1QRPE

Human pepsin 3a in complex with a phosphonate inhibitor iva-val-val-leu(p)-(o)phe-ala-ala-ome
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
VDEQPLENYLDMEYFGTIGIGTPAQDFTVVFDTGSSNLWVPSVYCSSLACTNHNRFNPEDSSTYQSTSETVSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISSSGATPVFDNIWNQGLVSQDLFSVYLSADDQSGSVVIFGGIDSSYYTGSLNWVPVTVEGYWQITVDSITMNGEAIACAEGCQAIVDTGTSLLTGPTSPIANIQSDIGASENSDGDMVVSCSAISSLPDIVFTINGVQYPVPPSAYILQSEGSCISGFQGMNLPTESGELWILGDVFIRQYFTVFDRANNQVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural study of the complex between human pepsin and a phosphorus-containing peptidic -transition-state analog.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PEPSIN 3A
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 82
structure length 326
sequence length 326
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 1999-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
E PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qrpE02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qrpE01
1G0VA 1A30A 2QD6A 2QI0A 5CLMA 5HCOA 3EL9A 1LS5A 2F80A 3LIYA 2R9BA 2AZBA 1EPOE 3UCBA 3K5DA 1PROA 5P5AA 1M0BA 5P83A 2IGXA 2NNKA 4QGIA 5P3SA 1W5YA 2AZ8A 1T7IA 5P09A 3KDBA 4OBHA 3KDCA 4LXKA 1HXWA 1YG9A 4OBZA 1HOSA 4QJ7A 4U7VA 4DQHA 5P53A 3O9BA 3INDA 5P5UA 3URJA 3OQDA 5P4BA 5P2OA 3LPJA 5P1CA 3WB4A 5P3BA 5P5GA 3NDXA 5HU1A 1ZPAA 2Q3KA 4TRZA 5JFUA 1LEEA 5OZHA 4GJCA 3D1XA 5P20A 1HVRA 5KOSA 1T6GA 2VA5A 4Y47A 5P4XA 5P84A 1TCXA 5P32A 3O9AA 4J0YA 5P3CA 5P8PA 1W5VA 5P02A 3NLSA 2AVSA 1T7JA 2OAHA 5J25A 1AVFA 3VV7A 1ZSFA 2WF3A 3FKTA 3Q3TA 1FG8C 4I1CA 5OZ5A 3EKQA 5P4WA 4LP9A 5I3YA 5DQ2A 4Y45A 4DH6A 3O9CA 4B1CA 4BFDA 3S7MA 3S2OA 1W51A 2P83A 3PMYA 4X2LA 3S43A 1AAQA 1APUE 2R38A 4OD9A 2V12C 2IL2A 1TSQA 3DCKA 3QAAA 4J55A 3O9EA 5BWYA 5P8FA 3L5EA 1HPVA 1BXQA 4PZWA 5P5HA 3NWQA 4Y3TA 5P1ZA 3OGPA 5P34A 2VIYA 4Y6MA 4J1KA 3KA2A 4KB9A 5P3EA 5P0RA 5P0SA 5HDVA 3ZKNA 5KAOA 4H3JA 3MSLA 3T7XA 4Y41A 1NH0A 3KT2A 3SA6A 1MIQA 5P8NA 4Y5PA 1SGZA 2NMYA 3ZKGA 3NWXA 4I8WA 3Q70A 4DJWA 1YTIA 3I8WA 1D4YA 3GW5A 2QNQA 3RTHA 4B05A 3UQUA 1APWE 1OEXA 4LXAA 5SZ9A 3O9LA 5P4ZA 2IENA 4LBTA 4OBGA 2QI7A 3RVIA 2HB3A 1HSIA 1KJ7A 2RSPA 3CYWA 1LYBA 5P1QA 5OZQA 2QZXA 5P38A 3QPJA 2RMPA 4YD4A 2O4PA 5P8UA 3OTSA 4N00A 1YX9A 1VIKA 3NR6A 5P6TA 5P4TA 5P8EA 3SPKA 2G27A 3VFBA 1FQ4A 5P73A 4HA5A 2CEMA 1KJ4A 5P3NA 4H3GA 5P5YA 5AH7A 2WEAA 3VF3A 2BPWA 1OD1A 3SQFA 1W5XA 4Y4ZA 3Q4BA 5P15A 2AVOA 1MTBA 2P3CA 1BIMA 3PGIA 4Q1XA 2AIDA 2Z54A 1KJHA 5P3AA 4B77A 3S43B 5JG1A 3DM6A 2QMGA 4DQBA 3UTLA 5OZDA 3URLA 3N4LA 2H6TA 3A2OA 5P05A 4B1DA 4FLGA 1WKRA 2QNPA 4A6CA 4FM6A 5CONA 4L6BA 3L38A 4EJ8A 3I2LA 3NSHA 5P8OA 4D8CA 3NDWA 4HEGA 3TLHA 1UH9A 5UPJA 1W6IA 5P8TA 4L7JA 4Y50A 5KR8A 5P61A 5JODA 4FRKA 3UQWA 2XYEA 2I4UA 4R95A 5P29A 3VSWA 4GJ7A 2OF0A 1FEJC 5P01A 4JPEA 2QAKA 4ZPGA 4EP3A 2BPYA 3S7LA 4I12A 4Y4XA 4I11A 5P5LA 3OUAA 3UDKA 3O9LB 5OZUA 4APRE 4NJSA 4CMSA 5P1OA 5P6IA 1LYBB 5OZ8A 5BRYA 2O4LA 3UDMA 1D4JA 4Y37A 5P59A 4B1EA 2JYSA 5OZIA 2AOJA 1IZDA 5P2EA 1Q9PA 3GGUA 1RV7A 1DIFA 3HAWA 3KT5A 4YD7A 4CPSA 1TW7A 5P0LA 5P71A 2VA6A 5P0QA 5P64A 2WF2A 4AZYA 2FS4A 4XKXA 4E43A 5P78A 4Y3DA 5P13A 5P0OA 3TKWA 3UQXA 2IQGA 2HS2A 2NPHA 5P7LA 7HVPA 4HLAA 2QK5A 3EKVA 5OZZA 4F75A 5P6GA 3PCWA 3ST5A 1F7AA 3VYFA 5P8SA 2ANLA 5P5QA 4AUCA 1MESA 1MSMA 2WJOA 3CKRA 3VF5A 1A94A 4Y5LA 3PWMA 1ER8E 3IN3A 5P1DA 3QIHA 4MC1A 1ODXA 4Y5GA 5P1LA 5OYSA 1BV9A 1T3RA 1K2CA 1DPJA 3HZCA 4BFBA 3D91A 3OXVA 4ZPEA 5HCTA 1PPME 2FNTA 3UDHA 4YCYA 1D4KA 4Q1WA 3SA4A 4I0HA 5P4VA 2F8GA 4K8SA 3VEUA 4Q5MA 1HSGA 3VUCA 5OYVA 1ODWA 3TL9A 2HPEA 1W50A 5P3QA 1QRPE 5P0UA 3JVYA 2NR6A 1EC3A 5P6KA 5P8AA 2PQZA 4AMTA 2JJJA 2XFIA 3LPKA 4QJ9A 4FM7A 5P6XA 5P1JA 3QRSA 3S8IA 1HVLA 3VYDA 4J54A 3PSUA 4MC6A 4R5NA 3OHHA 4I0EA 3ECGA 2Q15A 1EPME 3OWNA 3JVWA 4Y3ZA 4FL8A 5P37A 5P6YA 5P0MA 3RU1A 4YBIA 3S85A 2QZWA 5P5PA 5P39A 2B42A 5P0BA 2ZE1A 4NKKA 4EYRA 4NPUA 1QDMA 5P46A 4CPRA 1ZLFA 2B60A 5P4AA 3NDUA 5P35A 4LAPA 3VYEA 4J1CA 4DVFA 5P0ZA 4I0DA 3G6ZA 4Y53A 4NJUA 3MWSA 2I4VA 5P2KA 4DUSA 4I0IA 4L7HA 5P5BA 3PRSA 3VFAA 2QZLA 5P76A 5P19A 5OYQA 4DJQA 1IDBA 3CICA 2PK5A 1BILA 1G2KA 5KQYA 4LC7A 3IXOA 3OHFA 1FQ7A 4L7GA 1B5FA 5P7QA 1W6HA 1OHRA 4I0FA 3TNEA 3O9FA 1IVQA 3EBZA 4HDBA 1ENTE 5P4FA 3SABA 5P2LA 3SM1A 5P41A 3CIBA 5P0YA 1PSAA 4FSEA 3APPA 1SDVA 3OTYA 4B72A 2VNNA 4HDPA 1C6YA 3T7PA 2ZJNA 1E5OE 2OHNA 1HVCA 2H6SA 3ZPTA 2IEOA 3BXSA 5HD0A 4H3IA 5P22A 5P4MA 3MSJA 2QMFA 3SAAA 4RRSA 5P6NA 5P0DA 4Y5CA 2Q11A 2VIEA 4H3FA 3VG1A 2FGUA 2V0ZC 5P5JA 1HVJA 3IAWA 5DR4A 1B6MA 4Y5AA 5HDUA 1ZAPA 3EC0A 1MEUA 5P1EA 1A9MA 2P3AA 3SM2A 1SDUA 4JECA 5P6SA 4ER4E 5OZLA 2WECA 3CKPA 5IVRA 3OQFA 1AXAA 2NXDA 5C9BA 4A6BA 1DMPA 1GVWA 4Z2ZA 4Y35A 5P62A 5P70A 1E81E 3URIA 3OUCA 5P03A 3BXRA 3BVAA 1EC0A 4RVIA 4DQFA 4RCEA 1YTJA 1GVVA 3HVGA 2XFJA 2VIJA 3NU9A 5P89A 2WF0A 5P2AA 5P3WA 1EPPE 1YM4A 4DJVA 5P7BA 3PMUA 5E5KA 4XXSA 2AOGA 1B5FB 2PH8A 4PEPA 4DJRA 1J71A 2R5PA 2IDWA 4Y3XA 3O9GA 5AHBA 5P0IA 5P6UA 2P8HA 4ER1E 3SA8A 2AVVA 2UXZA 4QJ2A 3R4BA 2V16C 5JFPA 5P2DA 3BVBA 2P4JA 4CPXA 4I0ZA 3PI5A 2OHKA 2WL0A 1BVEA 5P17A 5P2UA 4DJXA 1FLHA 5P4YA 2G21A 5P4KA 2VA7A 3FIVA 4B78A 1LF2A 1SBGA 4RCDA 4Y51A 3SA7A 1CPIA 2FDDA 2BPZA 4Y5MA 3S54A 3CYXA 5P6PA 5P1MA 2P3DA 3EL4A 2V13A 1TQFA 4FS4A 4FE6A 5P0CA 5OYXA 1MT9A 4Y44A 3LPIA 4FGXA 3G72A 4TRYA 3L3AA 3TH9A 3UDYA 2B7ZA 5P4DA 5P6WA 3H5BA 5P75A 1APVE 1FIVA 5P3OA 5IS4A 3SFCA 5P7OA 4RGHA 3EMYA 5SXNA 2HB2A 4MC9A 3OUDB 4DJYA 2V00A 3QRMA 3M9FA 2QZKA 3K4VA 5P2ZA 2IKOA 3NU4A 3FX5A 2BBBA 5P1NA 4Y3MA 1SP5A 2FDPA 3R0YA 4Y4TA 1BDLA 5P2FA 1FKNA 5OYYA 2IRZA 4I8ZA 1EBWA 1XL5A 4YE3A 1GVXA 4M8YA 3HLOA 5P0PA 5OZGA 4YD6A 1FB7A 5I70A 2PSVA 4Y4AA 1BWBA 4EXHA 2WEZA 3U7SA 3DUYA 4GJ6A 5P58A 4J1IA 2QMPA 5C9FA 4TVHA 5P7VA 4U8WA 1KZKA 3LITA 5P7XA 2V10C 5COOA 4OBZB 2IS0A 2ZHRA 1B6KA 2O40A 4EWOA 2R5QA 5HTZA 1HRNA 4J5JA 5P04A 5OZKA 3PWRA 5P2XA 3EM6A 4A4QA 1SH9A 3KDDA 4YCKA 5F01A 5KQXA 2G1RA 1VIJA 4OBDA 4GB2A 5P56A 5OZWA 2B7FA 5P4NA 3K1WA 5P42A 1B6JA 2FXEA 1LV1A 5P87A 2XYFA 2PYMA 5OZOA 2CEJA 2B8VA 2NXLA 4Q1YA 4ACXA 3CMSA 3RSXA 2AOIA 1MERA 3QVCA 5P44A 5HDXA 5P86A 5KR2A 4OBKA 2OHLA 5P8VA 1G6LA 1BDQA 2APRA 4Y58A 5C9DA 5P82A 2BPVA 1BXOA 1LYAA 5P1UA 4LHHA 1IVPA 2QU3A 2VS2A 5P8CA 5P7PA 3BHEA 2VJ9A 1NPWA 5P0KA 5P8KA 5OZ0A 2AOFA 5P0WA 5P5XA 4JOOA 5SY3A 4CPTA 2G26A 4OD9B 3PB5A 5P4JA 1TZSA 4CPWA 3BUFA 3OU3A 5P8IA 3EL1A 1K6TA 2F81A 4I0GA 1MVPA 3OOZA 2AVMA 5HE7A 2Q64A 3KM4A 1IIQA 2QP8A 4GJ8A 1FFIC 3NXNA 5P3VA 4HZTA 5P3KA 4Y3GA 1B6PA 5P8LA 3Q5HA 4ZSMA 1HHPA 4Y3RA 2HPFA 3LINA 2BKSA 2HB4A 4DI2A 1M43A 2JJIA 1ZPKA 5P1GA 5P40A 1GVTA 1D4SA 2AOCA 5P5IA 5P0AA 5P74A 5AH9A 4EHCA 2J9KA 3JW2A 1SGUA 4KE0A 5P3JA 5I3VA 4EXGA 5P7HA 5P4SA 3UDQA 5P7TA 4Y3HA 4Y3FA 2ZJJA 1MTRA 5P7AA 5P1BA 5P3IA 3UDRA 2IKUA 4Y5NA 5P4UA 4ZEAA 1E82E 2PH6A 1HIVA 4YBFA 4BELA 2WF1A 5P7ZA 4Y36A 1EC2A 2BB9A 5P7EA 5P3HA 4Y54A 4RRNA 5P1KA 3GI0A 3UQRA 3PLLA 1MUIA 4GJ5A 2WEBA 2MIPA 3LIQA 5P72A 2BQVA 3LIZA 1RPIA 4FSLA 1META 3UFLA 3QP0A 2R3TA 2ZJHA 5OZBA 1D4HA 4GYEA 5P1VA 1ZJ7A 3PI0A 4Z4XA 2AVQA 5P77A 3N3IA 1LF3A 1D4LA 3PWWA 1DP5A 9HVPA 3MXEA 1OEWA 4EJKA 2ZJLA 2G94A 2HIZA 4IVSA 3SO9A 2PSUA 3TOHA 1UH7A 5OZ2A 2VJ6A 3TPJA 3KFPA 2ER9E 2WHHA 5OZSA 5P4HA 3S56A 3B80A 1YM2A 3UDNA 3L5FA 2A1EA 4U7QA 5P52A 3FSMA 2Z4OA 4Y5EA 5ER2E 4J17A 3GI5A 4I0JA 2QI6A 5OZ6A 3SLZA 4HE9A 5AH6A 4K4PA 5DQCA 3VV6A 2I4DA 1EBYA 3DK1A 3OU1A 1SIVA 1NPVA 3TPPA 5P5MA 2Q54A 3NUOA 4OBFA 3H0BA 4S1GA 1CMSA 2QCIA 2ZHUA 4RROA 5DR7A 2ZDZA 4Y3EA 5AHAA 3SA5A 1XE5A 2ZYEA 5IVSA 3AIDA 2R3WA 4RVXA 3BUHA 3VCMA 5P5ZA 1XL2A 2QMDA 1K6PA 4K4QA 2PC0A 1XE6A 2VNMA 4EQ0A 5P80A 1LZQA 1AIDA 3HVPA 4Y3YA 4CPUA 3OAGA 3T7QA 2FXDA 5P28A 1E80E 5P6MA 3KFSA 3OXCA 1ODYA 2G69A 4M8XA 3UF3A 4EP2A 4NJTA 3NUJA 5AHCA 5P18A 1EPLE 5P4QA 5P2HA 3UDPA 5P5OA 3MSKA 5P1YA 2VJ7A 4NPTA 5P57A 5KQFA 5T4SA 5P1RA 2ZJMA 3OQAA 1ZP8A 5P2SA 3ZL7A 4B0QA 2HC0A 4CP7A 5P10A 1EEDP 4NJVA 3EXOA 1T7KA 4ZPFA 7UPJA 4J1EA 3IGBA 4Y5BA 3F9QA 4HDFA 5P7MA 3SKGA 5P5SA 5P11A 3VLBA 3INEA 4Y4EA 5P2VA 4Y3SA 5I3XA 2PK6A 3OY4A 1MT8A 1EPNE 3T3CA 5P47A 5KR0A 1EBKC 5OZ4A 5P1PA 5P45A 5DR1A 1EPQE 3OU1B 5P2YA 5P6OA 3EKYA 1HPSA 5P67A 3RTNA 1QBTA 2ER0E 5P2IA 4DPIA 3ZPUA 2PYNA 4Y4DA 3CKTA 5P5CA 1HBVA 2BPXA 3OADA 5DR3A 3WZ8A 3D20A 5P7FA 5DQ5A 5P7SA 1WBKA 4OBJA 5P85A 2O4NA 5P3RA 2ZHSA 5P54A 3NDTA 1IZIA 2G24A 3R2FA 4ZLSA 5P2WA 3PSYA 1MSNA 5P3LA 5KR1A 3KMYA 4J0ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G0V A;  1A30 A;  2QD6 A;  2QI0 A;  5CLM A;  5HCO A;  3EL9 A;  1LS5 A;  2F80 A;  3LIY A;  2R9B A;  2AZB A;  1EPO E;  3UCB A;  3K5D A;  1PRO A;  5P5A A;  1M0B A;  5P83 A;  2IGX A;  2NNK A;  4QGI A;  5P3S A;  1W5Y A;  2AZ8 A;  1T7I A;  5P09 A;  3KDB A;  4OBH A;  3KDC A;  4LXK A;  1HXW A;  1YG9 A;  4OBZ A;  1HOS A;  4QJ7 A;  4U7V A;  4DQH A;  5P53 A;  3O9B A;  3IND A;  5P5U A;  3URJ A;  3OQD A;  5P4B A;  5P2O A;  3LPJ A;  5P1C A;  3WB4 A;  5P3B A;  5P5G A;  3NDX A;  5HU1 A;  1ZPA A;  2Q3K A;  4TRZ A;  5JFU A;  1LEE A;  5OZH A;  4GJC A;  3D1X A;  5P20 A;  1HVR A;  5KOS A;  1T6G A;  2VA5 A;  4Y47 A;  5P4X A;  5P84 A;  1TCX A;  5P32 A;  3O9A A;  4J0Y A;  5P3C A;  5P8P A;  1W5V A;  5P02 A;  3NLS A;  2AVS A;  1T7J A;  2OAH A;  5J25 A;  1AVF A;  3VV7 A;  1ZSF A;  2WF3 A;  3FKT A;  3Q3T A;  1FG8 C;  4I1C A;  5OZ5 A;  3EKQ A;  5P4W A;  4LP9 A;  5I3Y A;  5DQ2 A;  4Y45 A;  4DH6 A;  3O9C A;  4B1C A;  4BFD A;  3S7M A;  3S2O A;  1W51 A;  2P83 A;  3PMY A;  4X2L A;  3S43 A;  1AAQ A;  1APU E;  2R38 A;  4OD9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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