1PFZ | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	375
structure length	370
Chain Sequence	HLTIGFKVENAHDRILKTIKTHKLKNYIKESVNFLNSGLTKTNYLGSSNDNIELVDFQNIMFYGDAEVGDNQQPFTFILDTGSANLWVPSVKCTTAGCLTKHLYDSSKSRTYEKDGTKVEMTVSGFFSKDLVTVGNLSLPYKFIEVIDTNGFEPTYTASTFDGILGLGWKDLSIGSVDPIVVELKNQNKIENALFTFYLPVHDKHTGFLTIGGIEERFYEGPLTYEKLNHDLYWQITLDAHVGNIMLEKANCIVDSGTSAITVPTDFLNKMLQNLDVIKVPFLPFYVTLCNNSKLPTFEFTSENGKYTLEPEYYLQHIEDVGPGLCMLNIIGLDFPVPTFILGDPFMRKYFTVFDYDNHSVGIALAKKNL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__199569939284074__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__199569939284074__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/1PFZ/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__199569939284074__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"199569939284074","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/1PFZ/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__199569939284074__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5cfbcab4de5ff46f74e03edc/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5cfbcab4de5ff46f74e03edc/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5cfbcab4de5ff46f74e03edc/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5cfbcab4de5ff46f74e03edc/pdb.gz): 132 ms

reading 370 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

370 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 36 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:369});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Aspartic protease zymogen
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Crystal structure of the novel aspartic proteinase zymogen proplasmepsin II from plasmodium falciparum. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PROPLASMEPSIN II
total genus	83
structure length	370
sequence length	375
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 3.4.23.39: Plasmepsin II.
pdb deposition date	1998-07-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	1pfzA01
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	1pfzA02

1ZTZA 5P8AA 2BKTA 4NJUA 3OWNA 5OZKA 2ZDZA 1BIMA 5BRYA 4FM6A 2QHZA 4H3GA 2FS4A 3SO9A 3UQUA 3EL9A 5BS4A 1E81E 1W50A 5P71A 4Y41A 4TVGA 4Y5GA 2QD7A 2FXEA 3IXJA 5P82A 4YCTA 3BUGA 3LZVA 1ENTE 4J0TA 3WZ7A 2AVQA 4K8SA 1FQ6A 4H3IA 5P8HA 3HD8A 4YE3A 2CEMA 1MT8A 5P5CA 5P3RA 2QZWA 5P32A 3PWWA 5JFUA 2O4PA 3BVAA 2IKUA 5OZCA 3DV5A 3TPJA 3SA8A 5P66A 4EXHA 3INEA 2Q64A 1HSGA 5OZ0A 5P30A 5OZ1A 5P50A 3NDUA 5P02A 2R43A 4R91A 3HAWA 2F3KA 3KF0A 4D83A 3QRSA 1QBRA 2ASIA 5P85A 4EQJA 3PBDA 3D3TA 3TTPA 1TCXA 5I3YA 1G0VA 5P8QA 1C6YA 2G21A 4Y36A 1SDUA 4YA8A 5P7PA 4LBTA 5P7XA 1XS7D 3CIDA 5P4CA 5OZ3A 4RYGA 4GJ7A 1ZAPA 4Y5LA 1FQ8A 5EZZA 2ZYEA 3MWSA 4FIVA 2BJUA 1BDLA 3VLAA 1KJ4A 4Y58A 3L5FA 1NPAA 3UPJA 1MIQA 5TOLA 1G6LA 4I10A 5P4TA 4L7HA 5I3XA 3NR6A 3INHA 3SM2A 4YCKA 1TZSA 2G22A 3OQAA 3INFA 5P8GA 5P7OA 2UXZA 5P04A 3PWRA 1W6HA 2WL0A 4CPWA 2VKMA 5P3WA 5P3MA 1K2CA 3DOXA 2FNTA 3UQWA 4Y5PA 4Y3SA 2F3FA 5AHCA 1MVPA 5P06A 2HAHA 4ZEAA 5P2FA 1HHPA 5IVSA 5IS4A 3NWQA 3VYDA 3PHVA 4OBJA 1HEGE 5P42A 4FRJA 4R8YA 1WBKA 3OXWA 3VLBA 3UDMA 2AZ9A 4Y48A 2R3TA 2VNMA 2IEOA 1G35A 4GIDA 2B7ZA 4YD3A 3LZUA 3KM4A 4JPEA 4DJWA 3NUJA 4RZ1A 1BAIA 3URLA 4B72A 1KZKA 1ZSRA 5IVRA 5T4SA 1SDVA 5P2NA 2AOGA 5DQCA 4APRE 1PPKE 3OUCA 4Y3WA 3S43A 4L7JA 5P4QA 5KQXA 5P0AA 4ER1E 5P45A 1HVJA 4X7IA 3KFPA 2I4QA 1FF0C 5P5NA 1FQ7A 5OZOA 2O4LA 3ZKNA 5P0UA 2B60A 3WZ8A 5DR0A 3L59A 3CICA 5P6OA 2P3BA 5P2KA 5P19A 4DJOA 2O4NA 5DQ4A 4CPQA 5P4AA 5P44A 3KT2A 1B6JA 2VIZA 3HLOA 3I6OA 5P37A 1BBSA 3IAWA 1RPIA 4A6BA 5AGZA 3Q6YA 5P6HA 1D4IA 2AOEA 3L38A 6UPJA 1RQ9A 2Q3KA 7HVPA 3ZKXA 5HDVA 4K4PA 2QK5A 3O9LA 5E5KA 4BFBA 4DFGA 1C70A 5JG1A 3OQDA 4APEA 5P4MA 5P3CA 4QJ8A 4QLHA 5OYTA 2VIEA 5P7MA 3JVYA 2CEJA 2WEBA 5HE4A 5P10A 5P1GA 8HVPA 2BPVA 5P09A 1HPOA 3RVIA 1LF4A 5DQ1A 5P3LA 5SXNA 2HS2A 1FB7A 2I4DA 3LIYA 5P16A 3NWXA 4Y6MA 2G1SA 5SZ9A 5PEPA 5P3DA 5P0IA 2I0DA 1BVGA 3NU6A 2IKOA 4DQEA 3OY4A 2RENA 5P55A 3OU4A 5P5DA 1T3RA 4OD9B 3ST5A 5P3AA 5P60A 1XL5A 5P7IA 3H5BA 5P8CA 4Z22A 5P6TA 4GMIA 4J1KA 3RSXA 1UH7A 1D4LA 5P4UA 5P7RA 5P2JA 3S7MA 5P22A 2QI1A 2V11C 3NU9A 5P7FA 5P4DA 4QJAA 2EWYA 5P4FA 1IIQA 2QHYA 2I4XA 1WBMA 4X2LA 1FQ5A 4Y5CA 1GNMA 5OZEA 2O4KA 1G2KA 5P0KA 3SKGA 4Y3NA 4JP9A 2PWRA 2QI0A 4ER2E 1C6ZA 3MXDA 1B6PA 2G20A 1GNNA 3QRVA 3PLDA 1K2BA 1ME6A 3BRAA 5AH8A 5HDXA 1PROA 2JJIA 3UQPA 5P78A 3S53A 2G24A 4HVPA 3O9DA 5P7YA 1N49A 5P51A 4BEKA 1TW7A 5OZQA 4LAPA 2FLEA 1B6KA 1A94A 3EM3A 4Y3YA 4ER4E 3LIXA 3PSUA 4RLDA 2VS2A 2ZJLA 3SACA 4R95A 3K4VA 5OZXA 3WB4A 5P4YA 2JJJA 3INDA 5HTZA 2IQGA 1EEDP 3QAAA 5P6UA 3CIBA 2OHPA 1FGCC 3K5FA 2NMZA 1T6EX 1W5XA 2QP8A 3PSGA 5P7HA 5P1PA 5KR2A 2PMAA 5P70A 5P01A 3EL1A 4QGIA 5JFPA 5P8FA 4RRSA 1MTBA 1DPJA 1K1TA 4ZSRA 3OTYA 2R5PA 4HLAA 5EZXA 2RSPA 5P8BA 2V13A 4L6BA 5P6KA 3VF7A 4LHHA 5KOSA 4Y3FA 5OZIA 4Y51A 3T7QA 5P4VA 1EC3A 5P0QA 5P4EA 2V16C 1ZLFA 3LIQA 3EM4A 2Q63A 5P7LA 4Y39A 4TRZA 5P6IA 3PSYA 2VJ9A 2I4VA 5P0ZA 3EL4A 4J1EA 3D1YA 1TSUA 2HM1A 1ZBGA 4FAFA 4RVJA 1ER8E 1UH9A 3ZPUA 4ACXA 2QU3A 4YD5A 2OF0A 3Q4BA 4OBKA 5P4PA 1QS8A 1HSIA 5P1YA 2BB9A 2AZCA 4PYVA 4Y3GA 4OBGA 5P5UA 5E5JA 2V0ZC 3VUCA 2NPHA 4GJDA 1TCWA 5P88A 3U71A 3EL0A 3PI0A 3RU1A 3ZPSA 3OGPA 2WEAA 3U6AA 5P1LA 4HEGA 3AIDA 1EPQE 4EQ0A 1QBUA 2ER6E 3L5BA 5DR7A 2QNQA 3ZKGA 4BFDA 3DK1A 5FIVA 4DVFA 3EMYA 1VIJA 5OZDA 1FLHA 5P3FA 2OHQA 4FSEA 5P7SA 4RROA 1LF3A 1LYAB 2QI3A 5P2OA 5SY3A 1HVCA 4J0VA 3UTLA 3QIHA 1PPLE 3OU3A 1EPOE 1XL2A 1AVFA 5P0FA 1PSNA 3L58A 2Q5KA 2FXDA 2NMYA 3PGIA 4Y3RA 1W5WA 5P5MA 1FQ4A 5P6YA 4YD7A 4XX4A 5P0LA 3FSMA 4R5NA 5P2BA 4OBFA 4DJUA 5OYQA 5P27A 4M8XA 1Q9PA 5P15A 4WTUA 4B77A 1XDHA 4DJVA 4Y4BA 5P3ZA 1W5YA 4N00A 4L7GA 3K5GA 3OQKA 5P0PA 4FM8A 4Y50A 4YBIA 5P7QA 3VV6A 4FLGA 4B1EA 3ZOVA 4AA8A 2ZJHA 5P4JA 4A6CA 4I0HA 3UDJA 4DJXA 3FKTA 1BXOA 5P2CA 2CENA 5P8KA 3CKRA 4MC9A 3WZ6A 4OC6A 5KQZA 5P5LA 2IDWA 3PMYA 4Y47A 1E82E 2ZJKA 1EPNE 3BUFA 3LIZA 4F74A 1CPIA 4EJKA 4D89A 1NPWA 1RV7A 3PM4A 5I3WA 1SMRA 1LYAA 4RGHA 1LS5A 1ZP8A 1AJVA 4J5JA 3Q3TA 5P4RA 1ZPKA 3FNTA 5P6DA 3EKTA 1M4HA 1YT9A 1MESA 4EJDA 2WEDA 5OZFA 2AOIA 4I1CA 3KT5A 4GJCA 1HTRB 5DQ2A 3IN4A 5P83A 3BGCA 4B00A 3T7PA 2B42A 2IL2A 5I3VA 3NU3A 4GJAA 5P4IA 1FMBA 3DM6A 4LP9A 3UDQA 3QVCA 5P29A 4YOBA 5P6PA 5P8JA 1LV1A 5OZZA 1AXAA 5P57A 5DR3A 4KUPA 3OOTA 2RMPA 3SA3A 3RTHA 1QDMA 4MC1A 5P3JA 3B80A 3VSXA 3VV7A 5P2YA 4XKXA 1HSHA 4YCYA 5P1IA 5IVTA 2RKGA 5P7WA 3KFRA 1D4YA 2HC0A 2VIJA 4KE1A 4EJLA 5P38A 4J0YA 1KJ7A 5P33A 2G1YA 4FM7A 3GI4A 2G1RA 2QMGA 4RCFA 5P6SA 2ZHUA 1QBSA 2IRZA 2IGXA 5P7UA 3UDRA 1APVE 4DJYA 4MC6A 4I0EA 3EKVA 1A8GA 5OYWA 4Y3TA 3S43B 5KR8A 4Y4AA 4ZPGA 5P5GA 5OZ2A 4BELA 2NR6A 3TPLA 3LPKA 4YBFA 4Y3QA 5OZ5A 3SA4A 5P1AA 4CPUA 3R0YA 2FDDA 3FV3A 5P6RA 2WHHA 3IVHA 2R9BA 5P5YA 1HVRA 3FX5A 4PZWA 3KN0A 4DPIA 1EPLE 4YDFA 5OYVA 1E5OE 2ZJJA 4J1HA 2P3BB 1B11A 2I1AA 3TOGA 5ISKA 3GGAA 2AIDA 2PYNA 5P84A 5I70A 1QBTA 3OXVA 4FAEA 4LXAA 3GGXA 2F81A 5P3BA 5P40A 5ENKA 1LYBA 3BXRA 5P8NA 2I4UA 2R5QA 3CYXA 2WKZA 3O9GA 4Y57A 1KJFA 5P1ZA 2FIVA 5P1BA 5P75A 2BPXA 2QHCA 5P64A 1OEXA 2VIYA 3O9LB 2J9JB 3NDTA 5OZMA 2Q54A 3I8WA 4GYEA 3L5DA 5BWYA 4RCDA 3UQRA 4Y4TA 4NJVA 3KDDA 2OHKA 4KE0A 5HDUA 1C6XA 2O40A 4NJSA 3S45A 2PSGA 2ZJIA 5ISJA 4QJ9A 3QS1A 1K6PA 5P6WA 3DV1A 1HIHA 5P74A 1HVIA 2PH6A 4DJRA 1OHRA 5P8MA 4AUCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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