1OEXA

Atomic resolution structure of endothiapepsin in complex with a hydroxyethylene transition state analogue inhibitor h261
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Atomic Resolution Analysis of the Catalytic Site of an Aspartic Proteinase and an Unexpected Mode of Binding by Short Peptides
pubmed doi rcsb
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 87
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2003-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1oexA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1oexA01
5OZDA 5OZVA 4IVSA 3L5CA 2B7FA 2EWYA 4R8YA 1UH8A 3TKGA 4K4QA 2BQVA 3PWMA 4Y3TA 4PYVA 4L7GA 5DR3A 5P55A 4Y5NA 4Y3QA 5P5FA 2AVVA 5HE7A 4Y57A 4Y47A 4NJSA 3U7SA 2UY0A 3OQKA 2O4NA 5P7RA 5P4OA 1D4JA 3OXWA 5P4SA 4Q1XA 4Y5CA 2G20A 2I0DA 5P7EA 5P2JA 1B6PA 5C9DA 2FGUA 5P2AA 3RSVA 2AZBA 5P29A 1PROA 5P5OA 3T7QA 1GNOA 4D85A 4MC6A 2AIDA 4A4QA 2G1YA 9HVPA 3NSHA 5OZ4A 1HRNA 4I8WA 5P5IA 2VJ9A 3D20A 5P8PA 1K2CA 1META 3DV1A 4OBHA 5COOA 2AOHA 4LBTA 4ZPFA 4JPCA 1E80E 4YCKA 4PZWA 4DJOA 1QBSA 2V13A 3NDWA 2QI5A 2JE4A 4EXGA 5P72A 3CICA 4U7QA 5P1RA 5P2FA 4J0ZA 5OZ1A 1DAZC 3LPIA 3MSKA 5P6IA 5P1VA 5P3NA 4GJ8A 4LP9A 5P4BA 2PMAA 5BWYA 2OHRA 4YD4A 2QI1A 1EPPE 4HDBA 4LXMA 5P70A 5J25A 1UPJA 5P2LA 5P1XA 3TKWA 5P7YA 4Y3MA 5APRE 3QIHA 1IDAA 2Q64A 3WB5A 3HBOA 2P8HA 3TNEA 1UH7A 5P76A 2Z4OA 2JYSA 1APUE 4I11A 2I1AA 3GGAA 4XXSA 4QJ6A 4H3FA 4GB2A 3VF5A 4J54A 3UHLA 4NJUA 5P25A 2PC0A 4Y4DA 5P5RA 2NR6A 2RKGA 5KAOA 1OHRA 3SA3A 5P8KA 1WBKA 5P6NA 4GJ7A 5P5SA 4I0EA 3TOGA 5P4FA 1MRXA 3NU6A 2F3EA 2ZJJA 3K5DA 4ZSQA 5P27A 1F7AA 4BELA 1NPAA 4Z50A 5KR1A 4XKXA 5P6TA 2AVQA 2FIVA 4Y51A 4GMIA 2FNSA 4K8SA 2AVMA 3OAGA 5P7CA 2Q11A 2HM1A 2WF0A 5KOSA 4Y5MA 3RTMA 5OZOA 2QMGA 3CKRA 5KQXA 1HPOA 1OD1A 4Y6MA 2R5QA 5P0GA 7UPJA 5P50A 4HDFA 2R43A 3R1GB 5P1SA 5P87A 4DH6A 1SMEA 2AQUA 4HLAA 4K4PA 3I6OA 2CEMA 3ZKGA 3SPKA 5JG1A 1C6YA 5P82A 1UH9A 5P8BA 5JODA 4QJ9A 4R5NA 2G24A 2QHYA 5P0EA 4FCOA 3IN4A 3OOZA 5P2TA 1GVVA 5P5DA 4GJCA 3IN3A 2B42A 3VF7A 5P7FA 5CONA 2G94A 5P7LA 4Y4TA 5OYXA 5DQ1A 1APTE 3EKTA 4OBKA 3UQXA 4Y44A 2APRA 2I4VA 4D89A 4Y45A 5P6AA 5P0IA 4KE1A 1BXQA 2BPZA 3QS1A 4EJDA 4Y4AA 5OZ8A 1YTGA 5P88A 2NNPA 3KA2A 2NMYA 4M8XA 3VF3A 4DV9A 3QPJA 5P34A 4DQFA 5F00A 3FSMA 5P5AA 1D4SA 3IXOA 3HDKA 3L5BA 5P7DA 4I8ZA 2VS2A 4FM7A 5P0VA 1E5OE 1LYAA 2OHNA 1BXOA 1GNNA 3O9HA 3OAGB 1IVQA 1TCWA 2G69A 2AOCA 1WKRA 3IAWA 1PPKE 3QI1A 5P6YA 2ANLA 4FRSA 5AHBA 4GZFA 1PPLE 2FDPA 3UDRA 1LYBA 5OYQA 5OYUA 1T7IA 4EJ8A 3S43B 3PMUA 2PK5A 5P3UA 1BDQA 4TVGA 5P19A 3SM1A 2OHPA 2QD8A 1HIIA 5I70A 2BBBA 3PI0A 1HVHA 5HD0A 5P0RA 1ZJ7A 3L38A 4Y35A 3OUCA 1D4YA 1EBZA 2V12C 4J5JA 4ZPGA 3QVCA 4Y5KA 1GVUA 3T7XA 5P1JA 1KJGA 3UDMA 5OZ9A 5P3RA 3UTLA 1YT9A 5OZEA 1HSHA 3EBZA 5P2GA 5OZAA 2OHKA 3TTPA 5P0SA 1KJ7A 1M0BA 1ZLFA 5P1FA 5P30A 5OZ0A 4EP2A 4OC6A 5IS4A 5P4CA 2XFJA 3CIBA 7HVPA 5P2EA 5OYSA 1EC3A 1HXBA 1AXAA 1FFIC 4RVIA 4H3JA 4B1DA 2G1OA 5HTZA 2HIZA 2QNNA 3O99A 3DJKA 3O9AA 4Y43A 4DJWA 3ZPUA 2QMPA 1HPVA 2HB4A 5P8TA 3QVIA 3EKXA 3I25A 1C6ZA 4Y3LA 3UDYA 5HCTA 3B7VA 3CYWA 1ZSFA 2WF1A 5P0TA 3UCBA 1ER8E 4Y5LA 2NMZA 2PSUA 1SP5A 2QI0A 3NLSA 3KM4A 4J0PA 1FLHA 2G27A 2ER7E 5P7KA 1LYWA 2B8VA 4L1AB 4I1CA 4RYGA 4RYCA 2BKTA 2RMPA 5P7UA 3INDA 1LYBB 4OBZA 4Q1YA 3PBZA 1C6XA 5P4QA 2PYNA 1T6GA 3T7PA 5AHAA 3INFA 4LAPA 5HCOA 3QRMA 1EPOE 4RGHA 4F76A 4R95A 4H1EA 5P80A 5KR0A 1GVTA 3UDJA 3O9FA 3OQ7A 1MT9A 1YTJA 5P3DA 5P6PA 4Y4GA 2ZHTA 5P78A 3IVHA 2Q54A 5P48A 4PHVA 1SGUA 3OGQA 2NTRA 3LZUA 2Q63A 5P8CA 3ZL7A 2XYFA 1MRWA 2I4WA 3ZOVA 3URJA 3R4BA 1LF3A 5P13A 3CKPA 4YD3A 5P73A 1QBUA 5P5WA 4Y3FA 5P3YA 3UFLA 5P15A 5P86A 4HZTA 2VA6A 3OXCA 5P39A 5P1MA 4Y5BA 4Y3RA 4CPTA 5P0WA 4Y4XA 3PLDA 4OC6B 3O9BA 5P5HA 3BUFA 4Y50A 4Y48A 5P6XA 5P4UA 3TOFA 4GJ5A 3VV6A 1HVIA 5P1QA 5P79A 2VIYA 3TH9A 5P4AA 3UDHA 2VJ7A 4ER4E 2IKUA 5P59A 4PZXA 4Y5EA 1YX9A 4APEA 3O9LA 4Z22A 5P1LA 4AZYA 1EPLE 2HC0A 3M9FA 3ZKXA 3VFBA 3PSGA 2F81A 5P6OA 3L5DA 5OZQA 5AH6A 1APVE 3S45A 5P2IA 5P1YA 5P5BA 3LIQA 4JPEA 3NDTA 4FSLA 3NU5A 1HBVA 3PSYA 2V16C 1LYWB 3SKGA 3GI6A 5OZLA 5P06A 1HVRA 2BPVA 3FKTA 5P40A 5P1BA 5P20A 5OZ5A 5P3WA 1LS5A 4EPJA 3EC0A 4FSEA 3NU3A 3SM2A 3URIA 2QD7A 5EZZA 5P23A 5P8VA 4DQBA 5P2YA 3NU9A 4H3IA 5P2BA 4B70A 4XX3A 5P3CA 5P83A 4F73A 3L3AA 4R91A 4Y4UA 4J1FA 1MPPA 5P8SA 4RCEA 4FL8A 3H0BA 4Z4XA 2ZJIA 2QI3A 4OBJA 4ACXA 3OXXA 4AA8A 3IXJA 4Y58A 4Y3EA 2BB9A 2FLEA 2HB2A 5CLMA 5E5JA 4YD7A 1SDUA 5P1NA 2J9KA 3Q70A 4Y3AA 3NXEA 1HVJA 4HVPA 1T3RA 2QU2A 3KT2A 4RCDA 5JFUA 5P2XA 2NNKA 1AIDA 3LZVA 4J17A 5P52A 4AMTA 5P3FA 5P12A 1FQ4A 2WEAA 1HVKA 5P1WA 5P5VA 4J1HA 2WL0A 1BBSA 2QNPA 2ZHUA 3O9LB 1K2BA 5P6UA 3EKQA 1CMSA 5P4VA 1QBRA 3U71A 2JJJA 5P6BA 3OUBA 4GJ6A 1HVLA 3BUHA 2BPXA 3LPKA 3LZYA 3Q6YA 4TRYA 3NUJA 4CPQA 1DW6C 5SY3A 4RLDA 1NPWA 1ZBGA 2NPHA 2OHUA 3UQWA 5HE4A 1EPRE 2G21A 1LF2A 3OWNA 3ZKNA 3SACA 3VSWA 4HE9A 2WECA 4Y3XA 1A30A 2IENA 3PBDA 5OZWA 3BXRA 1MERA 1SDVA 4ZPEA 5P51A 1ODYA 1VIKA 3HZCA 3RTNA 4J55A 3QBFA 3UDNA 5P1DA 5P61A 3OHHA 5P1EA 3UQRA 2A1EA 1KJ4A 1HPXA 2IRZA 2G22A 2VA5A 5HDXA 1FMBA 2VIJA 1FEJC 4EQJA 3ECGA 1HHPA 1BAIA 5P5YA 4Y36A 1C70A 5OZGA 2FGVA 3F9QA 1FQ8A 3BRAA 1AAQA 3ZLQA 3O9DA 1FGCC 5P63A 4FAEA 5OZIA 3PGIA 1IBQA 4U8WA 4NKKA 4DPFA 5P3KA 5P11A 1G6LA 5P05A 4Z2ZA 4I0GA 4FIVA 5P8IA 5P6VA 1IZDA 6APRE 3K5CA 5P64A 4EJKA 1TZSA 5P6FA 4X2LA 5HDVA 4FRKA 4Q1NA 4AA9A 1LZQA 5P6MA 5P67A 1RL8A 5P0AA 4APRE 5P00A 1LF4A 3TPRA 2P3CA 4DJQA 3G70A 2XFIA 5P08A 2RSPA 4EYRA 3BGCA 2Q3KA 3PM4A 1EC2A 3O9IA 4HDPA 1GVWA 1B6JA 3KDBA 1B6MA 3S43A 4Y3GA 1HTGA 1BDLA 2IS0A 1VIJA 4RROA 4QJAA 2B60A 4Y56A 3L58A 1EBYA 3R0WA 5P2SA 5DGUA 2WKZA 4ACUA 3S2OA 4I12A 3VV8A 1BVEA 3SABA 5P2VA 3FV3A 2QHCA 4Q1WA 3BGBA 1MESA 3OU3A 3OQAA 5IVTA 3I8WA 1D4HA 1B5FB 1HXWA 5P5EA 3WSJA 4A6BA 1HIHA 3SQFA 5ISJA 1A8KA 2FMBA 3SO9A 5P5NA 3DCRA 5P53A 1BVGA 2WF3A 3UF3A 5P2UA 1HTEA 2XFKA 3IGBA 1SIPA 5P8MA 2HS1A 3WZ7A 5P3IA 4X7IA 5I3XA 5P2WA 4FE6A 4Y3NA 2I4QA 2I0AA 6UPJA 5KOQA 3HD8A 1K6TA 5IVSA 3KMYA 3OUDA 4CPRA 1K6VA 3IVIA 3HVGA 1ZSRA 5P0XA 1CZIE 4RRNA 1AJXA 4ZIPA 5C9FA 4B05A 2QZKA 4UPJA 1W5YA 5OZSA 4ZLSA 4Y3SA 3EKWA 5P5PA 1MSNA 5P89A 3HVPA 5P4RA 4Y4WA 1SIVA 4HEGA 4I0ZA 3O9CA 3QN8A 4J0TA 4YBFA 3WB4A 1ENTE 4DVFA 5P1KA 3ZKQA 5OYTA 1LV1A 5P47A 5OZTA 1NSOA 4L1AA 3APPA 3GGVA 1W6IA 5P03A 3JVYA 1PSNA 2OF0A 2ZJMA 5P4LA 1W51A 3I7EA 5P58A 3ZMGA 3L59A 1YM2A 4LXKA 5P3HA 3KT5A 1OEWA 4DJVA 5P07A 4QJ7A 2FDDA 5P8GA 1HIVA 2HB3A 2J9JB 2VIEA 3LINA 5P6WA 1GNMA 1WBMA 5P5QA 1FQXA 3OU4B 5SY2A 1MTRA 5DR4A 3RTHA 4NJTA 3N3IA 4QJ8A 1T7JA 5P4WA 2HPFA 3GGUA 3CYXA 3ER5E 3NYGA 3FX5A 2BJUA 4KB9A 1EPNE 2IKOA 4CMSA 2R8NA 3VCMA 5OZKA 5P0JA 1DPJA 5P0OA 4DQEA 3SLZA 1TW7A 1U8GA 4Y5GA 3CKTA 1HSIA 1BDRA 5P22A 5P7QA 4DJRA 5P5MA 3RVIA 6FIVA 4WY1A 5P66A 4DI2A 2AVOA 1PPME 5P8HA 5P10A 3ZPTA 2WHHA 3O9EA 1ZPAA 5P3ZA 5P0QA 4OD9A 3UDQA 5P68A 3K4VA 3SAAA 3OUDB 5P5TA 5P32A 1QDMA 5OZUA 3PI5A 3D1ZA 4GJAA 3SA7A 4Y4JA 4D8CA 4XX4A 4YOBA 2VA7A 5P6SA 2R3WA 4DJYA 2ZYEA 5KR2A 5P4EA 4COEA 5P4KA 2QZLA 5F01A 4NPTA 5P7BA 1HPSA 1IDBA 4DQHA 1BWAA 4FM6A 1HEGE 5P38A 4YE3A 5OZBA 1ZAPA 3C9XA 3NR6A 5P4TA 5KQFA 1RPIA 5P7JA 4ZEAA 4Y3PA 4Y3WA 5P6QA 5KQYA 4J0VA 3HAUA 1D4IA 5P37A 2ZE1A 3PCWA 2WJOA 4I0JA 5P43A 5B18A 3EM3A 2VNNA 4QGIA 4IVTA 2AVSA 4DJXA 3WZ8A 3UPJA 3UQUA 3SFCA 5OZ2A 2F3KA 5P1IA 3OU1A 5P0KA 1HWRA 5P5LA 5P8JA 4ER1E 4MC9A 5IVRA 3NUOA 5OYRA 4D88A 1EBWA 5P42A 4GJDA 1FIVA 5P8DA 1HVCA 5P5ZA 3VYDA 4L6BA 3LITA 2SAMA 1MEUA 5P65A 2FS4A 2PWRA 1MIQA 1W6HA 3PVKA 4HA5A 4I10A 2AZCA 3OQFA 5P2CA 1E81E 4Y4ZA 3OGPA 5AGZA 4OD9B 3HLOA 2O4PA 1E82E 2FXDA 5P8OA 5P84A 5P81A 4LHHA 3GI4A 5P56A 3K1WA 1OEXA 3QRSA 2VJ6A 2BPWA 5PEPA 3BVAA 4B1CA 1SBGA 1F34A 3CIDA 3PWWA 1K1UA 2AZ9A 2WEBA 5P71A 1HVSA 3OK9A 5OZ3A 5OZNA 5P1AA 3ZKIA 1EC1A 5HDZA 2P3DA 5P7IA 5P0YA 4L7HA 1RV7A 2H6TA 4RVJA 1GKTA 3R2FA 1EAGA 5P5XA 5P7MA 5OZZA 3EL0A 2MIPA 5P6DA 5P57A 1NPVA 5OZJA 5COPA 1LEEA 4JECA 5P5CA 4Q5MA 3OADB 5ER2E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZD A;  5OZV A;  4IVS A;  3L5C A;  2B7F A;  2EWY A;  4R8Y A;  1UH8 A;  3TKG A;  4K4Q A;  2BQV A;  3PWM A;  4Y3T A;  4PYV A;  4L7G A;  5DR3 A;  5P55 A;  4Y5N A;  4Y3Q A;  5P5F A;  2AVV A;  5HE7 A;  4Y57 A;  4Y47 A;  4NJS A;  3U7S A;  2UY0 A;  3OQK A;  2O4N A;  5P7R A;  5P4O A;  1D4J A;  3OXW A;  5P4S A;  4Q1X A;  4Y5C A;  2G20 A;  2I0D A;  5P7E A;  5P2J A;  1B6P A;  5C9D A;  2FGU A;  5P2A A;  3RSV A;  2AZB A;  5P29 A;  1PRO A;  5P5O A;  3T7Q A;  1GNO A;  4D85 A;  4MC6 A;  2AID A;  4A4Q A;  2G1Y A;  9HVP A;  3NSH A;  5OZ4 A;  1HRN A;  4I8W A;  5P5I A;  2VJ9 A;  3D20 A;  5P8P A;  1K2C A;  1MET A;  3DV1 A;  4OBH A;  5COO A;  2AOH A;  4LBT A;  4ZPF A;  4JPC A;  1E80 E;  4YCK A;  4PZW A;  4DJO A;  1QBS A;  2V13 A;  3NDW A;  2QI5 A;  2JE4 A;  4EXG A;  5P72 A;  3CIC A;  4U7Q A;  5P1R A;  5P2F A;  4J0Z A;  5OZ1 A;  1DAZ C;  3LPI A;  3MSK A;  5P6I A;  5P1V A;  5P3N A;  4GJ8 A;  4LP9 A;  5P4B A;  2PMA A;  5BWY A;  2OHR A;  4YD4 A;  2QI1 A;  1EPP E;  4HDB A;  4LXM A;  5P70 A;  5J25 A;  1UPJ A;  5P2L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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