1PPKE

Crystallographic analysis of transition state mimics bound to penicillopepsin: phosphorous-containing peptide analogues
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
323
structure length
323
Chain Sequence
AASGVATNTPTANDEEYITPVTIGGTTLNLNFDTGSADLWVFSTELPASQQSGHSVYNPSATGKELSGYTWSISYGDGSSASGNVFTDSVTVGGVTAHGQAVQAAQQISAQFQQDTNNDGLLGLAFSSINTVQPQSQTTFFDTVKSSLAQPLFAVALKHQQPGVYDFGFIDSSKYTGSLTYTGVDNSQGFWSFNVDSYTAGSQSGDGFSGIADTGTTLLLLDDSVVSQYYSQVSGAQQDSNAGGYVFDCSTNLPDFSVSISGYTATVPGSLINYGPSGDGSTCLGGIQSNSGIGFSIFGDIFLKSQYVVFDSDGPQLGFAPQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic analysis of transition-state mimics bound to penicillopepsin: phosphorus-containing peptide analogues.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PENICILLOPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Penicillium janthinellum
total genus 89
structure length 323
sequence length 323
ec nomenclature ec 3.4.23.20: Penicillopepsin.
pdb deposition date 1994-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ppkE02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ppkE01
5HE5A 5P4WA 4FRKA 5P3XA 3PSUA 3MWSA 5P5MA 3G72A 4Y43A 4Y3QA 5P52A 3OADB 5P6TA 1QBUA 1EPNE 5P04A 2IGYA 3BXSA 2I4DA 4D83A 3LZYA 5P6NA 2QNNA 5OZTA 5P4YA 4APRE 5P6WA 2AVVA 2R5QA 1FQ4A 2BPVA 2I1AA 1GNMA 1PPKE 1GVXA 5P5IA 3SKGA 4K8SA 5P20A 1KJFA 4FM8A 4FL8A 5P80A 5P3NA 1SP5A 4ZSQA 4NJUA 5P5BA 3EMYA 5P4OA 4Y5PA 5P8FA 3GGAA 2I4UA 2G22A 4ZPGA 2Q11A 3INDA 4ZPFA 5P2JA 3L59A 4NPUA 5P4UA 2P83A 5P59A 5P8EA 4FS4A 5P66A 3NDWA 4NPTA 2O4SA 4Y5GA 4BELA 5P2RA 1BWBA 5P6EA 5HDUA 4PEPA 4FE6A 4RCDA 5P2BA 4CPTA 3OK9A 3VEUA 3LIVA 2ER9E 5P4PA 1LEEA 5P0PA 5P39A 4Y56A 1ZTZA 1LF2A 3TOFA 5P1DA 2G20A 2O4LA 5DR0A 3BXRA 2J9JB 3VF5A 2G1YA 3KA2A 3BHEA 4GJAA 2VJ6A 2P3CA 1APWE 1TSUA 4EHCA 1EBZA 2AZBA 1W6HA 3R0WA 3KT2A 5P45A 5KOQA 3SA7A 5P3SA 1FG8C 4RROA 2AZ8A 5P4GA 5P5TA 5P0AA 3S2OA 5P49A 4S1GA 5P2YA 1DIFA 3ST5A 1RQ9A 3K4VA 3O9GA 1FKNA 5P0XA 4Z50A 1HEFE 2NTRA 5KR2A 3D91A 5P8NA 3RTHA 3LIZA 5P87A 4DVFA 3O9LB 3VF3A 4OD9A 1BV9A 3QRMA 4D88A 3IXOA 2J9JA 4YBIA 5P61A 4Y4AA 1FQ6A 2I0AA 5P4VA 4R91A 5HDVA 4Y3LA 5P6BA 3TPPA 2HPEA 2PQZA 4M8XA 1QBTA 1APTE 1CZIE 2ZHTA 4Y4TA 4I0GA 4KE1A 5P2OA 8HVPA 4RCEA 5P5RA 5P6KA 5P46A 5P4RA 5AHBA 3UDNA 2P3BB 2R38A 3LPIA 4AZYA 4EQ0A 5AH9A 3PMUA 1SIPA 3EKXA 1EBWA 4PHVA 3LNKA 4Y54A 4GIDA 2VA6A 5P3HA 4OBGA 5P7WA 2ZJNA 3QP0A 5KR8A 4TRYA 5ER2E 3ZKGA 1C6YA 2UPJA 3EKTA 5P8PA 1DP5A 2A4FA 3R2FA 3S8IA 5P7GA 4OBFA 2B7ZA 4RRSA 5P1WA 1BVGA 5P14A 1K6TA 2VIJA 5EZZA 3ZPTA 3JVYA 2G26A 4J17A 5P02A 3BRAA 5C9BA 1XDHA 5HDXA 4H3IA 2WEAA 5ISJA 3I6OA 5P18A 5KR1A 1AM5A 1IIQA 1EBYA 5P0YA 2OHKA 4HDBA 5P2TA 4DJXA 3Q6YA 5P78A 2ER6E 1YTHA 4ZSPA 3IAWA 1T7IA 3EXOA 5P03A 5OZ7A 1YTGA 4JECA 1YX9A 3EL9A 5P2IA 3OOTA 3WZ8A 1RL8A 2FIVA 1HTGA 1HVIA 3NDUA 2BBBA 5P79A 5OZ6A 3VYFA 5P5WA 3OQ7A 2F3FA 3G70A 1K1UA 4I10A 5P51A 5P8GA 1PROA 2HB3A 2PSUA 5P88A 3OAGB 5OZ3A 5OYYA 5P5YA 2QZLA 4Y3MA 4L6BA 1HPSA 1FGCC 5P58A 5P7BA 5P7SA 4COEA 5P68A 5KOSA 4ACUA 3IVIA 4ZSMA 4DJYA 1T7JA 1K6CA 5IE1A 2P4JA 5P1AA 3KT5A 5P25A 3FX5A 2ZJIA 2F80A 5P3MA 4FAEA 4Z22A 6FIVA 5P3VA 4HVPA 2SAMA 4FSEA 5P86A 1BBSA 5DR3A 5P8IA 4N00A 4K9HA 2PYMA 5OYWA 5OZHA 3URIA 4A4QA 4DUSA 3SA9A 3OAGA 1J71A 1W6IA 1LYBA 3SPKA 1EPRE 2BB9A 5OYQA 3QVCA 2Q55A 2H6SA 4EYRA 2HB4A 2IL2A 5DPZA 1MRXA 2J9KA 3AIDA 5P23A 5PEPA 5P5LA 2IENA 3ZKXA 4QJ2A 5DR7A 3SACA 5P4TA 2QU2A 4Y3ZA 4B1DA 1Z1RA 3OTSA 1AJXA 4Y9WA 3WB5A 4AA8A 4RLDA 4TVGA 5P4SA 2AVOA 1C6XA 3VUCA 5P6SA 4TRWA 4Y4XA 5SZ9A 1G0VA 3GI6A 5P6MA 4B00A 3WZ7A 4Q1NA 3SKFA 1YG9A 5P4IA 3GGXA 4J0YA 2AVQA 5P8QA 3N3IA 2V13A 4GMIA 4YCYA 2VIYA 5OZ2A 3HAWA 3SLZA 1FLHA 2ER0E 3RTNA 3SA4A 4Y44A 1ZPKA 2VJ9A 1NH0A 1OEXA 3R4BA 3BC4A 2WEDA 3FSMA 5J25A 4OBKA 3VV6A 3DOXA 3IVHA 1MT9A 2VNMA 1B6LA 1FMBA 5P5GA 3IGBA 4EJDA 2ER7E 5P3LA 3ZPUA 1QBRA 2ZJJA 5P7NA 5P4QA 1TCXA 5KQYA 4DQFA 5P1MA 2O4PA 2JJJA 4Z2ZA 2AOIA 3SO9A 1ZSRA 2Q5KA 4I1CA 5HE7A 2WF1A 2NMZA 5P1EA 4ZPEA 3T11A 4DJQA 5HVPA 3R0YA 5OZEA 1MTRA 2O4NA 4HE9A 5P7TA 4DPFA 2G24A 3EKPA 2OHNA 1ME6A 3NXNA 2IRZA 3SA8A 5P0IA 2FGUA 4Y3HA 2AOFA 1W50A 5P5QA 4I0EA 5OZCA 2QZKA 4RRNA 5DQ4A 2WL0A 4DJVA 3PI0A 1IDAA 2V16C 3FV3A 1LF3A 4Y3FA 2PC0A 4LHHA 5P67A 3HVGA 1GNNA 5P4JA 4RVIA 1HHPA 5P35A 1DW6C 3LPJA 1Q9PA 5P3TA 1T7KA 2ZJMA 2F8GA 2BKTA 4X7IA 5P36A 5P0EA 3PCWA 4ZIPA 3OXVA 3TL9A 1D4KA 5P1GA 2FXDA 5OZRA 7UPJA 5P3GA 2HS1A 4ZEAA 4QJ6A 2XFKA 5P0JA 3RSVA 4DI2A 3GW5A 3FKTA 5P3EA 4DJRA 4Y35A 4Y3TA 3L38A 5P1JA 5P54A 2AVSA 5P8MA 2F81A 1XN2A 3BUHA 1ODYA 2G1RA 1K1TA 5IVQA 3KYRA 3OQFA 4LBTA 3VCMA 4EXGA 1LS5A 3DJKA 5P5AA 5OYUA 5P2DA 5P30A 5SXNA 2XYEA 4CP7A 4F73A 1WBMA 2MIPA 4GJ8A 4AA9A 5P19A 5P6FA 1EPQE 1ZP8A 5P6XA 5P2MA 1BDRA 4I0HA 3Q5HA 3MXEA 3UQRA 1FQ5A 1ZBGA 5P2ZA 5P1ZA 4YD6A 2ZJKA 2R43A 1F34A 5P0BA 1AXAA 1FG6C 5P15A 3MSKA 3SABA 2I4XA 5P3JA 5P4KA 5KQFA 2QI1A 5P70A 5P2HA 3HBOA 1M43A 5P5KA 3SFCA 3CKPA 3KMYA 1YT9A 4YCKA 5P06A 1IVQA 3K4VC 5OZDA 3PB5A 5OZYA 3OWNA 3VFBA 2V10C 3OOZA 2O4KA 3OTYA 2FXEA 3U7SA 3KF0A 4IVSA 4QJ8A 1C70A 6UPJA 4LC7A 2CEJA 1ER8E 1Z1HA 5P5CA 3QI1A 2B60A 1KZKA 1HVRA 1GKTA 4Y36A 4PZWA 4RGHA 5P1HA 3T3CA 4DPIA 2FDPA 3URJA 2NXLA 1META 4Y3AA 4JPCA 5P7KA 1PSNA 5P42A 3EM4A 1OHRA 5P6IA 1ZPAA 1HIIA 4U8WA 3PJ6A 1HVHA 1B6KA 3UDJA 2PWRA 3EL0A 2AOGA 2PSGA 1YM2A 3VSWA 5DR8A 2OHSA 4YDGA 5P0UA 1C6ZA 5P6HA 4B0QA 5P63A 5HE4A 2FS4A 1SH9A 5BWYA 2ZE1A 4J1HA 1BDQA 4YCTA 4DJPA 3GI5A 4Y47A 4MC2A 2JE4A 5ENMA 5P5HA 3H0BA 5P0RA 3PWRA 2P8HA 5P65A 3K5DA 1PFZA 3IA9A 5OYXA 3WSJA 4DFGA 4J1KA 3MSJA 3ZOVA 3DCRA 5OZXA 4Y5CA 1U8GA 3MSLA 4R93A 2XFJA 5P4BA 2B42A 4FGXA 1K2BA 2ANLA 2BPWA 3TPLA 5OZGA 4OBHA 4J0ZA 4DJUA 2O40A 5KQXA 2AOJA 3CYXA 3RU1A 3VG1A 2WF2A 3FNTA 1D4SA 3RSXA 4OD9B 1XE6A 1YTIA 2BPZA 1XL5A 5P6CA 5P3YA 3LZSA 3NUOA 1LYAA 3LIQA 5P48A 2AODA 5P3WA 2I4WA 4H3GA 1AAQA 5P2AA 3LIYA 1IDBA 2AZ9A 4GB2A 2WKZA 1NPWA 1RNEA 2WF3A 4KUPA 5HTZA 5P8DA 3DCKA 4PYVA 4HA5A 5P4HA 5P37A 3QROA 4Y4GA 1DAZC 3TTPA 5P7YA 4H3JA 3C9XA 3ER3E 2VJ7A 1FQ7A 3BUFA 1KJHA 4F74A 5P05A 5P57A 4L7HA 5AH8A 2PWCA 3WZ6A 4YBFA 3QPJA 4H3FA 2ZHUA 1IZEA 2PH8A 4F75A 1APUE 1G6LA 5I3WA 3APPA 1AJVA 1AVFA 2CEMA 5HCTA 5P1RA 5P2UA 2RSPA 2WEZA 5P3OA 5APRE 5P8HA 3NR6A 1W51A 5OZ0A 5P11A 1W5XA 5OZQA 5DQCA 1B5FB 2UXZA 1TW7A 5P1LA 2G94A 1D4JA 3IN3A 5I3VA 1EAGA 5P4MA 3L5BA 2ASIA 5OZKA 5P3RA 5P31A 3D1YA 1FQXA 3VLAA 4QGIA 5OZAA 5P3IA 3S43B 1ZAPA 3SM1A 5P26A 2PSVA 4I0FA 4L1AB 1BIMA 5HD0A 1EPLE 1SDUA 1YM4A 1B5FA 5P89A 1HXBA 2NXMA 4J0PA 1FFFC 3QN8A 3OHFA 2VS2A 2PK6A 1SDTA 3LIXA 5DGUA 1E5OE 2OHTA 5I3YA 1HIVA 1EEDP 3S43A 5DQ1A 4I8WA 2NNKA 5EZXA 5DR1A 5F01A 3CYWA 3CMSA 2B8LA 2QU3A 3LZVA 3NU4A 2R9BA 5P4LA 1E81E 4L1AA 2AZCA 3FNSA 3PSYA 3S54A 5P50A 5P6QA 3UCBA 4LAPA 2HC0A 5P5XA 2Z54A 1GVVA 4Y4EA 2QCIA 4YDFA 4EJKA 5P5SA 5P7RA 1BILA 4Y3RA 4HDFA 1E80E 1AIDA 3ZL7A 3VF7A 4Y4UA 5P6VA 5P44A 5ISKA 3PVKA 3TPJA 3PBDA 3G6ZA 3KN0A 5OZIA 4GJ6A 5CONA 1BXQA 4GYEA 4YOBA 3UDHA 5P17A 5P7JA 1LYBB 4XX3A 3TLHA 4Y4ZA 5P43A 1FEJC 2FLEA 5IVRA 4GJDA 1B6PA 3FIVA 4LXAA 1E82E 4CPSA 3L58A 5AGZA 1BV7A 2G69A 1NPAA 4ZSRA 3OU1B 5P6JA 1B11A 2FNSA 1DPJA 5P5OA 3RTMA 3UFLA 1SMRA 1HSIA 3OUAA 2PYNA 3VLBA 3SA3A 5P73A 3OQKA 3CIBA 1IVPA 3O9IA 1MSNA 3LINA 5KAOA 1IZIA 3SAAA 5P28A 4FLGA 3VSXA 3NU6A 3KDDA 3QS1A 1FFIC 3NSHA 3OU1A 5P81A 2FDEA 4BFBA 4K4PA 4CPUA 3DUYA 5HCOA 4BFDA 4U7VA 5P8BA 5P71A 4DQBA 4HDPA 5P53A 5P8SA 5P5VA 5P8RA 4FSLA 1QRPE 4Y4WA 5P0KA 5P47A 1EPPE 1SIVA 3T7QA 3QVIA 3TOHA 1ENTE 4RVXA 4Y4DA 4I8ZA 3D1XA 5P0MA 5P7PA 4B05A 5P38A 1W5WA 5P1BA 2QI0A 2Q63A 3OQAA 2QD6A 4L7GA 4RYCA 3NU3A 3VYDA 1UPJA 3ZKIA 4Q5MA 5P0OA 3Q70A 1HIHA 2I0DA 1SMEA 5T4SA 1SDVA 5E5JA 2G21A 1HPVA 2FDDA 4DQEA 5KQZA 5P3FA 5P07A 4TRZA 4Y3JA 1A9MA 5P27A 4WTUA 5P8CA 5P0VA 1MIQA 4EPJA 3KDBA 5P3BA 4L7JA 2B8VA 2VA7A 5P8KA 2VNNA 4Y3WA 4ER4E 4D89A 4Y37A 4J55A 3MXDA 4D85A 4OBDA 1MEUA 1MVPA 4QJ9A 5P1IA 5P7QA 5OZWA 2OAHA 3OUDA 3UDYA 4A6BA 1DMPA 4CMSA 2AOHA 2QHYA 3UQPA 5P1KA 3EBZA 5CLMA 1MESA 5OYTA 4YD5A 1AZ5A 1FB7A 1KJ7A 2VKMA 5P4CA 2QD8A 5COKA 5ENKA 1CMSA 2NPHA 3WB4A 1A30A 4J0TA 4Q1WA 5P83A 4XX4A 2WF4A 2F3EA 4RZ1A 2QMFA 3APRE 1LV1A 3HVPA 5P2CA 3PLDA 5P6RA 5P8LA 3INEA 4Y3YA 6APRE 5P5NA 5AHCA 3LHGA 3DV1A 1UH7A 5P01A 1EC0A 3NWQA 2I4QA 3EKVA 5COPA 2R3WA 4Y3XA 5P3QA 1QDMA 4YOAA 1K6PA 2QHZA 1XN3A 3UPJA 3DM6A 3OUBA 4AMTA 4J5JA 1PPME 3NU5A 3LPKA 4NJTA 4FM7A 5P3AA 1Z8CA 1QBSA 3CKRA 3TOGA 4I0DA 5P5UA 2QZWA 4HZTA 5I3XA 3ZKSA 1QS8A 5OYSA 4I0JA 5OZNA 4PPHA 1HOSA 1RPIA 4FM6A 5OZ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HE5 A;  5P4W A;  4FRK A;  5P3X A;  3PSU A;  3MWS A;  5P5M A;  3G72 A;  4Y43 A;  4Y3Q A;  5P52 A;  3OAD B;  5P6T A;  1QBU A;  1EPN E;  5P04 A;  2IGY A;  3BXS A;  2I4D A;  4D83 A;  3LZY A;  5P6N A;  2QNN A;  5OZT A;  5P4Y A;  4APR E;  5P6W A;  2AVV A;  2R5Q A;  1FQ4 A;  2BPV A;  2I1A A;  1GNM A;  1PPK E;  1GVX A;  5P5I A;  3SKG A;  4K8S A;  5P20 A;  1KJF A;  4FM8 A;  4FL8 A;  5P80 A;  5P3N A;  1SP5 A;  4ZSQ A;  4NJU A;  5P5B A;  3EMY A;  5P4O A;  4Y5P A;  5P8F A;  3GGA A;  2I4U A;  2G22 A;  4ZPG A;  2Q11 A;  3IND A;  4ZPF A;  5P2J A;  3L59 A;  4NPU A;  5P4U A;  2P83 A;  5P59 A;  5P8E A;  4FS4 A;  5P66 A;  3NDW A;  4NPT A;  2O4S A;  4Y5G A;  4BEL A;  5P2R A;  1BWB A;  5P6E A;  5HDU A;  4PEP A;  4FE6 A;  4RCD A;  5P2B A;  4CPT A;  3OK9 A;  3VEU A;  3LIV A;  2ER9 E;  5P4P A;  1LEE A;  5P0P A;  5P39 A;  4Y56 A;  1ZTZ A;  1LF2 A;  3TOF A;  5P1D A;  2G20 A;  2O4L A;  5DR0 A;  3BXR A;  2J9J B;  3VF5 A;  2G1Y A;  3KA2 A;  3BHE A;  4GJA A;  2VJ6 A;  2P3C A;  1APW E;  1TSU A;  4EHC A;  1EBZ A;  2AZB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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