1QBSA

Hiv-1 protease inhibitors wiih low nanomolar potency
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cyclic HIV protease inhibitors: synthesis, conformational analysis, P2/P2' structure-activity relationship, and molecular recognition of cyclic ureas.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qbsA00
3GI4A 3UHLA 3IXJA 3VLBA 3RSVA 1MEUA 2PSVA 3MSJA 3DOXA 2NXLA 3OHFA 1DMPA 5OZKA 5I3XA 5KQZA 3MSKA 3L3AA 5OZGA 1LYAB 2UY0A 2I1AA 3KT5A 5P2OA 2BKTA 5P6MA 2AVVA 1YTHA 5P83A 2I4XA 2JE4A 4I12A 1IBQA 5P0AA 3SA9A 3DCKA 1MVPA 2MIPA 1F34A 4EQ0A 2QHZA 3LPJA 5P3HA 3KMYA 4HA5A 2ZJIA 5OZDA 5DQ4A 2QI5A 4Y4BA 2WF2A 1LZQA 5P14A 2QU3A 5P5QA 3PB5A 5SXNA 5P5RA 5P1UA 1AXAA 1YTGA 3BGCA 1VIKA 1HIHA 3KA2A 5CLMA 4J0TA 4PEPA 3RVIA 4QLHA 3FV3A 5P69A 4OD9B 5P3YA 5P2XA 2QNPA 2FLEA 5B18A 5P03A 4FRSA 5P1YA 4DQEA 3K5CA 5P7CA 4YE3A 3UDHA 4YBFA 4TRYA 4GJAA 5DR0A 2P3BA 3R0WA 4YCTA 5P0VA 1APTE 5KAOA 1QDMA 3NDUA 5P6PA 2WF4A 1K1UA 5P84A 3HAWA 3AIDA 4K4RA 2VA5A 1GVUA 5AH6A 3OQDA 2FDPA 4Y5MA 5APRE 3LINA 4I0DA 3O9LB 5OZJA 4OBHA 3SA3A 3JVWA 2WHHA 2XYEA 2P4JA 3TOGA 5P3QA 2QNQA 2Q55A 1LV1A 3PEPA 3BVBA 3OGQA 3T6IA 4B00A 1META 4RCDA 5P4RA 3GGVA 3ZKIA 2A4FA 5OZZA 4QGIA 5P48A 5AH8A 4DJYA 5P3WA 1YTIA 3UDNA 4GJDA 5P6YA 4FSLA 1LEEA 4I0FA 5P5CA 1B6KA 1ODXA 5P2VA 5P1XA 4Y4TA 5P24A 5P32A 2ER9E 4F73A 5P59A 3G6ZA 5P0BA 3HZCA 2OHQA 2VJ9A 4DQCA 1MTBA 1GNNA 2QAKA 4LXKA 4M8YA 5P5ZA 5HCTA 3O9GA 5P0ZA 7HVPA 5P0CA 1YM4A 4HVPA 3URLA 4Y5PA 3OAGB 1HIVA 2QMFA 2Q64A 2WL0A 3FIVA 4R8YA 4LXAA 3QRVA 3TL9A 2R43A 1HEFE 5P37A 5I3WA 2VS2A 5P0EA 4YD3A 5T4SA 5P89A 5P4IA 5P51A 5P29A 5P19A 3SAAA 4B1DA 5P2NA 2HAHA 5P2IA 3KYRA 1A9MA 4FS4A 5P3RA 3RSXA 3Q5HA 2BBBA 3ZPUA 5P3EA 1PSAA 3EXOA 3N3IA 4GJ6A 5P4KA 5KOQA 5P55A 4Z22A 3PWWA 1QS8A 2EWYA 5KQXA 5HE7A 3GGXA 2IS0A 4Y5CA 2R38A 5P75A 2O4LA 5P2MA 3CICA 5P23A 2AOGA 5P4MA 2AVQA 5P7VA 4L7GA 4Y4UA 5P3JA 2RKGA 4GZFA 3G70A 2BPZA 5EZZA 5P2YA 2P3BB 3BVAA 4Y3LA 3MWSA 3D3TA 4AUCA 3O9EA 1IZIA 1T3RA 3NDTA 1K6PA 4DJXA 3D1ZA 5ER1E 2PWCA 2P3DA 1HOSA 1KZKA 3VYFA 1EAGA 1HXBA 1XL5A 2ZJMA 2O4PA 3D91A 3DM6A 4U8WA 3T7QA 3OU1A 1A94A 5P88A 5HU1A 5P5OA 2V10C 5P2LA 2VIEA 3NYGA 5P0TA 4HLAA 5P44A 4CKUA 2HC0A 3TH9A 1LYWA 2OHKA 3I2LA 5P25A 1FG6C 4YOBA 3PCWA 1ZBGA 2QZXA 3BC4A 3I6OA 3U6AA 5P71A 3VFAA 4FE6A 4ZSMA 5P7OA 1LS5A 5P1TA 4R5NA 5OZ2A 5P45A 3SA5A 5P5YA 3UDPA 1K2CA 5DR3A 3TNEA 5P6AA 4DQFA 3L59A 4XKXA 3HD8A 3INHA 4Y4ZA 3PBDA 5OYUA 5P3MA 4F74A 2I0DA 4Q1XA 5P8SA 2CENA 4MC1A 1IVPA 1AIDA 5P17A 5P70A 4ACXA 1HVLA 1DAZC 4ZSQA 4DI2A 3CMSA 2ZHTA 2HPFA 4Q1WA 5P0IA 1APVE 4Y3XA 4B1EA 1IDAA 4DJUA 3R4BA 4PZWA 5P3GA 2F8GA 5ER2E 3PM4A 2UPJA 4Y3RA 1EC2A 1BDLA 3KDDA 5P62A 3MXDA 4I0IA 5OYWA 2WEDA 2FMBA 5P8KA 3S56A 4H3GA 2B7FA 5P6BA 4Z2ZA 4PHVA 4YBIA 5P1RA 1K2BA 2P8HA 5P49A 3PJ6A 4EQJA 4D85A 5P18A 3K5GA 4Y4EA 1LYBB 1F7AA 5J25A 5P3NA 2ZYEA 3DV1A 2Q11A 1OEWA 5P6LA 1APWE 3VLAA 2V16C 5DR8A 2FS4A 4HEGA 4WTUA 3VEUA 3QRSA 2QI4A 5DR4A 3K5DA 1W50A 2WF0A 1FQ5A 4B70A 2QI0A 1ZAPA 1SGZA 4BFDA 2OHLA 4MC6A 3H0BA 2NR6A 5DQ1A 1UH7A 4FRKA 5P65A 5P8RA 3LNKA 1HXWA 5OYVA 5P57A 5P7NA 3O9AA 4AA9A 4QJ7A 2NMZA 5HDZA 4YCKA 2AIDA 1W5XA 1HRNA 5P6HA 1MSNA 2P83A 4RRSA 4J55A 4RRNA 5P27A 3CIBA 5P1CA 3HVPA 1FMXA 5P1AA 6APRE 2G27A 5P56A 5P85A 3VCMA 3OK9A 2QMDA 3O99A 4RYGA 1W5WA 5P0MA 4JPCA 1G35A 4Y50A 5P8QA 3R1GB 5E5JA 5P0HA 4Y3DA 4YDGA 3NLSA 3EKWA 3IGBA 5P53A 3HAUA 2BKSA 1KJHA 5OZXA 3EM4A 3OXWA 4Y39A 5ENMA 4B77A 3GGUA 5P5KA 3ER3E 4FRJA 3PHVA 4Y3MA 2AZ8A 4FM7A 5P5VA 1HSIA 1B6LA 4JPEA 4XX3A 1FGCC 2QD8A 5P13A 5HU0A 5P7HA 1BIMA 3EKPA 5P1VA 4ER2E 5P4QA 5P5UA 3OXVA 2R3TA 4RGHA 2BPYA 3LZVA 5OYSA 1QBUA 2G1SA 1T7IA 1TQFA 5P0DA 3UDKA 2NNPA 1D4IA 5P3PA 1FF0C 1C6ZA 5P1WA 3ZKMA 1IDBA 4PZXA 5P42A 2OAHA 1SH9A 3APRE 4J1CA 5P5PA 3ER5E 2UXZA 3IVIA 5P54A 3OY4A 4CPRA 1HTRB 3KN0A 3VF3A 1ZSFA 5P5NA 3VSWA 1FQ6A 2BQVA 1GKTA 4CPSA 3SA6A 2XFJA 2HB3A 1BV7A 5P15A 1RNEA 4RYCA 3G72A 3L58A 3TTPA 3FNSA 3KMXA 5C9FA 5OZVA 1BV9A 5P66A 5P4XA 1WBKA 2BPXA 3KM4A 2O4KA 5P2RA 2G22A 4GJCA 5P1GA 1ZTZA 4CPUA 2I4VA 4AA8A 1YM2A 5P1KA 1PPME 1TCXA 2J9JA 5P7TA 5OZTA 3LIQA 1HTFA 3EL9A 1K6TA 5DR7A 2AOEA 4OBDA 5P38A 2F3EA 4OBZB 3IVHA 2ZHRA 2H6SA 4Q1NA 5P3KA 3NWQA 5P4FA 4COEA 4Y4GA 1HVCA 1WBMA 1BAIA 1XL2A 2VJ6A 1ODYA 4KUPA 5IVSA 4Y3ZA 5F01A 4EJDA 2J9KA 4Y3JA 5OZAA 5COPA 4B0QA 4DFGA 4YD7A 5P3AA 1EPQE 3VUCA 2V13A 3NU4A 3GI5A 5P0QA 1SDUA 1CMSA 1LF4A 5P7UA 4K9HA 4A6BA 2IENA 5P0SA 2B60A 4GMIA 5P35A 1FFFC 2AOIA 4Y3AA 4R93A 1M43A 4CPWA 2PC0A 5OZEA 4Y57A 3M9FA 3VSXA 3EKQA 1ZJ7A 5OYZA 2PK6A 4Y41A 5P3TA 4ZSPA 2O4NA 2VIYA 1SIVA 5OZWA 5KQFA 5P6DA 1EEDP 4TVHA 4KB9A 5P1DA 3LZYA 3NDXA 3PCZA 5C9DA 1W6HA 2IKOA 4Y47A 5ISJA 5P2ZA 3L5CA 5P8PA 2NTRA 6FIVA 4PPHA 5P8LA 5P77A 5PEPA 1FLHA 4RVJA 4Z4XA 1ENTE 1TW7A 3OUDA 5I3VA 3UF3A 5P7SA 1U8GA 5P0PA 5P6TA 3PMUA 4CPTA 4DQBA 3NXNA 4JP9A 3EMYA 2NMYA 4NPTA 1HHPA 1PPLE 3Q70A 4YOAA 2ZGAA 3F9QA 4Y48A 5P6VA 1C6XA 4J0ZA 5P50A 1IIQA 3ZKNA 5P1BA 4I8WA 5OZPA 2R5PA 3KFSA 1SBGA 3PSGA 4ZSRA 1B6PA 1HVIA 2IKUA 3APPA 4CPQA 2BB9A 1OD1A 3NSHA 9HVPA 4Y38A 1EBKC 3QRMA 5P00A 5P1FA 5P4VA 1FMUA 3BUFA 4EYRA 5P1EA 1HPSA 1HWRA 5OZYA 3KDBA 5HDVA 6UPJA 3UDYA 3D1XA 3UCBA 4ZLSA 3PRSA 5P6NA 7UPJA 3INEA 3DK1A 3URIA 3WSJA 1T6GA 4YD4A 1IZHA 5P1LA 2HS1A 5HDUA 1LF3A 4DJWA 2O4SA 3OADA 1ER8E 1NSOA 5HCOA 5P3DA 5P2QA 1HEGE 1J71A 3C9XA 3UFLA 3PMYA 4D83A 3VV8A 1FKNA 3SABA 5AHCA 2ZE1A 3OTYA 1HVKA 3ECGA 2Q15A 2FGUA 3NU6A 5UPJA 5P8GA 3BUGA 4Y3NA 3SQFA 5OZ9A 4YHQA 3OQ7A 4I0EA 4MC9A 4OBFA 5P4JA 3PI0A 5P8UA 3SLZA 4EWOA 5OZ5A 5P7DA 5IVTA 1A30A 4RVXA 5P2FA 3HDKA 5P0GA 4FCOA 4XXSA 5P3UA 5P7JA 1ZLFA 3SACA 3BRAA 4KE1A 5P06A 1HTEA 5P2DA 3CKRA 2QI7A 2G20A 5P5GA 5P4CA 4L1AA 4FGXA 4EP2A 5ENKA 5KQYA 5KR8A 2R3WA 4I0JA 5P7QA 5P1QA 1A8KA 5P7BA 1FB7A 2B8VA 1RL8A 2IDWA 3PGIA 4FM6A 4DPFA 1EPOE 2V0ZC 5P81A 2AZBA 4Y56A 2AVMA 1XN2A 2IEOA 5P4ZA 4ER1E 3Q3TA 5OZ8A 2I4WA 5P41A 4GJ5A 3SM2A 2QD7A 2QU2A 3B80A 2WEBA 1YG9A 2G1NA 1M0BA 5P52A 5P04A 4F76A 4NPUA 5P5FA 1FMBA 1K6CA 5OZ7A 1GVTA 5AHBA 1YTJA 3QP0A 4FSEA 2H6TA 5EZXA 4Y6MA 3QI1A 3OU3A 5P6WA 3K4VC 1MTRA 3IAWA 3UDQA 3INDA 3VFBA 1DW6C 5HVPA 2FIVA 1EPME 1B6JA 3NWXA 4OBKA 4EJ8A 1XDHA 3ZMGA 3OXCA 3EKXA 5OZUA 3MSLA 5P4WA 4I11A 2F3KA 4DUSA 3FX5A 1EC0A 5AGZA 2Q63A 5JODA 4L7HA 2IRZA 1B5FA 1FIVA 5P8JA 5P4AA 5BRYA 3TPJA 5P0YA 2B42A 4RCFA 3SA8A 4BFBA 5P5JA 3IN4A 4QJAA 3VF5A 4Y4XA 5P61A 1MUIA 2NXDA 2OHTA 2AOCA 4Y45A 2F3FA 3OADB 4J17A 5KR0A 4HDFA 3TKGA 5P6GA 3NU5A 1BVGA 4J1FA 2ANLA 2NXMA 3UPJA 5DQ2A 3RTHA 2XFKA 2V00A 2V12C 4LL3A 2IGYA 4NJSA 1EBWA 3OTSA 3PVKA 2PSGA 2FDEA 1ME6A 1GVXA 1D4JA 5P3IA 1AVFA 2PH8A 5P4NA 1HVSA 3QROA 5P5AA 5P2CA 4K4PA 5P12A 5P2GA 4RLDA 4UPJA 4AMTA 5P64A 3EKTA 5COOA 4EP3A 2BJUA 4FRIA 1HPOA 4WY6A 5P6ZA 1Z1RA 2QHYA 3S54A 3S53A 3L38A 3ZPTA 1E81E 2B7ZA 3TKWA 4CP7A 2R8NA 5P4UA 3LIVA 4ZPFA 5BS4A 5P39A 3U71A 1EC3A 3LHGA 2PYNA 1QBTA 4OC6A 3UQWA 3OU1B 3QAAA 2O40A 4EJKA 1UH9A 1W6IA 4RCEA 2G26A 4ZEAA 4Y3PA 1FEJC 5P7WA 4D8CA 4JECA 5KR1A 1RQ9A 2FDDA 3EM6A 5P8NA 3WB4A 4Z50A 1LYWB 5P86A 5IVQA 1EPPE 4I8ZA 5FIVA 5P5LA 1EPRE 1PPKE 5P7XA 3T3CA 5JG1A 4RVIA 3URJA 5P7YA 5P2HA 3QN8A 1BWBA 5P5EA 3SO9A 2RMPA 3ZKGA 1BVEA 3OXXA 3UDMA 3NU3A 2QHCA 2BPWA 3EKVA 5P4OA 4DJOA 3UTLA 2HPEA 3O9CA 3S43A 5P5XA 5SZ9A 1ZP8A 2ZJHA 3SKGA 4RROA 4YD5A 3K1WA 2WF1A 4Y3SA 5P3ZA 4J1EA 5P08A 5P87A 3D1YA 4X7IA 2F81A 5P22A 3NU9A 1JLDA 1NH0A 3QVIA 5P4LA 2ZHVA 1FQXA 4GB2A 5P4TA 3NR6A 5P3LA 3FKTA 2VNMA 1PSNA 5F00A 5BWYA 1GVWA 2FNTA 4U7QA 5OZCA 2NNKA 3S7LA 3SPKA 4J5JA 5P0WA 2ZHUA 4L7JA 4GJBA 1APUE 4IVTA 4I1CA 4H3FA 2HM1A 4Y3QA 2WEAA 5P1NA 3T11A 3ZKXA 5OYYA 3EC0A 5OZ0A 2V11C 5P4BA 5P72A 3CKTA 5IS4A 3T7XA 3WZ8A 1NPAA 1GVVA 4DPIA 2ASIA 5P2SA 3PLLA 3O9LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GI4 A;  3UHL A;  3IXJ A;  3VLB A;  3RSV A;  1MEU A;  2PSV A;  3MSJ A;  3DOX A;  2NXL A;  3OHF A;  1DMP A;  5OZK A;  5I3X A;  5KQZ A;  3MSK A;  3L3A A;  5OZG A;  1LYA B;  2UY0 A;  2I1A A;  3KT5 A;  5P2O A;  2BKT A;  5P6M A;  2AVV A;  1YTH A;  5P83 A;  2I4X A;  2JE4 A;  4I12 A;  1IBQ A;  5P0A A;  3SA9 A;  3DCK A;  1MVP A;  2MIP A;  1F34 A;  4EQ0 A;  2QHZ A;  3LPJ A;  5P3H A;  3KMY A;  4HA5 A;  2ZJI A;  5OZD A;  5DQ4 A;  2QI5 A;  4Y4B A;  2WF2 A;  1LZQ A;  5P14 A;  2QU3 A;  5P5Q A;  3PB5 A;  5SXN A;  5P5R A;  5P1U A;  1AXA A;  1YTG A;  3BGC A;  1VIK A;  1HIH A;  3KA2 A;  5CLM A;  4J0T A;  4PEP A;  3RVI A;  4QLH A;  3FV3 A;  5P69 A;  4OD9 B;  5P3Y A;  5P2X A;  2QNP A;  2FLE A;  5B18 A;  5P03 A;  4FRS A;  5P1Y A;  4DQE A;  3K5C A;  5P7C A;  4YE3 A;  3UDH A;  4YBF A;  4TRY A;  4GJA A;  5DR0 A;  2P3B A;  3R0W A;  4YCT A;  5P0V A;  1APT E;  5KAO A;  1QDM A;  3NDU A;  5P6P A;  2WF4 A;  1K1U A;  5P84 A;  3HAW A;  3AID A;  4K4R A;  2VA5 A;  1GVU A;  5AH6 A;  3OQD A;  2FDP A;  4Y5M A;  5APR E;  3LIN A; 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 5KOQ A;  5P55 A;  4Z22 A;  3PWW A;  1QS8 A;  2EWY A;  5KQX A;  5HE7 A;  3GGX A;  2IS0 A;  4Y5C A;  2R38 A;  5P75 A;  2O4L A;  5P2M A;  3CIC A;  5P23 A;  2AOG A;  5P4M A;  2AVQ A;  5P7V A;  4L7G A;  4Y4U A;  5P3J A;  2RKG A;  4GZF A;  3G70 A;  2BPZ A;  5EZZ A;  5P2Y A;  2P3B B;  3BVA A;  4Y3L A;  3MWS A;  3D3T A;  4AUC A;  3O9E A;  1IZI A;  1T3R A;  3NDT A;  1K6P A;  4DJX A;  3D1Z A;  5ER1 E;  2PWC A;  2P3D A;  1HOS A;  1KZK A;  3VYF A;  1EAG A;  1HXB A;  1XL5 A;  2ZJM A;  2O4P A;  3D91 A;  3DM6 A;  4U8W A;  3T7Q A;  3OU1 A;  1A94 A;  5P88 A;  5HU1 A;  5P5O A;  2V10 C;  5P2L A;  2VIE A;  3NYG A;  5P0T A;  4HLA A;  5P44 A;  4CKU A;  2HC0 A;  3TH9 A;  1LYW A;  2OHK A;  3I2L A;  5P25 A;  1FG6 C;  4YOB A;  3PCW A;  1ZBG A;  2QZX A;  3BC4 A;  3I6O A;  3U6A A;  5P71 A;  3VFA A;  4FE6 A;  4ZSM A;  5P7O A;  1LS5 A;  5P1T A;  4R5N A;  5OZ2 A;  5P45 A;  3SA5 A;  5P5Y A;  3UDP A;  1K2C A;  5DR3 A;  3TNE A;  5P6A A;  4DQF A;  3L59 A;  4XKX A;  3HD8 A;  3INH A;  4Y4Z A;  3PBD A;  5OYU A;  5P3M A;  4F74 A; 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 1MSN A;  2P83 A;  4RRS A;  4J55 A;  4RRN A;  5P27 A;  3CIB A;  5P1C A;  3HVP A;  1FMX A;  5P1A A;  6APR E;  2G27 A;  5P56 A;  5P85 A;  3VCM A;  3OK9 A;  2QMD A;  3O99 A;  4RYG A;  1W5W A;  5P0M A;  4JPC A;  1G35 A;  4Y50 A;  5P8Q A;  3R1G B;  5E5J A;  5P0H A;  4Y3D A;  4YDG A;  3NLS A;  3EKW A;  3IGB A;  5P53 A;  3HAU A;  2BKS A;  1KJH A;  5OZX A;  3EM4 A;  3OXW A;  4Y39 A;  5ENM A;  4B77 A;  3GGU A;  5P5K A;  3ER3 E;  4FRJ A;  3PHV A;  4Y3M A;  2AZ8 A;  4FM7 A;  5P5V A;  1HSI A;  1B6L A;  4JPE A;  4XX3 A;  1FGC C;  2QD8 A;  5P13 A;  5HU0 A;  5P7H A;  1BIM A;  3EKP A;  5P1V A;  4ER2 E;  5P4Q A;  5P5U A;  3OXV A;  2R3T A;  4RGH A;  2BPY A;  3LZV A;  5OYS A;  1QBU A;  2G1S A;  1T7I A;  1TQF A;  5P0D A;  3UDK A;  2NNP A;  1D4I A;  5P3P A;  1FF0 C;  1C6Z A;  5P1W A;  3ZKM A;  1IDB A;  4PZX A;  5P42 A;  2OAH A;  1SH9 A;  3APR E;  4J1C A;  5P5P A;  3ER5 E;  2UXZ A;  3IVI A;  5P54 A;  3OY4 A;  4CPR A;  1HTR B;  3KN0 A;  3VF3 A;  1ZSF A;  5P5N A;  3VSW A;  1FQ6 A;  2BQV A;  1GKT A;  4CPS A;  3SA6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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