1QBUA

Hiv-1 protease inhibitors wiih low nanomolar potency
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Cyclic urea amides: HIV-1 protease inhibitors with low nanomolar potency against both wild type and protease inhibitor resistant mutants of HIV.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qbuA00
2QCIA 1MT7A 3EL9A 1ZPKA 1AIDA 1HVCA 4OC6B 1K6VA 4EP3A 5ENMA 5E5KA 6FIVA 3MSJA 5P5HA 2VA6A 3IN3A 3SAAA 5AHAA 4BFBA 1K6CA 5P3KA 3BXRA 5P8LA 2JE4A 5P3PA 1YTGA 5P83A 3GI6A 2WF2A 1SDVA 3DCKA 3PMYA 4ZSRA 1HSHA 3IA9A 5P28A 3UHLA 3Q6YA 3M9FA 2QNPA 3EM6A 5P3CA 5KAOA 3HVPA 1ZTZA 3KDCA 4J1EA 5P5BA 3BVBA 1HXWA 4EXHA 3QIHA 3S54A 5P60A 4Y3SA 5P75A 4QJ7A 3NYGA 2CEJA 1DIFA 1G35A 5OZ8A 2AZ8A 4L7HA 5P0BA 3KMYA 3SQFA 5P4JA 1B6MA 4FRSA 5BRYA 2VJ9A 3EL5A 1VIKA 5P62A 5P0CA 4GJDA 3MXEA 5OZ4A 3IAWA 5P0UA 3EL1A 3I25A 2P3CA 3VG1A 5P0HA 2BQVA 5P7HA 3OUBA 5P0YA 3ZOVA 3L38A 2I4XA 2P83A 1HBVA 5P34A 3INFA 1OEWA 5P2RA 5P8BA 2OHRA 5P1DA 5P44A 1FMBA 1EPQE 2V13A 1YM2A 2QI0A 2FNTA 3BUHA 4D83A 1MPPA 5P13A 5P4UA 4MC9A 2AZCA 2XYFA 5P6RA 2G1RA 2QP8A 2BPXA 1GNMA 5P5MA 2CENA 5OYTA 2ZDZA 5P1JA 2ANLA 2CEMA 5P0XA 5P04A 4DJWA 3NU9A 5P2AA 4Y4UA 5OZ0A 5P4HA 1EPPE 4Y54A 3OU4A 5P43A 4DUSA 3OUDB 5COPA 1FG8C 5DR1A 2QMDA 4A6BA 2NTRA 3PWWA 1LF3A 5P0NA 4RROA 1HVKA 2QU2A 5P7YA 2A1EA 4RRNA 5P1HA 5OZVA 4L7JA 4YDFA 5P7AA 3MXDA 3OTSA 5P1NA 1LV1A 5P10A 2Q54A 3TKGA 3LPJA 1PPLE 5P4EA 2MIPA 5SZ9A 5P03A 3VF3A 1BDLA 5P8TA 3DV5A 1MEUA 1QBRA 5P8JA 4DJQA 2OAHA 4J0YA 4Y44A 4B77A 4NPTA 3K4VC 3SABA 4B00A 5P85A 5P74A 3OXXA 4XX4A 4B0QA 5I3YA 2WECA 2QHYA 5HU1A 3D1ZA 3LIQA 2QD6A 4I0JA 5P7TA 1TZSA 5P5LA 2AOGA 4Z2ZA 4LL3A 4RCDA 4OBZA 3PSGA 1B5FA 1XS7D 2ZJHA 3PB5A 5P8IA 2Q11A 4JP9A 1MUIA 5P7BA 5P8EA 3LZYA 3O9LA 3NXEA 1GVTA 2HB3A 3BGBA 2P8HA 5P1VA 3OOTA 4Y57A 4B1EA 3VLAA 1TQFA 5P70A 3BRAA 3QBHA 4YD7A 1HPSA 1LYBB 4EQ0A 1DW6C 1APWE 1IZDA 4Y4GA 4DQCA 5P87A 3SKGA 5ER2E 4J0PA 4A6CA 1AVFA 2WF3A 2IQGA 3LZUA 3SO9A 4Y3MA 4NJTA 2NNKA 3OOZA 2O4SA 4ZSPA 4BFDA 5P84A 3LHGA 2IKOA 5P4SA 5P31A 2H6TA 2WEDA 4QGIA 5P0FA 3PWRA 4Y4BA 2F3EA 3O9BA 1XE6A 5OZEA 4YD5A 3PJ6A 4FE6A 4LBTA 4Y3WA 2J9JA 2R8NA 5P53A 5P67A 4GYEA 3L5CA 5KOSA 3WB4A 3LZVA 4FM8A 4DJPA 5JG1A 6APRE 3I6OA 5AH7A 3DV1A 3VLBA 1BAIA 3O9EA 2AVSA 4K9HA 4Z4XA 2HPFA 5P1UA 5HVPA 4JOOA 3L5BA 2QHZA 3KFNA 3U7SA 5P4VA 5P0ZA 5P55A 3PWMA 3BXSA 2HB4A 5P80A 4K4RA 5P4DA 3TOFA 4OBDA 1APVE 2WJOA 4H3GA 3ZPSA 4I0HA 4GJ5A 3BGCA 3R4BA 4RVJA 2HM1A 4Q1WA 2QNQA 4BELA 3EKTA 1DP5A 3OGPA 2ER7E 4DJUA 3OHHA 5P52A 4J5JA 5P2MA 5P8VA 3ZKMA 3O9CA 5P7FA 2UPJA 2VIYA 4R5NA 4B05A 2V12C 1MT9A 4I0FA 4S1GA 4WY1A 2QD8A 4EYRA 5P46A 1LF2A 4L7GA 4TRYA 5OYRA 5P5AA 6UPJA 5P20A 4Y3FA 5P17A 2G27A 3NDUA 1ENTE 1FQ7A 2I4UA 5P5WA 4ER2E 4J0ZA 2VNNA 2ZYEA 4DQFA 2AOHA 5OZ6A 2G26A 5P00A 1APTE 2HPEA 2ZJMA 3L59A 3QRMA 2RKGA 5P7QA 3KT2A 4KUPA 1WBMA 4Y5CA 1GVUA 3NWQA 5AGZA 4H3JA 2WF0A 3NDTA 3D1YA 3G6ZA 4Y37A 1A8GA 2QI7A 5P56A 1HVIA 5P71A 4ER4E 5OZLA 5P42A 2HS1A 4XX3A 4OBFA 3D20A 4PHVA 2VJ6A 1TW7A 5P4ZA 3QAAA 2J9JB 5P5GA 2AVMA 4Q1XA 2AVVA 4CPWA 2QZWA 4AA8A 1OHRA 5P7RA 1D4KA 4Y5GA 5HDZA 2ZGAA 2V16C 5P32A 2B8LA 3K1WA 1QRPE 5IS4A 4H1EA 5P1FA 5P5XA 3CIDA 4DI2A 4Y36A 2WF1A 3PMUA 4GMIA 3OWNA 1W51A 4RLDA 5P3LA 2XFIA 3BVAA 1IVPA 5OZJA 2PK6A 3IXJA 2VNMA 3CKTA 3L5EA 4OD9A 4HDPA 2F81A 2PMAA 3OADB 1QDMA 3UDHA 4Y4WA 2WEAA 1BWAA 3JVWA 3K5GA 2G1NA 1GNNA 4YA8A 3S2OA 3NDWA 1EC2A 4PPHA 3QRSA 1Q9PA 3NDXA 3S85A 3SACA 2ER6E 4CPRA 4DJXA 3VSXA 4H3FA 4TVHA 2AZ9A 4Y5PA 5OZTA 1E5OE 5HDVA 3EC0A 2P3BA 1D4LA 1CZIE 4WY6A 1C6YA 1M43A 5SY2A 2PQZA 5P5OA 3HDKA 4QJAA 3UDYA 1KJ4A 5P2JA 1EPLE 5P88A 5HU0A 1PSOE 4Y3GA 1D4HA 1GVWA 2PSVA 5P7ZA 1IVQA 1SH9A 2O4LA 5CONA 5P3EA 1XL5A 5P0SA 3TTPA 1FFFC 3OAGB 1EPOE 5OZ7A 4GJ9A 2AIDA 5OZ1A 2R9BA 5P4YA 4DJYA 4L6BA 5P2IA 5P6CA 4TRWA 4CPQA 1BDQA 5P3QA 4Y43A 3C9XA 2ZJJA 5P0AA 4HDFA 2O40A 4QJ8A 1LEEA 2NXMA 3UQUA 2AVOA 2ZJKA 1FF0C 5P8FA 1UH9A 1U8GA 4YCYA 3UDJA 2AODA 5P39A 5P0KA 1D4JA 1E82E 4ACUA 4I8WA 5ENKA 1ZSRA 2H6SA 4M8YA 5P40A 5P1LA 1K1UA 4KE1A 5P8GA 5P22A 1E81E 4I10A 1FEJC 1TSQA 3PBDA 2I0DA 5P1RA 1GVVA 3DUYA 3ZMGA 4XXSA 1BDRA 4Y3NA 1HWRA 3URIA 5P3OA 3DCRA 3KFRA 4AUCA 1EC1A 3PI0A 4AA9A 3SA5A 1G6LA 4Y3PA 2P3BB 1T3RA 4Y3ZA 4APEA 3HVGA 5OZ2A 5P0GA 4YBIA 3PCWA 5P0WA 3GGVA 2BJUA 5P3BA 1IZHA 5P7WA 3FKTA 1MRWA 4KE0A 2P3DA 1NH0A 1XDHA 2JYSA 4GJ6A 3HAWA 1A9MA 2FGVA 3OXVA 5P0OA 3TPJA 1BXQA 1ZJ7A 3CMSA 3OGQA 4LC7A 2B60A 3H0BA 3ZKGA 3ZKSA 2FXDA 4Y3YA 4Y5BA 2PH8A 4YOBA 3WZ7A 5P24A 5P1WA 3UPJA 1SP5A 2FIVA 1CMSA 5DQ4A 2A4FA 4L1AA 5KQYA 1HPVA 3VV6A 4Y3AA 2QNNA 5KQZA 4Y4XA 4R95A 4GJ8A 3S7MA 5P8SA 3RTHA 2ZJIA 5OZYA 3AIDA 1EPME 2G22A 4I12A 3UDPA 4J1CA 4Y4JA 3NLSA 2B42A 5P0TA 4Z22A 1EPNE 3LINA 5P2HA 3URLA 3NU5A 5P6EA 1FGCC 4R92A 1K6TA 5HE4A 4DH6A 1BV9A 4Q5MA 5P1KA 1META 3ZKXA 2PWCA 5J25A 4K4QA 5P47A 1QBSA 4PZWA 1LYAA 2UY0A 1EPRE 1HSIA 4ZLSA 1HTRB 4AMTA 1TCXA 5KR2A 4ZIPA 3KDBA 4I0ZA 5KOQA 4X2LA 1NPVA 1KJ7A 3LIYA 3QVIA 5P5FA 4MC2A 2FMBA 5P69A 3TPRA 1BV7A 1QBTA 3RSVA 2R3TA 3NU4A 4Y41A 3GGUA 4APRE 5P7CA 2IENA 2IGXA 1T7JA 1NSOA 3QN8A 1MTRA 4Q1YA 5P65A 4EXGA 1W5YA 1PSAA 3HLOA 5P8PA 2P4JA 3ECGA 2PSGA 3VF5A 4GJ7A 3IN4A 3O9IA 2I4VA 3UDQA 4CPUA 3R1GB 5P1SA 4I8ZA 3O9HA 5P7SA 5P7MA 5P0LA 1FQXA 3EKPA 1AZ5A 5P4GA 3PM4A 4L1AB 5P48A 9HVPA 5I3XA 1SIVA 1BVEA 5P2SA 4Y50A 4J1FA 5P5KA 2QI4A 5OYYA 1FQ5A 4Y3HA 5P1PA 1T7IA 1HEFE 2F3KA 1SDTA 5P27A 3VF7A 5P5ZA 5P0DA 1AJXA 7UPJA 1ZPAA 5P66A 2G69A 3I2LA 5DGWA 4XKXA 3S8IA 5P3IA 4HA5A 4HEGA 5JFPA 4CMSA 3OU1A 2BPZA 3HD8A 3LNKA 3PSUA 5P5SA 5DQ1A 1B6KA 5HCTA 3IVIA 5P14A 4ZSQA 2PSUA 3VYDA 2AQUA 4Y3EA 5P4XA 1W50A 3RSXA 3OTYA 2IRZA 1G2KA 1LYWA 3TOHA 1FIVA 2ZE1A 2NMZA 5P7EA 5P2NA 1IDAA 5P3UA 1PROA 4NJSA 1OD1A 1B6LA 5P49A 1KZKA 4LHHA 5P4PA 3VYEA 2FLEA 4YE3A 2OHSA 1DMPA 5P23A 4FSLA 5P7XA 3FNTA 3JVYA 3GI4A 4MC1A 5P61A 4EJDA 3NSHA 2WHHA 5AHBA 1FKNA 3AUPA 1KJFA 2AOEA 3OU4B 1HTGA 5COOA 2Q63A 1APUE 4Y5AA 4Y3TA 4FRKA 3HAUA 5P2KA 2ZHUA 5P6WA 5P68A 5P73A 4YBFA 5P2OA 1D4SA 5P5JA 4IVSA 2FDDA 1SIPA 1HVHA 2IGYA 5OZFA 3T7QA 2O4PA 3EKQA 3SA8A 4RYCA 3KA2A 5ISJA 4NKKA 5OZKA 4U7VA 5P3XA 2UXZA 5DQ2A 4Y5KA 2EWYA 5P81A 4DQHA 4Y5MA 1HTFA 1ZBGA 5P2XA 3K5DA 3OQ7A 3OY4A 3PGIA 4LAPA 1RV7A 2PYNA 5P4MA 4YCTA 4EPJA 5DR0A 2WEBA 4Y3QA 3EKXA 3UCBA 1D4IA 2VS2A 4EQJA 1FQ6A 2HAHA 1NPWA 4J0VA 4I0IA 4OBZB 1B5FB 5P3WA 1M0BA 4ZEAA 4ZPFA 3S43A 3O9LB 5OYXA 3ZLQA 4Y35A 3BUFA 5TOLA 2NXLA 1Z8CA 3UFLA 5IE1A 5ISKA 4BEKA 4TVGA 3KT5A 3L5DA 3CICA 1SMRA 5OYUA 2QMFA 3FIVA 4HZTA 5P6TA 2FDEA 3UDNA 5T4SA 5DR4A 4RRSA 3SA3A 4GJCA 3OQKA 4DPFA 3FNUA 1BILA 1CPIA 4OBHA 5P8KA 2R38A 4NPUA 3KFPA 1MSNA 5P7GA 2RENA 5P11A 5P63A 1SGZA 2XFJA 5P3HA 2QI1A 5EZXA 2VA7A 5KR1A 5OZHA 3DJKA 5P6KA 1B6PA 2ZHVA 1F7AA 4OBKA 5P1TA 1XN2A 2WF4A 4E43A 4B78A 1F34A 3LPIA 1IZIA 5P4BA 5C9FA 5P8AA 2FGUA 5P8OA 2AOCA 2BKSA 3SKFA 1B6JA 5P82A 1UH7A 4FSEA 1ZP8A 5P8UA 4Y3JA 5P19A 4EHCA 1C6XA 5P7IA 5P6FA 1W5WA 2OF0A 5P07A 4GB2A 4MC6A 3LIZA 5P3ZA 5P2YA 5P1OA 3KDDA 2B8VA 3O99A 4OBJA 2NXDA 2Q3KA 5P8QA 1JLDA 2ER9E 4Y53A 3SA4A 2PYMA 5AH6A 1C70A 1M4HA 1D4YA 2OHMA 3PCZA 4YOAA 1HOSA 5P3FA 4I1CA 2QI3A 5P89A 1HXBA 4YCKA 5P08A 4B1CA 1IDBA 1TSUA 3PI5A 4F74A 1EBYA 5P77A 4DPIA 2G94A 3URJA 5JODA 4Y3DA 2F80A 1EEDP 4KB9A 2NMYA 3B7VA 5OZNA 5I3WA 2WL0A 5FIVA 3ZL7A 1Z1HA 5P26A 1UPJA 2V10C 3S56A 5DR7A 1YTJA 3LITA 3EM4A 2QK5A 2I1AA 2ZHSA 5KR8A 1RNEA 2IS0A 5P09A 3OUCA 5C9BA 5P0IA 4CP7A 3DM6A 4M8XA 1FG6C 3QP0A 3B80A 5P8DA 3OHFA 1MERA 5OZXA 3VFBA 2OHLA 5P2FA 4EP2A 3OUAA 5P3SA 3ER5E 4J1IA 5P2QA 5IVRA 4R93A 5KQFA 1HVSA 5P6AA 5P4OA 1YT9A 5P6PA 1HSGA 3T11A 4Z50A 5OZ9A 2XFKA 4FM6A 4GZFA 5P3VA 3ER3E 3L58A 5OZQA 5P0MA 3S7LA 4PYVA 3VV7A 5P57A 2ASIA 5P45A 4YD3A 5OYZA 1UH8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QCI A;  1MT7 A;  3EL9 A;  1ZPK A;  1AID A;  1HVC A;  4OC6 B;  1K6V A;  4EP3 A;  5ENM A;  5E5K A;  6FIV A;  3MSJ A;  5P5H A;  2VA6 A;  3IN3 A;  3SAA A;  5AHA A;  4BFB A;  1K6C A;  5P3K A;  3BXR A;  5P8L A;  2JE4 A;  5P3P A;  1YTG A;  5P83 A;  3GI6 A;  2WF2 A;  1SDV A;  3DCK A;  3PMY A;  4ZSR A;  1HSH A;  3IA9 A;  5P28 A;  3UHL A;  3Q6Y A;  3M9F A;  2QNP A;  3EM6 A;  5P3C A;  5KAO A;  3HVP A;  1ZTZ A;  3KDC A;  4J1E A;  5P5B A;  3BVB A;  1HXW A;  4EXH A;  3QIH A;  3S54 A;  5P60 A;  4Y3S A;  5P75 A;  4QJ7 A;  3NYG A;  2CEJ A;  1DIF A;  1G35 A;  5OZ8 A;  2AZ8 A;  4L7H A;  5P0B A;  3KMY A;  3SQF A;  5P4J A;  1B6M A;  4FRS A;  5BRY A;  2VJ9 A;  3EL5 A;  1VIK A;  5P62 A;  5P0C A;  4GJD A;  3MXE A;  5OZ4 A;  3IAW A;  5P0U A;  3EL1 A;  3I25 A;  2P3C A;  3VG1 A;  5P0H A;  2BQV A;  5P7H A;  3OUB A;  5P0Y A;  3ZOV A;  3L38 A;  2I4X A;  2P83 A;  1HBV A;  5P34 A;  3INF A;  1OEW A;  5P2R A;  5P8B A;  2OHR A;  5P1D A;  5P44 A;  1FMB A;  1EPQ E;  2V13 A;  1YM2 A;  2QI0 A;  2FNT A;  3BUH A;  4D83 A;  1MPP A;  5P13 A;  5P4U A;  4MC9 A;  2AZC A;  2XYF A;  5P6R A;  2G1R A;  2QP8 A;  2BPX A;  1GNM A;  5P5M A;  2CEN A;  5OYT A;  2ZDZ A;  5P1J A;  2ANL A;  2CEM A;  5P0X A;  5P04 A;  4DJW A;  3NU9 A;  5P2A A;  4Y4U A;  5OZ0 A;  5P4H A;  1EPP E;  4Y54 A;  3OU4 A;  5P43 A;  4DUS A;  3OUD B;  5COP A;  1FG8 C;  5DR1 A;  2QMD A;  4A6B A;  2NTR A;  3PWW A;  1LF3 A;  5P0N A;  4RRO A;  1HVK A;  2QU2 A;  5P7Y A;  2A1E A;  4RRN A;  5P1H A;  5OZV A;  4L7J A;  4YDF A;  5P7A A;  3MXD A;  3OTS A;  5P1N A;  1LV1 A;  5P10 A;  2Q54 A;  3TKG A;  3LPJ A;  1PPL E;  5P4E A;  2MIP A;  5SZ9 A;  5P03 A;  3VF3 A;  1BDL A;  5P8T A;  3DV5 A;  1MEU A;  1QBR A;  5P8J A;  4DJQ A;  2OAH A;  4J0Y A;  4Y44 A;  4B77 A;  4NPT A;  3K4V C;  3SAB A;  4B00 A;  5P85 A;  5P74 A;  3OXX A;  4XX4 A;  4B0Q A;  5I3Y A;  2WEC A;  2QHY A;  5HU1 A;  3D1Z A;  3LIQ A;  2QD6 A;  4I0J A;  5P7T A;  1TZS A;  5P5L A;  2AOG A;  4Z2Z A;  4LL3 A;  4RCD A;  4OBZ A;  3PSG A;  1B5F A;  1XS7 D;  2ZJH A;  3PB5 A;  5P8I A;  2Q11 A;  4JP9 A;  1MUI A;  5P7B A;  5P8E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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