  2F3E A;  4L6B A;  3BRA A;  5P3B A;  4RLD A;  1RL8 A;  1GNM A;  5P6I A;  4Y9W A;  5P8C A;  2OAH A;  5OZL A;  2QMP A;  3OQF A;  4XKX A;  5OZ5 A;  5I3W A;  5P10 A;  4KE1 A;  5P1Y A;  4FRI A;  2QCI A;  5P3J A;  5P3Z A;  1J71 A;  2Z4O A;  3QRV A; 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 4K4P A;  3IXO A;  2PWR A;  1VIK A;  2XYE A;  1BV7 A;  5P7V A;  5KOQ A;  5TOL A;  3JW2 A;  5P6D A;  5P80 A;  1B6P A;  2G69 A;  4GJA A;  5P5N A;  2PWC A;  3PVK A;  4Q5M A;  2NNK A;  4Y4U A;  5P25 A;  2I4U A;  1MUI A;  5P30 A;  2IQG A;  3WZ6 A;  4AA8 A;  3IND A;  3ZPU A;  5OYW A;  4Y3J A;  2REN A;  3Q70 A;  1SP5 A;  3EKW A;  4FRK A;  5I70 A;  4DJR A;  1EBK C;  4LXA A;  5P6C A;  4ZEA A;  1UH7 A;  1D4S A;  4Y57 A;  3KF0 A;  3QRO A;  7HVP A;  3ZMG A;  1B5F B;  1MRW A;  5P2Q A;  5P5Y A;  3URI A;  1SME A;  2AZB A;  5P8N A;  5AGZ A;  3O9A A;  3K5G A;  3OXW A;  1IIQ A;  4I0G A;  3L38 A;  5P8B A;  5C9F A;  3QVI A;  5KQF A;  2JE4 A;  4Y3E A;  1T7J A;  3VEU A;  4Y4J A;  4PEP A;  2BPX A;  5P32 A;  5OZY A;  1ER8 E;  3FX5 A;  5P4V A;  5AH9 A;  2BPY A;  3LHG A;  1BXO A;  1MSM A;  4APR E;  4Y41 A;  1FKN A;  3KT2 A;  4LXM A;  3F9Q A;  3EKT A;  4RCE A;  5OZV A;  4Y4W A;  5IE1 A;  1HVS A;  3Q3T A;  2VA6 A;  2OHM A;  5OZN A;  5P8M A;  4Y5P A;  5P60 A;  4FRJ A;  5P7I A;  2ZJM A;  4QGI A;  4WTU A;  5P1V A;  4CPX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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