1NH0A

1.03 a structure of hiv-1 protease: inhibitor binding inside and outside the active site
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Phenylnorstatine Inhibitor Binding to HIV-1 Protease: Geometry, Protonation, and Subsite-Pocket Interactions Analyzed at Atomic Resolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1nh0A00
4DFGA 3OXCA 2Q63A 5OYXA 5P48A 5P1EA 3QVIA 5DR3A 5P2MA 5P7HA 5P8VA 3VCMA 5HDUA 5P6KA 3EL0A 4Y50A 1ZSRA 5P8BA 5P8CA 1C6ZA 3TPJA 3EL5A 5HE5A 1HXBA 5P6AA 5P80A 4TVHA 5P06A 2QMGA 1HVRA 3PLLA 1HTGA 3D1XA 3R0YA 5P3RA 1OD1A 4Y5NA 2AOCA 1XL5A 1B5FA 3PWRA 4L7GA 5HU1A 5P6SA 3T11A 5P1AA 2PWRA 4Q5MA 5KQYA 1N49A 5EZXA 5P6YA 5P8AA 3LZUA 4WY1A 1AZ5A 3ZMGA 4FSEA 4R92A 2J9KA 5P75A 1OEXA 2ZHTA 4Y47A 1MT7A 5P5CA 3DUYA 2OHMA 5P7BA 4RYCA 3KA2A 4OBFA 1KJFA 3EM3A 5EZZA 4Z4XA 3GI0A 1WBKA 3APPA 5P0RA 5P65A 2VJ9A 1BV9A 4YDGA 5P3DA 5P7FA 3ZKIA 2HS1A 1AJVA 1EPOE 5P7OA 3MWSA 4DJRA 3K1WA 1B6LA 1FEJC 2VIJA 4WTUA 3RSVA 2BKSA 5P6WA 1HHPA 1HVSA 5P04A 4FRSA 5P31A 1ZBGA 3LPIA 4PZXA 3LIQA 3OU3A 3S85A 4I8WA 4IVTA 1EPPE 3WSJA 1AAQA 1HTEA 5P8KA 5P4DA 2B8VA 4Y53A 3CYWA 3OGQA 4Y4GA 3EKWA 4L7HA 3TKWA 5P64A 1ODXA 4ER1E 2G26A 2AIDA 4DJXA 2WEBA 5P0BA 5P7XA 2P8HA 3PRSA 3SAAA 2R9BA 2XFJA 2P3DA 1UH9A 2P3AA 4OBGA 1YM4A 5P3AA 5P62A 4QJ6A 5DPZA 4Q1NA 1YX9A 2O4KA 3L5EA 5P3ZA 4DQCA 1FQ6A 2NPHA 2FMBA 5P6FA 4L1AB 3QPJA 5OZ9A 5P4OA 4RZ1A 5P0YA 5P5DA 3OAGB 2QI0A 5P7DA 3SM2A 2QU3A 4CPSA 4GJAA 4K4RA 5OZ1A 5P2UA 4MC6A 5P68A 5F01A 2XYEA 3VUCA 3VG1A 5P3UA 5P8TA 3HVPA 4RCDA 3VF7A 1DPJA 1EBYA 3S2OA 2JJIA 1RQ9A 4YD5A 1SMEA 5OZWA 1GNMA 5P20A 2HB2A 3QN8A 4I0DA 1T6GA 3TTPA 3TKGA 2ZJIA 5OZRA 1TQFA 3VSXA 5P5WA 4HE9A 1CMSA 5KR1A 3CKTA 3OGPA 5OYQA 1HIIA 5P3WA 4GJCA 6APRE 2NMZA 1META 5P3LA 3K4VA 2AZ9A 2G20A 5P4ZA 4RYGA 3VV7A 2Q11A 4Y35A 5P8QA 3VFBA 2G21A 3R4BA 1PPME 2FGVA 1HSIA 4L6BA 5AH6A 4EJLA 3FV3A 1LS5A 5P5BA 4Y3TA 5P18A 2OHTA 2ZHUA 3DV5A 3NR6A 3SA9A 3PHVA 4J0ZA 1G0VA 4N00A 5P8HA 2F3KA 4KB9A 3KYRA 4BELA 4CPWA 5P1QA 5P6DA 3EM6A 3Q3TA 1E80E 1VIKA 1APVE 5P8DA 3LZVA 1RL8A 4TRWA 4ZLSA 2NNPA 5P2XA 3GI6A 2AZCA 1IVPA 1HIVA 1HTRB 2ZJLA 1GVWA 5P2WA 5P5LA 1EBWA 5P6JA 2FNTA 3TLHA 4L1AA 5BRYA 3O9CA 4RCEA 3JW2A 4J1IA 5HE4A 5P3KA 4K4QA 1FMUA 3IN3A 5OZ6A 4YE3A 1AJXA 3OAGA 4QJ8A 2ASIA 5AHBA 5P1DA 2ER7E 5P1IA 5P3QA 4GIDA 2HIZA 1PSOE 2BPXA 2PSVA 3INHA 3OUBA 6UPJA 1FLHA 2IGXA 3JVWA 4Y3JA 5P2RA 5COOA 4J0YA 3L38A 3WZ8A 5IE1A 5HDXA 2FGUA 3EBZA 4Y5AA 1YTHA 5HVPA 3FSMA 1EPME 1LF3A 3O9IA 5P2DA 4LHHA 1BDQA 3LZSA 5JFUA 2AVOA 4ZSRA 3HAUA 5P02A 4J1EA 4OC6B 3D1ZA 4KE0A 4Y4ZA 2A1EA 2JXRA 2V11C 1CPIA 1IZIA 2B8LA 4I0HA 2BB9A 5P7YA 3GI5A 3OXWA 4PZWA 3UDYA 3LIVA 2IGYA 1MPPA 3UHLA 5P3EA 3ZOVA 4YBIA 4Y38A 4BFBA 5P7EA 5P24A 5BWYA 5P2LA 5ENKA 5P3HA 5P5RA 5P2AA 3APRE 4J0TA 2BPWA 3EL9A 2VIZA 5P3YA 3OTYA 4OBJA 5P2NA 3R0WA 3CYXA 3HBOA 4ZPFA 4B1CA 4ACUA 4DJYA 3OQKA 3OADB 1GVTA 5P85A 3TNEA 3NUJA 4RVXA 1LEEA 4K8SA 4I1CA 5P4JA 4FLGA 3UDHA 3L5BA 1K1UA 5I70A 1SIPA 5DQ5A 1SH9A 2QI6A 1PFZA 5P76A 5P4KA 1MT9A 5P4SA 3OXVA 3ZL7A 4Y5PA 1DMPA 3OHHA 4B78A 4GB2A 1EBKC 1TCXA 2PH6A 5P35A 5HCTA 2R5PA 3NDWA 5P50A 5HE7A 2QMFA 5P7GA 2QI4A 5P0QA 3AIDA 3DOXA 3EKXA 5KAOA 1UPJA 3ER3E 1IVQA 2O4NA 3KFPA 5APRE 4K4PA 4HDPA 5P39A 3ZKNA 3LITA 4J5JA 5P2EA 3O9DA 4Y39A 1B6JA 2FXDA 3TOHA 5OYVA 2AODA 5P4UA 5P34A 2NXDA 3N4LA 2ZYEA 5P27A 5OZLA 5P4RA 5OZ4A 1D4HA 1HVCA 3B80A 5P0LA 5P74A 2HB3A 2NXMA 2NXLA 4HA5A 4E43A 4D85A 5P0MA 3OTSA 4CP7A 4EHCA 4I0EA 4H1EA 1EC1A 4NPTA 4F76A 3KT2A 4B70A 6FIVA 1MVPA 3IA9A 3L59A 3KMXA 3O9EA 1YT9A 2UXZA 1HPSA 2Q15A 1W51A 5P43A 1LYAA 4B1EA 3ZKQA 2RMPA 5P4XA 3T7PA 1ODWA 3PJ6A 1K6CA 1GVVA 3LINA 3SKGA 2FNSA 4QGIA 2ZJHA 5AGZA 3GI4A 4TRYA 1AXAA 2QHYA 4JPCA 5P13A 3RTNA 1MERA 4Y3YA 5P2SA 3OADA 5P73A 1ZP8A 3Q6YA 3OOTA 1XDHA 5P7SA 2BBBA 5P0TA 3S45A 1EPNE 4H3GA 2VS2A 4Y4EA 1FKNA 4LBTA 4FE6A 3NWXA 2VIYA 3K5GA 2BPYA 3O9FA 5OZFA 3T7XA 3FX5A 5T4SA 3KM4A 3OOZA 1FQ8A 2XFIA 5P7TA 1U8GA 2ZE1A 3PCWA 5P3MA 1HVJA 4H3JA 4MC2A 4Y3LA 4HEGA 5OYZA 2FLEA 2ZJJA 2ZJMA 2I0AA 2WHHA 5AH8A 4A6BA 3VEUA 5P5XA 2B42A 3OUAA 1K6VA 4CPTA 3H5BA 1FIVA 4Y5GA 2EWYA 3VYDA 2OAHA 5P6NA 2I0DA 5OZDA 3L3AA 4Y57A 5P4CA 3PBDA 3UF3A 5P0GA 4DQGA 4DJOA 2B7ZA 4ZIPA 5P33A 5P25A 4U8WA 1FB7A 5P2JA 5P1BA 4Y3DA 5P72A 1D4KA 1C6XA 4Y4UA 4XX3A 2HB4A 3H0BA 3I7EA 1DW6C 3N3IA 5B18A 2QZWA 1LV1A 4LXMA 3BGCA 1TCWA 3QIHA 4WY6A 3LNKA 5KOQA 1MUIA 1FMXA 5P2IA 2G1NA 1MTBA 5P6VA 1M43A 3D20A 4CPQA 5P03A 3IN4A 4PHVA 4Y41A 1XE6A 4I0GA 5OZEA 1CZIE 2WF3A 1UH8A 5P3JA 5P4EA 4XX4A 4R91A 3U7SA 5BS4A 2H6SA 2Q3KA 5P4LA 3TPLA 5P5MA 4IVSA 3OXXA 3L58A 3IGBA 1SIVA 2WEDA 5P00A 4Y5CA 4Y56A 5C9BA 1W6IA 4Y51A 4U7VA 4OBZB 3BUGA 5P17A 5OZIA 3SKFA 3RSXA 1HTFA 5P3CA 4QJAA 1APWE 2ER0E 1BWAA 2VNNA 3SA5A 2WF1A 4Y3EA 1BVEA 4J54A 5P6GA 4APEA 1UH7A 5P81A 3OQDA 4RGHA 3NWQA 5P2ZA 1W5YA 3GW5A 4YD6A 4Y37A 1W5WA 3SA4A 4DJUA 5P1CA 4D83A 3DV1A 5P6XA 5P1XA 1M0BA 2VA7A 5DQ2A 4L7JA 5ER1E 1AVFA 1ZSFA 2G27A 5P1ZA 4H3IA 4U7QA 5P67A 5P2OA 3OY4A 5P1RA 5HD0A 3EC0A 2OHKA 2AVVA 1HXWA 1FG8C 1MSMA 4HLAA 5P4YA 1EEDP 4DI2A 5P01A 1ER8E 1NPVA 2V0ZC 3UQUA 5P0CA 4YCYA 3IXJA 5P8FA 2F80A 3BRAA 4AZYA 3S7MA 3FKTA 3UCBA 3BVAA 4TVGA 5P16A 3DJKA 1G35A 1KJ4A 1XS7D 4QJ2A 3TL9A 4Y48A 5OZUA 1EPQE 3PEPA 5DQ4A 5OZAA 3URLA 2QI5A 1BILA 1EBZA 3G6ZA 3Q4BA 3HAWA 2I4VA 2F3FA 3A2OA 2AQUA 5SXNA 1APTE 1YM2A 5P1JA 5P6QA 4Y5BA 5P69A 3RTMA 2PK6A 5P32A 4DPFA 1C70A 4PEPA 3CMSA 4FGXA 5OYUA 5P22A 2VIEA 1B6PA 2AOHA 2O40A 5P79A 4CKUA 2J9JB 4DJQA 4I11A 3MSKA 1FFIC 2VNMA 5KOSA 4RCFA 3SA7A 1LYBB 2FDEA 1HVKA 5ER2E 1HBVA 2PMAA 2RENA 4OBZA 5DR8A 1E81E 3QBFA 1HPXA 2AOFA 2IQGA 1Z1HA 2FDPA 3MXEA 2IENA 2O4SA 4R95A 1QBTA 5P1HA 4DUSA 3ZKGA 2HS2A 1HEFE 3HVGA 4NJVA 4KE1A 5P88A 3LIXA 5P28A 2QHCA 3OUDB 3Q70A 4R5NA 3EKPA 3NU3A 5P86A 4ZSPA 5P1MA 1ZPAA 2QZXA 1QS8A 4R8YA 5P8UA 5P7PA 3VLAA 5HCOA 2PSGA 3O9BA 2AOIA 4X7IA 4AA8A 3OQ7A 3I2LA 3LIYA 2H6TA 3MSLA 4DJPA 4Y3XA 4YOBA 5P19A 3NU4A 1MT8A 2WEAA 1EAGA 3OU4B 3O99A 2RKFA 2PWCA 4Y3HA 5P89A 5P2GA 3HLOA 3BUFA 1HWRA 4Z50A 4COEA 5P8IA 2QAKA 3PGIA 3OUCA 2QI7A 4EJKA 3PMUA 4YCKA 1BV7A 5OZ8A 1SDTA 2QD6A 5P3NA 1SP5A 3IVHA 4Y4AA 1TW7A 4DJVA 3DM6A 2QD8A 3NU5A 1KJGA 4DV9A 1LF4A 3UTLA 5P0AA 1VIJA 4ACXA 3I25A 4HDFA 4I0IA 2I4QA 2G94A 1BWBA 3SABA 2WEZA 1BDLA 4RVJA 5P0IA 2OHPA 3EKQA 5KQZA 3LPJA 4H3FA 3HW1A 5P0UA 1YTJA 3BXRA 3NDXA 4Y3RA 4I10A 1HPOA 2A4FA 4GJ5A 1EPLE 1JLDA 4YBFA 2AOEA 2O4LA 3R2FA 4EQJA 3WZ6A 3S54A 3EM4A 2WF4A 3QRMA 5P4AA 3TPRA 4ZSQA 2J9JA 5P4HA 4APRE 2R5QA 5P71A 3VSWA 2BPVA 1IDAA 2P3CA 5OZVA 1LYBA 4F73A 1HSGA 4Y58A 3SA3A 5P4GA 5P6OA 1T7KA 1W6HA 2JE4A 2HPFA 4Y3AA 3PWWA 1LZQA 4ER4E 5P4PA 2P3BB 4EP2A 4J17A 5KR8A 2FIVA 2G1SA 2P83A 3GGAA 4GJDA 4NJSA 5P1YA 4YHQA 2RSPA 3L5CA 5P7UA 3C9XA 5P7CA 1NPWA 1FQ7A 5P56A 3UDMA 1SMRA 4EQ0A 5P8MA 1FQ4A 2VKMA 2OHRA 3OUDA 2RKGA 5P5UA 2IKOA 5P2VA 3AUPA 5P3VA 2I4WA 3O9GA 5P5OA 5P3TA 2R38A 9HVPA 4RVIA 2Z54A 5P1NA 5P7JA 3SQFA 4CPXA 5P4QA 2IRZA 2VJ6A 5P0OA 3VV8A 1LYWB 2JYSA 3UDPA 5OYYA 1SBGA 4B72A 1SGUA 4FCOA 3KF0A 5P7LA 2AZ8A 3OU4A 2OHNA 4ZPEA 4QLHA 1BVGA 1OEWA 5P41A 4M8XA 1DIFA 5P60A 1A94A 4QJ9A 1GNOA 3PB5A 3FNTA 2V12C 5P44A 4B00A 1W5XA 3I8WA 5P7ZA 3FNUA 2ZDZA 5P1PA 3QRSA 5P7NA 3KT5A 2NNKA 3UQPA 4PYVA 5P51A 2NTRA 1EC3A 4DQHA 2ANLA 5P55A 5P6MA 5AHAA 2VA6A 1E82E 2OHQA 5P61A 5P40A 2PC0A 5P77A 5P78A 3S8IA 2OHLA 5P3OA 4YD4A 4OC6A 4GJ8A 5P5TA 5P15A 4FL8A 1T7JA 5P3IA 3WB4A 3UDKA 2FDDA 4Z22A 1OHRA 3SPKA 4J0PA 4HZTA 5P5FA 3NSHA 4ZE6A 1APUE 1HVHA 5P87A 2IS0A 5DR7A 3IAWA 1ZJ7A 2P3BA 5P36A 3UDNA 1F7AA 4DH6A 2OHUA 4FM6A 5P8EA 3OK9A 5OZJA 4J1FA 3QAAA 5OYWA 5OZ7A 5P5IA 3FNSA 5DQCA 1GVXA 3PM4A 1K1TA 5SZ9A 1ME6A 2R43A 3M9FA 2V10C 5P0NA 5P7AA 1HEGE 4FS4A 3UFLA 4R93A 5OYRA 4Q1YA 2AZBA 3INEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DFG A;  3OXC A;  2Q63 A;  5OYX A;  5P48 A;  5P1E A;  3QVI A;  5DR3 A;  5P2M A;  5P7H A;  5P8V A;  3VCM A;  5HDU A;  5P6K A;  3EL0 A;  4Y50 A;  1ZSR A;  5P8B A;  5P8C A;  1C6Z A;  3TPJ A;  3EL5 A;  5HE5 A;  1HXB A;  5P6A A;  5P80 A;  4TVH A;  5P06 A;  2QMG A;  1HVR A;  3PLL A;  1HTG A;  3D1X A;  3R0Y A;  5P3R A;  1OD1 A;  4Y5N A;  2AOC A;  1XL5 A;  1B5F A;  3PWR A;  4L7G A;  5HU1 A;  5P6S A;  3T11 A;  5P1A A;  2PWR A;  4Q5M A;  5KQY A;  1N49 A;  5EZX A;  5P6Y A;  5P8A A;  3LZU A;  4WY1 A;  1AZ5 A;  3ZMG A;  4FSE A;  4R92 A;  2J9K A;  5P75 A;  1OEX A;  2ZHT A;  4Y47 A;  1MT7 A;  5P5C A;  3DUY A;  2OHM A;  5P7B A;  4RYC A;  3KA2 A;  4OBF A;  1KJF A;  3EM3 A;  5EZZ A;  4Z4X A;  3GI0 A;  1WBK A;  3APP A;  5P0R A;  5P65 A;  2VJ9 A;  1BV9 A;  4YDG A;  5P3D A;  5P7F A;  3ZKI A;  2HS1 A;  1AJV A;  1EPO E;  5P7O A;  3MWS A;  4DJR A;  3K1W A;  1B6L A;  1FEJ C;  2VIJ A;  4WTU A;  3RSV A;  2BKS A;  5P6W A;  1HHP A;  1HVS A;  5P04 A;  4FRS A;  5P31 A;  1ZBG A;  3LPI A;  4PZX A;  3LIQ A;  3OU3 A;  3S85 A;  4I8W A;  4IVT A;  1EPP E;  3WSJ A;  1AAQ A;  1HTE A;  5P8K A;  5P4D A;  2B8V A;  4Y53 A;  3CYW A;  3OGQ A;  4Y4G A;  3EKW A;  4L7H A;  3TKW A;  5P64 A;  1ODX A;  4ER1 E;  2G26 A;  2AID A;  4DJX A;  2WEB A;  5P0B A;  5P7X A;  2P8H A;  3PRS A;  3SAA A;  2R9B A;  2XFJ A;  2P3D A;  1UH9 A;  2P3A A;  4OBG A;  1YM4 A;  5P3A A;  5P62 A;  4QJ6 A;  5DPZ A;  4Q1N A;  1YX9 A;  2O4K A;  3L5E A;  5P3Z A;  4DQC A;  1FQ6 A;  2NPH A;  2FMB A;  5P6F A;  4L1A B;  3QPJ A;  5OZ9 A;  5P4O A;  4RZ1 A;  5P0Y A;  5P5D A;  3OAG B;  2QI0 A;  5P7D A;  3SM2 A;  2QU3 A;  4CPS A;  4GJA A;  4K4R A;  5OZ1 A;  5P2U A;  4MC6 A;  5P68 A;  5F01 A;  2XYE A;  3VUC A;  3VG1 A;  5P3U A;  5P8T A;  3HVP A;  4RCD A;  3VF7 A;  1DPJ A;  1EBY A;  3S2O A;  2JJI A;  1RQ9 A;  4YD5 A;  1SME A;  5OZW A;  1GNM A;  5P20 A;  2HB2 A;  3QN8 A;  4I0D A;  1T6G A;  3TTP A;  3TKG A;  2ZJI A;  5OZR A;  1TQF A;  3VSX A;  5P5W A;  4HE9 A;  1CMS A;  5KR1 A;  3CKT A;  3OGP A;  5OYQ A;  1HII A;  5P3W A;  4GJC A;  6APR E;  2NMZ A;  1MET A;  5P3L A;  3K4V A; 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 3ER3 E;  1IVQ A;  2O4N A;  3KFP A;  5APR E;  4K4P A;  4HDP A;  5P39 A;  3ZKN A;  3LIT A;  4J5J A;  5P2E A;  3O9D A;  4Y39 A;  1B6J A;  2FXD A;  3TOH A;  5OYV A;  2AOD A;  5P4U A;  5P34 A;  2NXD A;  3N4L A;  2ZYE A;  5P27 A;  5OZL A;  5P4R A;  5OZ4 A;  1D4H A;  1HVC A;  3B80 A;  5P0L A;  5P74 A;  2HB3 A;  2NXM A;  2NXL A;  4HA5 A;  4E43 A;  4D85 A;  5P0M A;  3OTS A;  4CP7 A;  4EHC A;  4I0E A;  4H1E A;  1EC1 A;  4NPT A;  4F76 A;  3KT2 A;  4B70 A;  6FIV A;  1MVP A;  3IA9 A;  3L59 A;  3KMX A;  3O9E A;  1YT9 A;  2UXZ A;  1HPS A;  2Q15 A;  1W51 A;  5P43 A;  1LYA A;  4B1E A;  3ZKQ A;  2RMP A;  5P4X A;  3T7P A;  1ODW A;  3PJ6 A;  1K6C A;  1GVV A;  3LIN A;  3SKG A;  2FNS A;  4QGI A;  2ZJH A;  5AGZ A;  3GI4 A;  4TRY A;  1AXA A;  2QHY A;  4JPC A;  5P13 A;  3RTN A;  1MER A;  4Y3Y A;  5P2S A;  3OAD A;  5P73 A;  1ZP8 A;  3Q6Y A;  3OOT A;  1XDH A;  5P7S A;  2BBB A;  5P0T A;  3S45 A;  1EPN E;  4H3G A;  2VS2 A;  4Y4E A;  1FKN A;  4LBT A;  4FE6 A;  3NWX A;  2VIY A;  3K5G A;  2BPY A;  3O9F A;  5OZF A;  3T7X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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